Upload
others
View
0
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
1
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
2
Contenido JUNTA DIRECTIVA .......................................................................... 4
REVISORÍA FISCAL .......................................................................... 4
PLATAFORMA ESTRATÉGICA ......................................................... 5
MISIÓN ................................................................................... 5
VISIÓN .................................................................................... 5
ÁREAS ESTRATÉGICAS ..................................................... 5
GESTIÓN Y LOGROS PRINCIPALES ................................................. 6
ÁREA DE BIOINFORMÁTICA ....................................................... 6
PROYECTOS COLABORATIVOS ............................................... 6
PROPUESTAS PRESENTADAS PARA LA PRESTACIÓN DE
SERVICIOS/ FIRMA DE CONVENIOS ..................................... 12
PROPUESTAS EJECUTADAS .................................................. 12
PROPUESTAS EN EJECUCIÓN ............................................... 13
PROPUESTAS FORMULADAS Y ENTREGADAS ...................... 14
ASESORÍAS ........................................................................... 15
ARTÍCULOS .......................................................................... 21
EVENTOS CIENTÍFICOS ......................................................... 23
ÁREA DE BIOINGENIERÍA ......................................................... 34
PROPUESTAS PRESENTADAS PARA LA PRESTACIÓN DE
SERVICIOS/ FIRMA DE CONVENIOS ..................................... 34
PROYECTOS FINALIZADOS ................................................... 35
PROYECTOS EN EJECUCIÓN ................................................. 37
PROPUESTAS FORMULADAS Y PRESENTADAS .................... 37
EVENTOS CIENTÍFICOS ......................................................... 39
ARTÍCULOS PUBLICADOS ..................................................... 40
SOFTWARE .......................................................................... 40
PROTOTIPOS ........................................................................ 42
ÁREA DE BIONEGOCIOS ........................................................... 43
EDUCACIÓN PRESENCIAL .................................................... 43
AULA VIRTUAL INMERSIVA .................................................. 44
FORMACIÓN: VIRTUALIZACIÓN DE DIPLOMADOS .............. 49
ESTRATEGIAS DE TRANSFERENCIA DE CONOCIMIENTO Y
TECNOLOGÍA ....................................................................... 50
VISITAS PEDAGÓGICAS A LAS INSTALACIONES DE BIOS ..... 54
POSICIONAMIENTO Y VISIBILIDAD NACIONAL .................... 54
POSICIONAMIENTO Y VISIBILIDAD INTERNACIONAL .......... 55
CONTRATOS Y CONVENIOS FIRMADOS ............................... 56
CONVOCATORIAS ................................................................ 56
INTERRELACIONES ............................................................... 62
NUEVOS PROYECTOS DEL 2017 QUE CONTINÚAN EN
EJECUCIÓN DURANTE EL 2018 ............................................ 64
GESTIÓN FINANCIERA........................................................ 67
ESTADO DE SITUACIÓN FINANCIERA POR LOS AÑOS 2017-
2016. ........................................................................................ 67
ESTADO DE RESULTADOS POR LOS AÑOS 2017-2016 ......... 68
ESTADO DE CAMBIOS EN EL PATRIMONIO POR LOS AÑOS
2016 - 2017.......................................................................... 69
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
3
ESTADO DE FLUJO DE EFECTIVO POR LOS AÑOS 2016 - 2017
............................................................................................. 70
PRINCIPALES RETOS Y SOLUCIONES: EL FUTURO DE BIOS .......... 71
REQUERIMIENTOS LEGALES INFORME DE GESTION 2017 .......... 75
Dando cumplimiento a los artículos 446 y 447
del Código de Comercio, la Ley 222 de 1995
artpiculos 46 y 47, Ley 603 del 2000
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
4
JUNTA DIRECTIVA
MINTIC JUAN DAVID LUNA MINISTRO MINTIC COLCIENCIAS ALEJANDRO OLAYA DIRECTOR MICROSOFT MARCO CASARIN JUNCO GERENTE PARA COLOMBIA UNIVERSIDAD NACIONAL IGNACIO MANTILLA PRADA RECTOR SU EJE DIEGO MAURICIO ARIAS DIRECTOR EJECUTIVO HEWLETT PACKARD RICARDO RODRIGUEZ GERENTE PARA COLOMBIA UNIVERSIDAD DE CALDAS FELIPE CÉSAR LONDOÑO LÓPEZ RECTOR
REVISORÍA FISCAL
CROW HOWART CO S.A.
Sandra Milena Ramírez Largo Revisor Fiscal principal designado por la firma Revisora
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
5
PLATAFORMA ESTRATÉGICA
MISIÓN BIOS, es la iniciativa de Ciencia, Tecnología e
Innovación (CTeI) más importante del país, nació como respuesta del gobierno nacional (MinTIC y
Colciencias) y la empresa privada, representada por Microsoft, para la investigación de alto nivel en Colombia.
El Centro de Bioinformática y Biología Computacional
de Colombia - BIOS, es el centro líder en supercomputación dedicado a la prestación de
servicios al gobierno, la academia y la industria interesados en la investigación y desarrollo de la biotecnología y la bioprospección de los recursos de
la gran biodiversidad del país; es un entidad privada sin ánimo de lucro, que ofrece infraestructura de
supercomputación robusta y personal altamente capacitado para desarrollar actividades de investigación e innovación.
VISIÓN Ser líderes en el desarrollo de soluciones y servicios innovadores, usando el conocimiento y herramientas
TIC a partir de los principios biológicos, impactando la industria y la academia del país y América Latina.
ÁREAS ESTRATÉGICAS BIOS ha trabajado en proporcionar herramientas computacionales que respondan a las necesidades de
los sectores: agrícola, alimentos, salud y cosméticos a través del desarrollo de tecnología y software,
procesamiento de datos, formación especializada,
desarrollo de investigación aplicada y asesoría y orientación en investigaciones intensivas, actividades
soportadas en 3 áreas estratégicas:
1. Bioinformática, que estudia y analiza
biológicos a través del uso y desarrollo de herramientas computacionales de alto
rendimiento, ayudando a enfrentar los retos de análisis de datos de la academia, la industria y
de las organizaciones gubernamentales. 2. Bioingeniería, que desarrolla soluciones
tecnológicas innovadoras para el sector
productivo y público, desde la investigación aplicada, las TICs y la infraestructura
computacional desarrollamos productos basados en herramientas de Inteligencia Artificial, Análisis de Bioseñales, Machine
Learning y Visión por computador. 3. Bionegocios, que transfiera de conocimiento
y soluciones tecnológicas innovadoras al sector productivo y público, desde la agregación de valor a grandes cantidades de
datos a través del procesamiento con tecnología de vanguardia e
infraestructura computacional avanzada, con tiempos eficientes para facilitar la toma de decisiones y la generación de soluciones.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
6
GESTIÓN Y LOGROS PRINCIPALES
La dedicación del equipo de trabajo permitió alcanzar las metas trazadas en el Plan de Acción 2017, las cuales se fundamentaron en el marco de los cinco
objetivos institucionales con la meta principal de consolidar al Centro de Bioinformática y Biología
Computacional de Colombia BIOS como un aliado estratégico para el gobierno, la academia y la
industria para consolidar casos de éxito en los que la aplicación de la investigación permita generar productos de vanguardia.
A continuación se exponen por cada una de las áreas
los resultados obtenidos durante el año 2017.
ÁREA DE BIOINFORMÁTICA
La consolidación de interrelaciones, para las diferentes estrategias generadoras de
procesos investigativos propios del área, se ven reflejadas en la estructuración y ejecución de
proyectos formulados, enfocados a tres ejes de trabajo:
1. Proyectos Colaborativos
2. Proyectos presentados a convocatorias 3. Propuestas presentadas para la Prestación de
Servicios/ Firma de Convenios
PROYECTOS COLABORATIVOS
Este tipo de proyectos, constituyen una estrategia
para la generación de interrelaciones con diferentes instituciones e investigadores asociados a las mismas, mediante el apoyo colaborativo en las
diferentes actividades planteadas y productos generados.
Para el año 2017, se reporta desde el área de Bioprospección la participación en 12 Proyectos
colaborativos, todos ellos finalizados, de los cuales 8 están relacionados a temáticas en AGRO, 2
en SALUD y 2 en AMBIENTAL. También fueron identificadas 6 instituciones de amplia trayectoria en Colombia y el Mundo, como las aliadas en el
desarrollo de estos proyectos, estas son: El Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT),
Universidad de la Amazonia, Universidad del Rosario, L'Institut de recherche pour le développement (IRD), Universidad Illinois, Universidad Católica de
Manizales y Universidad de los Andes.
El apoyo científico por parte del personal de BIOS, se centró en el análisis de datos para la generación de resultados que posteriormente fueron socializados en
Congresos y Simposios a nivel Nacional e Internacional, permitiendo posicionar el nombre de
BIOS entre la comunidad científica.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
7
Proyecto 1. Evaluación de poblaciones
microbianas asociadas a pérdida de materia seca en raíces de yuca afectadas por la
enfermedad de Cuero de Sapo Se realizó el procesamiento de datos obtenidos en este proyecto del programa de Fitopatología de yuca
del CIAT a cargo de la Investigadora Elizabeth Alvarez PhD., los cuales parten de los resultados de la
secuenciación Illumina Hiseq2500 con 100Gb de datos de Cassava infectada con fitoplasma, Cassava sin fitoplasma, para la ejecución de un análisis
metagenómico que pretende analizar la población bacteriana en muestras de yuca mediante un enfoque
basado en la secuenciación de genoma completo. Flujo de Trabajo:
1. Preprocesamiento de lecturas crudas. 2. Asignación taxonómica de los datos de 16S e
ITS con el software Kaiju. 3. Agrupamiento de secuencias y clasificación
taxonómica de las especies microbianas presentes en cada una de las muestras de los
datos de 16S e ITS con el software Qiime, empleando las estrategias De novo OTU
picking, Open-reference OTU picking y Closed-reference OTU picking.
4. Alfa diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon el Índice de Shannon, Índice de
Simpson, Diversidad filogenética (PD), Índice de Chao, entre otros.
5. Beta diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon los índices de Bray Curtis,
Weighted Unifrac y Unweighted Unifrac,
PCoA, heatmap, entre otros. 6. Filtrado de lecturas con 4 genomas de
Cantidatus phytoplasma empleando DUK. 7. Ensamblaje de lecturas filtradas C.
phytoplasma con empleado Megahit, RayMeta
y EDGE. 8. Búsqueda de C. phytoplasma en todas las
muestras empleando BLAST. 9. Organización de resultados – informe
terminación
Estado: Finalizado Proyecto 2. Evaluación de poblaciones microbianas asociadas con suelos supresivos a
la enfermedad de Moko causada por la bacteria Ralstonia solanacearum en el cultivo de plátano Se realizó el apoyo en el procesamiento de datos
obtenidos en el proyecto del programa de Fitopatología del CIAT a cargo de la Investigadora
Elizabeth Alvarez PhD., los cuales parten de los resultados de la secuenciación 454 de dos variedades de plátanos infectados y no infectados por R.
solanacearum, los cuales fueron empleados para la ejecución del análisis bioinformático del estudio
metagenómico. Flujo de Trabajo:
1. Preprocesamiento de lecturas crudas.
2. Agrupamiento de secuencias y clasificación taxonómica de las especies microbianas
presentes en cada una de las muestras de los datos de 16S e ITS con el software Qiime,
empleando las estrategias De novo OTU picking, Open-reference OTU picking y Closed-reference OTU picking.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
8
3. Alfa diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon el Índice de Shannon, Índice de
Simpson, Diversidad filogenética (PD), Índice de Chao, entre otros.
4. Beta diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon los índices de Bray Curtis,
Weighted Unifrac y Unweighted Unifrac, PCoA, heatmap, entre otros.
5. Socialización de resultados – informe
terminación. Estado: Finalizado Proyecto 3. Búsqueda de suelos supresivos a la
enfermedad mal de Panamá causada por
fusarium oxysporum forma especial cubensis
Se efectuó el procesamiento de datos obtenidos en este proyecto perteneciente al programa de Fitopatología del CIAT a cargo de la Investigadora
Elizabeth Alvarez PhD., los cuales parten de los resultados de la secuenciación 454 de 60 muestras
de suelo y raíz infectadas con fusarium oxysporum forma especial cubensis, los cuales fueron empleados para la ejecución del análisis
bioinformático del estudio metagenómico, que pretende analizar la población bacteriana y de hongos
presentes en las muestras analizadas mediante un enfoque basado en la secuenciación del gen 16S e ITS. Flujo de Trabajo:
1. Preprocesamiento de lecturas crudas.
2. Asignación taxonómica de los datos de 16S e ITS con el software Kaiju.
3. Agrupamiento de secuencias y clasificación
taxonómica de las especies microbianas presentes en cada una de las muestras de los
datos de 16S e ITS con el software Qiime, empleando las estrategias De novo OTU picking, Open-reference OTU picking y Closed-
reference OTU picking. 4. Alfa diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon el Índice de Shannon, Índice de Simpson, Diversidad filogenética (PD), Índice
de Chao, entre otros. 5. Beta diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon los índices de Bray Curtis, Weighted Unifrac y Unweighted Unifrac,
PCoA, heatmap, entre otros. 6. Predicción funcional con PICRUST (Categorías
KEGG y COG) de los datos de 16S. 7. Búsqueda de f. oxysporum en todas las
muestras empleando BLAST. 8. Organización de resultados – informe
terminación.
Estado: Finalizado Proyecto 4. Elucidación del agente causal de la enfermedad de la elefantiasis en el cultivo de plátano mediante técnicas de secuenciación
profunda Se procesaron los datos obtenidos en este proyecto
del programa de Fitopatología del CIAT a cargo de la
Investigadora Elizabeth Alvarez PhD., los cuales
parten de los resultados de la secuenciación Illumina
de (5 + 19) muestras de rizosfera y pseudotallo de
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
9
plantas de plátano y banano, asintomáticas y
sintomáticas para la enfermedad de elefantiasis, el
cual puede ser originado por C. phytoplasma. Estos
datos fueron empleados para la ejecución del análisis
bioinformático del estudio metagenómico, que
pretende identificar el agente causal de la
enfermedad elefantiasis.
Flujo de Trabajo: 1. Preprocesamiento de lecturas crudas. 2. Asignación taxonómica de los datos de 16S e
ITS con el software Kaiju. 3. Agrupamiento de secuencias y clasificación
taxonómica de las especies microbianas presentes en cada una de las muestras de los datos de 16S e ITS con el software Qiime,
empleando las estrategias De novo OTU picking, Open-reference OTU picking y Closed-
reference OTU picking. 4. Alfa diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon el Índice de Shannon, Índice de Simpson, Diversidad filogenética (PD), Índice
de Chao, entre otros. 5. Beta diversidad de los datos de 16S e ITS con
el software Qiime y MEGAN en los cuales se calcularon los índices de Bray Curtis, Weighted Unifrac y Unweighted Unifrac,
PCoA, heatmap, entre otros. 6. Predicción funcional con PICRUST (Categorías
KEGG y COG) de los datos de 16S. 7. Búsqueda de C. phytoplasma en todas las
muestras empleando BLAST. 8. Organización de resultados – informe
terminación
Estado: Finalizado Proyecto 5. Secuenciación del genoma de la
bacteria Ralstonia solanacearum raza 2 causante de la enfermedad de Moko en plátano
Se apoyó en el procesamiento de datos obtenidos en un proyecto del programa de Fitopatología del CIAT a cargo de la Investigadora Elizabeth Alvarez PhD., los
cuales parten de los resultados de la secuenciación PACBIO para generar el primer genoma ensamblado
de la bacteria R. solanacearum raza 2, que sirva como genoma de referencia para diseñar barcodes para identificación de esta bacteria. Flujo de Trabajo: 1. Obtención de genomas de R. solanacearum de
todas las razas existentes. 2. Construcción del pangenoma de
R. solanacearum.
3. Obtención de genes únicos para
R. solanacearum raza 2.
4. Diseño de primers LAMP para la identificación
de R. solanacearum raza 2 en los cultivos de plátano.
5. Socialización de resultados – informe terminación.
Estado: Finalizado Proyecto 6. Análisis transcriptómico del desarrollo del coral Acropora digitifera y Acropora Tenuis
Se realizó el apoyo en el procesamiento de datos obtenidos en un proyecto de la Universidad de la
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
10
Amazonía a cargo de la Investigador Alejandro Reyes
PhD., cuyo objetivos es ensamblar y anotar el transcriptoma de dos especies del coral Acropora (A.
digitifera y A. tenuis) y determinar ortología entre genes entre A. digitifera y A. tenuis. Flujo de trabajo:
1. Análisis de calidad de las lecturas y preprocesamiento.
2. Ensamblaje del transcriptoma para A. digitifera y A. tenuis y estadísticas de ensamblaje empleando Trinity y BUSCO respectivamente
3. Anotación del transcriptoma para A. tenuis empleando TRANSDECODER y BLAST.
4. Estimación de ortología entre los genes de A. digitifera y A. tenuis, empleando OrthVenn.
Estado: Finalizado Proyecto 7. Análisis de datos: Descifrando el
microambiente tumoral en una línea cancerosa HT29 a través de proteómica
Objetivo: Determinar cuáles son los cambios a nivel de expresión de proteínas y modificaciones post-traduccionales de la línea celular HT 29 en
condiciones que recrean el ambiente tumoral. Flujo de trabajo – Proteómica:
1. Procesamiento de espectros 2. Identificación de péptidos y modificaciones
post-traduccionales y anotación de proteínas
3. Cuantificación y análisis de componentes principales, análisis de enriquecimiento
4. Organización de resultados – informe terminación
Estado: Finalizado
Proyecto 8. Análisis de datos: Descifrando el
microambiente tumoral en una línea cancerosa HT29 a través de metabolómica Objetivo: Determinar cuáles son los cambios en el perfil metabolómico de la línea celular HT 29 en condiciones que recrean el ambiente tumoral. Flujo de trabajo – Metabolómica:
1. Procesamiento de espectros 2. Optimización de parámetros 3. Anotación de picos e imputación de
metabolitos 4. Cuantificación y análisis de componentes
principales, identificación de metabolitos
diferenciales, análisis de enriquecimiento 5. Organización de resultados – informe
terminación Estado: Finalizado Proyecto 9. Anotación de los elementos repetitivos del genoma de tres especies de caña
de azúcar Objetivo: Identificar los elementos repetitivos existentes en los genomas de la caña, obtenidos por
el consorcio internacional de la caña de azúcar SUGESI, liderado por Ray Ming – Universidad de
Illinois, Urbana-Champaing, bajo un marco colaborativo. Flujo de trabajo realizado:
1. Creación de una base de datos de elementos transponibles para cada uno de los tres
genomas analizados (Saccharum spontaneum, S. officinarum y S. robustum) utilizando el
pipeline TEdenovo, y 500Mb de cada genoma, representado por los scaffolds más grandes.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
11
2. Verificación de los resultados obtenidos por
medio de comparaciones con bases de datos para evaluar la calidad del análisis, y filtrado
manual de las secuencias obtenidas. Con esto se obtuvo una librería de elementos trasnponibles por especie, base para la
anotación. 3. Anotación de la totalidad del genoma de cada
especie utilizando como base la librería de elementos transponibles obtenida, utilizando el pipeline TEannot.
Estado: Finalizado Proyecto 10. Pangenoma de las especies del género Coffea
Objetivo: Obtener el pangenoma del género Coffea, y con él, identificar genes implicados en la morfología y la calidad del grano explotables en el
mejoramiento. Proveniencia de los datos: Genomas con una
cobertura de 30 a 60X obtenidos por Nestlé y el IRD, utilizando secuenciación Illumina. Estos fueron prestados por el investigador del IRD Romain Guyot. Flujo de Trabajo:
1. Recopilación de los datos y de las evidencias
necesarias para hacer la anotación del genoma.
2. Ensamblaje del genoma de especies silvestres. 3. Como el proyecto es bastante extenso, su
continuación queda condicionada a la
celebración de un convenio marco entre BIOS y el IRD. Se entrega informe de terminación de
la colaboración. Estado: Finalizado
Proyecto 11: Evaluación de la región del factor
de resistencia Sh3 en el genoma de café por medio de genómica comparativa Este proyecto colaborativo surgió como respuesta a la necesidad de la becaria Alexa Morales de tener un proyecto de tesis después de que aquel que había
sido planteado para la beca fuese anulado por su antiguo director de tesis. Se le planteó a Alexa utilizar
los datos de la secuenciación del genoma de Café del consorcio para la secuenciación del genoma de Coffea arabica (ACGC), facilitados por el investigador del
IRD, Romain Guyot. Parte del trabajo ha sido llevado a cabo por la becaria, y otra parte (análisis de la
región en otras especies silvestres) por mi persona. Objetivo: Evaluar la composición, estructura y evolución de la región del factor de resistencia Sh3
en el genoma alotetraploide de la especie Coffea arabica y diploide, de sus ancestros C. canephora y
C. eugenioides, y de especies silvestres relacionadas. Flujo de Trabajo:
1. Identificación de la región en los genomas de C. arabica, C. canephora y C. eugenioides con base en la secuencia reportada de los BACs
que componen la región. 2. Anotación de la región en cada genoma y sub-
genoma, con los pipelines Maker, TEannot, y el programa Interproscan.
