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grant: 01IG09006
AP2 – PortalDeliverables und Meilensteine
Sandra GesingEberhard-Karls-Universität Tübingen
Meilensteintreffen in Köln02.05.2011
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Ziel von AP2
• Zentraler Zugang für Benutzer von molekularen Simulationen und Docking Tools
• Zugriff auf Standard-Workflows• Möglichkeit zur Erstellung, Änderung, Aktivierung
und Monitoring von Workflows• Zugriff auf chemische Datenrepositorien• Nutzung von D-Grid Ressourcen
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Teilaufgabe 2.1
• Portaldesign und Userinterface• Partner
- Dresden (3 Monate) - Köln (6 Monate) - Paderborn (2 Monate)- Dortmund (1 Monat)- Tübingen (13 Monate)- BTS (1 Monat)
• Zeitraum: Januar 2010 – August 2012
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Teilaufgabe 2.1
• Deliverable 2.1-1: Bericht über die Analyse der benötigten Userinterfaces und Auswahl der Portaltechnologie (April 2010 – 2 Monate später als geplant)
• Meilenstein 2.1-1: Portalzugang mit integrierter Workflow-Infrastruktur (Dezember 2010)
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Layout und Userinterfaces
• Landing-page • Wiki• Chat-Portlet• Zertifikatsportlet• MD-Portlet• QC-Portlet• Datenrepository-Portlet
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Zertifikatsportlet
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Teilaufgabe 2.2
• Anforderungsanalyse und Auswahl geeigneter Portaltechnologie
• Partner - Dresden (3 Monate) - Köln (2 Monate) - Tübingen (3 Monate)
• Zeitraum: September 2009 – Februar 2010• Deliverable 2.1-1: Bericht über die Analyse der
benötigten Userinterfaces und Auswahl der Portaltechnologie (April 2010)
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Evaluierung
• Portal Frameworks- Liferay- Pluto und Jetspeed- GateIn (JBoss + Exo)
• Workflow-enabled Grid Portals- EnginFrame - WebSphere- P-Grade / WS-PGRADE
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Fokus
• Benutzbarkeit• Effizienz• Workflows• Sicherheit• Monitoring
Evaluierungskriterien
Benutzerseite Administratorseite
• JSR 168/286• UNICORE 6• Zeit und Aufwand für
Installation/Implementierung• Support• Sicherheit• Monitoring
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Evaluierungsergebnis
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WS-PGRADE• Workflows• Workflow-Editor• Grid• Monitoring• 20 Personenjahre Entwicklung• 30 Entwickler in der Community• Installation aufwändig• Umstellung auf Liferay
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Teilaufgabe 2.3
• Workflow-Integration und Workflow-Editor• Partner
- Dresden (2 Monate) - Köln (2 Monate) - Paderborn (6 Monate)- Dortmund (2 Monate)- Tübingen (5 Monate)- BTS (1 Monat)
• Zeitraum: Januar 2010 – August 2012
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Teilaufgabe 2.3
• Deliverable 2.3-1: Prototyp des Portals mit integrierter Workflow-Infrastruktur (Dezember 2010)
• Meilenstein 2.1-1: Portalzugang mit integrierter Workflow-Infrastruktur (Dezember 2010)
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gUSE Infrastruktur
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User interfaceWS-PGRADE
Grid resources middleware layer
UNICORE 6
Applicationrepository
Information system
LoggingSubmitters
Workflow storage
Workflowengine
High-level middleware service layer
gUSE
grid User Support Environment
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gUSE submitter für UNICORE
AP2-Portal
JOB n
Workflowengine
JOB1
JOB2JOB3 JOB4
UNICORE submitter(UCC lib)
UNICORE Atomic
Services
Uspace
gUSE UNICORE 6 Resources
4 -- Upload data
1 -- Security2 -- Registry3 -- Submit job5 -- Start job
actionJobSubmit
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ASM (Application-Specific Module)
• Bibliothek zum Verwalten von WS-PGRADE Workflows - Ausgabe der Benutzer und Workflows des lokalen
