パスウエイ解析マニュアル

Page 1

パスウェイ解析（オプション）

Page 2

解析により同定した各化合物が 代謝パスウェイ上でどの様な相関関係にあり、量的変化と合わせて考慮することで 全体の現象を理解する手法です。 これはオプションの機能になります。 (G3836AA)

Page 3

Pathway Entityの種類

Small Molecules: 代謝物、薬剤、金属などの低分子化合物

Complex: 複数の蛋白質分子が結合した複合体

Enzyme: 代謝反応において触媒として機能する蛋白質

Family: 構造や機能が類似している蛋白質群

Function: 分子の機能 （例 DNA binding）

Process: 既知の生体プロセス （例 Apoptosis）

Protein: 構造蛋白質

Pathway Relationの種類

Page 4

物理的な結合

mRNAまたはProteinの量的変化

Unknownを含んだ制御

遺伝子の5’上流のPromoter領域へ結合

分子の輸送

低分子化合物の代謝

リン酸化等の翻訳後修飾

Page 5

パスウェイ解析を行う (1/3)

Experiment作成時に指定したもの(page 17)と同じ生物種を選び、 描画する代謝パスウェイのチェックボックスに✓を入れます。 Curated pathwayは研究者によって査読された代謝パスウェイ情報に基づいて、 Literature derived networksは自然言語処理によってPubMedのabstractから 抽出された文献情報に基づいて描画が行われます。

Page 6

パスウェイ解析を行う (2/3)

Next

パスウェイ解析で使用するInterpretation、entity listを 指定します。 Interpretationは平均化されたものを設定してください。

Page 7

パスウェイ解析を行う (3/3)

全画面表示に切り替え 代謝パスウェイの ズームイン 代謝パスウェイの ズームアウト

表示化合物を全て選択

検出化合物を 全て選択

選択した化合物で entity listを作成

他のinterpretationで再表示

他のentity listで再表示

オートスケール

機能ごとでまとめられた代謝パスウェイを選択し、 検出された化合物（デフォルトではオレンジ色に着色されています) を確認します。

Page 8

Publicのパスウェイデータベースから、Agilentサーバーにない 生物種の代謝マップをインストールするには (例) WikiPathwaysを利用する http://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways

Page 9

GPML形式で、生物種を指定し、 代謝マップファイル(.ZIP)をダウンロードします。 ↓

解凍

インポート

Page 10

既存の代謝マップをカスタマイズし、MPPにインストールするには

Wikipathways上で既存のパスウェイを編集、もしくは新規のパスウェイを作成する場合、 ユーザーアカウントを登録し、ログインする必要があります。

Page 11

Javaが起動します。 編集方法は下記のヘルプにあります。 http://www.wikipathways.org/index.php/Help:Editing_Pathways

Page 12

① ②

GMPL形式で保存します。

インポート

①：描画テーブルを使用してパスウェイに 必要なものを書き加えます。 ②：GMPL形式でローカルファイルとして 保存します。