17
LAPORAN PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA PENGENALAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information) NAMA : SORAYA WIDYASARI NIM : 0910910073 TANGGAL PRAKTIKUM : 8 MARET 2012 LABORATORIUM BIOINFORMATIKA JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2012

LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

Embed Size (px)

DESCRIPTION

bioteknologi

Citation preview

Page 1: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

LAPORAN PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA

PENGENALAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information)

NAMA : SORAYA WIDYASARI

NIM : 0910910073

TANGGAL PRAKTIKUM : 8 MARET 2012

LABORATORIUM BIOINFORMATIKA

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2012

Page 2: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) didirikan pada tahun 1988,

merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi

molekuler. NCBI memuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software

penganalisis data genom. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-

penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan

salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap

dan diacu oleh para peneliti di dunia. NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami

mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit (Dhiantika, 2010).

NCBI menyediakan situs web yang komprehensif bagi ahli biologi yang mencakup biologi

yang berhubungan dengan database, dan alat untuk melihat dan menganalisis data yang melekat

di database. Sebuah divisi dari Perpustakaan Nasional Kedokteran di National Institutes of Health,

NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk

menyimpan dan menganalisis profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler. Salah

satu tantangan yang paling sulit yang dihadapi dalam bidang bioinformatika adalah bagaimana

untuk menyimpan, dengan cara yang mudah diakses, kelimpahan besar informasi baru, termasuk

urutan genom keseluruhan, penemuan gen baru yang sedang berlangsung dan produk gen, dan

penentuan fungsi dan struktur. NCBI (Dhiantika, 2010).

Beberapa dari banyak manfaat penggunaan NCBI yaitu ketika kita melakukan penelitian

mengenai homologi protein antar‐organisme. Dengan memanfaatkan salah satu tool pada NCBI,

dapat dibandingkan kemiripan asam amino yang menyusun protein. Melalui program blastp pada

situs NCBI dapat dilakukan pencarian protein homolog dari berbagai macam organisme. Literatur

jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung

pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE

(Dhiantika, 2010).

1.1 Tujuan

Tujuan pelaksanaan praktikum yang berjudul pengenalan NCBI (National Center for Biotechnology

Information) yaitu untuk mempelajari cara mencari dan mendapatkan data dari genbank

1.2 Manfaat

Manfaat yang diperoleh dari pelaksanaan praktikum ini yaitu mahasiswa mengenal database NCBI,

mampu mencari dan mendapatkan data dari genbank, sehingga dapat diaplikasikan pada

penelitian terkait dengan bidang ilmu biologi molekuler.

Page 3: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang

menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database

yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom.

Biotechnology sangat membantu dalam kehidupan manusia, mulai dari proses bio-yang sederhana

sampai kepada tingkat yang lebih canggih. NCBI juga mendorong komunikasi ilmiah pada bidang

komputer. NCBI juga mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi

data dan pertukaran, serta tata-nama biologi. Berikut merupakan Data base and Software dari

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) : (Dhiantika, 2010).

1. Entrez

Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi

untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping) , taksonomi dan data struktural. Entrez juga

menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan keunggulan

Entrez adalah kemampuan untuk pencarian informasi terkait sekuen, struktur dan referensi.

Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung

pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE. Entrez

Gene adapat diakses pada www.ncbi.nlm.nih.gov/gene. (Dhiantika, 2010).

2. Nucleotide Database

Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk

diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein

Data Bank (PDB). GenBank merupakan database sekuen genetik dari NIH (National Institutes of

Health), berupa koleksi sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai

dan didistribusi NCBI. Data sekuen dikirim ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia.

3.BLAST (Dhiantika, 2010).

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian

kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter

genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan dengan database DNA

dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik).

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

a. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (querysequence)

yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.

Page 4: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

b. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan

database sekuen protein.

c. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida (translated

nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.

d. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen

nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

e. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida (Dhiantika, 2010).

