SKRIPSI

GENETIKA POPULASI Collocalia fuciphaga DI RIAU

MENGGUNAKAN MIKROSATELIT

Disusun oleh:

Hendra

NPM : 090801121

UNIVERSITAS ATMA JAYA YOGYAKARTA

FAKULTAS TEKNOBIOLOGI,

PROGRAM STUDI BIOLOGI

YOGYAKARTA

2014

ii

GENETIKA POPULASI Collocalia fuciphaga DI RIAU

MENGGUNAKAN MIKROSATELIT

SKRIPSI

Diajukan kepada Program Studi Biologi

Fakultas Teknobiologi, Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Guna memenuhi sebagian syarat untuk memperoleh Derajat Strata-1 (S1)

Disusun oleh:

Hendra

NPM : 090801121

UNIVERSITAS ATMA JAYA YOGYAKARTA

FAKULTAS TEKNOBIOLOGI,

PROGRAM STUDI BIOLOGI

YOGYAKARTA

2014

v

PERSEMBAHANKU

Halaman ini khusus penulis persembahkan bagi:

Takut akan Tuhan adalah permulaan pengetahuan, tetapi orang bodoh menghinahikmat dan didikan-Nya (Amsal 1: 7)

Behind every great man lies a women who supported him every step of the way

(Martin Luther King Jr.)

vi

KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas berkat, anugerah dan

penyertaan-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan Naskah Skripsi yang berjudul

“Genetika Populasi Collocalia fuchiphaga di Riau Menggunakan Mikrosatelit”. Naskah

Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat kelulusan dalam mendapatkan gelar

Sarjana dalam bidang sains (S.Si).

Adapun naskah Skripsi ini dapat diselesaikan dengan bantuan dari berbagai

pihak sehingga pada kesempatan ini penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada :

1. Drs. B. Boy Rahardjo S., M.Sc., selaku dekan Fakultas Teknobiologi Atma Jaya

Yogyakarta yang telah memberikan izin kepada penulis untuk melakukan skripsi

dengan topik yang dikehendaki penulis dan selaku dosen penguji skripsi yang telah

banyak memberikan koreksian dan kritik dalam penyusunan skripsi ini sehingga

naskah yang dibuat semakin berbobot dan berimbang.

2. Ir. Ign. Pramana Yuda, M.Sc., Ph.D, selaku dosen pembimbing utama skripsi yang

dengan sabar telah banyak membantu dan mengarahkan penulis dalam penyusunan

Naskah Skripsi ditengah kesibukannya.

3. Dr. Felicia Zahida, M.Sc., selaku dosen pembimbing kedua skripsi yang telah

memberi masukan, ilmu, dan saran dalam penyempurnaan Naskah Skripsi.

4. Segenap Komisi Skripsi yang telah menyetujui judul yang diajukan oleh penulis.

5. Staf dan pegawai Tata Usaha Fakultas Teknobiologi Atma Jaya Yogyakarta yang

telah membantu dalam pengurusan surat / berkas dan pelaksanaan Skripsi.

vii

6. Kedua orang tua serta segenap saudara yang senantiasa memberi semangat dan

dukungan baik secara materiil maupun non materiil.

7. Sahabat wanita penulis, Victoria Nindya Kirana yang selalu mendukung disaat susah

dan menjadi penghibur dikala bosan.

8. Para sahabat penulis, Deka Saputra Saragih, Adrian Sandjaya, Erlin Wulansari

Darmawan, dan Albertus Osmond yang senantiasa menyemangati penulis dalam

menyelesaikan skripsi.

Akhir kata, semoga naskah skripsi ini dapat berguna bagi masyarakat luas dan dapat

dijadikan kajian lebih lanjut bagi ilmu pengetahuan.

Yogyakarta, 2014

Penulis

viii

DAFTAR ISIHalaman

HALAMAN JUDUL ………………………………………………............LEMBAR PENGESAHAN ……………………………………………….PERNYATAAN BEBAS PLAGIARISME ……………………………....PERSEMBAHANKU ……………………………………………………..KATA PENGANTAR ……………………………………………………..DAFTAR ISI ……………………………………………………………….DAFTAR TABEL …………………………………………………………DAFTAR GAMBAR ………………………………………………………DAFTAR LAMPIRAN ……………………………………………………INTISARI ………………………………………………………………….

I. PENDAHULUANA. Latar Belakang ……………………………………………………...B. Keaslian Penelitian ………………………………………………….C. Rumusan Masalah …………………………………………………..D. Tujuan Penelitian …………………………………………………...E. Manfaat Penelitian ………………………………………………….F. Hipotesis ……………………………………………………………

II. TINJAUAN PUSTAKAA. Burung Walet …………………………………..…………………...B. Pengertian dan Fungsi Mikrosatelit sebagai Marka Mikrosatelit .….C. Pengertian, Prinsip Kerja, dan Aplikasi PCR …..…………………..D. Pengertian Genetika Populasi .……………………………………...

