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7 6 8 1
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400.
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simulation of a small protein
•Villinheadpiece: small 36-
residue chain that folds
spontaneously in about 1-4 µs
•Simulation box with 3000
water molecules
•Simulation took 4 months CPU
time on massively parallel
computer (Cray T3)
•A transient state was observed
for about 150 ns which
resembles the native state
A:Initial state
B:Partially folded (980 ns)
C: Native state
D:Native state (red), simulation (blue)
E:transient state
Duan, Y. & Kolmann, P. (1998) Nature282:740-4