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun

Pubmed central. PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang

menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga

kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed

menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-

sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis

yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang

menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat (Berkeley Library, 2012).

NCBI (National Center for Biotechnology Information) (RefSeq) database dapat diakses

melalui alamat (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/) menyediakan koleksi non-redundant urutan

genom yang mewakili data, transkrip dan protein. Meskipun tujuannya adalah untuk menyediakan

dataset komprehensif mewakili informasi urutan lengkap untuk setiap spesies tertentu, database

pragmatis termasuk data urutan yang saat ini tersedia untuk umum dalam database arsip. Basis

data menggabungkan data dari lebih dari 2400 organisme dan mencakup lebih dari satu juta

protein yang mewakili keragaman taksonomi yang signifikan mencakup prokariota, eukariota dan

virus. Sequen nukleotida dan protein secara eksplisit terkait, dan urutan yang terkait dengan

sumber daya lain termasuk Viewer Peta NCBI dan Gene. Sequen dianotasikan untuk masuk

daerah pengkodean, domain, variasi, referensi, nama, database referensi silang, dan fitur lain yang

menggunakan pendekatan gabungan kolaborasi dan masukan lainnya dari komunitas ilmiah,

penjelasan otomatis, serta propagasi dari GenBank (Pruitt, 2004).

Database GenBank merupakan suatu bentuk koleksi data dari semua urutan nukleotida

serta hasil translasi berua sequen protein yang dapat diakses untuk umum. Database ini dihasilkan

di National Center for Biotechnology Information (NCBI) sebagai bagian dari kerjasama

internasional dengan Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) , Perpustakaan Data dari

Eropa Bioinformatics Institute (EBI) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ). GenBank dan

kolaborator menerima urutan diproduksi di laboratorium di seluruh dunia dari lebih dari 100.000

organisme yang berbeda. GenBank terus tumbuh pada tingkat eksponensial, dua kali lipat setiap

10 bulan. Rilis 134, diproduksi pada bulan Februari 2003, berisi lebih dari 29,3 miliar basa

nukleotida di lebih dari 23,0 juta urutan. GenBank dibangun dengan pengiriman langsung dari

Page 5: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

laboratorium individu, serta dari pengiriman massal dari skala besar pusat sekuensing (NCBI,

2009).

Sequen Protein awalnya dikembangkan sebagai suatu sequen berbasis windows editor

dengan beberaa kemamuan analisis DNA polimorpism untuk single gen data set. Versi terbaru

tersedia untuk windows dan linux dan dapat menangani dataset besar dengan ribuan gen. ukuran

dataset dibatasi oleh memori dan dengan niai maksimal 32 bit. program ini akan digunakan untuk

mengedit sequen, enanganan outut dari suatu sequen, dapat bekerja ada pencarian blast serta

untuk analisis populasi berbagai gen, mendukung dan menfasilitasi semua langkah alur kerja

sekuensing (Filatov, 2009).

Page 6: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

BAB III

METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum bioinformatika yang berjudul pengenalan NCBI (National Centre for Biotechnology

Information) dilaksanakan pada hari Kamis, 8 Maret 2012 pukul 15.10- 16.30 bertempat di

Laboratorium Bioinformatika, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,

Universitas Brawijaya, Malang.

3.2 Cara Kerja

3.2.1 Homo sapiens glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), transcript variant 2, mRNA

Berikut ini merupakan langkah-langkah untuk mencari dan mendapatkan data dari genbank NCBI:

-Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov pada lokasi bar pencarian.

-Pilih “nucleotide” dan ketik gen yang dikehendaki “GAD65” lalu klik” search”

Page 7: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

-gambar dibawah ini merupakan beberapa pilihan sekuens yang berkaitan dengan gen ”GAD 65”.

Dipilih berdasarkan organism/spesies yang dikehendaki. Dalam hal ini dipilih homo sapiens

NM_001134366.1

-Sebelum dipilh sekuens yang dikehendaki, format “display setting” diubah menjadi “FASTA”

Gambar dibawah merupakan hasil sekuens nukleotida yang didapat setelah diklik pada bagian

judul spesies yang dikehendaki.

