Padang lamun merupakan salah satu ekosistem laut dangkal yang memiliki nilai konservasi tinggi khususnya dalam hal perlindungan sistem penyangga kehidupan dan pengawetan keanekaragamanhayati di wilayah pesisir. Faktor kualitas air menjadi salah satu faktor penting karena lamunmerupakan ekosistem yang secara permanen hidup di bawah permukaan air laut. Apabila kondisikualitas air nya tercemar maka akan membawa pengaruh terhadap kehidupan lamun dan biota akuatikdi sekitarnya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa kualitas air di ekosistem lamun berdasarkanbaku mutu kualitas air untuk lamun KEPMEN LH No. 51 Tahun 2004 sebagai suatu petunjukpenilaian perairan apakah masih layak digunakan sesuai dengan peruntukannya atau tidak. Dandiharapkan menjadi salah satu langkah awal guna mendapatkan informasi, yang akan menjadi acuanpenanganan dan pengelolaan ekosistem lamun kedepannya. Penelitian dilakukan pada bulan Juni,September dan Desember 2012, dimana pengambilan sampel air dan lamun dilakukan di 4 (empatstasiun) yaitu Watu Merah, Legon Boyo, Pulau Kembar, Pulau Kumbang. Hasil penelitian indekspencemaran di stasiun pengamatan Watu Merah dan Legon Boyo menunjukkan status mutuperairannya berada dalam kondisi tercemar ringan, sedangkan di stasiun pengamatan Pulau Kembardan Pulau Kumbang berada dalam kondisi baik. Untuk menjaga kualitas air dalam kondisi alamiahnyadiperlukan strategi pengendalian pencemaran dengan melibatkan masyarakat dan instansi terkait.
