Kolokium Liliani Isna Devi G34080057 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Kumpulan larva ikan disortir berdasarkan ada tidaknya

Achmad Farajallah | Kolokium Liliani Isna Devi G34080057Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/kolokium-liliani-isna-devi-g34080057/

Kolokium Liliani Isna Devi G34080057

Liliani Isna Devi, Achmad Farajallah, dan Dyah Perwitasari. 2011. Identifikasi LarvaFamili Gobiidae dari Sungai Kedurang, Bengkulu melalui DNA Barcode. Kolokiumdisampaikan Tanggal 10 Nopember 2011, Departemen Biologi FMIPA IPB

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ikan Gobi merupakan anggota famili Gobiidae dengan ciri sirip ventral menyatu danmembentuk piringan penghisap. Hal ini memungkinkan mereka untuk tetap padaposisinya di perairan dengan arus yang deras (Kottelat M & Whitten AJ 1993). FamiliGobiidae dikelompokkan ke dalam spesies diadromous (bermigrasi antara laut danair tawar) yang bersifat katadromous, yaitu bermigrasi dari air tawar ke laut untukmelakukan pemijahan. Di laut, telur akan menetas dan berkembang menjadi larva,dan selanjutnya akan berkembang menjadi dewasa di sungai. Keberadaan larvaikan terkait dengan parameter pH, temperatur, salinitas, kecepatan arus, plankton

page 1 / 14


dan turbiditas (McDowall 2007). Daerah estuaria merupakan perairan yang suburdan berfungsi sebagai habitat untuk berlindung, mencari makan, zona reproduksi,zona asuhan, dan zona pembesaran bagi berbagai jenis ikan, baik jenis-jenis ikanyang menetap maupun migran. Komposisi jenis dan jumlah individu larva ikan didaerah estuari selalu berfluktuasi. Hal ini berkaitan dengan migrasi ikan yangmencari kondisi lingkungan sesuai dan dipengaruhi pula oleh kondisi pasang surut(Subiyanto et al. 2008).

Identifikasi spesies dari larva ikan sulit dilakukan berdasarkan ciri morfologi yangbiasa dilakukan secara konvensional. Selain itu, sebagian besar panduan identifikasimorfologi ikan berdasarkan pada ikan dewasa. Dalam penelitian yang direncanakanini, kami akan mengaplikasikan metode identifikasi ikan menggunakan DNA Barcode. Penggunaan DNA Barcode sebagai pengenal suatu spesies dapatmengidentifikasi berbagai tingkat kehidupan hewan (Victor et al. 2009). DNA Barcode telah menarik perhatian dunia sebagai sistem yang mengidentifikasispesies secara cepat dan tepat dengan menggunakan urutan pendek DNA (Meier etal. 2006). Ruas DNA yang banyak digunakan sebagai barcode adalah sekitar 700 bpdi bagian ujung 5’ gen cytochrome oxidase 1 (COI) dalam genom mitokondria yangdapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan (Ward et al. 2005), baikinterspesifik maupun intraspesifik (Hebert et al. 2003). Teknik ini tidak hanyamempunyai kegunaan yang potensial untuk mengidentifikasi spesies yang telahdikenali tapi juga dapat menemukan spesies baru (Hajibabaei et al. 2005), sertadapat mengungkapkan fenomena spesies cryptic.

Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi spesies anggota familiGobiidae dalam kumpulan ikan di estuari Sungai Kedurang, Bengkulu menggunakanDNA Barcode.

Waktu dan Tempat

page 2 / 14


Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan November 2011 sampai Maret 2012 dibagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, IPB.

BAHAN DAN METODESampel Ikan

Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulu merupakankoleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil satu kali pada minggukedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat bulan Agustus 2011.Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mM.

Idenfifikasi sampel

Kumpulan larva ikan disortir berdasarkan ada tidaknya sirip cakram ventral sebagaiciri pembeda anggota Famili Gobiidae. Penyortiran ikan lebih lanjut akan dilakukanberdasarkan bentuk kepala, bentuk tubuh, bentuk mata dan pola melanophore.

Ekstraksi dan Isolasi DNA

Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNA adalah jaringan otot dariseluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh belakang sejak anus sampai ekor.Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kit for animal tissue(Geneaid).

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA

Amplifikasi ruas gen CO1 mtDNA akan dilakukan dengan menggunakan primeruniversal gen CO1 pada ikan ( http://ibol.org/resources/barcode-library/). Kondisi PCRakan dioptimasikan untuk memperoleh ruas DNA target atau amplikon yang spesifikuntuk setiap pasangan primer. Pengujian amplikon akan dilakukan dengan metode polyacrilamiide gel electrophoresis (PAGE) 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaansensitive perak (Byun et al. 2009).