Repositoriums- Importieren von Workflows in den Userspace- Upload/Download der Ein- und Ausgabedateien- Setzen der Parameter einer Anwendung im Workflow- Abschicken von Workflows- Monitoren von Workflows- Löschen von Workflows
• Einbindbar in Portlets und Java Tools Verwendung der gUSE-SubmitterAP2 - PortalAP2 - Portal
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Konzipieren von Workflows
• Moleculardynamik - Gromacs-Workflows
• Quantenchemie- Gaussian-Workflows
• Docking- CADDSuite (Computer-aided Drug Design) und FlexX- Galaxy im Einsatz für lokale Ressourcen in Tübingen- Automatische Portierung von Galaxy-Workflows nach
WS-PGRADE
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Docking Vorbereitungsworkflow
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Teilaufgabe 2.4
• Sicherheitsschicht• Partner
- Berlin (1 Monat)- Dresden (6 Monate) - Köln (1 Monate) - Tübingen (1 Monat)
• Zeitraum: Mai 2011 – Juni 2012
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Teilaufgabe 2.4
• Entscheidung für SAML (Security Assertion Markup Language) vorgezogen
• Vorteile von SAML gegenüber Proxy-Zertifikaten- Zertifikat verbleibt auf dem Computer des Benutzers- Kein weiterer Server zur Zertifizierung notwendig- Maximale Anzahl von involvierten Servern im
Authentifizierungsprozess- Flexible Gültigkeitsdauer der Assertion-Datei
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Teilaufgabe 2.4
• Konfiguration des Organisations- und Community-Managements in Liferay- MoSGrid novice user- MoSGrid advanced user- MoSGrid developers- Administrators
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Deliverables und Meilensteine
AP2 - PortalAP2 - Portal
Meilenstein/Deliverable
Beschreibung Fällig Stand
D2.1-1 Bericht über die Analyse der benötigten User-Interfaces und Auswahl der Portaltechnologie
Monat 6
D2.3-1 Prototyp des Portals mit integrierter Workflow-Infrastruktur
Monat 15
M2.1-1 Portalzugang mit integrierter Workflow-Infrastruktur
Monat 15
D2.1-2 Prototyp des Portals mit Zugriff auf Datenrepositorien und integriertem Workflow-Editor
Monat 28
M2.1-2 Integrationstest der Portal-Infrastruktur
Monat 33
D2.1-3 Deployment: Portal-Infrastruktur Monat 36
D2.1-4 Freischalten des öffentlichen MoSGrid-Portals
Monat 36
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Nächste geplante Schritte
• Integration von CADDSuite und FlexX• Integration der IDB (Incarnation Database) von
UNICORE für Auswahlboxen• Ergänzung von Standard-Workflows/weiteren
Tools• Erweiterte Sicherheitsfunktionen zur einfacheren
Bedienbarkeit• Anpassen des Layouts (durchgehender Task)
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Involvierte Projekte
SHIWA (SHaring Interoperable Workflows for Large Scale Scientific Simulations on Available DCIs)
• EU Projekt• Zeitraum: 01.07.2010 – 30.06.2012• Tübingen beteiligt über Galaxy-Workflow-Export
CompChem Virtual Organization• EGEE Projekt• Ressourcen nutzbar
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Zukünftige Projekte
SCI-BUS (SCIentific gateway Based User Support)• EU Projekt• Zeitraum: 01.10.2011 – 30.09.2014• Bereitstellung von europaweiten Rechner-
Ressourcen• Tübingen beteiligt über Erweiterung des MoSGrid
Portals mit interaktivem Molekül-Editor und semantische Suche
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Acknowledgements
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• Oliver Kohlbacher• Marc Röttig• Marcel Schumann
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• Georg Birkenheuer• Jens Krüger• Johannes Schuster
• Sebastian Breuers• Lars Packschies• Klaus-Dieter Warzecha• Martin Wewior
• Richard Grunzke
• Sonja Herres-Pawlis• Ines Dos Santos Vieira
• Patrick Schäfer
• Bernd Schuller• Valentina Huber
• Frank Cordes
• Ákos Balaskó• Miklos Kozlovszky • István Márton• Anna Szikszay Fabri
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