1

KORONAVİRUS/CORONAVIRUS: GENEL DEĞERLENDİRME VE GÜNCEL

YAKLAŞIM

Prof Dr Ali Ağaçfidan

İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ve

Viroloji ve Temel İmmünoloji Bilim Dalı Başkanı

TARİHÇE

Zoonotik özellikli olan Coronavirus’ların insanlarda enfeksiyon oluşturduklarına dair bilgiler ilk

olarak 1965 yıllarına dayanmaktadır. Tyrell ve bir grup virolog tarafından soğuk algınlığı olan

insanlardan izole edilen yeni bir virusun, bilinen myxo/paramyxoviruslar ile ilişkili olmadığı ve

elektron mikroskobik (EM) görünümlerinin tavuklarda bronşiolit yapan viruslar ile benzerlik

gösterdiği bulunmuştur. EM görüntüleri (Şekil 1) ile yüzeyinde “TAÇ BENZERİ” çıkıntılar

taşıdığı belirlenen bu virusa, latince taç anlamına gelen “CORONA” kelimesinden esinlenerek

“CORONAVIRUS” adı verilmiştir (1, 2, 3).

Şekil 1: Coronavirus’un EM görüntüsü (2) Şekil 2: Coronavirus’un şematik yapısı (4)

2

GENEL YAPI VE MOLEKÜLER BİYOLOJİK ÖZELLİKLERİ

Pleomorfik veya küresel yapı gösteren Coronovirus’lar yaklaşık 80-220 nm büyüklüğünde olup

lipid zarf ile çevrilidir. Tek sarmal, pozitif iplikli RNA içeren genomu, her biri farklı görevler

üstlenen dört yapısal protein kodlar (4).

Yüzey glikoproteini (S)

Zarf proteini (E)

Matrix proteini (M)

Nükleoprotein (N)

SINIFLANDIRMA: Koronavirus çeşitleri

Uluslararası Virus Taxonomi Komitesi (ICTV), Nidovirales takımında olan Coronaviridae

familyasının, Orthocoronavirinae alt-familyasını dört cins olarak sınıflandırmıştır.

Alphacoronavirus

Betacoronavirus

Gammacoronavirus,

Deltacoronavirus.

Çin Halk Cumhuriyeti’nin Whuan kentinde, Kasım 2019’da ortaya çıkan ve daha

sonra ICTV tarafından “severe acute respiratory syndrome coronavirus-2; SARS-Co-V2”

olarak adlandırılan yeni Cornavirus ile birlikte insanlarda enfeksiyona neden olan

Coronavirus tür sayısı 7 olmuştur (5).

1. Human Coronavirus 229E (HCoV-229E) Alphacoronavirus

2. Human Coronavirus OC43 (HCoV-OC43) Betacoronavirus

3. SARS-CoV Betacoronavirus

4. Human Coronavirus NL63 (HCoV-NL63) Alphacoronavirus

5. Human Coronavirus HKU1 Betacoronavirus

Kuşlar ve memelileri enfekte eder

Sadece memelileri enfekte eder

https://en.wikipedia.org/wiki/Human_coronavirus_229Ehttps://en.wikipedia.org/wiki/Human_coronavirus_OC43https://en.wikipedia.org/wiki/SARS_coronavirushttps://en.wikipedia.org/wiki/Human_coronavirus_NL63https://en.wikipedia.org/wiki/Human_coronavirus_HKU1

3

6. MERS-CoV Betacoronavirus

7. SARS-CoV2 Betacoronavirus

Bu viruslardan HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43 ve HCoV-HKU1 kış aylarında

dolaşıma girerek yetişkinlerde ve çocuklarda hafif-orta derecede solunum yolu enfeksiyonlarına

neden olur. Diğer Coronavirus türlerinin ise salgınlar halinde ortaya çıktığı ve şiddetli akut

solunum yolu enfeksiyonları ile ölümlere neden olduğu bilinmektedir.

