35
INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII WYDZIAŁU BIOTECHNOLOGII I NAUK O ŚRODOWISKU Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II w Lublinie Lublin 2015

INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

  • Upload
    vothuy

  • View
    227

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

INFORMATOR

INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII

WYDZIAŁU BIOTECHNOLOGII

I NAUK O ŚRODOWISKU

Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II

w Lublinie

Lublin 2015

Page 2: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

2

Spis treści

1. Instytut Biotechnologii KUL – jego utworzenie i organizacja

2. O studiach

3. Katedra Biologii Molekularnej

4. Katedra Bionanomateriałów

5. Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin

6. Katedra Fizjologii Zwierząt i Toksykologii

7. Katedra Biochemii i Chemii Środowiska

Kontakty

Instytut Biotechnologii

Wydział Biotechnologii i Nauk o Środowisku

Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II

ul. Konstantynów 1 "I”

20-708 Lublin

Dyrektor Instytutu Biotechnologii

dr hab. Ewa Skórzyńska-Polit, prof. KUL

tel. 81 454 54 15

www.kul.lublin.pl

email: [email protected]

Sekretariat

mgr Iwona Kuta-Wysmulska

tel. 48 81 475 94 02

email: [email protected]

Komitet Redakcyjny

Aleksandra Seta-Koselska

Paweł Adamek

Ewa Skórzyńska-Polit – przewodniczący

Page 3: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

3

1. Instytut Biotechnologii KUL – jego utworzenie i organizacja

Biotechnologia jest bardzo dynamicznie rozwijającą się,

nowoczesną dziedziną o dużym znaczeniu praktycznym,

wykorzystującą i integrującą zdobycze wielu lat badań różnych

dyscyplin nauk przyrodniczych takich jak biologia, fizyka czy

chemia oraz technicznych. Z wytworami biotechnologii mamy do

czynienia na każdym kroku, stosuje się je w przemyśle, ochronie

środowiska, medycynie i w produkcji żywności.

Biotechnologia staje się kluczową dziedziną nauki, służącą

poszukiwaniu nowych środków leczniczych, szczepionek i środków

diagnostycznych. Jej istotę stanowi zastosowanie organizmów,

systemów i procesów biologicznych do potrzeb przemysłu. Przemysł

biotechnologiczny intensywnie rozwija się od ponad 30 lat w wysoko

uprzemysłowionych krajach europejskich. Pragnieniem naszego

Instytutu jest aktywne uczestnictwo w rozwijaniu tego przemysłu

również w Polsce, między innymi poprzez kształcenie specjalistów

w tej dziedzinie w ramach kierunku studiów stacjonarnych:

BIOTECHNOLOGIA.

Instytut Biotechnologii KUL został powołany do życia

w Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym decyzją Senatu

Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego dn. 1 października 2009

roku. Instytut utworzyły Katedry wchodzące wcześniej w skład

Instytutu Ochrony Środowiska: Katedra Biologii Molekularnej

(powołana do życia 1 września 1998 r.), Katedra Fizjologii Zwierząt

i Toksykologii (utworzona w 1992 r.), Katedra Biochemii i Chemii

Środowiska (powstała w roku akademickim 1998/1999) oraz Katedra

Fizjologii i Biotechnologii Roślin (utworzona 1 marca 2009 r.).

Następnie została utworzona Katedra Bionanomateriałów (powołana

do życia 1 marca 2010 roku).

W tym czasie trwała budowa nowoczesnego Budynku

Biotechnologii z funduszy UE.

Uroczyste otwarcie i poświęcenie budynku odbyło się w dn. 16

czerwca 2011 r. Zorganizowana została wtedy konferencja

Biotechnologia – szanse i zagrożenia, Lublin, 16-17.06.2011.

Page 4: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

4

Pod koniec stycznia 2012 r. przeniesiono sprzęt i aparaturę

poszczególnych katedr do nowego budynku. Zajęcia dydaktyczne

i badania naukowe rozpoczęto w nowych laboratoriach od dnia

1 lutego 2012 r.

Nowy Wydział Biotechnologii i Nauk o Środowisku w składzie:

Instytut Biotechnologii oraz Interdyscyplinarne Centrum Badań

Naukowych został utworzony dn. 16 lutego 2013 r. Pierwszym

Dziekanem Wydziału w dn. 20 lutego 2013 r. został wybrany prof. dr

hab. Ryszard Szyszka. Dn. 21 lutego 2013 r. na stanowisko

Dyrektora Instytutu Biotechnologii został wybrany prof. dr hab. Piotr

Staszczuk. Od 8 października 2013 r. funkcje Dyrektora Instytutu

pełni dr hab. Ewa Skórzyńska-Polit, prof. KUL.

Page 5: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

5

2. O studiach

Instytut Biotechnologii prowadzi trzyletnie studia zawodowe

I stopnia oraz dwuletnie studia magisterskie II stopnia. Przedmioty

objęte programem studiów podzielone są na moduły, w ramach

których student musi otrzymać odpowiednią liczbę punktów ECTS

i jest to podstawowym kryterium dopuszczenia do egzaminu

dyplomowego. Studenci zaliczają przedmioty w systemie

punktowym zgodnym z Europejskim Systemem Transferu Punktów

(ECTS), co umożliwia realizację części studiów na innych

uczelniach, krajowych i zagranicznych stosujących ten system.

Dla studentów organizowane są także specjalne kursy stacjonarne

i wyjazdowe (np. szkoły letnie), w których także biorą udział

specjaliści zagraniczni. Studenci wykonują prace dyplomowe

w różnych zespołach, np.: biochemii, biologii molekularnej,

bionanomateriałów, biochemii wirusów, toksykologii, immunologii,

enzymologii, biotechnologii roślin i biotechnologii środowiskowej.

Po uzyskaniu wymaganej liczby punktów, wykonaniu i napisaniu

pracy dyplomowej oraz egzaminie dyplomowym, absolwenci

uzyskują tytuł licencjata biotechnologii. Następnie mogą

kontynuować studia stacjonarne magisterskie (II stopnia).

Zasady rekrutacji:

Studia stacjonarne I stopnia

Nowa matura

Konkurs świadectw dojrzałości: punktowany wynik z biologii.

Stara matura

Egzamin pisemny: test z biologii.

Matura międzynarodowa

Zasady przyjmowania kandydatów posiadających dyplom matury

międzynarodowej (International Baccalaureate) wydany przez

Biuro IB w Genewie.

Page 6: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

6

Studia stacjonarne II stopnia

Warunkiem ubiegania się o przyjęcie jest ukończenie studiów

I stopnia z biotechnologii lub studiów I stopnia/magisterskich na

kierunkach: biologia, mikrobiologia, ochrona środowiska.

Kwalifikacja na podstawie konkursu ocen na dyplomie.

Absolwenci naszego Instytutu mogą pracować w różnorodnych

laboratoriach naukowych, naukowo-wdrożeniowych,

diagnostycznych i przemysłowych. Instytut Biotechnologii KUL

skupia naukowców z wielu dziedzin nauk biologicznych

i chemicznych. Obecnie strukturę Instytutu tworzy pięć zespołów

naukowo-badawczych dysponujących wysokim potencjałem

intelektualnym i nowoczesną aparaturą naukową. Aby zapewnić

właściwe kształcenie biotechnologów uniwersytet posiada

nowoczesne zaplecze dydaktyczno-technologiczne, które w roku

akademickim 2011/2012 wzbogacone zostało o nowoczesny i dobrze

wyposażony w nowoczesną aparaturę naukowo-badawczą gmach

Instytutu.

