Upload
phamdung
View
230
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
1
i
HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR-AKTIVITAS SENYAWA
VINKADIFORMINA DAN TURUNANNYA SEBAGAI SENYAWA
ANTIMALARIA BERDASARKAN PARAMETER TEORETIS HASIL
PERHITUNGAN SEMIEMPIRIS PM3 (PARAMETERIZED MODEL 3)
SKRIPSI
Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.)
Program Studi Ilmu Farmasi
Oleh :
Nugraha Adi Hartantyo
NIM : 038114134
FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA 2007
1
ii
HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR-AKTIVITAS SENYAWA
VINKADIFORMINA DAN TURUNANNYA SEBAGAI SENYAWA
ANTIMALARIA BERDASARKAN PARAMETER TEORETIS HASIL
PERHITUNGAN SEMIEMPIRIS PM3 (PARAMETERIZED MODEL 3)
SKRIPSI
Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.)
Program Studi Ilmu Farmasi
Oleh :
Nugraha Adi Hartantyo
NIM : 038114134
FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA 2007
1
iii
HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR-AKTIVITAS SENYAWA
VINKADIFORMINA DAN TURUNANNYA SEBAGAI SENYAWA
ANTIMALARIA BERDASARKAN PARAMETER TEORETIS HASIL
PERHITUNGAN SEMIEMPIRIS PM3 (PARAMETERIZED MODEL 3)
Oleh:
Nugraha Adi Hartantyo
NIM : 038114134
Skripsi ini telah disetujui oleh Pembimbing I (Drs. Iqmal Tahir, M.Si.)
tanggal ...................................... Pembimbing II (Drs. Mulyono, Apt.)
tanggal ......................................
1
iv
1
v
Kupersembahkan karya ini untuk
Tuhan yang Mengasihiku,
Ibu-Bapakku, ungkapan rasa hormat dan baktiku
Kakakku dan Kekasihku
serta Almamaterku
Menjadi laki-laki adalah masalah kelahiran
Menjadi pria sejati adalah masalah pilihan
Segala sesuatu mungkin bagi orang yang percaya
Markus 9:23
PERSEMBAHAN
1
vi
PRAKATA
Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah Yang Maha Kuasa, karena
berkat rahmat dan kasih-Nya, penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul
“Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas Senyawa Vinkadiformina dan
Turunannya Sebagai Senyawa Antimalaria Berdasarkan Parameter Teoretis Hasil
Perhitungan Semiempiris PM3 (Parameterized Model 3)”. Skripsi ini merupakan
salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Farmasi (S.Farm) di Fakultas
Farmasi Universitas Sanata Dharma.
Penulis ingin mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada
pihak-pihak yang telah terlibat dalam penyusunan skripsi ini, antara lain :
1. Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma yang telah memberikan
pendidikan dan pengajaran kepada penulis.
2. Bapak Drs. Iqmal Tahir, M.Si. selaku pembimbing utama yang telah
memberikan bimbingan, kritik dan saran selama penyusunan skripsi ini.
3. Bapak Drs. Mulyono, Apt. selaku pembimbing pembantu yang berkenan
memberikan bimbingan, pengarahan, kritik dan saran, serta diskusi-diskusi
yang sangat memotivasi penulis.
4. Ibu Christine Patramurti, M.Si., Apt. selaku dosen penguji yang berkenan
meluangkan waktu untuk menguji, memberikan kritik dan saran demi
kesempurnaan skripsi ini.
5. Ibu Dra. Agnes Nora Iska Harnita, M.Si., Apt. selaku dosen penguji yang telah
meluangkan waktu untuk menguji, memberikan kritik dan saran yang
memotivasi penulis untuk menyempurnakan skripsi ini.
1
vii
6. Bapak Enade Perdana Istyastono, S.F., Apt. selaku dosen yang turut
membantu dan memberi masukan selama penelitian dan penyusunan skripsi.
7. Bapak Aman Soepardi dan Ibu Khatarina Sri Hardatyani tersayang, kedua
orang tua yang telah memberikan doa restu dan dukungan moral bagi penulis,
sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.
8. Mas Wied dan Pakde Bambang, kedua pakde beserta keluarganya yang telah
memberikan doa restu dan dukungan bagi penulis, sehingga penulis dapat
menyelesaikan skripsi ini.
9. Mba Mazi, Mas Ova, Mba Novi, dan Mba Ninin, kakak-kakak tercinta yang
memberikan dukungan moral dan finansial selama penyusunan skripsi.
10. Tyas Ayu Puspita yang selalu menemani, memberi dukungan dengan setia,
sabar, dan penuh kasih sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.
Terima kasih untuk semuanya.
11. Dominika Anny Yanuarti dan Ariyanto, teman-teman seperjuangan yang
bersama-sama mengalami jatuh bangun selama proses penyusunan skripsi.
Menjalani skripsi bersama kalian adalah pengalaman yang sangat berharga.
12. Teman-teman kelas C angkatan 2003 yang memberikan dorongan dan
semangat bagi penulis untuk menyelesaikan skripsi. Semoga kebersamaan dan
persahabatan kita tidak akan lekang oleh waktu.
13. Teman-teman UP2U dimanapun kalian berada, Albert, Gaband, Heri Boy,
Risma, Grace, Bobo, Dewi, Ari, Lolo, Lulu, Rio, Kurniawan, Urip, Nanick,
dan Titiek yang selalu memberikan semangat bagi penulis selama proses
penyusunan skripsi.
1
viii
14. Semua pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu. Terima kasih
atas bantuan dan dukungan yang telah diberikan, sehingga penulis dapat
menyelesaikan skripsi ini.
Dengan segala kerendahan hati, penulis menyadari bahwa skripsi ini
masih jauh dari sempurna, oleh karena itu penulis membuka diri terhadap kritik
dan saran yang bersifat membangun. Penulis berharap, semoga skripsi ini dapat
bermanfaat bagi perkembangan ilmu pengetahuan.
Penulis
1
ix
1
x
INTISARI
Malaria telah dikenal sebagai salah satu penyebab kematian di daerah beriklim tropis, salah satunya adalah di Indonesia. Pengobatan pada orang yang terkena malaria telah banyak dilakukan, umumnya menggunakan berbagai jenis obat sintetik seperti klorokuin atau meflokuin, fenantrolin-1,10, turunan primakuin atau artemisinin. Untuk menanggulangi terjadinya resistensi dari obat-obat tersebut, maka perlu dilakukan pengembangan dan desain senyawa antimalaria baru, salah satunya dengan metode analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui HKSA senyawa vinkadiformina dan turunannya yang telah diketahui memiliki aktivitas antimalaria yang dinyatakan dalam log 1/IC50. IC50 merupakan konsentrasi efektif untuk menghambat pertumbuhan parasit malaria sebanyak 50%.
Penelitian ini menggunakan rancangan eksperimental kuasi. Sebagai variabel bebas digunakan deskriptor elektronik, sterik, dan hidrofobisitas yang berjumlah 17. Sebagai variabel tergantung digunakan aktivitas antimalaria dalam bentuk log 1/IC50. Data parameter teoretis diperoleh dengan perhitungan semiempiris PM3 (Parameterized Model 3) menggunakan program komputer HyperChem Pro ver.6.0.
Data parameter teoretis (deskriptor) diolah secara statistik menggunakan analisis regresi multivariat metode backward dengan program SPSS 11.0 for Windows. Analisis statistik yang dilakukan menghasilkan 7 model persamaan HKSA. Model persamaan 5 merupakan HKSA terbaik yang diperoleh berdasarkan kriteria statistik, yaitu :
Log 1/IC50 = 10,5159(qC1) - 32,2812(qC4) + 16,50897(qC5) +
5,614975(qC7) + 55,00465(qC9) + 0,95489(log P) - 0,3535(∂) + 0,01024(M) - 0,0388(µ) - 0,37543(ΔE) + 15,62413
Model persamaan tersebut dapat digunakan untuk memprediksikan aktivitas antimalaria senyawa-senyawa baru turunan vinkadiformina. Kata kunci: HKSA, antimalaria, vinkadiformina, PM3
1
xi
ABSTRACT
Malaria has been known as one of the causes of death in the tropical area, such as in Indonesia. Medication for people who suffered from malaria has been done. Generally, it used some of synthetic drugs such as chloroquin or mefloquin, phenanthrolyn-1,10, derivates of primaquin or arthemisinin. To overcome the resistance from those drugs, it needs to develop and design the new antimalarial substances using Quantitative Structure and Activity Relationship (QSAR) method for the example. The goal of this research is to know the quantitative relationship between structure and activity of vincadifformine and its derivatives based on log 1/IC50. IC50 is concentration that can inhibit 50% of the malaria plasmodia’s growth.
This research uses quasi experimental design. Seventeen electronic, steric, and hydrophobicities descriptor were used as independent variabel. Antimalarial activity (log 1/IC50) was used as dependent variabel. Theoritical parameter data were obtained by PM3 (Parameterized Model 3) semiempirical calculation from HyperChem Pro ver.6.0 computer programme. Theoritical parameter data (descriptor) were analysed statistically using multivariate linear regression backward method by SPSS 11.0 for Windows programme. That statistic analysis results 7 QSAR equation models. The fifth equation model is the best quantitative relationship between structure and activity based on statistic criteria, with was represented i.e.
Log 1/IC50 = 10.5159(qC1) – 32.2812(qC4) + 16.50897(qC5) + 5.614975(qC7) + 55.00465(qC9) + 0.95489(log P) – 0.3535(∂) + 0.01024(M) – 0.0388(µ) – 0.37543(ΔE) + 15.62413
That equation model could be used to predict antimalarial activity of the new vincadifformine derivates. Key words : QSAR, antimalarial, vincadifformine, PM3
1
xii
DAFTAR ISI
HALAMAN SAMPUL.................................................................................... i
HALAMAN JUDUL ....................................................................................... ii
HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING .............................................. iii
HALAMAN PENGESAHAN ......................................................................... iv
HALAMAN PERSEMBAHAN ...................................................................... v
PRAKATA....................................................................................................... vi
PERNYATAAN KEASLIAN KARYA .......................................................... ix
INTISARI ........................................................................................................ x
ABSTRACT....................................................................................................... xi
DAFTAR ISI.................................................................................................... xii
DAFTAR TABEL............................................................................................ xv
DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... xvi
DAFTAR LAMPIRAN.................................................................................... xviii
DAFTAR SINGKATAN DAN ARTI LAMBANG ........................................ xix
BAB I PENGANTAR...................................................................................... 1
A. Latar Belakang ........................................................................................... 1
B. Permasalahan ............................................................................................. 4
C. Manfaat Penelitian ..................................................................................... 4
D. Keaslian Penelitian..................................................................................... 5
E. Tujuan Penelitian ....................................................................................... 5
BAB II PENELAAHAN PUSTAKA .............................................................. 7
A. Malaria ....................................................................................................... 7
1
xiii
B. Pengelompokan Senyawa Antimalaria ...................................................... 10
C. Mekanisme Kerja Senyawa Antimalaria .................................................. 23
D. Vinkadiformina .......................................................................................... 28
E. Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas ............................................ 29
F. Kimia Komputasi ....................................................................................... 31
G. Metode PM3............................................................................................... 33
H. Analisis Statistik ........................................................................................ 34
I. Keterangan Empiris ................................................................................... 37
BAB III METODOLOGI PENELITIAN ........................................................ 39
A. Jenis dan Rancangan Penelitian ................................................................. 39
B. Variabel dan Definisi Variabel .................................................................. 39
C. Bahan dan Alat Penelitian.......................................................................... 40
1. Bahan ................................................................................................... 40
2. Alat....................................................................................................... 43
D. Tata Cara Penelitian................................................................................... 43
1. Optimasi geometri struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya
dengan metode PM3 .................................................................................. 43
2. Perhitungan sifat fisika kimia molekul senyawa vinkadiformina
dan turunannya........................................................................................... 44
E. Analisa Data dan Hasil............................................................................... 45
1. Analisis regresi multivariat .................................................................. 45
2. Analisis kriteria statistik model persamaan matematis ........................ 45
1
xiv
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ......................................................... 47
A. Optimasi Geometri Senyawa Vinkadiformina dan Turunannya dengan
Metode PM3............................................................................................... 47
B. Perhitungan Sifat Fisika Kimia Senyawa Vinkadiformina
dan Turunannya ........................................................................................ 50
C. Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas Senyawa
Vinkadiformina dan Turunannya............................................................... 53
D. Makna Model Persamaan Terbaik ............................................................. 58
E. Strategi Rancangan Molekul Senyawa Antimalaria Baru
Menggunakan Model Persamaan Terbaik.................................................. 64
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN .......................................................... 73
A. Kesimpulan ................................................................................................ 73
B. Saran .......................................................................................................... 73
DAFTAR PUSTAKA ...................................................................................... 74
LAMPIRAN..................................................................................................... 77
BIOGRAFI PENULIS ..................................................................................... 83
1
xv
DAFTAR TABEL
I. Struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya ................................. 41
II. Data aktivitas (log 1/IC50) senyawa vinkadiformina dan
turunannya .............................................................................................. 43
III. Deskriptor-deskriptor yang dihitung menggunakan metode PM3.......... 53
IV. Deskriptor-deskriptor yang terlibat di dalam model persamaan............. 54
V. Nilai-nilai parameter statistik untuk mengeliminasi model persamaan.. 55
VI. Nilai aktivitas prediksi yang dihitung dengan model persamaan
5 dan dibandingkan dengan aktivitas eksperimen................................... 59
VII. Nilai koefisien dan nilai mutlak koefisien masing-masing
parameter pada persamaan 5 ................................................................... 60
VIII. Struktur senyawa hipotetik turunan vinkadiformina............................... 68
IX. Data aktivitas (log 1/IC50) senyawa hipotetik turunan vinkadiformina .. 70
X. Nilai log P senyawa hasil penelitian Mustofa, senyawa hipotetik
turunan vinkadiformina, dan klorokuin .................................................. 72
1
xvi
DAFTAR GAMBAR
1. Siklus perkembangan parasit malaria ........................................................ 8
2. Struktur kuinakrin HCl .............................................................................. 15
3. Struktur dasar senyawa 4-aminokuinolin................................................... 16
4. Struktur klorokuin...................................................................................... 17
5. Struktur dasar senyawa 8-aminokuinolin................................................... 17
6. Struktur primakuin ..................................................................................... 19
7. a. Struktur proguanil .................................................................................. 19
b. Struktur sikloguanil................................................................................ 19
8. Struktur pirimetamin .................................................................................. 20
9. a. Struktur kuinin ....................................................................................... 21
b. Struktur kuinidin .................................................................................... 21
10. a. Struktur sulfadoksin .............................................................................. 22
b. Struktur dapson ...................................................................................... 22
11. Mekanisme aksi klorokuin pada tingkat molekular ................................... 25
12. Struktur senyawa vinkadiformina .............................................................. 28
13. Struktur senyawa vinkadiformina dengan penomeran atom tidak
mengikuti kaidah tatanama senyawa dan hanya digunakan
untuk penelitian ini saja ............................................................................ 40
14. Kerangka struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya.
Penomoran atom tidak mengikuti kaidah tatanama senyawa
dan hanya digunakan untuk pemodelan pada penelitian ini ...................... 47
15. Model stick & ball senyawa vinkadiformina sebelum
1
xvii
optimasi geometri....................................................................................... 49
16. Model stick & ball senyawa vinkadiformina sesudah
optimasi geometri....................................................................................... 50
17. Grafik PRESS pada persamaan 5............................................................... 59
18. Daerah sensitif senyawa turunan vinkadiformina...................................... 61
19. a. Struktur indol ......................................................................................... 64
b. Cincin kuinolin....................................................................................... 64
1
xviii
DAFTAR LAMPIRAN
1. Nilai-nilai parameter elektronik hasil perhitungan semiempiris PM3....... 77
2. Nilai-nilai parameter sterik dan hidrofobik hasil perhitungan
semiempiris PM3 ....................................................................................... 78
3. Model summary hasil perhitungan metode backward menggunakan
SPSS 13.0 for Windows.............................................................................. 79
4. ANOVA hasil perhitungan metode backward menggunakan
SPSS 13.0 for Windows.............................................................................. 80
5. Koefisien hasil perhitungan metode backward menggunakan
SPSS 13.0 for Windows.............................................................................. 81
6. Nilai-nilai parameter elektronik, sterik dan hidrofobik hasil perhitungan
semiempiris PM3 senyawa hipotetik turunan vinkadiformina .................. 82
1
xix
DAFTAR SINGKATAN DAN ARTI LAMBANG
1. ADN: asam deoksiribonukleat 2. ARN: asam ribonukleat 3. AM1: Austin Model 1 4. CNDO: Complete Neglect of Differential Overlap 5. EHOMO: Highest Occupied Molecular Orbitals Energy 6. ELUMO: Lowest Unoccupied Molecular Orbitals Energy 7. HKSA: Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas 8. INDO: Intermediate Neglect of Differential Overlap 9. LFER: Linear Free Energy Relationship (hubungan energi bebas linear) 10. log1/IC50: - log konsentrasi yang dapat menghambat pertumbuhan
plasmodia sebesar 50% 11. log P: koefisien partisi obat dalam fase air dan fase lipid 12. M: Massa 13. MINDO: Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap 14. MNDO: Modified Neglect of Diatomic Overlap 15. MR: Refraktivitas Molar 16. m: jumlah deskriptor dalam persamaan 17. NDDO: Neglect of Diatomic Differential Overlap 18. n: jumlah data 19. PM3: Parameterized Model 3 20. PRESS: Predicted Residual Sum of Squares 21. qC: muatan bersih atom C 22. qN: muatan bersih atom N 23. QSAR: Quantitative Structure Activity Relationship 24. R: koefisien korelasi 25. R2: koefisien determinasi 26. SA: Surface Area (luas permukaan) 27. SE: Standard Error 28. Sig: Signifikansi 29. V: Volume Molekular 30. ZINDO: Zerner Intermediate Neglect of Differential Overlap 31. ΔE: selisih antara ELUMO dan EHOMO 32. µ: Momen Dipol 33. ∂: Polarisabilitas Molekular 34. 2D: dua dimensi 35. 3D: tiga dimensi
1
xx
BAB I
PENGANTAR
A. Latar Belakang
Malaria merupakan salah satu penyakit menular yang masih memerlukan
perhatian khusus (Dewi, 2002). Peningkatan insiden malaria di beberapa daerah
tertentu terutama di Indonesia Bagian Timur disebabkan antara lain: Plasmodium
falciparum telah resisten terhadap beberapa obat antimalaria, ditemukannya P.
vivax resisten klorokuin, dan belum tersedianya vaksin yang efektif (Taylor,
2004).
