Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat

Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/

Kolokium Yanti Ariyanti G34080045

Judul Kolokium:

Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat (Anguilla: Anguillidae) dalam KumpulanLarva ikan di Muara Sungai Kedurang Bengkulu, Menggunakan DNA Barcode.

Yanti Ariyanti, Achmad Farajallah, Dyah Perwitasari.

Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan IPA, Institut Pertanian Bogor. 19Januari 2012.

PENDAHULUANLatar Belakang

Perairan laut Indonesia diduga merupakan tempat asal usul beragam spesies ikansidat (Anguilla spp.) yang tersebar di seluruh dunia. Diantara 18 spesies sidat yangsudah dikenal di dunia, sembilan diantaranya berada di Indonesia bahkan duadiataranya berstatus endemik, yaitu Anguilla borneensis dan Anguilla celebesensis.Ikan sidat termasuk ordo Anguiliformes dan famili Anguillidae yang terdiri darihanya satu genus yaitu Anguilla. Ciri pembeda genus Anguilla fase dewasa darigenus lain adalah letak sirip anal dan awal sirip punggung agak jauh dari kepala,sirip punggung dan anal memanjang menjadi satu dengan sirip ekor, tutup insangdekat ke bagian dada, serta pola melanofore yang spesifik (Tesch 1977).

Ikan sidat bersifat katadromous. Pemijahannya selalu dilakukan di laut dalamkemudian tumbuh dewasa di perairan tawar, mulai dari muara sampai ke hulusungai (Aoyama 2009). Dalam siklus hidupnya, tahapan perkembangan larva sidatyang disebut leptochepalus berlangsung relatif panjang di laut. Leptochepalusadalah larva sidat dengan bentuk menyerupai daun willow transparan yangmerupakan bentuk khas larva dari ikan elepomorph (Inoue et al. 2004). Setiba di

page 1 / 106


pantai, larva sidat mengalami perkembangan menjadi juvenil (glass eel) denganbentuk menyerupai pipa (anguilik) dan transparan (Tsukamoto 1994). Juvenil sidatkemudian terbawa arus pasang menuju muara sungai dan akan hidup beberapahari di muara untuk mengadaptasikan diri terhadap perubahan kadar garam. Larvaleptochepalus dan juvenil sidat di daerah tropis memiliki bentuk morfologi yang tidak dibedakan antar spesies sidat (Aoyama et.al 2003). Tingkat kesulitanmengidentifikasi spesies sidat berdasarkan morfologi fase larva dan juvenilmenyebabkan terhambatnya pengungkapan keanekaragaman hayati (Herbert2003).

Salah satu cara identifikasi fase larva adalah menggunakan DNA Barcode. TeknikDNA Barcoding tidak hanya berguna untuk mengidentifikasi spesies yang telahdikenali tetapi juga dapat menemukan spesies baru. Teknik DNA barcoding dapatmenyediakan sebuah “barkode biologi” dari urutan pendek DNA yangdistandardisasi untuk mengenali suatu spesies (Hajibabaei et al. 2005). Idemengenai penggunaan barcoding ditujukan untuk membedakan spesies danmengidentifikasi spesimen yang sulit dikenali, seperti fase larva, potongan organmaupun material yang mengalami pemrosesan, dengan menggunakan sekuens genyang cukup pendek.

Gen sitokrom oksidase subunit 1, yang dikenal sebagai CO1, merupakan salah satugen dalam genom mitokondria (mtDNA) yang sekuennya biasa digunakan sebagaibarcode. Sekuen gen CO1 mempunyai sifat-sifat yang memenuhi persyaratan untukdigunakan dalam menentukan suatu spesies pada hampir semua hewan, terutamapada bagian ujung 5’ gen dengan ukuran sekitar 700 bp (Hebert et al. 2003).

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi jenis leptocephalus dan glass eel sidat (Anguilla sp.) dalam kumpulan larva ikan dari muara SungaiKedurang, Bengkulu menggunakan DNA Barcode.

