INVENTARISASI PENYAKIT BAKTERI DAN VIRUS

PADA BENIH IKAN KAKAP PUTIH Lates calcarifer, Bloch 1790

DI BALAI BESAR PERIKANAN BUDIDAYA LAUT (BBPBL)

LAMPUNG

FITRATUNISA

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2016

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Inventarisasi Penyakit

Bakteri dan Virus pada Benih Ikan Kakap Putih Lates calcarifer, Bloch 1790 di

Balai Besar Perikanan Budidaya Laut (BBPBL) Lampung adalah benar karya saya

dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun

kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip

dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah

disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir

skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.

Bogor, Desember 2016

Fitratunisa

NIM C14120046

ABSTRAK

FITRATUNISA. Inventarisasi Penyakit Bakteri dan Virus pada Benih Ikan Kakap

Putih Lates calcarifer, Bloch 1790 di Balai Besar Perikanan Budidaya Laut

(BBPBL) Lampung. Dibimbing oleh SRI NURYATI dan SUKENDA.

Ikan kakap putih Lates calcarifer adalah ikan komoditas laut yang bernilai

ekonomis tinggi, namun produksinya masih belum memenuhi target karena

keterbatasan pasokan benih secara kontinu. Faktor pembatas penyediaan benih ini

yaitu jumlah dan mutu benih yang rendah akibat penangkapan di alam yang tidak

dapat diandalkan dan serangan penyakit saat kegiatan budidaya berlangsung.

Penelitian ini dimaksudkan untuk menginventarisasi penyakit bakterial, viral, dan

parasitik yang menyerang ikan kakap putih stadia benih. Penelitian dilangsungkan di

Balai Besar Perikanan Budidaya Laut (BBPBL) Lampung pada awal Mei hingga

akhir Juni 2016 dan hasilnya diidentifikasi di Laboratorium Kesehatan Ikan,

Departemen Budidaya Perairan, Institut Pertanian Bogor. Hasil penelitian

menunjukkan bahwa benih ikan kakap putih terserang penyakit golongan bakterial

dan viral. Bakteri yang teridentifikasi menyerang benih ikan kakap putih yaitu

Bacillus sp., Pseudomonas sp., Vibrio parahaemolyticus, dan Vibrio alginolyticus.

Sedangkan penyakit viral yang teridentifikasi yaitu Iridovirus.

Kata kunci: bakteri, benih, inventarisasi, penyakit, virus

ABSTRACT

FITRATUNISA. The Inventory of Bacterial and Viral Disease among The Brood

of Seabass Lates calcarifer, Bloch 1790 at Balai Besar Perikanan Budidaya Laut

(BBPBL) Lampung Province. Supervised by SRI NURYATI dan SUKENDA.

Lates calcarifer or known as seabass is a marine fish commodity with

high valued economically, but unfortunately the production of this fish has not

met the target yet due to the good quality of broodstock continuously is limited.

The limiting factors of broodstock availability are the quantities and qualities of

the fish broods. The lack of the quantities and qualities of the fish broods

caused by unreliable nature arresting and the diseases attack in their

aquaculture activity. Therefore, the aim of this study was to inventory the

bacterial, viral, and parasitic disease among the fish. The study was held at

Balai Besar Perikanan Budidaya Laut (BBPBL) Lampung Province at the

beginning of May until the end of June this 2016 and the result identified at

Fish Health Laboratorium, Aquaculture Department, Bogor Agricultural

University. The results showed that the fish was attacked by the bacterial and

viral disease. The groups of bacteria that has been identified among the fish

were Bacillus sp., Pseudomonas sp., Vibrio parahaemolyticus, and Vibrio

alginolyticus. While the viral disease that has been identified were Iridovirus.

Key words: bacteria, diseases, fish brood, inventory, viruses

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Perikanan

pada

Departemen Budidaya Perairan

INVENTARISASI PENYAKIT BAKTERI DAN VIRUS

PADA BENIH IKAN KAKAP PUTIH Lates calcarifer, Bloch

1790 DI BALAI BESAR PERIKANAN BUDIDAYA LAUT

(BBPBL) LAMPUNG

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

2016

FITRATUNISA

PRAKATA

Puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala limpahan

rahmat dan karuniaNya sehingga penulis mampu menyelesaikan skripsi yang

berjudul Inventarisasi Penyakit Bakteri dan Virus pada Benih Ikan Kakap Putih

Lates calcarifer, Bloch 1790 di Balai Besar Perikanan Budidaya Laut (BBPBL)

Lampung. Skripsi ini disusun berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan pada

bulan Mei hingga Agustus 2015.

Penulis mengucapkan terima kasih kepada ibu Dra. Rini Purnomowati

selaku pembimbing lapangan penulis selama melakukan penelitian di BBPBL

Lampung; Dr. Sri Nuryati, SPi., MSi dan bapak Dr. Ir. Sukenda, MSc selaku

dosen pembimbing skripsi yang telah memberikan waktu, bimbingan, dan arahan

kepada penulis; serta seluruh dosen dan staf Departemen Budidaya Perairan yang

telah banyak membantu selama proses penulisan skripsi hingga selesai.

Terima kasih penulis haturkan kepada Ibunda Rusna Baroroh dan

Ayahanda Jais Bintoro, Eyang Muchsin dan Eyang Masrifah, atas doa, kasih

sayang, nasehat, dan dukungan secara moril dan materil yang tiada henti selama

proses studi. Terima kasih pula kepada Imanuddin Razaq yang senantiasa

menemani dan membantu penulis dalam suka dan duka selama delapan tahun

terakhir.

Terima kasih kepada teman-teman Budidaya Perairan angkatan 49 atas

berbagai dukungan dan kebersamaan selama proses studi; teman-teman

Laboratorium Kesehatan Ikan yang selalu membantu selama proses penelitian

hingga usai.

Semoga karya ilmiah ini senantiasa bermanfaat.