SARS-CoV: İlk defa Kasım 2002’de Çin'in Guangdong eyaletinde ortaya çıktıktan sonra Mart

2003’de Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından global bir tehdit olarak kabul edilmiştir.

Temmuz 2003’e kadar devam eden SARS-CoV salgını, 26 ülkede 8098 doğrulanmış vaka ve 774

ölüm (% 9,6) ile sonuçlanmıştır. Ülkemizde SARS-CoV vakası görülmemiştir. SARS-CoV’nun

rezervuarı tam olarak tespit edilmemekle birlikte Himalaya maskeli palmiye misk kedisi, Çin

yaban gelinciği porsuğu ve rakun köpeği gibi bazı vahşi hayvanların enfeksiyon kaynağı

olabileceğine dair kanıtlar bulunmuştur. Hong Kong'daki Amoy Gardens apartmanında yaşayan

evcil kedilerin de SARS-CoV ile enfekte olduğu belirlenmiştir. (6).

MERS-CoV: DSÖ verilerine göre Eylül 2012 yılında Suudi Arabistan’da ortaya çıktıktan sonra,

günümüze kadar 27 ülkeden laboratuvar testi ile doğrulanmış 2494 vaka ve 858 ölüm (%35)

bildirilmiştir. Ülkemizde 17 Ekim 2014 tarihinde doğrulanmış tek bir vakanın Suudi Arabistan’a

ziyaret sonrasında geliştiği bildirilmiştir. MERS-CoV’un insandan insana bulaşımı sınırlıdır ve

Arap yarımadası dışındaki vakaların tümü ya bu bölgedeki ülkelerde bulunmuş ya da bu

ülkelerden gelen MERS-CoV enfekte hastalar ile yakın teması olan kişilerdir. Klinik buguları

SARS'a benzer şekilde öksürük, ateş, ağır solunum yetmezliği ve gastrointestinal semptomlarının

yanı sıra böbrek yetmezliği, perikardit ve yaygın damar içi pıhtılaşma bulguları da bildirilmiştir.

Tek hörgüçlü develerin MERS-CoV’un doğadaki rezervuarı olabileceğine dair kanıtlar

bulunmakla birlikte enfeksiyonun develerden insanlara nasıl bulaştığı tam olarak bilinmemektedir

(7, 8).

4

Doğal konaktan aracı konağa saçılım

Orta derece enfeksiyon

Şiddetli enfeksiyon

Şekil 3: İnsan Coronavirus’larının köken aldıkları hayvanlar (Kaynak 2’den

uyarlanmıştır)

Doğal Konak

Aracı Konak

İnsan virusu

5

Yeni Coronavirus Hastalığı (Coronavirus Disease-2019; COVID-19)

Çin'in Hubei Eyaleti, Wuhan'da 31 Aralık 2019 tarihinde etiyolojisi bilinmeyen bir pnömoni vaka

kümesi bildirilmiştir. Pnömoni vaka kümesindeki hastaların deniz ürünleri toptancı pazarında

çalıştığı ya da bu pazarda bulundukları belirlenmiştir. Çin Hastalıkları Önleme ve Kontrol

Merkezi 9 Ocak 2020’de salgına neden olan virusun yeni bir Coronavirus (2019-nCoV) olduğunu

ve Betacoronavirus cinsi içerisinde sınıflandırıldığını açıklamıştır. Daha sonra 13-14 Ocak

2020’de Tayland ve Japonya’dan bildirilen iki vakanın Wuhan Bölgesine ziyaret öyküsü

belirlenirken, Vietnam ve Almanya’da saptanan iki vakanın ise sadece bölgeye ziyaret eden

kişilerle temas öyküsüne sahip olması ile virusun insandan insan bulaşma özelliği doğrulanmıştır

(9,10). Damlacık yolu ile bulaşan yeni Coronavirus’un insanlar arasında yayılımı değişkenlik

göstermektedir. Yayılma sayısı olarak bilinen R0 değerinin yeni Coronavirus için 1,4-3,8

arasında olduğuna dair yapılan bildirimler, MERS-CoV ve SARS-CoV için tahmin edilen R0

değerlerinden oldukça yüksektir (11, 12). Hızla yayılım gösteren yeni Coronavirus için 20 Ocak

2020 tarihinde DSÖ örgütü tarafından acil durum ilan edildikten sonra ilk defa 2 Şubat 2020

tarihinde Çin dışı bir ülkede (Filipin’de) ölüm bildirildi (13).