3. Identificación de la región en cinco genomas
silvestres, por medio de BLAST 4. Alineamientos de la región entre el genoma de
C. canephora y los silvestres. Estado: Finalizado
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
12
Actividad 12. Análisis de datos: proyecto
genoma coral Antillogorgia bipinnata Objetivo: Ensamblar y anotar el genoma del coral
Antillogorgia bipinnata a partir de datos de secuenciación proporcionados por el grupo de investigación BIONMAR de la Universidad de los
Andes, bajo un marco colaborativo. Flujo de trabajo – Genómica: 1. Verificación de calidad de lecturas y
descontaminación de lecturas de simbionte 2. Optimización de ensamblaje 3. Estadísticas de ensamblajes y selección del
mejor ensamblaje 4. Verificación de calidad de ensamblaje de novo
del transcriptoma disponible 5. Predicción de genes 6. Anotación de genoma 7. Organización de resultados – informe de
terminación Estado: Finalizado
PROPUESTAS PRESENTADAS PARA LA
PRESTACIÓN DE SERVICIOS/ FIRMA DE
CONVENIOS
A lo largo del año, se apoyó la gestión del área de Bionegocios, mediante la estructuración de 12
propuestas técnicas. De las antes mencionadas 7 se encuentran Formuladas y entregadas, 3 están
en Ejecución y 2 Ejecutadas. Así mismo, 5 propuestas están enfocadas a temáticas del sector de ALIMENTOS, 3 del sector AGRO, 1 del sector
AMBIENTAL y 1 del sector COSMÉTICA y 2 del sector
SALUD.
Así mismo, se relaciona que estas propuestas fueron direccionadas a 9 instituciones, entre las que se encuentran grandes empresas del sector de
alimentos como: Team Foods y Levapan, Universidades Colombianas como: la Universidad
Javeriana y la Universidad Antonio Nariño y un Centro de Investigación Europeo (Agricultural Research for Development -CIRAD). Estado: Finalizado
PROPUESTAS EJECUTADAS
Actividad 1. Convenio de Cooperación Interinstitucional con la Universidad de la Amazonia
El convenio de Cooperación Interinstitucional con la Universidad de la Amazonía a cargo del Investigador
Alejandro Reyes PhD., tiene como principal objetivo la realización y asesoría de la pasantía de dos
estudiantes del programa de Universidad de la Amazonía para el desarrollo de proyectos de investigación específicos: “Expresión génica de
proteínas acuaporinas subfamilia PIP en variedades de Theobroma cacao L.” - Naren Marcel Castro Cano,
“Identificación y caracterización de calmodulin ortólogos en Cnidaria” - Linda Karen Obando.
Actividad 2. Servicio: “Genetic diversity analysis of Coffea canephora”.
Se elaboró una propuesta técnica para el análisis de los datos, la estructuración básica de presupuesto, el
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
13
análisis de los datos, la elaboración del informe final
y la preparación de un video tutorial con base en los análisis. Queda a manos del personal de BIOS hacer
la edición del video. Descripción: El servicio incluyó Análisis de diversidad utilizando
Análisis discriminante (DAPC), Análisis de componentes principales (PCA) y cálculos FST,
utilizando los datos suministrados por el cliente y entrega de un Video-Tutorial.
PROPUESTAS EN EJECUCIÓN
Actividad 3. Acceso a infraestructura
computacional de altas prestaciones para la realización de análisis bioinformáticos. Se realizó una cotización para el IAvH para tener
acceso a la infraestructura computacional de BIOS con el fin de llevar a cabo análisis de metabarcoding.
Actividad 4. Convenio – Colciencias:
Bioprospección de Metabolitos Secundarios para la Industria Cosmética en la Era de la Biología Computacional
En el 2017, se dio inicio a las actividades del proyecto de Bioprospección para la industria cosmética
siguiendo los requerimientos de Colciencias. Las actividades del proyecto adelantadas son:
· Trámites de acceso a recursos genéticos y
propiedad intelectual: adquisición de los permisos de recolección y acceso a recursos genéticos.
· Identificación de plantas de uso tradicional:
Vigilancia Tecnología de las plantas a emplear en el proyecto que generará un artículo científico.
· Caracterización físico-química de los metabolitos de interés en los extractos: Se apoyará la actividad de la caracterización
fisicoquímicamente de los metabolitos relacionados con usos potenciales, que representen un interés
económico para las empresas en la industria cosmética. En la actualidad se ha apoyado las reuniones con la asesora.
· Extracción y secuenciación de ADN. Coordinación para su ejecución en el CIAT/IAVH.
Búsqueda del citómetro de flujo con el Director del área de Agrobiodiversidad del CIAT, PhD. Joe Thome.
· Orientación de cursos: Se han orientado dos
cursos cortos
Actividad 5. Convenio Secretaría Distrital de Salud de Bogotá – BIOS para desarrollo de
proyectos en Salud Pública y formación en bioinformática Descripción: En atención a la solicitud de la
Secretaría de Salud Pública de Bogotá con fines a establecer un convenio entre dicha institución y BIOS
para el desarrollo de proyectos de investigación en temas de salud pública, se elaboró la propuesta técnica para el servicio de análisis bioinformáticos de
seis proyectos de investigación, enfocados en responder las siguientes preguntas:
1. ¿Qué variantes antigénicas de rotavirus están circulando en los pacientes con enfermedad diarreica aguda atendidos en las diferentes
instituciones del Distrito capital durante 2015 al 2017?
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
14
2. ¿Qué variantes antigénicas de Haemophilus
influenzae están circulando en los pacientes con aislamientos serotipificados como: " No
Tipificables" atendidos en diferentes instituciones de Bogotá durante el 2016 al 2017?
3. ¿Cuáles son los determinantes genéticos de resistencia a los fármacos antituberculosis de
primera y segunda línea identificados en cepas circulantes del complejo Mycobacterium tuberculosis en pacientes de riesgo en la
ciudad de Bogotá entre el 2015 y 2017? 4. ¿Cuál es el clon circulante de Virus Zika que se
ha encontrado relacionado con malformaciones congénitas presentes en hijos de gestantes residentes en Bogotá que se han
desplazado a otras zonas de Colombia? 5. Determinación del clon al cual pertenecen los
aislamientos de Streptococcus pneumoniae serotipo 19 A obtenidos de diferentes
instituciones de Bogotá 6. Caracterización de las variantes del VPH16, 51
y 53 en L1 y E6 en muestras genitales de
hombres Colombianos Además, se formuló una propuesta de formación
especializada en bioinformática y biología computacional a los grupos de la Secretaría Distrital de Salud en el uso de herramientas computacionales
para solución de problemas biológicos.
PROPUESTAS FORMULADAS Y ENTREGADAS
Actividad 6. Servicio de Caracterización fisicoquímica, biológica y metagenómica del
Stock Fermentativo de las dos líneas de
extractos de levaduras y panadería Se formuló una propuesta técnica para el servicio
solicitado por LEVAPAN, enfocada a la caracterización físico-química y metagenómica de los dos stocks fermentativos resultantes de la línea de extractos de
levaduras y panadería para establecer condiciones, perfiles taxonómicos y funcionales de las
comunidades microbianas presentes en los mismos. El costo económico de esta propuesta fue de $ 117.286.271 para una duración de 12 meses. Actividad 7. Servicio de Modelamiento
metabólico para la selección de cepas de levadura con mayor resistencia al estrés oxidativo
Se formuló una propuesta técnica para el servicio solicitado por LEVAPAN, enfocada a la Modelamiento
metabólico para la selección de cepas de levadura con mayor resistencia al estrés oxidativo. Actividad 8. Cotización de Servicio de Secuenciación y anotación de genomas de
levadura Se estructuró un servicio solicitado por la Pontificia
Universidad Javeriana para la Secuenciación y anotación de seis genomas de levadura, para el cual la Pontificia Universidad Javeriana elaboró el contrato
entre las dos instituciones en el mes de mayo para la ejecución OBSERVACIÓN: El contrato generado en ese momento se realizó con la información del anterior director ejecutivo, sin embargo se envió nuevamente
toda la documentación con la información del actual
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
15
director para la corrección, sin obtener respuesta
alguna.
Actividad 9. Convenio de Cooperación Interinstitucional con la Universidad Antonio
Nariño El Convenio Cooperación Interinstitucional con la Universidad Antonio Nariño a cargo del Investigador
Gilles Pieffet PhD., para la realización del proyecto: “Evaluación de la viabilidad de utilizar modelos de
solventes implícitos para el plegamiento de proteínas”, cuyo objetivo general es: evaluar la viabilidad de utilizar modelos de solvente implícitos
para el plegamiento de proteínas. Observación: Para la elaboración del documento
final del Convenio se requiere la realización de un reunión con el profesor Gilles, el decano, un representante de VCTI de la UAN y la asesora
Jurídica y líder de Mercadeo de BIOS, para establecer los alcances en términos de duración, entregables y
compromisos del Convenio. Actividad 10. Propuestas técnicas para
proyectos en la industria alimenticia, TEAM FOODS – BIOS.
Nombre de la propuesta: Predicción del efecto en salud del consumo de lípidos y carbohidratos dietarios. Objetivo: Modelar la respuesta metabólica asociada al consumo de lípidos y carbohidratos dietarios para
dirigir de una forma optimizada la evaluación de su efecto nutracéutico en el tratamiento de enfermedad
de diabetes.
Actividad 11. Propuestas técnicas para
proyectos en la industria alimenticia, TEAM FOODS – BIOS.
Nombre de la propuesta: Bioprospección de metabolitos secundarios a partir de especies vegetales promisorios para alimentos nutracéuticos y
funcionales. Objetivo: Identificar metabolitos secundarios con
potencial para la elaboración de alimentos nutracéuticos y funcionales a partir de especies vegetales promisorias. Actividad 12. Servicio de análisis
bioinformáticos de datos exómicos Descripción: El servicio de análisis de datos de secuenciación exómica que requiere la Universidad
del Valle, tiene como finalidad el llamado y anotación de variantes genéticas a partir de datos de 32
exomas humanos completos. Mediante su clúster de computación de alto rendimiento (HPC), personal
científico calificado y herramientas computacionales establecidas para análisis bioinformáticos.
ASESORÍAS
Como parte de las acciones orientadas a la formación de recurso humano para la CTI, asesorías a 21
proyectos de I+D+i, entre los que se encuentran: 10 en calidad de Tutorías de estudiantes maestría, 3 en calidad de Dirección de
estudiantes de Maestría, 4 en calidad de Tutorías de pasantes de pregrado, 1 en calidad de
asesoría a estudiante de Doctorado y 3 asesorías a grupos del programa ONDAS.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
16
Actividad 1. Tutoría de estudiante de Maestría
en Bioinformática y Biología Computacional (Luis Fernando Rivera)
Se brindó tutorías al becario Luis Fernando Rivera en su proyecto de Maestría titulado “Identificación y caracterización de genes de interés biotecnológico en
el transcriptoma de picudo negro del plátano (Cosmopolites sordidus - Germar)”. Este becario ya
realizó la entrega de su manuscrito a la Universidad. Actividad 2. Tutoría de estudiante de Maestría en Ciencias Biológicas (Luis Fernando Coca) Se brindó tutorías al becario Luis Fernando Coca en
su proyecto titulado “Evolución multigénica de Coccocarpia (Ascomycota liquenizados): Resolviendo
relaciones filogenéticas y biogeografía histórica de organismos simbióticos fijadores de nitrógeno en Colombia” Actividad 3. Asesoría a docente Javier Mantilla
Se brindó asesoría para la publicación de los datos de secuenciación, generados en la tesis de maestría
de Javier Mantilla, en el repositorio Sequence Read Archive (SRA) de la base de datos NCBI. Además, se realizó la extracción de archivos en fasta con las
secuencias de los phylum Bacteria, Arquea, Fungi, Viridiplantae y Viruses. También se apoyó la
ejecución de blastp para cada uno de estos phylum, buscando la clasificación taxonómica de algunas lecturas del transcriptoma de los datos de su tesis de
maestría. Actividad 4. Asesoría disciplinar a un grupo de investigación de una instituciones educativas
de Aranzazu, Caldas – Programa ONDAS
Colciencias Objetivo: Brindar asesoría disciplinar a grupos de
investigación en el marco del programa ONDAS de Colciencias. Se brindó la asesoría disciplinar al grupo de
investigación “Mundo Guayaberitos” de la Institución Educativa Juan Crisóstomo Osorio Sede Camelia
Baja, en el municipio de Aránzazu, vereda Camelia Baja, en el marco del programa ONDAS de Colciencias. Como resultado del acompañamiento al
grupo de investigación se logró: •Elaboración de gomitas a base de guayaba
empleando gelatina sin sabor y extracto de guayaba. Este producto generado se realizó
con el fin de resaltar la importancia de la guayaba por su alto contenido de vitamina C,
B y A, el cual ofrece una alternativa amena de un complemento vitamínico.
Elaboración de las aromáticas “AliavaTÉ de
guayaba” a partir de hojas de guayabas y otras
hierbas aromáticas como: limoncillo, menta, hierbabuena y flor de Jamaica. Este producto generado se realizó con el fin de resaltar la
importancia de la guayaba por sus múltiples beneficios medicinales como antidiarreico,
antioxidante, antialérgico, antimicrobianos, contra la tos, actividades anti-diabéticas y
anti-inflamatorias que pueden contribuir con una buena salud de la comunidad del municipio.
Elaboración de la “Mascarilla capilar a base de
guayaba”. Este producto contribuye en la promoción del crecimiento del cabello sano, en
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
17
virtud que las hojas y el extracto de guayaba
son ricas en nutrientes. Además, previene la presencia de piojos, debido a su efecto
peliculicida y ovicida de la guayaba. Actividad 5. Asesoría disciplinar a un grupo de investigación de una instituciones educativas de Aranzazu, Caldas – Programa ONDAS Colciencias Objetivo: Brindar asesoría disciplinar a grupos de
investigación en el marco del programa ONDAS de Colciencias. Se asesoró al grupo de investigación Frutaleza de la
Institución Educativa San Luis, municipio de Neira- Caldas, vereda el Bohío en el tema de la elaboración
de productos naturales medicinales a base de caléndula, moringa y menta. Se formuló y desarrolló un plan de trabajo para una visita pedagógica en el
tema de cuidado de la salud oral y propiedades de las plantas medicinales de interés para la elaboración de
productos naturales. Actividad 6. Asesoría disciplinar a un grupo de investigación de una instituciones educativas de Aranzazu, Caldas – Programa ONDAS
Colciencias Objetivo: Brindar asesoría disciplinar a grupos de
investigación en el marco del programa ONDAS de Colciencias. Se asesoró al grupo de investigación SáVida de la
Institución Educativa La Milagrosa, municipio de Viterbo, Caldas en el tema de la elaboración de
productos naturales a base de sábila. Se formuló y desarrolló un plan de trabajo para dos visitas
pedagógicas en el tema de propiedades medicinales
de la sábila, experimentación con la sábila a través del método científico y elaboración de productos
naturales. Actividad 7. Tutoría pasante de pregrado en Biología de la Universidad de la Amazonia en el marco de un convenio interinstitucional
Se brindó tutoría en el tema de bioinformática básica a dos pasantes del programa de Biología de la
Universidad de la Amazonía para el desarrollo de proyectos de investigación específicos. Pasante: Naren Marcel Castro Cano. Proyecto:
Expresión génica de proteínas acuaporinas subfamilia PIP en variedades de Theobroma cacao L. Actividades asesoradas:
Introducir al sistema operativo Linux a través
del uso de comandos básicos en Shell. Afianzar conceptos en biología molecular,
genómica, tecnologías de secuenciación y demás conceptos importantes de
bioinformática. Formulación de la propuesta de proyecto a
ejecutar en la pasantía Identificar secuencias de acuaporinas PIP en
los transcriptomas ensamblados de variedades
de T. cacao Actividad 8. Tutoría pasante de pregrado en Biología de la Universidad de la Amazonia en el marco de un convenio interinstitucional
Se brindó tutoría en el tema de bioinformática básica a dos pasantes del programa de Biología de la
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
18
Universidad de la Amazonía para el desarrollo de
proyectos de investigación específicos. Pasante: Linda Karen Obando. Proyecto:
Identificación y caracterización de Calmodulin ortólogos en Cnidaria Actividades asesoradas:
Introducir al sistema operativo Linux a
través del uso de comandos básicos en Shell.
Afianzar conceptos en biología molecular,
genómica, tecnologías de secuenciación y
demás conceptos importantes de bioinformática.
Formulación de la propuesta de proyecto a
ejecutar en la pasantía Implementar estrategias de búsqueda de
datos transcriptómicos en bases de datos
biológicos Identificar secuencias de calmodulinas
canónica y no canónicas en los transcriptomas de Acropora digitifera y
Acropora tenuis Comparar la expresión génica de las
calmodulinas entre los diferentes estadios del desarrollo de Acropora
Determinar ortología entre las calmodulinas
de A. digitifera y A. tenuis, asi como Acropora con respecto a otras especies del phylum Cnidaria
Actividad 9. Tutoría a becario de Caldas
BioRegión de la Maestría en Bioinformática y Biología Computacional
Desde el 27 de mayo de 2016 se orientó al becario
Felix Cespedes en el desarrollo de su proyecto de tesis de maestría, ayudando a definir el
planteamiento del problema, los objetivos, antecedentes y actividades a desarrollar. A su vez dar tutorías en posibles estrategias para resolver los
objetivos propuestos. Actualmente el estudiante se encuentra realizando análisis de los datos empleando
el cluster BIOS y no ha finalizado. Objetivo general del proyecto: Definir un Pipeline Bioinformático para reconstruir la historia evolutiva
de 15 especies de la subfamilia de Orquídeas Epidendroideae usando reads de ADNmt generados
con Genome Skimming. Actividad 10. Tutoría a estudiante de Maestría en Bioinformática y Biología Computacional. Desde el 2 de diciembre de 2016 se orientó al becario
Juan Carlos Alvarez en su proyecto titulado: Desarrollo de una metodología para el procesamiento
masivo de señales espectrales en estudios metabolómicos. Actualmente el estudiante se encuentra realizando análisis de los datos empleando
el cluster BIOS y no ha finalizado. Actividad 11. Tutoría a estudiante de la Maestría en Bioinformática y Biología
Computacional, en el marco de proyecto de Caldas BioRegión financiado. Desde el 19 de Julio de 2016 se está dirigiendo al
estudiante Andrés Felipe López en el desarrollo de su proyecto de tesis de maestría, bajo el proyecto marco
“DESARROLLO DE UNA METODOLOGÍA DE TRAZABILIDAD PARA BIOFERTILIZANTES Y
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
19
BIOCONTROLADORES USADOS EN EL CULTIVO DE
CAFÉ.” Para el proyecto: Evaluación del efecto de un
biofertilizante sobre la microbiota asociada a la rizósfera en condiciones de almácigo, empleando metagenómica. Actualmente el estudiante se encuentra realizando análisis de los datos empleando el cluster BIOS y no
ha finalizado. Actividad 12. Visita de Estudiantes de Maestría en Ciencias Biológicas. Se acompañó la visita de un día de estudiantes de
maestría. Se discutió sobre los proyectos de BIOS, sobre sus proyectos de tesis, y de cómo se les puede
asesorar y facilitar el uso del cluster, bajo diferentes acuerdos de colaboración. Actividad 13. Camila Montes (Pasante de Biología, Convenio de Cooperación).
En las semanas entre el 2 de mayo y el 12 de mayo se le brindó asesoría a la estudiante del CES Camila
Montes. Las asesorías incluyeron el acceso y utilización del cluster, el ensamblaje de genomas usando Masurca y SGA, el uso de Dotter para
alineamientos gráficos, la utilización de BUSCO para determinar qué tan completo es un ensamblaje,
selección de los reads correspondientes a los genes de interés con Duk, y el ensamblaje de los mismos con Geneious. Actividad 14. Dirección de tesis del becario José
Ferney Pineda, de la Maestría en Bioinformática
y Biología Computacional en el marco de Caldas
BioRegión Desde el Septiembre de 2016 se dirige la de tesis del
becario José Ferney Pineda, en el desarrollo de su proyecto de tesis de maestría. Se le ha guiado en la planeación de su tesis, en explicarle todos los
programas y metodologías que debe usar. Los progresos de Ferney han sido relativamente lentos, y
su desempeño limitado. Con el transcurso del proyecto se ha tenido que reducir los alcances del mismo, puesto que sus avances no permiten llevar a
cabo todo lo que se había planteado en un principio. Objetivo general: Caracterizar molecularmente las
colecciones microbiológicas de Cenicafé, UCM y Bioprotección SAS. Usando métodos de tercera generación, para el desarrollo de un código de barras
genético de cada uno de los aislamientos en las colecciones. Actividad 15. Dirección de tesis de la becaria
Alexa Yadira Morales, de la Maestría en Ciencias Biológicas en el marco de Caldas BioRegión Desde el 13 de junio se llevó a cabo la tutoría de la
estudiante Alexa Yadira Morales, quien desde el momento en que me fue asignada en un principio
como tutoría y la presente fecha tuvo que cambiar la temática de la tesis dos veces. El tema de trabajo actual de Alexa fue definido a partir de septiembre de
2016, las funciones del personal de BIOS de tutoría a Dirección de tesis, la codirección está a cargo de
Romain Guyot (IRD), quien suministró los datos para análisis. Objetivo general: Evaluar la composición, estructura y evolución de la región del factor de resistencia Sh3 en el genoma alotetraploide de la especie Coffea
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
20
arabica y diploide de sus ancestros C. canephora y C.
eugenioides. Actualmente Alexa se encuentra escribiendo su
documento e interpretando los resultados obtenidos. Se aspira entregar la tesis para finales de noviembre, con sustentación en Enero. Actividad 16. Dirección de tesis del becario
Jorge Hernán Suárez, de la Maestría en Bioinformática y Biología Computacional en el
marco de Caldas BioRegión Desde el noviembre de 2016, se Direcciona la tesis de maestría del estudiante Jorge Suarez. Objetivo general: Construir un flujo de trabajo para la anotación de enzimas degradadoras de
lignocelulosa. Actualmente el estudiante se encuentra escribiendo la tesis, y se planea hacer entrega del documento en diciembre, para una
sustentación en marzo 2018.