Resistensi dapat disebabkan karena pemakaian obat yang tidak tepat,
sebagai contoh, penderita tidak menyelesaikan suatu rancangan pengobatan, dan
pemakaian obat yang berlebihan atau tidak sesuai dosis yang telah ditetapkan. Di
antara keempat spesies Plasmodia manusia, kasus malaria P. falciparum
tampaknya lebih dominan dan juga merupakan penyebab malaria berat yang
banyak menimbulkan kematian. Di Indonesia dilaporkan terdapat fokus-fokus P.
falciparum resisten terhadap klorokuin pada 26 propinsi, resisten terhadap
sulfadoksin-pirimetamin pada 3 propinsi, dan resisten terhadap meflokuin pada
dua propinsi (Tjitra, 1993).
Pengobatan malaria merupakan salah satu upaya dalam rangkaian kegiatan
program pemberantasan. Keberhasilan pengobatan untuk penyembuhan maupun
pencegahan tergantung apakah obat itu ideal, diminum secara teratur sesuai
dengan jadwal pengobatan dan takaran yang telah ditetapkan. Obat antimalaria
yang ideal adalah obat yang mempunyai efek terhadap semua jenis dan stadia
1
1
xxi
parasit, menyembuhkan infeksi akut maupun laten, cara pemakaian mudah,
harganya terjangkau oleh seluruh lapisan penduduk dan mudah diperoleh, efek
samping ringan dan toksisitas rendah. Sampai saat ini belum ada obat antimalaria
yang ideal (Tjitra, 1993).
Pengembangan pengobatan malaria diperlukan untuk memperoleh obat
yang ideal, mengatasi masalah resistensi, dan untuk membantu menanggulangi
masalah malaria di dunia. Dasar pengembangan pengobatan malaria adalah
dengan meningkatkan atau memperbaiki efikasi pengobatan malaria tanpa
komplikasi yaitu dengan mengembangkan kombinasi atau regimen obat
antimalaria yang tersedia di Indonesia atau dengan mempersiapkan obat
antimalaria baru dan mencari obat antimalaria baru alternatif yang efektif sebagai
obat penyelamat untuk pengobatan malaria dengan komplikasi (Taylor, 2004).
Senyawa vinkadiformina merupakan hasil isolasi dari ekstrak tanaman A.
pyrifolium dan A. megalocarpon yang merupakan tanaman tradisional sebagai
obat antimalaria dari Amerika (Mustofa, 2001). Vinkadiformina telah berhasil
diuji aktivitasnya oleh Mustofa (2001) sebagai antimalaria. Mustofa telah
mensintesis 16 senyawa vinkadiformina dan turunannya dan menguji aktivitas
antimalaria senyawa-senyawa tersebut terhadap P. falciparum yang tergolong
resisten terhadap klorokuin yaitu FcM29-Kamerun dan P. falciparum yang
sensitif terhadap klorokuin yaitu sel Nigerian (Tahir dkk., 2005). Hasil sintesis
dan pengujian aktivitas antimalaria vinkadiformina dan turunannya, membuka
jalan bagi pengembangan dan desain senyawa turunan vinkadiformina sebagai
antimalaria baru.
2
1
xxii
Pengembangan dan desain senyawa antimalaria baru dapat dilakukan
dengan berbagai metode, salah satunya adalah analisis Hubungan Kuantitatif
Struktur-Aktivitas (HKSA). Metode ini dapat mengurangi faktor trial and error
dalam sintesis obat baru, fokus pada sintesis obat baru serta mencapai efisiensi
waktu dan biaya. Selain itu, kajian HKSA dapat memberikan informasi
maksimum dari molekul obat baru dengan dana yang lebih sedikit (Foye, 1981).
Analisis HKSA vinkadiformina dan turunannnya telah dilakukan oleh
Tahir dkk. (2005). Dalam penelitiannya, Tahir, dkk. menganalisis HKSA 16
senyawa vinkadiformina dan turunannya yang telah diuji aktivitasnya terhadap P.
falciparum yang sensitif terhadap klorokuin (sel Nigerian), oleh Mustofa. Dengan
metode semiempiris Austin Models 1 (AM1), Tahir, dkk. berhasil memperoleh
model persamaan terbaik yang dapat menggambarkan hubungan kuantitatif
struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya dengan aktivitasnya sebagai
antimalaria. Model persamaan yang diperoleh oleh Tahir, dkk. memperlihatkan
bahwa parameter teoretis berupa parameter elektronik dan sterik memberikan
pengaruh yang besar terhadap aktivitas antimalaria yaitu log 1/IC50. Log 1/IC50
menyatakan log konsentrasi yang dapat menghambat pertumbuhan plasmodia
sebesar 50%.
Penelitian ini juga dilakukan untuk memperoleh hubungan kuantitatif
antara struktur dan aktivitas 16 senyawa vinkadiformina dan turunannya yang
telah diuji aktivitasnya terhadap P. falciparum yang sensitif terhadap klorokuin
(sel Nigerian), oleh Mustofa. Berbeda dengan yang telah dilakukan oleh Tahir
dkk., penelitian ini menggunakan metode semiempiris Parameterized Models 3
3
1
xxiii
(PM3) yang diharapkan akan memberikan model persamaan terbaik yang
menggambarkan hubungan kuantitatif struktur senyawa vinkadiformina dan
turunannya melalui parameter teoretis yang meliputi parameter elektronik, sterik,
dan hidrofobisitas, terhadap aktivitasnya sebagai antimalaria. Metode PM3 dipilih
karena merupakan metode perbaikan dari metode sebelumnya yaitu Modified
Neglect of Diatomic Overlap (MNDO) dan AM1 yang dapat memprediksikan
sifat fisika kimia suatu senyawa dengan ketepatan yang lebih baik karena telah
mengalami reparameterisasi. PM3 berbeda dari metode AM1 hanya pada nilai
parameter yang digunakan. Metode PM3 digunakan untuk menghitung semua
parameter secara bersamaan, dan melibatkan ratusan data dari basis set yang lebih
banyak daripada metode lain. PM3 memiliki set parameter-parameter terbaik
untuk data eksperimen.
B. Permasalahan
Dari latar belakang di atas muncul permasalahan sebagai berikut:
1. Bagaimana hubungan kuantitatif antara struktur dan aktivitas senyawa
vinkadiformina dan turunannya sebagai senyawa antimalaria berdasarkan
parameter teoretis hasil perhitungan semiempiris PM3?
2. Bagaimana rancangan struktur senyawa hipotetik turunan vinkadiformina
yang mempunyai aktivitas antimalaria berdasarkan persamaan terbaik yang
diperoleh dari hasil analisis HKSA?
4
1
xxiv
C. Manfaat Penelitian
1. Manfaat Teoretis
Penelitian ini diharapkan dapat memperkaya ilmu pengetahuan dalam
kefarmasian, terutama dalam bidang kimia medisinal dan kimia komputasi.
2. Manfaat Praktis
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai
hubungan antara struktur dan aktivitas senyawa vinkadiformina dan turunannya
sehingga dapat dijadikan pedoman dalam penemuan senyawa antimalaria baru.
D. Keaslian Penelitian
Penelitian mengenai hubungan kuantitatif struktur-aktivitas senyawa
vinkadiformina dan turunannya sebagai antimalaria telah dilakukan oleh Tahir
dkk. (2005). Dalam penelitian ini digunakan 16 senyawa vinkadiformina dan
turunannya beserta data IC50 yang sama dengan penelitian Tahir, dkk. (2005).
Pendekatan HKSA dilakukan menggunakan metode semiempiris PM3 dalam
menghitung parameter teoretis struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya
hingga ditemukan model persamaan terbaik.
E. Tujuan Penelitian
1. Penelitian ini bertujuan untuk menggambarkan hubungan kuantitatif antara
struktur dan aktivitas senyawa vinkadiformina dan turunannya sebagai
senyawa antimalaria berdasarkan parameter teoretis hasil perhitungan
semiempiris PM3.
5
1
xxv
2. Penelitian ini bertujuan untuk merancang struktur senyawa hipotetik turunan
vinkadiformina yang mempunyai aktivitas antimalaria berdasarkan persamaan
terbaik yang diperoleh dari hasil analisis HKSA.
6
1
xxvi
BAB II
PENELAAHAN PUSTAKA
A. Malaria
Malaria merupakan infeksi yang penting dengan tanda-tanda khas yaitu
demam, anemia, spelenomegali dan sering dengan komplikasi yang serius atau
fatal. Disebabkan oleh protozoa dari genus Plasmodium yang termasuk kelas
Sporozoa dan empat spesies yang umum ditemukan pada manusia, yaitu
Plasmodium vivax, P. malariae, P. falciparum, dan P. ovale (Yamaguchi, 1992).
Malaria tersian, yang diakibatkan oleh P. vivax adalah bentuk penyakit
malaria yang paling umum. Bentuk malaria tersian yang paling berat, disebut
tersian ganas, disebabkan oleh P. falciparum. Serangan oleh spesies-spesies ini
lebih jarang dibandingkan dengan P. vivax. Malaria quartan, dengan tingkat
keganasan menengah, disebabkan oleh serangan P. malariae. Malaria macam ini
lebih jarang terjadi daripada tersian ganas. P. ovale mengakibatkan bentuk
penyakit malaria yang jarang, yang disebut malaria tersian ovale. Malaria macam
ini dalam banyak hal mirip dengan malaria tersian atau malaria P. vivax (Kier dan
Roche, 1996).
Semua jenis malaria ditularkan oleh nyamuk dari genus Anopheles, dan
adalah penyakit yang ganas diiringi dengan demam yang tinggi dan anemia.
Parasit malaria mengalami siklus aseksual dalam tubuh manusia dan siklus
seksual dalam nyamuk. Oleh sebab itu nyamuk dan manusia merupakan hospes
terakhir dan hospes perantara, untuk parasit malaria (Yamaguchi, 1992).
7
1
xxvii
Gambar 1. Siklus perkembangan parasit malaria
(Siswandono dan Soekardjo, 1995)
Siklus perkembangan parasit malaria dalam nyamuk Anopheles dan tubuh
manusia serta tempat kerja obat antimalaria dapat dilihat pada gambar 1. Ketika
nyamuk Anopheles betina (yang mengandung parasit malaria) menggigit manusia,
akan keluar sporozoit dari kelenjar ludah nyamuk masuk ke dalam darah dan
jaringan hati. Dalam siklus hidupnya parasit malaria membentuk stadium schizont
jaringan dalam sel hati (stadium eksoeritrositik). Setelah sel hati pecah, akan
masuk melalui gigitan nyamuk
Oosit pecah Sporozoit pada kelenjar ludah
Sporozoit Schizont jaringan primer
Schizont jaringan sekunder/laten (P.vivax dan P.ovale)
Schizont dikembangkan dalam sel hati Oosit tumbuh pada dinding lambung
Oosit
Ookinet
fertilisasi
zigot
Gametosid betina
Eksflagelasi
Gametosid jantan
Mature Gametosid betina
Immature Gametosid betina
Merozoit masuk ke sel darah merah
masuk ke sel darah merah Merozoit
awal Tropozoit
akhir Tropozoit
Immature Schizont
Mature Schizont
sel pecah
Immature Gametosid
jantan
Mature Gametosid
jantan
Siklus seksual pada nyamuk Siklus aseksual pada manusia
8
1
xxviii
keluar merozoit yang masuk ke eritrosit membentuk stadium schizont dalam
eritrosit (stadium eritrositik). Di situ mulai terbentuk tropozoit muda sampai
schizont tua atau matang sehingga eritrosit pecah dan keluar merozoit (Silalahi,
2004). Pada tahap terbentuknya schizont, pasien tidak mengalami gejala. Keadaan
ini bertahan hingga schizont pecah, dan melepaskan kembali merozoit beserta
pirogen ke dalam darah. Secara klinis, tahap ini ditandai dengan gejala menggigil
(DiPalma, 1990). Sebagian besar merozoit masuk kembali ke eritrosit dan
sebagian kecil membentuk gametosit jantan dan betina yang siap untuk diisap
nyamuk malaria betina dan melanjutkan siklus hidupnya di tubuh nyamuk
(stadium sporogoni) (Silalahi, 2004).
Di dalam lambung nyamuk, terjadi perkawinan antara sel gamet jantan
(mikro gamet) dan sel gamet betina (makro gamet) yang disebut zigot (Silalahi,
2004). Zigot berkembang membentuk oosit (strukturnya bulat dan berada di
dinding luar lambung). Oosit kemudian berkembang menjadi sporozoit dan
dilepaskan ke dalam rongga perut nyamuk, lalu berpindah ke kelenjar ludah. Dari
kelenjar ludah, sporozoit siap dipindahkan dan menginfeksi manusia yang digigit
oleh nyamuk Anopheles betina (siklus berjalan kembali) (Williams dan Lemke,
2002).
Khusus P. vivax dan P. ovale pada siklus parasitnya, di jaringan hati
(schizont jaringan) sebagian parasit yang berada dalam sel hati tidak melanjutkan
siklusnya ke sel eritrosit, akan tetapi tertanam di jaringan hati disebut hipnosoit.
Bentuk hipnosoit inilah yang menyebabkan malaria relapse. Pada penderita yang
mengandung hipnosoit, apabila suatu saat dalam keadaan daya tahan tubuh
9
1
xxix
menurun, misalnya akibat terlalu lelah, sibuk, stress atau perubahan iklim (musim
hujan), hipnosoit dalam tubuhnya akan terangsang untuk melanjutkan siklus
parasit dari sel hati ke eritrosit. Setelah eritrosit yang berparasit pecah, akan
timbul kembali gejala penyakit. Misalnya 1–2 tahun sebelumnya pernah
menderita P. Vivax / P. ovale dan sembuh setelah diobati, bila kemudian
mengalami kelelahan atau stress, gejala malaria akan muncul kembali, sekalipun
yang bersangkutan tidak digigit nyamuk Anopheles (Silalahi, 2004).
B. Pengelompokan Senyawa Antimalaria
Obat antimalaria adalah senyawa yang digunakan untuk pencegahan dan
pengobatan malaria. Berdasarkan kerja utamanya, obat antimalaria dapat
dibedakan dalam kelompok berikut: Skizontosida jaringan yang menghambat
perkembangan bentuk eksoeritrositik, Skizontosida darah yang menekan
perbanyakan parasit dalam eritrosit, Sporontosida yang mencegah pengembangan
parasit dalam Anopheles (Mutschler, 1991). Menurut Siswandono dan Soekardjo
(1995) terdapat kelompok antimalaria selain yang telah disebutkan di atas, yaitu:
Skisontisida jaringan yang digunakan untuk kekambuhan, Gametositosida, dan
Sporozoitosida.
Berdasarkan perkembangan dan siklus kehidupan parasit dimana obat
bekerja atau berdasarkan cara kerjanya, antimalaria dikelompokkan sebagai
berikut :
10
1
xxx
1. Schizontisida jaringan untuk pencegahan kausal
Antimalaria kelompok ini menghancurkan bentuk jaringan primer
plasmodia dan merozoit di hati, mulai dari tahap infeksi eritrositik, kemudian
mencegah invasi eritrosit dan penyebaran infeksi ke nyamuk Anopheles.
Contoh antimalaria kelompok ini adalah klorguanid, pirimetamin, dan
primakuin (Siswandono dan Soekardjo, 1995). Klorguanid atau nama lainnya
adalah proguanil, merupakan prototipe dari kelompok ini. Klorguanid telah
digunakan secara luas untuk pencegahan kausal malaria yang disebabkan oleh
P. falciparum. Antimalaria ini mengalami masalah resistensi, namun tetap
memberikan proteksi jika dikombinasikan dengan obat lain. Meskipun
primakuin juga memiliki aktivitas terhadap P. falciparum, antimalaria ini
memiliki potensi toksik yang tinggi dan digunakan untuk aplikasi klinis yang
lain (Tracy dan Webster, 2001).
2. Schizontisida jaringan untuk mencegah kekambuhan
Antimalaria ini bekerja pada bentuk schizont di jaringan laten, jaringan
sekunder atau hipnozoit dari P. vivax dan P. ovale di sel hati. Contoh
antimalaria kelompok ini adalah primakuin dan pirimetamin (Siswandono dan
Soekardjo, 1995). Kelompok antimalaria ini digunakan untuk pencegahan
terminal dan untuk penyembuhan radikal dari infeksi malaria kambuhan.
Primakuin adalah antimalaria prototipe yang digunakan untuk mencegah
kekambuhan, yaitu menyembuhkan infeksi eritrositik dari jaringan laten
plasmodia (Tracy dan Webster, 2001).
11
1
xxxi
3. Schizontisida darah untuk pengobatan klinis dan supresif
Menurut Korolkovas dan Burckhalter (1976), antimalaria dapat
memberikan efek sebagai supresi atau pencegahan klinis, yaitu pencegahan
dari gejala klinis dengan bekerja pada bentuk aseksual parasit dalam darah.
Kerja ini dapat bersifat sementara atau permanen. Antimalaria kelompok ini
bekerja terhadap merozoit pada fase eritrositik aseksual dari plasmodia
malaria dan mengganggu schizogoni eritrositik ke bawah, sehingga serangan
klinis tidak terjadi. Antimalaria ini juga digunakan dalam terapi penyembuhan
supresif untuk eliminasi plasmodia secara lengkap. Kecuali primakuin, hampir
semua antimalaria yang digunakan secara klinis dikembangkan aktivitasnya
terhadap fase aseksual plasmodia. Berdasarkan masa kerjanya kelompok
antimalaria ini dibagi menjadi dua, yaitu :
a. Schizontosida yang bekerja secara cepat
Contoh : amodiakuin, artemisinin, klorokuin, kuinin, kuinidin, meflokuin,
dan atovaquon
b. Schizontosida yang bekerja secara lambat
Contoh : pirimetamin, klorguanid, sikloguanil pamoat, sulfonamida, dan
sulfon
(Siswandono dan Soekardjo, 1995; Tracy dan Webster, 2001)
4. Gametositosida
Antimalaria kelompok ini menghancurkan bentuk eritrositik seksual
(gametosit) dari plasmodia malaria sehingga mencegah penyebaran plasmodia
ke nyamuk Anopheles (Siswandono dan Soekardjo, 1995). Klorokuin dan
12
1
xxxii
kuinin memiliki aktivitas gametosidal terhadap P. vivax, P. ovale, dan P.
malariae, tetapi tidak untuk P. falciparum. Primakuin memiliki aktivitas
gametosidal pada semua plasmodia termasuk P. falciparum (Kakkilaya,
2006).
5. Sporozoitosida
Antimalaria kelompok ini mampu membunuh sporozoit segera setelah
masuk dalam darah sesudah gigitan nyamuk. Waktu antimalaria ini untuk
bekerja sangat singkat oleh karena sporozoit secara cepat masuk ke sel hati
sehingga banyak antimalaria kurang efektif terhadap bentu sporozoit tersebut.
Contoh antimalaria kelompok ini adalah klorguanid, pirimetamin, dan
primakuin (Siswandono dan Soekardjo, 1995).
