Upload
muhammad-rizar-zakaria
View
828
Download
25
Embed Size (px)
DESCRIPTION
bioteknologi
Citation preview
LAPORAN PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA
PENGENALAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information)
NAMA : SORAYA WIDYASARI
NIM : 0910910073
TANGGAL PRAKTIKUM : 8 MARET 2012
LABORATORIUM BIOINFORMATIKA
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2012
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) didirikan pada tahun 1988,
merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi
molekuler. NCBI memuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software
penganalisis data genom. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-
penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan
salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap
dan diacu oleh para peneliti di dunia. NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami
mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit (Dhiantika, 2010).
NCBI menyediakan situs web yang komprehensif bagi ahli biologi yang mencakup biologi
yang berhubungan dengan database, dan alat untuk melihat dan menganalisis data yang melekat
di database. Sebuah divisi dari Perpustakaan Nasional Kedokteran di National Institutes of Health,
NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk
menyimpan dan menganalisis profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler. Salah
satu tantangan yang paling sulit yang dihadapi dalam bidang bioinformatika adalah bagaimana
untuk menyimpan, dengan cara yang mudah diakses, kelimpahan besar informasi baru, termasuk
urutan genom keseluruhan, penemuan gen baru yang sedang berlangsung dan produk gen, dan
penentuan fungsi dan struktur. NCBI (Dhiantika, 2010).
Beberapa dari banyak manfaat penggunaan NCBI yaitu ketika kita melakukan penelitian
mengenai homologi protein antar‐organisme. Dengan memanfaatkan salah satu tool pada NCBI,
dapat dibandingkan kemiripan asam amino yang menyusun protein. Melalui program blastp pada
situs NCBI dapat dilakukan pencarian protein homolog dari berbagai macam organisme. Literatur
jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung
pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE
(Dhiantika, 2010).
1.1 Tujuan
Tujuan pelaksanaan praktikum yang berjudul pengenalan NCBI (National Center for Biotechnology
Information) yaitu untuk mempelajari cara mencari dan mendapatkan data dari genbank
1.2 Manfaat
Manfaat yang diperoleh dari pelaksanaan praktikum ini yaitu mahasiswa mengenal database NCBI,
mampu mencari dan mendapatkan data dari genbank, sehingga dapat diaplikasikan pada
penelitian terkait dengan bidang ilmu biologi molekuler.
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang
menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database
yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom.
Biotechnology sangat membantu dalam kehidupan manusia, mulai dari proses bio-yang sederhana
sampai kepada tingkat yang lebih canggih. NCBI juga mendorong komunikasi ilmiah pada bidang
komputer. NCBI juga mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi
data dan pertukaran, serta tata-nama biologi. Berikut merupakan Data base and Software dari
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) : (Dhiantika, 2010).
1. Entrez
Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi
untuk melakukan sekuensing, pemetaan (mapping) , taksonomi dan data struktural. Entrez juga
menyediakan gambaran grafis untuk mapping sekuen dan kromosom. Ciri khas dan keunggulan
Entrez adalah kemampuan untuk pencarian informasi terkait sekuen, struktur dan referensi.
Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung
pencarian di web yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE. Entrez
Gene adapat diakses pada www.ncbi.nlm.nih.gov/gene. (Dhiantika, 2010).
2. Nucleotide Database
Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk
diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq), Third Party Annotation (TPA) dan Protein
Data Bank (PDB). GenBank merupakan database sekuen genetik dari NIH (National Institutes of
Health), berupa koleksi sekuen DNA yang dapat diketahui oleh publik. Database GenBank dibiayai
dan didistribusi NCBI. Data sekuen dikirim ke GenBank oleh peneliti dari seluruh dunia.
3.BLAST (Dhiantika, 2010).
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian
kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter
genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan dengan database DNA
dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik).
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
a. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (querysequence)
yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
b. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan
database sekuen protein.
c. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6‐frame sebuah sekuen nukleotida (translated
nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.
d. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen
nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
e. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida (Dhiantika, 2010).
Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun
Pubmed central. PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang
menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga
kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed
menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-
sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis
yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang
menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat (Berkeley Library, 2012).
NCBI (National Center for Biotechnology Information) (RefSeq) database dapat diakses
melalui alamat (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/) menyediakan koleksi non-redundant urutan
genom yang mewakili data, transkrip dan protein. Meskipun tujuannya adalah untuk menyediakan
dataset komprehensif mewakili informasi urutan lengkap untuk setiap spesies tertentu, database
pragmatis termasuk data urutan yang saat ini tersedia untuk umum dalam database arsip. Basis
data menggabungkan data dari lebih dari 2400 organisme dan mencakup lebih dari satu juta
protein yang mewakili keragaman taksonomi yang signifikan mencakup prokariota, eukariota dan
virus. Sequen nukleotida dan protein secara eksplisit terkait, dan urutan yang terkait dengan
sumber daya lain termasuk Viewer Peta NCBI dan Gene. Sequen dianotasikan untuk masuk
daerah pengkodean, domain, variasi, referensi, nama, database referensi silang, dan fitur lain yang
menggunakan pendekatan gabungan kolaborasi dan masukan lainnya dari komunitas ilmiah,
penjelasan otomatis, serta propagasi dari GenBank (Pruitt, 2004).
Database GenBank merupakan suatu bentuk koleksi data dari semua urutan nukleotida
serta hasil translasi berua sequen protein yang dapat diakses untuk umum. Database ini dihasilkan
di National Center for Biotechnology Information (NCBI) sebagai bagian dari kerjasama
internasional dengan Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) , Perpustakaan Data dari
Eropa Bioinformatics Institute (EBI) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ). GenBank dan
kolaborator menerima urutan diproduksi di laboratorium di seluruh dunia dari lebih dari 100.000
organisme yang berbeda. GenBank terus tumbuh pada tingkat eksponensial, dua kali lipat setiap
10 bulan. Rilis 134, diproduksi pada bulan Februari 2003, berisi lebih dari 29,3 miliar basa
nukleotida di lebih dari 23,0 juta urutan. GenBank dibangun dengan pengiriman langsung dari
laboratorium individu, serta dari pengiriman massal dari skala besar pusat sekuensing (NCBI,
2009).
Sequen Protein awalnya dikembangkan sebagai suatu sequen berbasis windows editor
dengan beberaa kemamuan analisis DNA polimorpism untuk single gen data set. Versi terbaru
tersedia untuk windows dan linux dan dapat menangani dataset besar dengan ribuan gen. ukuran
dataset dibatasi oleh memori dan dengan niai maksimal 32 bit. program ini akan digunakan untuk
mengedit sequen, enanganan outut dari suatu sequen, dapat bekerja ada pencarian blast serta
untuk analisis populasi berbagai gen, mendukung dan menfasilitasi semua langkah alur kerja
sekuensing (Filatov, 2009).
BAB III
METODE PRAKTIKUM
3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum bioinformatika yang berjudul pengenalan NCBI (National Centre for Biotechnology
Information) dilaksanakan pada hari Kamis, 8 Maret 2012 pukul 15.10- 16.30 bertempat di
Laboratorium Bioinformatika, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Brawijaya, Malang.
3.2 Cara Kerja
3.2.1 Homo sapiens glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), transcript variant 2, mRNA
Berikut ini merupakan langkah-langkah untuk mencari dan mendapatkan data dari genbank NCBI:
-Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov pada lokasi bar pencarian.
-Pilih “nucleotide” dan ketik gen yang dikehendaki “GAD65” lalu klik” search”
-gambar dibawah ini merupakan beberapa pilihan sekuens yang berkaitan dengan gen ”GAD 65”.
