Upload
others
View
5
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Kloning Gen dan Konstruksinya pada Binary vectorRikno HarmokoLembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia
PendahuluanDNA sebagai materi genetik
DNA sebagai Material Genetik
3 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell
DNA ke Kromosom
4 8/4/2020 Add a footer
Chromosome Padi
Tipe-tipe sekuen pada genom
5 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell.
Gene sebagai seperangkat instruksi untuk membuatRNA dari DNA
6 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell
Gen dan regulatory sequences
7 8/4/2020 Erich Grotewold, Joseph Chappell, Elizabeth Kellogg,2015, Plant genes, genomes, and genetics, Wiley Blackwell
8 8/4/2020 Add a footer
Chalcone synthase expression to modify pigmentation
Wild-type petunia producing purple
anthocyanin pigments
Chalcone synthase (CHS) is the enzyme at the start of
the biosynthetic pathway for anthocyanins
Anthocyanins
Chalcone synthase (CHS)
Purple flowers
White flowers
Isolasi Gene
2. Mencari sekuen gen target
10 8/4/2020 Add a footer
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#
http://rice.plantbiology.msu.edu/
http://signal.salk.edu/ https://www.ebi.ac.uk/
http://shigen.nig.ac.jp/shigen/about/database.jsp
2. Isolasi total RNA
11 8/4/2020 Ido Keren et.al, 2012. An optimized method for the analysis of plant mitochondria RNAs by Northern-blotting. Journal of Endocytobiosis and Cell Research
❑ DNA / RNA dapat terikat pada silica
membrane pada kondisi buffer dengan
garam tinggi
❑ Interaksi antara DNA / RNA dengan silica
membrane dapat dipecah dengan dengan
melarutkan chaotropic salt dengan buffer
atau air.
❑ Centrifuge berpendingin (4oC) kecepatan
rotor diatas 10.000 rpm
❑ Enzim DNAase untuk mendegradasi DNA
2. Reaksi Reverse Transcriptase
12 8/4/2020 Add a footer
• Enzim yang berfungsi untuk mensintesiscomplementary DNA (cDNA) dari template RNA
2. Polymerase chain reaction (PCR)
13 8/4/2020 Add a footer
• PCR adalah teknik untuk memperbanyak copy sekuen DNA secaraenzimatis tanpa menggunakan organisme.
Komponen dalam Reaksi PCR:
• Template : DNA/cDNA
• DNA Polymerase : Enzim yang mengkatalisis reaksi polymerasi dalam proses sintesis DNA.
• Oligonucleotide primers : DNA rantai tunggal dengan panjang 18-30 bp yang complement dengan target sekuen.
• Deoxynucleotide triphosphates :
• Buffer system
Design primer
14 8/4/2020 Add a footer
5’UTR ORF 3’UTR AAAAAAAAAAAAAAA
Primer F
Primer RATG
STOP
1 Primer length 20 – 25 bp
2 TM 60 - 65 oC
3 Primer 3' clamp C/G
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi
http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi
Jenis Jenis DNA Polymerase
15 8/4/2020 Add a footer
• Taq Polymerase
• KOD Polymerase
• Pfu Polymerase
Cloning Gen
1.DNA Endonuclease/Restriction Enzyme
Type II Endonuclease
• Restriction Enzyme adalah enzyme yang dapat memotong DNA pada specific sequen tertentu
17 8/4/2020 Add a footer
Bentuk titik potong
18 8/4/2020 Add a footer
Bagaimana mencari titik potong pada sequence DNA?http://nc2.neb.com/NEBcutter2/http://www.takara-bio.co.jp/enzyme/enzyme_search.php
Bagaimana mendapatkan enzyme?https://www.neb.com/products/restriction-endonucleaseshttps://www.takarabio.com/products/cloning/restriction-enzymes
2. Reaksi Ligasi : T4 DNA Ligase
19 8/4/2020 Add a footer
• T4 DNA ligase: mengkatalis reaksipembentukan ikatan phosphodiester pada sequence DNA
19 8/4/2020 Add a footer
2. Reaksi Ligasi : T4 DNA Ligase
20 8/4/2020 Add a footer
Vector/plasmid: DNA sirkuler pada cell yang terpisah dari DNA kromoson dan dapat bereplikasi secaraindependen
20 8/4/2020 Add a footer
DNA Ligation dan Tranformasi ke E. coli
21 8/4/2020 Add a footer
Reaksi Ligasi:- Plasmid : Insert DNA dg ratio 1:3- T4 DNA ligase + Buffer
Preparasi kompeten cell
22 8/4/2020 Add a footer
https://protocols.scienceexchange.com/protocols/preparation-of-competent-cells
Preparasi kompeten cell dan transformasi plasmid
23 8/4/2020 Add a footer