Kronolojik sıralamaya göre 8 Şubat'ta Çin Ulusal Sağlık Komisyonu, hastalığı geçici olarak yeni

koronavirüs pnömonisi veya NCP olarak adlandırmaya karar verirken, 11 Şubat 2020 tarihinde

DSÖ tarafından hastalığın resmi adı, “Coronavirus Disease-2019; COVID-19” olarak

açıklanmıştır. Bu adlandırmayı “yeni insan enfeksiyon hastalıklarının isimlendirilmesinde en iyi

uygulamalar” klavuzuna göre yapan DSÖ yetkilileri, gelecek yıllarda ortaya çıkabilecek yeni

Coronavirus hastalıklarının adlandırılması için de bir bir format oluşumunu sağlamışlardır (14).

DSÖ’nün COVID-19 açıklamasından kısa bir süre sonra, hastalığa neden olan virus ICTV

tarafından SARS-CoV-2 olarak adlandırılırken, virusun 2003 yılında tanımlanan SARS-CoV’a

benzerliği dikkate alınmıştır (5).

DSÖ’nün 22 Şubat 2020’de “33. Durum Raporu”na göre son 24 saat içerisinde 599 yeni vaka ile

birlikte tüm Dünya’da doğrulanan vaka sayısı 77794 olarak belirlendi. Bu vakaların 76 392 (son

24 saat içerisinde 397 yeni vaka ile)’si Çin’den bildirildi. Son durum raporunda Çin dışı

ülkelerden ise son 24 saat içerisinde 202 yeni vaka ile birlikte 1402 doğrulanan vaka olduğu

açıklandı. Çin dışı ülkelerin sayısı 26 iken son günlerde Mısır ve Iran’dan bildirilen vakalar ile

28’e yükseldi. (hızla değişen COVID-19 vakaları ile ilgili günlük verilere aşağıdaki web

6

sayfasından ulaşılabilinir; https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-

reports/20200219-sitrep-30-covid-19.pdf?sfvrsn=3346b04f_2).

Şekil 4: DSÖ’nün 22 Şubat 2020 verilerine göre COVID-19’in Dünya’daki dağılımı (13).

ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) tarafından COVID-19’e bağlı

ölümlerin sayısı, 3 Mart 2020 itibarı ile Çin’de 2 946, Hong Kong’da 2, İran’da 66, Uluslararası

Transport Bölgesi (Japonya)’nde 6, Güney Kore’de 34, Tayvan’da 1, Tayland’da 1, Filipinler’de

1, Japonya’da 6, Fransa’da 3, İtalya’da 52, Australya’da 1, ABD’de 6, San Marino’da 1 olmak

üzere toplam 3124 olarak bildirilmiştir (15). Dünya genelinde görülen COVID-19 doğrulanan

vaka ve ölüm sayılarının ülkelere göre dağılımı Tablo 1’de verilmiştir. Tüm bu veriler ile

yaklaşık %3 olarak belirlenen Coronavirus’un mortalite oranı SARS-CoV ve MERS-CoV için

belirlenen oranlardan daha düşüktür (15).

https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200219-sitrep-30-covid-19.pdf?sfvrsn=3346b04f_2https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200219-sitrep-30-covid-19.pdf?sfvrsn=3346b04f_2

7

Tablo 1: Ülkelere göre COVID-19 doğrulanan vaka ve ölüm sayıları* (15).