Bogor, Desember 2016

Fitratunisa

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL ix

DAFTAR GAMBAR ix

DAFTAR LAMPIRAN ix

PENDAHULUAN 1

Latar Belakang 1

Tujuan Penelitian 1

METODE 2

Waktu dan Tempat 2

Materi Uji 2

Prosedur Penelitian 2

Analisis Data 5

HASIL DAN PEMBAHASAN 5

Hasil 5

Pembahasan 9

SIMPULAN DAN SARAN 13

Simpulan 13

Saran 13

DAFTAR PUSTAKA 14

LAMPIRAN 16

DAFTAR TABEL

1 Gejala klinis benih ikan kakap putih Lates calcarifer yang terinfeksi

penyakit 5

2 Morfologi koloni bakteri benih ikan kakap putih Lates calcarifer 7

3 Karakterisasi dan hasil identifikasi bakteri yang diisolasi dari benih ikan

kakap putih Lates calcarifer 8

DAFTAR GAMBAR

1 Gejala klinis benih ikan kakap putih yang terserang penyakit: (a) warna

tubuh menghitam; (b) warna tubuh memucat; (c) operculum dan sirip

geripis; (d) organ dalam memucat. 6

2 Morfologi koloni bakteri yang diisolasi dari benih ikan kakap putih: (a)

pada media NA; (b) pada media MA; (c) pada media TCBS terdapat

koloni berwarna hijau; dan (d) koloni berwarna kuning. 7

3 Morfologi sel dan sifat gram bakteri: (a) Bacillus sp.; (b) Pseudomonas

sp.; (c) Vibrio parahaemolyticus; dan (d) Vibrio alginolyticus 9

4 Hasil deteksi virus menggunakan PCR konvensional. M= Marka

Fragmen DNA, K(+)= Kontrol positif, K(-)= Kontrol negatif 9

DAFTAR LAMPIRAN

1 Komposisi dan pembuatan media nutrient agar (NA) 16

2 Komposisi dan pembuatan media marine agar (MA) 16

3 Komposisi dan pembuatan media thiosulfate citrate bile salts sucrose

(TCBS) agar 16

4 Metode isolasi bakteri 17

5 Metode pemurnian bakteri 17

6 Komposisi dan pembuatan media untuk pewanaan Gram 18

7 Metode pewarnaan Gram 18

8 Uji motilitas dengan metode tetes gantung menggunakan media peptone

water 19

9 Metode uji motilitas dengan metode tetes gantung (hanging drop test) 19

10 Uji presumtif 20

11 Komposisi dan pembuatan media untuk uji biokimia 20

12 Metode uji biokimia 21

13 Hasil uji biokimia bakteri 21

14 Tabel identifikasi bakteri Gram positif 22

15 Tabel identifikasi bakteri Gram negatif 23

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ikan kakap putih (Lates calcarifer, Bloch 1790) atau seabass atau

barramundi adalah salah satu ikan ekonomis penting di kawasan Asia dan

Australia (Kueh 2012). Ikan kakap putih merupakan salah satu ikan budidaya di

Indonesia yang digunakan untuk memenuhi kebutuhan konsumsi dalam negeri

hingga kebutuhan ekspor. Target produksi ikan kakap putih untuk lima tahun ke

depan sebesar 17.31% per tahun atau mencapai 589.800 ton (Pusat Penyuluh

Perikanan 2011).

Ikan kakap putih dapat dibudidayakan di perairan payau maupun perairan

laut. Namun budidaya ikan kakap putih di Indonesia masih mengalami kendala

dalam penyediaan benih secara kontinu. Kendala budidaya ini salah satunya

disebabkan oleh serangan penyakit pada kegiatan budidaya ikan kakap putih

(Jerry 2014). Wabah penyakit pada kegiatan budidaya dipengaruhi oleh interaksi

yang tidak seimbang antara ikan, lingkungan, dan patogen (Austin & Austin

2012). Saat fase benih, ikan kakap mudah stres sehingga pertahanan tubuh ikan

mengalami penurunan. Stres diakibatkan kondisi lingkungan yang memburuk

serta ditunjang oleh keberadaan patogen seperti bakteri, jamur, parasit, dan virus,

sehingga penyakit akan mudah menginfeksi ikan (Affandi & Tang 2002).

Menurut Campbell et al. (1979), penyakit adalah hasil akumulasi dari

fenomena abnormal yang ditunjukkan dengan adanya organisme hidup yang

berasosiasi dengan karakteristik spesifik sehingga menimbulkan kerugian secara

biologis. Selain disebabkan oleh faktor biotik seperti keberadaan patogen,

penyakit juga dapat muncul akibat faktor abiotik, meliputi kelainan genetik,

nutrisi yang tidak seimbang, polusi, dan kondisi lingkungan yang buruk (Kinnie

1980). Penelitian ini mengacu pada keberadaan berbagai patogen yang diduga

menyebabkan munculnya gejala klinis sebagai indikasi ikan terserang penyakit.

Inventarisasi penyakit pada ikan kakap putih dilakukan untuk mengetahui

berbagai patogen yang menyerang ikan kakap putih khususnya saat stadia benih.

Apabila penyakit diketahui dari awal, maka langkah selanjutnya untuk kegiatan

pencegahan, pengendalian, dan penanganan penyakit dapat dilakukan sehingga

salah satu kendala dalam penyediaan benih ikan kakap putih secara kontinu dapat

lebih diperkecil.

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk menginventarisasi penyakit mikrobial pada

benih ikan kakap putih Lates calcarifer dalam menunjang strategi pengendalian

dan penanganan penyakit infeksius yang merugikan.

2

METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian ini dilaksanakan dua tahap. Penelitian dilakukan tanggal 9 Mei

hingga 30 Juni 2016 di Laboratorium Kesehatan Ikan dan Lingkungan

(Keskanling), Balai Besar Perikanan Budidaya Laut Lampung (BBPBL Lampung)

dan tanggal 24 Juli hingga 1 September 2016 di Laboratorium Kesehatan Ikan,

Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut

Pertanian Bogor.

Materi Uji

Materi uji penelitian berupa benih ikan kakap putih Lates calcarifer yang

diduga terinfeksi virus, bakteri, dan parasit.

Prosedur Penelitian

Pengambilan Sampel Uji

Pengambilan sampel uji mengacu pada metode SNI (7360:2009). Sampel

ikan kakap yang diambil untuk sampel uji adalah ikan yang memiliki gejala klinis

terinfeksi penyakit, seperti ikan cenderung tidak bergerak aktif, berenang di dekat

permukaan air atau cenderung berdiam diri di dasar, memiliki respons yang

lambat, tidak memiliki nafsu makan, terdapat pendarahan pada dada, perut, dan

pangkal sirip, serta berubahnya warna tubuh. Sampel ikan kakap yang

menunjukkan gejala-gejala tersebut selanjutnya dimasukkan ke kantong plastik,

diberi air dan udara, selanjutnya dibawa ke Laboratorium Kesehatan Ikan dan

Lingkungan, Balai Besar Perikanan Budidaya Laut (BBPBL) Lampung untuk

diidentifikasi patogen penyebab penyakitnya.

Preparasi Sampel dan Identifikasi Bakteri

Isolasi Bakteri

Preparasi ini dilakukan dengan menggerus sampel uji menggunakan

mortar dan ditambahkan 5 tetes NaCl 0.85% steril (Cheng & Chen 1998). Setelah

itu, hasil gerusan tersebut dituang ke dalam petri dish steril. Sediaan sampel ini

diinokulasikan pada lempeng nutrient agar (Lampiran 1), marine agar (Lampiran

2), dan thiosulfate citrate bile salts sucrose agar (TCBS) (Lampiran 3) dengan

ose secara aseptis. Lalu, cawan petri tersebut dibungkus dengan kertas dan

diinkubasikan pada suhu 28oC selama 24 jam (Cheng & Chen 1998) (Lampiran 4).

Identifikasi bakteri dilakukan dengan memisahkan koloni bakteri yang tumbuh

berdasarkan bentuk, tepian, warna, elevasi konsistensi, dan ukuran masing-masing

koloni (Austin & Austin 2012). Setiap koloni bakteri yang berbeda dipindahkan

menggunakan jarum ose steril ke media agar yang sama dengan digoreskan secara

aseptis. Lalu, cawan tersebut dibungkus dengan kertas dan diinkubasikan pada

suhu 28o C selama 24 jam (Lampiran 5).

3

Karakterisasi Bakteri dengan Pewarnaan Gram

Isolat bakteri dari hasil pemurnian diambil dan digores dengan jarum ose

diatas kaca preparat secara aseptis dan ditetesi dengan satu tetes larutan kristal

violet (Lampiran 6a) lalu ditunggu selama satu menit dan dibilas akuades.