Waktu dan Tempat

page 2 / 106


Penelitian akan dilaksanakan pada bulan November 2011-Maret 2012 di bagianFungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor.

BAHAN DAN METODE

Sampel Ikan. Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulumerupakan koleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil sekali padaminggu kedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat Agustus 2011.Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mM.

Identifikasi sampel. Larva dan juvenil sidat disortir berdasarkan jumlah myomereano-dorsal pada larva, kondisi insang, posisi dan kondisi sirip punggung dan siripdubur.

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNAadalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh ke arahposterior anaus. Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kitfor animal tissue (Geneaid).

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi ruas gen CO1 mtDNAakan dilakukan menggunakan primer universal gen CO1 pada ikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/). Kondisi PCR akan dioptimasikan untukmemperoleh amplikon tunggal.. Pengujian amplikon akan dilakukan denganmetode polyacrilamiide gel electrophoresis 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaansensitif perak (Byun et al. 2009).

page 3 / 106

http://ibol.org/resources/barcode-library/


Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing. Amplikon berupa pitatunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain primer akandijadikan cetakan dalam PCR for sequencing menggunakan menggunakan primeryang sama dengan amplifikasi sebelumnya. . Runutan nukleotida yang diperolehakan diedit kemudian saling disejajarkan menggunakan Clustal W 1.8 yang terdapatdalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Analisis kesamaan nukelotidadan hubungan-hubungan filogenetik antar spesies sidat yang teridentifikasi dansidat yang datanya sudah tersedia di database GenBank akan dilakukan denganmenggunakan MEGA versi 4.00 dengan berbagai opsi yang akan dieksplorasikemudian, mulai dari model substitusi, ukuran bootstrap dan pendekatanpembuatan pohon hubungan kekerabatan.

RENCANA JADWAL PENELITIAN

Kegiatan BulanFebruari

Maret April Mei Juni

Studi Literatur

****** ******

****** ******

******

Penyortiran Sampel

******Ekstraksi dan isolasiDNA

******Amplifikasi DNA

******DNA Sequencing

****** ******Analisis Filogeni

****** ******

page 4 / 106page 4 / 106


page 5 / 106


page 6 / 106


page 7 / 106


page 8 / 106


page 9 / 106


DaftarPustaka

Aoyama J,WouthuyzenS,MillerMJ,InagakiT,TsukamotoK.2003.Short-distancespawningmigration oftropicalfreshwatereels. Biol.Bull.204:104-108

page 10 / 106


Aoyama J.2009.Lifehistoryandevolution ofmigration incatadromouseels(GenusAnguilla). Aqua-BioSci.Monogr.(ABSM)2: 1–42

ByunSO,FangQ,ZhouH, danHickford JGH.2009.Aneffectivemethod forsilver-stainingDNA inlargenumbers ofpolyacr

page 11 / 106


ylamide gels. AnalBiochem 385:174-175.

Hajibabaei etal. DnabarcodedistinguishspeciesoftropicalLepidoptera. PNAS103:968-971

HebertPDN,RatnasinghamS, DeWaardJR.2003.Barcodinganimallife:cytochrome coxidasesubunit

page 12 / 106


1divergencesamongcloselyrelatedspecies. Proc .R. Soc .B 270:96–99.

InoueGJ,MiyaM,TsukamotoK,NishidaM.2004.Mitogenomicevidence forelopomorphfishes(Teleostei)andtheevolutionaryoriginof theleptocephaluslarva. MolPhylogenetEvol

page 13 / 106


32:274–286

Tamura K,DudleyJ, Nei MdanKumarS.2007.MEGA4:Molecularevolutionarygeneticsanalysis(MEGA)softwareversion4.0. MolecularBiologyandEvolution 24:1596-1599.