Page 8: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

Hasil di “copy”, dan di “save” di note pad.

Hasil diatas di “copy”, dan di “save” di note pad.

3.2.2 Canis lupus familiaris glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa)

(GAD2), Mrna

-Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov pada lokasi bar pencarian.

-Pilih “nucleotide” dan ketik gen yang dikehendaki “GAD65” lalu klik” search”

Page 9: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

-gambar dibawah ini merupakan beberapa pilihan sekuens yang berkaitan dengan gen ”GAD 65”.

Dipilih berdasarkan organism/spesies yang dikehendaki. Dalam hal ini dipilih Canis lupus NM_

NM_001077439.1

-Sebelum dipilh sekuens yang dikehendaki, format yang terletak dibawah judul, diubah menjadi

“FASTA”, dengan cara mengkliknya.

-Gambar dibawah merupakan hasil sekuens nukleotida yang didapat setelah diklik pada bagian

FASTA

Page 10: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

Hasil di “copy”, dan di “save” di note pad.

3.2.3 Sus scrofa glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), mRNA

-Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov pada lokasi bar pencarian.

-Pilih “nucleotide” dan ketik gen yang dikehendaki “GAD65” lalu klik” search”

Page 11: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

-gambar dibawah ini merupakan beberapa pilihan sekuens yang berkaitan dengan gen ”GAD 65”.

Dipilih berdasarkan organism/spesies yang dikehendaki. Dalam hal ini dipilih Sus scrofa

NM_213895.2

-Sebelum dipilh sekuens yang dikehendaki, format diubah menjadi “FASTA” dengan cara: send->

file->FASTA->creat file. Kemudian hasil sekuens nukleotida akan terdownload dengan sendirinya

-Gambar dibawah merupakan hasil sekuens nukleotida yang didapat setelah melalui prosedur

perubahan menjadi format FASTA:

Page 12: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

Hasil di “copy”, dan di “save” di note pad.

Page 13: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Praktikum

4.1.1 Homo sapiens glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2),

transcript variant 2, mRNA

> Homo sapiens glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa)

