Upload
arabela-eddery
View
54
Download
6
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Gene Expression. נופר יורן אביטל קליין מנחה: פרופ' ניר פרידמן. האתגר הראשי:. להבין את רמת הביטוי של גנים שונים במצבים וזמנים שונים. כיצד נבחר את הכלי המחקרי. מה אנחנו מחפשים? כמה צריך? איך נזהה mRNA ? אז מה עושים?. Microarray - המרכיבים:. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Gene Expression
נופר יורן
אביטל קליין
מנחה: פרופ' ניר פרידמן
האתגר הראשי:
להבין את רמת הביטוי
של גנים שונים במצבים וזמנים שונים.
כיצד נבחר את הכלי המחקרי
מה אנחנו מחפשים?
כמה צריך?
?mRNAאיך נזהה
אז מה עושים?
Microarray:המרכיבים -
– DNAמערך מסיליקון או זכוכית המכיל קטעי •oligonucleotides.
– פרופיל מייצג של גנים המבוטאים RNAמאגר •בתאים מדגימות שונות.
(.cy3 cy5סמנים פלורסנטיים )•
microarray
תת אתגר
הוא קבלת microarrayהאתגר העולה משימוש בכמות גדולה מאוד של מידע, המקשה על
היכולת שלנו להסיק מסקנות.
לייצוג בעזרת דנדוגרמה microarrayמ
לייצוג בעזרת דנדוגרמה: microarrayמ
o o o o o
מצב ייחוס o o o
o o
Upregulated downregulated
- clusteringהרעיון המרכזי
זיהוי תבניות ביטוי ויצירת קבוצות
גנים על פי רמות הביטוי.
למה?גנים המסווגים לאותה קבוצה ככל הנראה •
חולקים:תפקידים
מוטיבים בפרומוטור ופקטורי שעתוק
משותפים."כל אחד הוא אור קטן וכולנו אור איתן"•
אחרילפני
מרחב הביטוי
וקטור ביטוי
(x,y,z), 3למשל- במימד
ניתן להציג גרפית.
(log2) 1ניסוי
(log2) 2ניסוי
(log2) 3ניסוי
clustering
היררכי
Divisive )חלוקה(
supervised
היררכי לא
unsupervised
agglomerative)צבירה(
התוצאה- קבוצות מקוננות )מזכיר מיון פילוגנטי(.
unsupervisedשיטת צבירה,
איך מחליטים אם קבוצות דומות?Average linkage
Complete linkageSingle linkage
היררכי
average linkage complete linkage single linkage
"כל עוד הנר דולק אפשר לתקן"•מידע מוקדם על מספר הצברים הסופי.•.unsupervisedזו שיטה לא היררכית, ••K.קבוצות דומות מבפנים אך שונות מבחוץ
K-means clustering
AVG
AVG AVG
מסקנות:
דרוש ידע ביולוגי קודם לקבלת החלטות •)לעבודה!(
אין דרך אחת נכונה.•
שיטות שונות מתאימות למטרות שונות.•
שילוב שיטות עשוי להועיל.•
ניתן לקבל מבטmicroarrayמשימוש ב
על ביטוי גנים :
בזמנים שונים1.
. במצבים שונים2
תבניות ביטוי גנים בתגובה לשינוי סביבה
בתאי שמרתאור התופעה:•
Saccharomyces cerevisiaeשמרים מסוג
השורדים במגוון שינויים סביבתיים.
מטרת הניסוי: •
לבדוק מה הם השינויים ברמת ביטוי הגניםבתגובה לשינויים סביבתיים
ולהבין מה המכניזם המאפשר את ההסתגלות לשינוי ומההן ההשפעות הפיזיולוגיות של
השינוי.
?microarrayלמה
השוואת מצבים.•
רשת שלמה של בקרים )כולל סיגנלים •שמבקרים אותם והמטרות אותן הם מבקרים(.
תמונה רחבה יותר של התהליך•
מהלך הניסוי
שמרים שגודלו בתנאים סטנדרטיים•חשיפה לשינויים סביבתיים שונים.•חשיפה לעוצמות שונות של השינויים.•מעקב בזמנים שונים.• מערכים.142שימוש ב-• גנים מוכרים .6200המערכים מכילים כ•מחסור ומציאת תבניות.clusteringביצוע •
בחומצות אמינו
מזון
חומציו'טמפת
תנאים סטנדרטים
איזה קבוצה עוברת רגולציה ביחד
תפקיד באותו תהליך
מה רצף התהליכים שקרו
המצב הפיזיולוגי של התא
מה אפשר ללמוד
מהכתמים?