Ülke Doğrulanan Vaka Sayısı Ölüm Sayısı

Çin 80134 2914

Japonya 254 6

Singapur 106 0

Kore 4212 22

Bahrein 47 0

Kuveit 46 0

Tayland 43 1

Taivan 40 1

Malezya 29 0

Vietnam 16 0

Birleşik Arap Emirliği 21 0

Irak 19 0

Filipin 3 1

Hindistan 3 0

İran 978 54

Sirilanka 1 0

Kamboçya 1 0

Lübnan 10 0

Nepal 1 0

Endonezya 2 0

Afganistan 1 0

İsrail 10 0

Oman 6 0

Pakistan 4 0

Katar 3 0

Uluslararası Transport Bölgesi (Japonya) 705 6

Almanya 129 0

Fransa 130 2

İngiltere 36 0

Norveç 19 0

İsveç 14 0

Avusturya 14 0

Hollanda 13 0

8

İtalya 1689 35

İspanya 83 0

San Marino 8 1

Yunanistan 7 0

Hırvatistan 7 0

Rusya 2 0

Monaco 1 0

Litvanya 1 0

Ermenistan 1 0

İrlanda 1 0

Lüksemburg 1 0

Kuzey Makedonya 1 0

Belarus 1 0

Estonya 1 0

İsviçre 24 0

Finlandiya 6 0

Belçika 2 0

Danimarka 4 0

İzlanda 3 0

Azerbeycan 3 0

Çek Cumhuriyeti 3 0

Gürcistan 3 0

Romanya 3 0

Amerika 89 2

Kanada 24 0

Ekvator 6 0

Meksika 5 0

Brezilya 2 0

Dominik Cumhuriyeti 1 0

Avustralya 29 0

Yeni Zellanda 1 1

Cezayir 3 0

Mısır 2 0

Nijerya 1 0

Total 89068 3046

*ECDC’nin 3 Mart 2020 raporundan alınmıştır.

9

Klinik Bulgular: COVID-19’un inkübasyon süresi tam olarak bilinmemekle birlikte bulaştan

sonra 2-14 gün içerisinde semptomlar ortaya çıkmakta ve bu dönemde bulaştırıcılık devam

etmektedir. Ateş, öksürük, solunum sıkıntısı semptomları ile seyreder. Hafif klinik seyirden ağır

pnömoni, böbrek yetmezliği veya çoklu organ yetmezliği ile ölüme neden olabilir (7).

LABORATUVAR TANISI

COVID-19’un real-time revers-transkriptaz (rRT)-PCR yöntemi ile saptanması için DSÖ’nün

web sayfasından primer-prob dizilerine ve farklı ülkeler tarafından belirlenmiş test protokollerine

ulaşmak mümkündür (16). COVID-19 için endotrakeal aspirat, bronkoalveolar lavaj gibi alt

solunum yolu örnekleri tercih edilebileceği gibi nazaofarengeal veya orafarengeal sürüntü

örneklerinde de çalışılabilinir. Sürüntü örnekleri viral transport besiyeri (VTB) içerisinde

laboratuvara iletilmelidir. Ülkemizde, olası vakaların doğrulanması T.C Sağlık Bakanlığı Halk

Sağlığı Müdürlüğü Referans Laboratuvarının sorumluluğundadır. Klinik örneklerin, Referans

Laboratuvarına görnderilmesi “İl Sağlık Müdürlüğü” aracılığı ile gerçekleştirilir. Gönderim

işlemi için klinik örneklerin mutlaka sızdırmaz kap içerisinde olması gerekir. Klinik örnek test

çalışılıncaya kadar geçen 48 saatlik süre (VTB) içerisindeki sürüntü örnekleri 5 gün) boyunca

+4 °C’de saklanmalıdır, daha uzun süreli bekleme durumunda -70 °C’de saklanmalıdır (17). Tanı

için diğer solunum yolu viruslarını araştırmak üzere multipleks revers transkriptaz realtime PCR

gerekli olabilir.