Selanjutnya satu tetes larutan kalium iodida (Lampiran 6b) diteteskan dan

ditunggu hingga satu menit, dibilas akuades. Satu tetes larutan alkohol absolut

(Lampiran 6c) diteteskan dan ditunggu selama 30 detik, dibilas kembali dengan

akuades. Terakhir, larutan safranin (Lampiran 6d) sebanyak 1 tetes diteteskan dan

dan dibilas dengan akuades. Setelah selesai, kaca preparat yang berisi bakteri yang

telah diwarnai diamati menggunakan mikroskop (Claus 1992) (Lampiran7).

Uji Tetes Gantung (Hanging Drop Test)

Uji tetes gantung dilakukan untuk mengamati adanya motilitas atau

pergerakan bakteri secara lebih akurat. Uji ini diawali dengan mengkultur biakan

bakteri murni ke dalam peptone water (Lampiran 8) secara aseptis dan diinkubasi

selama ± 24 jam pada suhu 25-30oC. Bakteri yang tumbuh diindikasikan dengan

perubahan warna peptone water yang menjadi keruh (Harrigan 1998).

Kaca preparat dibersihkan dengan kertas tisu, lalu keempat ujungnya diberi

vaselin dengan muka kaca menghadap keatas. Biakan cair bakteri dalam peptone

water diambil dengan jarum ose secara aseptis dan dioleskan perlahan pada

tengah-tengah glass object, lalu dibalik untuk ditutup secara cepat pada kaca

preparat sehingga nampak menggantung (Harrigan 1998). Preparat ini kemudian

diamati motilitasnya menggunakan mikroskop dengan perbesaran yang sesuai

(Lampiran 9).

Uji Presumtif Bakteri

Uji presumtif bakteri dilakukan untuk mengkarakterisasi katalase dan

oksidase bakteri. Uji katalase bakteri dilakukan menggunakan H2O2 3%. Hasil uji

ini berupa timbulnya gelembung/busa bila uji katalase positif dan uji katalase

dinyatakan negatif apabila tidak ditemukan gelembung/busa (Lampiran 10a).

Uji oksidase bakteri dilakukan dengan menggunakan kertas oksidase

(oxsidase strip). Hasil uji berupa perubahan kertas oksidase menjadi warna ungu

kebiruan pada detik ketiga yang menandakan hasil uji oksidase positif sebaliknya

hasil uji oksidase yang negatif tidak menimbulkan warna ungu kebiruan pada

kertas oksidase (Lampiran 10b).

Uji Biokimia Bakteri

Media yang digunakan untuk uji biokimia bakteri meliputi media agar

Sulfida Indol Motility (SIM), Oksidatif/ Fermentatif (O/F), dan gelatin pada

tabung reaksi (Lampiran 11). Media agar SIM yang berwarna bening kekuningan

(Lampiran 11a) pada uji biokimia bakteri digunakan untuk mengetahui

kemampuan motilitas bakteri yang ditunjukkan dengan perubahan warna media

menjadi keruh keabuan apabila motilitas bakteri positif atau bakteri melakukan

pergerakan.

Media agar O/F yang berwarna hijau tua (Lampiran 11b) digunakan untuk

mengetahui kemampuan oksidatif dan fermentatif bakteri. Apabila media berubah

menjadi kuning, bakteri bersifat oksidatif dan jika hanya media tanpa parafin yang

berwarna kuning sedangkan media yang ditutup parafin tidak berubah warna

4

maka bakteri bersifat fermentatif. Hasil negatif ditunjukkan apabila kedua tabung

reaksi tidak berubah warna.

Media gelatin (Lampiran 11c) digunakan untuk mengetahui kemampuan

bakteri dalam menghidrolisis gelatin. Hasil uji dinyatakan positif apabila media

gelatin yang tetap cair atau kental, sedangkan hasil negatif ditandai dengan media

gelatin yang memadat.

Uji biokimia bakteri dilakukan dengan menginokulasikan bakteri target

kedalam masing-masing media pada tabung reaksi secara aseptis (Lampiran 12).

Identifikasi Bakteri Hasil dari uji-uji yang telah dilakukan dikonfirmasi dengan menggunakan

buku pedoman identifikasi Cowan and Steel’s Manual for the Identification of

Medical Bacteria Third Edition (Barrow & Feltham 1993 ). Tabel identifikasi

untuk masing-masing bakteri Gram positif dan negatif digunakan untuk

mengetahui genus bakteri.

Preparasi Sampel dan Identifikasi Virus

Preparasi Virus

Preparasi sampel virus dilakukan dengan memisahkan organ dalam ikan

meliputi otak, limpa, hati, dan ginjal dari semua ikan sampel dipotong dan

dimasukkan ke dalam tube.

Identifikasi Virus Identifikasi virus DNA maupun RNA diawali dengan tahapan ekstraksi

DNA dan RNA. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan DNAeasy kit, yang

diawali dengan penggerusan sampel sebanyak 10-25 mg digerus dalam 180µl

buffer ATL yang ditambahkan 20 µl proteinase K untuk selanjutnya diinkubasi

pada suhu 56oC selama satu jam dengan dihomogenkan setiap 10 menitnya. Lalu,

buffer AL 200 µl ditambahkan ke dalam tube dan dihomogenkan. Ditambahkan

ethanol dengan konsentrasi 96%-100% sebanyak 200µl dan dihomogenkan

kembali. Sampel tersebut lalu dimasukkan ke dalam DNAeasy column+collection

tube dan disentrifus dengan kecepatan 6000 rpm selama satu menit. Spin column

diletakkan pada collection tube baru dan sampel ditambahkan 500 µl buffer AW2

dan disentrifus dengan kecepatan 20000 rpm selama tiga menit. Kemudian spin

column dipindahkan pada tube baru dan ditambahkan 50-200 µl buffer AE, lalu

diinkubasi pada suhu ruang selama satu menit, setelah itu disentrifus dengan

kecepatan 6000 rpm selama satu menit. Hasil ekstraksi berupa produk DNA

dilakukan PCR dan elektroforesis.

Ekstraksi RNA dilakukan menggunakan Silica-Extraction Kit yang

diawali dengan penambahan 1.5 ml 900 µl GT buffer ke dalam tube sampel dan

digerus hingga hancur, lalu disentrifus dengan kecepatan 12000 rpm selama tiga

menit. Kemudian, ditambahkan 40 µl silica ke dalam tube baru dan

dihomogenkan sebelum digunakan. Supernatan sampel yang telah disentrifus

dipindahkan ke dalam tube sebanyak 600 µl lalu dihomogenkan hingga homogen

dan selanjutnya disentrifus dengan kecepatan 12000 rpm selama 15 menit.

Supernatan yang dihasilkan dipindahkan ke dalam tube baru. Silica pellet dibilas

dengan 500 GT buffer dan dihomogenkan hingga silica pellet-nya mengendap dan

5

dibuang menggunakan mikropipet sebelum dihomogenkan. Sampel disentrifus

dengan kecepatan 12000 rpm selama 15 detik, lalu dibilas dengan ethanol 7%.

Sisa-sisa etanol dibuang dan sebanyak 1 ml DEPC ddH2O ditambahkan ke dalam

tube tersebut untuk mengendapkan kembali silica pellet-nya dan dihomogenkan

hingga silica pellet-nya mengendap lalu diinkubasi pada suhu 55oC selama 10

menit untuk selanjutnya dihomogenkan dan disentrifus dengan kecepatan 12000

rpm selama dua menit. Supernatan yang dihasilkan dipindahkan ke dalam 1.5 ml

tube baru. Hasil ekstraksi yang berupa produk RNA selanjutnya dilakukan PCR

dan elektroforesis.

