El monasterio de San Juan está absolutamente vinculado al patrón de Burgos, San Lesmes. Allí, tras su fallecimiento en el año en 1097, fue enterrado. Luego su tumba se trasladó a la iglesia que lleva su nombre, situada en el lado norte de la misma plaza que el monasterio.

Era francés, de Loudun, cerca de Poitiers. Joven y rico, tras repartir sus bienes a los pobres, empieza una vida de militancia religiosa. Tras peregrinar a Roma, decide practicar la vida monástica, fundando el cenobio La Chaise-Dieu, en Auvernia, del que va a ser su abad.

Los reyes castellanos Alfonso VI y, especialmente, Constanza de Borgoña, su compatriota, lo llaman para asentar en su reino el Camino Francés a Santiago, así como relevar la liturgia mozárabe por la romana, que se impone en Europa.

En Burgos funda el monasterio benedictino de San Juan Evangelista, para cumplir esos deseos de los monarcas de atención a los peregrinos jacobeos.

Ese servicio a los más necesitados en la vía compostelana (enfermos, ancianos, pobres) le granjeó la fama de santidad. Canonizado, es el patrón de Burgos desde 1511.

El monasterio de San Juan llegó a ser un importante complejo asistencial en la ruta jacobea.

Estuvo vinculado a la Casa-Dei francesa, bajo cuya disciplina benedictina se mantuvo. De allí procedieron lala mayor parte de los monjes, hasta 1436, en que se integró en la Congregación de San Benito de Valladolid.Comienza entonces una nueva etapa espiritual y cultural que llega hasta el proceso desamortizador.A partir de entonces da comienzo otro periodo muy distinto. El monasterio paso a tener funciones diversas, sufriendo un progresivo abandono, que concluyó en la ruina de buena parte de las construcciones.

De la primera edificación románica no queda nada, porque se transformó enteramente a mediados del siglo XV, debido a un incendio en 1436, que destruyó totalmente la iglesia.

La nueva iglesia monástica era de tres naves, con crucero y la capilla mayor muy amplia, en la que se ubicó la amplia sillería coral.

Se cubrió bóvedas de crucería estrellada con nervios rectos, muy vinculadas a las habituales de Juan de Colonia, que pudo ser su autor, porque era el artista más destacado en ese momento en Burgos.

La única zona del monasterio que pervive en su mayor parte es el área del claustro, que hay que fecharlo a finales del XVI.

Trazado y ejecutado por Domingo de Azas, es muy destacad el piso inferior, con sus buenas bovedas de crucería estrelladas y sus vanos amplios. Destacan las portadas platerescas y las claves de las bóvedas decoradas con bustos de personajes (santos, papas, reyes, etc.) vinculados al monasterio.

La sala capitular o capilla de Montserrat es de planta cuadrada, cubierta con nueve tramos de bóvedas de crucería, también de tipo estrellado y nervios rectos que se apoyan en los muros y en cuatro columnas.

Funcionó como sala capitular hasta que se transformó en capilla funeraria.

La fachada principal ofrece un perfil propio, puesto que adquirió un aire clasicista a finales del siglo XVI o principios del XVII, bastante austero.

Se remata con una especie de espadaña, que consigue darle verticalidad al edificio.

A los lados del vano central aparecen unos pórticos simétrico, considerados pioneros en la arquitectura del primer Barroco burgalés, con una estructura abovedada, de tres arcos individualizados por pilastras pareadas, en la planta infrerior, y adintelada, con vanos aamplios como balconadas, en la superior. Un motivo heráldico sobre el arco central, rompe el entablamento.

Se han aprovechado las áreas claustrales para realizar una tarea importante de difusión cultural. En las crujías del claustro se disponen a lo largo del año variadas exposiciones. En la sala capitular se celebran actos de significado importante para la ciudad. Y en el piso está ubicado el museo del artista burgalés Marceliano Santa María.