6. Sporontosida
Antimalaria kelompok ini bekerja pada tubuh nyamuk malaria yang
menginfeksi tuan rumah yaitu dengan mencegah pembentukan oosit dan
sporozoit. Contoh : pirimetamin, klorguanid, dan primakuin (Siswandono dan
Soekardjo, 1995).
Berdasarkan struktur kimianya, antimalaria dibagi menjadi 8 kelompok,
yaitu turunan 9-aminoakridin, 4-aminokuinolin, 8-aminokuinolin, biguanida,
diaminopiridin, kuinolinometanol, sulfonamida, dan sulfon.
1. Turunan 9-aminoakridin
Contoh turunan 9-aminoakridin adalah kuinakrin-HCl yang bekerja
sebagai schizontosida eritrositik, sekarang jarang digunakan sebagai
13
1
xxxiii
antimalaria karena tersedia obat yang lebih aktif dengan toksisitas lebih
rendah (Siswandono dan Soekardjo, 1995). Turunan 9-aminoakridin,
melibatkan sistem cincin datar yang dimiliki oleh senyawa tersebut. Cincin
datar yang dimiliki oleh turunan 9-aminoakridin adalah cincin akridin. Sistem
cincin datar memungkinkan senyawa-senyawa tersebut dapat berinterkalasi di
antara pasangan basa dobel heliks asam deoksiribonukleat (ADN) dan
membentuk kompleks obat-ADN. Kompleks obat-ADN diperkuat dengan
adanya ikatan rantai samping yaitu gugus amin tersier terprotonasi yang dapat
berikatan secara ionik dengan gugus fosfat yang bermuatan negatif
(Korolkovas dan Burckhalter, 1976). Dengan terbentuknya kompleks obat-
ADN, maka transkripsi dan translasi ADN menjadi asam ribonukleat (ARN)
akan terhambat. Hal ini akan mengurangi sintesis ADN dan ARN (DiPalma,
1990)
Mekanisme kerja turunan 9-aminokuinolin juga melibatkan lisosom
(vakuola makanan) plasmodia yang terdapat dalam sel darah merah (Block,
2004). Bentuk aseksual plasmodia malaria dapat tumbuh dalam sel darah
merah dengan mencerna hemoglobin dalam vakuola makanan yang
bersuasana asam. Hemoglobin merupakan nukleoprotein bagi plasmodia.
Proses pencernaan hemoglobin menghasilkan radikal bebas dan heme
(ferriprotophyrin IX) sebagai produk yang sangat reaktif. Dalam proses
nukleasi terjadi penambahan histidin dan mungkin beberapa lipid. Heme
kemudian berpolimerisasi menjadi pigmen malaria yang inaktif dan tidak
larut. Pigmen ini dinamakan hemozoin. Turunan 9-aminoakridin merupakan
14
1
xxxiv
schizontosida darah yang bertindak sebagai basa lemah yang terkonsentrasi
dalam vakuola makanan plasmodia yang bersuasana asam (Tracy dan
Webster, 2001). Senyawa-senyawa ini kemudian mengalami protonasi,
meningkatkan pH intravakuolar, dan terjebak di dalam vakuola makanan
karena pori-pori membran vakuola juga bermuatan positif. Kondisi ini
mempertahankan keberadaan senyawa-senyawa turunan 9-aminoakridin
dalam hemoglobin penderita (Block, 2004). Dengan keberadaan senyawa-
senyawa tersebut dalam hemoglobin penderita, maka aktivitas peroksidatif
heme akan terhambat dan polimerisasi nonenzimatik heme menjadi hemozoin
akan terganggu (Tracy dan Webster, 2001). Keadaan ini akan membunuh
plasmodia melalui perusakan oksidatif pada membran plasmodia dan/ atau sel
darah merah, sehingga membran mengalami lisis (Block, 2004).
Turunan 9-aminoakridin bersifat sangat toksik dan telah banyak digantikan
oleh senyawa-senyawa aminokuinolin. Toksisitasnya meliputi reaksi obat
pada sistem saraf pusat, darah, dan reaksi obat yang fatal. Efek tokisknya
meliputi kejang, reaksi psikotomimetik, anemia aplastik, dan dermatitis
eksfoliatif (Kier dan Roche, 1996).
N Cl
H3CO
NH
H2C
CH2
H2C
NH
HC
CH3
H2CCH3
Cl
Gambar 2. Struktur kuinakrin HCl
15
1
xxxv
2. Turunan 4-aminokuinolin
Struktur dasar dari antimalaria turunan 4-aminokuinolin disajikan pada
gambar 3.
NCl
HN
R1
R2
1
4
3
5
78
Gambar 3. Struktur dasar senyawa 4-aminokuinolin
Turunan 4-aminokuinolin mempunyai aktivitas antimalaria yang lebih
tinggi dibanding kuinin atau 9-aminoakridin. Karakteristik antimalaria turunan
4-aminokuinolin mempunyai sistem cincin kuinolin datar. Pada atom C nomor
4 terdapat gugus amin sekunder yang terikat oleh cincin kuinolin dan rantai
samping. Pada atom C nomor 7 terdapat substituen Cl yang menunjukkan
aktivitas yang optimal. Gugus amin tersier pada cincin kuinolin juga sangat
penting berperan dalam aktivitasnya sebagai antimalaria. Contoh senyawa
turunan 4-aminokuinolin adalah amodiakuin HCl, klorokuin fosfat,
hidroksiklorokuin, dan sontokuin. Perbedaan struktur pada senyawa-senyawa
turunan 4-aminokuinolin ini terdapat pada rantai samping yaitu R1 dan R2.
Dari turunan 4-aminokuinolin, klorokuin (gambar 4) menunjukkan aktivitas
yang optimal (Siswandono dan Soekardjo, 1995).
Senyawa turunan 4-aminokuinolin mempunyai mekanisme kerja yang
sama dengan turunan 9-aminoakridin. Cincin datar yang dimiliki oleh turunan
4-aminokuinolin memungkinkan senyawa-senyawa tersebut dapat
berinterkalasi di antara pasangan basa dobel heliks ADN (Korolkovas dan
16
1
xxxvi
Burckhalter, 1976), dan dapat mengikat dengan afinitas yang tinggi
feriprotoporfirin IX membentuk kompleks koordinasi sehingga menyebabkan
kerusakan dan lisisnya membran parasit malaria (Tracy dan Webster, 2001).
NCl
NH CH
CH2
H2C
CH2
NCH2
CH3 H2C CH3
CH3
Gambar 4. Struktur klorokuin
3. 8-aminokuinolin
Turunan 8-aminokuinolin aktif terhadap bentuk eksoeritrositik plasmodia
malaria yang disebabkan oleh P. vivax dan P. malariae. Mempunyai aktivitas
gametositosida, tetapi tidak aktif terhadap bentuk plasmodia eritrositik.
Turunan ini menimbulkan toksisitas lebih besar dibanding turunan 4-
aminokuinolin (Siswandono dan Soekardjo, 1995). Struktur dasar dari
antimalaria turunan 8-aminokuinolin disajikan pada gambar 5.
N1
4
8
HN R
H3CO
6
Gambar 5. Struktur dasar senyawa 8-aminokuinolin
Antimalaria turunan 8-aminokuinolin juga mempunyai sistem cincin
kuinolin datar yang dapat menyebabkan senyawa tersebut berinterkalasi
dengan ADN. Perbedaannya dengan 4-aminokuinolin yaitu gugus amin
sekunder yang terikat oleh cincin kuinolin dan rantai samping terdapat pada
17
1
xxxvii
atom C nomor 8. Pada atom C nomor 6 terdapat substituen metoksi yang
menunjukkan aktivitas yang optimal meskipun batas keamanannya rendah,
dan kemungkinan dapat diganti dengan gugus hidrogen atau hidroksi. Contoh
senyawa turunan 8-aminokuinolin adalah primakuin, pamakuin, dan pentakuin
(Siswandono dan Soekardjo, 1995).
Meskipun memiliki struktur yang mirip dengan kuinolinometanol, turunan
8-aminokuinolin memiliki mekanisme kerja yang berbeda. Primakuin bekerja
dengan mengganggu mitokondria plasmodia (Block, 2004). Primakuin
mengganggu transpor elektron, sehingga menyebabkan perusakan oksidatif
pada sistem enzim mitokondrial. Proses ini mengakibatkan mitokondria
plasmodia menggembung dan mengalami vakuolisasi. Dalam hal ini
mitokondria penderita tidak terganggu. Primakuin juga menyerang bentuk
seksual plasmodia dan membuat bentuk seksual ini tidak mengalami
pematangan (DiPalma, 1990). Primakuin dapat diubah menjadi elektrofil yang
bekerja sebagai mediator oksidasi-reduksi (Tracy dan Webster, 2001). Hal ini
menyebabkan perusakan oksidatif pada elektron-kaya asam nukleat dalam
gametosit. Dengan demikian primakuin dapat digunakan untuk mencegah
penyebaran malaria (DiPalma, 1990).
Primakuin (gambar 6) adalah turunan 8-aminokiunolin yang masih
digunakan untuk pengobatan malaria. Antimalaria ini tidak digunakan untuk
pencegahan malaria. Spektrum aktivitasnya paling sempit bila dibandingkan
dengan antimalaria yang lain (Block, 2004).
18
1
xxxviii
Cl NH
HN
C
NHC
HN
NH
CH3
CH3
N N
NH2NCH3
CH3
Cl
N
H3CO
NH CH
CH3
H2C
CH2
H2C
NH
H
Gambar 6. Struktur primakuin
4. Biguanida
Turunan biguanida merupakan schizontosida eksoeritrositik dan eritrositik
terhadap P. falciparum dan P. vivax. Toksisitasnya relatif ringan. Turunan ini
cepat menimbulkan kekebalan sehingga kurang populer sebagai antimlaria.
Turunan biguanida mempunyai aktivitas antimalaria karena menghambat
secara selektif enzim dihidrofolat reduktase yang mengkatalisis perubahan
asam dihidrofolat menjadi asam tetrahidrofolat pada plasmodia.
Penghambatan ini mempengaruhi biosintesis plasmodia terutama
pembentukan basa purin, pirimidin, dan ADN. Meskipun turunan ini tidak
bekerja secara selektif terhadap enzim plasmodia, tetapi dapat mengikat enzim
dihidrofolat reduktase lebih kuat dibanding isoenzim pada penderita. Efek
pemblokan ini tidak berbahaya bagi penderita karena asam folinat yang
diperlukan dipasok dari luar melalui makanan (Siswandono dan Soekardjo,
1995).
A B
Gambar 7. A) proguanil ; B) sikloguanil
19
1
xxxix
5. Diaminopiridin
Turunan diaminopiridin merupakan schizontosida eksoeritrositik dan
eritrositik terhadap P. Falciparum dan schizontosida eksoeritrositik terhadap
P. Vivax. Turunan ini juga sporontosida yang cukup efektif. Mekanisme kerja
turunan diaminopiridin sama seperti turunan biguanida yaitu menghambat
secara selektif enzim dihidrofolat reduktase yang mengkatalisis perubahan
asam dihidrofolat menjadi asam tetrahidrofolat pada plasmodia (Siswandono
dan Soekardjo, 1995).
Antimalaria yang merupakan turunan dari diaminopirimidin adalah
pirimetamin (gambar 8) dan trimetoprim. Pirimetamin digunakan sebagai
pencegahan malaria (Korolkovas dan Burckhalter,1976). Pirimetamin
merupakan schizontosida darah lepas lambat yang memiliki efek in vivo yang
mirip dengan proguanil. Pirimetamin memiliki potensi antimalaria yang lebih
besar karena langsung bekerja pada plasmodia, dan waktu paruhnya lebih
lama daripada sikloguanil, bentuk aktif proguanil. Berbeda dengan proguanil,
pirimetamin tidak menunjukkan efektivitas yang berarti terhadap bentuk
hepatik dari P. falciparum. Pada dosis terapetis, pirimetamin tidak dapat
melakukan eradikasi terhadap jaringan sekunder P. vivax atau gametosit dari
spesies P. malariae (Tracy dan Webster, 2001).
N
NH2N
ClNH2
H2C
CH3
Gambar 8. Struktur pirimetamin
20
1
xl
6. Turunan kuinolinometanol
Turunan kuinolinometanol terdapat pada tanaman Chinchona Sp.,
terutama pada bagian kulit kayu atau korteks. Korteks kina yang
diperdagangkan mengandung alkaloid kuinin 5%, kuinidin 0,1%, sinkonin
0,3%, dan sinkonidin 0,4% (Siswandono dan Soekardjo, 1995). Bagian
kuinolinometanol menjadi penting dalam obat-obat sintetik. Turunan
kuinolinometanol bekerja pada merozoit eritrositik. Senyawa-senyawa ini
tidak menyembuhkan secara tuntas, tetapi mengurangi gejala. Kuinin (gambar
9a) digunakan pada pengobatan malaria yang plasmodiumnya telah resisten
terhadap zat-zat lain, misalnya klorokuin (Kier dan Roche, 1996).
Stereoisomer kuinin yaitu kuinidin (gambar 9b), memiliki potensi yang lebih
besar sebagai antimalaria, tetapi kuinidin juga lebih toksik. Kuinin bersifat
mematikan terhadap semua bentuk schizont plasmodium dan gametosit P.
vivax dan P. malariae tetapi tidak untuk gametosit P. falciparum. Sekarang,
spektrum aktivitas kuinin terlalu sempit untuk penggunaan pencegahan
malaria (Block, 2004).
N
H3CO
C
NH
HC H
H2C
HO
H
N
H3CO
C
N
HCH
HO
H
H2C
H
A B
Gambar 9. A) kuinin ; B) kuinidin
21
1
xli
H2N S
O
O
NH
N
N
O OH3C CH3
H2N S
O
O
NH2
Turunan kuinolinometanol mempunyai mekanisme kerja berinterkalasi
dengan ADN (Korolkovas dan Burckhalter, 1976), dan dapat mengikat dengan
afinitas yang tinggi feriprotoporfirin IX membentuk kompleks koordinasi
sehingga menyebabkan kerusakan dan lisisnya membran parasit malaria
(Tracy dan Webster, 2001).
7. Turunan sulfonamida dan sulfon
Turunan ini jarang digunakan dalam bentuk tunggal sebagai antimalaria,
biasanya dikombinasi dengan pirimetamin dan digunakan untuk pengobatan
infeksi P. falciparum yang sudah kebal terhadap klorokuin. Contoh turunan
sulfonamida yang dapat digunakan sebagai antimalaria adalah sulfadoksin,
sulfametoksipiridazin, sulfametopirazin, sulfisoksazol. Contoh sulfon yang
digunakan sebagai antimalaria adalah asedapson dan dapson (Siswandono dan
Soekardjo, 1995).
A B
Gambar 10. A) sulfadoksin ; B) dapson
Turunan sulfonamida dan sulfon dapat menghambat secara selektif enzim
dihidropteroat sintetase, yang mengkatalisis kondensasi ester pirofosfat dari 2-
amino-4-okso-6-hidroksimetildihidropteridin dengan asam p-aminobenzoat
dengan asam dihidropteroat. Hambatan ini menyebabkan kematian plasmodia
(Siswandono dan Soekardjo, 1995).
22
1
xlii
C. Mekanisme Kerja Senyawa Antimalaria
Obat antimalaria sebagai senyawa yang digunakan untuk pencegahan dan
pengobatan malaria dapat bekerja dengan mekanisme :
1. Berinteraksi dengan ADN
Turunan 9-aminoakridin, 4-aminokuinolin, 8-aminokuinolin dan
kuinolinometanol menunjukkan efek schizontisid yang cepat dengan cara
berinteraksi dengan ADN parasit. Turunan tersebut mempunyai sistem cincin
datar yang dapat mengadakan interkalasi dengan pasangan basa dobel heliks
ADN dan diperkuat melalui ikatan elektrostatik antara gugus amin tersier
rantai samping dengan gugus fosfat ADN (Siswandono dan Soekardjo, 1995).
Kompleks obat-ADN juga diperkuat dengan adanya ikatan hidrogen dengan
molekul basa purin yaitu adenin (DiPalma, 1990). Perhitungan orbital molekul
menunjukkan bahwa cincin aromatik planar dari turunan di atas, terutama
bentuk terprotonasi, mempunyai nilai energi LUMO (Lowest Unoccupied
Molecular Orbital) rendah sedang pasangan basa guanin dan sitosin
mempunyai nilai energi HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) tinggi
sehingga dengan mudah membentuk kompleks obat-ADN. Kuinin, dapat
mengikat ADN melalui tiga jalur, yaitu:
a. Cincin kuinolin berinterkalasi diantara pasangan basa dobel heliks ADN,
membentuk kompleks alih muatan.
b. Gugus hidroksil alkohol membentuk ikatan hidrogen dengan salah satu
pasangan basa.
23
1
xliii
c. Gugus kuinuklidin terproyeksi pada salah satu ADN, dan gugus amin
alifatik tersier yang terprotonasi membentuk ikatan ion dengan gugus
fosfat dobel heliks ADN yang bermuatan negatif.
Pembentukan kompleks akan menurunkan keefektifan ADN parasit untuk
bekerja sebagai template enzim ADN dan ARN polimerase sehingga terjadi
pemblokan sintesis ADN dan ARN (Siswandono dan Soekardjo, 1995).
Turunan aminokuinolin, membentuk kompleks dengan ADN melalui dua
jalur, yaitu:
a. Gugus amin alifatik tersier rantai samping yang terprotonasi, membentuk
ikatan ion dengan gugus fosfat dobel heliks ADN yang bermuatan negatif,
melalui celah minor.
b. Alih muatan yang lebih khas atau interaksi hidrofob yang melibatkan
cincin aromatik dan pasangan basa guanin-sitosin ADN.
Klorokuin dan amodiakuin, membentuk kompleks dengan ADN melalui dua
jalur, yaitu:
a. Gugus amin alifatik tersier rantai samping yang terprotonasi membentuk
ikatan ion dengan gugus fosfat dobel heliks ADN yang bermuatan negatif.
b. Gugus 7-Cl dapat membentuk ikatan elektrostatik dengan gugus 2-amino
guanin yang bersifat khas.
2. Menghambat enzim dihidrofolat reduktase
Turunan biguanida dan diaminopirimidin, mempunyai aktivitas
antimalaria karena menghambat secara selektif enzim dihidrofolat reduktase
yang mengkatalis perubahan asam dihidrofolat menjadi asam tetrahidrofolat
24
1
xliv
pada parasit. Penghambatan ini mempengaruhi bioseintesis plasmodium
terutama pembentukan basa purin, pirimidin dan ADN. Meskipun turunan ini
tidak bekerja secara selektif terhadap enzim parasit, tetapi dapat mengikat
enzim dihidrofolat reduktase plasmodia lebih kuat dibanding isoenzim pada
hospes. Efek pemblokan ini tidak berbahaya bagi hospes karena asam folinat
yang diperlukan dipasok dari luar melalui makanan.