Dipilih berdasarkan organism/spesies yang dikehendaki. Dalam hal ini dipilih homo sapiens
NM_001134366.1
-Sebelum dipilh sekuens yang dikehendaki, format “display setting” diubah menjadi “FASTA”
Gambar dibawah merupakan hasil sekuens nukleotida yang didapat setelah diklik pada bagian
judul spesies yang dikehendaki.
Hasil di “copy”, dan di “save” di note pad.
Hasil diatas di “copy”, dan di “save” di note pad.
3.2.2 Canis lupus familiaris glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa)
(GAD2), Mrna
-Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov pada lokasi bar pencarian.
-Pilih “nucleotide” dan ketik gen yang dikehendaki “GAD65” lalu klik” search”
-gambar dibawah ini merupakan beberapa pilihan sekuens yang berkaitan dengan gen ”GAD 65”.
Dipilih berdasarkan organism/spesies yang dikehendaki. Dalam hal ini dipilih Canis lupus NM_
NM_001077439.1
-Sebelum dipilh sekuens yang dikehendaki, format yang terletak dibawah judul, diubah menjadi
“FASTA”, dengan cara mengkliknya.
-Gambar dibawah merupakan hasil sekuens nukleotida yang didapat setelah diklik pada bagian
FASTA
Hasil di “copy”, dan di “save” di note pad.
3.2.3 Sus scrofa glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), mRNA
-Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov pada lokasi bar pencarian.
-Pilih “nucleotide” dan ketik gen yang dikehendaki “GAD65” lalu klik” search”
-gambar dibawah ini merupakan beberapa pilihan sekuens yang berkaitan dengan gen ”GAD 65”.
Dipilih berdasarkan organism/spesies yang dikehendaki. Dalam hal ini dipilih Sus scrofa
NM_213895.2
-Sebelum dipilh sekuens yang dikehendaki, format diubah menjadi “FASTA” dengan cara: send->
file->FASTA->creat file. Kemudian hasil sekuens nukleotida akan terdownload dengan sendirinya
-Gambar dibawah merupakan hasil sekuens nukleotida yang didapat setelah melalui prosedur
perubahan menjadi format FASTA:
Hasil di “copy”, dan di “save” di note pad.
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil Praktikum
4.1.1 Homo sapiens glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2),
transcript variant 2, mRNA
> Homo sapiens glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa)
(GAD2), transcript variant 2, mRNA