Page 7: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

7

3. Katedra Biologii Molekularnej

Kierownik – prof. dr hab. Ryszard Szyszka

Pracownicy:

dr hab. Danuta Kruszewska,

prof. KUL

dr hab. Hieronim Golczyk,

adiunkt

dr inż. Andrea Baier, adiunkt

dr Kamila Filipiak, asystent

dr Monika Jach, adiunkt

dr Monika Janeczko, asystent

dr Elżbieta Kochanowicz,

asystent

dr Konrad Kubiński, adiunkt

dr Maciej Mastyk, adiunkt

dr Marek Pilecki,

starszy wykładowca

dr Ewa Sajnaga, adiunkt

dr Robert Świder, asystent

mgr Ewa Alikowska, asystent

mgr Jarosław Ludian,

starszy referent techniczny

Pracownicy Katedry (od lewej): Ryszard Szyszka, Marek Pilecki,

Elżbieta Mazur, Rafał Zieliński, Ewa Sajnaga, Konrad Kubiński,

Monika Janeczko, Katarzyna Domańska

Od momentu powstania Instytutu Biotechnologii w ramach

katedry działają trzy grupy badawcze, których działalność

wypunktowano poniżej. Katedra wyposażona jest

w wyspecjalizowane pomieszczenia takie jak chłodnie (+4°C),

pokoje termostatowane, pracownia izotopowa. Pracownie te

Page 8: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

8

wyposażone są w wysokiej jakości specjalistyczną aparaturę

naukową, taką jak: ultrawirówka i chłodzone wirówki

szybkoobrotowe, miniwirówki szybkoobrotowe, aparat do

wysokosprawnej chromatografii cieczowej HPLC/FPLC Äkta

Purifier, chromatografy do klasycznej chromatografii cieczowej,

wytrząsarkę termostatowaną do prowadzenia hodowli płynnych,

urządzenia do elektroforezy jedno- i dwukierunkowej, rozdziału

elektroforetycznego białek i DNA, techniki transferu

elektroforetycznego półsuchego i izoelektroogniskowania, aparaty do

prowadzenia reakcji PCR i RT PCR, autoklawy laboratoryjne,

komory laminarne, spektrofotometry, cytometr przepływowy, liczniki

scyntylacyjne i inne. Działalność badawcza katedry skupia się

w zakresie szeroko pojętej enzymologii.

Pracownie działające w ramach Katedry to:

Laboratorium Modelowania Molekularnego i Syntezy

Organicznej

Tematyka naukowa:

Projektowanie leków

Poszukiwanie nowych molekularnych celów terapeutycznych

Realizacja projektu „Inhibitory kinazy CK2”

Realizacja projektu „Inhibitory Sulfatazy Steroidowej”

Badania nad białkiem Syntazy tymidylanowej oraz szlaku syntezy

tymidylanu

Współpraca naukowa:

San Pablo CEU University

University of Cologne

Politechnika Gdańska

National Academy of Science, Ukraine – Institute of Cell Biology

Gdański Uniwersytet Medyczny

ADAMED, Pieńków k/Warszawy.

Lipopharm.pl

Page 9: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

9

Pracownia Biochemii Białek i Enzymologii

Tematyka naukowa:

Badanie struktury, funkcji i regulacji kinaz białkowych (kinazy

białkowej CK2 i PKC)

Poszukiwanie modulatorów CK2 o znaczeniu antynowotworowym

Badanie wybranych enzymów systemu replikacyjnego wirusa

HCV

Inhibitory NTPazy/helikazy HCV jako potencjalne środki

antywirusowe.

Współpraca naukowa:

University of Maryland, Baltimore County, Baltimore, USA

Prof. dr hab. Zygmunt Kazimierzuk, SGGW; Instytut Medycyny

Doświadczalnej i Klinicznej PAN

Babita Agrawal, PhD, Univ. of Alberta, Edmonton, Canada

Sophia Kouyanou-Koutsoukou, PhD, National and Kapodestrian

University of Athens, Greece

Andriy Golub, PhD, Department of Combinatorial Chemistry,

Institute of Molecular Biology and Genetics of NAS of Ukraine,

Kyiv, Ukraine

Rostyslav Stoika, PhD, National Academy of Science, Ukraine –

Institute of Cell Biology

ADAMED, Pieńków k/Warszawy.

Pracownia Cytogenetyki Molekularnej

Tematyka naukowa:

Badania cyto-molekularne nad strukturą i organizacją genomu

eukariotycznego oraz nad przebiegiem cyklu komórkowego.

Opracowanie mapy genetycznej i poznanie struktury kariotypu/

chromosomów wybranych roślin medycznych/przemysłowych

jako element niezbędny dla programów genetycznego ulepszania

odmian/ras pod kątem ich użyteczności w przemyśle

farmaceutycznym lub kosmetycznym.

Page 10: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

10

Badania nad chromosomową mutagenezą i zaburzeniami cyklu

komórkowego zachodzącymi spontanicznie i spowodowanymi

czynnikami zewnętrznymi, w tym skażeniem środowiska.

Zastosowanie technik mikroskopii fluorescencyjnej w badaniu

fosforylacji białek cytoplazmatycznych i jądrowych in vivo

w komórkach drożdży, liniach komórkowych/tkankach

nowotworowych oraz w komórkach roślinnych. Badania mają

znaczenie dla wyjaśnienia roli fosforylacji kluczowych białek

w cyklu komórkowym, m.in. dla opracowania inhibitorów kinazy

białkowej CK2.

Współpraca naukowa:

Instytut Fizjologii Molekularnej Roślin Maxa Plancka

w Poczdamie-Golm

Laboratorium Cytogenetyki i Cytometrii Instytutu Botaniki

Eksperymentalnej w Ołomuńcu

Biocentrum Uniwersytetu Ludwika Maksymiliana w Monachium

Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie Alcalá

de Henares w Madrycie

Realizowane w ramach katedry projekty naukowe i ekspertyzy:

1. Inhibitory kinaz białkowych jako potencjalne leki

przeciwnowotworowe i przeciwwirusowe, PBZ-MIN-

014/P05/2004 - 2005-2008,

2. Inhibition of HCV as an Opportunistic HIV Coinfection. National

Institute of Health, Bethesda, USA, No. 1R01GM087738-01A1,

2009,

3. ONCO - 3CLA – biotechnologiczny, kierowany lek przeciw-

nowotworowy (od 2012)

4. Realizacja projektu offsetowego Ministerstwa Gospodarki

„Projektowanie, synteza i badanie właściwości inhibitorów kinazy

CK2 jak i receptorów estrogenu” w latach 2009-2011,

5. Realizacja grantu NCN „Inhibitory Sulfatazy Steroidowej” na lata

2012-2015,

6. Projekt badawczy PARP pt. „Suplementy diety na bazie drożdży

Yarrowia lipolytica” (od 2012).