Actividades 17. Minería de datos de secuencias genéticas de la biodiversidad de Colombia “Colombia, una diversidad desconocida en la
era del Big Data” Se efectuó la búsqueda de secuencias genéticas de la
biodiversidad de Colombia, con el fin de: 1. Determinar la riqueza en términos de biodiversidad de Colombia reportada en las principales bases de
datos públicas de secuencias genéticas, 2. Estimar el volumen de información generada por
investigaciones nacionales, y 3. Comparar los resultados para Colombia con respecto a otros países megadiversos de América Latina. Flujo de trabajo:
1. Definición de la metodología de análisis en minería
de datos y selección de bases de datos 2. Búsqueda de registros para los países en las bases
de datos 3. Procesamiento y análisis de datos de registros 4. Análisis comparativos entre países Actividad 18. Tutoría a becaria Kelly Yojanna
Cardona Londoño de la Maestría en Bioinformática y Biología Computacional en el
marco de Caldas BioRegión Objetivo: Brindar tutoría en análisis bioinformático a la becaria Kelly Yojanna Cardona Londoño en su
proyecto de Maestría en Bioinformática titulado “Análisis de expresión diferencial de genes de
respuesta inmune asociados a procesos inflamatorios en enfermedad de Alzheimer (EA)”.
Actividad 19. Tutoría a becario Daniel Agudelo Valencia de la Maestría en Bioinformática y
Biología Computacional en el marco de Caldas BioRegión Objetivo: Brindar tutoría en análisis bioinformático al
becario Daniel Agudelo Valencia en su proyecto de Maestría en Bioinformática titulado “Ensamblaje del
genoma de Ganoderma australe e Identificación de proteínas putativas FIP”.
Proyecto 20. Asesoría al proyecto financiado por Caldas BioRegión
Dentro del marco del proyecto “Desarrollo de una metodología de trazabilidad para biofertilizantes y biocontroladores usados en el cultivo de café" en
convenio con la Universidad Católica de Manizales, se le dio asesoría al proyecto, principalmente con la
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
21
dirección del estudiante Ferney Pineda, y con la
asistencia a reuniones directas del proyecto. Proyecto 21. Análisis de microbiota intestinal por "shotgun metagenomics" antes y después
de un tratamiento de hidroterapia de colon Asesoría científica a estudiante de Doctorado Oleyda Tapasco, de la Universidad de Caldas
ARTÍCULOS
En cuanto a la generación de productos resultado de
actividades de generación de nuevo conocimiento el Grupo de investigación BIOS Cod: COL0133118, reporta la publicación de 13 artículos (4 de ellos en
revistas Indexadas, la producción y publicación de 1 libro y la preparación para sometimiento de 2 nuevos
artículos.
Producto 1. Artículo de revisión: Biodiversidad
latinoamericana y sus perspectivas de estudio con tecnologías ‘ómicas’. Mexican Journal of
Biotechnology 2017,2 (2):98-129. ISSN: 2448-6590 Se participó en la elaboración de este artículo de
revisión, donde se discute la disponibilidad de nuevas técnicas para el análisis masivo de esta biodiversidad,
a través del uso de las tecnologías ‘ómicas’ y los correspondientes análisis bioinformáticos de los datos producidos con estas tecnologías. Autores: Andrea Garavito, Andrea González-Muñoz, Jeanneth Mosquera-Rendón, Astrid Catalina Álvarez-
Yela, Diana López-Álvarez, Marco Aurelio Cristancho-Ardila
Producto 2. Artículo Científico: Colombia, an
unknown diversity in the era of Big Data. Sometido a publicación en una Edición Especial
de la Revista BMC Genomics. Este artículo comunica los resultados de un proceso investigativo realizado por investigadores del área de
Bioinformática de BIOS. Se emplearon métodos de minería de datos en las principales bases de datos de
secuencias genéticas del mundo, con el fin de determinar cuánta de la biodiversidad de Colombia está representada en estas bases de datos públicas y
cuánta información ha sido generada por investigaciones nacionales. Así mismo, se
compararon los resultados para Colombia con respecto a otros países megadiversos de América Latina. Autores: Alejandra Noreña, Andrea González Muñoz, Jeanneth Mosquera-Rendón, Kelly Johana Botero
Orozco, Marco A. Cristancho Producto 3. Artículo Científico: Diversity and association of phenotypic and metabolomic traits in the close model grasses Brachypodium
distachyon, B. stacei and B. hybridum. Fue enviado y aceptado. En la revista Annals of
Botany, 2017. 119(4). Autores: Isabel Marques; Valeriia Shiposha; Diana López-Alvarez; Antonio J. Manzaneda; Pilar
Hernandez; Marina Olonova; Pilar Catalán Producto 4. Artículo Científico Environmental isolation explains Iberian genetic diversity in
the highly homozygous model grass Brachypodium distachyon
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
22
Fue enviado y aceptado. En la revista BMC
Evolutionary Biology. 2017, 17:139 Autores: Diana López-Álvarez1 Hassan
Zubair2 Manfred Beckmann2 John Draper2 Pilar Catalán 1. BIOS 2. Institute of Biological, Environmental and
Rural Sciences, Aberystwyth University, Plas Gogerddan, Aberystwyth SY23 3EB, U. 3. Institute of Biological, Environmental and Rural Sciences,
Aberystwyth University, Plas Gogerddan, Aberystwyth SY23 3EB, UK Producto 5. Libro: Una aproximación conceptual a las ciencias ómicas (Capítulo 5 y Edición):
Se participó en la elaboración del libro de bioinformática, el cual aborda principios
fundamentales de la biología molecular, la bioinformática y la biología computacional, así como conceptos fundamentales de las ciencias ómicas
(genómica, metagenómica, transcriptómica, proteómica y metabolómica). Producto 6. Artículo Metagenomics analysis of
microbial community changes in Fusarium wilt-infected banana crops from Colombia En IIV CONGRESO COLOMBIANO DE
BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7
Producto 7. Artículo Colombia, an unknown diversity in the era of Big Data
EnIV CONGRESO COLOMBIANO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL
CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7
Producto 8. Artículo Transcriptional profiling of
the coral Acropora tenuis (Cnidaria: Scleractinia) throughout early developmental
stages: insights into the gastrulation process in a basal metazoan. En IV CONGRESO COLOMBIANO DE
BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7 Producto 9. Artículo Reconstructing the pan-
genome of Ralstonia solanacearum sensu lato and its applications in agriculture. En IV CONGRESO COLOMBIANO DE
BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7 Producto 10. Artículo Worldwide co-occurrence
analysis of 17 species of the genus Brachypodium using data mining. En IV CONGRESO COLOMBIANO DE
BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7 Producto 11. Artículo Bioprospecting:
challenges and opportunities for biodiversity studies using computational biology approaches
En IV CONGRESO COLOMBIANO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL
CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7 Producto 12. Artículo Exploration of microbial
diversity of marine ecosystems at the Seaflower Biosphere Reserve using metagenomics.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
23
En IV CONGRESO COLOMBIANO DE
BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7 Producto 13. Artículo Studying the coffee rust
resistance region in wild and cultivated species, using comparative genomics approaches En IV CONGRESO COLOMBIANO DE
BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL CCBCOL septiembre 13 – 15, Cali. ISSN 2463049-7
Producto 14. Artículo A Genome Scale Metabolic
Model of Potato suggests a mechanism of photosynthetic suppression during the
compatible interaction with Phytophthora infestans
Preparado para someter, según el formato de términos de la revista Acta Biológica Autores: Botero-Orozco K1,3*, Restrepo S2 and Pinzón
A1. 1 Grupo de Bioinformática y Biología de
Sistemas. Universidad Nacional del Colombia, Bogotá, Colombia. 2 Laboratorio de Micología y Fitopatología, Los Andes University, Bogotá,
Colombia. 3 Centro de Bioinformática y Biología Computacional, Manizales, Colombia Producto 15. Artículo Principales desarrollos
tecnológicos de las ciencias ómicas para el mejoramiento genético de cultivos Artículo tipo: revisión.Sometido según el formato de
la revista Acta Biológica Autores: Kelly Botero & Tatiana Arias
EVENTOS CIENTÍFICOS
En relación a las actividades de apropiación social del conocimiento en las que el área de Bioinformática ha
participado en 18 eventos científicos de carácter nacional e internacional, 5 en calidad de asistentes,
12 en calidad de ponentes con poster y 1 en calidad de Ponente Oral, en ellos los investigadores han expuesto los resultados más sobresalientes de las
investigaciones realizadas por el Centro. Evento 1. WORKSHOP: BIG DATA Fue enviado y aceptado para presentación como
poster en junio 5 – 9, Universidad del Rosario, Bogotá. Nombre del póster: Colombia, una diversidad
desconocida en la era del Big Data Autores: Alejandra Noreña1, Andrea González1,
Jeanneth Mosquera1, Kelly Botero1, Marco Cristancho 1 Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia– BIOS, Ecoparque Los Yarumos,
Manizales, Colombia. Resumen: Considerando este desbalance en la
disponibilidad de datos genéticos entre países, y teniendo en cuenta la gran biodiversidad de Colombia y la necesidad de su estudio genético, en este trabajo
se buscó determinar la cantidad de datos genéticos de especies de Colombia reportadas en las base de
datos Genbank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/), BOLD Systems (http://www.boldsystems.org/) y PATRIC
(https://www.patricbrc.org/). Se realizó una búsqueda por palabra clave “Colombia” en las
respectivas bases de datos, y sobre los registros
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
24
obtenidos se aplicó búsqueda con términos Booleanos
para separar la información por organismos, instituciones, tipos de datos, tipos de proyectos,
entre otros. Se encontraron 345862 registros (hasta Abril de 2017) para Colombia en la base de datos Nucleotide de Genbank, de los cuales más de la mitad
corresponden a secuencias de la especie de coral Pseudodiploria strigosa, seguido por secuencias
pertenecientes a bacterias. En términos de especies, el total de registros abarca menos del 5% del total de especies registradas para el país. Adicionalmente, se
evaluó el porcentaje de secuencias reportadas por instituciones colombianas –entre universidades y
centros de investigación-, así como por institutos internacionales, encontrando que aproximadamente el 14% de los datos son producidos a nivel nacional
y el porcentaje restante ha sido generado a nivel internacional. Por otro lado, en la base de datos
Bioproject de Genbank, la cantidad de registros para Colombia (192) es menor que en Nucleotide, pero a
diferencia de esta última, se encontró que aproximadamente el 70% de los datos han sido reportados por instituciones colombianas, además es
notorio que la mayoría (74%) corresponden a bacterias. En BOLD Systems, que constituye la base
de datos de códigos de barras de la vida, se encuentran reportes de 1202 especies para Colombia (hasta abril de 2017), donde el 26% ha sido generado
por instituciones nacionales, principalmente por el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos
Alexander von Humboldt, y la mayoría de datos generados por institutos del país está representada por especímenes del filo Chordata (71%).
Finalmente, en la base datos PATRIC, exclusiva para datos de bacterias, se encuentran 331 registros para
Colombia, de los cuales solo el 17% de las secuencias
reportadas han sido generadas por instituciones colombianas, y del total, menos del 7% son genomas
completos. Los resultados encontrados demuestran que la biodiversidad Colombiana está sub-representada en
las bases de datos consultadas y que la mayoría de registros han sido publicados por centros e institutos
internacionales, lo que revela que al país aún le falta un gran camino para llegar a ser representativo en el estudio genético de su propia diversidad. Entre los
factores que podrían estar determinando este escenario, se consideran la escasez de
infraestructura adecuada para la obtención de estos datos, que se limita a solo algunos equipos de secuenciación en centros e instituciones públicas y
privadas; así como conflictos y obstáculos en el otorgamiento de contratos de Acceso a Recursos
Genéticos que limitan la publicación de muchos datos genéticos generados en el país. Este trabajo pone en
manifiesto a la comunidad científica y al gobierno del país la necesidad de mayores esfuerzos e inversiones en la generación de conocimiento a partir de datos
moleculares, con énfasis en su publicación en bases de datos públicas, para que la información de la
biodiversidad del país sea de libre acceso para la investigación a nivel nacional, contribuyendo a situar al país en una posición competitiva con el desarrollo
científico a nivel mundial.
Evento 2. BIOINFORMATICS: From algorithms to applications conference Fue presentado como poster en agosto 1-5,
Universidad San Peterburgo, Rusia.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
25
Nombre del poster: Metagenomics analysis of
microbial communities in cassava with frogskin disease Autores: Jeanneth Mosquera- Rendón (BIOS), Diana López-Alvarez (BIOS), Juan M Pardo (CIAT), Elizabeth Alvarez (CIAT) Resumen: Cassava frogskin disease (CFSD) is an economically important root disease of cassava
(Manihot esculenta) in South American countries, making crop production unsuitable for consumption. Phytoplasmas have been detected in CFSD-affected
cassava of susceptible commercial cultivars. Whole-genome sequencing 150 x 2 PE was performed using
Illumina HiSeq 2500. Our aim was to compare and evaluate microbial communities in 11 samples: 3 samples each from (i) cassava embryo tissue infected
by phytoplasma 16SrIII, (ii) cassava leaf tissue infected by phytoplasma 16SrIII, (iii) cassava leaf
tissue infected by phytoplasma 16SrI, and control samples for (iv) cassava embryo tissue and (v)
cassava leaf tissue. Microbial community composition analyses using gene 16S rRNA showed that proteobacteria (alpha, beta, and gamma) and
actinobacteria were the most abundant phyla. Given the particular nature of phytoplasmas, we proposed
an additional methodology in order to identify all possible phytoplasmas. All cassava reads were filtered using the cassava genome (GCA-
001659605.1) and non-matching reads were used for BLASTp searches against the “Candidatus
phytoplasma” database from NCBI. We found that the two samples from phytoplasma 16SrIII-infected cassava embryo tissue corresponded to “C.
phytoplasma 16SrIII”, and one sample from phytoplasma 16SrI-infected cassava leaf tissue was
from Vietnam. Other phytoplasmas were found,
particularly “C. phytoplasma asteris” reported in the 16SrI group. Approximations were also made to try
to assemble the genome of the phytoplasmas found. This is a first effort to specifically identify microorganisms associated with frogskin disease in
order to propose strategies for disease prevention and management. Therefore, metagenomics can
represent an important approach for determining crop health.
Evento 3. BIOINFORMATICS: from algorithms
to applications conference Fue presentado como póster en agosto 1-5,
Universidad San Peterburgo, Rusia. Nombre del poster: Reconstructing the pan-genome of Ralstonia solanacearum sensu lato
and its use in the design of rapid molecular typing tool in agriculture Autores: Jeanneth Mosquera- Rendón (BIOS), Diana López-Alvarez (BIOS), Juan M Pardo (CIAT). Elizabeth Alvarez (CIAT)
Resumen: Ralstonia solanacearum sensu lato is a
soil bacterium and causal agent of bacterial wilt in more than 200 different plant species, with significant economic losses in several cases (tomato, potato,
eggplant, pepper, banana, eucalyptus and many ornamentals). Currently, a species complex was
determined, based on the identification of five races (host range), six biovars (based on their ability to metabolize disaccharides and hexose alcohols), and
finally, four phylotypes corresponding to the geographical origin: phylotype I from Asia, phylotype
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
26
II from the Americas, phylotype III from Africa, and
phylotype IV from the Indonesian archipelago, Japan and Australia. As for the races, race 1 infects
members of the family Solanaceae and many other hosts; race 2 infects primarily banana; race 3 infects potato, tomato and a few other hosts, usually in more
temperate conditions; race 4 infects ginger; and race 5 infects mulberry. We performed a comparative
genomic analysis among 66 different genomes obtained from the NCBI database, using two clustering algorithms (OrthoMCL and COGtriangle).
The comparisons spanned ~5.89 Mb of the complete genome of R. solanacearum s.l that contains one
circular chromosome (~3.83 Mb) and one megaplasmid (~2.06 Mb). The pan-genome of R. solanacearum sensu lato contains over 16122 coding
sequences (CDS), of which 652 CDS (4%) are involved in the core genome shared by all genomes.
In addition, 15470 accessory sequences can be allocated to the cloud (10264), shell (3749) and soft-
core (2109; >62 genomes) occupancy classes. The results obtained in this study provided a potential resource for its use in the agriculture, since these
data were used to developed new sets of primers to detect R. solanacearum race 2 in plantain and
banana, through loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of two race 2-specific genes. LAMP, as a rapid molecular typing tool, could help
shorten the time required in developing countries for identification of bacterial wilt disease as a permanent
threat to current and potential crops. Thus, genome sequencing in combination with molecular markers has the potential to greatly improve diagnostics and
global tracking of high-risk pathogens.
Evento 4. VI Simposio colombiano de biología
evolutiva Fue presentado como póster en agosto 17 – 19,
Universidad del Valle, Cali. Nombre del poster: Pangenome reconstruction of four phylotypes associated with the
Ralstonia solanacearum s. l. complex Autores: Jeanneth Mosquera, Diana López-Alvarez,
Juan M. Pardo, Elizabeth Alvarez Resumen: Ralstonia solanacearum sensu lato es el agente causal de la marchitez bacteriana en más de
200 diferentes especies vegetales, con pérdidas económicas significativas en varios cultivos como
tomate, papa, berenjena, pimienta, plátano, eucalipto y muchas plantas ornamentales. R. solanacearum s. l. en la actualidad corresponde a un
complejo de especies del suelo, basado en la identificación de cinco razas (rango de huésped), seis
biovares (basado en su capacidad para metabolizar disacáridos y hexosa alcoholes), y finalmente, cuatro
filotipos correspondientes al origen geográfico: filotipo I de Asia, filotipo II de las Américas, filotipo III de África y filotipo IV del archipiélago indonesio,
Japón y Australia. En cuanto a las razas, la raza 1 infecta a miembros de la familia Solanaceae y
muchos otros hospederos; la raza 2 infecta principalmente banano y plátano; la raza 3 infecta la papa y el tomate, generalmente en condiciones más
templadas; la raza 4 infecta el jengibre; y la raza 5 infecta especies de Morus. Se realizó un análisis de
genómica comparativa empleando análisis bioinformáticos con el fin de reconstruir el pangenoma del complejo a partir de 66 genomas
diferentes obtenidos del NCBI, utilizando el programa GET-HOMOLOGUES y la implementación de dos
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
27
algoritmos de agrupamiento (OrthoMCL y
COGtriangle). Las comparaciones abarcaron ~ 5.89 Mb del genoma completo de R. solanacearum s.l que
contiene un cromosoma circular (~ 3.83 Mb) y un megaplasmido (~ 2.06 Mb). El pangenoma de R. solanacearum s.l. contiene aproximadamente
~16122 secuencias codificantes (CDS) de las cuales 652 (4%) están involucradas en el genoma-núcleo
compartido por todos los genomas. Además, se pueden asignar 15470 secuencias accesorias a las clases de ocupación del cloud (10264), shell (3749)
y del genoma soft (2109,> 62 genomas). Los resultados obtenidos proporcionan un recurso
potencial para su uso en la agricultura, encontrando características genéticas y evolutivas que distingan los filotipos y permiten generar hipótesis sobre los
mecanismos de adaptación de cada uno de ellos. Evento 5. VI Simposio colombiano de biología evolutiva
Fue presentado como póster en agosto 17 – 19, Universidad del Valle, Cali. Nombre del póster: Colombia, una diversidad
desconocida en la era del Big Data Autores: Alejandra Noreña, Andrea González,
Jeanneth Mosquera, Kelly Botero, Marco Cristancho
Resumen; Colombia es el segundo país más biodiverso del mundo, con 56.343 especies de
vertebrados, invertebrados, líquenes, algas, plantas y hongos. La biología molecular ha contribuido a
estudios evolutivos, sistemáticos y de genética de la diversidad, entre otros, y se ha visto un aumento en la generación de datos genéticos derivado del avance
de las tecnologías de secuenciación; actualmente
existen más de 1000 millones de registros de datos genéticos almacenados en bases de datos públicas.