(GAD2), transcript variant 2, mRNA

GCGGCCGCCCGCACTTCCCGCCTCTGGCTCGCCCGAGGACGCGCTGGCACGCCTCCCACCCCCTCACTCT

GACTCCAGCTGGCGTGCATGGTCTGCCTCGCATCCTCACGACTCAGCTCCCTCCCTCTCTCGTGTTTTTT

TCCTCCGCCGCCCCCTCATTCATCCCCACTGGGCTCCCTTTCCCTCAAATGCTCTGGGGCTCTCCGCGCT

TTCCTGAGTCCGGGCTCCGAGGACCCTTAGGTAGTCCCGGTCTCTTTTAAAGCTCCCCGGCTTCCAAAGG

GTTGCCACGTCCCTAAACCCTGTCTCCAGCTCGCATACACACACGCACAGACACGCACGTTTTCTGTTCC

TGCGTGACACCCGCCCTCGCCGCTCGGCCCCGCCGGTCCCCGCGCGGTGCCCTCCTCCCGCCACACGGGC

ACGCACGCGCGCGCAGGGCCAAGCCCGAGGCAGCTCGCCCGCAGCTCGCACTCGCAGGCGACCTGCTCCA

GTCTCCAAAGCCGATGGCATCTCCGGGCTCTGGCTTTTGGTCTTTCGGGTCGGAAGATGGCTCTGGGGAT

TCCGAGAATCCCGGCACAGCGCGAGCCTGGTGCCAAGTGGCTCAGAAGTTCACGGGCGGCATCGGAAACA

AACTGTGCGCCCTGCTCTACGGAGACGCCGAGAAGCCGGCGGAGAGCGGCGGGAGCCAACCCCCGCGGGC

CGCCGCCCGGAAGGCCGCCTGCGCCTGCGACCAGAAGCCCTGCAGCTGCTCCAAAGTGGATGTCAACTAC

GCGTTTCTCCATGCAACAGACCTGCTGCCGGCGTGTGATGGAGAAAGGCCCACTTTGGCGTTTCTGCAAG

ATGTTATGAACATTTTACTTCAGTATGTGGTGAAAAGTTTCGATAGATCAACCAAAGTGATTGATTTCCA

TTATCCTAATGAGCTTCTCCAAGAATATAATTGGGAATTGGCAGACCAACCACAAAATTTGGAGGAAATT

TTGATGCATTGCCAAACAACTCTAAAATATGCAATTAAAACAGGGCATCCTAGATACTTCAATCAACTTT

CTACTGGTTTGGATATGGTTGGATTAGCAGCAGACTGGCTGACATCAACAGCAAATACTAACATGTTCAC

CTATGAAATTGCTCCAGTATTTGTGCTTTTGGAATATGTCACACTAAAGAAAATGAGAGAAATCATTGGC

TGGCCAGGGGGCTCTGGCGATGGGATATTTTCTCCCGGTGGCGCCATATCTAACATGTATGCCATGATGA

TCGCACGCTTTAAGATGTTCCCAGAAGTCAAGGAGAAAGGAATGGCTGCTCTTCCCAGGCTCATTGCCTT

CACGTCTGAACATAGTCATTTTTCTCTCAAGAAGGGAGCTGCAGCCTTAGGGATTGGAACAGACAGCGTG

ATTCTGATTAAATGTGATGAGAGAGGGAAAATGATTCCATCTGATCTTGAAAGAAGGATTCTTGAAGCCA

AACAGAAAGGGTTTGTTCCTTTCCTCGTGAGTGCCACAGCTGGAACCACCGTGTACGGAGCATTTGACCC

CCTCTTAGCTGTCGCTGACATTTGCAAAAAGTATAAGATCTGGATGCATGTGGATGCAGCTTGGGGTGGG

GGATTACTGATGTCCCGAAAACACAAGTGGAAACTGAGTGGCGTGGAGAGGGCCAACTCTGTGACGTGGA

ATCCACACAAGATGATGGGAGTCCCTTTGCAGTGCTCTGCTCTCCTGGTTAGAGAAGAGGGATTGATGCA

GAATTGCAACCAAATGCATGCCTCCTACCTCTTTCAGCAAGATAAACATTATGACCTGTCCTATGACACT

GGAGACAAGGCCTTACAGTGCGGACGCCACGTTGATGTTTTTAAACTATGGCTGATGTGGAGGGCAAAGG

GGACTACCGGGTTTGAAGCGCATGTTGATAAATGTTTGGAGTTGGCAGAGTATTTATACAACATCATAAA

AAACCGAGAAGGATATGAGATGGTGTTTGATGGGAAGCCTCAGCACACAAATGTCTGCTTCTGGTACATT

CCTCCAAGCTTGCGTACTCTGGAAGACAATGAAGAGAGAATGAGTCGCCTCTCGAAGGTGGCTCCAGTGA

TTAAAGCCAGAATGATGGAGTATGGAACCACAATGGTCAGCTACCAACCCTTGGGAGACAAGGTCAATTT

CTTCCGCATGGTCATCTCAAACCCAGCGGCAACTCACCAAGACATTGACTTCCTGATTGAAGAAATAGAA

CGCCTTGGACAAGATTTATAATAACCTTGCTCACCAAGCTGTTCCACTTCTCTAGGTAGACAATTAAGTT

GTCACAAACTGTGTGAATGTATTTGTAGTTTGTTCCAAAGTAAATCTATTTCTATATTGTGGTGTCAAAG

TAGAGTTTAAAAATTAAACAAAAAAGACATTGCTCCTTT

4.1.2 Canis lupus familiaris glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), mRNA > Canis lupus familiaris glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain,

