Embed Size (px)
Citation preview
Leggiamo un
albero filogeneticoORLANDO PETRINI
18 FEBBRAIO 2017
Schau tief in die Natur, und dann wirst du
alles besser verstehen
(Guarda la natura con attenzione e capirai tutto
molto meglio)
Albert Einstein
2
Obiettivi
Distinguere tra analisi fenetica e analisi filogenetica
Conoscere le differenze tra dendrogramma,
cladogramma e albero filogenetico
Conoscere le tecniche di base per svolgere un’analisi
fenetica e filogenetica
Riuscire a leggere un albero filogenetico
Riuscire a giudicare la validità di un‘analisi filogenetica
pubblicata in una rivista di micologia
3
Agenda
Analisi fenetiche – analisi filogenetiche
Dendrogrammi – cladogrammi – alberi filogenetici
Indici di similarità fenetici
Analisi filogenetiche – regole di base
Lettura di un albero filogenetico
Tecniche di base per le analisi filogenetiche
Barcoding
4
Darwin, 1837
Analisi fenetica:
Si basa sulle similarità (dissimilarità) tra organismi
Spiega quanto simili tra di loro siano due o più organismi
Analisi filogenetica:
Si basa sulla distanza genetica tra coppie di
sequenze
Spiega quanto vicini tra di loro, da un punto di vista evolutivo, siano due o più organismi
5
Analisi fenetiche – analisi
filogenetiche
6
La filogenesi
Studio delle relazioni evolutive tra entità biologiche (non
solo specie) che condividono antenati comuni
Rappresentazione grafica: l’albero filogenetico (ev.
cladogramma)
L’albero filogenetico contiene i tempi e gli schemi
temporali dei processi di divergenza
7
Logica alla base di un albero
filogenetico
Tutti gli organismi hanno un unico antenato comune nel
passato
Ogni coppia di organismi ha un antenato comune nel
passato
Eventi di speciazione si susseguono nel tempo creando
nuove specie
8
Quale albero è corretto?
A. 1
B. 2
C. 3
D. 1 e 2
E. 1 e 3
F. 2 e 3
G. Tutti
1 2
3
9
Dendrogrammi – cladogrammi –
alberi filogenetici
10
Dendrogramma:
similarità fenetiche
11
Aspergillus Sect. Flavi e Fumigati
MALDI-TOF MS, De Respinis et al. 2016
Dendrogramma 12
0.09
Plectosphaerella cucumerina
Musicillium theobromae
Acrostalagmus luteoalbus
Gibellulopsis nigrescens
Verticillium tricorpus
Verticillium longisporum
Verticillium albo-atrum
Verticillium dahliae
Alberi filogenetici: relazione
genetica/evolutiva
13
Radicato (“rooted”) Non radicato (“unrooted”)
Simmetria di
un albero
Biologia molecolare e micologia
14Cugini, non uno antenato dell’altro
scim
pa
nzé
go
rilla
uo
mo
uo
mo
go
rilla
scim
pa
nzé
La filogenetica
Grafi:
Nodi: rappresentano le unità tassonomiche
Rami: uniscono i nodi e rappresentano le distanze
tra due nodi
Topologia: struttura generale di un albero
Alberi con radice: i nodi stanno in un preciso
ordine temporale
Alberi senza radice: senza significato evolutivo
15
Biologia molecolare e micologiaDi Carlog3 - Opera propria, Pubblico dominio,
https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=7123475
Alcune
definizioni monofiletico è un insieme che
comprende almeno due taxa, il loro antenato comune e tuttii suoi discendenti
parafiletico è un gruppo non naturale, incompleto, al cui interno è presente l'antenatocomune ma non tutti i suoidiscendenti
polifiletico è un gruppo checomprende dei discendentisenza includere gli antenaticomuni (perchè questi non ci sono o non hanno le stessecaratteristiche che uniscono idiscedenti)
16
monofiletico
parafiletico
polifiletico
Cladogrammi
Cladogramma del regno Fungi, derivato dai dati combinati di 6
geni, per 6436 nucleotidi allineati (David Moore).