Page 11: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

11

Publikacje Katedry Biologii Molekularnej

1. Baier A., Alikowska E., Szyszka R. 2015. Yeast Asf1 protein as

modulator of protein kinase CK2 activity. In: Ahmed K, Issinger

O-G, Szyszka R. (Eds.). Protein Kinase CK2 Cellular Function in

Normal and Disease States. Advances in Biochemistry in Health

and Disease 12. Springer International Publishing. DOI

10.1007/978-3-319-14544-0.

2. Demkowicz S, Kozak W, Daśko M, Masłyk M, Kubiński K,

Rachon J. 2015. Phosphate and Thiophosphate Biphenyl Analogs

as Steroid Sulfatase Inhibitors. Drug Development Research,

DOI: 10.1002/ddr.21245.

3. Kozak W, Daśko M., Wołos A, Masłyk M, Kubiński K,

Składanowski A., Misiak M., Rachon J., Demkowicz S. 2015.

Synthesis and steroid sulfatase inhibitory activities of N-alkanoyl

tyramine phosphates and thiophosphates. RSC Advances 5 (41):

32594-32603. DOI: 10.1039/C5RA01614B.

4. Zapico JM, Puckowska A, Filipiak K, Coderch C, de Pascual-

Teresa B, Ramos A. 2015. Org Biomol Chem. Design and

synthesis of potent hydroxamate inhibitors with increased

selectivity within the gelatinase family. 13(1):142-56. DOI:

10.1039/C4OB01516A.

5. Fabre B, Filipiak K, Díaz N, Zapico JM, Suárez D, Ramos A, de

Pascual-Teresa B. 2014. An integrated computational and

experimental approach to gaining selectivity for MMP-2 within

the gelatinase subfamily. Chembioche 15(3):399-412.

6. Filipiak K, Kubiński K, Hellman U, Ramos A, de Pascual-Teresa

B. 2014. Human protein kinase CK2 phosphorylates matrix

metalloproteinase 2 and inhibits its activity. Chembiochem

15(13):1873-6.

7. Filipiak K, Hidalgo M, Silvan JM, Fabre B, Carbajo RJ, Pineda-

Lucena A, Ramos A, de Pascual-Teresa B, de Pascual-Teresa S.

2014. Dietary gallic acid and anthocyanin cytotoxicity on human

fibrosarcoma HT1080 cells. A study on the mode of action. Food

Funct. 5(2):381-9.

8. Fuentes I., Stegemann S., Golczyk H., Karcher D., Bock R. 2014.

Horizontal genome transfer as an asexual path to the formation of

new species. Nature 511: 232-235. DOI: 10.1038/nature13291.

Page 12: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

12

9. Golczyk H., Massouh A., Greiner S. 2014. Translocations of

chromosome end-segments and facultative heterochromatin

promote meiotic ring formation in evening primroses. Plant Cell

26: 1280-1293. DOI: 10.1105/tpc.114.122655.

10. Golczyk H., Greiner S., Wanner G., Weihe A., Bock R, Börner T.,

Herrmann R.G. 2014. Chloroplast DNA in mature and senescing

leaves - a reappraisal. Plant Cell 26: 847-854. DOI:

10.1105/tpc.113.117465.

11. Kozak W, Daśko M., Masłyk M., Pieczykolan J.S., Gielniewski

B., Rachon J., Demkowicz S. 2014. Phosphate tricyclic coumarin

analogs as steroid sulfatase inhibitors: synthesis and biological

activity. RCS Adv 4 (84): 44350-44358.

12. Pieczykolan JS, Kubiński K, Masłyk M, Pawlak SD, Pieczykolan

A, Rózga PK, Szymanik M, Gałązka M, Teska-Kamińska M,

Zerek B, Bukato K,Poleszak K, Jaworski A, Strożek W, Swider R,

Zieliński R. 2014. AD-O53.2-a novel recombinant fusion protein

combining the activities of TRAIL/Apo2L and Smac/Diablo,

overcomes resistance of human cancer cells to TRAIL/Apo2L,

Invest New Drugs 32 (6), 1155-1166.

13. Ward DN, Talley DC, Tavag M, Menji S, Schaughency P, Baier

A, Smith PJ. UK-1 and structural analogs are potent inhibitors of

hepatitis C virus replication. 2014. Bioorg Med Chem Lett.

15;24(2):609-12.

14. Zhang N, Zhang P, Baier A, Cova L, Hosmane RS. 2014. Dual

inhibition of HCV and HIV by ring-expanded nucleosides

containing the 5:7-fused imidazo[4,5-e][1,3]diazepine ring

system. In vitro results and implications. Bioorg Med Chem Lett.

24(4):1154-7.

15. Fabre B, Filipiak K, Zapico JM, Díaz N, Carbajo RJ, Schott AK,

Martínez-Alcázar MP, Suárez D, Pineda-Lucena A, Ramos A, de

Pascual-Teresa B. 2013. Progress towards water-soluble triazole-

based selective MMP-2 inhibitors. Org Biomol Chem.

14;11(38):6623-41.

16. Golczyk H. 2013. Cytogenetics of Tradescantia spathacea (syn.

Rhoeo spathacea): A review. Annales Universitatis Marie Curie-

Skłodowska. Sectio C 68 (1): 39-53. DOI: 10.2478/v10067-012-

0023-y.

Page 13: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

13

17. Hartjen P, Höchst B, Heim D, von der Kammer H, Lucke J,

Reinholz M, Baier A, Smeets R, Wege H, Borowski P, Schulze

Zur Wiesch J. 2013. The NTPase/helicase domain of hepatitis C

virus nonstructural protein 3 inhibits protein kinase C

independently of its NTPase activity. Cell Mol Biol Lett.

18(3):447-58. DOI: 10.2478/s11658-013-0099-7.

18. Jach M., Łoś R., Maj M., Malm A. (2013) Probiotics –

technological and manufacturing aspects. Post. Mikrobiol. 52,

2,161-170.

19. Jach M., Sajnaga E., Kozak E., Malm A. 2013. Use of yeasts for

prevention and therapy. Curr. Issues Pharm. Med. Sci. , 26 (2),

198-202.

20. Sajnaga E., Jach M., Szyszka R. 2013. Biopierwiastki Sn, Mn, I,

Cr, Zn, Cu, Fe – funkcje biologiczne, zapotrzebowanie i

suplementacja. Drożdże wzbogacone minerałami. W: Na

pograniczu chemii i biologii, H. Koroniak i J. Barciszewski

(wyd). Wyd. Naukowe UAM, Poznań

21. Demkowicz S., Filipiak K., Maslyk M., Ciepielski J., de Pascual

Teresa S, Martín-Santamaría S, de Pascual-Teresa B, Ramos A.

2013. New Clicked Full Agonists of the Estrogen Receptor, RSC

Adv.: 3, 3697-3706.

22. Sajnaga E., Szyszka R., Kubiński K. 2013. Site-directed

mutagenesis in the research of protein kinases – the case of

protein CK2. W: Genetic manipulation of DNA and protein, D.

Figurski (Ed.). In Tech, 133-166.

