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FOCUSスパコンでGaussian09を利用するためのTencube/WM(Winmostar)講習会

（株）テンキューブ研究所　千田範夫

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分子計算ソルバー

解析結果・分子構造・電子状態・諸物性

初期座標作成

GUIGUIGUIGUI

Winmostarは計算化学のGUI

MOPAC6、MOPAC7CNDO/S UV-VIS計算

内臓

Gaussian、GAMESS、のインターフェイス

分子モデリング

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Winmostar

計算ソルバー

初期構造の作成

分子軌道法計算

AM1 EF PRECISE GNORM=0.05 NOINTER GRAPHF

WinmostarO 0 0 0 0 0 0 0 0 0H 1.1 1 0 0 0 0 1 0 0H 0.96 1 101.7031 1 0 0 1 2 0

AM1 EF PRECISE GNORM=0.05 NOINTER GRAPHF

Winmostar

ATOM CHEMICAL BOND LENGTH BOND ANGLE TWIST ANGLENUMBER SYMBOL (ANGSTROMS) (DEGREES) (DEGREES)(I) NA:I NB:NA:I NC:NB:NA:I NA NB NC

1 O 2 H 1.10000 * 13 H .96000 * 101.70310 * 1 2

CARTESIAN COORDINATES

NO. ATOM X Y Z

1 O .0000 .0000 .00002 H 1.1000 .0000 .00003 H -.1947 .9400 .0000

H: (AM1): M.J.S. DEWAR ET AL, J. AM. CHEM. SOC. 107 3902-3909 (1985) O: (AM1): M.J.S. DEWAR ET AL, J. AM. CHEM. SOC. 107 3902-3909 (1985)

Winmostar 計算結果の表示

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１．軽い２．簡単（分子モデリング）３．Gaussian、GAMESS,MOPAC対応４．ソルバーの起動（PC、Linux機）

５．対応が早い（質問、不具合、新機能の要望）

Winmostarの特長

5

アカデミックフリー

商用版　（一般：99,750円、教育機関：49,350）

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Winmostarの将来？

クロスアビリティ社と共同開発開発環境をDelphi7からXE2マルチプラットフォーム64bit版新機能

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fluorene

caffeine

isooctane

uric acid

8

　１．部分、、、　２．最近使ったファイル　３．ドラッグ＆ドロップ　４．環構築　５．部品登録、２分子結合、２画面　

以外に知られていない機能

　６．３Ｄ、Preferrences　７．編集／変更／距離、角度、二面角　８．直接編集　９．プレゼン用（Mark,色変更、表示選択）１０．Job Manager１１．gifアニメーション

１２．編集／変更／距離、角度、二面角

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MOPAC6 Gaussian(03,09)

GAMESS(2010)

UV/VIS

IR

NMR

CNDO/Sで計算 TDDFT等 TDDFT等

Winmostar

主要なスペクトル計算

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SSH

LinuxクラスターFOCUSTSUBAME京？　ShareTask,LSF,PBS,SGE,NQS等

　Gaussian、GAMESS

計算ジョブ投入

計算結果

Tencube/WMからLinux機へのジョブ投入

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Winmostar

ジョブ投入機能

Winmostar

Winscpでデータ転送

Winscpで結果ファイル受信

Putty(Teraterm)でジョブ投入vi script.shbsub < script.sh

FOCUS外からはSSL-VPN接続

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良くある計算手順

(1) Winmostarでモデリング(2) 構造最適化(3) 最適化構造での赤外、UV-VIS、NMR計算(4) Winmostarで可視化

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-q s128n1debug -n 12 -R "span[ptile=12]"

ID,Password

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(-1)Adminモードで通信設定 [ON] 0204 [OK](0) [sftp]で通信テスト(1) [bjobs]> bjobsNo unfinished job found

(2) [sendsub]> send a-metst.gjf> bsub g09 a-metst.gjf> cat g09/a-metst/winmos.xJob <43310> is submitted to queue <s128t24h>.[bjobs]> bjobsJOBID USER STAT QUEUE FROM_HOST EXEC_HOST JOB_NAME SUBMIT_TIME43310 uled000 RUN s128t24h f002.p 12*j160.p *0.a-metst May 19 17:39[ls]> ls -lt g09/a-metst/*-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 415917 May 19 17:39 g09/a-metst/a-metst.log-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 210 May 19 17:39 g09/a-metst/script.sh-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 46 May 19 17:39 g09/a-metst/winmos.x-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 720 May 19 17:39 g09/a-metst/a-metst.gjf[bjobs]> bjobsNo unfinished job found[ls]> ls -lt g09/a-metst/*-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 905536 May 19 17:40 g09/a-metst/a-metst.log-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 0 May 19 17:40 g09/a-metst/winmos.e-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 1167 May 19 17:40 g09/a-metst/winmos.o-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 210 May 19 17:39 g09/a-metst/script.sh-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 46 May 19 17:39 g09/a-metst/winmos.x-rw-r--r-- 1 uled0001 gled 720 May 19 17:39 g09/a-metst/a-metst.gjf

(3) [get]>get a-metst

(4) Animation[import](5) MO,UV,Charge,Dipole,NMR[import]

[bjobs]ジョブの実行状況[sendsub]ジョブの投入[ls]ファイルのリスト[get]Linuxｻｰﾊﾞ→PC[import]各種可視化

セキュリティの為に、最初に１回だけ出る確認y [Enter]

実行はファイル名から拡張子を除いたディレクトリで

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構造最適化<a-metst.gjf>

%nproc=12!%chk=temp# hf/3-21g opt pop=full gfprint

Winmostar

0 1 C 0.238980 -0.037779 0.013890 C 1.732780 -0.037779 0.013889 C -0.458584 1.170344 0.013890 C -0.458509 -1.245946 0.013875 C -1.853555 -1.246037 0.013271…

振動解析<a-metst_freq.gjf>

%nproc=12# hf/3-21g pop=full gfprint freq

Winmostar

0 1 C 0.23355138302 -0.01564553380 0.04713943601 C 1.72762656212 -0.00447949022 0.07192652673 C -0.49575650692 1.13620615005 0.32217332721…

NMR<a-metst_nmr.gjf>

%nproc=12# hf/3-21g nmr=giao pop=full gfprint

Winmostar

0 1 C 0.23792399466 -0.02195099927 0.02845700085 C 1.73199999332 -0.01078400016 0.05324399844 C -0.49138298631 1.12990105152 0.30349099636…

これらの計算がhf/3-21gで充分ということではありません。

TDDFT<ethylene_tddft.gjf>%nproc=12# b3lyp/6-31g* pop=full gfprint td=(nstates=10)

Winmostar

0 1 C -0.559899 -0.000010 0.359668 H -0.543761 0.000019 1.447020 C 0.559899 0.000009 -0.359668 H -1.542099 -0.000044 -0.107108 H 1.542099 0.000054 0.107109 H 0.543761 -0.000009 -1.447020

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(4) Animation[import] (5) MO,UV,Charge,Dipole,NMR[import]