Analisis Data

Data penyakit mikrobial yang menyerang benih ikan kakap putih Lates

calcarifer disajikan dengan tabel dan gambar serta dianalisis secara deskriptif.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Gejala Klinis pada Benih Ikan Kakap Putih Lates calcarifer

Benih ikan kakap putih yang digunakan sebagai sampel uji memiliki gejala

klinis terinfeksi penyakit. Gejala klinis yang dialami benih ikan kakap tersebut

tercantum pada Tabel 1.

Tabel 1 Gejala klinis benih ikan kakap putih lates calcarifer yang terinfeksi

penyakit

Sampel Jumlah Ukuran Gejala Klinis Pemeriksaan

1 10 ekor 3-4 cm

Warna tubuh menghitam,

berenang di dekat permukaan air,

tidak aktif bergerak, memisah dari

koloninya

Bakteri

2 1 ekor 5-6 cm

Operculum terbuka, sirip ekor

geripis, warna tubuh memucat,

tidak nafsu makan, berenang

dekat permukaan air

Bakteri

3 3 ekor 9 cm

Berpisah dari koloninya, tidak

aktif bergerak, saat dilakukan

nekropsi organ dalamnya (usus,

hati, ginjal) memutih

Bakteri

5 3 ekor 6 cm

Berenang di dekat permukaan air

dan terpisah dari koloninya,

warna tubuh sedikit memucat,

tidak nafsu makan

Virus

6

Sampel benih ikan kakap putih Lates calcarifer yang terinfeksi penyakit,

memiliki gejala klinis yang serupa. Benih ikan kakap putih yang diduga terserang

penyakit memiliki ciri-ciri yang menonjol yaitu adanya perubahan warna tubuh

yang menghitam (Gambar 1a), tidak berenang aktif, dan tidak memiliki nafsu

makan). Benih ikan kakap putih juga mengalami warna tubuh yang memucat

(Gambar 1b), operculum geripis dan sirip geripis (Gambar 1c), serta berenang

berpisah dari koloninya.

Gambar 1 Gejala klinis benih ikan kakap putih yang terserang penyakit: (a)

warna tubuh yang menghitam; (b) warna tubuh yang memucat; (c)

operculum terbuka dan sirip geripis; (d) saat dilakukan pembedahan

organ dalam memucat.

Gejala klinis penyakit muncul setelah terdapatnya kerusakan dan munculnya

kelainan pada tubuh inang. Setelah gejala klinis muncul, isolasi bakteri dapat

dilakukan untuk menguatkan bukti-bukti adanya infeksi (Austin & Austin 2007).

Tahap awal penelitian yang dilakukan adalah pengamatan gejala klinis benih ikan

kakap putih, lalu dilakukan isolasi awal bakteri dari benih ikan kakap putih yang

telah teramati.

Koloni Bakteri pada Media Cawan yang Diisolasi dari Benih Ikan Kakap

Putih Lates calcarifer

Isolasi awal bakteri yang diduga menyerang benih ikan kakap putih

dilakukan pada media NA, MA, dan TCBS . Koloni bakteri akan tumbuh setelah

inkubasi pada suhu 28oC selama 18-24 jam. Hasil pengamatan koloni bakteri

tersebut tercantum pada Tabel 2.

7

Tabel 2 Morfologi koloni bakteri hasil isolasi dari benih ikan kakap putih Lates

calcarifer

Sampel Media Ciri koloni Uji Tetes Gantung

2a(4)

b NA

elevasi tidak rata, bulat, d<0.5,

putih basil, motil

3a(3)

b hati MA elevasi rata, bulat, d≤1, putih basil, motil

1a(4)

b TCBS elevasi rata, bulat, d≤1, hijau coccobasil, motil

1a(3)

b TCBS

elevasi rata, bulat, terdapat inti,

cembung, d≤1, kuning coccobasil, motil

a adalah nomor koloni,

b adalah nomor sampel uji. Contoh: 2

a(4)

b adalah koloni nomor 2 dari

sampel uji nomor 4

Koloni bakteri yang diisolasi dari benih ikan kakap putih Lates calcarifer,

dengan menggunakan media NA, MA, dan TCBS didapatkan morfologi koloni

yang tumbuh berbeda pada setiap media (Gambar 2).

Gambar 2 Morfologi koloni bakteri yang diisolasi dari benih ikan kakap putih:

(a) pada media NA; (b) pada media MA; (c) pada media TCBS

terdapat koloni berwarna hijau; dan (d) koloni berwarna kuning.

8

Karakterisasi Bakteri Hasil Isolasi dari Benih Ikan Kakap Putih Lates

calcarifer

Bakteri hasil isolasi yang telah dikarakterisasi atau diuji melalui uji tetes

gantung (hanging drop test), pewarnaan Gram bakteri, uji presumtif bakteri , dan

uji biokimia (Lampiran 13). Hasil karakterisasi pada Tabel 3 didasarkan pada

tabel identifikasi Cowan and Steel’s Manual for the Identification of Medical

Bacteria (Lampiran 14 dan 15) (Barrow & Feltham 1993).

Tabel 2 Karakterisasi dan hasil identifikasi bakteri yang diisolasi dari benih ikan

kakap putih Lates calcarifer

Sam

pel

Uji Tetes

Gantung Uji Presumtif Uji Biokimia

Hasil

Ben

tuk

Moti

lita

s

Gra

m

Kata

lase

Ok

sid

ase

SIM

O/F

Gel

ati

n

2a(4)

b basil motil + + + + O + Bacillus sp.

3a(3)

b

hati basil motil - + + + F + Pseudomonas sp.

1a(4)

b

basil

pendek motil - + + + O + Vibrio parahaemolyticus

1a(3)

b koma motil - + + + O - Vibrio alginolyticus

a adalah nomor koloni,

b adalah nomor sampel uji. Contoh: 2

a(4)

b adalah koloni nomor 2 dari

sampel uji nomor 4

Hasil pengujian terhadap sampel didapatkan bahwa bakteri yang

teridentifikasi adalah Bacillus sp. (Gambar 3a), Pseudomonas sp. (Gambar 3b),

Vibrio parahaemolyticus (Gambar 3c), dan Vibrio alginolyticus (Gambar 3d)

(Lampiran 15 dan 16).

9

Gambar 3 Morfologi sel dan sifat Gram bakteri: (a) Bacillus sp.; (b)

Pseudomonas sp.; (c) Vibrio parahaemolyticus; dan (d) Vibrio

alginolyticus

Hasil Identifikasi Virus Menggunakan PCR

Penyakit akibat Iridovirus ditemukan pada benih ikan kakap putih Lates

calcarifer. Identifikasi dilakukan dengan metode deteksi menggunakan PCR

konvensional. Virus akan terdeteksi pada 570 bp (OIE 2016). Hasil deteksi

tersebut tercantum pada gambar (Gambar 4).

Gambar 4 Hasil deteksi virus menggunakan PCR konvensional. M= Marka

Fragmen DNA, K(+)= Kontrol positif, K(-)= Kontrol negatif

Hasil deteksi penyakit akibat virus pada benih ikan kakap putih Lates

calcarifer terhadap DNA virus sesuai Gambar 4 menunjukkan bahwa terdapat

benih ikan kakap putih yang terinfeksi penyakit Irridovirus. Tanda lingkaran

merah pada gambar menunjukkan munculnya pita yang segaris dengan kontrol

positif (K+) dengan panjang pita 570 bp (OIE 2016). Hasil deteksi terhadap

cDNA virus menunjukkan hasil negatif VNN.