Gambar 11. Mekanisme aksi klorokuin pada tingkat molekular
(Korolkovas dan Burckhalter,1976)
25
1
xlv
3. Menghambat enzim dihidropteroat sintetase
Turunan sulfonamida dan sulfon bekerja sebagai antimalaria karena dapat
menghambat secara selektif enzim dihidropteroat sintetase sehingga mencegah
penggabungan asam p-aminobenzoat dengan asam dihidropteroat. Hambatan
ini dapat menyebabkan kematian parasit.
4. Mengganggu mitokondria plasmodia
Turunan 8-aminokuinolin yaitu primakuin bekerja dengan mengganggu
mitokondria plasmodia (Block, 2004). Primakuin mengganggu transpor
elektron, sehingga menyebabkan perusakan oksidatif pada sistem enzim
mitokondrial. Proses ini mengakibatkan mitokondria plasmodia
menggembung dan mengalami vakuolisasi. Dalam hal ini mitokondria
penderita tidak terganggu. Primakuin juga menyerang bentuk seksual
plasmodia dan membuat bentuk seksual ini tidak mengalami pematangan
(DiPalma, 1990). Primakuin dapat diubah menjadi elektrofil yang bekerja
sebagai mediator oksidasi-reduksi (Tracy dan Webster, 2001). Hal ini
menyebabkan perusakan oksidatif pada elektron asam nukleat dalam
gametosit. Dengan demikian primakuin dapat digunakan untuk mencegah
penyebaran malaria (DiPalma, 1990)
5. Menghambat sintesis protein
Tetrasiklin, eritromisin, makrolida, dan seskuiterpen lakton berkerja
dengan menghambat sintesis protein parasit.
26
1
xlvi
6. Membentuk kompleks dengan feriprotoporfirin IX
Klorokuin, sinkonin, kuinidin, dan kuinin dapat mengikat dengan afinitas
yang tinggi feriprotoporfirin IX membentuk kompleks koordinasi sehingga
menyebabkan kerusakan dan lisisnya membran parasit malaria (Siswandono
dan Soekardjo, 1995).
Mekanisme kerja ini melibatkan lisosom (vakuola makanan) plasmodia
yang terdapat dalam sel darah merah (Block, 2004). Bentuk aseksual
plasmodia malaria dapat tumbuh dalam sel darah merah dengan mencerna
hemoglobin dalam vakuola makanan yang bersuasana asam. Hemoglobin
merupakan nukleoprotein bagi plasmodia. Proses pencernaan hemoglobin
menghasilkan radikal bebas dan heme (ferriprotoporphyrin IX) sebagai produk
yang sangat reaktif. Dalam proses nukleasi terjadi penambahan histidin dan
mungkin beberapa lipid. Heme kemudian berpolimerisasi menjadi pigmen
malaria yang inaktif dan tidak larut. Pigmen ini dinamakan hemozoin.
Turunan 9-aminoakridin, 4-aminokuinolin, dan kuinolinometanol merupakan
schizontosida darah yang bertindak sebagai basa lemah yang terkonsentrasi
dalam vakuola makanan plasmodia yang bersuasana asam (Tracy dan
Webster, 2001). Senyawa-senyawa ini kemudian mengalami protonasi,
meningkatkan pH intravakuolar, dan terjebak di dalam vakuola makanan
karena pori-pori membran vakuola juga bermuatan positif. Kondisi ini
mempertahankan keberadaan senyawa-senyawa turunan 9-aminoakridin, 4-
aminokuinolin, dan kuinolinometanol dalam hemoglobin penderita (Block,
2004). Dengan keberadaan senyawa-senyawa tersebut dalam hemoglobin
27
1
xlvii
penderita, maka aktivitas peroksidatif heme akan terhambat dan polimerisasi
nonenzimatik heme menjadi hemozoin terganggu (Tracy dan Webster, 2001).
Heme yang masih reaktif akan merusak membran plasmodia dan/ atau sel
darah merah secara oksidatif, sehingga membran mengalami lisis (Block,
2004).
D. Vinkadiformina
NH
N
O O
12
34
56 7
89
Gambar 12. Struktur senyawa vinkadiformina
Senyawa vinkadiformina (gambar 12) merupakan hasil isolasi dari ekstrak
tanaman Aspirdosperma pyrifolium dan A. megalocarpon yang merupakan
tanaman tradisional sebagai obat antimalaria dari Amerika (Mustofa, 2001).
Kuehne dkk. (1978) dalam jurnal mengenai studi biomimetik sintesis alkaloid
memaparkan bahwa vinkadiformina dapat disintesis dari tetrahydro-β-carboline
melalui secodine intermediate. Pada tahun 2001, Mustofa telah berhasil
mensintesis 16 senyawa vinkadiformina dan turunannya dan menguji aktivitas
antimalaria senyawa-senyawa tersebut terhadap P. falciparum yang tergolong
resisten terhadap klorokuin yaitu FcM29-Kamerun dan P. falciparum yang
sensitif terhadap klorokuin yaitu sel Nigerian (Tahir dkk., 2005).
28
1
xlviii
Vinkadiformina adalah salah satu indol alkaloid yang terkandung dalam
tanaman Vinca minor L. Vinkadiformina bersifat hipotensif, kronotropik negatif,
spasmolitik, hipoglikemik, dan simpatolitik (Anonim, 1996).
E. Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas
Hubungan kuantitatif struktur kimia dan aktivitas biologis obat (HKSA)
merupakan bagian penting rancangan obat, dalam usaha mendapatkan suatu obat
baru dengan aktivitas yang lebih besar, keselektifan yang lebih tinggi, toksisitas
atau efek samping sekecil mungkin dan kenyamanan yang lebih besar. Selain itu
dengan menggunakan model HKSA, akan lebih banyak menghemat biaya atau
lebih ekonomis, karena untuk mendapatkan obat baru dengan aktivitas yang
dikehendaki, faktor coba-coba ditekan sekecil mungkin sehingga jalur sintesis
menjadi lebih pendek (Siswandono dan Susilowati, 1998).
HKSA biologis tersebut dinyatakan dengan model matematis, sehingga
sering disebut sebagai Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA) atau
Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR). Asumsi mendasar dari
HKSA adalah terdapatnya hubungan kuantitatif antara sifat mikroskopis yaitu
struktur molekul dengan sifat makroskopis / empiris yaitu aktivitas biologis dari
suatu molekul (Lee dkk., 1996). Parameter elektronik seperti muatan bersih atom
dan momen dipol serta parameter non elektronik seperti sifat fisika kimia
atom/molekul digunakan bersamaan untuk menentukan suatu hubungan atom dan
molekul dalam ruang (Salter-Duke dkk., 2000).
29
1
xlix
Berdasarkan parameter yang digunakan, kajian HKSA digolongkan dalam
tiga metode, yaitu : metode Hansch, metode Free-Wilson dan metode QSAR-3D
atau CoMFA (Comparative Molecular Field Analysis) (Sudarmanto, 2002).
Metode Hansch mengemukakan suatu konsep bahwa hubungan struktur kimia
dengan aktivitas biologis (log 1/C) suatu turunan senyawa dapat dinyatakan secara
kuantitatif melalui parameter-parameter sifat fisika kimia dari senyawa beupa
parameter hidrofobik (π), elektronik (σ), dan sterik (Es) yang terdapat pada
molekul. Model pendekatan ini disebut pula model hubungan energi bebas linear
(linear free energy relationship = LFER) atau pendekatan ekstratermodinamik,
yaitu suatu model matematik yang dikembangkan dari hubungan reaktivitas kimia
dengan parameter substituen yang dikemukakan oleh Hammet pada tahun 1938
(Kubinyi, 1993). Aktivitas biologis umumnya berupa resiprok (log 1/C). Hal ini
dikarenakan dengan menggunakan resiprok akan diperoleh hubungan yang valid.
Yang terpenting, dengan menggunakan resiprok untuk aktivitas biologis akan
diperoleh kemiringan garis regresi (slope) yang positif (Block, 2004).
Tujuan HKSA adalah untuk memprediksikan hubungan kuantitatif antara
deskripsi dari sifat-sifat fisika senyawa dan aktivitas biologis (Davis, 1994).
Tujuan lain dari HKSA adalah untuk menentukan struktur senyawa yang dapat
menghasilkan ikatan optimum dengan reseptor, dan untuk mendesain satu seri
senyawa untuk memaksimalkan informasi berkaitan dengan struktur untuk
aktivitas dari sejumlah kecil senyawa uji (Block, 2004). Diharapkan hasil HKSA
akan memberikan pengertian mengenai sifat molekular yang sangat
30
1
l
mempengaruhi aktivitas, dan membuka jalan bagi optimisasi aktivitas biologis
dalam satu seri senyawa (Davis, 1994).
F. Kimia Komputasi
Kimia komputasi merupakan disiplin ilmu yang baru. Hampir sama
dengan disiplin ilmu kimia lainnya, kimia komputasi menggunakan sarana untuk
mengetahui reaksi dan proses kimia dalam suatu sistem. Para ilmuwan
menggunakan perangkat lunak komputer untuk mendapatkan informasi tentang
proses kimia yang terjadi (Dearing, 1988).
Perkembangan eksperimen komputer mengubah secara substansial
hubungan tradisional antara teori dan eksperimen. Simulasi komputer
membutuhkan suatu metode yang akurat dalam memodelkan sistem yang dikaji.
Simulasi sering dapat dilakukan dengan kondisi yang sangat mirip dengan
eksperimen sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan
secara langsung dengan eksperimen. Metode kimia komputasi ini memungkinkan
para kimiawan untuk melakukan penentuan struktur dan sifat suatu sistem kimia
dengan cepat dengan mempelajari sifat molekul dan interaksi antar molekul
(Pranowo, 2004).
Kimia komputasi tidak dapat dilepaskan dengan pengertain pemodelan
molekul. Pemodelan molekul dengan menggunakan teknik komputer
dimaksudkan untuk menghasilkan data tentang sifat struktur suatu senyawa yang
dapat melengkapi data eksperimen. Ruang lingkup kimia kumputasi menyangkut
simulasi dinamika molekul, mekanika statistik, sifat struktur, HKSA, mekanika
31
1
li
reaksi, hubungan energi dan struktur, visualisasi molekul dan interaksi antar
molekul (Pranowo, 2004).
HyperChem merupakan program yang dapat secara teliti digunakan untuk
mengetahui struktur, stabilitas dan sifat molekul dengan menggunakan
perhitungan mekanika molekular maupun mekanika kuantum. Dengan
HyperChem dapat dilakukan eksplorasi model energi permukaan potensial secara
klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan
dalam mencari keadaan transisi. Perhitungan single point dapat digunakan untuk
menentukan energi molekul dari struktur yang telah ditentukan (tanpa proses
optimasi). Perhitungan optimasi geometri menggunakan algoritma minimisasi
energi untuk mendapatkan struktur yang paling stabil (Pranowo, 2004).
Program ini menyediakan metode sederhana untuk menghasilkan struktur
molekul 3D dan terdapat 10 jenis metode semiempiris untuk mengoptimasi
geometri suatu senyawa agar didapatkan struktur yang paling stabil. Perhitungan
semiempirik dilakukan dari atom hidrogen sampai xenon, termasuk logam
transisi. HyperChem menawarkan 10 metode molekul orbital semiempirik, dengan
pilihan untuk senyawa organik dan senyawa-senyawa gugus utama, untuk
senyawa-senyawa transisi dan untuk simulasi spektra. Kesepuluh metode
semiempiris yang terdapat dalam program HyperChem adalah Extended Huckel
(oleh Hoffman), CNDO dan INDO (oleh People dkk), MINDO3, MNDO,
MNDO/d, dan AM1 (oleh Dewar dkk), PM3 (oleh Stewart), ZINDO/1 dan
ZINDO/s (oleh Zerner dkk). Selain metode semiempiris, terdapat pula metode ab
32
1
lii
initio yang dilengkapi dengan variasi himpunan basis yang dapat digunakan untuk
menentukan sifat struktur molekul secara akurat (Pranowo, 2004).
G. Metode PM3
Perkembangan kimia komputasi, terutama dalam penerapan perhitungan
kimia kuantum yang berlangsung dengan pesat memungkinkan untuk
dilakukannya pemodelan molekul dan eksplorasi sifat fisika kimia suatu struktur
molekul. Metode kimia kuantum yang sering digunakan dalam perhitungan
senyawa organik adalah metode AM1 dan PM3. Sifat fisika kimia yang dihitung
dengan metode kimia kuantum semiempirik tersebut dapat diterapkan dalam
analisis HKSA menggunakan model Hansch. Berbagai penelitian tentang
penggunaan deskriptor kimia kuantum dalam studi HKSA telah banyak
dilaporkan, yang memberikan hasil dengan baik (Lee dkk., 1996, Tahir, 2000,
Sudarmanto, 2002).
PM3 pertama kali dikembangkan oleh James J.P. Stewart. PM3
merupakan metode parameterisasi ke tiga dari NDDO (Neglect of Diatomic
Differential Overlap) dengan MNDO dan AM1 sebagai yang pertama dan kedua.
Metode PM3 sangat baik dan cukup berguna sebagai metode perhitungan untuk
senyawa organik yang bervariasi secara luas (Pranowo, 2004). PM3 berbeda dari
metode AM1 hanya pada nilai parameter yang digunakan. Umumnya interaksi
non ikatan yang dihitung dengan PM3 hasilnya tidak lebih baik dibanding AM1
(Clark, 1985).
33
1
liii
Metode PM3 digunakan untuk menghitung semua parameter secara
bersamaan, dan melibatkan ratusan data dari basis set yang lebih banyak daripada
metode lain. PM3 memiliki set parameter-parameter terbaik untuk data
eksperimen. Tetapi dalam prosesnya, masih diperlukan intervensi pengguna,
dalam pemilihan data eksperimental. Metode ini diparameterisasi untuk beberapa
unsur utama, terkhusus atom : H, Li, C, N, O, F, Mg, Al, Si, P, S, Cl, Zn, Ga, Ge,
As, Se, Br, Cd, In, Sn, Sb, Te, I, Hg, Ti, Pb, Bi Po dan At. Jumlah logam transisi
yang dapat dihitung dengan metode ini juga bertambah, dan melibatkan orbital d
(Jensen, 1999).
H. Analisis Statistik
Dalam penelitian, biasa digunakan model suatu hubungan fungsional
antara peubah. Dengan model tersebut kelakuan sistem yang akan diteliti dapat
dipahami, diterangkan, dikendalikan, dan kemudian diprediksikan. Prediksi
memiliki arti yang khusus yaitu inter- atau ekstrapolasi (Sembiring, 2003).
Model dapat membantu penentuan hubungan sebab akibat (kausal) antara
dua atau lebih peubah (Sembiring, 2003). Untuk mengetahui hubungan kuantitatif
antara struktur kimia dan aktivitas biologis melalui parameter sifat kimia fisika,
dapat dilakukan perhitungan statistik dengan bantuan komputer, dengan
menggunakan program MICROSAT, ABSTAT, PCN, QSAR, MINITAB,
STATGRAPH, SPSS atau program yang lain (Siswandono dan Soekardjo, 1995),
namun ada tidaknya hubungan kausal antara peubah tidak dapat diputuskan
dengan hanya menggunakan data statistik. Secara umum, model merupakan
34
1
liv
penyederhanaan dan abstraksi dari keadaan alam yang sesungguhnya. Dalam hal
ini model akan selalu berbentuk fungsi dan regresi (Sembiring, 2003).
Salah satu metode statistik yang digunakan dalam analisis HKSA adalah
metode korelasi. Metode ini mengidentifikasi hubungan kuantitatif antara x-
deskriptor dan aktivitas biologis. Hansch pertama kali menggunakan multiple
linear regression (regresi linear multivariat) sebagai metode statistik dalam
HKSA dan metode ini masih digunakan sampai sekarang (Davis, 1994). Regresi
linear multivariat hanya dibatasi untuk jumlah deskriptor kurang dari 20. Dalam
metode ini dianggap bahwa semua deskriptor tidak berkorelasi satu sama lain dan
semua deskriptor memiliki pengaruh yang penting terhadap aktivitas (Davis,
1994). Hal ini dikarenakan data yang digunakan adalah data percobaan
laboratorium yang tidak lagi menggambarkan keadaan alamiah, tetapi telah
dimanipulasi oleh peneliti (Sembiring, 2003).
Regresi linear untuk satu parameter fisika kimia dapat dinyatakan melalui
persamaan sebagai berikut :
Y = aX + b (2)
dimana, Y = aktivitas biologis ; X = parameter sifat fisika kimia ; a, b = koefisien
Regresi linear untuk dua parameter sifat fisika kimia atau lebih dapat dinyatakan
melalui persamaan sebagai berikut :
Y = aX1 + bX2 + cX3 + d (3)
dimana X1, X2, X3 = parameter – parameter sifat fisika kimia 1, 2, 3 (Siswandono
dan Soekardjo, 1995).
35
1
lv
Keabsahan persamaan yang diperoleh dan arti perbedaan parameter yang
digunakan dalam hubungan struktur-aktivitas model Hansch dapat dilihat dengan
beberapa kriteria statistik, antara lain :
1. Nilai R (koefisien korelasi)
Nilai R menunjukkan tingkat hubungan antara data aktivitas biologis dari
pengamatan percobaan dengan data hasil perhitungan berdasarkan persamaan
yang diperoleh dari analisis regresi. Koefisien korelasi bernilai mulai dari 0
sampai 1. Dalam penelitian HKSA dicoba dicapai suatu nilai R yang lebih
besar dari 0,9, sebab semakin tinggi nilai R maka semakin baik hubungannya
(Siswandono dan Soekardjo, 1995). Hubungan yang sangat kuat antara
variabel bebas dan variabel tergantung sebenarnya telah tercapai pada nilai R
antara 0,8 sampai dengan 1 (Anonim, 2006).
2. Nilai R2 (koefisien determinasi)
Nilai R2 menunjukkan berapa persen aktivitas biologis yang dapat
dijelaskan hubungannya dengan parameter sifat fisika kimia yang digunakan.
Misalnya suatu hubungan yang mempunyai nilai R = 0,990 berarti dapat
menjelaskan (0,990)2 x 100% = 98% dari variasi antar data (Siswandono dan
Soekardjo, 1995).
3. Nilai F
Nilai F menunjukkan kemaknaan hubungan bila dibandingkan dengan
tabel F. Makin besar nilai F makin besar derajat kemaknaan hubungan.
Semakin tinggi nilai F semakin kecil kemungkinan hubungan tersebut adalah
karena kebetulan (Siswandono dan Soekardjo, 1995). Persamaan yang
36
1
lvi
memenuhi syarat siginifikansi pada tingkat kepercayaan 95% adalah
persamaan yang memiliki nilai Fhitung/Ftabel lebih besar dari 1 atau Fhitung lebih
besar daripada Ftabel (Yuliana, 2005).