http://www.davidmoore.org.uk/Sec01_01.htm
Rappresentata: la parentela ma non i tempi di divergenza
17
Cladogramma – Albero filogenetico 18
Un albero filogenetico o un cladogramma
A. Si possono costruire solo con sequenze di DNA
B. Si possono costruire solo con sequenze di DNA e RNA
C. Si possono costruire con sequenze di DNA, RNA e amminoacidi
(sequenze proteiche)
D. Si possono costruire con dati derivati da analisi proteiche quali MALDI-TOF
E. Si possono derivare usando dati morfologici
F. B e E
G. B, C e E
H. Tutte le risposte sono giuste
I. Tutte le risposte sono sbagliate
19
Misure di similarità – distanza
genetica
20
Misure di similarità - un esempio 21
Organismo B
Organismo A
+ (presenti) - (assenti)
+ (presenti) a b
- (assenti) c d
Carattere Organismo A Organismo B
spore sferiche + -
asci + +
periteci - +
apparato apicale - +
parafisi - -
SJ=a
a+b+c
Analisi di cluster
Formare dei gruppi di oggetti tali che i componenti di un gruppo
sono simili e diversi da quelli degli altri gruppi
Distanze inter-cluster sonomassimizzate
Distanze intra-cluster sonominimizzate
22
Il concetto di cluster può
essere ambiguo
Quanti cluster?
Quattro cluster Due clusters
6 clusters
23
Clustering gerarchico:
MIN o “single linkage”
Clusters Dendrogramma
1
2
3
4
5
6
1
2
3
4
5
3 6 2 5 4 10
0.05
0.1
0.15
0.2
24
Vantaggi di ricostruzioni
filogenetiche basate sul DNA
Descrizione dei caratteri non ambigua
Somiglianza dovuta a effetti ambientali non genetici non interferisce
Evoluzione convergente implica spesso fenotipi simili ma genotipi
differenti
Possibilità di analizzare tanti caratteri (maggiore possibilità che i siti
congruenti prevalgano su quelli incongruenti)
Stima dei tempi di divergenza (e quindi la lunghezza dei rami)
Modelli statistici rigorosi
Possibilità di analizzare DNA codificante e non codificante
25
Metodi per ricostruire filogenesi
Stima delle distanze (es: UPGMA)
Approccio basato sulla parsimonia
Approccio basato sulla verosimiglianza
Approccio Bayesiano (sempre più usato,
richiesto da riviste specializzate)
26
Limiti dell’analisi filogenetica
Alberi filogenetici
Non rappresentano necessariamente la storia
evoluzionistica esatta di un gene
Possono essere alterati da effetti di
trasferimento genico orizzontale
Ibridizzazione
Evoluzione convergente
Conservazione di sequenze geniche
27
Regole di base
28
Fasi dell’analisi filogenetica – I –
Costruire il dataset – vedi anche regole di Vellinga et al. (2015):
Numero sufficiente di campioni
Considerare organismi vicini – ma non dimenticare gruppi esterni (outgroup)
Differenze geografiche
Differenze ecologiche
Scegliere i geni e/o le proteine da considerare (non limitarsi a 1!) – possonovariare a seconda del livello tassonomico studiato e del gruppotassonomico
Sequenze geniche: informazione dettagliata ma “rumorosa” (per organismievolutivamente vicini)
Sequenze proteiche: per relazioni generali (non a livello di specie)
Scegliere un outgroup (gruppo monofiletico di organismi usato come riferimento)
Preparare il piano d’analisi
29
L’importanza dell’outgroup
Trichophyton rubrum (R), T. rubrum, African population (A) and T. violaceum
ITS1+2 phylogenetic tree
R-M3/99-ITS4
R-M3/187-ITS4
R-M3/8-ITS4
R-M2/446-ITS4
R-M2/225-ITS4
R-M2/198-ITS4