Page 14: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

14

Page 15: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

15

4. Katedra Bionanomateriałów

Kierownik - prof. dr hab. Piotr Staszczuk

Pracownicy:

dr Ludomir Kwietniewski, adiunkt

mgr Magdalena Rycyk, asystent

mgr Paweł Adamek, asystent

dr Beata Jazurek-Zenatti, adiunkt

Pracownicy Katedry: (od lewej) dr Ludomir Kwietniewski, mgr

Magdalena Rycyk, prof. Piotr Staszczuk, mgr Dagmara Zimmerman,

mgr Paweł Adamek

Page 16: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

16

Tematyka naukowa:

Otrzymywanie, badania właściwości fizykochemicznych (m. in.

adorpcyjnych i porowatości) oraz zastosowanie nanomateriałów w

zaawansowanej technologii:

materiały tlenkowe, materiały węglowe (m. in. ZnO, Ag, nanorurki

węglowe, fulereny, grafen)

materiały organiczne (leki) i polimerowe (kompozyty)

adsorbenty modyfikowane proteinami i enzymami (powierzchnie

inteligentne, tzw. smart surfaces)

kompozyty naturalne, mineralne, polimerowe, metalowe

określanie aktywności biologicznej substancji metodą

chromatograficzną

badanie mechanizmu retencji w RP-HPLC

Stosowane techniki pomiarowe:

Analiza termiczna TG, DTA, Q-TG, Q-DTA (aparat Derivatograph Q-

1500D z programem Derivat), DSC oraz metody łączone, sorptomat,

AFM, EDX, metody próżniowe, chromatografia gazowa i cieczowa

HPLC.

Współpraca naukowa:

Dr. D. Sternik, dr. M. Błachnio, UMCS, Lublin

Dr. G.W. Chądzyński, Politechnika Wrocławska

Dr. E. Kowalska, Instytut Elektroniki, Warszawa

Prof. V. Tertykh, National Academy of Science, Ukraine

Dr. V.V. Kutarov, Odessa University, Ukraine

Prof. R. Gladyshevskii, Lviv University, Ukraine

Dr. R.A. Zeigler, NASA, Huston, USA

Prof. E. Robens, Mainz University, Germany

Dr. S.A.A. Jayaweera, Tessidee University, England

Prof. Y.X. Zhu, Beijing University, China

Page 17: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

17

Publikacje Katedry Bionanomateriałów:

1. P. Staszczuk, D. Zimmerman-Rysz, Studies of modified carbon

nanotubes by means of thermogravimetry Q-TG and sorptometry

techniques, J. Therm. Anal. & Cal., DOI 10.1007/s10973-014-

4209-1, vol. 118, Issue 2, pp. 1101-1110, 2014.

2. P. Staszczuk, M.Rycyk, Studies of Adsorption and Total

Heretogeneity Properties of Pure and Modified Carbon Nanotube

Surfacs, J. Thermal Anal.& Cal., DOI:10.1007/s10973-013-3164-

6, vol. 114, Issue 3, pp. 1125-1133, 2013.

3. G.W. Chądzyński, P. Staszczuk, D. Sternik, M. Błachnio, Studies

of physicochemical properties and fractal dimensions od MgB2

superconductor surface, J. Therm. Anal. & Cal., vol. 108(3), 2012,

985-989.

4. P. Staszczuk, Thermogravimetry Q-TG Studies of Surface

Properties of Lunar Nanoparticles, J. Thermal Anal.&Cal., vol.

106, no2, 2011, 853-857, DOI 10.1007/s10973-011-1765-5.

5. L. Kwietniewski, The Effect of the Chain Lenght of Bonded

Phase of Retention of Aromatic Solutes in RP LC with Pure

Water as Mobile Phase, J. Liquid Chromatogr. & Rel. Techn.,

33(20), 2010, 1854-1870.

6. L. Kwietniewski, Determination of Solute Retention in RPLC

with Pure Water as Effluent Using a Numerical Method Based on

the Ościk's Equation,J. Liquid Chromatogr. & Rel. Techn, 33(3),

2010, 305-323.

7. P. Staszczuk, D. Sternik, Guest Editors, Conference Issue

(Proceedings): 32nd

International Vacuum Microbalance and

Theremoanalytical Techniques Conference, Kazimierz Dolny,

Poland, June 22-24, 2009, J. Thermal Anal.& Cal., vol. 101, no.2.,

2010, 720-807.

8. P. Staszczuk, D. Sternik, Preface, J. Thermal Anal.& Cal.,

vol.101, no.2, 2010, 723-724.

Page 18: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

18

5. Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin

Kierownik – dr hab. Ewa Skórzyńska-Polit, prof. KUL

Pracownicy:

dr Aleksandra Seta-Koselska, adiunkt

mgr Agnieszka Betlej, asystent

mgr Paweł Patrzylas, asystent

mgr Mariusz Spaczyński, asystent

Pracownicy Katedry (od lewej): Aleksandra Seta-Koselska,

Agnieszka Betlej, Ewa Skórzyńska-Polit, Mariusz Spaczyński, Paweł

Patrzylas.

Katedra została powołana decyzją Senatu KUL w marcu 2009 r.

Kierownictwo Katedry zostało powierzone nowozatrudnionej dr hab.

Ewie Skórzyńskiej-Polit, zaś pierwszych dwoje asystentów zostało

zatrudnionych od września 2009 r. Cała trójka weszła do pustych

tymczasowych pomieszczeń Katedry, gdzie zaczęli organizowanie od

Page 19: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

19

podstaw laboratorium fizjologii i biotechnologii roślin. W 2010 roku

została zorganizowana Pracownia fizjologii roślin (rozbudowana

następnie o pracownię biotechnologii roślin), a od 2011 roku działa

już Pracownia roślinnych kultur in vitro.

Tematyka badawcza w Katedrze dotyczy:

roślinnych substancji biologicznie czynnych,

metabolicznej i molekularnej odpowiedzi roślin na abiotyczne

czynniki stresowe.

W Pracowni roślinnych kultur in vitro prowadzone są badania nad

optymalizacją warunków hodowli i rozwoju w warunkach in vitro

roślin z rodziny Asteraceae (rudbekia, aksamitka), Phaseolus

coccineus odm. Jaś Piękny, oraz lnu zwyczajnego (Linum

usitatissimum L.). Prace mają na celu otrzymanie sterylnych

i wolnych od patogenów roślin, jak również kultur komórkowych

i tkankowych, wykorzystywanych następnie jako materiał wyjściowy

do badań nad pozyskiwaniem metabolitów wtórnych oraz badań

reakcji roślin na czynniki stresowe prowadzonych w Pracowni

fizjologii i biotechnologii roślin. Metabolity wtórne uzyskane z roślin

w warunkach in vitro będą mogły znaleźć zastosowanie jako leki,

środki ochrony roślin, naturalne inhibitory bądź stymulatory wzrostu

innych roślin i mikroorganizmów.

W Pracowni fizjologii roślin prowadzone są obecnie badania nad

mechanizmami obronnymi u roślin wyższych. Poznanie na poziomie

molekularnym odpowiedzi roślin na działanie czynników stresowych

ułatwi pracę nad naturalnymi biopreparatami wykorzystującymi

roślinne substancje biologicznie czynne.

W latach 2009-2014 r. w Katedrze pod opieką pracowników,

dwanaście osób uzyskało tytuł magistra oraz dwadzieścia sześć

obroniło prace licencjackie.