4. Nilai Standard Error (SE)
Nilai SE merupakan simpangan baku yang menunjukkan nilai variasi
kesalahan dalam percobaan (Siswandono dan Soekardjo, 1995).
5. Predicted Residual Sum of Square (PRESS)
Salah satu tujuan pembentukan model ialah untuk prediksi dan salah satu
patokan prediksi yang baik ialah prediksi dengan nilai yang diprediksi sama
atau hampir sama. Nilai PRESS merupakan selisih antara hasil prediksi
dengan nilai yang diprediksi (eksperimen). Model yang baik adalah model
yang menghasilkan PRESS yang kecil dalam kelompok parameter (Sembiring,
2003).
Menurut Hansch, aktivitas biologis dipengaruhi oleh parameter elektronik,
sterik, dan hidrofobisitas dari suatu senyawa (Siswandono dan Soekardjo, 1995).
Berdasarkan konsep ini, maka model persamaan terbaik juga ditentukan dari
terpenuhinya ketiga parameter tersebut.
I. Keterangan Empiris
Penelitian ini dapat menghasilkan model persamaan HKSA terbaik dengan
deskriptor yang ditentukan berdasarkan hasil perhitungan semiempiris PM3. Dari
model persamaan terbaik ini dapat digambarkan hubungan kuantitatif struktur
37
1
lvii
senyawa vinkadiformina dan turunannya, melalui parameter teoretis meliputi
parameter elektronik, sterik, dan hidrofobisitas, dengan aktivitas yang didasarkan
pada konsentrasi yang dapat menghambat pertumbuhan P. falciparum sebanyak
50% (log 1/IC50).
38
1
lviii
BAB III
METODOLOGI PENELITIAN
A. Jenis dan Rancangan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mencari hubungan antar variabel dengan
cara menganalisis data yang telah dikumpulkan (Sastroasmoro dan Ismael, 1995).
Hubungan yang dimaksud adalah hubungan antara struktur senyawa
vinkadiformina dan turunannya dengan aktivitasnya sebagai antimalaria.
Jenis dan rancangan penelitian ini termasuk penelitian eksperimental
kuasi. Pada penelitian ini digunakan data aktivitas antimalaria dari 16 sampel
yang telah mengalami perlakuan pada penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh
Mustofa (2001). Senyawa vinkadiformina telah mengalami modifikasi struktur
yang menghasilkan satu seri senyawa vinkadiformina dan turunannya dan diuji
aktivitas antimalarianya. Dapat dikatakan data aktivitas yang diperoleh adalah
data sekunder. Pemilihan 16 struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya
sebagai sampel tidak dilakukan secara acak, melainkan telah ditetapkan secara
pasti.
B. Variabel dan Definisi Variabel
1. Variabel bebas
Variabel bebas dalam penelitian ini adalah deskriptor-deskriptor yang
mewakili parameter Hansch. Parameter elektronik berupa momen dipol (μ),
Highest Occupied Molecular Orbitals Energy (EHOMO) dan Lowest Unoccupied
39
1
lix
Molecular Energy (ELUMO) yang diwakili oleh ΔE (ELUMO - EHOMO), dan muatan
bersih atom (q) pada atom C1 (qC1), C2 (qC2), C3 (qC3), C4 (qC4), C5 (qC5), N6
(qN6), C7 (qC7), C8 (qC8), C9 (qC9). Parameter sterik yang digunakan adalah luas
permukaan (SA), volume (V), polarisabilitas molekular (∂), refraktivitas molar
(MR) dan massa (M). Parameter hidrofobisitas diwakili oleh log P.
NH
N
O O
12
34 6
7
89
5
Gambar 13. Struktur senyawa vinkadiformina dengan penomeran atom tidak mengikuti kaidah tatanama senyawa dan
hanya digunakan untuk penelitian ini saja
2. Variabel tergantung
Variabel tergantung dalam penelitian ini adalah nilai log 1/IC50. Nilai ini
menggambarkan aktivitas senyawa vinkadiformina dan turunannya sebagai
antimalaria yang didasarkan pada konsentrasi yang dapat menghambat
pertumbuhan P. falciparum sebanyak 50%.
C. Bahan dan Alat Penelitian
1. Bahan penelitian
Penelitian ini menggunakan satu set data struktur dan aktivitas dari 16
senyawa vinkadiformina dan turunannya yang diperoleh dari Mustofa (2001).
40
1
lx
Mustofa telah mensintesis dan menguji aktivitas antimalaria keenambelas
senyawa tersebut terhadap P. falciparum yang tergolong sensitif terhadap
senyawa klorokuin yaitu sel Nigerian, seperti tercantum dalam tabel I.
Tabel I. Struktur senyawa senyawa vinkadiformina dan turunannya
No Struktur senyawa 1
NH
NH
O O
2
NH
NH
O2N
O O
3
NH
NH
NO2
4
NH
NH
NO2
O2N
5
NH
NH
NO2
Br
No Struktur senyawa 6
N
NH
NO2
O O
7
N
NH
NO2
O O
Br
8
N
NH
ClO O
9
N
NH
Cl
O O
O2N
10
N
NH
Cl
O O
Br
Vinka-2
Vinkadiformina
Vinka-3
Vinka-4
Vinka-5
Vinka-6
Vinka-7
Vinka-8
Vinka-9
Vinka-10
41
1
i
No Struktur senyawa 11
N
NH
O O
12
N
NH
O
ClOO
13
NH
NH
Br
H
NO2
OO
14
N
NH
ClOO
15
NN
O
H
H
O
OHO
16
NN
OO
H
H
O
OO
HN
Vinka-13
Vinka-14
Vinka-15
Vinka-16
Vinka-11
Vinka-12
42
1
ii
Tabel II. Data aktivitas (log 1/IC50) senyawa vinkadiformina dan turunannya
No Senyawa log 1/IC50 1 Vinkadiformina -2,1455 2 Vinka-2 -1,5416 3 Vinka-3 -1,9274 4 Vinka-4 -1,1614 5 Vinka-5 -1,3784 6 Vinka-6 -2,3555 7 Vinka-7 -2,2363 8 Vinka-8 -1,3802 9 Vinka-9 -1,1399 10 Vinka-10 -1,3181 11 Vinka-11 -1,7973 12 Vinka-12 -1,4298 13 Vinka-13 -2,0535 14 Vinka-14 -2,0233 15 Vinka-15 -1,0253 16 Vinka-16 -2,0418
2. Alat penelitian
Penelitian ini menggunakan alat yang meliputi perangkat keras dan lunak.
Perangkat keras berupa satu set komputer AMD Sempron 2200 1,49 GHz dengan
kapasitas memori 512 MB yang mampu digunakan untuk melakukan perhitungan
kimia komputasi. Perangkat lunak berupa paket program komputer HyperChem
Pro ver.6.0 untuk melakukan perhitungan kimia kuantum. Perhitungan statistik
dilakukan dengan program SPSS 11.0 for Windows.
D. Tata Cara Penelitian
1. Optimasi geometri struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya dengan
metode PM3
43
1
iii
Langkah awal penelitian ini adalah dengan menggambar masing-masing
senyawa vinkadiformina beserta turunannya yang terdapat dalam tabel 1 dalam
bentuk dua dimensi (2D). Penggambaran dilakukan dengan paket program
HyperChem. Penambahan atom H dilakukan untuk melengkapi struktur dengan
memilih menu [Build] [Add hydrogens]. Selanjutnya, struktur senyawa dalam
bentuk 2D diubah menjadi 3D dengan memilih menu [Build] [Add H & Model
Build]. Struktur 3D dioptimasi geometri menggunakan metode PM3 dengan
algoritma Polak-Ribiere. Sebelum optimasi geometri dijalankan, perlu dilakukan
pengaturan pada program HyperChem yaitu dengan memilih [Setup] [Semi-
empirical] [PM3] [Option] [Convergence limit] 0,001 kkal/Å.mol [Iteration limit]
32767 [Accelerate convergence] [√]. Optimasi geometri dijalankan dengan
memilih menu [Compute] [Geometry optimization] [Polak-Ribiere] [RMS
Gradient of] 0,001 kkal/Å.mol or 500 maximum cycles [Screen refresh period] 1
cycles. Optimasi dihentikan setelah tercapai batas konvergensi yang telah
ditetapkan yaitu 0,001 kkal/Å.mol. Struktur yang telah dioptimasi disimpan
sebagai file.hin.
2. Perhitungan sifat fisika kimia senyawa vinkadiformina dan turunannya
Perhitungan sifat kimia fisika dilakukan pada struktur senyawa
vinkadiformina beserta turunannya yang telah dioptimasi. Perhitungan dilakukan
untuk memperoleh nilai deskriptor elektronik, sterik, dan hidrofobisitas yang akan
dijadikan variabel bebas. Dalam penelitian ini digunakan dua jenis perhitungan,
yaitu perhitungan single point dan QSAR properties.
44
1
iv
Perhitungan single point digunakan untuk memperoleh data nilai muatan
bersih atom (qC1, qC2, qC3, qC4, qC5, qN6, qC7, qC8, qC9), momen dipol (μ).
Perhitungan ini diawali dengan memilih [File] [Start log], kemudian perhitungan
single point dilakukan dengan memilih menu [Compute] [Single point], lalu
dipilih menu [File] [Stop log] untuk menghentikan pencatatan data. Data yang
telah tercatat disimpan dalam bentuk file.log. Untuk memperoleh data nilai EHOMO
dan ELUMO dilakukan perhitungan orbitals setelah dilakukan perhitungan single
point. Perhitungan orbitals dilakukan dengan memilih menu [Compute] [Single
point] [Orbitals]. Data nilai polarisabilitas molekular (∂), luas permukaan (SA),
volume (V), refraktivitas molar (MR), dan massa (M) diperoleh dengan
perhitungan QSAR properties, yaitu dengan memilih menu [Compute] [QSAR
properties] memilih variabel yang dinginkan [Compute].
E. Analisis Data dan Hasil
1. Analisis regresi multivariat
Analisis regresi multivariat dilakukan terhadap variabel bebas dan variabel
tergantung untuk mengetahui HKSA senyawa vinkadiformina dan turunannya
sebagai antimalaria. Metode yang digunakan dalam analisis regresi multivariat
adalah metode backward yang diolah dengan SPSS 11.0 for Windows. Analisis ini
menghasilkan suatu model persamaan matematis.
2. Analisis kriteria statistik model persamaan matematis
Model persamaan terbaik dipilih dengan menganalisis model-model
persamaan matematis berdasarkan kriteria statistik yang meliputi keterwakilan
45
1
v
parameter Hansch, nilai R, nilai adjusted R2, nilai Fhitung/Ftabel, dan nilai SE.
Selanjutnya pemilihan model dilakukan berdasarkan parameter PRESS. Model
persamaan terbaik adalah model persamaan yang mewakili ketiga parameter
Hansch, memiliki nilai R > 0,8, memiliki nilai adjusted R2 yang tinggi, memiliki
nilai Fhitung/Ftabel lebih dari 1, memiliki nilai SE rendah, dan memiliki nilai PRESS
yang terkecil.
46
1
vi
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Optimasi Geometri Senyawa Vinkadiformina dan Turunannya
dengan Metode PM3
Semua senyawa dalam seri senyawa vinkadiformina dan turunannya
diperoleh dari Mustofa (2001). Senyawa yang diambil sebagai senyawa penuntun
(lead compound) adalah senyawa vinkadiformina. Berikut merupakan gambar
kerangka struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya.
N
H
1
2
3
45
67
89
Gambar 14. Kerangka struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya. Penomoran atom tidak mengikuti kaidah tatanama senyawa dan hanya digunakan untuk pemodelan pada penelitian ini.
Penelitian ini menggunakan perangkat lunak Hyperchem Pro ver. 6.0.
yang digunakan dalam pemodelan struktur senyawa vinkadiformina dan
turunannya dan perhitungan kimia komputasi untuk memperoleh data sifat fisika
kimia molekul. Langkah awal yang dilakukan dalam penelitian ini adalah
penggambaran struktur dua dimensi (2D) 16 senyawa vinkadiformina dan
turunannya. Selanjutnya ditambah dengan atom hidrogen pada setiap atom untuk
melengkapi struktur sebenarnya dan dibentuk menjadi struktur tiga dimensi (3D).
Penggambaran struktur 3D dilakukan untuk menvisualisasikan struktur senyawa
47
1
vii
dalam ruang. Struktur senyawa haruslah spesifik dan berkesesuaian dengan
reseptor. Struktur 3D ini diharapkan dapat menggambarkan struktur yang
mendekati keadaan sebenarnya apabila terikat dengan reseptornya.
Sebelum dilakukan perhitungan sifat fisika kimia senyawa, 16 senyawa
vinkadiformina dan turunannya dioptimasi geometri terlebih dahulu. Optimasi
geometri merupakan suatu cara untuk menghitung tampilan struktur molekul yang
mempunyai energi terendah dan gaya-gaya atomik terkecil. Optimasi geometri
bertujuan untuk mendapatkan bentuk dan struktur molekul yang paling stabil dan
mempunyai energi potensial paling rendah. Metode optimasi yang digunakan
adalah metode Polak Ribiere hingga diperoleh konvergensi yang efisien. Pada
proses optimasi geometri senyawa ini, ditentukan nilai limit konvergensi sebesar
0,001 kkal/Å.mol. Senyawa mengalami iterasi mencari bentuk konformasi yang
stabil dengan energi potensial yang paling rendah dan mempunyai konvergensi
0,001 kkal/Å.mol. Konvergensi yang dimaksud disini adalah gradien antara
perubahan energi dibagi perubahan posisi sampai mendekati 0,001 kkal/Å.mol.
Apabila nilai gradien tersebut telah didapat, maka senyawa akan berhenti
mengalami perubahan konformasi. Bentuk senyawa yang telah dioptimasi ini
merupakan bentuk yang relatif stabil yaitu menggambarkan struktur dan jarak
yang sebenarnya di alam.
Senyawa yang telah mengalami optimasi akan mempunyai bentuk
konformasi yang berbeda dengan senyawa sebelum mengalami optimasi. Senyawa
yang telah mengalami optimasi akan memiliki struktur yang melebar, sebab
gugus-gugus yang ada di dalam senyawa cenderung mengandung muatan yang
48
1
viii
berlawanan akibat pengaruh induksi awan elektron pada atom maupun gugus
tertentu.
Gambar 15 menunjukkan senyawa vinkadiformina sebelum mengalami
optimasi geometri. Gambar 16 menunjukkan senyawa vinkadiformina sesudah
mengalami optimasi geometri. Atom O yang membentuk sudut (X-Y-Z) pada
senyawa sebelum dan sesudah optimasi mempunyai besar sudut yang berbeda.
Pada senyawa vinkadiformina sesudah mengalami optimasi membentuk sudut
yang lebih besar (118,634o) dibanding senyawa vinkadiformina sebelum
mengalami optimasi (109,471o). Perubahan sudut ini menyebabkan terjadinya
pelebaran jarak (r) antara atom di kiri dan atom di kanan O (X-Z) pada senyawa
vinkadiformina sebelum mengalami optimasi dan senyawa vinkadiformina
sesudah mengalami optimasi yaitu dari 2,278 Å menjadi 2,393 Å. Hal ini juga
terjadi pada atom-atom lain yang berinteraksi satu sama lain.
Gambar 15. Model stick & ball senyawa vinkadiformina sebelum optimasi
geometri
Atom N
Atom O
Atom H
Atom C
49
1
ix
Gambar 16. Model stick & ball senyawa vinkadiformina sesudah optimasi geometri
Perubahan energi juga terjadi akibat perubahan sudut dan jarak antar tiap
atom tersebut. Nilai energi ini diperoleh dari perhitugan single point. Energi
senyawa vinkadiformina sesudah mengalami optimasi lebih kecil (125,941
kkal/mol) dibanding energi senyawa vinkadiformina sebelum mengalami optimasi
(259,916 kkal/mol). Dari senyawa hasil optimasi inilah akan dilakukan
perhitungan kimia komputasi untuk memperoleh data sifat fisika kimia yang
representatif.
B. Perhitungan Sifat Fisika Kimia Senyawa Vinkadiformina dan
Turunannya
Dalam penelitian ini digunakan model pendekatan hubungan kuantitatif
struktur-aktivitas Hansch. Hansch mengemukakan bahwa hubungan kuantitatif
Y Z
X
50
1
x
struktur kimia dengan aktivitas (log 1/IC50) suatu turunan senyawa dapat
dinyatakan secara kuantitatif melalui parameter-parameter sifat fisika kimia dari
substituen yaitu parameter elektronik, sterik, dan hidrofobik (Siswandono dan
Soekardjo, 1998). Perhitungan sifat fisika kimia ini dilakukan setelah 16 senyawa
vinkadiformina dan turunannya dioptimasi geometri.
Parameter elektronik yang digunakan meliputi parameter elektronik yang
bersifat atomik dan molekuler. Parameter elektronik atomik diwakili oleh muatan
bersih atom (q) pada atom C1, C2, C3, C4, C5, N6, C7, C8, C9 yang didapat dari
perhitungan single point setelah proses optimasi geometri. Sedangkan Parameter
elektronik molekuler diwakili oleh momen dipol dan ΔE (EHOMO - ELUMO).
Parameter elektronik tersebut saling berhubungan satu sama lain. Terutama dalam
hal penentuan medan elektrostatik molekul obat untuk membentuk ikatan antara
obat-reseptor baik pada awal kontak maupun selama kontak.
Penentuan EHOMO dan ELUMO sangat menentukan dalam proses reaksi
kimia, karena transisi elektron terluar merupakan salah satu faktor yang berperan
dalam reaktivitas dalam kebanyakan reaksi kimia. EHOMO dikaitkan dengan
potensial ionisasi dan memberikan sifat kerentanan terhadap serangan elektrofil,
dan ELUMO dikaitkan dengan afinitas elektron dan memberikan sifat kerentanan
terhadap serangan nukleofil (Karelson dkk, 1996). Energi dalam keadaan HOMO
dan LUMO didapatkan dengan cara menentukan orbital molekul setelah proses
optimasi geometri. Reaktivitas yang ditunjukkan lewat EHOMO dan ELUMO, dalam
penelitian ini diwakili oleh ΔE yang merupakan selisih antara ELUMO dan EHOMO.
Nilai ΔE yang semakin kecil akan menunjukkan reaktivitas yang meningkat.
51
1
xi
Momen dipol berhubungan dengan delokalisasi dengan elektron pada
molekul sehingga akan terbentuk deferensiasi karakter elektrik masing-masing
atom. Secara langsung momen dipol akan berhubungan dengan polarisabilitas dan
koefisien partisi (log P). Nilai momen dipol dipengaruhi oleh jarak antar atom
dalam suatu molekul, oleh karena itu pertimbangan dalam menentukan aktivitas
prediksi optimal meliputi juga efek sterik dari senyawa obat tersebut.