R-M2/71-ITS4
R-M2/32-ITS4
R-M1/351-ITS4
R-M1/316-ITS4
R-M1/315-ITS4
R-M1/307-ITS4
R-M1/55-ITS4
R-M2/559- ITS4
R-M1004.3076-ITS4
R-M1003.8864-ITS4
R-M1003.6451-ITS4
R-M1003.6222B-ITS4
R-M1003.5730-ITS4
R-M1003.5729C-ITS4
R-M1003.4777-ITS4
R-M1002.5783-ITS4
R-M1002.5011-ITS4
R-M1002.4058-ITS4
R-M1001.9418-ITS4
R-1003.239-ITS4
R-M0903.5622-ITS4
R-M0903.8047-ITS4
R-M0903.8050-2-ITS4
R-M0903.8415-ITS4
R-M1000.4461-ITS4
R-M1000.8197-ITS4
R-M1001.2266-ITS4
R-M1001.7648-ITS4
A-M1/419-ITS4
A-M2/272- ITS4
A-M2/491-ITS4
A-M2/183-ITS4
A-M2/237-ITS4
A-M2/359-ITS4
A-M2/431-ITS4
A-M2/432-ITS4
A-M2/538-ITS4
A-M2/602-ITS4
A-M3/6-ITS4
A-M3/7-ITS4
A-M3/105-ITS4
A-M3/140-ITS4
A-M2/125- ITS4
A-M2/438-ITS4
A-M2/275-ITS4
A-M3/104-ITS4
V-M3/65-ITS4
V-M3/189-ITS4
V-1212.151-ITS4
V-1307.1152-ITS4
V-1210.357-ITS4
V-1304.22-ITS4
0.001
30
Fasi dell’analisi filogenetica – II –
Allineamento delle sequenze
Derivare l’albero genetico: scegliere la distanza da
usare – ponderamento delle sostituzioni (J-C, Tajima-Nei)
o delle trasversioni/transizioni (Kimura)
Cambiando la distanza cambiano I risultati!
Scegliere il metodo in base alle ipotesi di partenza (esempio:
UPGMA se la velocità evolutiva è considerata costante;
Neighbor Joining se si suppone un‘evoluzione minima e non
costante)
Validare la robustezza dell’albero con metodi statistici
Bootstrap
Inferenza Bayesiana
31
Leggiamo (e valutiamo il valore di)
un albero filogenetico
32
Aspergillus fumigatus – A. flavus 33
Aspergillus fumigatus – A. flavus 34
Tre esempi
35
Lista di controllo per stimare la
bontà di un‘analisi presentata
Numero sufficiente di campioni?
Organismi vicini e gruppi esterni (outgroup) presi in considerazione?
Outgroup appropriato / discusso?
Differenze geografiche considerate?
Differenze ecologiche considerate?
Geni e/o proteine considerati – giustificazione a seconda del livello e del
gruppo tassonomicostudiato ?
Statistiche presentate / discusse?
Differenze morfologiche considerate e discusse?
36
Esempio 1 37
FIG. 1. Dendrogramma “Neighbor
joining” basato su 486 bp (paia di
nucleotidi) della regione genica ITS1-2
(Kimura-2, bootstrap test con 500
repliche). F: Francia; CH: Svizzera; D:
Germania; JAP: Giappone; IND: India;
ESP: Spagna; nd: origine sconosciuta.
1) Non è un dendrogramma ma un albero
filogenetico
2) Solo 486 bp relativamente pochi
3) Numero di ceppi limitato (specialmente
cluster 3 e 4)
4) Distribuzione geografica non bilanciata
Conclusioni possibili: solo di tipo esplorativo
Esempio 2Fig. 1. a) dendrogramma dell’analisi filogenetica eseguita usando le
sequenze parziali del gene ITS. b)
albero filogenetico costruito usando le
sequenze del gene tef1. c) albero
filogenetico costruito con le similarità ottenute tramite analisi MALDI-TOF MS.
38
1) a) e b) sono dei cladogrammi
2) c) è un dendrogramma (similarità!)
3) Dal testo non si può dedurre il numero
di campioni studiati e la loro
provenienza (dal testo sÌ)4) Almeno 2 geni studiati analisi
piùttosto sicura
5) Buona corrispondenza tra metodi
filogenetici e fenetici
Esempio 3
Fig. 3. a) Dendrogramma
dell’analisi filogenetica eseguita
usando le sequenze parziali del gene ITS di collezioni di
Tetracladium spp. raccolte in
Francia e Svizzera. TEMA:
Tetracladium marchalianum.