TeschFW.1977. TheEel-BiologyandManag

page 14 / 106


ementofAnguillid Eels.Chapman andHall :London

TsukamotoK,Umezawa A(1994)Metamorphosis: akeyfactoroflarvalmigrationdetermininggeographicdistributionandspeciation ofeels.In: Proc4thIndo-Pac ConfFacFisheries,KasetartUniver

page 15 / 106


sity,Bangkok, p231–248

JudulKolokium:

IdentifikasiKomposisiJenisIkanSidat (Anguilla:Anguillidae)dalamKumpulanLarvaikan diMuaraSungaiKedurangBengkulu,

page 16 / 106


MenggunakanDNA Barcode.

YantiAriyanti,AchmadFarajallah,DyahPerwitasari.

DepartemenBiologi,FakultasMatematikadanIPA,InstitutPertanianBogor.19Januari2012.

PENDAHU

page 17 / 106


LUANLatarBelakang

Perairan lautIndonesiadidugamerupakantempatasalusulberagamspesiesikansidat (Anguilla spp.)yangtersebar diseluruhdunia.Diantara 18spesiessidatyangsudahdikenaldidunia,sembilandiantaranyaberadadiIndone

page 18 / 106


siabahkanduadiataranyaberstatusendemik, yaituAnguillaborneensisdan Anguillacelebesensis.IkansidattermasukordoAnguiliformesdanfamiliAnguillidaeyangterdiridarihanyasatugenusyaitu Anguilla. Ciripembedagenus Anguilla fasedewasa darigenus

page 19 / 106


lainadalahletaksiripanaldanawalsirippunggungagakjauhdarikepala,sirippunggungdananalmemanjangmenjadi satudengansiripekor,tutupinsangdekatkebagiandada,sertapolamelanoforeyangspesifik(Tesch1977).

Ikansidatbersifa

page 20 / 106


t katadromous.Pemijahannyaselaludilakukan dilautdalamkemudiantumbuhdewasa diperairantawar,mulaidarimuarasampaike hulusungai(Aoyama2009).Dalamsiklushidupnya,tahapanperkembanganlarvasidatyangdisebutleptochepalusberlangsungrelatif

page 21 / 106


panjang dilaut.Leptochepalusadalahlarvasidatdenganbentukmenyerupaidaunwillowtransparanyangmerupakanbentukkhaslarvadariikanelepomorph(Inoue et al.2004).Setibadipantai,larvasidatmengalamiperkembanganmenjadijuvenil(glasseel)dengan

page 22 / 106


bentukmenyerupaipipa(anguilik) dantransparan(Tsukamoto1994).Juvenilsidatkemudianterbawa aruspasangmenujumuarasungaidanakanhidupbeberapa haridimuarauntukmengadaptasikan diriterhadapperubahankadargaram.Larvaleptochepalusdanjuvenilsidat didaerahtropis

page 23 / 106


memilikibentukmorfologiyang tidakdibedakanantarspesiessidat(Aoyamaet.al2003). Tingkatkesulitanmengidentifikasispesiessidatberdasarkanmorfologifaselarvadanjuvenilmenyebabkanterhambatnyapengungkapankeanekaragamanhayati(Herbert2003).

page 24 / 106


SalahsatucaraidentifikasifaselarvaadalahmenggunakanDNA Barcode.TeknikDNA Barcoding tidakhanyabergunauntukmengidentifikasispesiesyangtelahdikenali tetapijugadapatmenemukanspesiesbaru.TeknikDNA barcodingdapatmenyediakansebuah“barkode

page 25 / 106


biologi” dariurutanpendekDNAyangdistandardisasi untukmengenalisuatuspesies(Hajibabaei etal.2005).Idemengenaipenggunaanbarcodingditujukanuntukmembedakanspesiesdanmengidentifikasispesimenyangsulitdikenali,sepertifaselarva,potonganorgan

page 26 / 106


maupunmaterial yangmengalamipemrosesan,denganmenggunakansekuens genyangcukuppendek.