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing

page 3 / 14

http://ibol.org/resources/barcode-library/


Amplikon yang berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuaidengan desain primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR forsequencing. Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama denganamplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cycle sequencing.Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling disejajarkandengan runutan nukleotida referensi dari Genbank menggunakan program ClustalW 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Runutannukleotida referensi diperoleh berdasarkan data famili Gobiidae yang terdapat padaGenbank dengan cara hasil sekuensing dijadikan input dalam BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Analisis keragaman nukelotida dan filogenetikdilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00 berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Sedangkan analisis kekerabatan menggunakan metode neighbour joining (NJ) dengan bootstrap 1000x.

DAFTAR PUSTAKA

Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH. 2009. An effective method forsilver-staining DNA in large numbers of polyacrylamide gels. Anal Biochem 385:174-175.

Hajibabaei et al. 2005. DNA barcode distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103: 968-971

Hebert PDN, Ratnasingham S, dan deWaard JR. 2003. Barcoding animal life:cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc RSoc 270: 96–99.

Kottelat M, Whitten AJ. 2003. Freshwater Fishes of Weatern Indonesi and Sulawesi.Germany: Zoologische Staatssammlung.

page 4 / 14

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/


McDowall RM. 2007. On amphidromy, a distinct form of diadromy in aquaticorganism. Fish and Fisheries 8: 1-13.

Meier R, Shiyang K, Vaidya G, Peter. 2006. DNA barcoding and taxonomy in diptera:a tale of high intraspecific variability and low identification success. SystematicBiology 55(5): 715-728.

Subiyanto, Ruswahyuni, Cahyono DG. 2008. Komposisi dan distribusi ikan pelagis diestuaria Pelawangan Timur, Segera Anakan, Cilacap. Saintek Perikanan 4:62-68.

Tamura K, Dudley J, Nei M Kumar S. 2007. MEGA4: Molecular evolutionary geneticsanalysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24:1596-1599.

Victor BC, Hanner R, Shivji M, Hyde J. 2009. Identification of the larval and juvenilestages of the Cubera Snapper, Lutjanus cyanopterus using DNA barcoding. Zootaxa2215:24-36.

Ward RD, Zemlak TS, Innes B, dan Last P. 2005. DNA Barcoding Australia’s fishspecies. Philosophical Transactions of The Royal Society 360: 1847-1857.


page 5 / 14


PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ikan Gobi merupakan anggota famili Gobiidae dengan ciri sirip ventral menyatu danmembentuk piringan penghisap. Hal ini memungkinkan mereka untuk tetap padaposisinya di perairan dengan arus yang deras (Kottelat M & Whitten AJ 1993). FamiliGobiidae dikelompokkan ke dalam spesies diadromous (bermigrasi antara laut danair tawar) yang bersifat katadromous, yaitu bermigrasi dari air tawar ke laut untukmelakukan pemijahan. Di laut, telur akan menetas dan berkembang menjadi larva,dan selanjutnya akan berkembang menjadi dewasa di sungai. Keberadaan larvaikan terkait dengan parameter pH, temperatur, salinitas, kecepatan arus, planktondan turbiditas (McDowall 2007). Daerah estuaria merupakan perairan yang suburdan berfungsi sebagai habitat untuk berlindung, mencari makan, zona reproduksi,zona asuhan, dan zona pembesaran bagi berbagai jenis ikan, baik jenis-jenis ikanyang menetap maupun migran. Komposisi jenis dan jumlah individu larva ikan didaerah estuari selalu berfluktuasi. Hal ini berkaitan dengan migrasi ikan yangmencari kondisi lingkungan sesuai dan dipengaruhi pula oleh kondisi pasang surut(Subiyanto et al. 2008).

Identifikasi spesies dari larva ikan sulit dilakukan berdasarkan ciri morfologi yangbiasa dilakukan secara konvensional. Selain itu, sebagian besar panduan identifikasimorfologi ikan berdasarkan pada ikan dewasa. Dalam penelitian yang direncanakanini, kami akan mengaplikasikan metode identifikasi ikan menggunakan DNA Barcode. Penggunaan DNA Barcode sebagai pengenal suatu spesies dapatmengidentifikasi berbagai tingkat kehidupan hewan (Victor et al. 2009). DNA Barcode telah menarik perhatian dunia sebagai sistem yang mengidentifikasispesies secara cepat dan tepat dengan menggunakan urutan pendek DNA (Meier etal. 2006). Ruas DNA yang banyak digunakan sebagai barcode adalah sekitar 700 bp

page 6 / 14


di bagian ujung 5’ gen cytochrome oxidase 1 (COI) dalam genom mitokondria yangdapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan (Ward et al. 2005), baikinterspesifik maupun intraspesifik (Hebert et al. 2003). Teknik ini tidak hanyamempunyai kegunaan yang potensial untuk mengidentifikasi spesies yang telahdikenali tapi juga dapat menemukan spesies baru (Hajibabaei et al. 2005), sertadapat mengungkapkan fenomena spesies cryptic.