Pembahasan

Campbell et al. (1979) menyatakan bahwa penyakit merupakan hasil

akumulasi dari fenomena-fenomena yang abnormal ditunjukkan dengan adanya

organisme hidup berkarakteristik spesifik, sehingga dapat menimbulkan kerugian

10

secara biologis. Austin & Austin (2007) menyebutkan penyakit adalah suatu

keadaan yang abnormal disebabkan oleh mikroorganisme merugikan.

Mikrooganisme ini muncul akibat interaksi yang tidak seimbang antara

lingkungan, inang, dan patogen. Selain itu, Kinne (1980) mengemukakan bahwa

penyakit juga timbul karena kelainan genetik, nutrisi yang tidak seimbang,

patogen, dan polusi. Penyakit dapat muncul dengan ataupun tidak disertai gejala

klinis.

Penyakit akibat bakteri dapat pula menunjukkan gejala klinis yang disertai

kelainan hingga kerusakan pada tubuh inang. Setelah adanya gejala tersebut,

isolasi bakteri dapat dilakukan untuk menguatkan bukti-bukti penyebab infeksi

(Austin & Austin 2007). Menurut Hidayat et al. (2014) benih ikan kakap putih

yang terinfeksi bakteri menunjukkan perubahan tingkah laku seperti menurunnya

respon ikan terhadap rangsang dan cenderung bergerak lamban, terdapat luka pada

tubuh, serta geripis pada bagian sirip. Gejala perubahan morfologi dilaporkan pula

oleh Sarjito et al. (2007) yaitu berupa perubahan warna akibat infeksi bakteri

sehingga menyebabkan terjadinya infiltrasi sel radang yang meradang pada

lapisan epidermis. Hasil pengamatan gejala klinis saat penelitian berlangsung

didapatkan bahwa benih ikan kakap putih Lates calcarifer mengalami perubahan

warna tubuh yang menghitam (Gambar 1a) dan memucat (Gambar 1b), sirip dan

operculum geripis (Gambar 1c), organ dalam memutih (Gambar 1d), berenang di

dekat saluran air, tidak aktif bergerak, serta tidak memiliki nafsu makan.

Hasil identifikasi bakteri yang ditemukan pada benih ikan kakap putih

yaitu Bacillus sp., Pseudomonas sp., Vibrio parahaemolyticus, dan Vibrio

alginolyticus (Tabel 3). Bakteri Bacillus sp. merupakan bakteri Gram positif yang

berbentuk batang (basil) dengan ukuran panjang dan lebar yaitu 0,3-22×1,27-7 µm

(Gambar 3a), motil (Tabel 3), dan bersifat aerobik (aerobic sporeformers).

Bacillus sp. digolongkan kedalam bakteri heterotrofik (Barrow & Feltham 1993).

Secara alamiah, Bacillus sp. terdapat dimana saja, termasuk yang hidup bebas atau

tergolong bakteri patogen. Bacillus sp. mampu menghasilkan enzim ekstraseluler

seperti protease, amilase, lipase, dan selulase yang membantu pencernaan dalam

tubuh hewan (Scawen & Sharp 1989). Bacillus sp. yang teridentifikasi pada hasil

penelitian ini ditemukan pada sampel benih ikan kakap putih yang organ

dalamnya (usus, hati, dan ginjal) memucat (Gambar 1d). Bacillus sp. yang muncul

sebagai bakteri patogen akan mengakibatkan munculnya beberapa gejala klinis

seperti melemahnya sistem imun, letargi, nekrosis pada hati dan ginjal, lambung

yang membengkak, bacillary necrosis, hingga mengakibatkan kematian setelah

beberapa hari. Timbulnya lesi pada permukaan kulit mengindikasikan adanya

infeksi bakteri lain seperti Aeromonas sp. dan Flexibacter columnare (Ferguson et

al. 2001). Goodwin et al. (1994) mengungkapkan tidak terdapat literatur yang

menyebutkan bahwa Bacillus sp. akan menimbulkan penyakit sistemik pada ikan

laut kecuali Bacillus mycoides yang merupakan agen penyebab dermal ulceration.

Bakteri Pseudomonas sp. yang termasuk kedalam famili

Pseudomonadaceae merupakan bakteri Gram negatif berbentuk batang dengan

ukuran 2-4 µm (Gambar 3b) yang memiliki polar flagella. Pollar flagella ini

memegang peranan penting dalam patogenititas. Bakteri ini bersifat motil (Tabel

3) dan non- spore forming. Pseudomonas sp. termasuk bakteri oportunistik yang

menginfeksi ikan ketika inang mengalami stres akibat penurunan temperatur air

yang mencapai 11-12oC (Wiklund & Bylun 1990), padat tebar yang tinggi,

11

kualitas air yang memburuk, dan asupan nutrisi yang kurang sehingga

mengakibatkan tingginya tingkat mortalitas (Novriadi et al. 2004). Pseudomonas

sp. yang teridentifikasi pada hasil penelitian ini ditemukan pada sampel benih ikan

kakap putih yang mengalami geripis pada sirip ekor dan operculum (Gambar 1c).

Menurut Novriadi et al. (2004), ikan yang terinfeksi Pseudomonas sp. akan

mengalami luka pada permukaan tubuh dan kulitnya, luka dan geripis pada sirip

dan ekor, eksoptalmia, hingga kerusakan pada kornea mata. Pseudomonas sp.

yang ditemukan pada benih ikan kakap yang diteliti mengalami gejala klinis

serupa yaitu adanya geripis pada sirip ekor dan operculum (Gambar 1c).

Bakteri Vibrio parahaemolyticus dan Vibrio alginolyticus berasal dari

famili Vibrionaceae yang sebagian besar hidup di perairan laut dan payau. Infeksi

penyakit yang diakibatkan oleh Vibrio sp. disebut vibriosis. Bakteri Vibrio sp.

diketahui sebagai bakteri yang bersifat opportunistik, sangat ganas, dan berbahaya

bagi kegiatan budidaya ikan laut dan payau karena bakteri ini dapat bersifat

sebagai patogen primer dan sekunder (Irianto 2005). Gejala klinis awal yang

ditunjukkan pada ikan laut stadia benih yang terinfeksi Vibrio sp. yaitu mengalami

anoreksia, hilang nafsu makan, warna tubuh berubah kehitaman (Gambar 1a),

hilang keseimbangan, perilaku berenang tidak normal (Novriadi et al. 2014). Pada

tingkat akut, sirip punggung dan sirip ekor mengalami geripis (Gambar 1c)

dengan permukaan kulit menghitam seperti terbakar (Schubert 1987) hingga

mengalami kematian empat hari setelah terjadinya infeksi dan mortalitas dapat

mencapai 90% dalam waktu satu minggu. Penularan penyakit akibat Vibrio sp.

dapat melalui air atau kontak langsung antar ikan dan menyebar dengan cepat

pada ikan-ikan yang dipelihara dengan kepadatan tinggi (Novriadi et al. 2014).