39
T. marchalianum (A)vs.
T. maxilliforme (B)vs
T. breve (C)
Biologia molecolare e micologia
40A
B
C
Letourneau et al. 2009
Barcoding
(http://www.barcodinglife.org)
Metodica molecolare per
l’identificazione di organismi
Basata sull’analisi della variabilità
di un marcatore molecolare
(funghi: spesso ITS, ma anche
calmodulina, beta-tubulina, ecc.)
18-Feb-2017Biologia molecolare e micologia
41
Boletus edulis -
barcoding
18-Feb-2017
42
Software - dimostrazione
MEGA7
Seaview
43
In conclusione Tassonomia polifasica:
la via da intraprendere anche in micologia
Biologia molecolare:
anche in futuro un utensile indispensabile
Proteomica
utilissima per l‘identificazione di organismi
affidabile, economica e di facile e rapido uso
basata però sulla biologia molecolare
complemento indispensabile per aiutare a risolvere problemi tassonomici
Armamentario di genomica e proteomica destinato ad assumere un ruolo sempre maggiore in tassonomia
Morfologia anche in futuro un pilastro importantissimo nella tassonomia fungina
44
Nuovi generi, nuove specie…
45
Ma cos’è una
specie nei funghi?
Alcune idee (molto personali)
Non descrivere nuove specie se non se ne conosce la variabilità
Considerare sia la filogenia che la fenetica (e l’ecologia) per
delimitare generi e specie
Applicare una tassonomia polifasica
Concetto di genere e/o specie: largo o stretto, ma pratico! Ad esempio, distinguere specie crittiche
di Aspergillus fumigatus è importante perché alcune sono resistenti agli
azoli
di Phialophora fortinii invece è discutibile – anche ecologicamente non
particolarmente rilevante
46
Nuovi generi…
1. Criterio di reciproca monofiliaTutti i generi di un gruppo dovrebbero essere monofiletici, sia nelgruppo da cui il nuovo genere è separato sia in quello cui il nuovogenere sarà assegnato
2. Concetto di ampietàL’albero filogenetico usato per stabilire il genere deve contenere
a. Un grosso numero di specie
b. Una distribuzione geografica di taxa abbastanza grande
c. Tipi di tutte le specie dei generi studiati
3. Concetto di stabilità statisticaI rami dell’albero filogenetico devono avere un buon supportostatistico
47
I consigli di un gruppo di micologi [Vellinga et al., IMA Fungus 2015;6(2): 65-68]
Nuovi generi… (cont.)
4. “In dubio contra reum”
Altre opzioni, oltre alla definizione di un nuovo genere, devono
essere esaminate e ponderate: anche in un albero filogeneticorobusto si possono vedere diverse possibilità di interpretazione.
5. Criterio geneticoL’evidenza filogenetica non deve basarsi sulle sequenze di un solo
gene (idealmente almeno 3 geni codificanti proteine oltre al
“tipico” ITS)
6. Criterio del “peer-review”
il lavoro deve essere pubblicato su una rivista “peer-reviewed” per permettere una critica da parte di esperti del gruppo (“controllo di
qualità)
48
I consigli di un gruppo di micologi (Vellinga et al., IMA Fungus 2015;6(2): 65-68)
Domande frequenti … e risposte
personali
Si possono stabilire i ranghi attraverso il DNA o questo è comunque
affidato all'arbitrio di ogni autore?
Di quanto devono differire le sequenze di due taxa vicini per essere
distinti come specie diverse?
All'interno di una medesima specie, il DNA permette di distinguere
varietà e forme?
È possibile stabilire l'appartenenza a una Sezione (o altro rango)
attraverso il DNA?
49
Grazie a… Mauro Tonolla
Cinzia Benagli
Sophie de Respinis
Julia Coffin
Cristina Fragoso
Mélina Cruchon
Sonja Weissenhorn
Philipp Bosshard
Liliane E. Petrini
Gary J. Samuels
50
Link utili
Introduzione alla lettura di alberi filogenetici “Tree Room” (in inglese)
(http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evotrees_intro)
BEAST – Bayesian estimation (http://beast.bio.ed.ac.uk/Main_Page).
