Hingga saat ini, transportasi sungai masih dimanfaatkan dan diandalkan untuk mengangkut komoditas pertanian, pertambangan dan angkutan masyarakat ke pedalaman. Artinya Sungai Mahakam masih mempunyai peranan strategis di wilayah Kalimantan Timur. Pada saat ini, DAS (Daerah Aliran Sungai) Mahakam mengalami kerusakan lingkungan yang sangat parah. Maraknya pembukaan perkebunan kelapa sawit dan tambang batubara mengakibatkan degradasi lingkungan di hulu Sungai Mahakam dalam skala masif. Degradasi lingkungan menyebabkan erosi, sedimentasi, penyusutan debit air dan pencemaran air sungai. Mudahnya pemberian izin pembukaan lahan perkebunan sawit dan pertambangan batubara tanpa amdal dan pengawasan yang ketat dari Pemerintah Daerah menyebabkan kerusakan lingkungan semakin parah. Sungai sebagai indikator keseimbangan lingkungan semakin tercemar dan dangkal. Kegiatan perkebunan dan pertambangan menyebabkan debit air berkurang karena terganggunya sumber air di hulu sungai. Selain berkurangnya debit air, kegiatan perkebunan sawit dan tambang batubara juga menyebabkan pendangkalan akibat sedimentasi. Berdasarkan analisis di atas Peta Kaltim skala 1.000.000, luas perkebunan sawit yang berpengaruh langsung terhadap pengurangan debit air ke Sungai Mahakam adalah 348.891Ha. Debit air yang berkurang ke hulu Sungai Mahakam sebesar 523.341.000 liter per hari atau 21.806 m3/jam. Tingginya pengurangan debit air yang masuk ke hulu Sungai Mahakam menimbulkan masalah yang sangat serius terhadap keberlangsungan transportasi Sungai Mahakam. Penyusutan debit air dalam skala masif tidak hanya mengancam keberlangsungan transportasi sungai tetapi juga mengancam urat nadi kehidupan masyarakat yang bermukim di DAS Mahakam.Jumlah HPH di Kalimantan Timur sebanyak 77 perusahaan dengan luas HPH 5.498.045,10 ha, sedangkan luas Hutan Tanaman Industri (HTI) 1.372.791,40 ha yang dikelola oleh 30 perusahaan HTI (BPS Kaltim, 2012). Aktivitas perusahaan HPH menyebabkan pertambahan tanah kritis dalam skala masif. Pertambahan tanah kritis juga menyebabkan penyusutan debit air. Luas tanah kritis tidak dapat diukur secara akurat karena kompleksnya dasar perhitungannya. Sedimentasi SungaiSelain kerusakan lingkungan di hulu sungai, kebiasaan masyarakat membuang sampah ke dalam sungai turut memicu pendangkalan sungai. Sampah banyak berserakan di pinggir Sungai Mahakam yang dekat dengan Pasar Pagi di Kota Samarinda. Volume sedimentasi tanah yang masuk ke hulu Sungai Mahakam adalah 4.477 kubik per tahun. Sedimentasi bukan hanya bersumber dari kegiatan tambang batubara tetapi juga dari perkebunan kelapa sawit. Aliran air hujan di lahan perkebunan kelapa sawit tidak dapat ditahan dan cenderung menimbulkan pengikisan tanah dan menimbulkan erosi ke hulu Sungai Mahakam.Dari perhitungan berkurangnya debit air dan bertambahnya sedimentasi ke Sungai Mahakam menunjukkan betapa seriusnya kerusakan lingkungan sebagai dampak maraknya pembukaan perkebunan kelapa sawit dan tambang batubara. Akibat sedimentasi dalam skala masif, dasar Sungai Mahakam mengalami pendangkalan sekitar 15 cm setiap tahun tetapi di sejumlah lokasi tingkat pendangkalan diatas 15 cm. Dengan kata lain, Sungai Mahakam setiap tahun menerima sedimentasi seberat 28 juta ton material. Pendangkalan ini akan menyebabkan Kota Samarinda dapat tenggelam dalam kurun waktu 15 sampai 20 tahun mendatang.Hasil pengukuran kedalaman Sungai Mahakam oleh peneliti Universitas Mulawarman di dekat Jembatan Mahakam yang tak jauh dari lokasi Kompleks Mahakam Square Samarinda menunjukkan bahwa kedalaman sungai paling tinggi 36 sampai 37 meter. Pengukuran dilakukan pada kondisi air pasang dan kemungkinan akan lebih dangkal dalam kondisi air surut. Kedalaman tepi sungai yang terekam hanya 14 meter. Penebangan hutan besar-besaran memicu erosi dan sedimentasi dengan volume lumpur sekitar 400 ton setiap tahun. Dampak pendangkalan dan pengurangan debit air dapat menyebabkan intrusi air laut ke arah Sungai Mahakam. Intrusi air laut akan mengancam flora dan fauna Sungai Mahakam dan stok air bersih untuk penduduk Samarinda dan Kabupaten Kutai Kartanegara. Pengaruh intrusi air laut cenderung mengarah ke bagian hulu yang mengindekasikan berkurangnya debit air dan sedimentasi skala masif Sungai Mahakam.Menjaga kelestarian Sungai Mahakam dapat diupayakan dengan mengoptimalkan potensi Sungai Mahakam dan mengurangi degradasi lingkungan di Daerah Aliran Sungai