UNIVERSITE DE JIJEL

L.M.D MICROBIOLOGIE

Réalisé Par:

M. Bilal

Y.Rahima

LES INFECTIONS URINAIRES

1- INTRODUCTION   :

L’homme peut être victime de différents types d’infections causées essentiellement par des microorganismes pathogènes tels que : bactéries, parasites, virus.

Ces infections plus au moins graves nécessitent souvent la réalisation d’un examen cytobactériologique comme dans le cas des infections urinaires à fin d’arriver à une antibiothérapie efficace.

Enfin, comment peut-on donc définir une infection urinaire et quelles sont les étapes de l’examen cytobactériologique dans ce cas ?

2- DEFINITION DE L’INFECTION URINAIRE  :

C’est la présence de germe pathogène dans l’urine à l’intérieur des voies excrétrices, l’infection urinaire peut être aigu ou chronique. Elle peut être asymptomatique et ne se manifeste que par une bactériurie comme elle peut être accompagnée de fièvre et des douleurs au niveau de lombaire. [1]

3- LES PRINCIPAUX GERMES EN CAUSE DE L’INFECTION   :

IL existe plusieurs germe qui peuvent être à l’origine des infections urinaires.ces dernières sont répartis de la manière suivante :

- En pratique ambulatoire ; E. coli prédomine largement (80à90%), du moins lors des première infections, suivi par Proteus (mirabilis), Klebsiella ; entérocoques.Á noter l’émergence de Staphylococcus saprophyticus affectant plus volontiers les jeunes femmes.

- En cas de récidives, la fréquence des Klebsiella et Proteus augmente.

- Les patients relevant de chirurgie urologique ou porteur de sonde à demeure sont particulièrement exposés en outre à des espèces multi résistantes telles que :Klebsiella, Serratia, Enterobacter, Pseudomonas, tout représentatives de l’environnement hospitalier.

- Des espèces exigeantes peuvent elle aussi être responsables d’authentiques infection (Mycoplasmes, Lactobacilles, Gardnerella, Corynébactérie groupe 02, Haemophilus…). [2]

1

4- PHYSIOPATHOLOGIE  :

La flore digestive normale est habituellement le réservoir des bactéries des infections urinaires. L’urine et l’arbre urinaire sont normalement stériles. La colonisation microbienne se fait par un chemin inverse de l’écoulement de l’urine :

Périnée urètre vessie uretère bassinet rein

Les trois premières étapes peuvent induire une infection urinaire basse (cystite) , les trois derniers une infection urinaire haute (pyélonéphrite).

Cependant d’autres facteurs peuvent augmenter le risque des infections urinaires comme les anomalies anatomiques (malformation) ou des anomalies fonctionnelles (ex : personne diabétiques). [3]

Enfin ; la colonisation par les bactéries peut arriver aussi lors de la manipulation des sondes urinaires c'est-à-dire lors du sondage ou au cours de la manipulation du système de drainage. [4]

5- EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES  :

L’examen cytobactériologique des urines comprend plusieurs étapes .chaque étapes doit être réalisé soigneusement toute en respectant les règles d’asepsie.

5.1 LE PRELEVEMENT : les urines sont recueillies de préférence le matin où la première partie de la miction sera rejetée et seul le milieu du jet sera recueilli dans un tube stérile. Le prélèvement est acheminé au laboratoire au moins de deux heurs, et si on ne peut pas réaliser l’analyse le tube sera conservé a +4°C pendant 24h. [5]

5.2 EXAMEN DIRECT :

a- EXAMEN MACROSCOPIQUE : ce dernier a peut d’intérêt car il permet seulement de noter le différent aspect de l’urine comme :

Urine trouble (opaque ou translucide). Urine hématique. Présence de sédiment. [6]

b-EXAMEN MICROSCOPIQUE :

EXAMEN CYTOLOGIQUE  : c’est un examen quantitatif qui effectué entre lame et lamelle sur cellule hématimétrique ou sur cellule normale afin de dénombrer les éléments contenu dans un volume d’urine.