Teniendo en cuenta la gran biodiversidad de Colombia y otros países de América Latina, buscamos i) determinar la cantidad de datos genéticos de
especies de Colombia reportados en las bases de datos: Genbank, BOLD Systems y PATRIC; y ii)
comparar estas cifras con registros para otros países megadiversos de Latinoamérica. Realizamos búsquedas por palabra clave y aplicamos métodos de
minería de datos para procesar los registros por organismos, países e instituciones. Para Colombia se
encontraron 320.420 registros en Genbank, que abarcan menos del 5% de la biodiversidad total conocida; 66,84% de las secuencias fueron
reportadas por instituciones colombianas –entre universidades y centros de investigación. En BOLD
Systems, el 25,7% de datos ha sido generado por instituciones colombianas y hay registros para 258
especies. Finalmente, en PATRIC, se encontraron 332 registros de bacterias para Colombia, de los cuales únicamente el 13% de las secuencias reportadas han
sido generadas por instituciones colombianas. Las cifras muestran que la biodiversidad colombiana está
sub-representada en las bases de datos consultadas y la mayoría de registros han sido publicados por instituciones internacionales, lo que revela vacíos en
la disponibilidad pública de la información genética de su propia diversidad. Con respecto a los otros países
analizados, se observa la misma tendencia que para Colombia. Se manifiesta la necesidad de promover la generación y, sobretodo, la publicación de datos
genéticos en Colombia.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
28
Evento 6. IV Congreso colombiano de
bioinformática y biología computacional CCBCOL
Fue enviado y aceptado para presentación como poster en septiembre 13 – 15, Hotel Spiwak Cali. Nombre del poster: Metagenomics analysis of
microbial community changes in Fusarium wilt-infected banana crops from Colombia Autores: Jeanneth Mosquera- Rendón (BIOS), Diana López-Alvarez (BIOS), Juan M Pardo (CIAT), Elizabeth Alvarez (CIAT) Introducción: Fusarium wilt disease, caused by the fungus Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc), is
one of the most destructive diseases of banana worldwide. Fusarium oxysporum f.sp. cubense is a soil-borne fungal pathogen found throughout the
world where bananas are grown. There are four races of this pathogen; race 1 and 2 are pathogenic only to
banana (Musa spp.), race 3 is pathogenic only to Heliconia spp. and shows little or no effect on
bananas, and race 4 is the most destructive, affecting most cultivated banana varieties, including Cavendish. Race 4 also affects clones susceptible to
races 1 and 2, and is considered a highly virulent form of the fungus, causing millionaire losses in the
banana industry of Southeast Asia. Nowadays, this race has not been reported in America, but it is presumed that the entry and establishment of Foc to
America would cause a major impact on banana production, as well as millions of economic losses and
a strong social impact on the affected regions. Evento 7. IV Congreso colombiano de bioinformática y biología computacional CCBCOL
Fue enviado y aceptado para presentación como
poster en 13 – 15, Hotel Spiwak Cali Nombre del póster: Colombia, an unknown diversity in the
era of Big Data Autores: Alejandra Noreña, Andrea González1, Jeanneth Mosquera, Kelly Botero, Marco Cristancho Introducción: Colombia is the second megadiverse country in the world, with 56,343 species reported.
Within the knowledge of this biological diversity, not only is it important to determine species richness, but also genetic richness, since the knowledge of the
genetic resources of a country allows their conservation, ecosystemic valorization and
exploration of the potential sustainable uses that promote a “bio” development. In the fields of genetics and molecular biology, Next Generation
Sequencing technologies and bioinformatics have led to the rise of Big Data in biology, with more than 1000
million genetic data records currently stored in public databases worldwide. However, the availability of
genetic data from different countries is not uniform and often does not reflect the biodiversity of a country. Evento 8. IV Congreso colombiano de
bioinformática y biología computacional CCBCOL Fue enviado y aceptado para presentación como
poster en septiembre 13 – 15, Hotel Spiwak Cali Nombre del poster: Transcriptional profiling of
the coral Acropora tenuis (Cnidaria: Scleractinia) throughout three early
developmental stages: insights into the gastrulation process in a basal metazoan
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
29
Autores: Andrea Gonzalez-Muñoz, Jeanneth
Mosquera-Rendon, Alejandro Reyes-Bermudez Introducción: Corals (phylum Cnidaria) are the
basal sister group to bilateral animals, characterized by extreme morphological plasticity and exceptional regeneration capacity. Moreover, corals have
emerged as a model to study the evolution of developmental processes. Gastrulation, the first
morphogenetic process experienced by eumetazoans, is believed to be regulated by conserved signaling pathways across animals. Yet,
many gastrulation mechanisms exist in basal phylum, suggesting diversification of the transcriptional
networks underling the process. We aimed to understand the cellular mechanism regulating gastrulation at the base of eumetazoa by studying
gene expression changes during early development in the coral Acropora tenuis. Evento 9. IV Congreso colombiano de
bioinformática y biología computacional CCBCOL Fue enviado y aceptado para presentación como
poster en septiembre 13 – 15, Hotel Spiwak Cali Nombre del poster: Reconstructing the pan-
genome of Ralstonia solanacearum sensu lato and its applications in agriculture Autores: Diana López-Alvarez (BIOS), Jeanneth
Mosquera- Rendón (BIOS), Juan M Pardo (CIAT), Elizabeth Alvarez (CIAT) Introducción: Ralstonia solanacearum sensu lato is a soil bacterium and causal agent of bacterial wilt in
more than 200 different plant species, with significant economic losses in several cases (tomato, potato, eggplant, pepper, banana, eucalyptus and many
ornamentals). Currently, a species complex was
determined, based on the identification of five races (host range), six biovars (based on their ability to
metabolize disaccharides and hexose alcohols), and finally, four phylotypes corresponding to its geographical origin: phylotype I from Asia, phylotype
II from the Americas, phylotype III from Africa, and phylotype IV from the Indonesian archipelago, Japan
and Australia. As for the races, race 1 infects members of the family Solanaceae and many other hosts; race 2 infects primarily banana; race 3 infects
potato, tomato and a few other hosts, usually in more temperate conditions; race 4 infects ginger; and race
5 infects mulberry. Evento 10. IV Congreso colombiano de bioinformática y biología computacional CCBCOL
Nombre del poster: Worldwide co-occurrence analysis of 17 species of the genus Brachypodium
using data mining Autores: Simon Orozco-Arias, Ana María Núñez, Diana López-Álvarez Introducción: Data mining has been applied in the field of biological sciences, since the latter produces
a great amount of complex and noisy data of unseen proportion. Therefore, ecological data analysis represents an opportunity to explore and
comprehend biological systems with bioinformatics tools. The knowledge of occupancy, spatial auto-
correlation, and association (co-occurring and overlapping species distribution) of a species with
others, contributes to understanding ecological processes, including the establishment of ecological communities, and its applications in biological
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
30
conservation. In the last decade, Brachypodium spp.
has emerged as an effective model for monocot species, this genus grows in different environments,
latitudes, and elevations, representing a wide range of biotic and abiotic conditions that may be associated with adaptive natural genetic variation. Evento 11. IV Congreso colombiano de
bioinformática y biología computacional CCBCOL
Fue enviado y aceptado para presentación como poster en septiembre 13 – 15, Hotel Spiwak Cali Nombre del poster: Bioprospecting: challenges
and opportunities for biodiversity studies using computational biology approaches Autores: Kelly Botero Orozco, Diana López-Alvarez, Marco Cristancho Ardila, Astrid Catalina Alvarez The exploration and sustainable use of biodiversity is
a challenge for scientists in Colombia and represents, in turn, a striking opportunity for the development of
different industrial sectors that are increasingly interested in research and development processes. Particularly, the bioprospecting of plants of traditional
use in Colombia is focused on the identification of active ingredients with potential use in the cosmetics
and nutraceutical industry. For this purpose, an alliance has been established that includes the scientific sector, represented by the Center for
Bioinformatics and Computational Biology - BIOS and the Alexander von Humboldt Institute, and the
industrial sector, represented by four companies in the cosmetic and nutraceutical sector, to generate
technological and scientific capabilities in bioprospecting. To achieve this, we intend to establish a model of in vitro and in silico analysis of
the metabolism of plants of traditional use, which
allows the identification of the potential of production of metabolites of interest and facilitates their transfer
to the industry. The implementation of in silico tools of bioinformatics and systems biology, together with in vitro methods, traditionally used in bioprospecting,
constitute an innovative complement to optimize the process of identification of genes and metabolites of
industrial interest in plants that have been traditionally used by indigenous and peasant populations. The methodology of analysis for
bioprospecting contemplates the genomic and metabolic characterization of the plant,
complemented with the physicochemical characterization, and measurement of the efficacy and safety of the extracts obtained from specific
tissues. These characterizations will be integrated within a model that will guide the development of
prototypes of cosmetic and nutraceutical products for the participating companies. We expect to obtain a
catalog of genes of the studied plant species and their metabolic networks that allow the evaluation of the production of metabolites of interest. In addition, the
results will enable companies to make a significant technological leap in their product generation
processes, based on the sustainable use of biodiversity. This pilot project will allow us to consolidate innovative methodologies in
bioprospecting, to promote collaborative work between the scientific sector and industry, to advance
the molecular and metabolic knowledge of plants of traditional use and to generate technological and scientific capabilities to obtain value-added products.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
31
Evento 12. IV Congreso colombiano de
bioinformática y biología computacional CCBCOL
Nombre del poster: Exploration of microbial diversity of marine ecosystems at the Seaflower Biosphere Reserve using metagenomics Autores: Astrid Catalina Alvarez-Yela, Alejandra Noreña Puerta, Marco Cristancho Ardila, Diana López-
Alvarez Microorganisms represent nearly 90% of ocean biomass and are fundamental for the functioning and
health of marine ecosystems due to their integral contribution to biogeochemical cycles and processes
that take place there. In marine environments, microorganisms are free in the water column, live in sediments or are adhered to many invertebrate,
vertebrate and plant surfaces where they stablish symbiotic associations and fulfill their ecological
roles. Additionally, the structure and functionality of microbial communities change in response to
anthropic and environmental pressures, allowing the assessment of the conservation status of marine ecosystems. Due to their ecological importance, this
study seeks to contribute to the knowledge and characterization of microbial communities in the
Seaflower Biosphere Reserve by metagenomic analysis of sediment and marine organisms (corals, algae and sponges). Seaflower is a marine protected
area (MPA) that comprises San Andrés Island, Providencia and Santa Catalina archipelago.
Sampling was carry out within the coral reef of Cayo Serrana Island, in the framework of the Seaflower Scientific Expedition 2016. Samples of marine
sediment, coral mucus and vegetal material from algae and sponges were extracted through scuba
diving and snorkeling. Samples were keep in alcohol
and refrigerated until its analysis. After DNA extraction, sequencing of 16S and ITS regions was
made using Illumina HiSeq (PE 250 bp). Bioinformatic analysis was done using Qiime, Kaiju, Krona, Megan and Picrust to do the taxonomic characterization, to
determine biodiversity indices (α y β) and to perform the functional characterization of samples.
Preliminary results show that Proteobacteria (α and ϒ- proteobacteria), Bacteroidetes (Bacteroidia) and
Firmicutes (Clostridia, Bacilli) are the most predominant phyla in all samples, represented mainly
by species resistant to high saline concentrations and responsible of marine organisms pathologies. It was found that microbial communities associated with all
samples were highly diverse (H>6), having corals the highest microorganism richness, followed by sponges
and marine sediment. Due to their diversity, more sequencing efforts are required to completely characterize microbial communities associated with
corals and sediment. At the functional level, versatile metabolic capacities were found in all samples which
are associated with denitrifying processes, metal reduction, degradation of complex macromolecules
produced by autotrophic organisms and polysaccharide degradation among the most representative. Results are a first approach to the
structure and function of microbial communities associated to marine ecosystems of the Seaflower
Biosphere Reserve. It is expected that this study will promote the interest on marine resources and its preservation and that research at metagenomic level
continues being carried out.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
32
Evento 13. Plant & Animal Genome Conference.
Nombre del poster: Identification by the DArTseq method of the genetic origin of the Coffea canephora
cultivated in Vietnam and Mexico. Authores: Andrea Garavito, Christophe Montagnon, Romain Guyot y Benoit Bertrand. Resumen: The coffee species Coffea canephora represents approximately 40% of coffee production
worldwide. While the genetic diversity of wild C. canephora has been well studied in the past, only few studies have addressed the genetic diversity of
currently cultivated varieties around the globe. Vietnam is the largest Robusta producer in the world,
while Mexico is the only Latin American country, besides Brazil, that has a significant Robusta production. Knowledge of the genetic origin of
Robusta cultivated varieties in countries as important as Vietnam and Mexico is therefore of high interest. Through the use of the DArTseq method on a collection of C. canephora composed of known
accessions and accessions cultivated in Vietnam and Mexico, 4,021 polymorphic SNPs were identified. We used a multivariate analysis using SNP data from
reference accessions in order to confirm and further fine-tune the genetic diversity of C. canephora. Also,
by interpolating the data obtained for the varieties from Vietnam and Mexico, we determined that they are closely related to each other, and identified their
genetic origin. The genetic characterization based on SNP markers of the varieties grown throughout the
world, increased our knowledge on the genetic diversity of C. canephora, and contributed to the understanding of the genetic background of varieties
from very important coffee producers.
Evento 14. Resumen para VI Simposio
colombiano de biología evolutiva Nombre del Poster: “Identificación por el método
de DArTseq del origen genético del café Coffea canephora cultivado en Vietnam y México” Autores: Andrea Garavito, Christophe Montagnon,
Romain Guyot y Benoit Bertrand. El café Robusta (Coffea canephora) representa
aproximadamente el 40% de la producción mundial de café. Aunque la diversidad genética de C. canephora ha sido bien estudiada en el pasado, sólo
unos pocos estudios han abordado la diversidad genética de las variedades cultivadas actualmente en
el mundo. Vietnam es el mayor productor Robusta del mundo, mientras que México es el único país latinoamericano, además de Brasil, que tiene una
producción significativa. El conocimiento del origen genético de las variedades cultivadas Robusta en
países tan importantes como Vietnam y México es por lo tanto de gran interés. Mediante el uso del método DArTseq en una colección de C. canephora compuesta de accesiones de referencia y cultivadas en Vietnam y México, se
identificaron 4.021 SNP polimórficos. Se utilizó un análisis multivariado utilizando dichos SNP con el fin
de confirmar y afinar aún más la diversidad genética de C. canephora. Asimismo, mediante la interpolación de los datos obtenidos para las
variedades cultivadas de Vietnam y México, se determinó que las mismas están estrechamente
relacionados entre sí, a su vez que se identificó su origen genético. La caracterización genética basada en los marcadores
SNP de las variedades cultivadas en todo el mundo, representa un aumento en el conocimiento sobre la
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
33
diversidad genética de C. canephora y contribuye a la
comprensión del fondo genético de variedades de importantes productores de café. Evento 15. IV Congreso colombiano de
bioinformática y biología computacional CCBCOL Nombre del Poster: Studying the coffee rust
resistance region in wild and cultivated species, using comparative genomics approaches. Autores: Alexa Morales, Perla Hamon, Dominique
Crouzillat, Alexandre de Kochko, Romain Guyot y Andrea Garavito Introduction: Coffee production is a key source of income for many developing countries, specially for
smallholder farmers. Coffee belongs to the Coffea genus, which comprises 124 species originating mainly from Africa, Madagascar, Asia, and Oceania.
From the existent species, only two are widely cultivated: C. arabica and C. canephora. Coffee leaf
rust, caused by the fungus Hemileia vastatrix, is one of the main limiting factors of coffee production. Nine dominant genes (SH1-SH9) conferring resistance were
identified from C. arabica, C. canephora, and C. liberica. However, only the SH3 resistance factor from
C. liberica appears to provide a durable resistance to leaf rust. Due to the continuous appearance of new virulent races of the fungus, there is an urgent need
for the discovery of more durable resistance alleles, for which the rich diversity found in wild coffee
species seems to be a promising starting point to identify them. To understand the structure, gene
composition, and evolution of the SH3 locus, we performed an exhaustive comparative analysis
between sequenced genomes of cultivated and wild
coffee. Evento 16. Selección Genómica: Acelerando el paso en el desarrollo de variedades elite.
Descripción: Selección Genética (SG), es un tema de relevancia para el país del cual se tiene vacíos desde la docencia y del conocimiento de los investigadores.
La SG usa metodologías aplicadas a futuros trabajos, en programas de mejoramiento. Es una metodología
de innovación realista, donde confluyen diferentes áreas del conocimiento, como las matemáticas, estadística y la biología. El curso aporto capacidades de conocimiento para mejorar las variedades sembradas en campo, con
relaciones de su genotipo-ambiente. Objetivo:
Proveer conceptos básicos de genética
cuantitativa para ser aplicados al fitomejoramiento.
Presentar los conceptos teóricos básicos de la selección genómica al público interesado.
Proveer algunos modelos y métodos
estadísticos para análisis genómicos.
Detectar y medir la interacción genotipo‐por‐ambiente.
Demostrar la implementación de varios
análisis genéticos usando paquetes de R. Apoyar a los mejoradores en la aplicación de
modelos de predicción genómica usando las
herramientas existentes. Presentar resultados concretos de asociación
genética y selección genómica en cultivos de maíz y de trigo.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
34
Evento 17. Simposio Colombiano en Sistemática
y Evolución de Plantas. El Simposio fue un buen espacio para determinar que
en el país se está haciendo ciencia de primer nivel empleando herramientas de las ómicas y tecnologías de secuenciación masiva, generando una gran
cantidad de datos para el país que requieren de una infraestructura computacional como la de BIOS. Sin
embargo debido a que los investigadores llevan a cabo estas investigaciones en el extranjero o en colaboración con alguna institución extranjera, es
muy difícil poder asociar en algunas ocasiones estos datos a Colombia. Se asistió a 25 conferencias de
plantas del neotrópico, con representantes muestras de Colombia. El simposio permitió la actualización en herramientas
computacionales empleadas en la actualidad para el análisis de datos filogenómicos (Astral, Spades,
Velvet, Yadas, Delat Inkey, ExaML, Bamm, phylobayes, Phytools R, CART, Biogeobears), así
como en las tecnologías de secuenciación que están empleando los investigadores en el país, entre las que se encuentran NextRAD, ddRADseq,
Secuenciación de cloroplastos, entre otros. Objetivo:
Establecer y/o estrechar lazos con diferentes instituciones
Crear un listado de potenciales clientes que
puedan requerir servicios o capacidades computacionales para el análisis de datos en
sistemática y evolución de plantas Actualización de temáticas relevantes
empleando Secuenciación Masiva
Evento 18. IV Simposio Colombiano de Códigos
de Barras de ADN El Instituto Humboldt, nos invitó a participar con una
charla magistral que tiene como título: “Código de barras genéticos en gramíneas modelo del género Brachypodium”. El Instituto Humboldt, con el apoyo del Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT), Instituto
Colombiano Agropecuario (ICA), Universidad ICESI y financiado por “Colombia Bio” de Colciencias, fueron los encargados del evento. Objetivo: Presentar una visión amplia de la técnica molecular de códigos de barras. Esta técnica utiliza
un fragmento estandarizado de ADN mitocondrial para identificar y caracterizar diferentes grupos biológicos.
ÁREA DE BIOINGENIERÍA
PROPUESTAS PRESENTADAS PARA LA
PRESTACIÓN DE SERVICIOS/ FIRMA DE
CONVENIOS
Para el 2017, desde el área de Bioingeniería se reporta la finalización de 5 proyectos, 3
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
35
enfocados al sector Salud, 1 al sector Alimentos
y 1 al sector Agro. Así mismo, en proceso de ejecución se encuentra 1 proyecto enfocado al
sector Salud y por último se reporta 5 proyectos formulados y presentados a las posibles entidades financiadoras, de estos 4 atienden
necesidades del sector de Alimentos y 1 al sector de Transporte Urbano.
PROYECTOS FINALIZADOS
Actividad 1. Proyecto de Investigación,
desarrollo e innovación- Sector Salud Nombre de la propuesta: CLICSALUD
Entidad financiadora: MINSALUD Contexto: Es una herramienta desarrollada para el Ministerio de Salud, el Ministerio de las TIC,
Colciencias y la Superintendencia Nacional de Salud, permite al usuario desplegar en la pantalla todos los
precios de un mismo medicamento desarrollado por diversos laboratorios a fin de que tome una decisión informada al hacer su compra. Asimismo brinda la
posibilidad a los usuarios de saber cuáles son las EPS y las IPS (clínicas, hospitales, centros médicos,
laboratorios) mejor calificadas. De hecho, en tiempo real podrá hacer la evaluación del servicio recibido, lo que facilitará a la Superintendencia Nacional de Salud
fortalecer sus mecanismos de inspección, vigilancia y control a nivel territorial.
El menú principal de la aplicación consta de tres componentes:
1. “Elijo saber”, que contiene información sobre
los precios de las distintas marcas de un mismo medicamento (fueron incorporados 4.285
medicamentos, que equivalen al 46% de las
ventas en droguerías), así como la calidad de las EPS e IPS del país;
2. “Tu voz en el sistema”, que permite calificar las atenciones en salud, solicitar información, y radicar peticiones, quejas y reclamos; y
3. “¿Sabías que…?”, donde se ofrecen noticias sobre el sistema; información sobre los
derechos y deberes de las personas en el marco de la seguridad social, y recomendaciones relacionadas con zika,
chikunguña y dengue.
La aplicación es gratuita y está disponible para iOS y Android.