İstanbul Tıp Fakültesi,Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji ve Temel İmmunoloji

Bilim Dalı laboratuvarında Adenovirus, Human Boca virus, HCoV-229E, HCoV-NL63,

HCoV-OC43, HCoV-HKU1, Enterovirus, İnfluenza A, İnfluenza A(H1N1), İnfluenza B,

Parainfluenzavirus 1-4, Paraechovirus, Rhinovirus, RSV, Human Metapneumovirus, ve M.

pneumoni’yi aynı anda saptayabilen multipleks rRT-PCR testi çalışılmaktadır. Ancak diğer

solunum yolu virüslerinin saptanmış olması SARS-CoV-2’yi dışlamaz.

Mix enfeksiyonlar göz önünde bulundurlarak olası vaka tanımına uygun tüm hastaların

örnekleri mutlaka COVID-19 açısından incelenmelidir. Olası vakalar, Sağlık Bakanlığının

COVID-19 için hazılanan sağlık çalışanları rehberindeki tanımlamaya uygun olarak

belirlenmelidir. T.C Sağlık Bakanlığı son gelişmeleri dikkate alarak 21 Şubat 2019 trihinde

COVID-19 rehberinde güncelleme yapmıştır. Bu güncelleme ile Çin’e ek olarak hastalığın artış

10

gösterdiği ülkelerde (Singapur, İran, Tayland, Japonya, Hong Kong, Güney Kore) bulunmuş

kişiler de olası vaka tanımı içerisine dahil edilmiştir (17).

KORUNMA

Genel olarak solunum yolu etkenlerine maruz kalmayı ve bulaşmayı azaltmaya yönelik

standart önerileri aşağıdaki gibidir:

Ellerin sabun ile yıkanması veya en az %60 alkol bazlı dezenfektan ile silinmesi.

Hapşırma, öksürük sırasında ağız ve burnun mendil ile kapatılması, sonra mendilin atılıp

elin yıkanması. Mendil olmadığı zaman, kapatma işlemi kıvrılmış kolun dirsek kısmı ile

sağlanmalıdır.

Ateş ve öksürüğü olanlarla yakın temasta kaçınılmalıdır.

Ateş, öksürük ve nefes almada zorluk yaşıyorsanız erken tıbbi yardım alın ve seyahat

geçmişi var ise ilgili hekim ile paylaşılmalıdır

Halen yeni koronavirüs vakalarının yaşandığı bölgelerde canlı hayvanlarla ve hayvanlarla

temas eden yüzeylerle doğrudan korumasız temastan kaçınılmalıdır.

Çiğ veya az pişmiş hayvansal ürünlerin tüketiminden kaçınılmalıdır.

Kesin vaka ile teması olan kişiler 14 gün süre ile ateş, solunum ve diğer sistemik bulgular

açısından izlenmelidir. Olası vaka temaslarında ise hastanın tetkik süreci boyunca izlem yapılır,

test sonucu negatif çıkarsa izlem durdurulur, test sonucu pozitif çıkarsa temaslının izlemine

devam edilir.

COVID-19’un henüz aşı ve spesifik bir tedavisi yoktur, ancak birçok ülkede bu alanda çalışmalar

başlatılmıştır. CoVID-19 ile enfekte olan hastalara semptomları hafifletmek için destekleyici

tedavi uygulanır. Şiddetli vakalarda tedavi, hayati organ fonksiyonlarını destekleyici kapsamda

olmalıdır (18).

KAYNAKLAR

1. Almeida JD and Tyrell DAJ. The Morphology of Three Previously Uncharacterized

Human Respiratory Viruses that Grow in Organ Culture. J. Gen. Virol 1967; 1: 175-

178.

11

2. Khan JS and McIntosh K. History and Recent Advances in Coronavirus Discovery.

Pediatr Infect Dis J 2005; 24: 223–227.

3. Cui J, Li F and Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic Coronaviruses. Nature

Reviews/Microbiology 2019; 17: 181-187.

4. Christopher J. Burrell, Colin R. Howard and Frederick A. Murphy. Fenner and

White's Medical Virology 2017, p437-446. DOI: http://dx.doi.org/10.1016/B978-0-

12-375156-0.00031-X.

5. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Taxonomic Information.

https://talk.ictvonline.org/taxonomy/. Erişim: 02.02.2020.