Gensitokromoksidasesubunit1, yangdikenalsebagai CO1,merupakansalahsatugendalamgenommitokondria(mtDNA)yangsekuennyabiasadiguna

page 27 / 106


kansebagaibarcode.SekuengenCO1mempunyaisifat-sifatyangmemenuhipersyaratanuntukdigunakandalammenentukansuatuspesiespadahampirsemuahewan,terutamapadabagianujung5’ gendenganukuransekitar700 bp(Hebert et al. 2003).

Tujua

page 28 / 106


nPenelitian

Penelitian inibertujuanuntukmengidentifikasikomposisijenisleptocephalusdan glasseelsidat (Anguilla sp.)dalamkumpulanlarvaikandarimuaraSungaiKedurang,BengkulumenggunakanDNA Barcode.

Waktu

page 29 / 106


danTempat

PenelitianakandilaksanakanpadabulanNovember2011-Maret2012 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan,DepartemenBiologi,InstitutPertanianBogor.

BAHANDANMETODE

SampelIkan. Kumpu

page 30 / 106


lanikanyangdiambildariestuarisungaiKedurangBengkulumerupakankoleksiDr.AchmadFarajallah IPB.KumpulanikandiambilsekalipadaminggukeduabulanJuli2011danduakalipadaminggukeempatAgustus 2011.Semuasampeldisimpandalam

page 31 / 106


alkohol70%yangmengandungEDTA10 mM.

Identifikasisampel. Larvadanjuvenilsidatdisortirberdasarkanjumlahmyomereano-dorsalpadalarva,kondisiinsang,posisidankondisisirippunggungdansiripdubur.

page 32 / 106


EkstraksidanIsolasiDNA. Sampeljaringan yangdigunakansebagaisumber DNAadalahjaringan ototdariseluruhbagiantubuh,terutamabagiantubuhkearahposterioranaus.Ekstraksi danisolasiDNAakanmenggunakanDNAExtraction Kitforanimaltissue(Geneaid).

page 33 / 106


AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA.AmplifikasiruasgenCO1mtDNAakandilakukanmenggunakanprimeruniversal genCO1padaikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/).KondisiPCRakandioptimasikanuntukmemperoleh amplikon

page 34 / 106








tunggal..Pengujianamplikonakandilakukandenganmetode polyacrilamiide gelelectrophoresis 6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Byun et al.2009).

PerunutanProduk PCRdanAnalisis DNASequensing.Amplikonberupapitatungga

page 35 / 106


l diatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidengandesainprimerakandijadikancetakandalamPCR forsequencingmenggunakanmenggunakanprimeryangsamadenganamplifikasisebelumnya. .Runutannukleotidayangdiperolehakandieditkemudiansalingdisejaj

page 36 / 106


arkanmenggunakanClustalW 1.8yangterdapatdalamprogramMEGAversi4.00(Tamura et al.2007).Analisiskesamaannukelotida danhubungan-hubunganfilogenetikantarspesiessidatyangteridentifikasidansidatyangdatanyasudahtersedia didatabaseGenBa

page 37 / 106


nkakandilakukandenganmenggunakanMEGAversi4.00denganberbagai opsiyangakandieksplorasikemudian,mulaidarimodelsubstitusi,ukuranbootstrap danpendekatanpembuatanpohonhubungankekerabatan.

RENCANA JADW

page 38 / 106


ALPENELITIAN



Studi Literatur

****** ******

****** ******

******

Penyortiran Sampel





****** ******

page 39 / 106


page 40 / 106


Daftar

Pusta

ka

page 41 / 106


Aoyam

a J,

Wouth

uyzen

S,

Miller

MJ,

Inagaki

T,

page 42 / 106


Tsuka

moto

K.2003

.

Short-d

istance

spawni

ng

migrati

page 43 / 106


on of

tropical

freshw

ater

eels.

Biol.

Bull.

204:10

4-108

page 44 / 106


Aoyam

a J.

2009.