65kDa) (GAD2), mRNA

ATGGCATCTCCAGGCTCTGGCTTCTGGTCCTTCGGGTCTGAAGATGGCTCCGGGGATCCCGAGAACCCCA

GCACAGCGAGAGCCTGGTGTCAGGTGGCCCAGAAGTTCACGGGCGGCATCGGAAACAAGCTGTGCGCCCT

GCTCTACGGAGATGCCGAGAAGCCCGCGGAGAGTGGCGGGAGCGAGCCCCCGCGCGCCACCTCCAGGAAG

GCCGCCTGCGCTTGTAATCAGAAGCCTTGCAGCTGCCCCAAAGCGGAGGTCAACTATGCGTTTCTACACG

CAACAGACCTGCTGCCAGCCTGTGATGGAGAAAGGCCCACGTTGGCGTTTCTGCAAGATGTTATGGACAT

TTTGCTTCAGTATGTTGTGAAAAGTTTCGATAGATCAACCAAAGTGATTGATTTCCATTACCCTAATGAG

Page 14: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

CTCCTTCAAGAGTATAACTGGGAATTGGCAGACCAACCACAAAATTTGGAGGAAATTTTGATGCATTGCC

AAACGACTCTAAAATATGCAATTAAAACAGGGCATCCCAGATATTTCAATCAGCTTTCCACTGGACTGGA

TATGGTTGGATTAGCAGCAGACTGGCTGACATCAACAGCAAACACAAACATGTTCACCTATGAAATTGCT

CCAGTATTTGTGCTCTTGGAATATGTCACACTAAAGAAAATGAGAGAAATCATTGGCTGGCCGGGAGGCT

CTGGCGATGGGATATTTTCTCCTGGTGGCGCTATTTCTAACATGTATGCCATGCTGATCGCACGCTTTAA

GATGTTCCCAGAAGTCAAGGAGAAAGGAATGGCTGCGGTTCCCAGGCTCATTGCCTTCACATCTGAGCAT

AGTCACTTTTCTCTCAAGAAGGGAGCTGCAGCTTTGGGGATTGGAACAGACAGCGTGATTCTGATTAAAT

GTGATGAGAGGGGGAAAATGGTCCCATCTGATCTTGAAAGAAGGATCCTTGAAGCCAAACAAAAAGGATT

TGTTCCTTTCCTTGTGAGCGCCACAGCTGGGACCACCGTGTATGGAGCATTCGACCCCCTCTTAGCAGTT

GCTGACATTTGTAAAAAGTACAAGATCTGGATGCATGTGGATGCTGCTTGGGGTGGGGGATTACTGATGT

CCCGGAAGCACAAATGGAAGCTGAGCGGCGTGGAGAGGGCCAACTCTGTGACATGGAACCCACACAAGAT

GATGGGCGTCCCTTTACAGTGCTCCGCTCTCCTGGTTAGAGAAGAGGGATTGATGCAGAGTTGCAACCAG

ATGCATGCCTCCTACCTCTTCCAGCAAGATAAACACTATGACCTGTCCTATGATACTGGGGATAAGGCCT

TACAGTGTGGACGCCACGTTGATGTTTTTAAATTATGGCTAATGTGGAGGGCAAAGGGCACCACTGGGTT

TGAAGCACATATTGATAAGTGCCTGGAGCTGGCTGAGTATTTATACAGTATCATAAAAAACCGAGAAGGA

TACGAAATGGTGTTTGATGGAAAGCCTCAGCACACAAATGTCTGCTTCTGGTACGTGCCTCCAAGTTTGC

GTGTCCTGGAAGACAATGAAGAGAGAATGAACCGCCTCTCAAAGGTGGCCCCAGTGATTAAAGCCCGAAT

GATGGAGTATGGGACCACAATGGTCAGCTATCAGCCCTTGGGAGACAAGGTCAATTTCTTCCGCATGGTT

ATCTCAAATCCCGCAGCAACTCACCAAGACATCGACTTCCTGATTGAAGAAATAGAACGCCTTGGACAAG

ATTTATAA

4.1.3 Sus scrofa glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), mRNA > Sus scrofa glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa)