Lorsque en utilise les cellules hématimétriques tels que : cellules de Malassez ou de Nageottes la partie de l’urine analysée n’est pas centrifugés et la numération des leucocytes se fait par mm3 dans ce cas, une leucocyutrie

2

supérieur á 10 000 par ml (> 10 / mm3) est en faveur d’une infection urinaire.

Cependant ; l’emploi de cellule normale impliqué l’utilisation de culot obtenu par centrifugation des urines (vitesse moyenne 1000 t / min) et le nombre de champs á parcourir dizaine / cinquantaine). (Voir les tableaux 1 et 2) [6]

Les éléments dénombrés sont :

Leucocytes  : supérieur á 104 / ml. Les hématies  : supérieur á 105 UFC/ml, qui proviennent de l’agression

de la muqueuse épithéliale vésicale.

Tableau 1 : expression quantitatif des leucocytes sur cellule normale :

Tableau 2 : expression quantitatif des hématies sur cellule normale

3

Enfin ; d’autres éléments peuvent être observés comme :

Les cellules épithéliales  : qui résultent de la desquamation naturelle. Les cylindres  : sont des éléments de grande taille épousant la forme d’une partie du

tubule rénal ; ils peuvent être exclusivement protéique (cylindres hyalins), comme ils peuvent provenir de la dégénérescence de cellules épithéliales (cylindres granuleux). [6]

Les cristaux  : résultent de la précipitation des substances peu solubles qui s’y trouvent pratiquement á l’état de solution saturée. Selon le pH de l’urine certains cristaux sont retrouvés dans une urine acide et d’autres dans une urines alcaline. (Voir le tableau 3) [6]

Tableau 3: certains cristaux acides et alcalins

pH alcalin pH acide

Phosphates amorphes

Triple phosphates

Biurate d’ammonium

Phosphate de calcium

Carbonate de calcium

Urates amorphes

Acide urique

Oxalates de calcium

Cystine

Enfin ; ces cristaux peuvent être des substances de l’urine normale, ou de substances anormalement présentes dans l’urine. (Voir le tableau 4)

Tableau 4: les cristaux de substances normales et anormales présentent dans l’urine

Cristaux de substances présents dans l’urine normale

Cristaux de substances anormalement présentes dans l’urine

Oxalate de calcium

Acide urique

Urates ammoniacaux magnésiens

Phosphate triple

Carbonate de calcium

Sulfate de calcium

Phosphate bi calcique

Leucine

Tyrosine

Cystine

Sulfamides

Cholestérol

Elément minéraux amorphes (Phosphates amorphes, Urates amorphes)

4

Les parasites  : comme le cas de Trichomonas vaginalis ou œufs de schistosoms naematobium.

levures et spermatozoïdes.

EXAMEN BACTERIOLOGIQUE  : c’est un examen qualitatif réalisé lorsque les leucocyturie est supérieure á 104 / ml .ce dernier consiste á colorer au GRAM le culot de l’urine centrifugée pour avoir une aidée sur la population bactérienne présente (cocci ou bacille á G(+) ou G(-), et orienter le chois des milieux de cultures dans certains cas particuliers. [6]

Remarque   : dans le cas où il y’a une leucocyturie sans bactériurie, il faut réaliser une coloration de Ziehl-Nelson (infection urinaire tuberculose).

5-3 MISE EN CULTURE : (dénombrement et isolement)

La méthode de KASS  :

a-Description de la technique : 0,1 ml d’urine bien mélangée et diluée dans 9,9 ml d’eau distillée stérile á l’aide d’une pipette calibrée á 0,1 ml ; puis 0,1ml de cette dilution est ensuite aussitôt étalée sur une gélose nutritive avec un râteau préalablement stérilisé. [6]

Une double dilution de l’urine est effectuée dans certains situations : sondés et paraplégiques.

