ePDBЕвропейский белковый банк данных

Выполнила: магистрант 1 года,Авсиевич Т. И.

Сибирский федеральный университетИнститут фундаментальной биологии и биотехнологии

Кафедра биофизики

(http://www.ebi.ac.uk/pdbe/)

Преимущества

• Обработка 1/3 данных • As of 23 May 2012 the PDB contains 81756 entries (

latest entries, latest compounds) and EMDB contains 1364 entries (latest)

• Система Motifs and Sites

Параметры поиска

PDBePISA (Protein Interfaces, Surfaces and Assemblies)pdbe.org/pisa

Расчет:• площади поверхности белков (по отношению к растворителю)• Константы диссоциации;• Вероятность формировнаия четвертичной структуры;

• Просмотр отдельных единиц белка (олигомеры, лиганды)

PDBeFold (Structure Similarity) pdbe.org/fold

• Интерактивный сервис для сравнения белковых структур в 3D

• Например: 1sar (рибонуклеаза) со всеми структурами банка

PDBeFold (Structure Similarity) pdbe.org/fold

• Интерактивный сервис для сравнения белковых структур в 3D

• Например: 1sar (рибонуклеаза) со всеми структурами банка

Motifs and Sites pdbe.org/pdbemotif

• Быстрый и мощный поисковый инструмент, объединяющий последовательность белка, химическую структуру и 3D графику.

• PDB header search – поиск по заголовкам(ключевые слова, авторы);• Molecule binding – сборка и отображение молекул, связанных с белком• Pair bonds – отображение связей, возниющих между олекулами или их

фрагментами;• Motif binding - сравнение элементов вторичной структуры, белковых участков;• 3D Environment – показывает, какие лиганды образуют связи в данной среде

Biobar• Посковая система в панели инструментов вашего браузера по

протеомным, генетическим, функциональн и др. базам данны.Осуществляет поиск по такми базам как:• European Bioinformatics Institute (EBI), National Center for

Biotechnology Information (NCBI) and DNA Data Bank of Japan (DDBJ)

Quips