(GAD2), mRNA

CTTTGGTTCCTTTCCCTATTCAACTCTTCAGCTTTCAGAGTGTTGCCACGTCTCTAAGCTCTAATCCCAG

CACTCTCACACACATGCAGACACTCACGTTTCCTGTCCCTGTGTGACACCCACCCGGTCCCCGCGCGGCG

TCCTCCTCCCGCCACACACACACACACACACACGCACGCACGCACGCGCGCAGGGCCGAGCGGAGGACAG

CTCGCSGGCAGTTCGCACTTGGAGGCGTCCTGCTTCGGTCTCGCAGCGCTGATGGCATCTCCGGGCTCGG

GCTTTTGGTCCTTCGGATCTGAAGATGGCTCTGGGGATCCAGAGAACTCTGGCACAGCGAGAGCTTGGTG

TCAGGTGGCCCAGAAGTTCACGGGCGGCATCGGAAACAAGCTWTGCGCCCTGCTCTACGGAGACGCAGAG

AAGCCGGCGGAGAGCGGCGGRAGCCAGCCCCCGMGGACCACCTCCCGCAAGGCTACCTGCGCCTGCAACC

AGAAGCCCTGCARCTGCCCCAAAGCGGAGGTCAACTATGCGTTTCTACACGCAACAGACCTGCTACCAGC

GTGTGATGGAGAAAGGCCCACTTTGGCATTTCTGCAAGATGTTATGGACATTTTGCTTCAGTATGTGGTG

AAAAGTTTCGATAGATCAACCAAAGTGATTGATTTCCATTACCCTAATGAGCTTCTTCAAGAATATAATT

GGGAGTTAGCAGACCAGCCACAAAATTTGGAGGAAATTTTGATGCATTGCCAAACAACTCTAAAATATGC

AATCAAAACAGGGCATCCCAGATATTTCAATCAGCTTTCTACTGGACTGGATATGGTAGGATTAGCAGCA

GACTGGCTGACATCAACTGCAAACACTAATATGTTCACCTATGAAATTGCTCCGGTATTTGTGCTTTTGG

AATATGTCACGCTAAAGAAAATGAGAGAAATCATTGGCTGGCCTGGGGGCTCTGGCGATGGGATATTTTC

TCCTGGTGGAGCCATATCCAACATGTACGCCATGCTGATTGCACGCTTTAAGATGTTCCCTGAGGTCAAG

GAGAAAGGGATGGCCGCTGTTCCCAGGCTCATTGCCTTCACCTCTGAGCATAGTCATTTTTCTCTCAAGA

AGGGAGCTGCAGCCTTGGGCATTGGAACAGACAGTGTGATTCTGATTAAATGTGATGAAAGGGGGAAAAT

GATCCCATCTGACCTTGAAAGAAGGATCCTTGAAGCCAAACAAAAAGGATTTGTCCCCTTCCTTGTGAGT

GCCACAGCTGGGACCACTGTCTATGGAGCATTCGATCCCCTGCTAGCTGTCGCTGACATCTGCAAAAAGT

ATAAGATCTGGATGCACGTGGATGCAGCTTGGGGTGGGGGATTACTGATGTCCCGAAAACACAAGTGGAA

ACTGAGCGGCGTGGAGAGGGCCAACTCTGTGACATGGAATCCACATAAGATGATGGGTGTCCCTCTGCAG

TGCTCTGCTCTCCTCGTTAGAGAAGAGGGGTTGATGCAGAGCTGCAACCAGATGCATGCCTCCTACCTCT

TTCAGCAAGATAAACACTATGACCTGTCCTACGACACTGGAGACAAGGCCTTACAGTGCGGACGCCACGT

TGATGTTTTTAAACTCTGGCTAATGTGGAGGGCAAAGGGGACAACTGGGTTTGAAGCACACATTGATAAG

TGTTTGGAGCTGGCGGAGTATTTATACAACATCATCAAAAACCGAGAAGGGTATGAAATGGTGTTTGATG

GAAAGCCTCAGCACACAAACGTCTGCTTCTGGTATGTTCCACCGAGTCTGCGAGTGCTGGACAACAATGA

AGAGAGGATGAGCCGCCTTTCCAAGGTGGCTCCAGTGATTAAGGCCAGAATGATGGAGTCCGGGACCACG

ATGGTGAGCTACCAGCCCTTGGGAGACAAGGTCAATTTCTTCCGCATGGTCATCTCAAACCCCGCAGCAA

CCCACCAAGACATTGACTTTCTGATTGAAGAAATAGAACGCCTTGGACAAGATTTATAATAACCTAGCTC

ACCAAGCTGCTTCAGTTCTCTAGGTAGACAATGAAGTTGTCACAAACCGTGTAAATGTATTTGTAGTTTG

TTCCAAAGTAAATCTATTTCTATATTGTGGTGTCAAAGTAGAGTACAGTTTAAAAAAAATCAAAAGCAAA

CAAACATTGCTCCTTTTCAGAATCCTTTCTTAAGTTAAGATTACCTCTCTAATAATTAGTGACAAAAGGC