GCGGCCGCCCGCACTTCCCGCCTCTGGCTCGCCCGAGGACGCGCTGGCACGCCTCCCACCCCCTCACTCT
GACTCCAGCTGGCGTGCATGGTCTGCCTCGCATCCTCACGACTCAGCTCCCTCCCTCTCTCGTGTTTTTT
TCCTCCGCCGCCCCCTCATTCATCCCCACTGGGCTCCCTTTCCCTCAAATGCTCTGGGGCTCTCCGCGCT
TTCCTGAGTCCGGGCTCCGAGGACCCTTAGGTAGTCCCGGTCTCTTTTAAAGCTCCCCGGCTTCCAAAGG
GTTGCCACGTCCCTAAACCCTGTCTCCAGCTCGCATACACACACGCACAGACACGCACGTTTTCTGTTCC
TGCGTGACACCCGCCCTCGCCGCTCGGCCCCGCCGGTCCCCGCGCGGTGCCCTCCTCCCGCCACACGGGC
ACGCACGCGCGCGCAGGGCCAAGCCCGAGGCAGCTCGCCCGCAGCTCGCACTCGCAGGCGACCTGCTCCA
GTCTCCAAAGCCGATGGCATCTCCGGGCTCTGGCTTTTGGTCTTTCGGGTCGGAAGATGGCTCTGGGGAT
TCCGAGAATCCCGGCACAGCGCGAGCCTGGTGCCAAGTGGCTCAGAAGTTCACGGGCGGCATCGGAAACA
AACTGTGCGCCCTGCTCTACGGAGACGCCGAGAAGCCGGCGGAGAGCGGCGGGAGCCAACCCCCGCGGGC
CGCCGCCCGGAAGGCCGCCTGCGCCTGCGACCAGAAGCCCTGCAGCTGCTCCAAAGTGGATGTCAACTAC
GCGTTTCTCCATGCAACAGACCTGCTGCCGGCGTGTGATGGAGAAAGGCCCACTTTGGCGTTTCTGCAAG
ATGTTATGAACATTTTACTTCAGTATGTGGTGAAAAGTTTCGATAGATCAACCAAAGTGATTGATTTCCA
TTATCCTAATGAGCTTCTCCAAGAATATAATTGGGAATTGGCAGACCAACCACAAAATTTGGAGGAAATT
TTGATGCATTGCCAAACAACTCTAAAATATGCAATTAAAACAGGGCATCCTAGATACTTCAATCAACTTT
CTACTGGTTTGGATATGGTTGGATTAGCAGCAGACTGGCTGACATCAACAGCAAATACTAACATGTTCAC
CTATGAAATTGCTCCAGTATTTGTGCTTTTGGAATATGTCACACTAAAGAAAATGAGAGAAATCATTGGC
TGGCCAGGGGGCTCTGGCGATGGGATATTTTCTCCCGGTGGCGCCATATCTAACATGTATGCCATGATGA
TCGCACGCTTTAAGATGTTCCCAGAAGTCAAGGAGAAAGGAATGGCTGCTCTTCCCAGGCTCATTGCCTT
CACGTCTGAACATAGTCATTTTTCTCTCAAGAAGGGAGCTGCAGCCTTAGGGATTGGAACAGACAGCGTG
ATTCTGATTAAATGTGATGAGAGAGGGAAAATGATTCCATCTGATCTTGAAAGAAGGATTCTTGAAGCCA
AACAGAAAGGGTTTGTTCCTTTCCTCGTGAGTGCCACAGCTGGAACCACCGTGTACGGAGCATTTGACCC
CCTCTTAGCTGTCGCTGACATTTGCAAAAAGTATAAGATCTGGATGCATGTGGATGCAGCTTGGGGTGGG
GGATTACTGATGTCCCGAAAACACAAGTGGAAACTGAGTGGCGTGGAGAGGGCCAACTCTGTGACGTGGA
ATCCACACAAGATGATGGGAGTCCCTTTGCAGTGCTCTGCTCTCCTGGTTAGAGAAGAGGGATTGATGCA
GAATTGCAACCAAATGCATGCCTCCTACCTCTTTCAGCAAGATAAACATTATGACCTGTCCTATGACACT
GGAGACAAGGCCTTACAGTGCGGACGCCACGTTGATGTTTTTAAACTATGGCTGATGTGGAGGGCAAAGG
GGACTACCGGGTTTGAAGCGCATGTTGATAAATGTTTGGAGTTGGCAGAGTATTTATACAACATCATAAA
AAACCGAGAAGGATATGAGATGGTGTTTGATGGGAAGCCTCAGCACACAAATGTCTGCTTCTGGTACATT
CCTCCAAGCTTGCGTACTCTGGAAGACAATGAAGAGAGAATGAGTCGCCTCTCGAAGGTGGCTCCAGTGA
TTAAAGCCAGAATGATGGAGTATGGAACCACAATGGTCAGCTACCAACCCTTGGGAGACAAGGTCAATTT
CTTCCGCATGGTCATCTCAAACCCAGCGGCAACTCACCAAGACATTGACTTCCTGATTGAAGAAATAGAA