Parameter sterik yaitu luas permukaan, volume, polarisabilitas,
refraktivitas molar dan massa berpengaruh dalam menentukan ukuran molekul
senyawa yang menentukan ikatan dengan reseptor. Perhitungan parameter ini
diperoleh dari perhitungan QSAR properties.
Parameter lain yang digunakan yaitu parameter hidrofobik yang diwakili
oleh koefisien partisi (log P) senyawa obat. Parameter log P merupakan
perbandingan kelarutan senyawa dalam oktanol dan kelarutan dalam H2O yang
melambangkan kelarutan senyawa dalam media organik yang bersangkutan
dengan proses masuknya obat menembus membran sel, dalam hal ini adalah sel
Nigerian yang telah diinfeksi plasmodia dari P. falciparum. Perhitungan
parameter ini diperoleh dari perhitungan QSAR properties.
Deskriptor-deskriptor yang mewakili 3 parameter sifat fisika kimia
senyawa vinkadiformina dan turunannya seluruhnya berjumlah 17. Tabel III
menyajikan deskriptor-deskriptor yang dihitung dengan menggunakan
perhitungan semiempirik PM3 beserta simbol dan satuannya.
52
1
xii
Tabel III. Deskriptor-deskriptor yang dihitung menggunakan metode PM3
Parameter Simbol Satuan Parameter elektronik
Muatan bersih atom C1 qC1 Coulomb Muatan bersih atom C2 qC2 Coulomb Muatan bersih atom C3 qC3 Coulomb Muatan bersih atom C4 qC4 Coulomb Muatan bersih atom C5 qC5 Coulomb Muatan bersih atom N6 qN6 Coulomb Muatan bersih atom C7 qC7 Coulomb Muatan bersih atom C8 qC8 Coulomb Muatan bersih atom C9 qC9 Coulomb
Momen dipol µ Debye ELUMO - EHOMO ΔE kkal/mol
Parameter hidrofobik Koefisien partisi log P -
Parameter sterik Luas permukaan (grid) SA Å2
Refraktivitas molar MR Å3 Volume molekular V Å3
Polarisabilitas molekular ∂ Å3 Massa M Sma
C. Analisis Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas Senyawa
Vinkadiformina dan Turunannya
Setelah mendapatkan data sifat fisika kimia senyawa, kemudian dilakukan
pengolahan data dan analisis statistik menggunakan paket program SPSS 11.0. for
Windows. Pengolahan data dilakukan dengan menggunakan regresi linear
multivariat metode backward dengan variabel bebas adalah deskriptor-deskriptor
elektronik, hidrofobik, dan sterik; dan sebagai variabel tergantung adalah log
1/IC50. Analisis regresi ini nantinya akan menghasilkan beberapa model
persamaan, yang digunakan untuk menggambarkan hubungan antara deskriptor-
53
1
xiii
deskriptor manakah yang berpengaruh secara dominan terhadap aktivitas
antimalaria senyawa vinkadiformina dan turunannya. Pemilihan model persamaan
terbaik dilakukan dengan analisis berdasarkan kriteria Hansch dan kriteria statistik
yaitu R, R2, SE (Standar Error),signifikansi, rasio Fhitung dan Ftabel, dan PRESS.
Metode backward digunakan untuk melihat deskriptor-deskriptor yang
berpengaruh dominan terhadap aktivitas antimalaria. Deskriptor-deskriptor yang
mempunyai pengaruh kecil akan dikeluarkan satu persatu dengan metode ini.
Analisis yang dilakukan menghasilkan 7 model persamaan.
Tabel IV. Deskriptor-deskriptor yang terlibat di dalam model persamaan
Model deskriptor n m
1 qC1, qC4, qC5, qN6, qC7, qC8, qC9, grid, log P, refraktivitas, polarisabilitas, momen dipol, massa, ΔE 16 14
2 qC1, qC4, qC5, qN6, qC7, qC8, qC9, log P, refraktivitas, polarisabilitas, momen dipol, massa, ΔE 16 13
3 qC1, qC4, qC5, qN6, qC7, qC9, log P, refraktivitas, polarisabilitas, momen dipol, massa, ΔE 16 12
4 qC1, qC4, qC5, qN6, qC7, qC9, log P, polarisabilitas, momen dipol, massa, ΔE 16 11
5 qC1, qC4, qC5, qC7, qC9, log P, polarisabilitas, momen dipol, massa, ΔE 16 10
6 qC1, qC4, qC5, qC7, qC9, log P, polarisabilitas, massa, ΔE 16 9 7 qC1, qC4, qC5, qC7, qC9, log P, polarisabilitas, massa 16 8
Keterangan : n = jumlah senyawa ; m = jumlah deskriptor pada model persamaan
Pemilihan model persamaan terbaik dilakukan dengan analisis berdasarkan
kriteria statistik yaitu R, R2, SE (Standar Error), signifikansi, rasio Fhitung dan
Ftabel, dan PRESS. Kriteria Hansch mengemukakan bahwa untuk menyatakan
hubungan struktur kimia dengan aktivitas biologis (log 1/C50) suatu turunan
senyawa secara kuantitatif diperlukan parameter-parameter sifat fisika kimia dari
subtituen yaitu parameter hidrofobik (π), elektronik (σ), dan sterik (Es) yang
54
1
xiv
terdapat pada molekul. Dengan demikian model persamaan terbaik yang diperoleh
harus merupakan persamaan yang memenuhi kedua kriteria di atas yaitu kriteria
statistik dan kriteria Hansch.
Model persamaan terbaik dipilih yang mempunyai nilai R antara 0,8
sampai 1 atau nilai R square lebih besar dari 0,64. Maka dapat disimpulkan
bahwa model persamaan 1 hingga 7, semuanya memenuhi persyaratan ini.
Kriteria lain yang digunakan dalam pemilihan model persamaan terbaik adalah
nilai signifikansi kurang dari 0,05 dan nilai Fhitung/Ftabel lebih dari 1 yang
menunjukkan bahwa model persamaan tersebut memenuhi taraf kepercayaan
95%. Berdasarkan kriteria ini, model persamaan 1, 2, 3 dan 4 tidak memenuhi
taraf kepercayaan 95% sehingga persamaan 1, 2, 3 dan 4 dieliminasi.
Nilai standard error statistik model-model yang tersisa mempunyai variasi
yang tidak jauh berbeda. Namun dapat dilihat bahwa terdapat selisih yang besar
pada model persamaan 1, 2, 3 dan 4 dibandingkan model-model yang lain,
sehingga model persamaan tersebut dieliminasi untuk pertimbangan selanjutnya.
Tabel V. Nilai-nilai parameter statistik untuk mengeliminasi model persamaan
Model R R Square Adjusted R Square SE Sig Fhitung/Ftabel PRESS
1 0,9644 0,9302 -0,0477 0,4445 0,6774 - - 2 0,9643 0,9299 0,4746 0,3147 0,3763 - - 3 0,9643 0,9299 0,6495 0,2571 0,1762 - - 4 0,9642 0,9297 0,7364 0,2229 0,0713 - - 5 0,9603 0,9222 0,7665 0,2098 0,0316 1,2512 0,22016 0,9553 0,9126 0,7815 0,2030 0,0141 1,6984 0,24727 0,9421 0,8875 0,7590 0,2132 0,0097 1,8530 0,3181
Keterangan : R = koefisien korelasi ; SE = standard error ; F = kriteria Fisher hasil analisis ANOVA ; Sig = signifikansi F pada 95% ; PRESS = jumlah simpangan kuadrat prediksi
55
1
xv
Analisis selanjutnya dilakukan dengan melihat nilai PRESS. PRESS
merupakan jumlah kuadrat dari selisih log 1/IC50 eksperimen dengan log 1/IC50
prediksi. Nilai PRESS yang mendekati 0 atau dengan kata lain nilai PRESS yang
terkecil menunjukkan bahwa nilai log 1/IC50 prediksi yang dihasilkan dari
persamaan tersebut akan semakin mendekati niali log 1/IC50 eksperimen. Dengan
demikian model persamaan terbaik adalah model persamaan terbaik adalah model
persamaan dengan nilai PRESS yang terkecil.
Berdasarkan kriteria statistik yang harus dipenuhi untuk memilih model
persamaan terbaik maka model 5 dipilih sebagai model persamaan terbaik.
Parameter yang mewakili model persamaan 5 untuk memprediksi aktivitas
antimalaria senyawa vinkadiformina dan turunannya ini adalah qC1, qC4, qC5,
qC7, qC9, log P, polarisabilitas, momen dipol, massa, ΔE. Dari parameter-
parameter yang didapatkan maka dapat dikatakan bahwa model persamaan 5 juga
memenuhi kriteria Hansch. Model persamaan 5 inilah yang akan digunakan untuk
menggambarkan hubungan antara struktur kimia dengan aktivitas senyawa, yaitu :
Log 1/IC50 = 10,5159(qC1) - 32,2812(qC4) + 16,5090(qC5) +
5,6150(qC7) + 55,0047(qC9) + 0,9549(log P) -
0,3535(polarisabilitas) + 0,0102(Massa) -
0,0388(momen dipol) - 0,3754(ΔE) + 15,6241
Persamaan tersebut mempunyai nilai R sebesar 0,9603; R2 sebesar 0,9222;
adjusted R square sebesar 0,7665; Fhitung/Ftabel sebesar 1,2512; signifikansi sebesar
0,0316; SE sebesar 0,2098; dan nilai PRESS sebesar 0,2201.
56
1
xvi
Dari persamaan di atas, nilai R yang diperoleh mendekati 1 yaitu sebesar
0,9603. Hal ini menunjukkan bahwa terdapat korelasi yang bagus antara
parameter-parameter sifat fisika kimia dengan aktivitas senyawa sebagai
antimalaria. Nilai R2 sebesar 0,9222 merupakan koefisien simultan pengaruh
antara parameter sifat fisika kimia terhadap aktivitas senyawa sebagai antimalaria.
Nilai R2 dapat dinotasikan dengan bilangan % atau nilai R2 persamaan ini adalah
sebesar 92,22%. Nilai adjusted R square persamaan ini sebesar 0,7665 atau
76,65%. Nilai adjusted R square dinilai lebih mempresentasikan nilai pengaruh
yang sebenarnya karena apabila digunakan nilai R2, nilai R2 pasti akan mengalami
penambahan nilai ketika dimasukkan variabel baru walaupun variabel baru
tersebut secara parsial tidak signifikan. Nilai adjusted R square sebesar 0,7665
atau 76,65% berarti bahwa besarnya pengaruh antara parameter sifat fisika kimia
senyawa terhadap aktivitasnya sebagai antimalaria adalah sebesar 76,65%.
Parameter sifat fisika kimia lain yang tidak dapat dijelaskan oleh parameter yang
telah ada adalah sebesar 23,35%.
Nilai signifikansi kurang dari 0,05 (0,031596) dan nilai Fhitung/Ftabel lebih
dari 1 (1,251184) menunjukkan bahwa memang terdapat pengaruh yang
signifikan secara simultan antara parameter sifat fisika kimia senyawa terhadap
aktivitasnya sebagai antimalaria. Nilai PRESS model persamaan ini merupakan
nilai PRESS yang terkecil dibanding model persamaan lainnya yaitu sebesar
0,2201. Ini menunjukkan bahwa nilai log 1/IC50 prediksi yang dihasilkan dari
persamaan tersebut yang paling mendekati nilai log 1/IC50 eksperimen.
57
1
xvii
D. Makna Model Persamaan Terbaik
Model persamaan 5 merupakan model persamaan terbaik yang dapat
digunakan untuk menggambarkan hubungan antara struktur kimia senyawa
vinkadiformina dan turunannya dengan aktivitasnya sebagai antimalaria. Nilai log
1/IC50 prediksi yang dihasilkan dari model persamaan 5 diharapkan mempunyai
nilai yang paling mendekati dengan nilai log 1/IC50 eksperimen dibandingkan
model persamaan lainnya. Nilai log 1/IC50 prediksi yang semakin besar
menggambarkan bahwa nilai IC50 semakin kecil, artinya dengan konsentrasi yang
kecil dapat menghambat pertumbuhan P. falciparum sebanyak 50%. Nilai log
1/IC50 eksperimen dan log 1/IC50 prediksi serta nilai PRESS dapat dilihat pada
tabel VI. Nilai aktivitas prediksi dan eksperimen dapat digambarkan
menggunakan grafik, sehingga dapat dilihat apakah 16 senyawa mempunyai nilai
aktivitas eksperimen dan aktivitas prediksi yang hampir sama atau berbeda jauh.
Nilai aktivitas prediksi yang baik diharapkan sama besarnya atau
mendekati nilai aktivitas eksperimen yang dapat ditunjukkan dengan titik-titik
yang berada dekat dengan garis x=y. Dari grafik dapat dilihat bahwa 16 senyawa
mempunyai titik-titik yang berada dekat dengan garis x=y, ini berarti besarnya
nilai aktivitas eksperimen dan aktivitas prediksi hampir sama.
Parameter yang mewakili model persamaan 5 adalah parameter elektronik
yang diwakili oleh qC1, qC4, qC5, qC7, qC9, momen dipol, ΔE (ELUMO – EHOMO);
parameter sterik diwakili oleh massa, polarisabilitas; dan parameter hidrofobik
diwakili oleh log P. Parameter-parameter inilah yang digunakan untuk
memprediksi aktivitas antimalaria senyawa vinkadiformina dan turunannya.
58
1
xviii
Tabel VI. Nilai aktivitas prediksi yang dihitung dengan model persamaan 5
dan dibandingkan dengan aktivitas eksperimen
Senyawa Log 1/IC50 eksperimen
Log 1/IC50 prediksi Selisih (Selisih)2
1 -2,1455 -2,0700 0,0755 0,0057 2 -1,5416 -1,6160 -0,0744 0,0055 3 -1,9274 -1,8579 0,0695 0,0048 4 -1,1614 -1,2364 -0,0750 0,0056 5 -1,3784 -1,3996 -0,0212 0,0004 6 -2,3555 -2,3530 0,0025 0,0000 7 -2,2363 -2,2293 0,0070 0,0000 8 -1,3802 -1,7470 -0,3668 0,1345 9 -1,1399 -1,0083 0,1316 0,0173 10 -1,3181 -1,3007 0,0174 0,0003 11 -1,7973 -1,7057 0,0916 0,0084 12 -1,4298 -1,4845 -0,0547 0,0030 13 -2,0535 -2,0009 0,0526 0,0028 14 -2,0233 -1,8524 0,1709 0,0292 15 -1,0253 -1,0065 0,0188 0,0004 16 -2,0418 -2,0873 -0,0455 0,0021
Nilai PRESS 0,2200
-3
-2,5
-2
-1,5
-1
-0,5
0-3 -2,5 -2 -1,5 -1 -0,5 0
log 1/IC50 eksperimen
log
1/IC
50 p
redi
ksi
Gambar 17. Grafik PRESS pada persamaan 5
Log 1/IC50 eksperimen
Log
1/I
C50
pre
diks
i
59
1
xix
Muatan bersih atom menunjukkan muatan elektron pada atom-atom
tersebut. Muatan bersih atom inilah yang mempengaruhi ikatan elektrostatik
senyawa vinkadiformina dan turunannya dengan ADN plasmodia. Interaksi ini
diperkuat dengan adanya ikatan elektrostatik yaitu ikatan hidrogen antara atom N
pada cincin indol dengan basa purin ADN yaitu adenin. Dengan demikian
translasi dan transkripsi ADN plasmodia terganggu, sehingga mengurangi sintesis
ADN dan ARN plasmodia. Ikatan ini dipengaruhi oleh muatan elektron.
Berdasarkan model persamaan 5, parameter elektronik yang diwakili oleh muatan
bersih pada atom C1, C4, C5, C7, dan C9 mempunyai nilai mutlak koefisien yang
besar dibanding dengan parameter yang lain (tabel VII).
Tabel VII. Nilai koefisien dan nilai mutlak koefisien masing-masing parameter pada persamaan 5
Parameter Nilai koefisien Nilai mutlak koefisien
qC1 10,5159 10,5159 qC4 -32,2812 32,2812 qC5 16,5090 16,5090 qC7 5,6150 5,6150 qC9 55,0047 55,0047
Log P 0,9549 0,9549 Polarisabilitas -0,3535 0,3535
Massa 0,0102 0,0102 Momen dipol -0,0388 0,0388
ΔE -0,3754 0,3754
Hal ini menunjukkan bahwa ikatan elektrostatik senyawa vinkadiformina
dan turunannya dengan ADN plasmodia mempunyai kontribusi yang besar untuk
memprediksi aktivitas senyawa sebagai antimalaria. Perubahan kecil yang terjadi
60
1
xx
pada nilai muatan bersih pada atom C1, C4, C5, C7, dan C9 akan memberikan
perubahan nilai aktivitas yang signifikan. Muatan bersih atom pada atom C1, C2,
C3, N, C7, C8, C9 tersebut menunjukkan daerah sensitif senyawa turunan
vinkadiformina yang dapat berikatan dengan reseptor yaitu ADN plasmodia.
Daerah sensitif tersebut ditunjukkan oleh garis tebal pada gambar 18.
Gambar 18. Daerah sensitif senyawa turunan vinkadiformina
Momen dipol (μ) merupakan jumlah vektor dari momen ikatan dalam
molekul. Vektor menyangkut arah maupun besarnya momen ikatan, sehingga
momen dipol adalah ukuran kepolaran molekul secara keseluruhan (Fessenden
dan Fessenden, 1996). Momen dipol diperhitungkan dalam model persamaan
terbaik karena gambaran kepolaran senyawa dapat menunjukkan sifat kelarutan
senyawa tersebut serta juga dapat digunakan untuk menggambarkan kekuatan
ikatan senyawa dengan reseptor.
Parameter elektronik lain yang juga dapat digunakan untuk menunjukkan
reaktivitas senyawa vinkadiformina dan turunannya adalah ΔE. ΔE merupakan
selisih antara ELUMO dan EHOMO. EHOMO merupakan energi orbital molekul
tertinggi yang terisi elektron, sedangkan ELUMO adalah energi orbital meolekul
terendah yang tidak terisi elektron. EHOMO dikaitkan dengan potensial ionisasi dan
memberikan sifat kerentanan terhadap serangan elektrofil, sedangkan ELUMO
dikaitkan dengan afinitas elektron dan memberikan sifat kerentanan terhadap
12
436
75
9 8
N
61
1
xxi
serangan nukleofil. Besarnya ELUMO yang paling rendah dan EHOMO yang paling
tinggi akan menyebabkan senyawa menjadi reaktif. Dengan kata lain ΔE yang
semakin kecil akan menunjukkan reaktivitas senyawa yang semakin meningkat.
Pada senyawa vinkadiformina yang memiliki cincin indol, interkalasi diharapkan
dapat terjadi karena adanya kompleks alih muatan yang melibatkan EHOMO dan
ELUMO. Dalam hal ini, cincin indol memiliki nilai energi LUMO rendah,
sedangkan pasangan basa guanin-sitosin pada ADN plasmodia memiliki nilai
energi HOMO tinggi. Kondisi ini mempermudah terjadinya transisi elektron dan
dengan demikian meningkatkan reaktivitas senyawa antimalaria.