Vibrio parahaemolyticus dan Vibrio alginolyticus yang teridentifikasi pada

hasil penelitian ini ditemukan pada semua sampel benih ikan kakap putih, baik

yang mengalami perubahan warna tubuh menjadi kehitaman (Gambar 1a), geripis

pada sirip ekor dan operculum (Gambar 1c), maupun organ dalam yang memucat

(Gambar 1d). Hal ini sesuai dengan gejala ikan yang terserang Vibriosis menurut

Novriadi et al. (2014) dan Schubert (1987). Barrow & Feltham (1993)

menyatakan Vibrio parahaemolyticus merupakan bakteri Gram negatif yang

memiliki sel bengok atau koma yang berukuran 2-3 µm (Gambar 3c), motil (Tabel

3), bersifat fakultatif anaerob, halofilik, dan non-spore forming). Identifikasi awal

Vibrio parahaemolyticus dapat melalui pengamatan koloni hasil isolasi murni

pada media TCBS. Hasil isolasi murni pada penelitian ini menunjukkan bahwa

terdapat koloni bulat rata yang berwarna hijau (sucrose non-fermenting) (Gambar

2c), sehingga ciri ini dapat dikenali sebagai Vibrio parahaemolyticus (Barrow &

Miller 1976). Setelah dilakukan tahapan uji presumtif dan uji biokimia, koloni

bulat rata yang berwarna hijau ini teridentifikasi sebagai Vibrio parahaemolyticus,

sehingga terdapat kesesuaian ciri morfologi bakteri dengan hasil uji lanjutannya.

Vibrio alginolyticus, sebagai hasil isolasi dari benih ikan kakap putih yang

mengalami gejala Vibriosis menurut Novriadi et al. (2014) dan Schubert (1987),

merupakan bagian dari mikrobiota saprofit yang pernah dilaporkan sebagai agen

penyebab penyakit Vibriosis pada ikan kerapu dan kakap merah. Selain itu,

bakteri ini adalah organisme yang berasosiasi dengan famili Vibrionaceae lainnya

yang dapat mengakibatkan tingginya angka mortalitas pada stadia larva dan benih

ikan komoditas laut (Balebona et al. 1998). Vibrio alginolyticus merupakan

bakteri Gram negatif yang berbentuk batang pendek yang berukuran panjang dan

12

lebar yaitu 1-3x0,4-0,6 µm (Gambar 3d), motil (Tabel 3), oksidase positif,

fermentatif, arginine dehydrolase negatif, dan lysine decarboxylase positif

(Barrow & Feltham 1993). Identifikasi awal Vibrio alginolyticus, dapat melalui

pengamatan koloni hasil isolasi murni pada media TCBS. Hasil isolasi murni pada

penelitian yang dilakukan menunjukkan bahwa terdapat koloni bulat besar yang

berwarna kuning (sucrose fermenting) (Gambar 2d), sehingga ciri ini dapat

dikenali sebagai Vibrio alginolyticus (Barrow & Miller 1976). Setelah dilakukan

tahapan uji presumtif dan uji biokimia, koloni bulat besar yang berwarna kuning

ini teridentifikasi sebagai Vibrio alginolyticus, sehingga terdapat kesesuaian ciri

morfologi bakteri dengan hasil uji lanjutannya.

Penyakit yang menyerang benih ikan kakap putih Lates calcarifer di

BBPBL Lampung tidak hanya golongan penyakit bakterial, namun juga viral.

Penyakit viral yang teridentifikasi pada benih ikan kakap putih yang berukuran 6

cm (Gambar 1b) yaitu Irridovirus. Organ limpa dan ginjal merupakan organ target

dari virus ini (OIE 2014) . Oleh karena itu, kedua organ ini diekstraksi DNAnya

untuk mendeteksi keberadaan virus DNA. Deteksi terhadap Irridovirus dilakukan

dengan menggunakan primer forward 1-F (5’-CTC-AAA-CAC-TCT-GGC-TCA-

TC-3’) dan primer reverse 1-R (5’-GCA-CCA-ACA-CAT-CTC-CTA-TC-3’)

untuk amplifikasi sekuen DNA sepanjang 570 bp. Kondisi PCR meliputi

denaturation pada suhu 940C selama 30 detik, annealing pada suhu 58

0C, selama

60 detik, extension pada suhu 720C selama 60 detik, dan final extension pada

suhu 720C selama lima menit dengan jumlah siklus sebanyak 30 siklus (OIE

2016). Identifikasi dilakukan dengan mengetahui panjang pita yang terbentuk

pada hasil metode PCR konvensional, bahwa terdapat pita yang muncul dengan

panjang 570 bp (Gambar 4). Hal ini sesuai dengan OIE (2016) yang menyatakan

bahwa panjang pita DNA sebagai hasil positif dari Iridovirus yaitu 570 bp.

Irridovirus masuk kedalam famili Iridoviridae, dapat ditemukan di jaringan

limpa dan jaringan intestinal ikan yang sakit atau sekarat dengan tanda-tanda

penyakit sistemik pada beragam spesies ikan laut (Kurobe et al. 2010). Tingkat

mortalitas ikan yang terinfeksi dapat mencapai 0-100% dalam kurun waktu 24-48

jam setelah munculnya gejala-gejala infeksi (OIE 2016). Kasus infeksi akibat

Iridovirus pertama kali dilaporkan menyebar di lingkungan budidaya wilayah

Asia Tenggara (Leong & Colorni 2002) dan telah menjadi salah satu penyakit

menular dalam daftar OIE tahun 2014 (Novriadi et a.l 2014). Infeksi akibat virus

ini dapat semakin meningkat pada lingkungan yang terkontaminasi dan kualitas

air yang memburuk. Infeksi dapat menyebar dengan cepat apabila sistem imun

inang lemah. Penularan Irridovirus secara vertikal belum pernah dilaporkan

karena umumnya virus ini menyebar akibat introduksi ikan asing yang telah

terinfeksi Irridovirus sebelumnya atau bersifat carier terhadap Iridovirus (Kueh et

al. 2003). Gejala klinis ikan yang terserang Irridovirus yaitu warna tubuh yang

gelap atau pucat (melanosis) (Gambar 1b), letargi, kehilangan nafsu makan,

pembengkakan abdomen, hemoragi pada saluran pencernaan, dan terdapat cairan

keruh dalam rongga perut (OIE 2016). Benih ikan kakap putih berukuran 6 cm

(Gambar 1b) yang terdeteksi Irridovirus tidak menunjukkan gejala yang spesifik,

hanya mengalami perubahan warna kulit (Gambar 1b) dan kehilangan nafsu

makan.

13

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Bakteri yang teridentifikasi pada benih ikan kakap putih Lates calcarifer

adalah bakteri Bacillus sp., Pseudomonas sp., Vibrio parahaemolyticus, dan

Vibrio alginolyticus, Virus yang teridentifikasi pada benih ikan kakap putih Lates

calcarifer adalah Irridovirus.

Saran

Perlu ditentukan agen penyebab penyakit melalui uji Postulat Koch, strategi,

dan langkah pengendalian yang meliputi pencegahan dan pengobatan penyakit

infeksius akibat bakteri Bacillus sp., Pseudomonas sp., Vibrio parahaemolyticus,

dan Vibrio alginolyticus dan akibat virus Irridovirus.

14

DAFTAR PUSTAKA

Affandi R, Tang U. 2002. Fisiologi Hewan Air. Riau (ID): University Riau Press.

Austin B, Austin DA. 2007. Bacterial Fish Pathogen: Disease of Farmed and

Wild Fish Fourth Edition. London (UK): Springer Inc.

Balebana MC, Andreu MJ, Bordas MA, Zorilla I, Morinigo MA, Borrego JJ. 1998.

Pathogenicity of Vibrio alginolyticus for cultured gilt-head sea bream

(Sparus aurata L). Applied and Environmental Microbiology. 64: 4269-

4275.