FigTree (http://tree.bio.ed.ac.uk) per la grafica
MEGA-7 (https://www.megasoftware.net/megabeta.php)
MrBayes: Bayesian Inference of Phylogeny (http://mrbayes.sourceforge.net/ )
SeaView (https://doua.prabi.fr/software/seaview)
Geneious (https://www.geneious.com/)
51
Biologia molecolaree proteomica –ovvero:
52
Basidiomiceti BOLETUS spp.
Mello et al. (2006). ITS primers for the identification
of marketable boletes. J Biotechnol. 121(3): 318–329
53
“I funghi porcini” 54
Biologia molecolare e micologia
55
LievitiCANDIDA SPP.
Risultati 56
C. glabrata
C. dubliniensis
C. albicans
C. tropicalis
C. krusei
C. parapsilosis
C. lusitaniae
C. guilliermondii
C. magnoliae
A) ITS B) MALDI-TOF
AscomicetiTRICHODERMA
De Respinis et al. Mycol Progress 2010;9:79-100.
Samuels et al. Mycologia 2010;102(4): 944-966.
Metodi
129 ceppi di Hypocrea e
Trichoderma, caratterizzati
morfologicamente e
geneticamente, appartenenenti a
25 specie in 8 cladi filogenetiche
(Longibrachiatum, Viride, Hamatum,
Harzianum, Stromaticum, Virens,
Polysporum e Brevicompactum)
MALDI-TOF MS
Analisi di cluster UPGMA
18-Feb-2017Biologia molecolare e micologia
58
Trichoderma: MALDI-TOF MS
Biologia molecolare e micologia
59
Risultati• Ceppi appartenenti alla medesima specie formano gruppi
compatti nel dendrogramma
• Nella maggior parte dei casi, i risultati ottenuti con MALDI-TOF
sono identici a quelli ottenuti con il sequenziamento
• I risultati ottenuti con MALDI-TOF corrispondono alla filogenia
• L’efficienza della tecnica MALDI-TOF è paragonabile a quella
della biologia molecolare classica
• Costi e tempi (Svizzeri): ca CHF 5 per campione, analisi
eseguibile in ca. 5 minuti con MALDI-TOF; ca. CHF 20 percampione, alcune ore con biologia molecolare classica
60
AscomicetiDERMATOFITI
De Respinis et al. (2013)
62
E. floccosum
Epidermophyton, Microsporum,
Trichophyton
M. canis
T. mentagrophytes
ITS vs. MALDI-TOF MS63
MA
LDI
100
90
80
70
60
50
40
30
20
M. audouinii - Instand 10/B
M. audouinii - bM
133
M. audouinii - Z1004 543
M. canis - bM
134
M. canis - N
eqas 8719
M. canis - N
eqas 164
M. canis - M
UM
09.17
M. canis - Z0912 440
M. canis - Instand 10/A
M. gypseum
(A. gypseum
) - CB
S 100.64
M. gypseum
(A. gypseum
) - bM 130
M. gypseum
(A. gypseum
) - bM 129
M. gypseum
(A. gypseum
) - Instand 09/B
M. gypseum
(A. gypseum
) - MU
M 10.135
M. gypseum
(A. incurvatum
) - Neqas 7177
M. gypseum
(A. incurvatum
) - Neqas 9323
M. fulvum
- Neqas 9834
M. fulvum
- Z1006 517
M. persicolor - N
eqas 165
M. persicolor - bM
135
M. persicolor - N
eqas 7893
E. floccosum
- Neqas 9647
E. floccosum
- bM 138
E. floccosum
- Z1003 301
T. erinacei - CB
S 511.73
T. erinacei - CB
S 474.76
T. erinacei - Neqas 8878
T. erinacei - Neqas 6915
T. erinacei - Neqas 98
T. verrucosum - bM
132
T. erinacei - bM 126
A. benham
iae (tax. entity 3) - bM 122
A. benham
iae (tax. entity 3) - bM 123
A. benham
iae (tax. entity 3) - Z1003 261
A. benham
iae (tax. entity 3) - Instand 09/A
A. benham
iae (am-eur. race) - C
BS
624.66
A. benham
iae (am-eur. race) - C
BS
623.66
T. rubrum (african pop.) - bM
127
T. rubrum (african pop.) - M
UM
09.15
T. rubrum (african pop.) - N
eqas 9649
T. rubrum - bM
124
T. rubrum (african pop.) - C
BS
518.63
T. rubrum (african pop.) - M