6. WHO guidelines for the global surveillance of severe acute respiratory syndrome

(SARS). Updated recommendations October 2004.

https://www.who.int/csr/resources/publications/WHO_CDS_CSR_ARO_2004_1.pdf?

ua=1. Erişim: 02.02.2020

7. Berry M, Gamieldien J and Fielding BC. Identification of New Respiratory Viruses in

the New Millennium. Viruses 2015; 7: 996-1019. DOI:10.3390/v7030996.

8. WHO, Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV).

https://www.who.int/emergencies/mers-cov/en/ Erişim: 02.02.2020

9. Qun Li, M.Med., Xuhua Guan and at all. Early Transmission Dynamics in Wuhan,

China of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia. The New England Journal of

Medicine, 2020. DOI: 10.1056/NEJMoa2001316.

10. ECDC, Novel coronavirus. https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-china.

Erişim: 02.02.2020.

11. Riou J and Althaus LC. Pattern of early human-to-human transmission of Wuhan

2019 novel coronavirus (2019-nCoV), December 2019 to January 2020. Euro Surveill.

2020; 25(4): 2000058. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.4.2000058.

12. Kwok OK, Thank A, Wei WIV et all. Epidemic Models of Contact Tracing:

Systematic Review of Transmission Studies of Severe Acute Respiratory Syndrome

and Middle East Respiratory Syndrome. Computational and Structural Biotechnology

Journal 2019; 17: 186–194.

13. WHO, Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Report – 33. Erişim: 02.02.2020.

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports/

https://talk.ictvonline.org/taxonomy/https://www.who.int/csr/resources/publications/WHO_CDS_CSR_ARO_2004_1.pdf?ua=1https://www.who.int/csr/resources/publications/WHO_CDS_CSR_ARO_2004_1.pdf?ua=1https://www.who.int/emergencies/mers-cov/en/https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-chinahttps://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports/

12

14. World Health Organization Best Practices for the Naming of New Human Infectious

Diseases May 2015. Erişim: 22.02.2019.

https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/163636/WHO_HSE_FOS_15.1_eng.

pdf;jsessionid=5192B9D8544E775B216AB57F782FF9A9?sequence=1.

15. ECDC. COVID-19. Situation update – worldwide. Erişim; 22.02.2019

https://www.ecdc.europa.eu/en/geographical-distribution-2019-ncov-cases

16. WHO. Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance: Laboratory testing for

2019-nCoV in humans. https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-

2019/technical-guidance/laboratory-guidance. Erişim: 22.02.2019.

17. T.C Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, 2019-nCoV Hastalığı Rehberi

(Bilim Kurulu Çalışması). https://hsgm.saglik.gov.tr/depo/birimler/Bulasici-

hastaliklar-db/hastaliklar/2019_n_CoV/rehberler/2019-nCoV_Hastaligi_Rehberi.pdf

18. CDC, Prevention and Treatment. Erişim: 02.02.2020

https://www.cdc.gov/coronavirus/about/prevention.html

https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/163636/WHO_HSE_FOS_15.1_eng.pdf;jsessionid=5192B9D8544E775B216AB57F782FF9A9?sequence=1.https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/163636/WHO_HSE_FOS_15.1_eng.pdf;jsessionid=5192B9D8544E775B216AB57F782FF9A9?sequence=1.https://www.ecdc.europa.eu/en/geographical-distribution-2019-ncov-caseshttps://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/laboratory-guidancehttps://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/laboratory-guidancehttps://hsgm.saglik.gov.tr/depo/birimler/Bulasici-hastaliklar-db/hastaliklar/2019_n_CoV/rehberler/2019-nCoV_Hastaligi_Rehberi.pdfhttps://hsgm.saglik.gov.tr/depo/birimler/Bulasici-hastaliklar-db/hastaliklar/2019_n_CoV/rehberler/2019-nCoV_Hastaligi_Rehberi.pdfhttps://www.cdc.gov/coronavirus/about/prevention.html