Barrow GI, Miller DC. 1976. Vibrio parahaemolyticus and Seafood in

Microbiology in Agriculture, Fisheries, and Food. Society for Applied

Bacteriology Symposium Series. London (UK): Academic Press.

Barrow GI, Feltham RKA. 1993. Cowan and Steel’s Manual for the Identification

of Medical Bacteria Third Edition. Cambridge (UK): Cambridge University

Press.

Campbell EJM, Scadding JG, Roberts MS. 1979. The concept of disease. British

Medical Journal. 2: 757-762.

Cheng W, Chen J. 1998. Isolation and characterization of an enterococcus-like

bacterium causing muscle necrosis and mortality in Macrobacterium

rosenbergii in Taiwan. Disease of Aquatic Organism. 34: 93-101.

Claus D. 1992. A standardized of gram staining procedure. World Journal of

Microbiology and Biotechnology. 8: 451-452.

Fergusson HW, Turnball JF, Shinn A, Thompson K, Dung TT, dan Crumlish M.

2001. Bacillary necrosis in farmed Pangasius hypopthalmus (sauvage) from

the Mekong Delta, Vietnam. Journal of Fish Disease. 24: 509-513.

Goodwin AE, Roy JS, Grizzte JM, Goldsby MT. 1994. Bacillus mycoides, a

bacterial pathogen of channel catfish. Disease of Aquatic Organism. 18:

173-179.

Harrigan WF. 1998. Laboratory Methods in Food Microbiology Third Edition.

United Kingdom (UK): WBC Book Manufactures.

Hidayat R, Harpeni E, Wirdayanto. 2014. Profil hematologi kakap putih (Lates

calcarifer) yang distimulasi dengan jintan hitam (Nigela sativa) dan

efektivitasnya terhadap infeksi Vibrio alginolyticus. Jurnal Rekayasa dan

Teknologi Budidaya Perairan. 3: 327-334.

Irianto A. 2005. Patologi Ikan Teleostei. Yogyakarta (ID): Gadjah Mada

University Press.

Jerry DR. 2014. Biology and culture of asian seabass Lates calcarifer. Townsville

(AU): CRC Press.

Kinne O. 1980. Disease of Marine Animals Vol.1: General Aspect, Protozoa, to

Gastropoda. Chichester (UK): John Willey and Sons.

15

Kueh SG, Netto P, Ngoh-Lim GH, Chang SF, Ho LL, Qin QW, Chua FHC, Ng

ML, Fergusson HW. 2012. The pathology of systemic iridoviral disease in

fish. J.Com.Path. 129: 111-119.

Kurobe T, Kwak KT, MacConnell E, McDowell TS, Mardones FO, Hedrick RP.

2010. Development of PCR assays to detect iridovirus infections among

captive and wild populations of Missouri River Sturgeon. Disease of

Aquatic Organism. 93: 31-42.

Kueh SG. 2012. Disease of asian seabass (or barramundi), Lates calcarifer Bloch.

[Thesis]. Perth (AU): Murdoch University.

Leong TS, Colorni A. 2002. Infectious Disease of Warmwater Fish in Marine

Fish and Barackish Water: Disease and Disorder of Finfish in Cage Culture.

UK: CABE Publishing.

Novriadi R, Agustatik S, Hendrianto, Pramuanggit R, Wibowo AH. 2014.

Penyakit Infeksi pada Budidaya Ikan Laut di Indonesia. Balai Perikanan

Budidaya Laut Batam. Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya.

Kementerian Kelautan dan Perikanan.

[OIE] Office International des Epizootic. 2016. Red sea bream iridoviral disease

[internet] [diunduh 2016 Sep 1]. Tersedia dari: http://www.oie.int/

Pusat Penyuluh Perikanan. 2011. Pencegahan dan pengobatan penyakit pada

budidaya ikan [internet] [diunduh 2016 Mei 31]. Tersedia dari:

http://pusluh.kkp.go.id/.

Sarjito SB, Prayitno OK, Radjasa, S Hutabarat. 2007. Causative agent vibriosis

pada kerapu bebek (Cromileptes altivelis) dari Karimun Jawa

patogenisitasnya terhadap ikan kerapu macan (Ephinephelus fuscogutattus).

Jurnal Ilmu Kelautan. 12: 173-180.

Scawen MD, Sharp RJ. 1989. Bacillus. New York (US): Plenum Press.

[SNI] Standar Nasional Indonesia. 2009. Prosedur pengambilan dan pengiriman

contoh ikan untuk pemeriksaan penyakit. Jakarta (ID): BSNI .

Wiklund T, Bylund G. 1990. Pseudomonas anguilliseptica as a pathogen of

salmonid fish in Finland. Disease of Aquatic Organism. 8: 13-19.

16

LAMPIRAN

Lampiran 1 Komposisi dan Pembuatan Media Nutrient Agar (NA)

Media Nutrient Agar (NA) terdiri dari bahan-bahan berikut ini (untuk

pembuatan 100 mL):

1. Agar 15,0 g

2. Gelatin Peptone 5,0 g

3. Beef Extract 3,0 g

Sebanyak 2,3 g bahan ditambahkan dengan NaCl 0,9 g dan dilarutkan

dengan 100 mL akuades. Selanjutnya disterilisasi menggunakan autoklaf selama

15 menit pada suhu 121oC dan tekanan 1 atm. Media dituang ke dalam cawan

petri secara steril.

Lampiran 2 Komposisi dan Pembuatan Media Marine Agar (MA)

Media Marine Broth (MB) terdiri dari bahan-bahan berikut ini (untuk

pembuatan 100 mL):

1. Peptone 0,5 g

2. Yeast Extract 0,1 g

3. Ferric Citrate 0,01 g

4. Sodium Chloride 1,94 g

5. Magnesium Chloride 0,59 g

6. Magnesium Sulfate 0,324 g

7. Calcium Chloride 0,18 g

8. Potassium Chloride 0,055 g

9. Sodium Bicarbonate 0,016 g

10. Potassium Bromide 0,008 g

11. Strontium Chloride 0,34 g

12. Boric Acid 0,022 g

13. Sodium Silicate 0,004 g

14. Sodium Fluoride 0,024 g

15. Ammonium Nitrate 0,016 g

16. Disodium Phosphate 0,008 g

Sebanyak 3,74 g bahan ditambahkan dengan 1,7 g bacto agar (karena

bahan merupakan Marine Broth) dan dilarutkan dengan 100 mL akuades.

Selanjutnya disterilisasi menggunakan autoklaf selama 15 menit pada suhu 121oC

dan tekanan 1 atm. Media dituang ke dalam cawan petri secara steril.

Lampiran 3 Komposisi dan Pembuatan Media Thiosulfate Citrate Bile Salts

Sucrose (TCBS) Agar

Media Pembuatan Thiosulfate Citrate Bile Salts Sucrose (TCBS) Agar

terdiri dari bahan-bahan berikut ini (untuk pembuatan 100 mL): 1. Sacchrose 2 g

17

2. Agar 1,4 g

3. Protease Peptone 1 g

4. Sodium Citrate 1 g

5. Sodium Chloride 1 g

6. Sodium Thiosufate 1 g

7. Oxgall 0,5 g

8. Yeast Extract 0,5 g

9. Sodium Cholate 0,3 g

10. Ferric Citrate 0,1 g

11. Brom Thymol Blue 0,004 g

12. Thymol Blue 0,004 g

Sebanyak 8,9 g bahan dilarutkan dengan 100 mL akuades dan disterilisasi

menggunakan autoklaf selama 15 menit pada suhu 121oC dan tekanan 1 atm.