UM
09.24
T. rubrum - C
BS
592.68
T. rubrum (african pop.) - C
BS
517.63
T. rubrum - M
UM
09.10
T. rubrum - M
UM
10.132
T. rubrum - M
UM
09.26
T. rubrum - N
eqas 9984
T. rubrum - M
UM
08.05
T. rubrum - C
BS
100081
T. rubrum - C
BS
100084
T. rubrum - M
UM
09.20
T. rubrum - M
UM
09.29
T. rubrum - C
BS
392.58
T. rubrum - M
UM
10.128
T. rubrum - M
UM
09.18
T. rubrum - M
UM
08.07
T. rubrum - N
eqas 9835
T. rubrum - M
UM
08.09
T. rubrum - M
UM
09.11
T. rubrum - Instand 08/B
T. rubrum - Instand 08/A
T. rubrum - M
UM
09.08
T. violaceum - M
UM
09.22
T. violaceum - M
UM
09.33
T. violaceum - M
UM
09.32
T. violaceum - M
UM
09.23
T. violaceum - C
BS
374.92
T. violaceum - M
UM
09.30
T. mentagrophytes - C
BS
101546
T. mentagrophytes - C
BS
318.56
T. tonsurans - Neqas 7872
T. tonsurans - bM 131
T. tonsurans - CB
S 496.48
T. tonsurans - Neqas 6407
T. tonsurans - MU
M 10.130
T. tonsurans - Neqas 9159
T. tonsurans - CB
S 100080
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 09.25
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 10.134
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 10.136
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 10.137
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 09.21
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 10.129
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9983
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 6.95
T. interdigitale (zooph.) - Neqas 6528
T. interdigitale (anthrop.) - CB
S 428.63
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 10.131
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 08.03
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 7434
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 08.08
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 8271
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9477
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 08.14
T. interdigitale (anthrop.) - bM 121
M. praecox - bM
137
T. terrestre - Z1005 446
T. terrestre - Z0906 291
T. terrestre - Z1004 1096
Unknow
n - bM 128
M. canis - Z0912 440
M. canis - Instand 10/A
M. canis - M
UM
09.17
M. canis - bM
134
M. canis - N
eqas 8719
M. audouinii - Instand 10/B
M. audouinii - bM
133
M. audouinii - Z1004 543
T. terrestre - Z1005 446
T. terrestre - Z1004 1096
T. terrestre - Z0906 291
Unknow
n - bM 128
M. gypseum
(A. incurvatum
) - Neqas 7177
M. gypseum
(A. incurvatum
) - Neqas 9323
M. gypseum
(A. gypseum
) - CB
S 100.64
M. gypseum
(A. gypseum
) - bM 130
M. gypseum
(A. gypseum
) - Instand 09/B
M. gypseum
(A. gypseum
) - MU
M 10.135
M. gypseum
(A. gyspeum
) - bM 129
M. fulvum
- Z1006 517
M. fulvum
- Neqas 9834
M. persicolor - N
eqas 7893
M. persicolor - N
eqas 165
M. persicolor - bM
135
M. praecox - bM
137
T. erinacei - CB
S 474.76
T. erinacei - CB
S 511.73
T. erinacei - bM 126
T. erinacei - Neqas 98
T. erinacei - Neqas 6915
T. erinacei - Neqas 8878
A. benham
iae (am-eur. race) - C
BS
624.66
A. benham
iae (am-eur. race) - C
BS
623.66
A. benham
iae (tax. entity 3) - bM 123
A. benham
iae (tax. entity 3) - bM 122
A. benham
iae (tax. entity 3) - Z1003 261
A. benham
iae (tax.ent. 3) - Instand 09/A
T. verrucosum - bM
132
T. mentagrophytes - C
BS
101546