CGCCTTGGACAAGATTTATAATAACCTTGCTCACCAAGCTGTTCCACTTCTCTAGGTAGACAATTAAGTT
GTCACAAACTGTGTGAATGTATTTGTAGTTTGTTCCAAAGTAAATCTATTTCTATATTGTGGTGTCAAAG
TAGAGTTTAAAAATTAAACAAAAAAGACATTGCTCCTTT
4.1.2 Canis lupus familiaris glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), mRNA > Canis lupus familiaris glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain,
65kDa) (GAD2), mRNA
ATGGCATCTCCAGGCTCTGGCTTCTGGTCCTTCGGGTCTGAAGATGGCTCCGGGGATCCCGAGAACCCCA
GCACAGCGAGAGCCTGGTGTCAGGTGGCCCAGAAGTTCACGGGCGGCATCGGAAACAAGCTGTGCGCCCT
GCTCTACGGAGATGCCGAGAAGCCCGCGGAGAGTGGCGGGAGCGAGCCCCCGCGCGCCACCTCCAGGAAG
GCCGCCTGCGCTTGTAATCAGAAGCCTTGCAGCTGCCCCAAAGCGGAGGTCAACTATGCGTTTCTACACG
CAACAGACCTGCTGCCAGCCTGTGATGGAGAAAGGCCCACGTTGGCGTTTCTGCAAGATGTTATGGACAT
TTTGCTTCAGTATGTTGTGAAAAGTTTCGATAGATCAACCAAAGTGATTGATTTCCATTACCCTAATGAG
CTCCTTCAAGAGTATAACTGGGAATTGGCAGACCAACCACAAAATTTGGAGGAAATTTTGATGCATTGCC
AAACGACTCTAAAATATGCAATTAAAACAGGGCATCCCAGATATTTCAATCAGCTTTCCACTGGACTGGA
TATGGTTGGATTAGCAGCAGACTGGCTGACATCAACAGCAAACACAAACATGTTCACCTATGAAATTGCT
CCAGTATTTGTGCTCTTGGAATATGTCACACTAAAGAAAATGAGAGAAATCATTGGCTGGCCGGGAGGCT
CTGGCGATGGGATATTTTCTCCTGGTGGCGCTATTTCTAACATGTATGCCATGCTGATCGCACGCTTTAA
GATGTTCCCAGAAGTCAAGGAGAAAGGAATGGCTGCGGTTCCCAGGCTCATTGCCTTCACATCTGAGCAT
AGTCACTTTTCTCTCAAGAAGGGAGCTGCAGCTTTGGGGATTGGAACAGACAGCGTGATTCTGATTAAAT
GTGATGAGAGGGGGAAAATGGTCCCATCTGATCTTGAAAGAAGGATCCTTGAAGCCAAACAAAAAGGATT
TGTTCCTTTCCTTGTGAGCGCCACAGCTGGGACCACCGTGTATGGAGCATTCGACCCCCTCTTAGCAGTT
GCTGACATTTGTAAAAAGTACAAGATCTGGATGCATGTGGATGCTGCTTGGGGTGGGGGATTACTGATGT
CCCGGAAGCACAAATGGAAGCTGAGCGGCGTGGAGAGGGCCAACTCTGTGACATGGAACCCACACAAGAT
GATGGGCGTCCCTTTACAGTGCTCCGCTCTCCTGGTTAGAGAAGAGGGATTGATGCAGAGTTGCAACCAG
ATGCATGCCTCCTACCTCTTCCAGCAAGATAAACACTATGACCTGTCCTATGATACTGGGGATAAGGCCT
TACAGTGTGGACGCCACGTTGATGTTTTTAAATTATGGCTAATGTGGAGGGCAAAGGGCACCACTGGGTT
TGAAGCACATATTGATAAGTGCCTGGAGCTGGCTGAGTATTTATACAGTATCATAAAAAACCGAGAAGGA
TACGAAATGGTGTTTGATGGAAAGCCTCAGCACACAAATGTCTGCTTCTGGTACGTGCCTCCAAGTTTGC
GTGTCCTGGAAGACAATGAAGAGAGAATGAACCGCCTCTCAAAGGTGGCCCCAGTGATTAAAGCCCGAAT
GATGGAGTATGGGACCACAATGGTCAGCTATCAGCCCTTGGGAGACAAGGTCAATTTCTTCCGCATGGTT
ATCTCAAATCCCGCAGCAACTCACCAAGACATCGACTTCCTGATTGAAGAAATAGAACGCCTTGGACAAG
ATTTATAA