Actividad 2. Asesoría Técnica-Sector Agro Nombre de la propuesta: Aceleración mecanismo
de estabilización de precios del café Entidad Financiadora: Federación Nacional de
Cafeteros Objetivo general: provisión de capacidad de cómputo y personal científico para la validación
durante el desarrollo matemático de la valoración y replicación de las opciones americanas y estimación
de riesgo en el marco de la optimización del código de la solución en Lenguaje R, en función del desarrollo del contrato de servicios que la Federación
tiene con Gestión de Riesgo S.A.S. (GDR), para el estudio de factibilidad de un mecanismo de
estabilización de precios de café (MEC) (CN-2015-2228). Actividades:
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
36
1. Brindar Capacidad de computo especificada en
una instancia de 80 cores para simulaciones 4-7 veces más rápidas
2. Brindar el acompañamiento de un experto en HPC en un número de horas y de ejecuciones ilimitadas durante tres (3) meses
3. Realizar soporte técnico para administración remota de la instancia de computo;
conectividad mediante canal de comunicación redundante
4. Preparación y puesta en marcha de la instancia
de cómputo 5. Inicialización y configuración de librerías y
valores iniciales 6. Valoración y cobertura de opciones
europeas/americanas para un camino de
precios simulado (R2) 7. Estimación del riesgo de discretización (RR2)
8. Estimación del riesgo de modelo vs movimiento browniano geométrico con parámetros
históricos (RR2) 9. Estimación del riesgo de modelo vs bootstrap
no paramétrico (RR2)
Actividad 3. Asistencia técnica- Sector Salud
Nombre de la propuesta: Prestación de servicios de asistencia técnica para diseñar e implementar un sistema de información que permita a las empresas
del sector farmacéutico y tecnologías en salud registrar las transacciones de valor
Entidad financiadora: FIIAPP Objetivo: Diseñar e implementar un sistema de información que permita a las empresas del sector
farmacéutico y tecnologías en salud registrar las transacciones de valor, que se lleven a cabo entre las
empresas y los profesionales de la salud, con el fin de
aumentar la transparencia de las relaciones entre ambos actores y contribuir a la gestión de potenciales
conflictos de interés, promover la autonomía médica y fomentar la confianza en el sector.
Actividad 4. Proyecto de Investigación, desarrollo e innovación- Sector Alimentos
Nombre de la propuesta: "NEUROLENGUA" Entidad financiadora: LEVAPAN S.A Resumen: La Neurolengua que consiste en una
lengua electrónica con interfaz cerebral que permita simultáneamente la caracterización y estudio de
sabores, texturas y la detección de los niveles óptimos de ingredientes de los productos de Levapan, permitiendo además el registro de emociones
experimentadas por consumidores. Dicho desarrollo estara orientado hacia la innovación en arias de
mercadeo y competitividad.
Actividad 5. Proyecto de desarrollo e innovación- Sector Salud Nombre de la propuesta: BARIATRACK
Entidad financiadora: MEDNOVATION Resumen: La cirugía bariátrica es el conjunto de
procedimientos quirúrgicos usados para tratar la obesidad, buscando disminución del peso corporal. Tras una intervención bariátrica es crucial realizar un
seguimiento que permita asegurar la salud del paciente y al mismo tiempo la efectividad de los
procedimientos efectuados, requiriendo por ejemplo soporte para el cambio de hábitos del paciente sobre la actividad física, el control y adherencia a la dieta
establecida, la mitigación de riesgos, entre muchos otros.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
37
Objetivo: Realizar conceptualización de aplicación
móvil para el seguimiento de pacientes de cirugía bariátrica. Los productos pactados en el contrato en
mención: Producto 1. Prototipo de la aplicación móvil. Producto 2. Pieza de animación 2D del producto.
Producto 3. Artes finales del prototipo.
PROYECTOS EN EJECUCIÓN
Actividad 5. Proyecto de desarrollo e
innovación- Sector Salud Nombre de la propuesta: Plataforma tecnológica
de analítica de datos para la asistencia en la toma de decisiones de políticas sectoriales e intersectoriales en salud pública del consejo distrital de seguridad
social en salud. Entidad financiadora: Secretaría Distrital de Salud
de Bogotá Objetivo general: Diseño, implementación y validación de una plataforma tecnológica de analítica
de datos para la asistencia en la toma de decisiones de políticas sectoriales e intersectoriales en salud
pública del Consejo Distrital de Seguridad Social en Salud. Objetivos específicos
1. Realizar diagnóstico de la situación actual de la Secretaría Distrital de Salud en cuanto a la
información de la población, tecnologías, bases y fuentes de datos ya existentes y levantar los requerimientos funcionales y no funcionales
del sistema de información.
2. Diseñar y especificar los componentes de la
plataforma de análisis de datos según los requerimientos y alcances establecidos.
3. Desarrollar los servicios de integración y portal de análisis y visualización interactiva, consolidación y reporte de resultados según los
diseños establecidos. 4. Realizar las pruebas del sistema de
información implementado y validar las métricas acordadas entre los interesados del proyecto.
5. Realizar tareas de despliegue y soporte al sistema.
PROPUESTAS FORMULADAS Y PRESENTADAS
Actividad 6. Propuesta técnica- Sector Alimentos
Nombre de la propuesta: Predicción de propiedades fisicoquímicas insumos grasos para de la industria de lípidos
Entidad financiadora: TEAMFOODS CONTEXTO: El arsenal analítico de TEAM hoy cuenta
con equipos de cromatografía de gases en con detectores de espectrometría de masas, FID y líquida con detectores DAD y de RI, calorímetro DSC,
Espectroscopia de infrarrojo cercano, NMR, y absorción atómica. Estos equipos tienen una alta
especificidad para la industria de lípidos, por lo cual para una gran cantidad de insumos grasos (aceites crudos, aceites procesados, mezclas de los
anteriores) TEAM cuenta con información de sus parámetros fisicoquímicos (p.ej. curva de sólidos,
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
38
punto de humo, densidad, viscosidad, índice de yodo
y otros característicos de la industria). OBJETIVO: Desarrollar una herramienta de analítica
de datos que permita predecir las propiedades fisicoquímicas de interés de insumos grasos, basado en la base de conocimiento de TEAM.
Actividad 7. Propuesta técnica-Sector
Alimentos Nombre de la propuesta: Predicción de las propiedades fisicoquímicas necesarias de una mezcla
de insumos de la industria de lípidos Entidad financiadora: TEAMFOODS
CONTEXTO: La industria de lípidos genera insumos para industrias como: panificación, chocolatería, margarinas, freido etc… y cada una de estas
aplicaciones tienen una alta especificidad en el tipo de subaplicación generando una estructura de hasta
tres niveles en cada aplicación, es decir, se fabrican m mezclas de n aceites procesados para p
subaplicaciones. Actualmente, el diseño de producto empieza por el conocimiento de la aplicación específica, con esta información se definen los
parámetros fisicoquímicos que debería tener una mezcla para ser efectivamente usada en la aplicación
evaluada. OBJETIVO: Desarrollar una herramienta para la predicción de los parámetros fisicoquímicos que debe
cumplir una mezcla de aceites para ser utilizada en una aplicación determinada.
Actividad 8. Propuesta técnica –Sector
Alimentos Nombre de la propuesta: Predicción de las mezclas
de ingredientes grasos necesarios para generar una mezcla con propiedades fisicoquímicas definidas Entidad financiadora: TEAMFOODS
CONTEXTO: En este campo se propone como punto de inicio tomar la información obtenida a través del
tiempo por TEAM para el desarrollo de las diferentes clases de margarinas existentes, sus propiedades de producto conocidas y las mezclas desarrolladas para
este fin. La herramienta debería predecir los parámetros fisicoquímicos (curva de sólidos, punto
de humo, dureza, densidad, viscosidad, estabilidad oxidativa, etc) de una mezcla, a partir del set de propiedades de una aplicación definida en términos
de características del producto como: textura (dureza, esparcibilidad, viscosidad) y otras
propiedades OBJETIVO: Desarrollar una herramienta de
predicción de la composición de una mezcla de ingredientes grasos a partir de unos parámetros fisicoquímicos definidas
Actividad 9. Propuesta técnica –Sector
Alimentos Nombre de la propuesta: Modelo económico que permita evaluar el riesgo de distintos escenarios en
la compra y manejo de insumos grasos Entidad financiadora: TEAMFOODS
Contexto: En la actualidad, cuando TEAM negocia con un cliente, usualmente este último es quien impone el precio del kilo de grasa, TEAM necesita
argumentos para formular contraofertas durante el proceso, se considera que una herramienta de
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
39
analítica, para prever los precios de aceites de una
manera más estable, basada parámetros del mercado internacional de oil commodities, le ayudaría a
negociar mejores condiciones con sus clientes. Así mismo, se busca que esta herramienta le permita realizar una mejor provisión y programación de su
producción. Objetivo: Formular, a través del análisis de
bifurcaciones no suaves, un modelo de mercado del aceite mediante un estudio dinámico de las variables del mercado, tales como: oferta, demanda, precio,
stock y ventas relacionadas con el aceite como comoditie, entre otros parámetros en consideración
basados en datos históricos. Actividad 9. Proyecto de desarrollo e
innovación- Transporte Urbano Nombre de la propuesta: Propuesta para el diseño e
implementación de una prueba piloto para monitoreo del transporte público colectivo a través de
dispositivos IoT Entidad financiadora: Colciencias Entidad aliada: Centro de Excelencia y Apropiación en
Internet de las Cosas, CEA-IoT Objetivo: Diseñar e implementar un Sistema IoT para
el monitoreo del transporte público colectivo para brindar información que sirva para la toma de decisiones en cuanto a la planeación de las rutas a
partir de la demanda por zonas geográficas, la seguridad en los trayectos y el monitoreo de la
polución ambiental utilizando los buses como estaciones móviles de medición.
EVENTOS CIENTÍFICOS
En relación a las actividades de apropiación social del conocimiento en las que el área de Bioinformática ha
participado en 1 evento científico, como se describe a continuación.
Evento 1. Congreso Nombre del evento: IV Congreso Colombiano de
Bioinformática y Biología Computacional Tipo de evento: Congreso Ámbito: Nacional Realizado desde
el 13 al 19 septiembre de 2017 en CALI - Centro Comercial Chipichape
Evento 2. Congreso Nombre del evento: 12 Congreso Colombiano de
Computación Tipo de evento: Congreso Ámbito: Nacional Realizado el 22 de septiembre de 2017 en CALI - Universidad Autónoma de Occidente
Productos asociados Nombre del producto: Application of Data Mining
Algorithms to Classify Biological Data: The Coffea canephora Genome Case Tipo de producto: Producción bibliográfica - Trabajos en eventos
(Capítulos de memoria) – Completo
Evento 3. Congreso Nombre del evento: XXVI Congreso
ItaloLatinoamericano de Etnomedicina y IX Congreso Colombiano de Cromatografía. Nombre del producto: cromatografía virtual basada
en un marco de aprendizaje supervisado.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
40
ARTÍCULOS PUBLICADOS
En cuanto a la generación de productos resultado de actividades de generación de nuevo conocimiento el
Área, reporta la publicación de 3 artículos
Artículo 1. Publicado en revista especializada Nombre del artículo: BIOS-ParallelBlast: Paralelizacion optimizada de alineamiento de
secuencias sobre Xeon Phi Nombre de la Revista: México, Ingeniería
Investigación Y Tecnología - ISSN: 1405-7743, 2017 vol: 18 fasc: N/A págs: 423 – 432 Autores: SIMON OROZCO ARIAS, LEONARDO
CAMARGO FORERO, JUAN CARLOS CORREA GUTIERREZ, ROMAIN GUYOT, MARCO AURELIO
CRISTANCHO ARDILA Palabras: NCBI-Blast, Xeon Phi, tecnologias many-cores, clusteres heterogeneos, Bioinformatics,
supercomputa- cion heterogenea
Artículo 2. Publicado en revista especializada Nombre del artículo: Parallel Programming in Biological Sciences, Taking Advantage of
Supercomputing in Genomics Nombre de la Revista: Suiza, Communications In
Computer And Information Science ISSN: 1865-0929, 2017 vol: 735 fasc: N/A págs: 627 - 643,
DOI:https://doi.org/10.1007/978-3-319-66562-7_45 Autores: SIMON OROZCO ARIAS, REINEL TABARES
SOTO, DIEGO HERNANDO CEBALLOS LOPEZ, ROMAIN GUYOT
Palabras: HPC, Transposable elements, Parallel programming, MPI
Artículo 3. Publicado en revista especializada Nombre del artículo: Application of Data Mining
Algorithms to Classify Biological Data: The Coffea canephora Genome Case Nombre de la Revista: Suiza, Communications In
Computer And Information Science ISSN: 1865-0929, 2017 vol: 735 fasc: N/A págs: 156 - 170,
DOI:https://doi.org/10.1007/978-3-319-66562-7_12 Autores: SIMON OROZCO ARIAS, JEFERSON
ARANGO LOPEZ, JOHNNY ALEXANDER SALAZAR CARDONA, ROMAIN GUYOT
Palabras: Data mining, Transposable elements, Coffea canephora, Bioinformatics
SOFTWARE
Como productos de Innovación en el Área se ha
desarrollado durante el año en curso, 9 software y 1 un prototipo.
1. Clicsalud - app Proyecto relacionado: CLICSALUD
Resumen: La app para conocer los precios de tus medicamentos, la calidad de tu EPS e información clave de la salud la cual Promueve la comunicación
mediante RSS, para que estés enterado más fácilmente de las últimas noticias en materia del
Dengue, Zika y chikunya, con noticias de lo que sucede en el país en materia de salud. Para su desarrollo se utilizaron las siguientes librerías:
• Ionic Framework • Jquery
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
41
• HTML 5
• CSS3 • D3
• C3 2. Clicsalud - nlp Proyecto relacionado: CLICSALUD Resumen: Los módulos de procesamiento de
lenguaje natural NLP se desarrollaron en lenguaje de programación Python buscando una implementación multiplataforma. Adicionalmente se incluyeron
librerías estándar de aprendizaje de máquina como scikit-learn y de procesamiento de lenguaje como
NLTK. Se han agrupado las tareas de NLP en tres módulos principales:
• Predicción de texto: Consiste en predecir la
probabilidad de que una palabra o token sea la siguiente en una frase dependiendo de un
corpus de documentos. • Reconocimiento de entidades: Este módulo
procesa una secuencia de palabras y le asigna una etiqueta a cada una de ellas.
3. Clicsalud - portal Proyecto relacionado: CLICSALUD
Resumen: El portal web de ClicSalud es una plataforma que recopila todos los datos suministrados mediante servicios web que la
aplicación ClicSalud envía constantemente al ir a ciertas secciones o al realizar acciones en específico
como calificar o consultar un medicamento por ejemplo. Esta plataforma al reunir toda esta información la puede representar y convertir en
estadísticas para visualizar un panorama de lo que
está ocurriendo en materia de salud en el país por
medio de técnicas de data mining y machine learning.
4. Clicsalud - rss Proyecto relacionado: CLICSALUD Resumen: El canal de gestión de RSS de ClicSalud es
una plataforma web que recopila datos suministrados mediante servicios web, hacia la app
de ClicSalud, que se convierte en un gestor de contenido, que permite crear nuevas entradas personalizadas. Esto mediante una interfaz que
brinda la posibilidad de agregar contenido, así como imágenes, que posteriormente se consumen
mediante un servicio web. 5. BiotecRed
Proyecto relacionado: Proyecto regalías Resumen: Es una plataforma web para hacer
negocios y proyectos donde se conecta la oferta y demanda del sector biotecnológico de Colombia. Por
medio de BiotecRed usted, su empresa, grupo de investigación o start up se pueden contactar con otros actores del sector para desarrollar o apalancar
ideas de innovación y resolver necesidades.
Plataforma TVSS Proyecto relacionado: Prestación de servicios de asistencia técnica para diseñar e implementar un
sistema de información que permita a las empresas del sector farmacéutico y tecnologías en salud
registrar las transacciones de valor Resumen: Una aplicación que posibilita las Transacciones de Valor del Sector Salud TVSS
Para su desarrollo se utilizaron las siguientes librerías:
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
42
• Angularjs
• Jquery • Bootstrap
• HTML 5 • CSS3 • Mdb
• Odometer • Moment
• Leaflet • D3 • Dc
• Reductio • Fittext
6. Plataforma Neurolengua Proyecto relacionado: Neurolengua
Plataforma web de es un aplicativo, cuenta con 2 componentes, desde los módulos técnicos en que fue
construido, las cuales se explican en la figura número 1. Estos componentes se basan en un “Front-end”
que consume los servicios web y la parte visual, y la otra parte denominada “Back-end” que contiene la base de datos, creación de servicios web e interacción
con los diferentes componentes electrónicos desde la compilación de scripts de Python.
7. Prototipo de aplicación móvil para seguimiento de pacientes de cirugía Bariátrica.
Proyecto relacionado: BARIATRACK App de seguimiento al éxito y control de los
diferentes resultados que se han ido dando en las cirugías bariátricas. La construcción de una aplicación móvil para la evaluación de desenlaces en pacientes
de cirugía bariátrica, la cual permita captura de datos confiables de los pacientes y la posterior
comparación de resultados en diversas poblaciones a
través de sistemas de procesamiento y analítica visual de datos. Para su desarrollo se utilizaron
las siguientes librerías: • Ionic Framework • Jquery
• HTML 5 • CSS3
• D3 • C3 • Swipperjs
8. Interfaz humano-máquina con kinect y
smartphone Proyecto relacionado: Neurolengua La interfaz diseñada está enfocada para la gestión de
contenido en DisplayCluster mediante la transmisión de datos por VRPN. Esta aplicación permite que
mediante cualquier dispositivo móvil y con ayuda del Kinect se puedan gestionar ventanas de una
plataforma de visualización. La interfaz adquiere datos del dispositivo móvil mediante el protocolo TUIO, adquiere los datos del
Kinect y ambos los envía por protocolo VRPN a DisplayCluster para que dicha información sea
interpretada como movimiento del cursor o como movimiento de ventanas.
PROTOTIPOS
1. Neurolengua Proyecto relacionado: Neurolengua
La Neurolengua es un instrumento analítico que reproduce de manera artificial la sensación del sabor
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
43
calificando, cuantificando y detectando de manera
rápida y objetiva sin necesidad de hacer una separación de componente.
Es una herramienta que puede ser usada para: · Verificar calidad de alimentos · Marketing
· Producción · Formulación y optimización de productos
ÁREA DE BIONEGOCIOS
El área de Bionegocios durante el 2017 se enfocó en crear e implementar soluciones tecnológicas
innovadoras en el sector productivo y público, desde la agregación de valor a grandes cantidades de datos a través del procesamiento con tecnología de
vanguardia e infraestructura computacional avanzada, con tiempos eficientes para facilitar la
toma de decisiones y la generación de soluciones. A través de la oferta de los siguientes servicios:
1. Empaquetamiento comercial de resultados científicos
2. Formulación e implementación de proyectos de CTeI
3. Formación en Ciencias de la vida, bionegocios
y computación avanzada
EDUCACIÓN PRESENCIAL
Es así que fue posible desplegar conjuntamente con
la Universidad Nacional sede Manizales una metodología para la estructuración de tres
posgrados, como estrategia para el desarrollo de competencias tecnológicas e innovadoras para todos los sectores productivos del país a través de un
enfoque innovador y diferenciador permitiendo de esta manera, que los desarrollos en términos de
crecimiento económico, protección ambiental, seguridad alimentaria y salud pública se ajusten permanentemente a los intereses nacionales y a las
realidades y contextos internacionales:
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
44
1. Bionegocios como un llamado para generar
cambios estructurales en el sistema económico que propendan por la equidad y el balance con
los aspectos sociales y ambientales, donde la economía contemple el equilibrio entre la competitividad y el crecimiento económico sin
desligarse de los impactos ambientales y sociales que generan, buscando alternativas de
consumo responsable y producción sostenible. 2. Bioingeniería entendiéndose como un campo
en continua expansión que diversifica el
desarrollo de productos en áreas como la salud, la producción agroalimentaria, la producción
industrial o energética y el cuidado del medio ambiente. Por esto, considerada como una disciplina emergente a nivel mundial que
impacta en gran medida la producción de bienes y servicios de cualquier región, convirtiéndose
en un eje de transformación social que promueve la innovación y los procesos de
apropiación y desarrollo de tecnologías disruptivas.
3. La Estadística Descriptiva como una potente
herramienta para recolectar, analizar, ordenar y representar datos con el fin de describirlos
adecuadamente. En este curso se hará una introducción a la Estadística Descriptiva y se aplicará la herramienta R como soporte
informático. Se comenzará explicando desde las bases de la Estadística Descriptiva, algunos
conceptos muy básicos hasta algunos más complejos pero que le ayudarán en la descripción de datos estadísticos.
AULA VIRTUAL INMERSIVA
Con el interés de facilitar procesos de apropiación y transferencia de la sala de visualización a la comunidad general se desplegó la estrategia de Aula
Virtual como espacio de aprendizaje y como herramienta de investigación y desarrollo, por medio
de herramientas TIC interactivas, novedosas, incluyentes y didácticas.
Para alcanzar la transferencia de conocimiento y tecnología sobre visualización de datos científicos se
suscribió un convenio con la Universidad Nacional de Colombia, por medio del cual ambas instituciones se articularon para impulsar actividades de difusión y
transferencia tecnológica que impacten en la competitividad de la región por medio del clúster, que
permitió crear 3 aplicativos: Aplicativo 1: Ondas cerebrales. Permite visualizar las
ondas cerebrales. El sistema realiza la adquisición de señales de EEG y en tiempo real procesa las señales
para visualizar:
Señales de EEG en el tiempo.
Diagrama de Barras con la energía de cada ritmo cerebral.
Diagrama de radar con la energía de cada ritmo que permite registrar los cambios en el
tiempo Imágenes representando los patrones
encontrados.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
45
El usuario tendrá unos estímulos para completar tareas de relajación y concentración, de esta manera el usuario experimentará los cambios cerebrales
relacionados a estas actividades y podrá ver su actividad cerebral.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
46
Aplicativo 2: Célula. Permite la inmersión en
entornos virtuales para la visualización e interacción con la estructura interna de las células que permitan
la percepción de la forma en que interactúan cada una de las partes de la misma. La aplicación brinda una percepción e inmersión de lo que sucede en el
interior de las células enfatizando en su estructura y profundizando hasta la estructura del ADN:
Procesamiento de datos adquiridos por los periféricos.
