28 novembre 2013 N

1 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Evaluation des kits de diagnostic de la dengue

et du chikungunya

Rôle du CNR et implications pour la

surveillance

Christine Prat, Isabelle Leparc-Goffart

Institut de Recherche Biomédicale des Armées

CNR des Arbovirus

28 novembre 2013 N

2 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Missions du CNR Arbovirus

2

• Apporter une expertise microbiologique : Développer et/ou valider les techniques diagnostiques sérologiques et

moléculaires des arboviroses

Transfert technologique

Identification et caractérisation des souches d’arbovirus circulantes

• Contribuer à la surveillance épidémiologique, en lien avec

l’Institut de veille sanitaire : Plans nationaux de surveillance concernant la lutte contre ces virus en France

métropolitaine et dans les DOM

Contribuer aux réseaux de surveillance européens et internationaux

Contribuer à l’alerte

• Fonctionner en réseau

Entomologistes / Epidémiologistes / Laboratoires en charge de la surveillance

des arboviroses chez l’animal

28 novembre 2013 N

3 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Les Arbovirus: une introduction

3

• Arthropod-Borne virus: virus transmis par les arthropodes

(moustiques, tiques, phlébotomes etc…)

• Regroupe des virus appartenant à 5 familles virales différentes

28 novembre 2013 N

4 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Les Arbovirus: une introduction

4

Principaux virus

pathogènes

pour l’Homme,

et leur

diagnostic au

CNR

28 novembre 2013 N

5 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

• Répartition géographique mondiale

• Chikungunya et Dengue: transmis par des moustiques du genre

Aedes

Les Arbovirus: une introduction

5

• Arthropod-Borne virus: virus transmis par les arthropodes

(moustiques, tiques, phlébotomes etc…)

• Regroupe des virus appartenant à 5 familles virales différentes

28 novembre 2013 N

6 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

• 2012: 10 Départements

6 M habitants

• 2013: 17 Départements

12 M habitants

• 2014: …?

Le moustique Aedes albopictus en

France métropolitaine…

La surveillance de la dengue et du chikungunya en

métropole, pourquoi?

Risque de mise en place d’un

circuit de transmission

autochtone en cas

d’importation du virus

28 novembre 2013 N

7 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Plan national de surveillance de la dengue et du

chikungunya - Evolution

2006-2012:

Diagnostic des cas suspect importés et autochtones par le CNR

(1200 cas suspects en 2012)

2013:

Diagnostic des cas suspects importés par le CNR et un réseau de

laboratoires hospitaliers

Diagnostic des cas suspects autochtones par les laboratoires de

biologie médicale et confirmation par le CNR

2014 ?

Futur: 1ère ligne de diagnostic par les laboratoires de biologie

médicale (hospitaliers et privés) et confirmation par le CNR

17 départements en surveillance: 60% de l’activité = diagnostic de

première ligne

28 novembre 2013 N

8 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Problématiques et actions du CNR

• Alerte de la DGS pour la problématique de faisabilité du plan

• Saisine de la HAS pour la stratégie de diagnostic de la dengue et du

chikungunya (2012)

J0 à J7: RT-PCR pour la détection du génome viral

≥ J5: sérologie pour la détection des IgM et IgG

• Détection du génome viral de la dengue et du chikungunya par RT-

PCR mise en proposition pour remboursement par l’assurance maladie

Evaluation de kits de diagnostic par RT-PCR et sérologie pour les

laboratoires de biologie médicale

Contrôles Qualité (RT-PCR pour la dengue)

28 novembre 2013 N

9 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Evaluation kits RT-PCR dengue

SimplexaTM

dengue

RealStar® dengue Bioevolution®

dengue

Sensibilité: 1 log de plus

Equivalent 1 à 2 log de moins

Spécificité: Pas d’autres

arbovirus détectés

Pas d’autres arbovirus

détectés

Pas d’autres

arbovirus détectés

Concordance

clinique:

7/48 non détectées

5/48 non détectées

10/48 non

détectées

Origine

géographique

des souches

non détectées:

D1: Madère, Haïti

D2: Venezuela, Saint

Martin, Indonésie,

Guyane française

D3: Réunion

D1: Djibouti

D2: Venezuela

D4: Guadeloupe,

Sénégal, St Martin

D1: Grenadines,

Djibouti, Inde

D2: Venezuela,

Thaïlande, Burkina

D4: Guadeloupe,

Sénégal, St Martin,

Cambodge

28 novembre 2013 N

10 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Evaluation kits RT-PCR chikungunya

RealStar® chikungunya Bioevolution® chikungunya

Sensibilité Equivalent

1 log de moins

Spécificité: Détection du virus O’Nyong

Nyong

En cours de réalisation

Concordance clinique: En cours de réalisation

En cours de réalisation

28 novembre 2013 N

11 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Evaluation kits sérologiques chikungunya

