Expertise : la recherche d’informations et de

documents

PL ToutainUMR 181 Physiopathologie et Toxicologie Expérimentales

INRA/ENVT

ECOLENATIONALEVETERINAIRET O U L O U S E

Toulouse, le 28 novembre 2008

Objectifs de la présentation

1. Identifier les différents types de sources documentaires et d’informations : sources originales et sources secondaires

2. Connaître les bases, plateformes et portails documentaires

3. Savoir utiliser les outils de recherche documentaire (moteur de recherche pour l’exploration des bases)

4. Dresser une liste de références correctement présentée et indexée

5. Se tenir informé par les flux RSS

Comment se maintenir informé, Comment gérer le flot des informations

I ndustrie pharmaceutique

articles

Livres

I nternet

T.V.quotidiens

Conf érences

I ndustrie pharmaceutique

articles

Livres

I nternet

T.V.quotidiens

Conf érencesarticles

Livres

I nternet

T.V.quotidiens

Conf érences

L’expert clinicien ne peut pas suivre de façon prospective toute la littérature primaire pertinente de son domaine.

Il devra, pour l’essentiel, faire appel de façon rétrospective à des outils documentaires adaptés à son budget « temps »

Le vocabulaire normalisé en documentation

Masse de l’information biomédicale

Plusieurs centaines de milliers d’articles originaux

publiés chaque année, dans plusieurs milliers de

revues scientifiques et médicales, publiant de

quelques dizaines à quelques milliers de pages

Une première idée : consulter les périodiques scientifiques

Combien de journaux «vétérinaires»?

Articles publiés dans l’ «American Journal of Physiology » en 2008:

N=2591

Impossibilité de suivre sa bibliographie en feuilletant les revues et nécessité

d’avoir recours à des bases de données et des outils (moteurs de recherche)

pour les explorer

Base de données (database)définition européenne

• Une base de données est « un recueil d'œuvres, de données ou d'autres éléments indépendants, disposés de manière systématique ou méthodique, et individuellement accessibles par des moyens électroniques ou par tout autre moyen » (Art. L.112-3 al.2 du code de la propriété intellectuelle)

Pour s’y retrouver dans les bases de données

Les bases de données utiles pour la médecine vétérinaires

Les bases de données médicales

Les bases de données juridiques

Un premier exemple de recherche dans une base de

données (Medline) avec PubMed comme outil de

recherche

Beaucoup de ces références ne concernent pas directement le cheval comme animal

Nombre total de références dans PubMed avec « horse » comme mots clés

Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés

Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés

et publiées dans l’ «American Journal of Veterinary Research»

Nombre de références dans PubMed de « 2008 » à aujourd’hui avec « horse » comme mot-clé et publiées dans l’ « American Journal of Veterinary Research »

avec le mot « dexamethasone » dans le texte

• Nécessité de poser les questions de façon appropriée pour ne pas être noyé par le nombre de références et savoir utiliser les filtres

Recherche dans les bases

Types de sources documentaires

Types de sources documentaires

• Sources primaires (originales)– Produites par les auteurs d’un travail de recherche

• Sources  secondaires – Type  Vulgarisation  d’informations originales

• Souvent synthèse et simplification, en fonction du lectorat visé (public large, étudiants, découverte du sujet…)

– Type Méta-analyses et revues systématiques• Visant les professionnels , focalisées, informations

opérationnelles

1. Sources secondaires de vulgarisation

• Périodiques spécialisés en formation continue

–Compendium on Continuing Education for the Practicing Veterinarian

https://secure.vetlearn.com/pvsearch.cfm–Veterinary Clinics of North Americahttp://www.us.elsevierhealth.com/product.jsp?isbn=01955616–Encyclopédie médico-chirurgicale (EMC)

vétérinairehttp://www.elsevier.fr/html/dettraiteF.cfm?code=FVET

Articles de formation continue professionnelle

Sources secondaires (vulgarisation)

Sources secondaires: Wikipedia

Informations différentes selon les langues; non validées

Les ressources « sœurs » de Wikipedia

• Le site web d'IVIS propose une large collection d'articles, de comptes rendus, de comptes rendus de conférences (proceedings) et de documents interactifs, ressources particulièrement précieuses pour des étudiants. La newsletter d'IVIS informe nos membres des nouveaux documents publiés sur le site (cliquez ici).