4.1.3 Sus scrofa glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa) (GAD2), mRNA > Sus scrofa glutamate decarboxylase 2 (pancreatic islets and brain, 65kDa)
(GAD2), mRNA
CTTTGGTTCCTTTCCCTATTCAACTCTTCAGCTTTCAGAGTGTTGCCACGTCTCTAAGCTCTAATCCCAG
CACTCTCACACACATGCAGACACTCACGTTTCCTGTCCCTGTGTGACACCCACCCGGTCCCCGCGCGGCG
TCCTCCTCCCGCCACACACACACACACACACACGCACGCACGCACGCGCGCAGGGCCGAGCGGAGGACAG
CTCGCSGGCAGTTCGCACTTGGAGGCGTCCTGCTTCGGTCTCGCAGCGCTGATGGCATCTCCGGGCTCGG
GCTTTTGGTCCTTCGGATCTGAAGATGGCTCTGGGGATCCAGAGAACTCTGGCACAGCGAGAGCTTGGTG
TCAGGTGGCCCAGAAGTTCACGGGCGGCATCGGAAACAAGCTWTGCGCCCTGCTCTACGGAGACGCAGAG
AAGCCGGCGGAGAGCGGCGGRAGCCAGCCCCCGMGGACCACCTCCCGCAAGGCTACCTGCGCCTGCAACC
AGAAGCCCTGCARCTGCCCCAAAGCGGAGGTCAACTATGCGTTTCTACACGCAACAGACCTGCTACCAGC
GTGTGATGGAGAAAGGCCCACTTTGGCATTTCTGCAAGATGTTATGGACATTTTGCTTCAGTATGTGGTG
AAAAGTTTCGATAGATCAACCAAAGTGATTGATTTCCATTACCCTAATGAGCTTCTTCAAGAATATAATT
GGGAGTTAGCAGACCAGCCACAAAATTTGGAGGAAATTTTGATGCATTGCCAAACAACTCTAAAATATGC
AATCAAAACAGGGCATCCCAGATATTTCAATCAGCTTTCTACTGGACTGGATATGGTAGGATTAGCAGCA
GACTGGCTGACATCAACTGCAAACACTAATATGTTCACCTATGAAATTGCTCCGGTATTTGTGCTTTTGG
AATATGTCACGCTAAAGAAAATGAGAGAAATCATTGGCTGGCCTGGGGGCTCTGGCGATGGGATATTTTC
TCCTGGTGGAGCCATATCCAACATGTACGCCATGCTGATTGCACGCTTTAAGATGTTCCCTGAGGTCAAG
GAGAAAGGGATGGCCGCTGTTCCCAGGCTCATTGCCTTCACCTCTGAGCATAGTCATTTTTCTCTCAAGA
AGGGAGCTGCAGCCTTGGGCATTGGAACAGACAGTGTGATTCTGATTAAATGTGATGAAAGGGGGAAAAT
GATCCCATCTGACCTTGAAAGAAGGATCCTTGAAGCCAAACAAAAAGGATTTGTCCCCTTCCTTGTGAGT
GCCACAGCTGGGACCACTGTCTATGGAGCATTCGATCCCCTGCTAGCTGTCGCTGACATCTGCAAAAAGT
ATAAGATCTGGATGCACGTGGATGCAGCTTGGGGTGGGGGATTACTGATGTCCCGAAAACACAAGTGGAA
ACTGAGCGGCGTGGAGAGGGCCAACTCTGTGACATGGAATCCACATAAGATGATGGGTGTCCCTCTGCAG
TGCTCTGCTCTCCTCGTTAGAGAAGAGGGGTTGATGCAGAGCTGCAACCAGATGCATGCCTCCTACCTCT
TTCAGCAAGATAAACACTATGACCTGTCCTACGACACTGGAGACAAGGCCTTACAGTGCGGACGCCACGT
TGATGTTTTTAAACTCTGGCTAATGTGGAGGGCAAAGGGGACAACTGGGTTTGAAGCACACATTGATAAG
TGTTTGGAGCTGGCGGAGTATTTATACAACATCATCAAAAACCGAGAAGGGTATGAAATGGTGTTTGATG
GAAAGCCTCAGCACACAAACGTCTGCTTCTGGTATGTTCCACCGAGTCTGCGAGTGCTGGACAACAATGA
AGAGAGGATGAGCCGCCTTTCCAAGGTGGCTCCAGTGATTAAGGCCAGAATGATGGAGTCCGGGACCACG
ATGGTGAGCTACCAGCCCTTGGGAGACAAGGTCAATTTCTTCCGCATGGTCATCTCAAACCCCGCAGCAA
CCCACCAAGACATTGACTTTCTGATTGAAGAAATAGAACGCCTTGGACAAGATTTATAATAACCTAGCTC
ACCAAGCTGCTTCAGTTCTCTAGGTAGACAATGAAGTTGTCACAAACCGTGTAAATGTATTTGTAGTTTG