Aparatura naukowo-badawcza:

komora laminarna ESCO FCZ-4A1, autoklaw, szafy fitotronowe,

zestawy do elektroforezy poziomej i pionowej, aparat do wizualizacji

żeli Fusion FX7, termocykler do PCR Biometra, zestaw do blottingu,

inkubator CO2, spektofotometr UV-VIS Jasco z przystawką

termostatowaną, wagi analityczne, wytrząsarki, urządzenia

chłodnicze, wirówki, naczynie Dewara

Page 20: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

20

Współpraca z ośrodkami krajowymi i zagranicznymi:

Wydział Biologii i Biotechnologii UMCS (Lublin),

Instytut Botaniki, Uniwersytet Jagielloński (Kraków),

Instytut Agrofizyki PAN (Lublin).

Realizowane w ramach katedry projekty naukowe:

1. Udział wodoronadtlenków kwasów tłuszczowych w reakcjach

nadwrażliwości (HR) u roślin wyższych – grant wewnętrzny

KUL.

2. Wyprowadzenie hodowli zawiesinowej Linum usitatissimum (L) –

grant wewnętrzny KUL

3. Wpływ egzogennych elicytorów na syntezę lignanów u lnu Linum

usitatissimum (L.) – grant wewnętrzny KUL

4. Wpływ elicytorów na aktywność enzymów zaangażowanych w

reakcje obronne u roślin – grant wewnętrzny KUL

5. Zmiany aktywności enzymów szlaku fenylopropanoidowego w

komórkach lnu Linum usitatissimum (L.) pod wpływem estru

metylowego kwasu jasmonowego (MeJA) oraz kwasu

salicylowego (SA) – grant wewnętrzny KUL

6. Wpływ kwasu giberelinowego (GA3) oraz kwasu abscysynowego

(ABA) na aktywność enzymów syntezy związków fenolowych w

komórkach lnu Linum usitatissimum (L.) – grant wewnętrzny

KUL

7. Elementy PCD u roślin wyższych w stresie metali ciężkich – grant

wewnętrzny KUL

8. Mitochondria roślinne – marker toksycznego oddziaływania

jonów metali? – grant wewnętrzny KUL

9. Zmiany aktywności enzymatycznych czynników anty-

oksydacyjnych w czasie śmierci komórki w warunkach stresu

metali ciężkich – grant wewnętrzny KUL

10. Zmiany w poziomie nieenzymatycznych czynników

antyoksydacyjnych w czasie śmierci komórki w warunkach stresu

metali ciężkich – grant wewnętrzny KUL

11. Aktywność SOD w obecności melatoniny i w warunkach stresu

abiotycznego u roślin wyższych – grant wewnętrzny KUL

12. Optymalizacja warunków hodowli in vitro aksamitki rozpierzchłej

(Tagetes patula L.) i aksamitki drobnej (Tagetes minuta) – grant

Page 21: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

21

wewnętrzny KUL

13. Aktywność wybranych czynników antyoksydacyjnych u rudbekii

w odpowiedzi na Cd – grant wewnętrzny KUL

Wykaz publikacji:

1. Koselski M., Dziubinska H., Seta-Koselska A., Trebacz K. 2015,

A nitrate-permeable ion channel in the tonoplast of the moss

Physcomitrella patens. Planta DOI 10.1007/s00425-015-2250-3

2. Seta-Koselska A., Szczuka E., Spaczyński M., Skorzynska-Polit

E. 2015, Activity and localization of lipoxygenase in the ovule of

Larix kaempferi (Lamb.) Carr. during megasporogenesis, Plant

Growth Regulation 76:177-186

3. Seta-Koselska A., Szczuka E., Skórzyńska-Polit E., Domaciuk

M., Giełwanowska I. 2014, Roadside larch trees (Larix Mill.) and

its female generative organs as a biomonitor of air pollution. Pol.

J. Environ. Stud. 23: 867-874.

4. Patrzylas P., Seta-Koselska A., Spaczyński M., Betlej A.,

Skórzyńska-Polit E. 2014 .Autofagia u roślin w warunkach stresu

Postępy Biologii Komórki 41:445-462.

5. Spaczyński M., Seta-Koselska A., Patrzylas P., Betlej A.,

Skórzyńska-Polit E. 2012. Phytodegradation and biodegradation

in rhizosphere as efficient methods of reclamation of soil

contaminated by organic chemicals, Acta Agrophysica 19:155-

169.

6. Seta-Koselska A., Skórzyńska-Polit E., Betlej A., Patrzylas P.,

Spaczyński M. 2011. Pochodne kwasu jasmonowego w terapii

przeciwnowotworowej. [w] Na pograniczu chemii i biologii, H.

Koroniak, J. Barciszewski (Eds.), T. XXVI. Wydawnictwo

Naukowe UAM, Poznań, pp. 515-531.

7. Drążkiewicz M., Skórzyńska-Polit E., Krupa Z. 2010. Effect of

BSO-supplemented heavy metals on antioxidant enzymes in

Arabidopsis thaliana. Ecotoxicol. Environ. Saf. 73:1362-1369.

8. Patrzylas P., Skórzyńska-Polit E. 2010. Programowana śmierć

komórek roślinnych jako efekt działania czynników stresowych.

[w] Na pograniczu chemii i biologii, H. Koroniak, J. Barciszewski

(Eds.), T. XXIV. Wydawnictwo Naukowe UAM, Poznań, pp. 281-

315.

9. Seta-Koselska A., Skórzyńska-Polit E. 2010. Metabolizm

Page 22: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

22

wodoronadtlenków kwasów tłuszczowych w szlaku

lipooksygenazowym u roślin wyższych. [w] Na pograniczu

chemii i biologii, H. Koroniak, J. Barciszewski (Eds.), T. XXIV.

Wydawnictwo Naukowe UAM, Poznań, pp. 517-537.

10. Skórzyńska-Polit E. Drążkiewicz M., Krupa Z. 2010. Lipid

peroxidation, anthocyanin content and activity of glutathione-S-

transferase in Arabidopsis thaliana under Cd and Cu stress. Acta

Physiol. Plant., 32:169-175.

11. Skórzyńska-Polit E. 2009. The apoplast -external barrier of plant

cell to biotic and abiotic stress (in above -ground part of plant)

[in] Compartmentation of responses to stress in higher plants, true

or false. Maksymiec W. (Ed.), Transworld Research Network,

ISBN: 978-81-7895-422-6, pp. 1-18.

12. Skórzyńska-Polit E. 2009. Lipoksygenaza roślinna – enzym

użyteczny w biotechnologii? [w] Na pograniczu chemii i Biologii,

tom XXII. Koroniak H., Barciszewski J. (Eds.), Wydawnictwo

Naukowe UAM, Poznań, pp. 177-193.

13. Seta A., Skórzyńska-Polit E., Szczuka E., Giełwanowska I. 2009.

Lipoksygenaza w komórkach roślinnych – budowa i funkcja. Post.

Biol. Kom., 36:69-83.