III. METODE PENELITIANA. Waktu dan Tempat Penelitian ………………………………………B. Alat dan Bahan ……………………………………………………...C. Tahapan Penelitian dan Cara Kerja …………………………………

1. Pengambilan Sampel Burung .…………………………………...2. Pengambilan Sampel Darah Burung …..………………………...3. Ekstraksi DNA ………………….……………………………….4. Master Mix PCR ……..………………………………………….5. Amplifikasi DNA .……………………………………………….6. Elektroforesis ……………..……………………………………..7. Analisis Hasil ………...………………………………………….

iiiiivv

viviii

ixx

xixii

146777

89

1213

17171717192021222224

ix

IV. HASIL DAN PEMBAHASANA. Hasil Ektraksi DNA Darah Walet ...………………………………...B. Amplikon DNA Mikrosatelit Walet dengan Aef 27, Aef 104, dan

Aef 133 ……………………………….……………………………..C. Analisis Statistik Menggunakan Software Arlequin dan FSTAT ..…

1. Keragaman Genetik …………………………………………….2. Keragaman Alel dan Kemelimpahan Alel ……………………..3. Proporsi Polimorfik …………………………………………….4. F – Statistik dan AMOVA ……………………………………..5. Heterozigositas yang diharapkan (He) dan diamati (Ho) ……….

V. SIMPULAN DAN SARANA. Simpulan ……………………………………………………………B. Saran ………………………………………………………………..

DAFTAR PUSTAKA ……………………………………………………...LAMPIRAN ………………………………………………………………..

27

28323636373941

4242

4448

x

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel 1.

Tabel 2.

Tabel 3.

Tabel 4.

Tabel 5.

Tabel 6.

Tabel 7.

Tabel 8.

Tabel 9.

Tabel 10.

Penyebaran geografis ras-ras walet Collocalia fuchiphaga diIndonesia …………………………………………………………

Komponen reaksi Master Mix menggunakan Type-it MultiplexPCR Master Mix ………………………………………………...

Sekuens Primer Mikrosatelit ……………..………………………

Siklus PCR Type-it Multiplex PCR Master Mix ………………….

Spesifikasi Ultrapure Agarose Gel (Invitrogen) denganKonsentrasi 1,5% …………………………………………………

Nilai Kesetimbangan Hardy-Weinberg pada Populasi Collocaliafuciphaga di Airmolek …………………………….……………..

Nilai Kesetimbangan Herdy-Weinberg pada populasi Collocaliafuciphaga di Belilas ………………………………………………

Nilai Kesetimbangan Herdy–Weinberg pada populasi Collocaliafuciphaga di Thailand……………………………..………………

Karakterisasi tiga lokus mikrosatelit pada Collocalia fuciphaga

Hasil AMOVA Berdasarkan Nilai Rerata pada Lokus Aef 27, Aef104 dan Aef 133 …………………….……………………………

9

21

22

22

23

32

33

34

35

35

xi

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 1.

Gambar 2.

Gambar 3.

Gambar 4.

Gambar 5.

Gambar 6.

Gambar 7.

Gambar 8.

Gambar 9.

Peta kota Airmolek dan Belilas tempat pengambilan sampeldarah burung walet ……………………………………………….

Persiapan pengambilan sampel darah burung walet ….……….....

Hasil uji kualitatif DNA burung walet Tabel ………………….....

Hasil amplifikasi menggunakan primer Aef 27 pada populasiAirmolek ………………………………………………………....

Hasil amplifikasi menggunakan primer Aef 27 pada populasiBelilas …………………………………………………………....

Hasil amplifikasi menggunakan primer Aef 104 pada populasiAirmolek …………………………………………………………

Hasil amplifikasi menggunakan primer Aef 104 pada populasiBelilas ……………………………………………………………

Hasil amplifikasi menggunakan primer Aef 133 pada populasiAirmolek …………………………………………………………

Hasil amplifikasi menggunakan primer Aef 133 pada populasiBelilas ……………………………………………………………

18

20

27

29

29

30

30

31

31

xii

INTISARI

Burung walet sarang putih (Collocalia fuchiphaga) dengan mudah dijumpaihampir diseluruh pelosok Indonesia. Beberapa penelitian mendapatkan penurunanjumlah populasi burung walet sarang putih di habitat alaminya, tetapi jumlah totalspesies burung walet sarang putih sebenarnya meningkat, akibat kolonisasi padarumah buatan manusia (rumah walet). Rumah walet semakin berkembang seiringdengan perkembangan pengetahuan dan teknologi, menyebabkan jumlah populasiburung walet sarang putih semakin besar karena terhindar dari predator alaminya.Aowphool (2008) berpendapat migrasi burung walet sarang putih dari gua ke rumahwalet dalam jangka waktu yang panjang serta peningkatan jumlah populasi secaracepat akan mempengaruhi variasi genetik dan memiliki konsekuensi konservatifdari usaha budidaya walet. Penelitian ini akan mengungkap nilai keragaman genetik(H) dan struktur populasi burung walet sarang putih di Kota Airmolek dan Belilas,Riau dengan pendekatan molekuler menggunakan marka mikrosatelit. Hasilnyaakan dianalisis menggunakan AMOVA (Analysis of Molecular Variance) dengansoftware Arlequin dan FSTAT. Hasil penelitian ini menunjukkan keragaman genetikyang tinggi pada populasi burung walet sarang putih di Airmolek (H = 0,855), diBelilas (H = 0,875) dan di Riau (H = 0,855 ). Hasil perhitungan Amovamenunjukkan variasi genetik diantara populasi burung walet sarang putih diAirmolek dengan di Belilas sangat kecil, yaitu 2,772 %. Variasi antar individudalam suatu populasi cukup tinggi, yaitu 22,268 %. Variasi dalam setiapindividunya dapat dikatakan tinggi, yaitu 74,960 %. Berdasarkan nilai Fst = 2,8%,populasi burung walet sarang putih di Airmolek dan Belilas masih dalam satupopulasi dan belum terjadi isolasi antara dua populasi tersebut.