Farmakoinformatika

kucera.xf.cz

zdenek.kucera@remedia.cz

Seminář 2

PharmDr. Zdeněk Kučera, Ph.D.

Osnova

• Bibliografické databáze – Medline, Embase

• Fulltextové databáze

• Micromedex

• Domácí úkol – studie FIELD

Co jsou bibliografické databáze?

Sekundární informační prameny:umožňují prohledávat databázi článků zařazených časopisů a nalézt v ní články obsahující hledanou informaci.

Databáze:jednotlivé články jsou rozepisovány do tzv. polí:TI – název článkuAU – autorDP – datum publikace, atd.

Medline– In 1971, MEDLINE featured 239 indexed journals. In 2006, that

number has grown to 4,928.

– In 1971, MEDLINE served 25 users. (As that same issue of the NLM NEWS reported, "By January 1972, it is planned that the network will be extended so that the computer can be reached by a local call in at least twenty major cities.") In 2006, MEDLINE/PubMed will average 77 million unique visits in 2006 and about 800 million searches.

– In 1971, MEDLINE was available via dial-up telecommunications. "Each user of the service will pay for his own terminal and telephone costs." In 2006, the site is available to anyone on earth via the World Wide Web. = ZDARMA

– In 1971, MEDLINE operated on an IBM 360/50 mainframe computer.

In 2006, MEDLINE/PubMed runs on 20 Dell PowerEdge 1850 Servers, 2 CPU 8Gb RAM, with the Linux operating system in 64-bit mode.

Medline vs. Pubmed

• U.S. National Library of Medicine (NLM)

• Medline je největší komponenta Pubmedu

• Pubmed má navíc: – „In press“ články – dosud nevyšly v tisku– Abstrakty před zařazením časopisu do

Medline, pokud dodává nakladatelství elektronicky

– Některé časopisy z PubMedCentral

Charakteristika

• Uloženy abstrakty a citace!

• Ne plné texty článků!– Ale obsahuje odkazy do jiných databází na

plné články (jen u spolupracujících nakladatelství)

Charakteristika

Asi 86% citací tvoří anglicky publikované články.

Přibližně 76% citací obsahuje abstrakt.Ročně přibývá kolem 400 000 citací. V současné době cca 12 milionů

záznamů.K idexaci klíčových slov používá slovník

MeSH (Medical Subject Headings)

MeSH

• Medical Subject Headings

Je elektronický slovník odborných biomedicínských pojmů.

Používá se ke standardizaci klíčových slov. Princip standardizace spočívá v tom, že existuje-li pro pojmenování jedné problematiky více názvů - synonym, je vybráno jedno z nich jako zástupce pro celou skupinu a zařazeno mezi tzv. standardní deskriptory.

Fulltexty a MedlineV databázi Medline je přítomnost fulltextu možno zjistit různým

způsobem: Podle ikonky vlevo vedle dané citace při výpisu typu Summary,

touto cestou lze zjistit pouze fulltexty, které jsou přístupné zdarma.

citace s abstraktem a volným fulltextem v PubMed Central. (filtr databáze Medline, který zobrazuje články s volně dostupným fulltextem)

citace s abstraktem a volným fulltextem, který není zařazen v PubMed Central

Boolean operátory

AND- vyhledá citace, které obsahují oba hledané

výrazy současně

OR- vyhledá citace, které obsahují kterýkoli z

uvedených výrazů

NOT- vyloučí z výběru citace obsahující nechtěný výraz

Fráze, „zkracování“

• Fráze – „ ischemic heart disease“

• Zkracování:

• ischaem* = ischemia, ischemic,

Specificita vs. Senzitivita

• Specificita – méně nalezne, přesněji – MeSH

• Senzitivita – nalezne hodně, méně přesně – psaní výrazu do vyhledávacího řádku

Úkoly

• Eur J Pediatr. 2003 Sep;162(9):629-33. Epub 2003 Jul 19. - dohledejte název, abstrakt a vydavatele

• Existuje volně dostupný přehledný článek o ezetimibu?

• Pokuste se najít výsledky klinické studie FIELD. Víte, že jde o fenofibrát, že to je randomizovaná klinická studie a vyšla někdy v posledních 3 letech

• Je nějaký blízký termín pro stroke?• Jsou informace o účinnosti simvastatinu u cévní

mozkové příhody? (stroke?)

• Each record contains the full bibliographic citation, indexing terms and codes; 80% of all citations in EMBASE include author-written abstracts

• 80% of all citations in EMBASE include author-written abstracts.

• EMBASE contains over 11 million records from 1974 to present, with over 500,000 citations and abstracts added annually.

• Placená!!!

• The EMBASE journal collection is international with over 5,000 biomedical journals from 70 countries. EMBASE features comprehensive coverage of:

• Drug Research, Pharmacology, Pharmacy, Pharmacoeconomics, Pharmaceutics and Toxicology• Human Medicine (Clinical and Experimental)• Basic Biological Research• Health Policy and Management• Public, Occupational and Environmental Health• Substance Dependence and Abuse• Psychiatry• Forensic Science• Biomedical Engineering and Instrumentation

http://web5s.silverplatter.com/webspirs/start.ws?customer=pharmaceutical

Plné texty• http://www.faf.cuni.cz/services/infocenter/resources/ • bi.cuni.cz • www.nlk.cz • Atd...

• Zahrnující více vydavatelů– Proquest– EBSCO

• Od konkrétního vydavatele– Elsevier– Blackwell– Wiley– Springerbi.cuni.cz

Micromedex

• http://www.micromedex.com/products/hcs/

Faktografické informační zdroje

MICROMEDEX 4× ročně systém dtb od fy Micromedex:

Drugdex Poisindex Diseasedex

+ externí dtb: Martindale Index Nominum

USP DI