Page 23: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

23

6. Katedra Fizjologii Zwierząt i Toksykologii

Kierownik – dr hab. Anna Rymuszka

Pracownicy:

dr Anna Sierosławska, starszy wykładowca

dr Adam Bownik, adiunkt

mgr Agnieszka Welman, starszy referent techniczny

Anna Rymuszka Anna Sierosławska Adam Bownik

Agnieszka Welman

Katedra Fizjologii Zwierząt i Toksykologii została utworzona

w 1992 r., początkowo jako Katedra Biologii Ogólnej, z inicjatywy

prof. dr hab. Marii Studnickiej.

Dn. 1 października 2009 roku Katedra weszła w skład

utworzonego w ramach Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego

Instytutu Biotechnologii, a następnie, w roku 2012, wraz z całym

Instytutem Biotechnologii, została przeniesiona do nowo

Page 24: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

24

utworzonego Wydziału Biotechnologii i Nauk o Środowisku.

W chwili obecnej tematyka badawcza Katedry obejmuje zagadnienia

związane z immunobiotechnologią, cytofizjologią i toksykologią

molekularną.

W latach 2009-2014 r. w Katedrze pod opieką pracowników,

powstały 23 prace magisterskie, a 35 osób obroniło prace

licencjackie.

Pracownie działające w ramach Katedry to:

Laboratorium Ekotoksykologii

W pracowni wykonywana jest identyfikacja jakościowa

i ilościowa różnego typu związków w próbkach biologicznych

i środowiskowych (HPLC, ELISA). Wykonywane są również

oznaczenia stopnia toksyczności ksenobiotyków za pomocą

biotestów (rośliny, wodne bezkręgowce, glony).

Wyposażenie pracowni stanowi:

chromatograf cieczowy Prominence Shimadzu, system szybkiego

odparowywania próbek w strumieniu azotu RapidVap LABCONCO,

spektrofotometr UV-Vis z przystawką na długie kuwety, fitotron,

myjka ultradźwiękowa Ultron U-505, homogenizator

ultradźwiękowy Omni Ruptor 4000, urządzenia chłodnicze

Pracownia cytologii

W pracowni prowadzone są prace w zakresie oceny

genotoksycznego oddziaływania substancji różnego pochodzenia

z użyciem komórek prokariotycznych i eukariotycznych.

Wykonywane są takie badania, jak test Amesa, test umuC, test

kometkowy, test mikrojądrowy.

Wyposażenie pracowni stanowi:

komora laminarna Hereus, spektrofotometr UV-Vis BioRad,

SmartSpec, kołyska laboratoryjna z inkubatorem Heidolph Inkubator

1000, zestaw do elektroforezy Comet Assay, inkubator Heraeus,

inkubator z wytrząsarką StatFax 2 200, Inkubator z wytrząsaniem SI-

45, cieplarka laboratoryjna Salvislab Incucenter IC80, inkubator CO2

LabLine, urządzenia chłodnicze

Page 25: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

25

Pracownia hodowli komórkowych

W pracowni utrzymywane są hodowle komórek linii stałych oraz

hodowle pierwotne komórek uzyskiwanych z tkanek zwierząt

kręgowych. Możliwe jest również bankowanie komórek w ciekłym

azocie.

Wyposażenie pracowni stanowi:

komora laminarną ESCO Infinity, klasa II BIOHAZARD,

wyposażona w filtr SULPA, inkubator CO2 Mini Galaxy A, wirówka

z chłodzeniem MPW 370, mikroskop odwrócony Olympus, łaźnia

wodna, autoklaw HG-50, naczynie Dewara Air Liquide GT11,

lodówka

Laboratorium cytofizjologii z pracownią mikroskopową

W pracowni wykonywane i analizowane są różnego typu

preparaty mikroskopowe, w tym wybarwiane fluorescencyjnie.

Prowadzone są analizy w zakresie szerokiej gamy parametrów

biochemicznych płynów biologicznych. Możliwa jest ocena

różnorodnych parametrów cytofizjologicznych z zastosowaniem

technik opartych o pomiar luminometryczny/fluorymetryczny/

spektrofotometryczny. Izolowany jest materiał genetyczny (DNA,

RNA) do dalszej analizy. Wykonywany jest rozdział

elektroforetyczny białek.

Wyposażenie pracowni stanowią:

mikroskop fluorescencyjny odwrócony Nikon Eclipse Ti, mikroskop

fluorescencyjny Nikon Eclipse 80i, czytnik FluoStar Omega czytnik

mikropłytek o funkcjach spektrofotometru, luminometru

i fluorymetru, komora laminarna FASTER TWO, fluorescencyjny

licznik komórek NucleoCounter, urządzenie do izolacji kwasów

nukleinowych i białek Maxwell 16, analizator biochemiczny VetTest

8008, zestaw do elektroforetycznego rozdziału białek (Western-

blotting), waga analityczna Rad-Wag, wytwornica i kruszarka do

lodu, urządzenia chłodnicze

Page 26: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

26

Współpraca z ośrodkami krajowymi i zagranicznymi:

University of South Bohemia in Ceske Budejovice, Faculty of

Fisheries and Protection of Waters, South Bohemian Research

Center of Aquaculture and Biodiversity of Hydrocenoses,

Research Institute of Fish Culture and Hydrobiology, Vodnany,

Czech Republic

Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie, Katedra Epizootiologii

i Klinika Chorób Zakaźnych

Realizowane w ramach katedry projekty naukowe:

1. Grant NN304306940 Biologiczna ocena toksyczności sinicowych

zakwitów wód w wybranych zbiornikach Lubelszczyzny, 2011-

2013

2. Grant NN303606138 Cytotoksyczne oddziaływanie wybranych

cyjanotoksyn (mikrocystyny-LR oraz anatoksyny-a) na komórki

odpornościowe karpia (Cyprinus carpio L.), 2010-2012

3. Grant N308 02732/2393 Oddziaływanie cyjanotoksyn

(mikrocystyny-LR i anatoksyny-a) na układ odpornościowy

karpia (Cyprinus carpio L.), 2007-2009

4. Badania nad toksycznością zakwitów sinicowych występujących

w zbiornikach wodnych Lubelszczyzny – grant wewnętrzny KUL

5. Ekspertyza zamawiana: Oznaczenie genotoksyczności surowca

kosmetycznego testem Amesa, w ramach umowy z Laboratorium

Kosmetycznym Dr Irena Eris, 2011 r.

