28
Annu. Rev. Virol. 2014.1:307-331. Downloaded from www.annualreviews.org Access provided by WIB6131 - UB Hohenheim on 05/30/16. For personal use only.

li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

  • Upload
    others

  • View
    1

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 2: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 3: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Adsorptioninhibition

BA CT ERI U M

Injectionblocking

Attachment

DNA injection

CRISPRs

Transcriptionand translation

Abortive infection andtoxin-antitoxin systems

Assembly

Lysis

Restrictionmodi cation

Replication

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 4: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 5: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

a

a

a

a bBvg+

Perta

Pgl+

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 6: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 7: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

CH3

hsdR hsdM hsdS

Type I

res mod

Type II

R

Type III

res mod res

Type IV

R

a b c d

R

S

RR

ChromosomalDNA

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 8: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

φb

φ

φ

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 9: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

a

a c

a

b

c

b

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 10: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Type II Type I Type II I

tracrRNA

Cas6 homologs

R cas1 cas2

[Type II only]

R R RS S SL

CRISPR array cas genes

Maturation

Cas9 and RNase III

CSMType II I-A

Cascade+ Cas3Type I

Cas9Type II

CMR Type II I-B

tracrRNA

Cas1andCas2

RNADNA DNA DNA

pre-crRNA

5' 3'

5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3'

5' 3' 5' 3' 5' 3'

5' 3' 5' 3'

A D A PTATI ON

B I OGEN ESI S a n d PROCESSI N G

I N TERFEREN CE

a

b

cPAM PAM

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 11: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

c

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 12: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Escher ichia coli.

a

Lit

RexB

RexAB Lit PrrC

AbiD1 AbiZ ToxIN

++

++

rexA rexB

abiD1abiZ

PrrC

Gol

Translation

Stp

tRNA

EcoPrrlEF-Tu

RuvC

AbiD1

Holin/lysin

toxl toxN

RNA-proteincomplex

Middleprotein Phage/host

mRNA

AbiZ

Translation

a

d

b

e

c

f

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 13: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

a

bb

c

c

Lactococcus lactis

d

d

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 14: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

φ

e

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 15: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

f

φ

φ

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 16: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 17: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 18: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

β

β

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 19: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

BordetellaNature

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 20: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

ϕ

Nature

Science

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 21: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 22: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Nature

Nature

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 23: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 24: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Proc. Natl.Acad. Sci. USA

PLoS Genet.

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 25: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 26: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Annual Review of

Virology

Volume 1, 2014Contents

Forty Years with Emerging VirusesC.J. Peters ��������������������������������������������������������������������������������������1

Inventing VirusesWilliam C. Summers �������������������������������������������������������������������������25

PH IRE and TWiV: Experiences in Bringing Virology to N ew AudiencesGraham F. Hatfull and Vincent Racaniello ��������������������������������������������������37

Viruses and the MicrobiotaChristopher M. Robinson and Julie K. Pfeiffer ����������������������������������������������55

Role of the Vector in Arbovirus T ransmissionMichael J. Conway, Tonya M. Colpitts, and Erol Fikrig �����������������������������������71

Balance and Stealth: T he Role of N oncoding RN As in the Regulation ofVirus Gene ExpressionJennifer E. Cox and Christopher S. Sullivan ������������������������������������������������89

T hinking Outside the T riangle: Replication Fidelity of the Largest RN AVirusesEverett Clinton Smith, Nicole R. Sexton, and Mark R. Denison �������������������������111

T he Placenta as a Barrier to Viral InfectionsElizabeth Delorme-Axford, Yoel Sadovsky, and Carolyn B. Coyne �����������������������133

Cytoplasmic RN A Granules and Viral InfectionWei-Chih Tsai and Richard E. Lloyd ������������������������������������������������������147

Mechanisms of Virus Membrane Fusion ProteinsMargaret Kielian ����������������������������������������������������������������������������171