Selain parameter elektronik, parameter sterik juga berpengaruh pada
pembentukan ikatan antara senyawa obat dengan reseptor. Parameter sterik yang
terdapat dalam model persamaan terbaik adalah polarisabilitas dan massa (M).
Untuk membentuk ikatan dengan reseptor, senyawa obat harus memiliki
konformasi dan ukuran tertentu agar terbentuk ikatan senyawa obat-reseptor yang
optimum. Massa molekul akan berhubungan dengan besar kecilnya molekul,
dimana molekul harus mempunyai ukuran tertentu untuk dapat berikatan atau
berinteraksi dengan reseptor.
Polarisabilitas molekular berhubungan dengan sifat kepolaran molekul,
hampir sama dengan momen dipol. Selain itu polarisabilitas berhubungan juga
dengan sifat hidrofobisitas, sehingga mempunyai pengaruh terhadap aktivitas
senyawa.
Koefisien partisi (log P) juga merupakan deskriptor yang diperhitungkan
untuk memprediksi aktivitas antimalaria senyawa. Log P merupakan parameter
62
1
xxii
hidrofobik yang menyatakan perbandingan kelarutan senyawa dalam pelarut polar
(oktanol) dan pelarut non polar. Deskriptor log P diduga berpengaruh pada saat
proses masuknya obat menembus membran sel yaitu sel Nigerian yang telah
diinfeksi oleh plasmodia dari P. Falciparum. Obat harus memiliki nilai log P yang
optimum untuk dapat menembus membran sel yang bersifat non polar dan larut
dalam cairan sel, sehingga obat tersebut dapat berinteraksi dengan plasmodia.
Nilai log P juga dipengaruhi oleh massa, momen dipol, polarisabilitas, serta atom-
atom pada molekul. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa parameter
elektronik, sterik, dan hidrofobik merupakan parameter yang saling berkaitan satu
sama lain. Parameter-parameter tersebut merupakan parameter yang penting
dalam memprediksi aktivitas suatu senyawa.
Senyawa vinkadiformina dan turunannya diprediksi mempunyai
mekanisme kerja yang sama dengan klorokuin sebagai antimalaria. Struktur
senyawa vinkadiformina dan turunannya memiliki struktur indol yang menyerupai
cincin kuinolin pada klorokuin. Menurut Siswandono dan Soekardjo (1995),
cincin kuinolin pada senyawa antimalaria menunjukkan efek schizontosid yang
cepat dengan cara berinteraksi dengan ADN parasit. Cincin kuinolin merupakan
sistem cincin datar yang dapat mengadakan interkalasi dengan pasangan dobel
heliks ADN. Struktur indol juga mempunyai sistem cincin yang datar dan juga
mempunyai nilai massa yang tidak jauh berbeda dengan cincin kuinolin. Diduga
bahwa senyawa turunan vinkadiformina juga dapat berinterkalasi dengan ADN.
Interkalasi ini diperkuat dengan adanya ikatan elektrostatik yaitu ikatan hidrogen
antara atom N pada cincin indol dengan basa purin ADN yaitu adenin. Dengan
63
1
xxiii
NH N
demikian translasi dan transkripsi ADN plasmodia terganggu, sehingga
mengurangi sintesis ADN dan ARN plasmodia.
A B
Gambar 19. A) struktur indol ; B) cincin kuinolin
E. Rancangan Senyawa Hipotetik Turunan Vinkadiformina
Menggunakan Model Persamaan Terbaik
Model persamaan 5 merupakan model persamaan terbaik yang dapat
digunakan untuk menggambarkan hubungan antara struktur kimia senyawa
vinkadiformina dan turunannya dengan aktivitasnya sebagai antimalaria. Model
persamaan terbaik ini diharapkan dapat digunakan dalam perancangan senyawa
antimalaria baru yang merupakan turunan vinkadiformina dan mempunyai
aktivitas prediksi (log 1/IC50 prediksi) yang sama dengan aktivitas eksperimennya
(log 1/IC50 eksperimen).
Nilai konstanta (tetapan) deskriptor pada model persamaan menunjukkan
pengaruh deskriptor tersebut terhadap besarnya aktivitas antimalaria prediksi
suatu senyawa. Nilai konstanta yang besar mempunyai tingkat sensitivitas yang
besar pula terhadap aktivitas prediksi, yaitu dapat memberikan perubahan besar
pada nilai aktivitas prediksi. Adanya perubahan kecil pada nilai deskriptor yang
menyertainya akan menghasilkan nilai log 1/IC50 prediksi sangat signifikan.
Sedangkan Deskriptor yang memiliki nilai konstanta yang relatif kecil tidaklah
64
1
xxiv
cukup signifikan memberikan perubahan pada nilai log 1/IC50 prediksi, karena
nilai deskriptor yang didapatkan dari perhitungan, tidak memiliki kisaran yang
cukup besar. Jadi walaupun nilai deskriptor-deskriptor ini berubah, nilai log 1/IC50
prediksi yang dihasilkan relatif hampir sama. Dari persamaan yang diperoleh
menunjukkan parameter elektronik memiliki pengaruh yang lebih besar daripada
parameter hidrofobik dan sterik. Akan tetapi, konsep tentang konstanta yang besar
memiliki pengaruh yang besar tidak mutlak dapat diterima, masih perlu
dipertimbangkan besar nilai deskriptor dan variasinya.
Deskriptor yang memiliki nilai konstanta berharga positif akan
memberikan nilai log 1/IC50 prediksi yang semakin besar dengan perubahan nilai
deskriptor yang semakin positif. Sebaliknya, deskriptor yang memiliki nilai
konstanta berharga negatif akan memberikan nilai yang semakin besar pada log
1/IC50 prediksi dengan perubahan nilai deskriptor yang semakin negatif. Dengan
demikian untuk memperoleh nilai log 1/IC50 prediksi yang besar deskriptor qC1,
qC5, qC7, qC9, log P, dan massa menunjukkan perubahan nilai deskriptor yang
semakin positif. Sebaliknya, deskriptor qC4, polarisabilitas, momen dipol, ΔE
menunjukkan perubahan nilai deskriptor yang semakin negatif (tabel VII).
Perancangan senyawa hipotetik berdasarkan model persamaan HKSA
tidak dapat difokuskan pada satu deskriptor saja karena penggantian gugus fungsi
pada senyawa modulator akan mengubah semua nilai deskriptor yang terlibat di
dalam model persamaan. Dengan demikian model persamaan harus ditinjau dari
keseluruhan deskriptor dan besarnya nilai deskriptor tidak dapat diasumsikan
65
1
xxv
dengan dugaan saja. Hubungan antar deskriptor dalam persamaan sangatlah
kompleks dan saling mempengaruhi.
Perancangan dapat dilakukan dengan penggantian atau penambahan gugus
samping pada senyawa vinkadiformina dan turunannya. Penggantian atau
penambahan gugus samping dapat dilakukan pada cincin indol yang berpengaruh
dominan terhadap aktivitas malaria. Penggantian atau penambahan gugus pada
atom-atom tertentu pada cincin indol tidak hanya mengubah muatan bersih atom
yang disubstitusi saja tetapi juga atom-atom lain yang berada dalam cincin indol.
Tidak hanya muatan bersih, tetapi parameter elektronik yang lain yaitu ΔE,
parameter sterik yaitu massa, polarisabilitas, dan momen dipol, serta parameter
hidrofobisitas yaitu log P juga akan mengalami perubahan.
Berdasarkan pertimbangan-pertimbangan tersebut, maka strategi
perancangan senyawa turunan vinkadiformina yang memiliki aktivitas antimalaria
dapat dilakukan. Strategi perancangan kali ini dilakukan dengan memodifikasi
struktur terhadap senyawa vinkadiformina dan turunannya hasil penelitian
Mustofa (2005). Perancangan dilakukan dengan membuat satu seri modifikasi
struktur senyawa vinkadiformina dan turunannya dengan melakukan substitusi
atom atau gugus tertentu. Substitusi dilakukan pada atom C2 dengan gugus
penarik elektron seperti Cl, Br, dan NO2 seperti halnya yang telah dilakukan oleh
Mustofa. Stratergi perancangan lain yaitu dengan mengadisi atom N yang
berikatan rangkap sehingga akan terbentuk ikatan tunggal. Adisi dilakukan
dengan menambahkan atom H pada N. Substitusi gugus pada atom-atom tertentu
pada cincin indol tidak hanya mengubah muatan bersih atom yang disubstitusi
66
1
xxvi
saja tetapi juga atom-atom lain yang berada dalam cincin indol. Tidak hanya
muatan bersih, tetapi parameter elektronik yang lain yaitu ΔE, parameter sterik
yaitu V, M, dan MR, serta parameter hidrofobisitas yaitu log P juga akan
mengalami perubahan.
Selanjutnya, senyawa hipotetik yang telah dirancang diperlakukan dengan
langkah dan metode yang sama dalam penelitian ini. Pada langkah awal,
dilakukan optimasi geometri untuk menemukan konformasi yang stabil, yang
berkesesuaian dengan keadaan di alam (sebenarnya) dengan perhitungan
semiempirik PM3. Setelah itu, dilakukan perhitungan deskriptor-deskriptor yang
termasuk dalam parameter elektronik, sterik dan hidrofobik. Data deskriptor-
deskriptor seri senyawa hipotetik turunan vinkadiformina dapat dilihat dalam
lampiran 6. Nilai deskriptor-deskriptor yang telah didapatkan, dimasukkan ke
dalam model persamaan “terbaik” sehingga diperoleh nilai aktivitas prediksi.
Senyawa hipotetik yang telah dihitung berdasarkan model persamaan “terbaik”
akan menghasilkan aktivitas baru yang dilambangkan dengan log 1/IC50 prediksi.
Apabila nilai aktivitas prediksi senyawa hipotetik terletak di dalam rentang
tersebut, maka dapat dikatakan bahwa senyawa hipotetik berpotensi memiliki
aktivitas antimalaria.
Perancangan senyawa hipotetik turunan vinkadiformina menghasilkan 22
struktur senyawa baru yang mempunyai nilai aktivitas antimalaria yang masuk
rentang nilai aktivitas eksperimen 16 senyawa vinkadiformina dan turunannya
hasil penelitian mustofa (2001). Senyawa hipotetik turunan vinkadiformina
tersebut direkomendasikan sebagai senyawa antimalaria baru karena diprediksi
67
1
xxvii
No. Nama Senyawa No. Nama Senyawa
1 VN1 NH
NH
O O
Cl
6 VN6 N
NH
ClOO
Cl
2 VN2 NH
NH
NO2
Cl
7 VN7 NH
NH
ClO O
Cl
3 VN3 N
NH
Cl
O O
Cl
8 VN8 NH
NH
ClO O
Br
Cl
4 VN4 N
NH
ClO O
Br
Cl
9 VN9 NH
NH
O O
Cl
5 VN5 N
NH
O O
Cl
10 VN10NH
NH
O
ClOO
Cl
mempunyai aktivitas antimalaria. Struktur senyawa hipotetik turunan
vinkadiformina hasil perancangan serta nilai aktivitasnya dapat dilihat pada tabel
VIII dan tabel IX.
Tabel VIII. Struktur senyawa hipotetik turunan vinkadiformina
68
1
xxviii
No. Nama Senyawa No. Nama Senyawa
11 VN11 NH
NH
ClOO
Cl
17 VN17NH
NH
ClOO
Br
12 VN12 NH
NH
O O
Br
18 VN18N
NH
NO2
O O
O2N
13 VN13 N
NH
ClO O
Br
19 VN19NH
O2N
H
NO2OO
NH
14 VN14 N
NH
O O
Br
20 VN20N
NH
ClOO
O2N
15 VN15 N
NH
ClOO
Br
21 VN21NH
NH
ClO O
Br
O2N
16 VN16 NH
NH
Cl
O O
Br
22 VN22NH
NH
ClOO
O2N
69
1
xxix
Tabel IX. Data aktivitas (log 1/IC50) senyawa hipotetik turunan vinkadiformina
Senyawa antimalaria baru harus memiliki nilai log P yang optimum untuk
dapat menembus membran sel yang bersifat non polar dan larut dalam cairan sel,
sehingga obat tersebut dapat berinteraksi dengan plasmodia. Deskriptor log P
diduga berpengaruh pada saat proses masuknya obat menembus membran sel
yaitu sel Nigerian yang telah diinfeksi oleh plasmodia dari P. Falciparum.
Berdasarkan kedekatan nilai log P klorokuin yang telah terbukti aktivitasnya
sebagai antimalaria baik secara in vitro maupun in vivo, dipilih struktur senyawa
hipotetik turunan vinkadiformina yaitu VN 1, VN 2, VN 7, VN 14 yang
berpotensi paling besar untuk disintesis dan diuji aktivitas antimalarianya baik
secara in vitro maupun in vivo. Sedangkan dari keenambelas senyawa hasil
penelitian Mustofa dipilih senyawa vinkadiformina, vinka 3, vinka 5, vinka 15,
dan vinka 16 yang berpotensi paling besar untuk disintesis dan diuji aktivitas
antimalarianya baik secara in vivo.
No. Senyawa log 1/IC50 1 VN 1 -2,27029 2 VN 2 -2,06086 3 VN 3 -1,98152 4 VN 4 -1,50656 5 VN 5 -1,91723 6 VN 6 -2,08676 7 VN 7 -1,9611 8 VN 8 -1,51221 9 VN 9 -1,5275 10 VN 10 -1,26185 11 VN 11 -2,3279
No. Senyawa log 1/IC50 12 VN 12 -1,61643 13 VN 13 -1,27568 14 VN 14 -1,23353 15 VN 15 -1,38316 16 VN 16 -1,3088 17 VN 17 -1,61618 18 VN 18 -1,50305 19 VN 19 -1,65274 20 VN 20 -1,11243 21 VN 21 -1,06077 22 VN 22 -1,52966
70
1
xxx
Senyawa lain yang mempunyai nilai log P sangat tinggi akan bersifat
sangat lipofil dan mengakibatkan senyawa tersebut terikat kuat dengan bagian
membran yang bersifat lipofil yaitu lemak. Selain itu senyawa tersebut juga tidak
dapat menembus bagian membran yang bersifat hidrofil yaitu protein. Hal ini
menyebabkan terjebaknya senyawa tersebut dalam membran, sehingga senyawa
diprediksi tidak dapat didistribusikan maupun berinteraksi dengan plasmodia.
Pada senyawa yang mempunyai nilai log P sangat rendah atau mencapai nilai
negatif akan bersifat sangat hidrofil. Senyawa tersebut diprediksi tidak dapat
didistribusikan dan menembus ke sel plasmodia karena senyawa tersebut tidak
dapat menembus membran di tempat absorbsi. Pada tabel X dapat dilihat nilai log
P senyawa hasil penelitian Mustofa, senyawa hipotetik turunan vinkadiformina,
dan klorokuin.
Senyawa hipotetik turunan vinkadiformina yang paling berpotensi
mempunyai aktivitas antimalaria diprediksi dapat disintesis, namun kemungkinan
akan ditemui kesulitan dalam sintesisnya karena struktur senyawa tersebut sangat
kompleks. Untuk mengatasi kesulitan tersebut maka sintesis dapat dilakukan
menggunakan senyawa starting material hasil penelitian Mustofa.
71
1
xxxi
Tabel X. Nilai log P senyawa hasil penelitian Mustofa, senyawa hipotetik turunan vinkadiformina, dan klorokuin
Senyawa Nilai log P Vinka 1 0,7100 Vinka 2 -0,1000 Vinka 3 0,3400 Vinka 4 -0,4800 Vinka 5 0,3900 Vinka 6 24,300 Vinka 7 24,800 Vinka 8 30,200 Vinka 9 22,000
Vinka 10 36,000 Vinka 11 32,500 Vinka 12 42,000 Vinka 13 12,700 Vinka 14 30,200 Vinka 15 0,1900
Senyawa hasil penelitian Mustofa
Vinka 16 0,7700 Senyawa Nilai log P
VN 1 0,4900 VN 2 0,1200 VN 3 27,900 VN 4 33,800 VN 5 30,300 VN 6 27,900 VN 7 0,7700 VN 8 30,700 VN 9 33,000
VN 10 30,700 VN 11 16,100 VN 12 0,4100 VN 13 22,000 VN 14 15,900 VN 15 21,800 VN 16 18,200 VN 17 27,800 VN 18 15,900 VN 19 18,600 VN 20 18,600 VN 21 15,800
senyawa hipotetik turunan
vinkadiformina
VN 22 10,000 Klorokuin 0,3400
72
1
xxxii
BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
1. Penelitian ini dapat menggambarkan hubungan kuantitatif antara struktur dan
aktivitas senyawa vinkadiformina dan turunannya sebagai senyawa
antimalaria berdasarkan parameter teoretis hasil perhitungan semiempiris
PM3. Hubungan kuantitatif tersebut digambarkan melalui persamaan terbaik
berikut :
Log 1/IC50 = 10,5159(qC1) - 32,2812(qC4) + 16,50897(qC5) +
5,614975(qC7) + 55,00465(qC9) + 0,95489(log P) -
0,3535(polarisabilitas) + 0,01024(Massa) -
0,0388(momen dipol) - 0,37543(ΔE) + 15,62413
2. Berdasarkan persamaan terbaik yang diperoleh dari analisis HKSA, senyawa
hipotetik VN - VN 22 diprediksi mempunyai aktivitas antimalaria
B. Saran
1. Senyawa hipotetik VN 1, VN 2, VN 7, VN 14 disarankan untuk disintesis
serta diteliti mengenai aktivitasnya sebagai antimalaria baik secara in vitro
maupun in vivo
2. Perlu dilakukan analisis hubungan kuantitatif struktur-aktivitas senyawa
vinkadiformina dan turunannya dengan menggunakan metode perhitungan
semiempiris yang lain atau dengan metode yang berbeda, misalnya metode ab
initio.
73
1
xxxiii
DAFTAR PUSTAKA
Anonim, 1996, Database File for: Periwinkle (Vinca minor), http://www.rain-tree.com/periwinkle.htm, diakses tanggal 22 April 2006.
Anonim, 2006, SPSS 13.0 Terapan : Riset Statistik Parametrik, Penerbit Andi,
Yogyakarta. Clark, T.A., 1985, Handbook of Computational Chemistry, John Willey and Sons,
New York. Block, J.H, 2004, Wilson and Gisvold’s Textbook of Organic Medicinal and
Pharmaceutical Chemistry, edisi 11, 282-289, Lippincott Williams and Wilkins, Baltimore.