Desarrollo de módulos para la interacción con el entorno virtual.
Creación de ambientes virtuales y visuales. Impresión y exposición de los datos en los
ambientes creados.
Al término de la experiencia el usuario habrá
adquirido conocimientos acerca de la estructura interna y funcionamiento de cada una de las partes
de la célula, buscando un primer acercamiento y motivación referente a los temas tratados.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
47
Aplicativo 3: Visualización a gran escala.
Presenta de una manera interactiva diferentes conceptos relacionados con la visualización de
gráficos a gran escala, con la intención de promover el uso de las nuevas tecnologías. La aplicación permite visualizar la red de amigos con los cuales el
usuario comparte fotos en Facebook. Brindando una nueva percepción de la manera en que
interactuamos:
Acceso a la API de Facebook y obtener
permisos del usuario. Extracción de información relevante para la
creación de la red. Procesamiento de los datos adquiridos
mediante aprendizaje de máquina.
Visualización de la red creada.
El usuario al finalizar su interacción adquiere
conocimientos sobre visualización de datos de altas dimensiones y grandes escalas, además de conceptos
básicos sobre el uso de machine learning de una manera interactiva, la cual le brinda la posibilidad de diferentes análisis de su perfil en la red social
Facebook.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
48
BIOS ONDAS
Con el interés de fomentar la ciencia y acompañando
las iniciativas de los jóvenes investigadores de Caldas en el marco del convenio FUNDECA-BIOS, se realizaron actividades de asesoramiento,
capacitación a 6 grupos de jóvenes investigadores llamados: Great Scientifics, Savida, Tu bienestar y
salud nuestra razón de ser, Frutaleza, Mundo Guayaberitos y Protectores del Medio Ambiente, quienes tuvieron la oportunidad de desarrollar sus
preguntas de investigación con la asesoría de investigadoras de BIOS y finalmente durante una
jornada de socialización presentar sus proyectos, donde fueron exaltados por su trabajo y dedicación través.
Como resultado del acompañamiento los jóvenes
investigadores lograron generar: Gomas de guayaba, biodigestores, champú de sábila, repelente a base de citronela y clavos de olor, protector solar de menta y
albahaca y enjuague bucal 100% natural, productos expuestos por estos pequeños quienes recibieron
acompañamiento del programa ONDAS de Colciencias y BIOS para despertar un espíritu investigativo que les permita continuar con un
camino donde puedan aportar soluciones a su entorno desde la ciencia, y finalmente se conviertan
en los próximos científicos colombianos.
El cierre de la estrategia se llevó a cabo en BIOS con
la asistencia de los profesores de cada institución educativa, representantes de la Gobernación de
Caldas y Colciencias, colaboradores de ONDAS, colaboradores de BIOS y las investigadoras del
Centro que fueron tutoras de los proyectos. Carlos
Daniel Acuña, integrante del equipo técnico nacional del programa ONDAS de Colciencias, quien acompañó
la jornada expresó: “Nos vamos satisfechos del trabajo que viene desarrollando Fundeca y la alianza con el Centro de Bioinformática y Biología
Computacional porque este acercamiento que logran los niños de ONDAS con investigadores de alto nivel,
permite que ellos apropien la biodiversidad y hagan un uso responsable de la misma, y así logren un aprovechamiento que les permita un desarrollo”.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
49
FORMACIÓN: VIRTUALIZACIÓN DE DIPLOMADOS
Como estrategia para la transferencia de
conocimiento el Ministerio de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (MinTIC) y BIOS
aunaron esfuerzos en el fortalecimiento de la educación por medio de herramientas tecnológicas que permitan impactar al estado, la industria y la
academia como una iniciativa de desarrollo y
progreso social, por tal motivo y para continuar con acciones que conduzcan a fomentar la formación de
alto nivel en Tecnologías de la Información y Comunicaciones y Biotecnología se compilaron los contenidos de dos programas académicos
(Bionegocios y Análisis de datos biológicos) y se dio inicio a su virtualización con el fin de aplicar las
lecciones aprendidas durante el ejercicio de formación en 12 ciudades del país, y generar contenidos virtuales especializados de fácil acceso,
enfocados en fomentar la educación científica y tecnológica, y así producir nuevas generaciones de
científicos e ingenieros. Diplomado Virtual en Bionegocios: En Colombia
existe actualmente una estrategia de crecimiento verde a partir del biocomercio y los bionegocios;
dicha estrategia se encuentra plasmada en dos documentos principales denominados “Programa
Nacional de Biocomercio Sostenible 2014 - 2024” y el “Plan Nacional de Negocios Verdes”. En estos documentos se reconoce que la conservación de la
biodiversidad y la sostenibilidad ambiental son factores de competitividad que pueden ser
aprovechados por los bionegocios, y se ven favorecidos por las tendencias de consumo, tanto de bienes como de servicios, que cumplan con criterios
de sostenibilidad ambiental y social.
Diplomado Virtual en Análisis de datos biológicos: La bioinformática es la aplicación de técnicas y recursos computacionales a la gestión y
análisis de datos biológicos. Los importantes avances registrados en los últimos años en la tecnología
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
50
computacional permiten el acceso a sofisticadas
herramientas informáticas para organizar, analizar y distribuir la enorme cantidad de información biológica
y bioquímica generada por las nuevas tecnologías de alto rendimiento, para el diseño de drogas y vacunas, cosméticos, nutracéuticos, salud humana y animal,
conservación agrícola y forestal. Los datos genéticos son muy valiosos para investigadores y empresas
interesadas en conocer la influencia de los genes en la salud, por ejemplo. En la actualidad se utiliza la bioinformática para identificar genes, establecer sus
funciones y desarrollar estrategias génicas de prevención, diagnóstico y tratamiento. También es
importante a la hora de aprovechar la información genómica con el fin de comprender las enfermedades humanas y dar con blancos moleculares nuevos de
utilidad para el descubrimiento de fármacos.
ESTRATEGIAS DE TRANSFERENCIA DE
CONOCIMIENTO Y TECNOLOGÍA
Como parte de su actividad misional, el Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia-BIOS, tiene entre sus objetivos promover
la formación y educación científica y tecnológica, para producir nuevas generaciones de científicos e
ingenieros que impulsen al país hacia la bioeconomía basada en el conocimiento.
Desde el Área de Bionegocios, se busca fortalecer las capacidades científicas y de emprendimiento del país
mediante la impartición de formación a docentes, investigadores, empresarios, emprendedores y
tomadores de decisión sobre la importancia de los
desarrollos biológicos y el uso de herramientas TIC para el desarrollo nuevos productos o servicios.
Por medio de las capacidades de computación de alto desempeño y el muro de visualización de datos más
potente de América Latina, BIOS ofrece capacitación en Big Data, biotecnología, visualización de datos,
análisis de datos bioinformáticos y visión por computador, orientados a fortalecer las capacidades científicas, tecnológicas y empresariales del país.
CURSOS ORIENTADOS
A lo largo del 2017, el área de formación desplegó acciones enfocadas en la transferencia de conocimiento:
Proyecto: “Caldas Bioregión” Proyecto de regalías en CTeI
Por medio de este se desarrollaron acciones para fortalecer la formación, infraestructura tecnológica,
el trabajo colaborativo y la investigación e innovación en el ecosistema empresarial del país a través de la
biotecnología para generar valor agregado que permita participar con altos estándares de competitividad y calidad en los mercados
globalizados. En el marco de este proyecto fueron impartidos durante el 2017, un total de 4 cursos de
corta duración, con la participación de docentes nacionales e internacionales. Así mismo, estas jornadas sirvieron para acercar a los 85
asistentes entre los que encontramos investigadores y empresarios del país a las
capacidades científicas y de infraestructura del
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
51
Centro. A continuación se presenta la información de
los cursos dictados en el marco del proyecto:
Actividad 1. Curso precongreso CCBCOL IV 2017: “Linux para principiantes en bioinformática”, Cali.
Docentes: Andrea Gonzales. MSC. Andrea Garavito Ph.D. Investigadoras Área Bioinformática.BIOS
Objetivo general: Dictar un curso orientado a adquirir las bases requeridas para el manejo de línea
de comandos, necesario para el uso de programas bioinformáticos para el análisis de datos derivados de
las nuevas tecnologías de secuenciación. Contenidos:
1. Introducción a Linux y Shell Comandos básicos
en Shell 2. Manipulación de archivos, filtrar y ordenar
datos 3. Administración de tareas, scripting 4. Usos de paquetes bioinformáticos en línea de
comando, recursos en la web
Fecha de inicio: 11/09/2017 Fecha Fin: 12/09/2017 Número de asistentes: 17 Actividad 2. Curso Genoma al Pangenoma. Docente: Bruno Contreras Moreir Ph.D. Zaragoza, Eapaña. Fundación Agencia Aragonesa I+D Este taller intensivo se dirigió a investigadores y docentes que deseen aprender herramientas bioinformáticas para el análisis de pangenomas. Tras
una breve introducción teórica, los alumnos
aprendieron a analizar y anotar genomas y
transcriptomas desde la perspectiva del pangenoma, donde cada individuo o especie aporta material
genético al acervo.
Objetivos específicos: 1. Familiarización con los conceptos básicos
para analizar pangenomas 2. Aprender a instalar y actualizar software
desde github, como GET_HOMOLOGUES 3. Aprender a analizar pangenomas
bacterianos 4. Aprender a analizar pangenomas y
transcriptomas de plantas
Fecha de Inicio: 14/03/2017 Fecha de finalización:15/03/2017 Número de asistentes: 27
Actividad 3. Genómica de la adaptación: comprendiendo la base genética de los cambios
evolutivos. Docente: Lorena Torres Martínez, Ph.D. Estado Unidos. Tuluein University Se formuló el curso Junto con la PhD. Lorena Torres; con el objeto de capacitar a los investigadores en el
uso de técnicas de secuenciación tercera generación y experimentales actualmente usadas para el estudio de los procesos evolutivos que conllevan a la
adaptación local de poblaciones naturales.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
52
Objetivos específicos 1. Familiarizar con los conceptos básicos en
genética de la adaptación. 2. Entender los fundamentos en las técnicas de
genotipado por medio de secuenciación (GBS). 3. Explicar el diseño experimental requerido para
estudios de genómica poblacional y de asociación genómica para el descubrimiento de
QTLs. 4. Aprender las herramientas bioinformáticas
requeridas para la manipulación y análisis de
las secuencias obtenidas mediante GBS
Fecha de inicio: 28/09/2017 Fecha de finalización: 29/09/2017 Número de asistentes: 27 Actividad 4. Computación Gráfica y
Visualización Científica Docente: Ernesto Cuartas Morales MSc. Ingeniero
Electrónico, MSc en Ingeniería – Automatización. Candidato a Doctor en Ingeniería – Automática, Universidad Nacional sede Manizales. Experto en
áreas de visión por computador, visión 3D, geometría proyectiva, modelado de sistemas biológicos,
neuroinformática y neuroimagen. Objetivo: Objetivo: Introducir al asistente al mundo de la computación gráfica, geometría computacional
y realidad virtual, empleando ejemplos aplicados,plataformas de programación y software
especializado de visualización. Tema 1. Visión 3D y visión aumentada. Tema 2. Computación gráfica Tema 3. Computación gráfica avanzada y diferencias finitas.
Fecha de inicio: 06/09/2017 Fecha de finalización: 08/09/2017 Número de asistentes: 14
Proyecto: Bioprospección de metabolitos para la industria cosmética en la era de la biología computacional.
En el marco de este proyecto financiado por Colciencias se dictaron 2 cursos de formación.
Actividad 1. Biología Molecular y Biología de Sistemas para la Industria Docentes: Kelly Botero, Catalina Álvarez.
Investigadoras Área Bioinformática BIOS Objetivo: Entrenar y capacitar a todos los aliados de
BIOS en inteligencia competitiva para orientarlos en la recolección sistemática y análisis de publicaciones científicas, patentes y publicaciones financieras y de
mercados, con el fin de que tengan las herramientas conceptuales para identificar organizaciones y
sectores fuertes en investigación y desarrollo, el estado actual y las tendencias futuras en bioprospección de la industria cosmética. Fecha de inicio: 12/07/2017 Fecha final: 14/07/2017 Actividad 2. Curso: Prospectiva e Inteligencia Organizacional Docente: Felipe Ortiz. Instituto de Prospectiva,
Innovación y Gestión. Universidad del Valle Este curso hace parte de los resultados del proyecto:
Bioprospección de metabolitos para la industria cosmética en la era de la biología computacional.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
53
Objetivos: Reconocer y familiarizarse con los
fundamentos de la biología molecular, la genómica y las redes metabólicas para entender las actividades
que se desarrollaran en el proyecto y el alcance de las mismas.
1. Contexto de la temática (microcultura) 2. Palabras clave de búsqueda 3. Acuerdos metodológicos 4. Artículos científicos (Bases de datos
especializadas: Scopus, Science, 5. Patentes (Bases de datos de patentes – wipo,
patenscope. Eurepean Patent) 6. Caracterización de las opciones de
competidores 7. Identificación de opciones de proveedores de
tecnologías clave 8. Conclusiones y recomendaciones
Fecha de inicio: 08/05/2017 Fecha final: 10/05/2017 Asistentes: 25
Programas y cursos en estructuración
1. Programa Especialización en Bioingeniería: Los módulos están diseñados alrededor de tres dominios diferentes y uno integrador, a saber:
• Bioingeniería. • Necesidades clínicas y estrategias sanitarias. • Negocios, emprendimiento y tecnología. • Proyectos transversales integrativos como eje
central del currículo.
Objetivos de Aprendizaje: • Identificación y formulación de problemáticas
Biomédicas
• Procesamiento de Bioseñales e imágenes médicas, visualización científica.
• Implementación computacional de las
técnicas de inteligencia artificial, • Desarrollo de bases de datos y el desarrollo de
aplicativos web. • Estrategias Pedagógicas • Articulación de contenidos disciplinares de
distintos dominios. • Abordaje de problemáticas sanitarias a
través perspectivas distintas. 2. Estructuración Introducción al Aprendizaje
de Maquina (Machine Learning) Objetivo: Este curso pretende dar una introducción
general al aprendizaje de máquina, procesamientos de datos y reconocimiento de patrones y dar a
conocer algunas herramientas computacionales más usadas por este campo de investigación.
Introducción a reconocimiento de patrones
Introducción a visualización de los datos Aprender a integral las etapas principales de
un sistema de aprendizaje de máquina Conocer herramientas computacionales
comunmente utilizadas en aprendizaje de
máquina. Área de conocimiento: Ciencias de la computación,
Analítica de datos y Probabilidad y estadística.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
54
Programa de formación interna en Marketing
Estratégico. Dando seguimiento a lo planteado en el Plan
Estratégico y en concordancia con el objetivo de mejorar la capacidad de gestión de proyectos para lograr el reconocimiento, prestigio científico y
tecnológico nacional e internacional, se identificó la necesidad de capacitar algunas áreas en Marketing
Estratégico. En consecuencia, se brindó formación en metodologías para la gestión de proyectos comerciales dirigida a las áreas de bionegocios,
transferencia tecnológica y de formación, con el fin de fortalecer las habilidades de investigación para
reconocer y entender las tendencias en el mercado, valorar su potencial e identificar las necesidades de los clientes potenciales del centro. Con esto se
pretende orientar una estrategia de marketing del Centro donde se aprovechen este tipo de
oportunidades.
VISITAS PEDAGÓGICAS A LAS INSTALACIONES
DE BIOS
Objetivo general El objetivo de las visitas pedagógicas es fortalecer el
Centro de Bioinformática y Biología Computacional a nivel de la región, con especial énfasis en el sector
empresarial y la comunidad científico-académica a través de la programación de recorridos guiados que permitan conocer acerca de la misión del centro, sus
aportes, beneficios y potencialidades en innovación y desarrollo para las áreas de computación,
agroindustria, medio ambiente y biomedicina.
Objetivos específicos Fomentar en el estudiante y en la comunidad
académica el interés científico y tecnológico, a
fin de fortalecer las tendencias educativas en esta área de conocimiento.
Incentivar la proyección de un futuro
académico - laboral en los estudiantes que nos visitan.
Ofrecer a la comunidad en general a través de las visitas pedagógicas una experiencia vivencial de los desarrollos y proyectos en
torno a la biotecnología, la bioinformática y la computación de altas prestaciones como
ciencia aplicada.
Desarrollar con los diferentes grupos de
visitantes, sinergias y espacios de reflexión en torno a la ciencia y a sus aplicaciones.
Total de asistentes: 391 Número de visitas: 15 Universidades: 8 Instituciones técnicas: 1 Colegios: 2 Empresas: 1 Instituciones gubernamentales: 0
POSICIONAMIENTO Y VISIBILIDAD NACIONAL
El Plan estratégico de Posicionamiento y Visibilidad, busca alcanzar la presencia de la marca BIOS a través de la transferencia de conocimiento, tecnología y
productos a la industria, la academia y el gobierno alrededor de la bioprospección, bioingeniería y
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
55
bionegocios. Es así que se han implementado
acciones enfocadas en publicar de manera permanente las gestiones, investigaciones y logros
obtenidos por el equipo de trabajo con el interés de fomentar alianzas esratégicas, aunar esfuerzos entre grupos de investigación, promover la inversión en
I+D+i en el sector industrial del país y generar espacios de construcción conjunta.
La implementación de la estrategia permitió visibilizar el Centro en 18 medios de comunicación diferentes,
entre los cuales se encontraban radio, prensa, televisión y revistas a través de 20 artículos que
exponían como desde la investigación aplicada.
De esta manera se logró un importante incremento en el número de seguidores, visitas, registros en las redes sociales y un posicionamiento de la web, con
un incremento del 167% en seguidores, 4133% en crecimiento orgánico, 4467% en visitas a las redes
sociales y al portal web y 164% en los “Me gusta” de los contenidos compartidos.
Este posicionamiento permitió que diversas empresas se acercarán por iniciativa propia a BIOS, con el
interés de conocer las iniciativas de I+D+i que adelanta el Centro.
POSICIONAMIENTO Y VISIBILIDAD
INTERNACIONAL
Producto de las investigaciones adelantadas por el Centro, fue aprobado el artículo “Colombia, una
diversidad desconocida en la Era del Big Data” en la revista internacional BMC Genomics. En este artículo se evidencia que América Latina alberga algunos de
los países con mayor biodiversidad del mundo, incluida Colombia. A pesar del creciente uso de
tecnologías de vanguardia en genómica y bioinformática en varios campos de las ciencias biológicas en todo el mundo, la región se ha retrasado
en la inclusión de estos enfoques en los estudios de biodiversidad. En este estudio, se utilizaron métodos
de minería de datos para buscar en bases de datos públicas de secuencias genéticas: NCBI Nucleotide y BioProject, Pathosystems Resource Integration
Center -PATRIC y Barcode of Life Data -BOLD- bases de datos de sistemas, con el fin de determinar cuánto
de la colombiana la biodiversidad está contenida en los datos genéticos almacenados en estas bases de
datos públicas y qué parte de esta información ha sido generada por las instituciones nacionales. Además, se comparó la información de Colombia con
otros países megadiversos en América Latina como Brasil, Argentina, Costa Rica, México y Perú.
Esta búsqueda dio como resultado que el 66.84% de los registros totales publicados a nivel nacional
representan menos del 5% del número total de especies reportadas en Colombia. El 70.46% de los
registros están representados por microorganismos que han sido reportados por instituciones nacionales. En comparación con otros países de América Latina,
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
56
Colombia tiene una mejor representación de la
biodiversidad en bases de datos públicas que países como Costa Rica y Perú; sin embargo, México y
Argentina reportan más especies en las bases de datos, curiosamente, Brasil y Colombia quedan relegadas a pesar de ocupar el primer y segundo
lugar en biodiversidad a nivel mundial.
CONTRATOS Y CONVENIOS FIRMADOS
Durante el 2017, se adelantaron importantes
gestiones desde el área de Bionegocios y Mercadeo
para facilitar alianzas estratégicas con las áreas de
Bioinformática y Bioingeniería, lo que permitió que el
Centro cumpliera y sobrepasara la meta por contratos
y convenios firmados, los cuales se realizaron con la
Fundación Internacional y para Iberoamérica de
Administración y Políticas Públicas (FIIAPP), la
Federación Nacional de Cafeteros, CIRAD - Francia y
la Secretaría Distrital de Salud de Bogotá.
CONVOCATORIAS
Aplicación a convocatorias Durante el 2017, el área participó en la formulación
y ejecución de 16 propuestas enviadas para su aplicación a 13 convocatorias Nacionales e
Internacionales, en las propuestas presentadas participaron 14 aliados,
A continuación se detallan las actividades realizadas en convocatorias durante el 2017, de acuerdo a los
siguientes criterios:
Ejecutadas: 1 En ejecución: 1 Ganadas: 3 Rechazadas: 11 Ejecutadas
Actividad 1. Convocatoria Expedición seaflower
2016-Comisión Colombiana del Océano Nombre de la propuesta: Exploración y determinación de potencial para aprovechamiento de
la biodiversidad microbiana de los ecosistemas Marinos en la Reserva de la
Biosfera Seaflower usando metagenómica. Resultados: Los datos de las muestras colectadas
fueron sometidos a revisión por parte del Sistema de Información Biológica de Colombia (SIB) y tras la retroalimentación del Centro fueron publicados y se
encuentran disponibles en la página http://www.sibcolombia.net/socios/centro-de-
bioinformatica-y-biologia-computacionalde-colombia-bios/. Todas las muestras se
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
57
registraron cómo observaciones humanas debido a
que el estudio se centra en los microorganismos asociados a hospederos y no se
estudiarán los macroorganimos en sí.