Tous les mois nous publions de nouveaux chapitres dans notre bibliothèque qui embrassent une large variété de disciplines et d'espèces (voir " Recent Additions"). Nos publications les plus récentes concernent :- la médecine clinique aviaire- la dermatologie des petits animaux- l'anesthésie et l'analgésie des animaux de compagnie- les maladies des chèvres et- Maladies respiratoires equines

Voici nos comptes rendus de conférence les plus récents, disponibles dans la section "Proceedings" : American Association of Equine Practitioners - AAEPAmerican College of Veterinary Pathologists - ACVPAmerican Academy of Veterinary Pharmacology and Therapeutics - AAVPTNAVC - North American Veterinary Conference Italian Association of Equine Veterinarians - SIVEWorld Buiatrics Congress - WBCGeneva Congress on Equine Surgery and MedicineWorld Equine Airways Symposium - WEASEuropean Society of Veterinary Orthopaedics and Traumatology - ESVOTEuropean Association of Veterinary Diagnostic Imaging - EAVDICanine Cancer Conference: Genes, Dogs, and CancerCongress of the Italian Association of Companion Animal Veterinarians - SCIVACWSAVA - World Small Animal Veterinary Association Annual CongressInternational Congress on Yak et beaucoup d'autres : cliquez ici pour voir la liste complète.

Les autres domaines de la bibliothèque d'IVIS recouvrent l'anesthésiologie, la reproduction, la chirurgie, la parasitologie, les maladies infectieuses, l'immunologie, la neurologie, et la la gastroentérologie.

Moodle

Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication

scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication

scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

Les archives ouvertes de Toulouse

Les archives ouvertesLes références de l’Ecole n=827

Les thèses vétérinaires sont en libre accès (OATAO pour Toulouse)

Sources secondaires: la presse professionnelle

• Hebdomadaire d’informations professionnelles vivant à plus de 90% des annonceurs– Publicités– Publicité rédactionnelle

• Un site internet associé : Planetevet http://www.planete-vet.com/

– (accès restreint)

2. Sources secondaires de méta-analyses

Sélection de ressources pour l’EBM

Revues méthodiques & méta-analyses

Méta-analyseRevue systématique

Essai 1

Essai 2

Essai 3

Essai 4

Méta-analyses et revues méthodiques sont réalisées par des spécialistes de ce type de travail et selon une méthodologie formalisée

La méta-analyse peut faire appel à des outils statistiques capables de créer de la nouvelle information à partir des documents primaires

(ex: rendre significatif des résultats qui individuellement ne l’étaient pas)

La bibliothèque Cochrane (présentation en français)

La bibliothèque Cochrane

La bibliothèque Cochrane

• La Cochrane Library a pour objectif d'assurer la dissémination des résultats des essais cliniques et des méta-analyses par la création d'une base de données évaluant les interventions médicales, préventives et thérapeutiques ainsi que les performances des tests diagnostiques.

Caractéristiques de la bibliothèque Cochrane

• Pertinente sur le plan clinique

• Indépendante

• Actualisée

• Systématique– Revues systématiques et méta-analyse

La collaboration Cochrane

Préparer, tenir à jour, et diffuser les revues systématiques sur l'efficacité desthérapeutiques et des stratégies thérapeutiques

La collaboration Cochrane

L’exploration des bases de données

Les ressources du NCBI

Les outils d’exploration des bases de données accessibles gratuitement

1. PubMed

2. Google scholar

3. Scirus

4. Agricola

PubMed

Interface utilisée pour interroger la base Medline

PubMed: une vue générale

PubMed: le tutoriel

Limiter la recherche

• Les filtres permettent de limiter la recherche de documents sur certains critères comme les essais cliniques ne portant que sur l’homme ou au contraire des essais portant sur l’animal; pour l’homme on peut sortir les essais portant spécifiquement sur une tranche d’âge, sur des essais publiés entre deux dates etc.