Oncolytic PoxvirusesWinnie M. Chan and Grant McFadden ���������������������������������������������������191

H erpesvirus Genome Integration into T elomeric Repeats of H ost CellChromosomesNikolaus Osterrieder, Nina Wallaschek, and Benedikt B. Kaufer ������������������������215

ix

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 27: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

Viral Manipulation of Plant H ost MembranesJean-Francois Laliberte and Huanquan Zheng ��������������������������������������������237

IFIT M-Family Proteins: T he Cell’s First Line of Antiviral DefenseCharles C. Bailey, Guocai Zhong, I-Chueh Huang, and Michael Farzan ���������������261

Glycan Engagement by Viruses: Receptor Switches and SpecificityLuisa J. Stroh and Thilo Stehle �������������������������������������������������������������285

Remarkable Mechanisms in Microbes to Resist Phage InfectionsRon L. Dy, Corinna Richter, George P.C. Salmond, and Peter C. Fineran �������������307

Polydnaviruses: N ature’s Genetic EngineersMichael R. Strand and Gaelen R. Burke ���������������������������������������������������333

H uman Cytomegalovirus: Coordinating Cellular Stress, Signaling,and Metabolic PathwaysThomas Shenk and James C. Alwine �������������������������������������������������������355

Vaccine Development as a Means to Control Dengue Virus Pathogenesis:Do W e Know Enough?Theodore C. Pierson and Michael S. Diamond ��������������������������������������������375

Archaeal Viruses: Diversity, Replication, and StructureNikki Dellas, Jamie C. Snyder, Benjamin Bolduc, and Mark J. Young �����������������399

AAV-Mediated Gene T herapy for Research and T herapeutic PurposesR. Jude Samulski and Nicholas Muzyczka �������������������������������������������������427

T hree-Dimensional Imaging of Viral InfectionsCristina Risco, Isabel Fernandez de Castro, Laura Sanz-Sanchez, Kedar Narayan,

Giovanna Grandinetti, and Sriram Subramaniam ������������������������������������453

N ew Methods in T issue Engineering: Improved Models for ViralInfectionVyas Ramanan, Margaret A. Scull, Timothy P. Sheahan, Charles M. Rice,

and Sangeeta N. Bhatia ������������������������������������������������������������������475

Live Cell Imaging of Retroviral EntryAmy E. Hulme and Thomas J. Hope �������������������������������������������������������501

Parvoviruses: Small Does N ot Mean SimpleSusan F. Cotmore and Peter Tattersall ����������������������������������������������������517

N aked Viruses T hat Aren’t Always N aked: Q uasi-Enveloped Agents ofAcute H epatitisZongdi Feng, Asuka Hirai-Yuki, Kevin L. McKnight, and Stanley M. Lemon ���������539

x Contents

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.

Page 28: li rev ona l s F 16. m 30 on 05 iml B 6131 - U . 2014.1 ... · res mod Type II R Type III res mod res Type IV R abcd R S R R Chromosomal DNA Annu. R ev. V i ro l. 2014.1: 307-331

In Vitro Assembly of RetrovirusesDi L. Bush and Volker M. Vogt ������������������������������������������������������������561

T he Impact of Mass Spectrometry–Based Proteomics on FundamentalDiscoveries in VirologyTodd M. Greco, Benjamin A. Diner, and Ileana M. Cristea �����������������������������581

Viruses and the DN A Damage Response: Activation and AntagonismMicah A. Luftig �����������������������������������������������������������������������������605

ErrataAn online log of corrections to Annual Review of Virology articles may be found athttp:/ /www.annualreviews.org/errata/virology

Contents xi

Ann

u. R

ev. V

irol

. 201

4.1:

307-

331.

Dow

nloa

ded

from

ww

w.a

nnua

lrev

iew

s.or

g A

cce s

s pr

ovid

ed b

y W

IB61

31 -

UB

Hoh

enhe

im o

n 05

/30/

16. F

or p

erso

nal u

se o

nly.