En ejecución
Actividad 2. Convocatoria 710 para proyectos de investigación en Geociencias-2015 Nombre de la propuesta: Reconstrucción histórica de
paleoelevación a partir del Mioceno Superior en los Andes Colombianos por datos
Biológicos y de análisis de hidratación del vidrio volcánico. Aliados: Universidad CES, Universidad Nacional de
Colombia y BIOS Avance: Luego de la colección de las muestras
biológicas en campo, se llevó a cabo el procesamiento de las mismas en el laboratorio
biología molecular de la Universidad CES y la Facultad de Minas Universidad Nacional; posteriormente fueron enviadas por parte de la Universidad CES para
su secuenciación por HybSeq. Al momento BIOS se encuentra a la espera de las librerías generadas
para su análisis Bioinformático. Convocatorias ganadas
Actividad 3. Global Challenge Research Fund-
Research Councils UK Nombre de la propuesta: CABANA: Capacity building
for bioinformatics in Latin America
Aliados: European Bioinformatics Institute (EMBL-
EBI) Objetivo: fortalecimiento de capacidades y
capacidades, creación de alianzas e investigación a través de actividades formación. Monto solicitado para BIOS: 300.000 £
Actividad 4. Convocatoria 777 Proyectos de
ciencia, tecnología e innovación en salud 2017 - COLCIENCIAS Nombre de la propuesta: Vibrio spp. en reservorios
de agua en Colombia, como agentes potenciales de cólera y vibriosis.
Objetivo general: Establecer los reservorios ambientales de V. cholerae, V. alginolitycus, V. parahemoliticus, V. fluvialis y V. vulnificus,
recuperados de cuerpos de agua naturales en la zona costera de Colombia y su relación con los
aislamientos clínicos y ambientales recuperados en la vigilancia intensificada de cólera, para la
identificación de potenciales focos de cólera y vibriosis en el país. Aliados: Instituto Nacional de Salud, INVEMAR,
Universidad ECCI y BIOS Resultado esperado: Con los resultados obtenidos en
este proyecto esperamos fortalecer el programa de vigilancia intensificada para Vibrio spp. incluyendo los reservorios de aguas naturales y los programas de
mejora y aprovechamiento de los cuerpos de aguas de uso recreativo, así como los destinados para
actividades de maricultura y acuicultura. Sugerir estrategias de contención para evitar la rápida diseminación de esta enfermedad a partir de estos
focos probables de infección. Fortalecer el diagnóstico de Vibrio en muestras clínicas y de aguas mediante
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
58
técnicas moleculares, tanto para el INS como para el
INVEMAR. Fortalecer las capacidades de análisis masivo de datos (secuenciación de genomas)
implementadas por BIOS, que a futuro se podrán aplicar en el diagnóstico de las enfermedades causadas por estos patógenos.
Monto solicitado para BIOS: $100.024.322
Actividad 5. Convocatoria interna para financiar proyectos de investigación científica- Fundación Universitaria Autónoma de las
Américas Nombre de la propuesta: Caracterización del
microbioma de la leche materna y del intestino de madres y lactantes del eje cafetero de Colombia Objetivo: Determinar la diversidad del microbioma en
la leche materna de madres lactantes colombianas del eje cafetero, con el fin de generar conocimiento
de los componentes microbianos que contribuyan al valor nutricional de la leche materna. Determinar la
diversidad del microbioma intestinal de madres lactantes e infantes lactantes y no lactantes, alimentados con fórmula.
Aliados: Universidad Libre, Clinica comfamiliar de Risaralda, BIOS
Resultado esperado: Consolidación de un repositorio de genes que represente la composición y capacidad funcional de las comunidades microbianas
presentes en la leche materna y el intestino de las madres, lactantes y no lactantes.
Monto solicitado para BIOS: $6.500.000
Rechazadas
Actividad 6. 2017 Plant and Animal SMRT Grant
Project Submission Nombre de la Propuesta: Shedding light into the genetic and development basis of vision,
Trichomycterus sp. Nov Resumen: Trichomycterus catfish es parte de un
grupo extremófilo que comprende el 6.3% de todas las especies de vertebrados, está más cerca de un ancestro común de peces que la mayoría de los
peces óseos, y representa un grupo importante para la producción acuícola. Las especies de este género
se encuentran en América Central y del Sur, desde Costa Rica hasta la Patagonia, muchas de las cuales están restringidas a pequeñas cuencas. La mayoría
de las especies tienen distribuciones muy limitadas, generalmente restringidas a una cueva o sistema
de cuevas cercanas. Recientemente se descubrió una nueva especie de pez trogófilo en una cueva, antes
inaccesible debido a la guerra civil colombiana de medio siglo. El desarrollo del ojo se ajusta de acuerdo con su hábitat: las personas que viven en
cuevas interiores están completamente ciegas y las más cercanas a las corrientes sobre la superficie
muestran un rango de etapas de desarrollo del ojo. Como muchas especies en este grupo, es probable que este nuevo pez gato sea endémico para el sitio
de recolección, que consiste en un puñado de individuos y está seriamente amenazado si no está
protegido. SMRT La secuenciación del genoma de esta especie es valiosa para estudios biológicos comparativos para desentrañar la base genética y de
desarrollo de la visión en vertebrados, proporcionar recursos genéticos para explorar más a fondo la
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
59
evolución de dicho grupo vertebrado ecológicamente
diverso y desentrañar la biología molecular de otras adaptaciones especiales de la especie como su
sistema neurosensorial, mejorado en este grupo de peces, metabolismo lento y pérdida de pigmento de la piel.
Actividad 7. 2017 Plant and Animal SMRT Grant
Project Submission Nombre de la Propuesta: Natural water-towers Se propone la secuenciación del genoma grande de
E. killipii para la comprensión de la biología de la resiliencia a las condiciones de alta montaña, y como
base para seguir investigando la evolución, la variabilidad morfológica, la estructura genética de la población, la fitoquímica, la fisiología y la ecología de
los frailejones, ayudando a proteger este grupo de plantas ecosistema amenazado por el cambio
climático. Para esto es necesario recorrer una gran variedad de paisajes y zonas de vida para llegar al
monasterio situado en las nubes, donde también habitan el gran oso andino y el majestuoso cóndor andino.
Actividad 8. Community Science Program 2018
– Joint Genome Institute Grant Call Nombre de la propuesta: El microbioma de un ecosistema andino altamente variable: cambios
en el ciclo de nutrientes y resiliencia de las plantas en respuesta al cambio climático y el cambio en el uso
de la tierra. Objetivo general: Evaluar el rol de la microbiota del suelo y de plantas en el ciclaje de gases de efecto
invernadero en el páramo, a través de estudios funcionales por metatranscriptómica. Investigador
Principal (PI): Sunshine Van Bael PhD (Tulane
University) Resultado esperado: 1) Perfil taxonómico del
microbioma del suelo y las plantas relacionados con la liberación de gases de efecto invernadero. 2) Comparación de la microbiota de las plantas y el
suelo, usando expresión de genes.
Actividad 9. ICGEB Research Grants 2017 – Collaborative Research Program (CRP) Nombre de la propuesta: El microbioma de un
ecosistema andino altamente variable: cambio en el ciclaje de nutrientes y resiliencia de las plantas
en respuesta al cambio climático y uso del suelo Objetivo general: Estudiar el perfil del microbioma de suelos y plantas en dos páramos colombianos usando
metataxonomia y metatranscriptomica. Resultado esperado: 1) Perfil taxonómico del
microbioma del suelo y las plantas relacionados con la liberación de gases de efecto invernadero. 2)
Comparación de la microbiota de las plantas y el suelo, usando expresión de genes.
Actividad 10. Sistema General de Regalías (SGR)- Gobernación de Quindío
Nombre de la propuesta: Fortalecimiento de tecnologías innovadoras para incrementar la productividad de plátano y banano en el
departamento del Quindío Objetivo general: Contribuir a la competitividad del
sector productivo de plátano y banano en el Quindío mediante la validación y escalamiento de innovaciones tecnológicas para el manejo y
prevención de enfermedades. Objetivos específicos:
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
60
• Diagnosticar las enfermedades limitantes en
plátano y banano y su impacto en el Quindío.
• Determinar propiedades bióticas de suelos supresivos asociados a la incidencia de enfermedades.
• Escalar tecnología de cámaras térmicas para la propagación masiva
y limpia de plátano y/o banano. Validar y escalar tecnologías innovadoras para el manejo integrado de enfermedades en
plátano y banano. • Fortalecer capacidades de agricultores,
técnicos, profesionales y entidades del sector agrícola, en las tecnologías innovadoras de manejo
integrado de enfermedades.
Actividad 11. Sistema General de Regalías (SGR)- Gobernación del Tolima
Nombre de la propuesta: Implementación de componentes de ciencia, tecnología e innovación para el mejoramiento y optimización de la producción
de aguacate Hass “Persea americana” con base a estándares de calidad nacionales e internacionales
Objetivo general: Incrementar la producción de aguacate hass con estándares de alta calidad en el norte del Tolima utilizando investigación aplicada
(Bioinformática) e innovación (Visión por computador y drones) con el fin de suplir la demanda actual por
parte de países consumidores. Objetivos específicos:
• Incrementar las zonas productoras.
• Generar soporte técnico-científico para el
desarrollo de productos de alto valor agregado (Bioprospección)
• Implementar tecnologías de punta apoyando la innovación por medio del uso de drones equipados con equipos de visión por
computador para el monitoreo y control de plagas o enfermedades
• delantar procesos de capacitación y transferencia tecnológica.
Actividad 12. Open Science, Agropolis Fondation
Nombre de la propuesta: El genoma de Coffea Humblotiana, es una especie silvestre libre de cafeína de las islas Comoro. El enfoque propuesto es estudiar
la evolución del genoma y la composición de genes en el género Coffea y en un futuro próximo para
comprender la evolución de la biosíntesis de cafeína, mediante la secuenciación del genoma
completo de C. Humblotiana, una especie libre de cafeína de las islas Comoro. El pequeño genoma de C. Humblotiana(486 Mb) se secuenciará a un nivel
de alta calidad y se anotará para los genes de codificación de proteínas y los elementos
transponibles. Los modelos de genes que codifican proteínas con funcionesimplicadas en la biosíntesis del compuesto secundario y el aroma del café se
compararán con C. canephora, y se estudiará la expansión o reducción de la familia de genes. Se
comparará un conjunto de locus para rasgos importantes que determinan la calidad de taza con los genomas de C. canephora en el nivel de
micro colinealidad (y los genomas de C. arabica y C. eugenioides) y se analizará. Dichos datos
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
61
representarán una contribución importante a la
evolución del genoma de los genomas de Coffea y contribuirán al futuro de la investigación de la calidad
del café y al desarrollo de estrategias para mejorar el cultivo del café. Actividad
13. Convocatoria 777 Proyectos de ciencia,
tecnología e innovación en salud 2017 - COLCIENCIAS Nombre de la propuesta: Detección y manejo integral
de niños y niñas con enfermedades raras en el Eje Cafetero y norte del Valle
Objetivo general: Detectar oportunamente a niños y niñas con enfermedades huérfanas/raras del Eje Cafetero y norte del Valle atendidos en la ciudad de
Pereira, con el fin de dar un manejo integral bajo enfoque del grado de funcionalidad y discapacidad.
Aliados: Caja de compensacion familiar de Risaralda, Instituto universitario Comfamiliar Risaralda,
Fundación Universitaria del Área Andina, BIOS Resultado esperado: Fortalecimiento de la comunidad científica mediante simposios enfocados en
enfermedades raras, ponencias en el congreso nacional y mundial de genética, reportes de casos.
Fortalecer la red de conocimiento en la detección, abordaje inicial y manejo integral del paciente con enfermedades raras, desde una
perspectiva multidisciplinaria. Aumentar la capacidad técnico-científicas para el diagnóstico y manejo
integral de paciente con enfermedades raras. Fortalecer el proceso de notificación como eventos de interés en salud pública a través de los aplicativos y
reportes dispuestos para tal fin por el ministerio de salud y protección social.
Actividad 14. 777 Convocatoria para proyectos de ciencia, tecnología e innovación en SALUD
2017 - COLCIENCIAS Nombre de la propuesta: Sistema de monitoreo y análisis de la actividad motora en pacientes con
enfermedad de Parkinson por medio de dispositivos vestibles para uso interconsulta
Aliados: UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA, INSTITUTO DE EPILEPSIA Y PARKINSON DEL EJE CAFETERO S.A
Objetivo: Desarrollar un sistema integrado de monitoreo y
análisis de la actividad motora de pacientes con enfermedad de Parkinson por medio de dispositivos vestibles para el seguimiento y evolución de los
síntomas asociados a la patología. El sistema permitirá a los especialistas clínicos prescribir un
tratamiento acorde al nivel de actividad física del paciente.
Actividad 15. Proyecto se presentado al Sistema General de Regalías Fondo de Ciencia, e
Innovación Nombre de la propuesta: Investigación sobre los
determinantes sociales de la salud para la gestión inter–transectorial que permita la toma de decisiones informadas en atención primaria social (aps) en el
departamento de caldas Aliados: Dirección Territorial de Salud de Caldas,
Universidad Nacional de Colombia Sede Manizales, Universidad de Manizales, Universidad Autónoma de Manizales, Universidad de Caldas, Fundación
Universitaria Luis Amigó, Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia BIOS.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
62
Objetivo: Desarrollar un modelo para la gestión inter
– transectorial de los determinantes sociales de la salud para la toma de decisiones informadas en
Atención Primaria Social (APS) en el departamento de Caldas.
Finalmente vale la pena resaltar que Como parte del fortalecimiento del Grupo de Investigación ante
Colciencias, se ha reportado la Actualización del CvLAC por parte de los investigadores y vinculación de los productos reportados por cada Investigador al
GrupLAC BIOS para aplicar a la siguiente convocatoria:
Actividad 16. Convocatoria nacional para el reconocimiento y medición de Grupos de
Investigación, Desarrollo Tecnológico o de Innovación y para el reconocimiento
de Investigadores del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación –
SNCTeI 2017. Estado: Reconocido
INTERRELACIONES
Durante el año 2017 BIOS adelantó gestiones que promovieran las alianzas estratégicas con
instituciones del sector académico, gubernamental y empresarial del ámbito nacional e internacional, con
el fin de implementar proyectos de Ciencia, Tecnología e Innovación (CTeI) e Investigación y Desarrollo (I+D), a continuación se enlistas las
instituciones contactadas:
UNIVERSIDADES
1. FUNDACION UNIVERSITARIA DEL AREANDINA
2. FUNDACIÓN UNIVERSITARIA LUIS AMIGÓ
3. FUNDECA- FUNDACIÓN PARA EL
DESARROLLO EDUCATIVO DE CALDAS
4. UNIVERSIDAD ANTONIO NARIÑO
5. TULANE UNIVERSITY
6. UNIVERSIDAD DE CALDAS
7. INSTITUTO UNIVERSITARIO COMFAMILIAR
RISARALDA
8. UNIVERSIDAD ECCI
9. UNIVERSIDAD CATÓLICA DE MANIZALES
10.UNIVERSIDAD CES
11.UNIVERSIDAD NACIONAL SEDE MEDELLÍN
12.UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE MANIZALES
13.UNIVERSIDAD DE LA AMAZONIA
14.UNIVERSIDAD DE LOS ANDES
15.UNIVERSIDAD DE MANIZALES
16.UNIVERSIDAD DE QUINDÍO
17.UNIVERSIDAD DEL ROSARIO
18.UNIVERSIDAD DEL TOLIMA
19.PONTIFICIA UNIVERSIDAD JAVERIANA
20.UNIVERSIDAD ILLINOIS
21.UNIVERSIDAD LIBRE DE PEREIRA
22.UNIVERSIDAD NACIONAL SEDE MANIZALES
23.UNIVERSIDAD EIA
24.UNIVERSIDAD DE ANTIOQUIA
25.UNIVERSITY OF CALIFORNIA
26.UNIVERSIDAD DE QUILMES
ONG´S 1. ASOCIACIÓN PRIMERAS DAMAS DE
COLOMBIA
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
63
2. PRODEMINAS
3. CORDILE-CORPORACIÓN LIBERTAD Y
DEMOCRACIA
ENTIDADES GUBERNAMENTALES
1. GOBERNACIÓN DEL QUINDÍO
2. GOBERNACIÓN DEL TOLIMA
3. FUNDACIÓN INTERNACIONAL Y PARA
IBEROAMÉRICA DE ADMINISTRACIÓN Y
POLÍTICAS PÚBLICAS (FIIAPP)
4. MINSALUD
5. CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES
CIENTÍFICAS - CSIC
6. SECRETARÍA DISTRITAL DE SALUD DE
BOGOTÁ
CENTROS DE INVESTIGACIÓN Y DESARROLLO
TECNOLÓGICO
7. CORPOGEN
8. ICA- INSTITUTO COLOMBIANO
AGROPECUARIO
9. IAVH-INSTITUTO DE INVESTIGACIÓN DE
RECURSOS BIOLÓGICOS ALEXANDER VON
HUMBOLDT
10. CIAT- CENTRO INTERNACIONAL DE
AGRICULTURA TROPICAL
11. INVEMAR - INSTITUTO DE
INVESTIGACIONES MARINAS Y COSTERAS
12. CIRAD- RECHERCHE AGRONOMIQUE POUR
LE DÉVELOPPEMENT
13. IRD- INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE
DÉVELOPPEMENT
14. INKEMIA IUCT GRUP S.A.S
15. CORPORACIÓN BIOTEC
16. FUNDACIÓN INSTITUTO DE LA
INVESTIGACIÓN DE LA IMAGEN
17. ESTACIÓN EXPERIMENTAL AULA DEI- EEAD
18. JOIN GENOME INSTITUTE
19. INDIEBIO
20. QB3@953’S LABORATORIES
21. ONESKIN
22. CIDE-CENTRO DE INTEGRACIÓN Y
DESARROLLO EMPRESARIAL
INDUSTRIA
1. ASFRUHER- ASOCIACIÓN DE
PRODUCTORES DE AGUACATE HASS,
FRUTAS Y HORTALIZAS
2. FEDEPLÁTANO- FEDERACIÓN DE
PRODUCTORES DE PLÁTANO DE
COLOMBIA
3. GRREN ANDINA
4. CANABIS INDUSTRIAL
5. LABORATORIO FITOMEDICS
6. ESKO
7. LEVAPAN
8. TEAM FOODS
9. FEDERACIÓN NACIONAL DE CAFETEROS
10. LEVAPAN S.A
11. FENALCO- FEDERACIÓN NACIONAL DE
COMERCIANTES
12. HEWLETT-PACKARD
13. HP ENTERPRISE
14. UBIQUOM S.A.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
64
15. ENTERDEV S.A.S
16. PROCESS ONLINE S.A.S
17. GESTIOMÁTICA S.A.S
18. CAJA DE COMPENSACIÓN FAMILIAR DE
RISARALDA
19. MEDNOVATION
20. INSTITUTO DE EPILEPSIA Y PARKINSON
DEL EJE CAFETERO S.A.
NUEVOS PROYECTOS DEL 2017 QUE
CONTINÚAN EN EJECUCIÓN DURANTE EL 2018
Durante el año 2017 se concretaron otras articulaciones institucionales enfocadas en fortalecer
la investigación científica aplicada en el país a través de soluciones basadas en tecnologías de vanguardia:
Convenio MINTIC - BIOS: con el interés de “Aunar
esfuerzos técnicos, administrativos y financieros para el desarrollo de proyectos y actividades de ciencia,
tecnología e innovación con énfasis en los sectores estratégicos de las Direcciones de Gobierno en línea, Políticas y Desarrollo de TI, I+D+i, que permitan el
desarrollo de los objetivos planteados en el plan estratégico del MinTIC.” El convenio contempla tres
objetivos principales: 1) Creación del Centro de Inteligencia Artificial Aplicada de Colombia, 2) Prestar
servicios de analítica de datos a entidades del sector público mediante un equipo técnico especializado y acceso a infraestructura. 3) Creación de un
ecosistema de datos como eje central para la
adopción de tecnología en la solución a problemáticas
ciudadanas en una región específica. Durante el año 2017 se diseñó la estructura organizacional del
Centro de Inteligencia Artificial aplicada, se desarrolló la plataforma de ecosistema de Datos y se desarrollaron procesos de analítica de Datos para
fortalecer el sector TIC del país. Para el año 2018 se ejecutará actividades relacionadas con la
contrapartida de BIOS
Apropiación de las TIC en el marco del Posconflicto: Busca promover la apropiación de las
TICs a través de una aplicación de entrenamiento en el marco del posconflicto, en la que puedan interactuar simultáneamente de 2 a 4 personas en el
desarrollo de una misión para desactivar una mina antipersona, como estrategia de entrenamiento y
capacitación para el desminado. Durante el 2017 fue estructurada y desarrollada la aplicación con el fin de difundir en el 2018 esta herramienta en eventos
relacionados con el posconflicto, uso de las TICS y desarrollo social. Así mismo se realizarán jornadas de
socialización con el Centro de Rehabilitación Inclusiva del Ministerio de Defensa y se adelantarán gestiones para la búsqueda de cofinanciación para las
siguientes fases del desarrollo.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
65
Científico por 1 día: busca promover la formación y
educación científica y tecnológica, que permita producir nuevas generaciones que impulsen al país
hacia una bioeconomía basada en conocimiento, como una apuesta para el fortalecimiento de los
sectores industriales, la académicos y el gubernamentales del país. La metodología se desarrolla en talleres prácticos de 4 horas, en donde
alrededor de 30 estudiantes de colegios públicos tienen un acercamiento con la programación,
ensamble y uso de arduinos a través de kits de trabajo buscando sensibilizar las nuevas generaciones en el alcance e impacto del uso de la
tecnología para la resolución de los problemas de su entorno, usando el modelo STEM (Ciencia,
tecnología, ingeniería y matemáticas). Durante el año 2017 se construyó la metodología y se realizó la primera jornada con 27 niños de colegios públicos.