On ensemence parallèlement l’urine non diluée sur un milieu sélectif (Hektoène, BCP ou Mac-conkey) qui permet d’inhiber l’envahissement du proteus) ou enrichie (gélose au sang) dans le cas ou en suspecte á l’examen direct ou au GRAM des germes exigeants ou déficients. (Fig1)

5

0,1ml

Anse 0,1ml

9,9 ml d’eau physiologique Urine

GN

Ensemencement avec un râteau

HK . BCP. Mac Conkey

GSF

Numération bactérienne Isolement sur milieux sélectifs

Fig. 1 : DISCRIPTION DE LA METHODE DE KASS

b-La lecture : la numération se fait selon la formule de KASS :

N = n . 102 .10 bactérie /ml.

Ou : N : nombre de colonies sur la boite.

102 : inverse de la dilution.

10 : inverse de l’inoculum.

Nombre de colonie : 1-9 : 103 Bactérie/ml Numération négative10-99 : 104 Bactérie/ml Numération douteuse+ 100 : 105 Bactérie/ml Numération positive

c- Interprétation :

-Chaque colonie qui pousse á partir de l’urine diluée correspond á 1000 UFC dans 0,1 ml d’échantillon.

-une bactériurie significative est considérée devant une numération > 100 colonies sur gélose nutritive ce qui correspond á > 105 UFC /ml. (UFC est unité formant colonie). [6]

Autres méthodes  : - méthode á l’anse calibrée -Lame émergée.

5-4 Identification biochimique :

-les colonies suspectes sur le milieu BCP ou Mac-conkey seront ensemencés dans des milieux de caractères biochimiques identifiant les entérobactéries puis incuber á 35°c pendant 18-24 heurs.

-les colonies suspectes sur milieu GSF seront identifiées selon les tests biochimiques spécifiques aux GRAM(+). (Catalase….etc.) . [6]

5-5 Antibiogramme   :

L’antibiogramme est réalisé sur une gélose de Muller-Hinton avec un choix d’antibiotique qui se fera en fonction du germe isolé.

6- CRITERES DE L’INTERPRETATION DE L’ECBU  :

L’interprétation des cultures est basée sur les critères de KASS :

1- Bactériurie ≥105 UFC /ml avec un seul type de bactérie : infection urinaire.

2- Bactériurie ≤ 103 UFC/ ml : absence de l’infection urinaire.3- bactériurie entre 103 et 105UFC/ml : zone d’incertitude, elle est fonction

de l’espèce bactérienne et du contexte clinique à contrôler si nécessaire.

6

KASS définit un seuil ≥ 105 UFC/ml comme étant significatif, alors que dans plusieurs situations ce taux est revu à la baisse. [6]

Enfin; ces critères peuvent changer à cause de plusieurs paramètres comme: le caractère mono- ou pluri-microbien des cultures, ils sont résumés dans le tableau 4.

7-Conclusion   : Le meilleur moyen de lutte contre les infections est la prévention cette

dernière peut être réalisée en appliquant les règles d’hygiènes et en buvant

suffisamment d’eau.

7

Tableau 4 : critères de l’interprétation de l’ECBU

8

Les différentes étapes de l’examen cytobactériologique des urines

Références Bibliographiques   :

[1] : L. Lollet, V. Rossellat, 1990. Guide de prévention des infections. Press art.geneve..page108.

[2] :M .vaubourdolle,2007. infectiologie. Le moniteur des pharmacies. Tome3.page287 .

[3] :A. Bourillon. A. Benoist, 2009. Pédiatrie : conaissance et pratique. 4èmeedition. Masson.page424.

[4] :B. Debré, 2004. Urologie. Masson .page114-115.

[5] :F.Denis et al , 2007. Bactériologie médicale : Techniques usuelles. MASSON., 569pages.

[6] : F. Djennane.D. Mohammedi.D. Tiouit.D. Touati.K. Rahal.2009. Techniques microbiologiques : examen cytobactériologique des urines. Institue pasteur.Alger.

9