Tujuan


Waktu dan Tempat




Idenfifikasi sampel



page 7 / 14






Amplikon yang berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuaidengan desain primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR forsequencing. Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama denganamplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cycle sequencing.Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling disejajarkandengan runutan nukleotida referensi dari Genbank menggunakan program ClustalW 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Runutannukleotida referensi diperoleh berdasarkan data famili Gobiidae yang terdapat padaGenbank dengan cara hasil sekuensing dijadikan input dalam BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Analisis keragaman nukelotida dan filogenetikdilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00 berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Sedangkan analisis kekerabatan menggunakan metode neighbour joining (NJ) dengan bootstrap 1000x.

DAFTAR PUSTAKA


page 8 / 14







McDowall RM. 2007. On amphidromy, a distinct form of diadromy in aquaticorganism. Fish and Fisheries 8: 1-13.






page 9 / 14



PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ikan Gobi merupakan anggota famili Gobiidae dengan ciri sirip ventral menyatu danmembentuk piringan penghisap. Hal ini memungkinkan mereka untuk tetap padaposisinya di perairan dengan arus yang deras (Kottelat M & Whitten AJ 1993). FamiliGobiidae dikelompokkan ke dalam spesies diadromous (bermigrasi antara laut danair tawar) yang bersifat katadromous, yaitu bermigrasi dari air tawar ke laut untukmelakukan pemijahan. Di laut, telur akan menetas dan berkembang menjadi larva,dan selanjutnya akan berkembang menjadi dewasa di sungai. Keberadaan larvaikan terkait dengan parameter pH, temperatur, salinitas, kecepatan arus, planktondan turbiditas (McDowall 2007). Daerah estuaria merupakan perairan yang suburdan berfungsi sebagai habitat untuk berlindung, mencari makan, zona reproduksi,zona asuhan, dan zona pembesaran bagi berbagai jenis ikan, baik jenis-jenis ikan

page 10 / 14


yang menetap maupun migran. Komposisi jenis dan jumlah individu larva ikan didaerah estuari selalu berfluktuasi. Hal ini berkaitan dengan migrasi ikan yangmencari kondisi lingkungan sesuai dan dipengaruhi pula oleh kondisi pasang surut(Subiyanto et al. 2008).

Identifikasi spesies dari larva ikan sulit dilakukan berdasarkan ciri morfologi yangbiasa dilakukan secara konvensional. Selain itu, sebagian besar panduan identifikasimorfologi ikan berdasarkan pada ikan dewasa. Dalam penelitian yang direncanakanini, kami akan mengaplikasikan metode identifikasi ikan menggunakan DNA Barcode. Penggunaan DNA Barcode sebagai pengenal suatu spesies dapatmengidentifikasi berbagai tingkat kehidupan hewan (Victor et al. 2009). DNA Barcode telah menarik perhatian dunia sebagai sistem yang mengidentifikasispesies secara cepat dan tepat dengan menggunakan urutan pendek DNA (Meier etal. 2006). Ruas DNA yang banyak digunakan sebagai barcode adalah sekitar 700 bpdi bagian ujung 5’ gen cytochrome oxidase 1 (COI) dalam genom mitokondria yangdapat mengidentifikasi hampir semua spesies hewan (Ward et al. 2005), baikinterspesifik maupun intraspesifik (Hebert et al. 2003). Teknik ini tidak hanyamempunyai kegunaan yang potensial untuk mengidentifikasi spesies yang telahdikenali tapi juga dapat menemukan spesies baru (Hajibabaei et al. 2005), sertadapat mengungkapkan fenomena spesies cryptic.

Tujuan


Waktu dan Tempat


page 11 / 14




Idenfifikasi sampel







Amplikon yang berupa pita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuaidengan desain primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dalam PCR forsequencing. Proses PCR untuk sequencing menggunakan primer yang sama dengan

page 12 / 14



amplifikasi sebelumnya dengan metode big dye terminator cycle sequencing.Runutan nukleotida yang diperoleh akan diedit kemudian saling disejajarkandengan runutan nukleotida referensi dari Genbank menggunakan program ClustalW 1.8 yang terdapat dalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Runutannukleotida referensi diperoleh berdasarkan data famili Gobiidae yang terdapat padaGenbank dengan cara hasil sekuensing dijadikan input dalam BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Analisis keragaman nukelotida dan filogenetikdilakukan dengan menggunakan MEGA versi 4.00 berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Sedangkan analisis kekerabatan menggunakan metode neighbour joining (NJ) dengan bootstrap 1000x.

DAFTAR PUSTAKA





McDowall RM. 2007. On amphidromy, a distinct form of diadromy in aquatic

page 13 / 14



organism. Fish and Fisheries 8: 1-13.






page 14 / 14

Documents

Kolokium Liliani Isna Devi G34080057 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Kumpulan larva ikan disortir berdasarkan ada tidaknya