Les -carraghénases :

Un modèle de dégradation en phase

hétérogène

Etienne Rebuffet Février 2008

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OSO3-

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OSO3-

Les galactanes d’algues rouges

Agarose

κ-carraghénane

ι-carraghénane

λ-carraghénane

de lacharge négative

Applications des carraghénanes

Médecine

Anti-coagulant Anti-viral

Cosmétique Agriculture

Agroalimentaire

Gélifiant Emulsifiant

Stimulent les défenses des plantes

Dentifrice

La dégradation en phase hétérogène

Collaboration entre différentes enzymes pour la dégradation d’un substrat récalcitrant

ENDO

EXO

PROCESSIVE

La ι-carraghénase d’A. fortis

Michel, G. et coll. The structural bases of the processive degradation of iota-carrageenan, a main cell wall polysaccharide of red algae. Journal of molecular biology 334, 421-33 (2003).

Domaine B Domaine A

Hélice β

Topologie du site actif de type tunnel

=> Dégradation processive

Résultats et perspectives

Boucle formée par les résidus 343 à 349.

Mutants catalytiques obtenus

(E245, D247, E310)

■ Biochimie

■ Cocristallisation

Zobellia galactanivorans

Delesseria sanguinea

Isolé à Roscoff depuis une algue rouge : Delesseria sanguinea

Décrite par T. Barbeyron

CgiA_Af

CgiA_Zg

CgiB_Zg

CgiC_Zg

Les ι-carraghénases de Z. galactanivorans

Domaine B

Domaine AHélice β

Les ι-carraghénases de Z. galactanivorans

CgiA_Zg

CgiB_Zg

CgiC_Zg

Synergie entre les trois enzymes ?

Stratégie

■ Surexpression et purification des ι-carraghénases de Z. galactanivorans

■ Identification des produits de dégradation de ces iotases

■ Détermination des paramètres cinétiques (kcat, Vm)

■ Structures cristallographiques

Remerciements

Equipe de glycobiologie marine

CZJZEK Mirjam

MICHEL Gurvan

BARBEYRON Tristan

JAM Murielle

Région Bretagne

CNRSFinancement ARED du projet Iotase3D