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ro,
20
09
Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas
R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas
Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU)
Colaboradores
GECI RIU E.Mihovilovich R.Simon W.Amoros V. Hualla M.Gastelo C.Aliaga G.Burgos L. RojasM. Orrillo S. Trebejo B. Ordoñez
Training A. Puccini M. Miky
Plataforma Información
- Avances 2008
- Sitio web
- Catalog web y CD
- Manejador de tareas
- Migracion a nuevo hardware y upgrade de software
- Revision de herramientas para manejo de datasets y analisis de datos (CIPPEX/CIPSTAT)
- Planes 2009
- Arquitectura de plataforma CIPPEX/CIPSTAT revisada
- Elementos
Página Web RedLatinpapa
FASE 1
- Se diagramó la web usando la Herramienta Wiki Confluence.
- Se clasificó la información según área de interes y se colocó en la web.
Ventajas
- No se necesita de un programador para aumentar o actualizar contenidoen la web.
FASE 2 Se construyó el catálogo de clonesusando PHP y MySQL (opensource) - Se recopiló información de SETs y de CIPPEX.
-Se programó el motor de búsquedaspara variables cuantitativas y cualitativas
Objetivo Primer año:
•Actualización de la información de Sets y Harvest Plust en CIPPEX: Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.
•La información de 101 Clones avanzados de GECI han sido migrados al Catálogo digital de la RED.
Base de Datos
http://research.cip.cgiar.org/redlatinpapa/pages/home.php
Productos Primer año: 101 clones avanzados en Catálogo digital
JIRA: herramienta para manejo de tareas
“Features”:
-Disenado para tareas cumplidas
-Posibilidades de monitoreo de avances
-Alertas
-Reportes
-Integracion con Sitio web
Entrenamiento en JIRA: herramienta para manejo de tareas
Hacemos click en “Create New Issue” para crear una nueva tarea
Pre breeding and Citogenic
Objetivo Segundo Año:
* Actualizar la información de Virus, Tizón Tardio y Pre mejoramiento en CIPPEX : Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.
•La información de 200 Clones avanzados de GECI estarían a dispocisión de los socios a través del Catálogo digital de la RED.
•Herramientas CIPPEX/CIPSTAT a disposicion de socios
Contribucion CIP
-Nuevo servidor
-Ultimas versiones de software
-Finalizar: Marzo 2009
Beneficios:
-Mas rapido
-Nuevas posibilidades: p.e.
-Edicion de paginas web del sitio de Red desde Word
Migracion a nuevo hardware y software
Principio: facilitar generacion de nueva informacion (sinergia)!
Criterios:
-Balance entre centralizacion y manejo local
-Compartir datos y protocolos (de ensayos y analisis)
-… pero no depender ‘demasiado’ de connexion a la internet
-Objetivos:
-Herramientas para cada un socio
-Herramientas para la red de socios
-Transparencia para datos y analisis
Revision de herramientas CIPPEX/CIPSTAT
Planes 2009: vision de arquitectura
“Kits” para uso local
Herramientas compartidos
Manejo de datos
Control de calidad de
datos
Analisis
Catalogos
Repositorio de datasets
Integracion de datos
Reportes estandarizados de datos
Capacitacion:Buenas practicas compartidas
Planes 2009: implementacion de arquitectura
“Kits” para uso local
Herramientas compartidos
Manejo de datos
Control de calidad de
datos
Analisis
Catalogos
Repositorio de datasets
Integracion de datos
Reportes estandarizados de datos
Capacitacion:Buenas practicas compartidas
Formspe.e ICG
Uso demetadatos
yotros
Programasestadist.
Kit de 2008
CIPPEX 2.0:un dataset = publicacion
Data marts: p.e. biomart
R y ‘reportes reproducibles’(con ‘Sweave’)
DocumentacionEventos de capacitacion
Planes 2009: Repositorio CIPPEX 2.0
Ejemplo: pagina web en el mismo ‘Confluence’
Features:
-Atribucion de origen
-Facilitar citacion formal
-Historial de cambios
-Alertas de ‘updates’
-Control de acceso
-Facilitar integridad de datos
-Control de calidad
Planes 2009: Integracion de datasets optimizado para consultas
biomart (e otros…)
Demo: video
Planes 2009: Reportes reproducibles
Demo: video