Page 15: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

TGTGTGCTAATCAATAAGGAAAAGCTTAATATTGTTATAAATACTTCCCTTACTTTTAATATAGTGTGCA

AATCAGAGCTTTATTTTCACTTCAGAGTAGTAGGATTGAATAGTGCCAAATTGCCCCTGAATCATCAAAG

GTTCTTTGGGGTGCAGTGAAAAGGGTAAAGTAAATATAAAATGTATGTTGACAATAAAAAAAAAACTTTT

GCCTTTTTAAA

Page 16: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

BAB V

PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan data disimpulkan bahwa NCBI (National Centre for

Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait

perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan

mengembangkan software penganalisis data genom. Untuk mencari dan mendapatkan data bank

dilakukan dengan cara Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov, jika ingin mengetahui sequen nukleotida pilih

Nucleotide sequen , dan tulis gen serta organism yang akan dicari, kemudian dipilih sekuen target

dan klik FASTA agar bisa dibaca ada software tertentu. Terdaat 3 cara untuk mengubah data

dalam bentuk FASTA.

5.2 Saran

Sebaiknya pada saat pelaksanaan praktikum praktikan telah berusaha memahami tentang NCBI,

agar pada saat pelaksanaan praktikum, praktikan bisa menanyakan sesuatu yang tidak dimengeti,

selanjutnya tujuannya yaitu agar tidak ada lagi pertanyaan saat akan mengerjakan laporan.

Page 17: LAPORAN BIOINFORMATIKA I.pdf

DAFTAR PUSTAKA

Bekerly Library. 2012. Pubmed: Quick Guide. The Regents of the University of California.

Dhiantika. 2010. Pengenalan National Centre For Biotechnology Information (NCBI).

http://dhiantika.staff.ugm.ac.id/files/2010/11/BUKU-PETUNJUK-DRYLAB-BIOSEL-2010.pdf.

Tanggal akses 14 Maret 2012.

Filatov, D. 2009. Processing and population genetic analysis of multigenic datasets with ProSeq3

software. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/23/3189.full.pdf Department of

Plant Sciences, University of Oxford, South Parks Rd, Oxford OX1 3RB, UK. Tanggal akses

14 Maret 2012.

NCBI.2009. GenBank: The Nucleotide Sequence Database.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21105/. Tanggal akses 14 Maret 2012.

Pruitt,Kimm D. 2004. NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundant sequence

database of genomes, transcripts and proteins.

http://nar.oxfordjournals.org/content/33/suppl_1/D501.full. Tanggal akses 14 Maret 2012.