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Identifying motifs from chip-chip data

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Identifying motifs from chip-chip data. CEAS 介绍. C is-regulatory E lement A nnotation S ystem 确定转录因子 motifs Map nearby 基因 评估 GC 含量和进化保守性 Mine sequences for qPCR validation in NimbleGen Chip-chip 数据 < 目前仅支持 hg18 和 mm18 ,但可以用程序将 hg17 等转为 hg18 来使用 >. - PowerPoint PPT Presentation

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chip datachip dataCEASCEAS 介绍介绍

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CCis-regulatory is-regulatory EElement lement AAnnotation nnotation SSysystemtem

确定转录因子确定转录因子 motifsmotifs Map nearby Map nearby 基因基因 评估评估 GCGC含量和进化保守性含量和进化保守性 Mine sequences for qPCR validation in Mine sequences for qPCR validation in

NimbleGen Chip-chipNimbleGen Chip-chip 数据数据 <<目前仅支持目前仅支持 hg18hg18 和和 mm18mm18 ,但可以用程序将,但可以用程序将 hg17hg17 等转为等转为 hg18hg18来使用来使用 >>

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11,访问,访问 CEASCEAS:: http://http://ceas.cbi.pku.edu.cnceas.cbi.pku.edu.cn

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22,点击,点击 SubmitSubmit 链接:链接:

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33,用,用 UCSCUCSC 转换格式转换格式 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLifthttp://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLift

OverOver

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44,, BrowserBrowser 并上传你的文件并上传你的文件 经经 UCSCUCSC 转格式后,可以用步骤转格式后,可以用步骤 22 中的中的 BrBr

owserowser 来上传你的来上传你的 BEDBED 或或 GFFGFF 文件,例文件,例如如

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55,选择,选择 hg18hg18 或或mm8mm8 根据你的文件内容,在根据你的文件内容,在 Select GenomeSelect Genome 中中选择选择 hg18hg18 或或 mm8mm8

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66,输入对该文件的描述,输入对该文件的描述 输入文件的描述,以便进行标识。一般可输入文件的描述,以便进行标识。一般可以输入该文件对应的实验的名字等以输入该文件对应的实验的名字等

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77,键入你的,键入你的 emailemail 地址地址 计算的结果会发送到你的计算的结果会发送到你的 emailemail 中,有链中,有链接可以进行下载。接可以进行下载。

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88,点击,点击 submitsubmit 按钮按钮 一般一般 3030 分钟后可以收到结果。分钟后可以收到结果。

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CEASCEAS 提供了四种类型的结果提供了四种类型的结果 确定转录因子确定转录因子 motifmotif Nearby Nearby 基因的基因的 mappingmapping 保守性图示保守性图示 Region Region 序列序列

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确定转录因子确定转录因子 motifmotif CEASCEAS 分析结果确定了分析结果确定了 ChIP-chipChIP-chip 区域中区域中被转录因子结合的富集的序列被转录因子结合的富集的序列 motifsmotifs 。。

约约 800motifs800motifs ,, CEASCEAS 对对 ChIP-chipChIP-chip 区域区域及整个基因组上的每个及整个基因组上的每个 motifmotif ,计算,计算 hithit 的的数目数目

报告显著富集的报告显著富集的 motifsmotifs (( >2-fold,pvalue>2-fold,pvalue<1E-10)<1E-10) 序列和相关的序列序列和相关的序列 logoslogos 。。

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Nearby Nearby 基因的基因的mappingmapping 报告了报告了 5’5’ 或或 3’UTR3’UTR ,编码,编码 exonexon 或或 intint

ronron 所占的比例等。所占的比例等。 并提供了对所有并提供了对所有 ChIP-chipChIP-chip 区域的基因区域的基因 mm

appingapping 的统计的统计

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保守性图示保守性图示 根据根据 phylogeneticphylogenetic 算法,对每个核苷酸赋算法,对每个核苷酸赋值一个保守性值一个保守性 scorescore 。。

然后用图示的方式展示然后用图示的方式展示 ChIP-chipChIP-chip 区域的区域的保守性保守性

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Region sequenceRegion sequence

提供了提供了 FASTAFASTA 格式的序列可以用在确定格式的序列可以用在确定 CChIP-chiphIP-chip 数据的数据的 qPCRqPCR 引物设计中。引物设计中。

对于对于 repeat-maskedrepeat-masked 序列,使用字符序列,使用字符 NN