ESR
ESR תוכנית ביטוי משותפת – בתגובה למגוון שינויים
סביבתיים . ESR ~900
Repressed ~600 Induced ~300
תהליכים הקשורים
לגדילה
מקודדים לחלבונים ריבוזומלים
Induced ESR
מטבוליזם של פחמימות
חמצון חיזור
קיפול חלבונים
דגרדציית חלבונים
תיקון נזקי דנ"א
סיגנאלים תוך תאיים
: התא הסבר אפשרי
מכין מאגר תעתיקים
.זמין משני התפקידים
פרדוקס – א. איזוזימים מבוטאים
בצורה שונה
: הבדלים הסבר אפשרי
דקים בין האיזוזימים )ספציפיות הסובסטראט,
מיקום בתא(
ב. גנים מנוגדים הוגברו יחד.
)דוגמה: סינתזת ופירוק פחמימות
. תשמורת(
מה עוצמת הביטוי?
כמה זמן הביטוי נמשך?
25 ⁰ 37 ⁰
29 ⁰ 33⁰
מסקנות:לא כתגובה לכל •
שינוי סביבתי נצפיםESRמאפייני •ביצירת מצב עקה ולא
בהפחתתו
25 ⁰ 37 ⁰
37 ⁰25 ⁰
ESRהבקרה על
האם זו מערכת רגולטורית אחת לכל
המטרות או הרבה מערכות?
:מסקנה
בקרה מערכות
ספציפיות
לכל מצב ולכל גן
ESRמסקנות
ESR למגוון עקות - מכונהתגובה כללית•.גנים מוגברים וגנים מושתקים
.מהירה וחולפתהיא ESR הדלקת ה• בין עצמת שינוי התנאים לבין עצמת התאמה•
.ומשך התגובה. מערכות שונות המתאימות בקרה לא אחידה•
.למצבים השונים
בקרת ביטוי גנים במחזור התא בתאי שמר Hcm1בדגש על
מטרת הניסוי: •
הבנת הבקרה ברמת
השעתוק של גנים
במחזור התא.
למה נרצה לבדוק את רמות השעתוק?
רמות שעתוק מחזוריות בשלב מסוים עשויות •להצביע על פעילות מחזורית של תוצרי
השעתוק בשלב מאוחר יותרהבנת התהליכים הספציפיים במחזור התא •
וזיהוי פקטורי שעתוק החשובים לבקרתו.
1שלב
microarrayשימוש בנתונים מ•
בשלבים שונים בשילוב עם נתונים
שנאספו בעבר.
זיהוי מאות תעתיקים המופיעים•
באופן מחזורי במחזור התא.
.חישוב זמן שיא ממוצע לכל גן•
התעתיקים המחזוריים ביותר1000
2שלב חיפוש אחר•
רצף שמורבפרומוטורים של הגנים
.Sהמשועתקים בשלב
•TAAACAAגנים40 – ב .1000מתוך ה
עריכת חיפוש ביתר הגנום.
Hcm1גילוי •.Sהמאקטב את שלב
האם הרצף השמור הכרחי לבקרת ?Sהשיעתוק בשלב
LacZWHI5
3שלב
Hcm1 (TF) של targetsחקירת ה•
Hcm1מחזוריים כתלות בנוכחות •
מעורב בתהליכים שונים S בשלב
4שלב
Hcm1חקירת פקטור השיעתוק •
Mמתפקד גם בשלב •
?Hcm1מה יתרחש בהעדר
מסקנות
•TF.ספציפי למחזור התא
.S ותחילת G1מבוטא בסוף •הגנים המאוקטבים על ידיו מראים ביטוי שיא •
.Sבסוף חיוני גם לשלבים נוספים.•
אז מה ראינו?
.microarrayהכרנו את הכי המחקרי •ראינו שיטות לעיבוד וניתוח המידע המתקבל.•ראינו שני ניסויים המבוססים על תוצאות שהתקבלו משימוש •
להשוואת מצבים ושלבים שונים.microarrayב
לסיכום:
מאפשרת הסקת ידע מעשי מנתונים בסדר גודל גנומי רחב.microarrayאנליזת רמות ביטוי על ידי
לא מדובר במדע מדוייק – לכן חשוב לבצע החלטות זהירות.
המאמרים:
1 .Quackenbush J (2001) Computational analysis of microarray data. Nature Reviews Genetics 2:418-27.
2 .Gasch AP et al. (2000) Genomic expression programs in the response of yeast cells to environmental changes. Mol Biol Cell. 11(12):4241-4257.
3 .Parmila T et al. (2006) The Forkhead transcription factor Hcm1 regulates chromosome segregation genes and fills the S-phase gap in the transcriptional circuitry of the cell cycle. Gene & Development
20:2266-78 .