Life

history

and

evoluti

on of

migrati

page 45 / 106


on in

catadr

omous

eels

(Genus

Anguill

a).

Aqua-B

ioSci.

page 46 / 106


Monogr

.

(ABSM)

2: 1–42

Byun

SO,

page 47 / 106


Fang

Q,

Zhou

H, dan

Hickfor

d JGH.

2009.

An

effectiv

page 48 / 106


e

metho

d for

silver-s

taining

DNA in

large

numbe

rs of

page 49 / 106


polyacr

ylamid

e gels.

Anal

Bioche

m 385:

174-17

5.

page 50 / 106


Hajiba

baei et

al. Dna

barcod

e

disting

uish

species

of

page 51 / 106


tropical

Lepido

ptera.

PNAS

103:

968-97

1

page 52 / 106


Hebert

PDN,

Ratnasi

ngham

S, De

Waard

JR.

2003.

Barcod

page 53 / 106


ing

animal

life:

cytochr

ome c

oxidas

e

subunit

1

page 54 / 106


diverg

ences

among

closely

related

species

. Proc .

R. Soc .

B 270:

page 55 / 106


96–99.

Inoue

GJ,

Miya

M,

Tsuka

page 56 / 106


moto

K,

Nishida

M.

2004.

Mitoge

nomic

eviden

ce for

page 57 / 106


elopom

orph

fishes

(Teleos

tei)

and

the

evoluti

onary

page 58 / 106


origin

of the

leptoce

phalus

larva.

Mol

Phylog

enet

Evol

page 59 / 106


32:274

–286

Tamur

a K,

Dudley

J, Nei M

page 60 / 106


dan

Kumar

S.

2007.

MEGA4

:

Molecu

lar

evoluti

page 61 / 106


onary

genetic

s

analysi

s

(MEGA)

softwar

e

version

page 62 / 106


4.0.

Molecu

lar

Biology

and

Evoluti

on 24:

1596-1

599.

page 63 / 106


Tesch

FW.19

77. The

Eel-

Biology

and

Manag

ement

of

page 64 / 106


Anguilli

d Eels.

Chapm

an and

Hall :

London

page 65 / 106


Tsuka

moto

K,

Umeza

wa A

(1994)

Metam

orphosi

s: a

page 66 / 106


key

factor

of

larval

migrati

on

determ

ining

geogra

page 67 / 106


phic

distrib

ution

and

speciat

ion of

eels.

In: Proc

4th

page 68 / 106


Indo-Pa

c Conf

Fac

Fisheri

es,

Kaseta

rt

Univer

sity,

page 69 / 106


Bangko

k, p

231–24

8

page 70 / 106


JudulKolokium:

IdentifikasiKomposisiJenisIkanSidat (Anguilla:Anguillidae)dalamKumpulan

page 71 / 106


Larvaikan diMuaraSungaiKedurangBengkulu,MenggunakanDNA Barcode.

YantiAriyanti,AchmadFarajallah,DyahPerwitasari.

DepartemenBiologi,FakultasMatematikadanIPA,InstitutPertanianBogor.19Januari2012.

page 72 / 106


PENDAHULUANLatarBelakang

Perairan lautIndonesiadidugamerupakantempatasalusulberagamspesiesikansidat (Anguilla spp.)yangtersebar diseluruhdunia.Diantara 18spesiessidatyangsudahdikenaldidunia,sembil

page 73 / 106


andiantaranyaberadadiIndonesiabahkanduadiataranyaberstatusendemik, yaituAnguillaborneensisdan Anguillacelebesensis.IkansidattermasukordoAnguiliformesdanfamiliAnguillidaeyangterdiridarihanyasatugenusyaitu Anguilla. Ciripembeda

page 74 / 106


genus Anguilla fasedewasa darigenuslainadalahletaksiripanaldanawalsirippunggungagakjauhdarikepala,sirippunggungdananalmemanjangmenjadi satudengansiripekor,tutupinsangdekatkebagiandada,sertapolamelanoforeyangspesifik(Tesch1977).