Media dituang ke dalam cawan petri secara steril.

Lampiran 4 Metode Isolasi Bakteri

Dibawah ini adalah tahapan isolasi bakteri dari benih ikan kakap yang mengalami gejala klinis sakit dan sekarat:

Lampiran 5 Metode Pemurnian Bakteri

18

Lampiran 6 Komposisi dan Pembuatan Media untuk Pewanaan Gram

Berikut ini adalah larutan yang digunakan untuk pewarnaan Gram bakteri.

Larutan terdiri dari larutan Gram A, B, C, dan D:

a. Larutan Gram A

1. Cristal violet 2 g

2. Etanol 95% 20 mL

3. Amonium oksalat 0,8 g

4. Akuades 80 mL

Cristal violet ditambahkan dengan amonium oksalat, lalu dilarutkan dalam

etanol dan akuades. Keduanya dihomogenkan hingga larut dan dibiarkan selama

satu malam, lalu disaring.

b. Larutan Gram B

1. Kalium Iodida 2 g

2. Iodine 2 g

3. Akuades 300 mL

Kalium iodida dilarutkan dalam akuades, lalu larutan ini ditambahkan

iodine sedikit demi sedikit hingga larut.

c. Larutan Gram C

1. Etanol 95% 950 mL

2. Aseton 95% 50 mL

Etanol dan aseton dicampur secara hati-hati hingga terbentuk campuran

yang homogen.

d. Larutan Gram D

1. Safranin 0,25 g

2. Etanol 95% 10 mL

3. Akuades 90 mL

Safranin tersebut dilarutkan dengan etanol 95%, setelah itu ditambahkan

akuades.

Lampiran 7 Metode Pewarnaan Gram

Dibawah ini merupakan tahapan pewarnaan Gram bakteri:

19

Lampiran 8 Uji Motilitas dengan Metode Tetes Gantung menggunakan Media

Peptone Water

Media Pembuatan Peptone Water terdiri dari bahan-bahan berikut ini

(untuk pembuatan 100 mL):

1. Peptone 1 g

2. Sodium chloride 0,5 g

Sebanyak 1,275 g bahan ditambahkan dengan NaCl 0,75 g dan dilarutkan

dengan 100 mL akuades. Selanjutnya disterilisasi menggunakan autoklaf selama

15 menit pada suhu 121oC dan tekanan 1 atm.

Lampiran 1 Metode Uji Motilitas dengan Metode Tetes Gantung (Hanging Drop

Test)

Berikut ini merupakan metode untuk pengujian motilitas bakteri dengan

metode tetes gantung (hanging drop test):

20

Lampiran 10 Uji Presumtif

a. Uji Katalase

Berikut ini merupakan metode untuk uji katalase bakteri:

b. Uji Oksidase

Berikut ini merupakan metode untuk uji katalase bakteri:

Lampiran 11 Komposisi dan Pembuatan Media untuk Uji Biokimia

a. Uji Motilitas dengan Media Sulfida Indol Motility (SIM)

Media pembuatan Sulfida Indol Motility (SIM) terdiri dari bahan-bahan

berikut ini (untuk pembuatan 100 mL):

1. Tryptone 2 g

2. Ferrous ammonium sulfate 0,02 g

3. Sodium thiosulfat 0,02 g

4. Peptone 0,61 g

5. Bacto agar 0,35 g

Sebanyak 3 g bahan dilarutkan dalam 1 mL air, lalu dipanaskan pada

penangas air hingga homogen. Selanjutnya larutan dituang ke dalam tabung reaksi dan disterilisasi menggunakan autoklaf selama 15 menit pada suhu 121

oC dan

tekanan 1 atm.

b. Uji Oksidatif/Fermentatif (O/F)

Media Pembuatan Oksidatif/Fermentatif (O/F) terdiri dari bahan-bahan

berikut ini (untuk pembuatan 100 mL):

1. Bacto trypton 0,2 g

2. K2HPO4 0,03 g

3. Natrium klorida 0,5 g

4. Bacto agar 0,2 g

5. Bromtymol blue 0,008 g

21

Sebanyak 0,94 g bahan dilarutkan dalam 1 mL air, lalu ditambahkan 1 g

glukosa. Campuran ini dipanaskan pada penangas air hingga homogen.

Selanjutnya larutan dituang ke dalam tabung reaksi dan disterilisasi

menggunakan autoklaf selama 15 menit pada suhu 121oC dan tekanan 1 atm.

c. Uji Hidrolisis Gelatin

Media untuk uji hidrolisis gelatin adalah gelatin sebanyak 1,2 g yang

dilarutkan dengan 100 mL akuades, lalu ini dipanaskan pada penangas air hingga

homogen. Larutan dituang ke dalam tabung reaksi dan disterilisasi menggunakan

autoklaf selama 15 menit pada suhu 121oC dan tekanan 1 atm.

Lampiran 12 Metode Uji Biokimia

Dibawah ini merupakan metode duntuk melakukan uji biokimia bakteri:

Lampiran 13 Hasil Uji Biokimia Bakteri

Berikut ini adalah hasil uji biokimia bakteri Bacillus sp., Pseudomonas sp.,

Vibrio parahaemolyticus, dan Vibrio alginolyticus:

Bacillus sp. Pseudomonas sp.

22

Lampiran 14 Tabel Identifikasi Bakteri Gram Positif

Dibawah ini adalah tabel identifikasi bakteri untuk bakteri Gram positif

yang diacu dari Cowan and Steel’s Manual for the Identification of Medical

Bacteria Third Edition (Feltham dan Barrow 2003) :

Vibrio parahaemolyticus Vibrio alginolyticus

23

Lampiran 15 Tabel Identifikasi Bakteri Gram Negatif

Dibawah ini adalah tabel identifikasi bakteri untuk bakteri Gram negatif

yang diacu dari Cowan and Steel’s Manual for the Identification of Medical

Bacteria Third Edition (Feltham dan Barrow 2003) :

24

RIWAYAT HIDUP

Penulis yang lahir di Magetan, Jawa Timur pada 14 September 1993,

merupakan putri semata wayang dari ayah Jais Bintoro dan ibu Rusna Baroroh.

Penulis tinggal dan dibesarkan disana pula. Selain kedua orang tuanya, penulis

teramat mengagumi dan membanggakan eyang Muchsin dan eyang Masrifah yang

tiada henti turut memotivasi penulis untuk terus belajar dan tidak patah arah.

Penulis memulai petualangan belajarnya dengan menamatkan pendidikan Sekolah

Menengah Pertamanya (SMP) di SMPN 1 Magetan, lalu melanjutkan pendidikan

Sekolah Menengah Atas (SMA) di SMAN 1 Magetan. Selama masa SMP dan

SMA penulis aktif menjadi debater dan active speaker pada beberapa kesempatan

dan kompetisi. Setamatnya dari SMA, penulis melanjutkan studinya di Institut

Pertanian Bogor dengan program studi Teknologi dan Manajemen Perikanan

Budidaya.

Penulis merupakan penerima beasiswa PPA/BBP tahun 2013-2016.

Selama mengenyam pendidikan tinggi, penulis aktif menjadi asisten praktikum

untuk mata kuliah Dasar- dasar Genetika Ikan (2015-2016), Penyakit Organisme

Akuatik dengan mengemban amanah sebagai koordinator asisten (2015),

Bioteknologi Ikan (2015-2016), dan Manajemen Kesehatan Organisme Akuatik

(2016).