Davis, A.M., King, F.D, 1994, Medicinal Chemistry Principles and Practice, 114-
117, The Royal Society of Chemistry, London. Dearing, A., 1988, Computer-aided Molecular Modelling: Research Study or
Research Tool, J. Comp. Aided Molec. Deisgn, 2, 179-189 Dewi, R.M., 2002, Center for Research and Development of Disease Control,
NIHRD,http://digilib.litbang.depkes.go.id/go.php?id=jkpkbppk-gdl-res-2002-drhrita-1044-chloroquin, diakses tanggal 25 April 2006.
DiPalma, J.R, 1990, dalam DiPalma, J.R dan DiGregorio, G.J, Basic
Pharmacology in Medicine, edisi 3, 647-655, McGraw-Hill International Editions, Singapore.
Fessenden, R.J., and Fessenden, J.S.,1986, Organic Chemistry, diterjemahkan
oleh Aloysius Hadyana Pudjaatmaka, Edisi 3, 21-22, Penerbit Erlangga, Jakarta.
Foye, W.O., 1981, Principles of Medicinal Chemistry, 92-113, Lea and Febiger,
Philadelphia. Jensen, F., 1999, Introduction to Computational Chemistry, 82-90, John Wiley,
and Son Inc., London. Kakkilaya, B. S., 2006, Anti Malarial Drugs, www.malariasite.com/malaria/anti_
malarial_drugs.htm, diakses tanggal 9 November 2006. Karelson, M., Lobanov, V.S., Katritzky, A.R., 1996, Quantum-Chemical
Descriptors in QSAR/QSPR Studies, Chem. Rev., 96, 1027-1043.
74
1
xxxiv
Kier, L.B dan Roche, E.B, 1996, 1588-1600, dalam Foye, W., Prinsip-Prinsip Kimia Medisinal, diterjemahkan oleh Raslim Rasyid dkk, Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.
Kubinyi, H., 1993, QSAR : Hansch Analysis and Related Approaches, VCH, New
York. Kuehne, M.E., Roland, D.M., Haffer, R., 1978, Studies in Biomimetic Alkaloid
Syntheses.2.Synthesis of Vincadifformine from Tetrahydro-β-carboline through a Secodine Intermediate, http://www.ZuAufgabe14.pdf , 1,1-6, diakses tanggal 14 Februari 2006.
Korolkovas, A., dan Burckhalter, J., 1976, Essentials of Medicinal Chemistry,
418-420, John Wiley&Sons, Inc., Canada. Lee, K.W., Kwon, S.Y., Hwang, S., Lee, J.U., and Kim, H., 1996, Quantitative
Structure Activity Relationship (QSAR) Study on C-7 substituted quinolone, Bull.Korean Chem. Soc., 17, 147-152.
Mutschler, E., 1991, Dinamika Obat: Buku Ajar Farmakologi dan Toksikologi,
673-674, Penerbit ITB, Bandung. Mustofa, 2001, Dissertation Laboratoire d’Immunologie et Parasitologie UFR
Sciences Pharmatiques, Montpellier, 103-107. Pranowo, H.D., 2004, Kimia Komputasi, 82-96, 147-161, Pusat Kimia Komputasi
Indonesia-Austria Universitas Gadjah Mada Yogyakarta, Yogyakarta. Salter-Duke, B., Wong, M., Lloyd, T., Yates, B., and Cross, G., 2000, The
Australian Computational Chemistry via Internet Project: QSAR, Pure &Appl.Chem., 69, 1137.
Sembiring, R.K, 2003, Analisis Regresi, edisi 2, 30-31, 210, Penerbit ITB,
Bandung.Siswandono dan Soekardjo, Bambang, 1995, Kimia Medisinal, cetakan pertama, 324-327, Airlangga University Press, Surabaya.
Silalahi, L., 2004, Malaria, www.tempointeraktif.com/hg/narasi/2004/03/28/nrs,
20040328-01,id.html, diakses tanggal 29 Oktober 2006. Siswandono dan Soekardjo, B., 1995, Kimia Medisinal, cetakan pertama, 324-
327, Airlangga University Press, Surabaya. Siswandono, dan Susilowati, R., 1998, Hubungan Kuantitatif Struktur dan
Aktivitas Dalam Rancangan Obat., Prinsip-Prinsip Rancangan Obat, 184-221, Airlangga University Press, Surabaya
75
1
xxxv
Sudarmanto, B.S.A., 2002, Analisis Hubungan Struktur-Aktivitas Seri Senyawa Analog Kurkumin Sebagai Antioksidan Menggunakan Deskriptor Berdasarkan Perhitungan Kimia Kuantum, Tesis, Fakultas MIPA, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
Tahir, I., Mudasir, Yulistia, I., and Mustofa, 2005, Quantitative Structure-Activity
Relationship Analysis (QSAR) of Vincadifformine Analogues as the Antiplasmodial Compounds of the Chloroquinosensible Strain, Indo. J.Chem., 5 (3), 255-260.
Taylor, W.J.R., 2004, Antimalarial Drug Evaluations, http://digilib.litbang.depkes
.go.id/xml.php?id=jkpkbppk-gdl-grey-1995-wjr-1367-antimalari, diakses tanggal 25 April 2006.
Tjitra, E., 1993, Obat-Obat Antimalaria Baru, http://www.kalbefarma.com
/files/cdk/files/20ObatAntiMalaria083.pdf/20ObatAntiMalaria083.html, diakses tanggal 25 April 2006.
Tracy, J.W dan Webster, L.T, 2001, Godman and Gilman’s The Pharmacological
Basis of Therapeutics, edisi 10, 1072-1087, McGraw-Hill Companies Inc., USA.
Williams, D.A dan Lemke, T.L, 2002, Foye’s Principals of Medicinal Chemistry,
edisi 5, 869-870, 875-879, Lippincott Williams and Wilkins, Philadelphia. Yamaguchi, T., 1992, A Colour of Clinical Parasitology, diterjemahkan oleh
Lesmana Padmasutra, R. Makimian, Monika Juhari,24, EGC, Jakarta. Yuliana, 2005, Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas Antimutagen
Senyawa Turunan Benzalaseton Menggunakan Pendekatan Principal Component Analysis, Tesis, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, 44.
76
1
i
Lampiran 1. Nilai-nilai parameter elektronik hasil perhitungan semiempiris PM3 senyawa penelitian Mustofa
senyawa qC1 (Coulomb)
qC2 (Coulomb)
qC3 (Coulomb)
qC4 (Coulomb)
qC5 (Coulomb)
qN6 (Coulomb)
qC7 (Coulomb)
qC8 (Coulomb)
qC9 (Coulomb)
momen dipol (D)
ΔE (eV)
1 -0,0466 -0,1267 -0,0786 -0,1144 -0,1018 0,1600 -0,0500 0,0486 -0,1168 1,2040 8,3578 2 0,0453 -0,4468 0,0234 -0,1486 -0,0345 0,1561 -0,0766 0,0541 -0,1461 5,1240 7,9692 3 -0,0437 -0,1183 -0,0771 -0,1017 -0,1161 0,1897 0,0391 0,0348 -0,1175 5,4050 8,0659 4 0,0483 -0,4386 0,0239 -0,1366 -0,0496 0,1841 0,0251 0,0380 -0,1484 2,5080 7,8674 5 -0,0219 -0,1334 -0,0564 -0,0983 -0,1084 0,1868 0,0354 0,0347 -0,1130 4,2350 8,0398 6 -0,0628 -0,0935 -0,1045 -0,0440 -0,0834 0,0187 -0,0964 0,0297 -0,1046 3,7840 8,3414 7 -0,0413 -0,1086 -0,0845 -0,0387 -0,0770 0,0151 -0,0881 0,0278 -0,0995 3,0180 9,1839 8 -0,0624 -0,0982 -0,1047 -0,0496 -0,0802 0,0019 -0,0973 0,0244 -0,1066 2,1470 8,3487 9 0,0286 -0,4128 -0,0066 -0,0780 -0,0152 -0,0172 -0,0633 0,0200 -0,1348 4,9640 7,7152 10 -0,0487 -0,0965 -0,1003 -0,0492 -0,0761 0,0171 -0,1077 0,0185 -0,1079 2,3630 8,4682 11 -0,0614 -0,1040 -0,1035 -0,0561 -0,0726 -0,0246 -0,0685 0,0185 -0,1139 2,4070 8,6063 12 -0,0747 -0,0983 -0,0979 -0,0482 -0,0603 -0,0131 -0,0580 0,0275 -0,1280 6,9670 8,8125 13 -0,0386 -0,1401 -0,0545 -0,1138 -0,0483 0,0349 -0,0600 0,0293 -0,1301 4,3500 8,7446 14 -0,0626 -0,0985 -0,1052 -0,0495 -0,0814 0,0060 -0,1040 0,0253 -0,1072 1,7710 8,4163 15 -0,1012 0,0782 -0,1760 -0,0769 -0,0914 0,0360 0,0972 -0,0781 -0,0656 2,3180 8,5091 16 -0,0862 0,0447 -0,1495 -0,0886 -0,0740 0,0357 0,0970 -0,0750 -0,0860 3,5240 8,5700
77
1
ii
Lampiran 2. Nilai-nilai parameter sterik dan hidrofobik hasil perhitungan semiempiris PM3 senyawa penelitian Mustofa
Senyawa grid (A2) volume (A3) refractivity (A3) polarizability (A3) mass (amu) log p 1 539,8000 954,7400 102,8500 38,1000 338,4500 0,7100 2 572,9800 1015,7400 109,0700 39,9400 383,4500 -0,1000 3 500,3500 879,8300 98,4500 35,5400 325,4100 0,3400 4 532,9800 942,4100 104,6700 37,3900 370,4100 -0,4800 5 532,5100 941,2000 105,9900 38,1700 404,3100 0,3900 6 557,9900 998,6600 106,7800 39,7100 383,4500 2,4300 7 589,0700 1059,6400 114,3100 42,3400 462,3400 2,4800 8 547,8400 979,3500 105,5000 39,8000 372,8900 3,0200 9 579,5000 1040,0300 111,7200 41,6400 417,8900 2,2000 10 566,6000 1020,5100 112,7500 42,4300 451,7900 3,6000 11 546,1500 982,5400 105,5500 39,7100 352,4800 3,2500 12 547,9700 986,8200 104,5500 39,4000 388,8900 4,2000 13 574,8700 1056,7700 114,4100 42,7600 464,3600 1,2700 14 549,8700 981,8300 105,5000 39,8000 372,8900 3,0200 15 543,7900 983,5400 108,7300 40,4300 382,4600 0,1900 16 628,9700 1134,0600 121,8500 45,6700 439,5100 0,7700
78
1
i
Lampiran 3. Model summary hasil perhitungan metode backward menggunakan SPSS 11.0 for Windows
Model R R Square Adjusted R Square
Std. Error of the Estimate
1 0,9644 0,9302 -0,0477 0,4445 2 0,9643 0,9299 0,4746 0,3147 3 0,9643 0,9299 0,6495 0,2571 4 0,9642 0,9297 0,7364 0,2229 5 0,9603 0,9222 0,7665 0,2098 6 0,9553 0,9126 0,7815 0,2030 7 0,9421 0,8875 0,7590 0,2132
a. Predictors: (Constant), ∆E, momen dipol, qC7, GRID, qC4, massa, qC5, qC1, qC9, log P, qN6, qC8, refraktivitas, polarisabilitas
b. Predictors: (Constant), ∆E, momen dipol, qC7, qC4, massa, qC5, qC1, qC9, log P, qN6, qC8, refraktivitas, polarisabilitas
c. Predictors: (Constant), ∆E, momen dipol, qC7, qC4, massa, qC5, qC1, qC9, log P, qN6, refraktivitas, polarisabilitas
d. Predictors: (Constant), ∆E, momen dipol, qC7, qC4, massa, qC5, qC1, qC9, log P, qN6, polarisabilitas
e. Predictors: (Constant), ∆E, momen dipol, qC7, qC4, massa, qC5, qC1, qC9, log P, polarisabilitas
f. Predictors: (Constant), ∆E, qC7, qC4, massa, qC5, qC1, qC9, log P, polarisabilitas
g. Predictors: (Constant), qC7, qC4, massa, qC5, qC1, qC9, log P, polarisabilitas
79
1
i
Lampiran 4. Tabel ANOVA
Model Sum of Squares df
Mean Square F Sig.
1 Regression 2,6306 14 0,1879 0,9512 0,6774 Residual 0,1975 1 0,1975 Total 2,8282 15 2 Regression 2,6301 13 0,2023 2,0422 0,3763 Residual 0,1981 2 0,0991 Total 2,8282 15 3 Regression 2,6300 12 0,2192 3,3168 0,1762 Residual 0,1982 3 0,0661 Total 2,8282 15 4 Regression 2,6294 11 0,2390 4,8095 0,0713 Residual 0,1988 4 0,0497 Total 2,8282 15 5 Regression 2,6081 10 0,2608 5,9244 0,0316 Residual 0,2201 5 0,0440 Total 2,8282 15 6 Regression 2,5810 9 0,2868 6,9616 0,0141 Residual 0,2472 6 0,0412 Total 2,8282 15 7 Regression 2,5100 8 0,3138 6,9036 0,0097 Residual 0,3181 7 0,0454 Total 2,8282 15
80
1
i
Lampiran 5. Koefisien model persamaan 5
Unstandardized Coefficients
Standardized Coefficients
Model B Std, Error Beta
t Sig,
5 (Constant) 15,6241 3,3388 4,6795 0,0054 qC1 10,5159 5,4412 1,0706 1,9326 0,1111 qC4 -32,2812 8,2877 -2,6105 -3,8951 0,0115 qC5 16,5090 4,9049 1,0142 3,3658 0,0200 qC7 5,6150 1,6022 0,9113 3,5046 0,0172 qC9 55,0047 13,4919 2,6774 4,0769 0,0096 Log P 0,9549 0,2102 3,2621 4,5436 0,0061 Polarisabilitas -0,3535 0,0762 -1,9696 -4,6376 0,0056 Massa 0,0102 0,0033 1,0015 3,0806 0,0275 Momen dipol -0,0388 0,0495 -0,1403 -0,7840 0,4686 ΔE -0,3754 0,2699 -0,3289 -1,3909 0,2230
81
1
i
Lampiran 6. Nilai-nilai parameter elektronik, sterik dan hidrofobik hasil perhitungan semiempiris PM3 senyawa hipotetik turunan vinkadiformina
No. Senyawa qC1 (Coulomb)
qC4 (Coulomb)
qC5 (Coulomb)
qC7 (Coulomb)
qC9 (Coulomb) log P polarizability
(A3) mass (amu)
momen dipol (D)
ΔE (eV)
1 VN 1 -0,0470 -0,1036 -0,1017 -0,0541 -0,1053 0,4900 40,0200 372,8900 0,6683 8,2086 2 VN 2 -0,0449 -0,0905 -0,1164 0,0361 -0,1058 0,1200 37,4700 359,8600 4,4630 7,9305 3 VN 3 -0,0637 -0,0374 -0,0810 -0,0932 -0,0946 2,7900 41,7300 407,3400 1,8220 8,2341 4 VN 4 -0,0503 -0,0368 -0,0771 -0,1036 -0,0959 3,3800 44,3500 486,2400 2,4280 8,2516 5 VN 5 -0,0624 -0,0440 -0,0730 -0,0643 -0,1021 3,0300 41,6300 386,9200 2,3520 8,4525 6 VN 6 -0,0640 -0,0373 -0,0821 -0,0998 -0,0952 2,7900 41,7300 407,3400 1,6480 8,2870 7 VN 7 -0,0250 -0,1109 -0,0947 -0,0554 -0,1118 0,7700 40,7200 417,3500 0,7664 8,2997 8 VN 8 -0,0410 -0,0442 -0,0737 -0,0893 -0,1014 3,0700 42,4300 451,7900 1,8360 8,2183 9 VN 9 -0,0402 -0,0504 -0,0662 -0,0607 -0,1085 3,3000 42,3300 431,3700 2,4210 8,4417
10 VN 10 -0,0413 -0,0440 -0,0749 -0,0957 -0,1019 3,0700 42,4300 451,7900 1,7400 8,2712 11 VN 11 0,0277 -0,0722 -0,0189 -0,0612 -0,1324 1,6100 41,5500 428,4400 3,9850 7,7131 12 VN 12 0,0358 -0,1532 0,0092 -0,0591 -0,1680 0,4100 41,9700 430,4600 1,1140 8,2526 13 VN 13 0,0283 -0,0780 -0,0163 -0,0692 -0,1354 2,2000 41,6400 417,8900 5,3540 7,7309 14 VN 14 -0,0603 -0,1103 -0,0537 -0,0780 -0,1216 1,5900 42,1400 409,3600 1,8270 8,6384 15 VN 15 -0,0386 -0,1099 -0,0484 -0,0678 -0,1308 2,1800 44,7700 488,2500 1,0400 8,3071 16 VN 16 -0,0614 -0,1133 -0,0499 -0,0631 -0,1196 1,8200 42,0500 388,9400 0,4929 8,6318 17 VN 17 -0,0683 -0,1040 -0,0595 -0,0656 -0,1284 2,7800 41,7500 425,3500 3,4270 8,6096 18 VN 18 -0,0687 -0,1032 -0,0646 -0,0703 -0,1209 1,5900 42,1400 409,3600 0,3778 8,6574 19 VN 19 -0,0397 -0,1171 -0,0477 -0,0780 -0,1273 1,8600 42,8400 453,8100 1,6020 8,7517 20 VN 20 -0,0472 -0,1098 -0,0591 -0,0681 -0,1256 1,8600 42,8400 453,8100 0,1465 8,7793 21 VN 21 0,0584 -0,1533 0,0145 -0,0680 -0,1745 1,5800 44,6800 498,8000 4,4410 8,4089 22 VN 22 0,0271 -0,1499 -0,0012 -0,0720 -0,1635 1,0000 42,0600 419,9100 4,6020 8,1759
82
1
i
BIOGRAFI PENULIS
Nugraha Adi Hartantyo lahir di Batang
pada tanggal 27 September 1985, merupakan
putra dari pasangan Aman Soepardi dan Khatarina
Sri Hardatyani. Penulis skripsi berjudul
“Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas
Senyawa Vinkadiformina dan Turunannya
Sebagai Senyawa Antimalaria Berdasarkan
Parameter Teoretis Hasil Perhitungan Semiempiris PM3” ini pernah menempuh
pendidikan di TK Maria Purworejo pada tahun 1989 selama dua tahun. Penulis
melanjutkan pendidikan di SD Maria Purworejo pada tahun 1991 sampai dengan
tahun 1997, kemudian di SLTP Bruderan Purworejo hingga tahun 2000. Setamat
SLTP, penulis melanjutkan studi di SMU Bruderan purworejo pada tahun 2000
sampai dengan tahun 2003. Setelah selesai menempuh pendidikan SMU, penulis
melanjutkan ke Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta. Penulis
pernah memiliki pengalaman bekerja di Fakultas Farmasi Universitas Sanata
Dharma sebagai asisten praktikum Kimia Dasar tahun 2005-2006.
83