page 75 / 106


Ikansidatbersifat katadromous.Pemijahannyaselaludilakukan dilautdalamkemudiantumbuhdewasa diperairantawar,mulaidarimuarasampaike hulusungai(Aoyama2009).Dalamsiklushidupnya,tahapanperkembanganlarvasidatyangdisebutleptochepalus

page 76 / 106


berlangsungrelatifpanjang dilaut.Leptochepalusadalahlarvasidatdenganbentukmenyerupaidaunwillowtransparanyangmerupakanbentukkhaslarvadariikanelepomorph(Inoue et al.2004).Setibadipantai,larvasidatmengalamiperkembanganmenjadijuvenil

page 77 / 106


(glasseel)denganbentukmenyerupaipipa(anguilik) dantransparan(Tsukamoto1994).Juvenilsidatkemudianterbawa aruspasangmenujumuarasungaidanakanhidupbeberapa haridimuarauntukmengadaptasikan diriterhadapperubahankadargaram.Larvaleptochepalusdanjuvenil

page 78 / 106


sidat didaerahtropismemilikibentukmorfologiyang tidakdibedakanantarspesiessidat(Aoyamaet.al2003). Tingkatkesulitanmengidentifikasispesiessidatberdasarkanmorfologifaselarvadanjuvenilmenyebabkanterhambatnyapengungkapankeanekaragamanhayati

page 79 / 106


(Herbert2003).

SalahsatucaraidentifikasifaselarvaadalahmenggunakanDNA Barcode.TeknikDNA Barcoding tidakhanyabergunauntukmengidentifikasispesiesyangtelahdikenali tetapijugadapatmenemukanspesiesbaru.TeknikDNA barcoding

page 80 / 106


dapatmenyediakansebuah“barkodebiologi” dariurutanpendekDNAyangdistandardisasi untukmengenalisuatuspesies(Hajibabaei etal.2005).Idemengenaipenggunaanbarcodingditujukanuntukmembedakanspesiesdanmengidentifikasispesimenyangsulitdikenali,

page 81 / 106


sepertifaselarva,potonganorganmaupunmaterial yangmengalamipemrosesan,denganmenggunakansekuens genyangcukuppendek.

Gensitokromoksidasesubunit1, yangdikenalsebagai CO1,merupakansalahsatugendalamgenommitokondria(mtDN

page 82 / 106


A)yangsekuennyabiasadigunakansebagaibarcode.SekuengenCO1mempunyaisifat-sifatyangmemenuhipersyaratanuntukdigunakandalammenentukansuatuspesiespadahampirsemuahewan,terutamapadabagianujung5’ gendenganukuransekitar700 bp(Heber

page 83 / 106


t et al. 2003).

TujuanPenelitian

Penelitian inibertujuanuntukmengidentifikasikomposisijenisleptocephalusdan glasseelsidat (Anguilla sp.)dalamkumpulanlarvaikandarimuaraSungaiKedurang,BengkulumenggunakanDNA

page 84 / 106


Barcode.

WaktudanTempat

PenelitianakandilaksanakanpadabulanNovember2011-Maret2012 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan,DepartemenBiologi,InstitutPertanianBogor.

BAHA

page 85 / 106


NDANMETODE

SampelIkan. KumpulanikanyangdiambildariestuarisungaiKedurangBengkulumerupakankoleksiDr.AchmadFarajallah IPB.KumpulanikandiambilsekalipadaminggukeduabulanJuli2011danduakalipada

page 86 / 106


minggukeempatAgustus 2011.Semuasampeldisimpandalamalkohol70%yangmengandungEDTA10 mM.

Identifikasisampel. Larvadanjuvenilsidatdisortirberdasarkanjumlahmyomereano-dorsalpadalarva,kondisiinsang,posisidankondisisirip

page 87 / 106


punggungdansiripdubur.