Wykaz publikacji:

1. Sieroslawska A., Rymuszka A., Adaszek Ł., 2015. Effects of

cylindrospermopsin on the phagocytic cells of a common carp

(Cyprinus carpio L.). Journal of Applied Toxicology DOI

10.1002/jat.3118 (IF 2013 – 3,174)

2. Sieroslawska A., Rymuszka A., 2015. Effects of

cylindrospermopsin a common carp leucocyte cell line. Journal of

Applied Toxicology 35: 83-89 (IF 2013 – 3,174)

3. Sieroslawska A., Rymuszka A., 2015. Cylindrospermopsin

induces oxidative stress and genotoxic effects in the fish CLC cell

line. Journal of Applied Toxicology 35: 426–433 (IF 2013 –

3,174),

Page 27: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

27

4. Sieroslawska A., 2014. Evaluation of usefulness of Microbial

Assay for Risk Assessment (MARA) in the cyanobacterial

toxicity estimation. Environmental Monitoring and Assessment

186:4629-4636 (IF 2013 - 1,679)

5. Sieroslawska A., 2013. Assessment of the mutagenic potential of

cyanobacterial extracts and pure cyanotoxins. Toxicon 74: 76-82

(IF 2013 – 2,581)

6. Rymuszka A., Adaszek Ł., 2013. Cytotoxic effects and changes in

cytokine gene expression induced by microcystin-containing

extract in fish immune cells – an in vitro and in vivo study. Fish

and Shellfish Immunology, 34: 1524-1532 (IF 2013 – 3,32)

7. Rymuszka A., 2012. Microcystin-LR induces cytotoxicity and

affects carp immune cells by impairment of their phagocytosis

and the organization of the cytoskeleton. Journal of Applied

Toxicology, 33(11):1294-302 (IF 2013 – 3,174)

8. Rymuszka A., Adaszek Ł., 2012. Pro-and anti-inflammatory

cytokine expression in carp blood and head kidney leukocytes

exposed to cyanotoxin stress-an in vitro study. Fish and Shellfish

Immunology, 33: 382-388 (IF 2013 – 3,034)

9. Sieroslawska A., Rymuszka A., Velisek J., Pawlik-Skowrońska

B., Svobodova Z., Skowroński T. 2012. Effects of microcystin-

containing cyanobacterial extract on hematological and

biochemical parameters of common carp (Cyprinus carpio L.).

Fish Physiology and Biochemistry, 38: 1159-1167 (IF 2013 –

1,545)

10. Rymuszka A., Sierosławska A. 2011. Effects of neurotoxin –

anatoxin-a on common carp (Cyprinus carpio L.) innate immune

cells in vitro. Neuroendocrinology Letters, 32: 84-88 (IF 2013 –

1,296)

Page 28: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

28

7. Katedra Biochemii i Chemii Środowiska

Kierownik - prof. dr hab. Zofia Stępniewska

Pracownicy:

dr Artur Banach, adiunkt

dr Agnieszka Kuźniar, adiunkt

dr Paweł Misztal, asystent

dr Anna Pytlak, adiunkt naukowy

dr Anna Szafranek-Nakonieczna, adiunkt

dr Agnieszka Wolińska, adiunkt

mgr Jakub Ciepielski, asystent

mgr Weronika Goraj, asystent

mgr inż. Andrzej Górski, samodzielny asystent naukowo-techniczny

mgr Anna Sochaczewska, asystent naukowo-techniczny

mgr Renata Sieńko, asystent naukowo-techniczny

Pracownicy Katedry (od lewej): Anna Szafranek-Nakonieczna,

Agnieszka Wolińska, Zofia Stępniewska, Jakub Ciepielski, Anna

Pytlak, Agnieszka Kuźniar, Weronika Goraj, Artur Banach.

Page 29: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

29

Badania prowadzone w Katedrze obejmują następujące

zagadnienia:

I. Rozpoznanie potencjału biotechnologicznego mikroorganizmów

uczestniczących w formowaniu (metanogenów) i utlenianiu

(metanotrofów) metanu, w tym:

a. Określenie możliwości biotechnologicznych mikroorganizmów,

występujących w środowisku metanowym lub w obecności

pochodnych metanu (biosynteza i bioremediacja z udziałem

aerobowych metylotrofów; biofiltry metanu).

b. Optymalizację produkcji paliw ciekłych, kwasu

polihydroksymasłowego (PHB) - cennego biodegradowalnego

polimeru, ektoiny - ważnego w medycynie i kosmetyce

aminokwasu oraz witaminy B12 na bazie substratu metanowego

z udziałem aerobowych metanotrofów.

c. Utlenianie metanu przez endofityczne metanotrofy

w ekosystemach torfowiskowych wraz z rozpoznaniem

bioróżnorodności metanotroficznych endofitów, zasiedlających

różne gatunki roślin.

d. Ustalenie optymalnych warunków metanogenezy

z wykorzystaniem różnych podłoży węglowych.

e. Wyznaczenie różnorodności konsorcjów metanogenicznych

i metanotroficznych oraz przynależności filogenetycznej różnych

rodzajów Archea i Proteobakterii, niezwykle ważnych w

asymilacji i transformacji związków węgla (włączenie

najnowszych technik z zastosowaniem mikroskopii SEM, TEM,

FISH oraz zastosowanie programów niezbędnych w analizie

filogenetycznej.

II. Wykorzystanie ektoiny do łagodzenia skutków stresu

temperaturowego, osmotycznego, oksydacyjnego i radiacyjnego na

poziomie komórkowym i organizmów.

III. Określenie pojemności filtru glebowego w okresach

powodziowych i stosowania nawodnień ściekami.

a. Wyznaczenie zmian w składzie mikroflory glebowej jej

żywotności i produktów metabolicznych po wprowadzeniu ze

spływami powierzchniowymi i ściekami: pestycydów, leków,

detergentów lub polimerów.

Page 30: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

30

b. Wyznaczenie tempa biodegradacji zanieczyszczeń stałych

i ciekłych oraz określenie aktywności mikroorganizmów w

środowiskach wodnych i glebowych w zmiennych warunkach

aeracji.

c. Wyznaczenie przynależności taksonomicznej (techniki

molekularne) badanych mikroorganizmów.

d. Rozpoznanie czynników działających destrukcyjnie na potencjał

biotechnologiczny ekosystemów lub ograniczających ich

zdolności do buforowania niekorzystnych zmian.

IV. Wykorzystanie roślin wodnych (Azolla caroliniana i Azolla

filiculoides, Lemna sp) oraz roślin energetycznych (Salix americana,

Salix viminalis) w remediacji zanieczyszczeń wywołanych

obecnością metali ciężkich (np. Cd, Ni, Pb, Hg).

V. Tworzenie bioogniw paliwowych, konstruowanych na bazie gleby

wzbogacanej w energetyczne materiały odpadowe (słomę, ścieki,

osady).

VI. Rozpoznanie bioróżnorodności środowisk glebowych z

uwzględnieniem oddziaływań antropogenicznych (w szczególności

rolnictwa) z zastosowaniem najnowszych technik molekularnych i

metagenomiki (DGGE, sekwencjonowanie nowej generacji).

Aparatura naukowo-badawcza:

analizator form węgla (TC, TOC i IC) i azotu całkowitego,(TN)

(TOC-VCSH) (Shimadzu), analizator przepływowy form

biogennych (AA3, Bran&Luebbe), mikroskop fluorescencyjny

(Nicon Eclipse 80i), - spektrometr absorpcji atomowej AAS (Z-8200,

Hitachi), spektrofotometry UV-VIS (UV-1600, Shimadzu) I UV-VIS-

NIR (UV-3600, Shimadzu), chromatografy gazowe ( CP-3800,

Varian; GC2010, Shimadzu), chromatografy gazowy sprzężony z

detektorem masowym GCMS-QP2010Plus, Shimadzu, bioreaktory

(BiostatA plus, Sartorius ), chromatograf cieczowy HPLC (Pro-Star,

Varian), termocyklery (Bio-Rad, Biometria, Sensoquest), zestawy do

elektroforezy (Bio-Rad, Cleaver), DGGE (Bio-Rad), wirówki (Micro

120, Hettich; 3-18R, Sigma), koncentrator próżniowy (RVC 2-18,

Christ), inkubator z wytrzasaniem (Innova 42R, New Brunshiwck

Scientiffic), inkubatory (Memmert, Hereaus, Termaks, Pol-Eko),

Page 31: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

31

komory laminarne (Esco), stacja do produkcji ultraczystej wody

(Milli-Q, Millipore), mineralizator (Ethos One, Milestone)