T. mentagrophytes - C
BS
318.56
T. tonsurans - CB
S 100080
T. tonsurans CB
S 496.48
T. tonsurans - Neqas 7872
T. tonsurans - Neqas 9159
T. tonsurans - Neqas 6407
T. tonsurans - MU
M 10.130
T. tonsurans - bM 131
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 8271
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 10.134
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 08.14
T. interdigitale (anthrop.) - CB
S 428.63
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9983
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9477
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 10.131
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 09.25
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 08.08
T. interdigitale (anthrop.) - MU
M 08.03
T. interdigitale (anthrop.) - bM 121
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 6.95
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 7434
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 10.136
T. interdigitale (zooph.) - Neqas 6528
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 10.137
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 10.129
T. interdigitale (zooph.) - MU
M 09.21
T. rubrum (african pop.) - N
eqas 9649
T. rubrum (african pop.) - C
BS
517.63
T. rubrum (african pop.) - C
BS
518.63
T. rubrum (african pop.) - bM
127
T. rubrum (african pop.) - M
UM
09.15
T. rubrum (african pop.) - M
UM
09.24
T. rubrum - Instand 08/B
T. rubrum - C
BS
592.68
T. rubrum - M
UM
10.128
T. rubrum - M
UM
08.07
T. rubrum - N
eqas 9835
T. rubrum - C
BS
100084
T. rubrum - bM
124
T. rubrum - M
UM
08.05
T. rubrum - M
UM
08.09
T. rubrum - M
UM
09.08
T. rubrum - M
UM
09.10
T. rubrum - M
UM
09.11
T. rubrum - M
UM
09.20
T. rubrum - M
UM
09.26
T. rubrum - M
UM
09.29
T. rubrum - M
UM
10.132
T. rubrum - Instand 08/A
T. rubrum - N
eqas 9984
T. rubrum - C
BS
392.58
T. rubrum - M
UM
09.18
T. rubrum - C
BS
100081
T. violaceum - C
BS
374.92
T. violaceum - M
UM
09.22
T. violaceum - M
UM
09.23
T. violaceum - M
UM
09.33
T. violaceum - M
UM
09.32
T. violaceum - M
UM
09.30
E. floccosum
- bM 138
E. floccosum
- Neqas 9647
E. floccosum
- Z1003 301
51
50
99
62
93
58
100
57
100
100
49
100
9963
77
100
75
50 30
85 92
9699100
69
87
100
70
63
99
88
87
92
9248
100
5771
65
79
97
T. te
rrestre
co
mp
lex
A. vanbreuseghemii
complex
T. rubrum complex
E. flo
cc
os
um
20 5
0
100%
33
M. g
yp
se
um
co
mp
lex
A. b
en
ham
iae
co
mp
lex
ITS
A. o
tae
co
mp
lex
MALDI-TOF MS
M. c
an
is
M. a
ud
ou
inii
M. g
yp
se
um
(A.g
yp
se
um
)
M. g
yp
se
um
(A.in
cu
rva
tum
)
M. fu
lvu
m
M. p
ers
ico
lor
T. e
rina
ce
i
A. b
en
ha
mia
e
T. v
iola
ce
um
T. to
nsu
ran
s
T. in
terd
igita
le
T. m
en
tag
rop
hyte
s
Trichoderma asperellum:
Specie crittiche64
T. polysporum
T. yunnanense
T. hamatum
CSP1
CSP2
CSP2
051
0
1
5
2
0
2
5
Samuels et al., 2010
Ma non è sempre così facile….Il caso (caos?) di Aspergillus Sect. Flavi in
genetica
65
ITS ß-tubulina
De Respinis et al., 2016
… e in proteomica 66
De Respinis et al., 2016
AscomicetiPHIALOCEPHALA FORTINII
Coffin et al. (2011)
Foto: Grünig et al., Mycologia January/February 2008 vol. 100 no. 1 47-67
68Specie crittiche di P. fortinii –
Sequenziamento vs. MALDI-TOF MS
Grünig et al 2008 Coffin, 2011