IBL INTERNATIONAL (Novalisa): ELISA IgM et IgG anti-Chikungunya

32% faux positifs IgM anti-chikungunya

59% faux négatifs IgG anti-chikungunya

SD BIOLINE: TDR IgM anti-Chikungunya

57% faux positifs

44% faux négatifs

1

1

28 novembre 2013 N

12 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

In house ELISA

CNR CHIK

SD Bioline

IgM chik RESULTATS CDC

RATIO

IgM

RATIO

IgG RATIO IgM RATIO IgG

SERO-

NEUTRALISATION

IgG CHIK

16459 1,2 16,8 POSITIF 0,64 23,2 5120

16384 1 7,5 NEGATIF 0,56 11 1280

7217 1,4 13,5 POSITIF 1 19,2 >320

IgG+IgM CHIK

15673 6,5 3,1 NEGATIF 4,2 4,2 320

15616 11,8 3,8 NEGATIF 4,6 4,0 40

15110 13 8,9 POSITIF 5,6 8,8 2560

5896 5,5 16,2 NEGATIF 5,3 9,4 1280

7047 4,8 11,2

POSITIF

DOUTEUX 3,4 13,3 640

7107 3,2 7,6 POSITIF 3,0 6,2 320

6766 7 7,6 NEGATIF 4,8 6,1 1280

IgM CHIK

12249 7,9 1,1 NEGATIF 3,4 1,1 <10

6575 7,1 1,4 NEGATIF 3,9 0,86 <10

6808 11,5 1,1 NEGATIF 4,5 1,2 80

IgG+IgM DEN 16569 1,0 1,0 NEGATIF 0,68 0,99 <10

16570 1,0 1,0 NEGATIF 1,1 0,81 <10

NEGATIFS

16719 1,0 1,0 NEGATIF 0,66 0,79 <10

16720 1,0 1,0

POSITIF

DOUTEUX 1,3 0,96 <10

8772 0,8 1,0 NEGATIF 0,6 1,4 <10

8759 0,8 1,6 POSITIF 1 0,93 <10

6468 1,0 0,8 NEGATIF 1,5 1 <10

8525 0,7 1,0 NEGATIF 1,1 1,1 <10

6593 0,9 0,7 NEGATIF 0,83 1,3 <10

8580 0,7 0,8 NEGATIF 0,79 1,1 <10

28 novembre 2013 N

13 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Evaluation kits sérologiques chikungunya

IBL INTERNATIONAL (Novalisa): ELISA IgM et IgG anti-Chikungunya

32% faux positifs IgM anti-chikungunya

59% faux négatifs IgG anti-chikungunya

SD BIOLINE: TDR IgM anti-Chikungunya

57% faux positifs

44% faux négatifs

1

3

Les kits commercialisés pour la sérologie du chikungunya ne sont

pas satisfaisants

28 novembre 2013 N

14 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Contrôle qualité RT-PCR dengue organisé par

le CNR

• Participants: 14 laboratoires

– Hôpitaux (Lyon, Marseille, Nîmes, Toulouse, Begin, Bordeaux Mayotte,

Réunion, Martinique, Guadeloupe)

– Laboratoires privés (Biomnis)

– CNR associés: IP Cayenne, CHU Réunion

– Institut Pasteur Nouvelle Calédonie

• Echantillons: Virus dilués dans serum humain négatif

– D1: Somalie 2012

– D2: Indonésie 2012

– D3: Djibouti 2012

– D4: Guyane française 2012

• Utilisation par les laboratoires de méthodes in house

28 novembre 2013 N

15 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Virus Charge virale Nombre de

laboratoires

avec réponse

positive

Pourcentage de

réussite

A D2 Moyenne 14 100

B Neg 14 100

C D3 Faible 14 100

D WN 14 100

E D4 Moyenne 14 100

F D1 Faible 4 29

G Chik 14 100

H D2 Faible 14 100

I D4 Faible 12 86

J D3 Moyenne 14 100

K D1 Moyenne 14 100

Contrôle qualité dengue organisé par le CNR

28 novembre 2013 N

16 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

• Bon test : 86% de réussite

• PCR nichée Lanciotti n’est pas plus sensible que la real

time RT-PCR

• Différence de sensibilité: extraction ARN

Contrôle qualité dengue organisé par le CNR

28 novembre 2013 N

17 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

Conclusions

But:

Diagnostic de première intention du chikungunya et

de la dengue réalisé par les laboratoires privés et

hospitaliers

Sérologie chikungunya:

reste problématique avec l’absence sur le marché de kit utilisable

Accréditation:

Les kits commerciaux de RT-PCR sont privilégiés

Impossible de tous les évaluer

Souvent moins bons que des techniques maison

28 novembre 2013 N

18 CNR des arbovirus – Evaluation de kits de diagnostic

CNR Arbovirus (IRBA):

Olivier Flusin

Christine Prat

Patrick Gravier

Laetitia Boubis

Bernard Tenebray

Olivier Merle

Collaborateurs:

CNR associés

InVS, CIRE

Réseaux de laboratoires français

Center for Disease Control (Lanciotti)

Remerciements