TTCCAAAGTAAATCTATTTCTATATTGTGGTGTCAAAGTAGAGTACAGTTTAAAAAAAATCAAAAGCAAA
CAAACATTGCTCCTTTTCAGAATCCTTTCTTAAGTTAAGATTACCTCTCTAATAATTAGTGACAAAAGGC
TGTGTGCTAATCAATAAGGAAAAGCTTAATATTGTTATAAATACTTCCCTTACTTTTAATATAGTGTGCA
AATCAGAGCTTTATTTTCACTTCAGAGTAGTAGGATTGAATAGTGCCAAATTGCCCCTGAATCATCAAAG
GTTCTTTGGGGTGCAGTGAAAAGGGTAAAGTAAATATAAAATGTATGTTGACAATAAAAAAAAAACTTTT
GCCTTTTTAAA
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan data disimpulkan bahwa NCBI (National Centre for
Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait
perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan
mengembangkan software penganalisis data genom. Untuk mencari dan mendapatkan data bank
dilakukan dengan cara Ketik www.ncbi.nlm.nih.gov, jika ingin mengetahui sequen nukleotida pilih
Nucleotide sequen , dan tulis gen serta organism yang akan dicari, kemudian dipilih sekuen target
dan klik FASTA agar bisa dibaca ada software tertentu. Terdaat 3 cara untuk mengubah data
dalam bentuk FASTA.
5.2 Saran
Sebaiknya pada saat pelaksanaan praktikum praktikan telah berusaha memahami tentang NCBI,
agar pada saat pelaksanaan praktikum, praktikan bisa menanyakan sesuatu yang tidak dimengeti,
selanjutnya tujuannya yaitu agar tidak ada lagi pertanyaan saat akan mengerjakan laporan.
DAFTAR PUSTAKA
Bekerly Library. 2012. Pubmed: Quick Guide. The Regents of the University of California.
Dhiantika. 2010. Pengenalan National Centre For Biotechnology Information (NCBI).
http://dhiantika.staff.ugm.ac.id/files/2010/11/BUKU-PETUNJUK-DRYLAB-BIOSEL-2010.pdf.
Tanggal akses 14 Maret 2012.
Filatov, D. 2009. Processing and population genetic analysis of multigenic datasets with ProSeq3
software. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/23/3189.full.pdf Department of
Plant Sciences, University of Oxford, South Parks Rd, Oxford OX1 3RB, UK. Tanggal akses
14 Maret 2012.
NCBI.2009. GenBank: The Nucleotide Sequence Database.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21105/. Tanggal akses 14 Maret 2012.
Pruitt,Kimm D. 2004. NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundant sequence
database of genomes, transcripts and proteins.
http://nar.oxfordjournals.org/content/33/suppl_1/D501.full. Tanggal akses 14 Maret 2012.