Współpraca z ośrodkami krajowymi i zagranicznymi:

Katedra Mikrobiologii Uniwersytetu w Nijmegen (Holandia)

Instytut Podstaw Biologii RAN (Rosja ),

Purdue Calumet Water Institute, Purdue University (USA),

Lancaster University (Wielka Brytania),

Christian-Albrecht University Kilonia (Niemcy),

Hohenhein University -Stuttgart (Niemcy),

Instytut Ekologii, Karpat Ukraińska Akademia Nauk (Lwów),

Instytut Wykorzystania Zasobów Naturalnych i Ekologii, Mińsk,

Białoruska Akademia Nauk,

Śnieżniczanka

Kopalnia węgla kamiennego „Bogdanka”.

Biowet „Puławy”

Dyrekcja Poleskiego Parku Narodowego

Realizowane w ramach katedry projekty naukowe:

N N305 326939 – 2010-2013 - Rozpoznanie aktywności i próba

identyfikacji bakterii metanotroficznych zasiedlających skały

przywęglowe kopalni Górnośląskiego Zagłębia Węglowego”

N N305 299440 – 2011-2014 - Rola symbiontów

metanotroficznych Sphagnum sp. w obniżeniu emisji metanu w

rejonie Poleskiego Parku Narodowego

IP2010 001070 – 2010-2011 -Wpływ sposobu użytkowania i

warunków hydrologicznych na uruchomienie biogenów i kondycję

roślin w obszarach zalewowych Małopolskiego Przełomu Wisły.

2011/01/N/NZ9/06811- 2011-2012 - Potencjał biotechnologiczny

układu endofitycznego Sphagnum - metanotrofy.

Page 32: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

32

Publikacja Katedry

1. Wolińska A., Banach A., Kuźniar A., Stępniewska Z., Kłos M.,

2014. DNA Contents in Soil Contaminated with Heavy Metals.

The Global Environmental Engineers 1, 29-35.

2. Stępniewska Z., Goraj W., Kuźniar A., 2014. Przemiany metanu w

środowiskach torfowych. Leśne Prace Badawcze 75 (1), 101-110.

3. Stępniewska Z., Kuźniar A., Pytlak A., Ciepielski J., 2014.

Ektoina – przeciwstresowa cząsteczka przyszłości. Kosmos 1

(302), 25-35.

4. Wolińska A., Szafranek-Nakonieczna A., Banach A., Rekosz-

Burlaga H., Goryluk-Salmonowicz A., Błaszczyk M.,

Stępniewska Z., Górski A., 2014. Biological degradation of

agricultural soils from Lublin region (SE Poland).

Int.J.Curr.Microbiol.App.Sci 3(11), 558-571.

5. Szafranek-Nakonieczna A., Stępniewska Z., 2014. Aerobic and

anaerobic respiration in profiles of Polesie Lubelskie peatlands.

Int. Agrophysics 28, 219-229.

6. Stępniewska Z., Goraj W., Kuźniar A., Pytlak A., Ciepielski.,

Frączek P., 2014. Biosynthesis of Ectoine by the Methanotrophic

Bacterial Consortium Isolated from Bogdanka Coalmine (Poland).

Applied Biochemistry and Microbiology 50(6), 594-600.

7. Stępniewska Z., Goraj W., Sochaczewska A., Kuźniar A., Pytlak

A., Malec M., 2014. Changes in atmospheric CH4, O3, NO2, SO2

concentration dynamics in Lublin in the years 2007-2009. Acta

Agrophysica 21(3), 361-373.

8. Banach A., Banach K., Stępniewska Z., 2014. Laboratory

feasibility tests improve decision support for wetland eco-

engineering; Lake Bartków Lug (Poland) as test case. Ecological

Engineering 71, 256-267.

9. Pytlak A., Stępniewska Z., Kuźniar A., Szafranek-Nakonieczna

A., Wolińska A., Banach A., 2014. Potential for Aerobic Methane

Oxidation in Carboniferous Coal Measures. Geomicrobiology

Journal 31, 737-747.

10. Wolińska A., Stępniewska Z., Ciepielski J., 2014. Bioelectricity

Production from Soil Using Microbial Fuel Cells. Appl Biochem

Biotechnol. 173(8), 2287-96.

Page 33: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

33

11. Bownik A., Stępniewska Z., Skowroński T., 2014. Protective

effects of ectoine on heat-stressed Daphnia magna. J Comp

Physiol B. 184(8), 961-76.

12. Stępniewska Z., Pytlak A., Kuźniar A., 2014. Distribution of the

methanotrophic bacteria in Western part of the Upper Silesian

Coal Basin (Borynia-Zofiówka and Budryk coal mines).

International Journal of Coal Geology 130, 70-78.

13. Stępniewska Z., Sochaczewska A., Goraj W., Kuźniar A.,

Szafranek-Nakonieczna A., 2014 Analiza porównawcza stężenia

metanu ze stacji monitoringu KUL i Kasprowy Wierch w latach

2007-2012. Instytut Podstaw Inżynierii Środowiska PAN Zabrze.

Tom 2, 273-278.

14. Stępniewska Z., Kuźniar A., 2014. Cultivation and detection of

endophytic aerobic methanotrophs isolated from Sphagnum

species as a perspective for environmental biotechnology. AMB

Express 1-9.

15. Bwnik A., Stępniewska Z., Skowroński T., 2014. Effects of

ectoine on behavioural, physiological and biochemical parameters

of Daphnia magna. Comp. Biochem. Physiol. C. 168, 2-10.

16. Stępniewska Z., Pytak A., Kuźniar A. 2013, Methanotrophic

activity in Carboniferous coalbed rocks. International Journal of

Coal Geology 106, 1-10. 17. Rodriguez, J.J.; Filipiak, K.; Maslyk, M.; Ciepielski, J.;

Demkowicz, S.; de Pascual-Teresa, S.; Martin-Santamaria,

S.; de Pascual-Teresa, B.; Ramos, A.; 2012, Towards beta-

selectivity in functional estrogen receptor antagonists;

Organic & Biomolecular Chemistry; 10(36), 7334-7346. 18. Wolińska A., Stępniewska Z., Bułaś A., Banach A. 2012,

Evaluation of Factors Influencing the Biomass of Soil

Microorganisms and DNA Content. Open Journal of Soil Science

2, No.1.

19. Wolińska A., Stępniewska Z., Wołoszyn A. 2012,

Characterization of Microbial Community in Selected Mineral

Soils after Long-Term Storage. Journal of Biodiversity and

Ecological Sciences, 5.

Page 34: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

34

Budynek Biotechnologii (wnętrze)

Page 35: INFORMATOR INSTYTUTU BIOTECHNOLOGII · Katedra Biologii Molekularnej 4. Katedra Bionanomateriałów ... test z biologii. ... Zakład Biologii Komórkowej i Genetyki na Uniwersytecie

35