• Pour appliquer ces limites, cliquez sur LIMITS

PubMed: les filtres

Pubmed: question sur un thème horse AND lameness

Pubmed: question pour un auteurToutain PL AND antibiotics

Pubmed: questionQuelles sont les publications de Cat (un auteur)

sur les antibiotiques? Cat [AU] AND antibiotics

Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie en pharmacologie:

utilisation du Wildcard *

Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie à

Toulouse

PubMed: S’abonner à un flux RSS pour recevoir sur ma boite mail en temps réel

les articles de PL Toutain sur les antibiotiques

PubMed: Abonnement à un flux RSS

Les autres bases de données gérées par PubMed

Les autres bases de données gérées par PubMed: les livres

Les autres bases de données gérées par PubMed: les substances chimiques

PubMed :systematic review

Google: recherche avancée

Google: question horse AND laminitis AND corticosteroids

Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en

quelques minutes

Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en

quelques minutes

Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

Les outils Google

Conseil: Installer la barre d’outil et visiter « à propos de Google » pour découvrir toutes les bases spécialisées dont « Google Scholar »

Google Scholar

Google Scholar: Martineau + Pig

Google Scholar: recherche avancée

Google Scholar: question horse AND laminitis AND corticosteroids

& au moins triamcinolone acetonide

Scirus

HighWire

Agricola

Les bases et outils payants

Le Web Of Knowledge

Les bases de données de L’ISI Web Of Knowledge

Web Of Knowledge: question horse AND laminitis AND corticosteroids

Web Of Knowledge:les bases de données

Web Of Knowledge horse AND laminitis AND corticosteroids

Web Of Knowledgehorse AND 31076 (code postal ENVT)

Web Of Knowledgehorse AND 31076 (code postal ENVT)

Web Of Knowledgeque s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009

code postal:94700

Exclusion des articles de l’Afssa qui partage le même code postal

Web Of Knowledgeque s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009?et dans quels champs disciplinaires?

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009Quels nombre de citations?

Quels nombre d’autocitations? Quel H index?

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009Les publications les plus citées

Science Direct

Comment se procurer un article original

• Quelques revues disponibles gratuitement sur Internet; Souvent 6-12 mois après parution

• Sites de journaux accessibles gratuitement – http://www.freemedicaljournals.com/

– http://www.gfmer.ch/Medical_journals/Free_medical.php

– http://www.medical-journals.com/

– http://highwire.stanford.edu/lists/freeart.dtl

• Ecrire à l’auteur et demander un tiré à part (adresse internet donnée)

• Acheter l’article (INIST)

Inist

Biomedexperts

Network pour PL Toutain

Network pour PL Toutain

Network pour Horse

Find an expert

Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide

key words: chemical & drugs

Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide

Trouver un expert pour la triamcinolone & triamcinolone acetonide

Biomedexpertpossibilité d’y tenir à jour son CV

Préparer une liste de références

• Doit comprendre :– toutes les sources qui ont été utilisées– seulement les sources qui ont été utilisées, c’est-à-dire

appelées dans le texte

• Doit utiliser exclusivement des sources validées• Doit être vérifiée avec les publications complètes

(jamais à partir d’une autre liste de références, ni d’une base de données et/ou de résumés)

• Doit donner toutes les indications qui permettent de retrouver la source

• Doit être ordonnée selon les recommandations de la publication à laquelle elle est destinée

Préparer une liste de références• On ne saisit plus ses références (ce qui limite considérablement les

erreurs) : on les récupère dans les bases et on les formate au style voulu avec un logiciel type EndNote