Para el 2018 se tiene como meta realizar 55 sesiones
que nos permitan llegar a 2.000 niños.
Uso de IoT en la Gestión del Riesgo Ambiental:
Hacia una Ciudad Inteligente y Segura: Es un proyecto que busca la aplicación de soluciones
tecnológicas para gestar ciudades inteligentes y seguras a con el uso de sistemas de internet de las cosas (IoT) en la Gestión del Riesgo Ambiental, a
través del desarrollo de un sistema de telemetría en tiempo real con tecnologías de bajo costo de IOT para
el monitoreo de taludes en zonas de alta
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
66
vulnerabilidad en la ciudad de Manizales, en este caso
en el Morro Sancancio. Esta iniciativa busca evidenciar cómo la apropiación de las TICs promueve
el desarrollo de las ciudades.
Durante el 2017 se diseñaron las estaciones con sus
respectivos sensores, que permitirán generar alertas preventivas para la toma de decisiones y evitar
pérdidas humanas y materiales, así mismo, se definieron las zonas donde deben ir ubicadas atendiendo los estudios sobre el nivel de
vulnerabilidad de los terrenos.
En el 2018 se procederá a la producción de dichas
estaciones a través del ensamble de los sensores y se tramitarán los permisos necesarios para disponer
los dispositivos en las zonas más vulnerables ya identificadas.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
67
ACTIVO CORRIENTE 2017 2016VARIACIÓN
ABSOLUTA
VARIACIÓN
RELATIVAPASIVO CORRIENTE 2017 2016
VARIACIÓN
ABSOLUTA
VARIACIÓN
RELATIVA
EFECTIVO Y EQUIVALENTES A EFECTIVO (Revelación 3)
DEPOSITOS EN INSTITUCIONES FINANCIERAS 0 Proveedores Locales -Cuentas por pagar (Revelación 8) 1.242.006.374 1.034.578.998 -207.427.376 -16,70%
Beneficios a los empleados (Revelación 10) 49.035.879 69.657.362 20.621.483 42,05%
Bancos cuentas corrientes 142.274.195 142.860.101 585.906 0,41% Retención en la fuente - Reteiva (Revelación 9) 4.913.805 10.088.331 5.174.526 105,31%
Cuentas de ahorro 6.606.657.362 7.449.568.660 842.911.298 12,76% Impuesto a las ventas por pagar (Revelación 9) 1.303.218 5.983.109 4.679.891 359,10%
Depositos a corto plazo 1.050.319.275 991.620.077 -58.699.198 -5,59% Impuesto de industria y comercio (Revelación 9) 7.360.000 4.538.000 -2.822.000 -38,34%
Otros Pasivos - Ing Recibidos para Terc (Revelación 11) 3.583.945.170 5.163.271.890 1.579.326.720 44,07%
TOTAL EFECTIVO Y EQUIVALENTES A EFECTIVO7.799.250.832 8.584.048.838 784.798.006 10,06%
TOTAL PASIVO CORRIENTE4.888.564.446 6.288.117.690 1.399.553.244 28,63%
DEUDORES COMERCIALES Y OTRAS CUENTAS POR COBRAR
(Revelación 4)
Clientes 82.288.313 134.160.171 51.871.858 63,04% PASIVO NO CORRIENTE
Cuentas por cobrar a miembros 149.832.000 125.832.000 -24.000.000 -16,02%
Anticipos de Impuestos 28.891.898 35.344.639 6.452.741 22,33%
Funcionarios y Empleados 0 1.000.000 1.000.000 Pasivos Contingentes (Revelación 12) 809.822.395 509.286.976 -300.535.419 -37,11%
Deudores Varios 0 1.312.400 1.312.400
Deterioro cuentas comerciales (12.998.599) (10.665.959) 2.332.640 -17,95%
TOTAL DEUDORES 248.013.612 286.983.251 38.969.639 15,71% TOTAL PASIVO NO CORRIENTE 809.822.395 509.286.976 -300.535.419 -37,11%
TOTAL ACTIVO CORRIENTE 8.047.264.443 8.871.032.089 823.767.645 10,24% TOTAL PASIVO 5.698.386.841 6.797.404.666 1.099.017.825 19,29%
PROPIEDAD PLANTA Y EQUIPO (Revelación 5) PATRIMONIO (Revelación13)
Muebles y Enseres 227.624.206 221.480.588 -6.143.618 -2,70% Capital Social pagado 5.373.672.050 5.373.672.050 0 0,00%
Equipos 461.623.613 387.731.716 -73.891.897 -16,01%
Equipo de computación y comunicación 853.771.434 853.771.434 0 0,00%
Depreciación acumulada (768.246.154) (597.397.949) 170.848.206 -22,24% Excedente del ejercicio 563.105.112 588.305.179 25.200.067 4,48%
TOTAL PROPIEDAD, PLANTA Y EQUIPO 774.773.099 865.585.789 90.812.691 11,72%
Excedentes y/o pérdidas de ejercicios anteriores (4.818.079.975) (4.818.079.975) 0 0,00%
INTANGIBLE (Revelación 6) Superavit 2.040.201.756 2.040.201.756 0 0,00%
Licencias 2.227.175.170 2.211.310.478 -15.864.692 -0,71%
Seguros y Fianzas 263.511.789 205.474.985 -58.036.804 -22,02%
Amortización acumulada (1.731.992.637) (1.370.850.145) 361.142.491 -20,85% Reserva para ejecucion de proyectos 1.533.268.475 1.310.336.496 -222.931.979 -14,54%
TOTAL INTANGIBLES 758.694.322 1.045.935.318 287.240.995 37,86%
TOTAL PATRIMONIO 4.692.167.419 4.494.435.506 -197.731.913 -4,21%
ACTIVOS CONTINGENTES (Revelacion 7)
809.822.395 509.286.976 -300.535.419 -37,11%
TOTAL ACTIVO 10.390.554.259 11.291.840.172 901.285.912 8,67% TOTAL PASIVO Y PATRIMONIO 10.390.554.259 11.291.840.172 901.285.913 8,67%
ANALISIS HORIZONTALANALISIS HORIZONTALA C T I V O PASIVO
GESTIÓN FINANCIERA
Los estados financieros (expresados en pesos colombianos COP) correspondientes al año 2017-2016, fueron
preparados de acuerdo con las Normas Internacionales de Información financiera establecidas por la ley 1314 de 2009 reglamentadas por el decreto único reglamentario 2420 de 2015 (3022 de 2013) modificado por el decreto 2496 de 2016.
ESTADO DE SITUACIÓN FINANCIERA POR LOS AÑOS 2017-2016. Expresado en pesos
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
68
ESTADO DE RESULTADOS
POR LOS AÑOS 2017-2016 Expresado en pesos
DESCRIPCION Notas 2017 2016VARIACION
ABSOLUTA
VARIACION
%
INGRESOS ORDINARIOS (Revelación 14) 2.786.208.016 2.779.368.754 -6.839.262 -0,25%
Ingresos por actividades relacionadas con Educación
Capacitaciones y Cursos 0 57.450.987 57.450.987
Aportes Miembro Promotor 2.001.625.899 2.500.000.000 498.374.101 24,90%
Ingresos por Investigación y Desarrollo 784.582.117 221.917.767 -562.664.350 -71,72%
GASTOS DE OPERACIÓN Y ADMINISTRACION (Revelación 15) 2.695.131.728 2.706.196.819 11.065.090 0,41%
Beneficios a los empleados 1.171.079.714 1.233.111.629 62.031.915 5,30%
Honorarios 422.451.052 270.518.916 -151.932.136 -35,96%
Impuestos 7.360.000 8.447.647 1.087.647 14,78%
Arrendamientos 0 5.105.800 5.105.800
Contribuciones y afiliaciones 7.642.000 7.862.000 220.000 2,88%
Seguros 0 300.066 300.066
Servicios 331.979.025 519.433.287 187.454.262 56,47%
Gastos Legales 3.139.120 1.606.936 -1.532.184 -48,81%
Mantenimiento y Reparaciones 12.788.998 1.148.200 -11.640.798 -91,02%
Adecuación e instalación 2.702.266 5.804.999 3.102.733 114,82%
Gastos de Viaje 170.608.105 23.258.376 -147.349.729 -86,37%
Depreciaciones 170.848.206 166.250.545 -4.597.661 -2,69%
Gastos por Amortizaciones 361.142.491 441.057.579 79.915.088 22,13%
Diversos 31.058.111 16.079.700 -14.978.411 -48,23%
Deterioro Cartera 2.332.641 6.211.139 3.878.498 166,27%
EXCEDENTE (DEFICIT) OPERACIONAL 91.076.288 73.171.935 -17.904.352 -0,19658632
INGRESOS NO OPERACIONALES (Revelación 14) 580.783.246 562.437.841 -18.345.406 -0,031587354
Rendimientos financieros 135.512.779 89.152.972 -46.359.807 -34,21%
Reintegro de Costos y Gastos 397.260.814 429.281.965 32.021.151 8,06%
Cuotas de Afiliación 48.000.000 44.000.000 -4.000.000 -8,33%
Otros Ingresos 9.654 2.904 -6.750
GASTOS NO OPERACIONALES (Revelación 15) 108.754.422 47.304.597 -61.449.825 -0,565032885
Financieros 4.107.912 25.835.817 21.727.905 528,93%
Pérdida en venta y retiro de bienes - (5.126.889) -5.126.889 100,00%
Gastos Extraordinarios 104.646.510 26.595.670 -78.050.840 -74,59%
EXCEDENTE (DÉFICIT) NO OPERACIONAL 472.028.825 515.133.244 43.104.419 0,091317345
Impuesto de Renta y Complementarios - 0 #¡DIV/0!
SUPERÁVIT (DÉFICIT) DEL EJERCICIO 563.105.112 588.305.179 25.200.067 0,044751977
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
69
ESTADO DE CAMBIOS EN EL PATRIMONIO POR LOS AÑOS 2016 - 2017 Expresado en pesos
CAPITAL SOCIAL - -
SUPERAVIT DE CAPITAL - -
EXCEDENTE (DEFICIT) DEL EJERCICIO - 25.200.067
DEFICIT ACUMULADOS - -
Reservas para Ejecucion de Proyectos 1.310.336.496 222.931.979 -
- 25.200.067
588.305.179 563.105.112
-2.777.878.219 -2.777.878.219
1.533.268.475
TOTALES4.494.435.506 4.692.167.419
5.373.672.050 5.373.672.050
- -
CONCEPTO DICIEMBRE DE 2016 AUMENTO DISMINUCION DICIEMBRE DE 2017
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
70
ESTADO DE FLUJO DE EFECTIVO POR LOS AÑOS 2016 - 2017 Expresado en pesos
31/12/2017 31/12/2016
FLUJOS DE EFECTIVO DE LAS ACTIVIDADES DE OPERACIÓN
Resultado del ejercicio "Excedente ó Deficit" 563.105.112 588.305.179
Movimientos de partidas que no involucran efectivo
Depreciación Equipo de Computacion y Comunicaciones 170.848.206 164.473.775
Amortizacion Licencias y Seguros 361.142.491 429.561.010
Deterioro de Activos "Cuentas x Cobrar" 2.332.640 6.211.139
Efectivo Utilizado en la Operación 1.097.428.449 1.188.551.103
Clientes 51.871.858 (82.362.278)
Cuentas por Cobrar a miembros 24.000.000 23.000.000
Anticipos y avances (49.247.559)
Anticipos de Impuestos 6.452.741 7.033.169
Cuentas por Cobrar a Trabajadores (1.000.000) (1.542.004)
Deudores Varios (1.312.400) 1.312.400
Activos Contingentes (300.535.419) (52.164.200)
Préstamos Bancarios e intereses (450.117.357)
Proveedores Locales "Cuentas por Pagar" 36.567.992 (73.013.246)
Beneficios a los empleados 20.621.483 (14.980.267)
Retención en la fuente - Reteiva 5.174.526 (3.138.550)
Impuesto a las ventas por pagar 4.679.891 3.525.313
Impuesto de industria y comercio (2.822.000) (4.538.000)
Otros Pasivos - Ing Recibidos para Terceros (1.579.326.720) 1.653.433.726
Pasivos Contingentes (300.535.419) (52.164.200)
Efectivo Utilizado en el Activo y Pasivo (2.036.163.467) 905.036.947
Flujos de efectivo de las actividades de Operación (938.735.017) 2.093.588.050
PROPIEDAD PLANTA Y EQUIPO
Muebles y Enseres 6.143.618
Equipos 73.891.897 110.837.844
Equipo de computación y comunicación - 11.577.648
INTANGIBLES
Licencias 15.864.692 (3.158.050)
Seguros y Fianzas 58.036.804 55.172.124
Flujos de efectivo de las actividades de inversión 153.937.011 174.429.566
Obligaciones Financieras - -
Flujos de efectivo de las actividades de financiación - -
(784.798.006) 2.268.017.616
Efectivo o equivalentes al comienzo del ejercicio 8.584.048.838 6.316.031.222
Efectivo o equivalentes al final del ejercicio 7.799.250.832 8.584.048.838
(784.798.006) 2.268.017.616 AUMENTO / DISMINUCIÓN NETA DEL EFECTIVO EQUIVALENTES
Variaciones Pasivos
FLUJOS DE EFECTIVO DE LAS ACTIVIDADES DE INVERSION
Flujo de Efectivo en las Actividades de Inversion
FLUJOS DE EFECTIVO DE LAS ACTIVIDADES DE FINANCIACIÓN
Obligaciones Financieras
Variaciones Activos
Estado de flujo de efectivo (Datos en Pesos)
FLUJOS DE EFECTIVO DE ACTIVOS Y PASIVOS
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
71
PRINCIPALES RETOS Y
SOLUCIONES: EL FUTURO DE BIOS
Para el 2018, BIOS buscará el fortalecimiento del trabajo articulado, dejando de lado los paradigmas
que nos han limitado construir conjuntamente.
Es así, que BIOS tiene como meta la implementación
de proyectos con aliados estratégicos, que contemplen de manera directa un objetivo de transferencia y escalabilidad, que garantice ir más
allá de la investigación para alcanzar la aplicación del conocimiento científico y la tecnología de vanguardia
para responder a las necesidades del país, en términos de soluciones en seguridad ambiental,
innovación de productos alimenticios, cosméticos y salud, incremento de la productividad agrícola, control de plagas y enfermedades, mejores o nuevos
servicios para la ciudadanía, así como también la aplicación de inteligencia artificial para optimizar
procesos hombre – máquina, agilizar los procesos de análisis de datos biológicos y obtener información de valor, facilitando la toma de decisiones, la
construcción de nuevas soluciones, entre otros. Es así que para el año 2018 la visión estratégica de BIOS
alineará los objetivos y las áreas estratégicas y las perspectivas del Balance Score Card, con el interés de enfocar los gestiones y los esfuerzos en alcanzar
la autosostenibilidad del centro a través de la aplicación de la investigación científica, el
conocimiento y la tecnología de vanguardia
atendiendo las necesidades de la academia, el gobierno y la industria:
Objetivos estratégicos:
1. Ofrecer a las comunidades académicas y científicas, al sector empresarial y agencias
gubernamentales servicios de tecnología informática, con el fin de proporcionar mayores capacidades de procesamiento,
almacenamiento, visualización, transmisión, software y seguridad.
2. Generar y apoyar la investigación científica, desarrollando tecnologías innovadoras que incrementen la productividad de I + D.
3. Utilizar los avances científicos en la biología y la informática, para que sean aprovechados
por el sector empresarial y el Estado con el fin de generar competitividad, aumentar su productividad y contribuir al desarrollo social y
económico. 4. Participar en las relaciones con instituciones
académicas, empresariales y las gubernamentales, para promover la generación e intercambio de conocimientos y
fortalecer alianzas a nivel nacional e internacional.
5. Promover la formación y educación científica y tecnológica, para producir nuevas generaciones de científicos e ingenieros.
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
72
Áreas estratégicas:
Biotecnología (Bioinformática y
Bioprospección): Estudia y analiza datos biológicos de los sectores agro y salud a través
de herramientas y desarrollos computacionales de alto rendimiento para resolver necesidades, retos y desafíos de la
academia, industria y organizaciones
gubernamentales con énfasis en el estudio de la biodiversidad del país.
Bioingeniería (Biomimética): Crea soluciones
tecnológicas innovadoras para el sector productivo y público, desde la investigación
aplicada, las TICs y la infraestructura computacional, desarrolla productos basados
en herramientas de Inteligencia Artificial,
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
73
Análisis de Bioseñales, Machine Learning,
Visión por computador y analítica predictiva de datos.
Ciencia de Datos (Inteligencia Artificial): Desarrolla e implementa soluciones tecnológicas innovadoras en el sector
productivo y público, desde la agregación de valor a grandes cantidades de datos a través
del procesamiento con tecnología de vanguardia e infraestructura computacional avanzada, con tiempos eficientes para facilitar
la toma de decisiones y la generación de soluciones.
Bionegocios (Proyectos CTeI y Transferencia & PI): Diseña soluciones de I+D+i a partir de las necesidades del mercado, trabajando con
socios estratégicos a través de un vínculo permanente, además de la búsqueda de
recursos para el desarrollo de proyectos de CTeI que permitan la transferencia de
conocimiento y tecnología a la sociedad, la academia, la industria y el gobierno.
Perspectivas del Balance Score Card:
Financiera: busca la sostenibilidad de BIOS en
el tiempo. Clientes y mercado: busca posicionar a BIOS
en el mercado nacional en los tres sectores: universidad, empresa, estado y promover la cooperación internacional.
Procesos internos: busca consolidar las capacidades operacionales para generar la
oferta de valor.
Desarrollo y aprendizaje: busca fortalecer y
desarrollar las capacidades de BIOS, como también atraer, desarrollar y conservar el
mejor talento humano nacional e internacional.
BIOS actualmente cuenta con importantes
capacidades computacionales y una serie de herramientas de software disponibles para sus diferentes clientes, enfocadas en el análisis de datos
bioinformáticos en sus diferentes etapas: limpieza y calidad, alineamiento, ensamblaje, anotación y pos
procesamiento. Adicionalmente se cuenta con herramientas para docking molecular, Análisis de elementos transponibles y herramientas de
desarrollo de computación de altas prestaciones.
Gracias a las gestiones adelantadas por el área de Bionegocios enfocadas en atraer inversión a través de la cooperación internacional, se espera contar
para el segundo semestre del año 2018 con la donación del gobierno Chino estimada en dos
millones de dólares, que permitirá ampliar la infraestructura computacional de BIOS así:
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
74
INFORME DE GESTIÓN 2017 CENTRO DE BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
75
REQUERIMIENTOS LEGALES INFORME DE GESTION 2017
EL CENTRO DE BIOINFORMATICA Y BIOLOGIA COMPUTACIONAL DE COLOMBIA BIOS
CERTIFICA QUE:
OPERACIONES DE FACTORING No obstaculizó de ninguna forma las
operaciones de factoring que los proveedores y acreedores de la entidad han tenido que hacer con sus respectivas facturas de venta
con vigencia 2017, cumpliendo el articulo 87 de la ley 1676 de 2013.
SARLAFT
Considerando lo establecido en la circular
externa numero 100-000005 expedida por la Superintendencia de Sociedades, para 2016
dicha norma no aplica a BIOS, toda vez que los ingresos operacionales de esta vigencia no fueron superiores a 160.000 SMMLV. No
obstante la entidad ha tomado medidas para la gestión del riesgo del lavado de activos y
financiación del terrorismo. Cumplimiento del SARLAFT).
DERECHOS DE AUTOR Y LEGALIDAD SOFTWARE Respeto a los derechos de autor y legalidad de
software (ley 603 de 2000 articulo 1, numeral 4) BIOS declara que la totalidad del software
utilizado ha sido legalmente adquirido y cuenta
con la debida certificación para su uso.
PAGOS AL SISTEMA DE SEGURIDAD SOCIAL BIOS cumplió con el pago oportuno de las
obligaciones relacionadas con el sistema de
seguridad social integral y los aportes parafiscales de los funcionarios a su cargo.
HECHOS ACAECIDOS DESPUÉS DEL PERIODO
BIOS informa en este informe de gestión que no ocurrieron hechos importantes después del ejercicio
los cuales deban ser mencionados en este informe. PROCESOS JURÍDICOS
Declaramos que no existen procesos judiciales en
contra de otras personas naturales o jurídicas y que no hemos sido notificados de procesos judiciales en
contra del Centro.
OPERACIONES CELEBRADAS CON ASOCIADOS:
En el año 2017 el Asociado MINTIC entrego a forma de Ingresos 2.001 millones a BIOS.
DANY LEON MOLINA ORREGO
Director Ejecutivo