EkstraksidanIsolasiDNA. Sampeljaringan yangdigunakansebagaisumber DNAadalahjaringan ototdariseluruhbagiantubuh,terutamabagiantubuhkearahposterioranaus.Ekstraksi danisolasiDNA

page 88 / 106


akanmenggunakanDNAExtraction Kitforanimaltissue(Geneaid).

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA.AmplifikasiruasgenCO1mtDNAakandilakukanmenggunakanprimeruniversal genCO1padaikan (http://ibol.org/resour

page 89 / 106





ces/barcode-library/).KondisiPCRakandioptimasikanuntukmemperoleh amplikontunggal..Pengujianamplikonakandilakukandenganmetode polyacrilamiide gelelectrophoresis 6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Byun et al.2009).

page 90 / 106





PerunutanProduk PCRdanAnalisis DNASequensing.Amplikonberupapitatunggal diatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidengandesainprimerakandijadikancetakandalamPCR forsequencingmenggunakanmenggunakanprimeryangsama

page 91 / 106


denganamplifikasisebelumnya. .RunutannukleotidayangdiperolehakandieditkemudiansalingdisejajarkanmenggunakanClustalW 1.8yangterdapatdalamprogramMEGAversi4.00(Tamura et al.2007).Analisiskesamaannukelotida danhubungan-hubunganfilogen

page 92 / 106


etikantarspesiessidatyangteridentifikasidansidatyangdatanyasudahtersedia didatabaseGenBankakandilakukandenganmenggunakanMEGAversi4.00denganberbagai opsiyangakandieksplorasikemudian,mulaidarimodelsubstitusi,ukuranbootstrap danpendek

page 93 / 106


atanpembuatanpohonhubungankekerabatan.

RENCANA JADWALPENELITIAN



Studi Literatur

****** ******

****** ******

******

Penyortiran Sampel





****** ******

page 94 / 106


page 95 / 106


page 96 / 106


page 97 / 106


page 98 / 106


page 99 / 106


DaftarPustaka

Aoyama J,WouthuyzenS,MillerMJ,InagakiT,TsukamotoK.2003.Short-distancespawningmigration oftropicalfreshwatereels. Biol.Bull.204:104-108

page 100 / 106


Aoyama J.2009.Lifehistoryandevolution ofmigration incatadromouseels(GenusAnguilla). Aqua-BioSci.Monogr.(ABSM)2: 1–42

ByunSO,FangQ,ZhouH, danHickford JGH.2009.Aneffectivemethod forsilver-stainingDNA inlargenumbers ofpolyacr

page 101 / 106


ylamide gels. AnalBiochem 385:174-175.

Hajibabaei etal. DnabarcodedistinguishspeciesoftropicalLepidoptera. PNAS103:968-971

HebertPDN,RatnasinghamS, DeWaardJR.2003.Barcodinganimallife:cytochrome coxidasesubunit

page 102 / 106


1divergencesamongcloselyrelatedspecies. Proc .R. Soc .B 270:96–99.

InoueGJ,MiyaM,TsukamotoK,NishidaM.2004.Mitogenomicevidence forelopomorphfishes(Teleostei)andtheevolutionaryoriginof theleptocephaluslarva. MolPhylogenetEvol

page 103 / 106


32:274–286

Tamura K,DudleyJ, Nei MdanKumarS.2007.MEGA4:Molecularevolutionarygeneticsanalysis(MEGA)softwareversion4.0. MolecularBiologyandEvolution 24:1596-1599.

TeschFW.1977. TheEel-BiologyandManag

page 104 / 106


ementofAnguillid Eels.Chapman andHall :London

TsukamotoK,Umezawa A(1994)Metamorphosis: akeyfactoroflarvalmigrationdetermininggeographicdistributionandspeciation ofeels.In: Proc4thIndo-Pac ConfFacFisheries,KasetartUniver

page 105 / 106


sity,Bangkok, p231–248

Documents

Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat