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Version 5

Note technique : Détection des souches d’entérobactéries

productrices d’une carbapénèmase

Mai 2016

Dr. Laurent DORTET, Dr. Gaëlle CUZON, Dr. Thierry NAAS

CNR associé de la résistance aux antibiotiques, « Entérobactéries productrices de carbapénèmases ». Hôpital de Bicêtre, Service de Bactériologie-Hygiène, 78 avenue

du Général Leclerc, 94270 Le Kremlin-Bicêtre

L’émergence des entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) impose une identification rapide des patients infectés et porteurs (1-3). Il est donc essentiel de disposer de techniques efficaces de diagnostic.

Les gènes codant pour les carbapénèmases les plus répandues sont le plus souvent localisés sur des plasmides pouvant être transférés de souches à souches, mais aussi entre 2 espèces proches. C’est pourquoi il est essentiel d’identifier les souches hébergeant ce type de mécanismes transférables en raison du danger potentiel qu’elles représentent en tant que sources, réservoirs, et véhicules de gènes de carbapénèmases. Il est ainsi possible d’observer chez certains patients des souches appartenant à des espèces d’entérobactéries différentes et produisant la même carbapénèmase, probablement en raison d’un transfert de plasmides entre les deux espèces dans le tube digestif de l’hôte.

En 2014, 2972 souches d'entérobactérie suspectes de produire une carbapénèmases ont été adressées au CNR à Bicêtre versus 1485 en 2012 et 2225 en 2013 (4): 1075 exprimaient une carbapénèmase (36,2%). Parmi celles-ci, Klebsiella pneumoniae représentait 614 souches (57,1%), Escherichia coli 256 souches (23,8%) et Enterobacter cloacae 106 souches (9,9%). La distribution des carbapénèmases identifiées était la suivante : très majoritairement OXA-48-like (85,6%) puis NDM (8,5%) suivie de VIM (2,7%), KPC (1,8%), IMP (0,3%) et IMI (0,3%).

1. Identification des EPC à partir de prélèvements cliniques: patients infectés Critères à appliquer afin d’optimiser la détection des EPC

1.1 Enterobacteries productrices de carbapénèmases a. Les espèces les plus fréquemment concernées sont Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Enterobacter cloacae.

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b. Proteus sp. et Morganella morganii sont naturellement moins sensible à l’imipénème : la présence de carbapénèmases est rare dans ces espèces bactériennes.

1.2 Quand suspecter une EPC à partir d’un antibiogramme réalisé par diffusion en milieu solide ?

Il faut considérer comme SUSPECTE d’EPC toute souche de SENSIBILITE

DIMINUEE (I/R) à au moins l'un des carbapénèmes. La détection des EPC par de simples tests phénotypiques n’est pas aisée car le niveau de résistance aux carbapénèmes est variable et peut parfois être à la limite du seuil de sensibilité. L’ertapénème est le carbapénème qui possède la meilleure sensibilité pour la détection des EPC. Ainsi d’après les recommendation du CASFM 2015, toute souche possédant une diminution de sensibilité à l’ertapénème (CMI > 0,5 mg/L ou un diamètre d’inhibition < 28 mm (CASFM-2013) ou < 25 mm (CASFM 2014) ; disques de 10 µg) par test de diffusion en gélose est à considérer comme suspecte d’EPC. En outre, dans certains cas, la sensibilité de détection de la production de carbapénèmase peut être améliorée par l’utilisation d’au moins 2 carbapénèmes différents (ex : imipénème ET ertapénème).

Les recommandations de l’EUCAST pour le dépistage des EPC varient légèrement de celles du CASFM, incluant un cut-off de dépistage des EPC (screening cut-off) plus bas que les breakpoints I/R (http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Resistance_mechanisms/EUCAST_detection_of_resistance_mechanisms_v1.0_20131211.pdf). En effet, certaines EPC, produisant notamment OXA-48, peuvent avoir des CMI catégorisées comme sensibles aux carbapénèmes mais néanmoins produire une véritable carbapénèmase détectable (activité d’hydrolyse des carbapénèmes détectée par des tests biochimiques). De l’expérience du CNR ces souches représentent une infime partie des EPC (< 0,1% des EPC).

En 2015, le CASFM a proposé un algorithme phénotypique de criblage des EPC au sein des souches non sensibles aux carbapénèmes (cf Annexe 2 CASFM

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2015, page 115). Cet algorithme est notamment basé sur les diamètres d’inhibition autour des disques de ticarcilline + acide clavulanique, témocilline et imipénème (ou méropénème). Cet algorithme a été testé par le CNR sur 621 isolats consécutifs possédant une diminution de sensibilité aux carbapénèmes. Cet algorithme a montré une excellente sensibilité pour la détection des souches ne produisant pas de carbapénèmase.

Avantages : - Peu couteux - Permet d’éliminer la possibilité de production d’une carbapénèmase dès le résultat de l’antibiogramme pour environ 1/3 des souches Inconvénients : - Cette technique n’est utilisable que pour les laboratoires réalisant des antibiogrammes par diffusion en milieu solide - La lecture des diamètres d’inhibition est toujours sujette à une interprétation plus ou moins subjective du lecteur en cas de « diamètre limite »

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1.3 Méthodes phénotypiques de détection des EPC 1.3.1 Test de Hodge modifié Ce test permet la mise en évidence d’une synergie d’activité enzymatique entre souches productrices de carbapénèmases (souche à tester) et souches sauvages de référence sensible. Avantages : - Peu couteux - Bonne détection des souches productrices de carbapénèmases de type OXA-48 et KPC (1ère et 4ème carbapénèmase en France en 2015 respectivement) Inconvénients : - Faux négatifs : essentiellement souches produisant une carbapénèmase de type NDM, 2nd carbapénèmase en France depuis 2013 (5). - Nombreux faux positifs : essentiellement Enterobacter spp. surexprimant leur céphalosporinase naturelle (5). - Nécessite un délai de 24 h à 48 h après obtention de l’antibiogramme incompatible avec une identification rapide des carbapénèmases - A abandonner (cf CASFM) 1.3.2 Test biochimique de détection de la production d’une carbapénèmase

Deux techniques, répondant bien aux besoins actuels, ont été mises au point récemment. La première correspond à la recherche d’une modification du spectre d’un carbapénème sous l’effet d’une carbapénèmase. Il s’agit d’une application de la technique de spectrométrie de masse (MALDI-TOF). Cette technique nécessite une mise au point fine, du personnel particulièrement entraîné et un spectromètre de masse (système ouvert). Cette technique est basée sur la détection par spectrométrie de masse, après mise en contact pendant quelques heures (en général 2-3h) de la souche à tester avec une solution de carbapénème, de la disparition du pic correspondant au carbapénème testé et de l’apparition d’un pic correspondant au(x) produit(s) d’hydrolyse de ce même carbapénème. Cette technique n'a pas été évaluée en pratique courante au CNR (6-8).

La seconde technique de diagnostic rapide est le Carba NP test (Carba

Nordmann-Poirel test). Le principe de ce test repose sur la mise en évidence d’une acidification du milieu lors de l’hydrolyse de l’imipénème par une carbapénèmase. L’indicateur de pH change de couleur (du rouge au jaune) lorsque le milieu devient acide, traduisant la présence d’une carbapénèmase. Ce test a été largement évalué au sein du CNR (> 4000 souches d'entérobactéries de sensibilité diminuée aux carbapénèmes). Il possède une excellente spécificité et une excellente sensibilté (9-11). Le protocole du Carba NP test est disponible sur le site du CNR (http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/expertise-des-souches-1.html) Avantages : - Peu couteux

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- Peut être réalisé sur les souches isolées voir directement à partir des hémocultures positives - Facile à mettre en place dans n'importe quel laboratoire (nécessite peu de moyens : matériels et réactifs) - Sensible et spécifique (100%) - Rapide (< 2h) sur souches isolées - Excellence sensibilité et spécificité de détection de TOUTES les carbapénèmases Inconvénients : - nécessité de mettre au point la technique au laboratoire. Récemment deux tests commerciaux dérivés du Carba NP test ont été mis sur le marché : Le RAPIDEC® CARBA NP commercialisé par bioMérieux et le Rapid CARB Screen commercialisé par ROSCO Diagnostic (distributeur français EUROBIO). Ces deux tests ont fait l’objet d’une évaluation par le CNR. Une collection de 150 entérobactéries dont 132 possèdaient une diminution de sensibilité aux carbapénèmes a été testée. Cette collection incluait 55 souches ne produisant pas de carbapénèmase, 21 souches produisant une carbapénèmase de type KPC, 21 souches produisant une carbapénèmase de type NDM, 17 souches produisant une carbapénèmase de type VIM, 11 souches produisant une carbapénèmase de type IMP, 16 souches produisant une carbapénèmase OXA-48 et 9 souches produisant une carbapénèmase de type OXA-48 (OXA-162, OXA-181, OXA-204, OXA-232 et OXA-244). La sensibilité et la spécificité du RAPIDEC® CARBA NP, du Rapid CARB Screen et du Carba NP test sont indiquées dans le tableau suivant :

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Globalement le RAPIDEC CARBA NP (bioMérieux) est le test qui possède les meilleures caractéristiques quant à la détection des EPC. Cependant, nous avons pu noter lors de cette évaluation un impact important de l’inoculum bactérien utilisé pour la réalisation du RAPIDEC CARBA NP sur les résultats du test (cf figures ci dessous). En effet, un inoculum trop faible induit des résultats faussement positifs. Afin de pallier à ce problème nous conseillons aux utilisateurs du RAPIDEC® CARBA NP d’utiliser comme inoculum bactérien une oëse complète de 10 µ l. Cet inoculum sera récupéré directement sur l’oëse à l’aide de la tige en plastique fournie dans le coffret puis déposé dans le puit « c » prévu à cet effet.

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Récemment (fin 2015-début 2016), un test colorimétrique de détection rapide d’une activité carbapénèmase basé sur l’hydrolyse d’un substrat (carbapénème) chromogénique a été commercialisé par la société Biorad sous le nom de β-CARBA™ test. Ce test est en cours d’évaluation par le CNR. 1.3.3 Tests immunochromatographiques pour la détection des carbapénèmases de type OXA-48 (K-Set-OXA-48) Ce test permet la mise en évidence rapide d’une carbapénèmase de type OXA-48 directement à partir d’une colonie bactérienne ayant poussée sur n’importe quel milieu de culture y compris les milieux de screening.

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Avantages :

- Très rapide (15 min) - Facile à utiliser - Excellentes performances pour la détection des EPC de type OXA-48

(100% sensibilité, 100% spécificité) d’après l’évaluation faite par le CNR en 2015 (12).

- Différencie les enzymes de type OXA-48 ayant une activité carbapénèmase (OXA-48, -162, -181, -204, -232, -244, -245) des enzymes de type OXA-48 dépourvues d’activité carbapénèmase (OXA-163, OXA-405).

Inconvénients :

- Ne détecte que les carbapénèmases de type OXA-48. D’où la nécessité une autre technique pour la détection des carbapénèmase non-OXA-48 like (NDM, KPC, VIM, IMP, IMI).

- NB : Un test immunochromatographique pour la détection des carbapénèmase de type KPC est également commercialisé par la société Biorad sous le nom K-Set-KPC. Ce test est en cours d’évaluation par le CNR.

1.3.4 Tests phénotypiques d’inhibition

Ces tests phénotypiques sont basés sur les propriétés inhibitrices de l’acide boronique vis-à-vis des carbapénèmases de type KPC, de l’acide dipicolinique ou de l’EDTA vis-à-vis des métallo-β-lactamases et de la cloxacilline vis-à-vis des céphalosporinases (AmpC) (13). Afin de pourvoir détecter également les carbapénèmases de type OXA-48, un disque contenant de la témocilline est présente dans certain kits commerciaux. En effet, la grande majorité des souches produisant une carbapénèmase de type OXA-48 (98.2%) sont très résistantes à la témocilline (diamètre d’inhibition inférieur à 12 mm pour des disque chargé à 30 µg) (14). La résistance à la témocilline possède une bonne valeur prédictive positive pour les EPC de type OXA-48, cependant certaines espèces sont naturellement résistantes à cet antibiotique (ex. H. alvei) et d’autres mécanismes (assez rares) peuvent induire une résistance à la témocilline. Avantages : - Kits commerciaux (ex : KPC, MBL & OXA-48 confirm kit, ROSCO, ref. # 98015) Inconvénients : - Quelques faux positifs : essentiellement Enterobacter spp. surexprimant leur céphalosporinase naturelle qui peut être inhibée par l’acide boronique - Difficultés d’interprétation pour certaines souches d’EPC possédant un bas niveau de résistance au méropénème - Difficultés d’interprétation pour certaines souches d’EPC produisant plusieurs carbapénèmases de différent types (ex : NDM + OXA-48-like, KPC + VIM, ces souches sont encore assez rares en France) - Nécessite un délai additionnel de 24 h à 48 h après obtention de l’antibiogramme incompatible avec l'identification rapide de carbapénèmases

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1.4 Méthodes moléculaires de détection des gènes EPC

Ces techniques reposent sur l’utilisation de la PCR, complétée ou non par une

technique de séquençage de l’ADN amplifié (utile uniquement à des fins épidémiologiques). Les données épidémiologiques actuelles (2015) des EPC en France impliquent la nécessité d’utiliser des techniques moléculaires capables de détecter au moins les gènes codant pour les carbapénèmases de type OXA-48 (77,3%), NDM (14,5%), VIM (3,9%) et KPC (2,3%) couvrant ainsi 98,0% des EPC. Les 2,0% restant correspondent à des carbapénèmases de type IMP (0,2%), IMI (0,5%) et à des association de plusieurs carbapénèmases (ex : OXA-48-like + NDM). Avantages : - Excellente spécificité et sensibilité (15) - Permet de déterminer le type de carbapénèmase - Utilisable pour certains kits directement à partir des prélèvements cliniques (écouvillons rectaux) (ex : GenXpert Carba-R, Cepheid ; Check-Direct, Check-points) (cf paragraphe 2.5) Inconvénients : - Coût élevé - Ne détecte que les gènes recherchés; à utiliser en seconde intention après identification de l'activité carbapénèmase - Possibilité de mauvaise détection de certains variants due à des mutations ponctuelles au niveau du site d’hybridation des amorces (ex : GenXpert Carba-Rv1, Cepheid ou easyplex SUperbug complete kit A, absence de détection des variants OXA-181 et OXA-232). Une nouvelle version du kit GenXpert Carba-R capable de détecter ces 2 variants de OXA-48 (OXA-181 et OXA-232) a été commercialisée en 2015 (15). Cette version a été évaluée par le CNR confirmant les performances annoncées par le fabricant (16).

Des kits de détection des gènes de carbapénèmases basés sur l’utilisation de puces à ADN (ex : Check-MDR CT103 kit, Check-Points) sont également disponibles sur le marché. Ces derniers sont encore plus onéreux, nécessitent un appareil dédié, et demandent une certaine expertise (17).

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Fiche résumée : Recommandations pour l’identification des EPC au laboratoire à partir de prélèvements cliniques (patients infectés) 1) Tester au moins l’ertapénème 2) Pour les laboratoires réalisant des antibiogrammes par diffusion en milieu solide, il est conseillé de tester d’emblée les disques de témocilline et de ticarcilline + acide clavulanique et d’appliquer l’algorithme proposé par le CASFM afin d’éliminer les souches ne nécessitant pas de test complémentaire. 3) La témocilline est un bon marqueur pour les souches productrices d’une carbapénèmase de type OXA-48. En effet, la grande majorité des souches produisant une carbapénèmase de type OXA-48 (98.2%) sont très résistantes à la témocilline (diamètre d’inhibition inférieur à 12 mm pour des disques chargé à 30 µg). 4) Il est recommandé d’utiliser une technique biochimique rapide de détection des carbapénèmases (RAPIDEC® CARBA NP, MALDI-TOF si validé en interne) afin d’affirmer la présence ou l’absence de carbapénèmase. Le test de Hodge modifié n’est plus recommandé. (NB : Faire attention à l’inoculum bactérien pour le RAPIDEC® CARBA NP, cf paragraphe 1.3.2). 5) L’utilisation en première intention d’un test immunochromatographique pour la détection rapide des carbapénèmases de type OXA-48 (KSet-OXA-48, Biorad) directement à partir des colonies est parfaitement justifié en France de part la forte prédominance d’OXA-48 parmi les EPC (77,3% en 2015). Cependant, ce test ne détecte que les carbapénèmases de type OXA-48. 6) L’utilisation des tests moléculaires est possible pour la détection des principales EPC directement à partir des colonies. Cependant, ces tests ne détectent pas toutes les carbapénèmases (ex : IMI). Il est donc conseillé de compléter ces tests moléculaires par l’utilisation d’une technique capable de détecter l’activité enzymatique des carbapénèmases (ex : RAPIDEC® CARBA NP, MALDI-TOF si validé en interne). 7) Les tests phénotypiques d’inhibition et les techniques moléculaires de détection des carbapénèmases peuvent permettent de suggérer dans un second temps le type de carbapénèmase impliquée. Les tests phénotypiques d’inhibition peuvent être utilisées si le laboratoire ne possède pas d'expertise dans le domaine de la biologie moléculaire. 8) Toute souche suspecte de produire une carbapénèmase est à envoyer au CNR associé Résistance aux antibiotiques, entérobactéries productrices de carbapénèmase. (http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/presentation-de-lequipe-1.html) pour expertise. CHU de Bicêtre Service de Bactériologie-Hygiène CNR associé Résistance aux antibiotiques 78 avenue du Général Leclerc 94270 Le Kremlin-Bicêtre La souche à expertiser doit être accompagnée du formulaire d’envoi téléchargeable sur le site du CNR associé Résistance aux antibiotiques (http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/ressources/pages/Demande_Bicetre_v2_2014.pdf).

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2. Dépistage des patients porteurs d’EPC

La détection des porteurs sains est particulièrement importante pour prévenir le développement d’épidémies à EPC en milieu hospitalier. Elle s’adresse essentiellement à 2 types de patients : les patients transférés de tout hôpital étranger et les patients des unités à risque (réanimation, chirurgie importante, immunodéprimés, greffés). Ce dépistage repose actuellement sur un dépistage réalisé à partir des selles des patients avec l’utilisation de géloses sélectives permettant d’identifier des souches suspectes, résistantes aux carbapénèmes.

2.1 Quels patients dépister ?

Les patients devant subir un dépistage pour la recherche d’EPC sont d’après la circulaire de juillet 2013 du Haut Conseil de la Santé Publique : « Prévention de la transmission croisée des Bactéries Hautement Résistantes aux antibiotiques émergentes (BHRe) », les patients suivants: • Patient ayant eu dans les 12 derniers mois une hospitalisation de plus de 24 h (quel que soit le secteur) ou une prise en charge dans une filière de soins spécifique (dialyse) à l’étranger. • Patient transféré d’un établissement sanitaire français et ayant été en contact avec un patient porteur de BHRe. • Patient ré-hospitalisé ou admis dans une structure type EHPAD et ayant été antérieurement connu porteur de BHRe. • Patient ré-hospitalisé ou admis dans une structure type EHPAD et ayant été au contact d’un cas porteur d’une BHRe.

2.2 Types et nombre de prélèvements

Les entérobactéries faisant partie de la flore digestive, il est recommandé de rechercher les EPC à partir de prélèvements de selles ou d’écouvillonnages rectaux. Les prélèvements de selles n’ont pas un rendement supérieur aux écouvillonnages rectaux dès lors que ces derniers sont réalisés correctement. En effet, il est important de vérifier visuellement la présence de matières fécales sur l’écouvillon. Dans le cas contraire, il convient de demander un nouveau prélèvement.

Des données récentes indiquent que certains patients colonisés (1 à 5%) par des EPC le sont à des taux proches des limites de détection. Ainsi, à l’occasion d’une antibiothérapie ces patients se retrouvent fortement colonisés et potentiellement « fortement excréteurs » d’EPC. Il est donc conseillé de répéter les prélèvements en cas de forte suspicion de colonisation par une EPC (notamment suite à la mise en place d’une antibiothérapie).

2.3 Une étape d’enrichissement est-elle nécessaire ?

Bien qu’il ait été démontré qu’une étape d’enrichissement améliore la détection des entérobactéries productrices des carbapénèmases de type KPC (18), l’apport d’une telle étape dans la détection des autres EPC n’a pas été établi. Le désavantage majeur de cette étape d’enrichissement est le délai additionnel qu’elle impose (18 h à 24 h) dans la confirmation ou l’infirmation de la détection d’une EPC

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dans les prélèvements de dépistage. A l’inverse, en situation épidémique, cette étape d’enrichissement pourrait augmenter la sensibilité du dépistage des patients colonisés. Recommandation : 1) Situation non épidémique : Ensemencement des prélèvements directement sur des géloses sélectives (cf. ci-dessous) 2) Situation épidémique (connaissance de premiers cas de colonisation ou infection) J0 : Ensemencement des prélèvements directement sur des géloses sélectives + ensemencement d’un bouillon liquide d’enrichissement (Brain Heart Infusion ou Tripticase soja) additionné d'ertapénème à 0.5 µg/ml J1 : Si absence de colonies sur les géloses sélectives, ensemencement des mêmes géloses sélectives à partir du bouillon d’enrichissement

2.4 Milieux à ensemencer pour la détection des EPC Les différents milieux décrits comme pouvant être utilisés dans la détection des EPC peuvent être répartis en 3 groupes :

- Milieux ne contenant pas d’antibiotiques - Milieux additionnés de céphalosporine de 3ème génération - Milieux additionnées de carbapénème

2.4.1 Milieux ne contenant pas d’antibiotique Ce type de milieu correspond à des milieux sélectifs des bacilles à Gram négatif, généralement Drigalski ou McConkey. Ensemencement Le prélèvement de dépistage (écouvillonnage rectal ou selle) est ensemencé en cadrant et un disque d’ertapénème est placé dans la première partie du deuxième cadrant. Interprétation Toute colonie ayant poussée dans un diamètre inférieur 28 mm autour du disque d’ertapénème est à considérer comme suspecte d’EPC. Avantage Faible coût. Inconvénient Risque important de faux négatif fréquent en cas d’inoculum faible. Absence de sélectivité de l'ensemble de la gélose, la sélectivité n'a lieu que proche du disque d'ertapénème

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Recommandation Ce milieu n’est PAS recommandé pour la détection des EPC. 2.4.2 Milieux de dépistage supplémentés avec une céphalosporine Ce type de milieu correspond à des milieux sélectifs classiques pour la détection des entérobactéries productrices de ß-lactamase à spectre élargi (BLSE) (ex : ChromID® ESBL - bioMérieux, CHROMagar® ESBL - CHROMagar, Brilliance® ESBL – Oxoid, etc…).

Ex : ChromID ESBL (Biomérieux)

Ensemencement Le prélèvement de dépistage (écouvillonnage rectal ou selle) est ensemencé directement sur la gélose sélective. Interprétation Toute colonie ayant poussée sur ce type de milieux est suspecte de produire une BLSE. Avantage Milieux commerciaux facilement disponibles Inconvénient 20% à 25% des souches d’entérobactéries productrices d’une carbapénèmase de type OXA-48 restent sensibles aux céphalosporines de 3ème génération (pas de BLSE ou de céphalosorinase plasmidique associée). Cette carbapénèmase étant largement majoritaire en France ce type de milieu n’est PAS recommandé pour la détection des EPC. 2.4.2 Milieux de dépistage additionnés d'un carbapénème Ces derniers mois quelques milieux sélectifs ont été développés pour la détection des EPC. Parmi ces milieux ot distingue essentiellement 4 milieux commerciaux (CHROMagar KPC – CHROMagar, ChromID® Carba – bioMérieux, ChromID® OXA-48 – bioMérieux et Brilliance® CRE – Oxoid) et un milieu de réalisation au laboratoire (SUPERCARBA medium) (19, 20).

2.4.2.1 CHROMagar KPC Ce milieu contient du méropénème à de fortes concentrations et des chromogènes facilitant l’identification rapide des espèces bactériennes. Il en résulte une détection médiocre des EPC possédant de bas niveaux de résistance aux carbapénèmes (notamment OXA-48). Ainsi, en prenant en compte l’épidémiologie française des EPC ce milieu n’est PAS recommandé pour le dépistage des EPC.

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2.4.2.2 ChromID® Carba (bioMérieux) et Brilliance® CRE (Oxoid)

Ces deux milieux contiennent une carbapénème et des chromogènes facilitant l’identification rapide des espèces bactériennes d'entérobactéries. Les études réalisées avec ces deux milieux ont montré de bonnes sensibilité et spécificité pour la détection des EPC, hormis pour certaines souches productrices d’OXA-48 (20-24).

ChromID® Carba Brilliance® CRE

(bioMérieux) (OXOID) Recommandation Ces deux milieux sont donc recommandés pour la détection des EPC en complément d’un milieu additionnel possédant une meilleure sensibilité de détection des entérobactéries productrices d’OXA-48.

2.4.2.3 SUPERCARBA medium Ce milieu mis au point spécifiquement pour la détection des EPC est le milieu qui possède la meilleure sensibilité de détection vis-à-vis de tous les types d’EPC notamment les souches productrices d’OXA-48. Ce milieu contient de l’ertapénème (0,25 mg/L), du sulfate de zinc (70 mg/L) et de la cloxacilline (250 mg/L) (19, 20). Avantage Milieu possédant la meilleure sensibilité pour la détection des EPC Inconvénient Milieu non commercial nécessitant une préparation extemporanée Recommandation Ce milieu est recommandé pour la détection de tous types d’EPC.

2.4.2.4 ChromID® OXA-48 (bioMérieux) La gélose ChromID®OXA-48 est un milieu chromogène sélectif destiné au dépistage des entérobactéries productrices de carbapénèmases de type OXA-48 (25). Avantage Milieux commercial chromogène possédant une bonne sensibilité pour la détection des souches productrices d’OXA-48. Inconvénient Sensibilité médiocre pour la détection des EPC produisant une autre carbapénèmase qu'OXA-48 (KPC, NDM, VIM ou IMP).

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Recommandation Ce milieu est recommandés pour la détection des EPC en complément d’un milieu additionnel possédant une bonne sensibilité de détection des entérobactéries productrices de carbapénèmases autres que OXA-48 (ChromID® Carba, Brilliance® CRE).

2.4.2.5 ChromID® CARBA SMART (bioMérieux) La gélose ChromID®CARBA SMART est un milieu sélectif chromogénique bi-plate destiné au dépistage de toutes les entérobactéries productrices de carbapénèmases. La moitié de la gélose correspond à la gélose ChromID®CARBA, l’autre moitié correspond à la gélose ChromID®OXA-48 Avantage Milieux commercial chromogène possédant une bonne sensibilité pour la détection des souches productrices de carbapénèmases.

2.5 Détection moléculaire des EPC directement à partir du prélèvement

Ces techniques reposent sur l’utilisation d’une technique PCR directement à

partir des échantillons cliniques (écouvillons rectaux).

Avantages : - Excellente spécificité et sensibilité - Permet de déterminer le type de carbapénèmase Inconvénients : - Coût élevé - Ne détecte que les gènes recherchés; à utiliser en seconde intention après identification de l'activité carbapénèmase

Recommandation : 1) Situation non épidémique : Ensemencement des prélèvements directement sur des géloses sélectives (cf. ci-dessus) 2) Situation épidémique (connaissance de premiers cas de colonisation ou infection)

a) Bien s’assurer que le kit de biologie moléculaire est capable de détecter le gène codant pour la carbapénèmase produite par la souche épidémique b) PCR directement à partir des écouvillons rectaux. Permet de gagner 24 h par rapport à la culture. c) Il est conseillé d’effectuer une culture (+/- enrichissement en parallèle) de la détection moléculaire

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Fiche résumée : Recommandations pour le dépistage des patients porteurs d’une souche d’EPC (patients colonisés)

1) Patient ayant eu dans les 12 derniers mois une hospitalisation de plus de 24 h quel que soit le secteur ou de prise en charge dans une filière de soins spécifique (dialyse) à l’étranger.

2) Types de prélèvements : selles ou écouvillonnages rectaux. il est important de vérifier visuellement la présence de matières fécales sur l’écouvillon.

3) Il est conseillé de répéter les prélèvements en cas de forte suspicion de colonisation par une EPC (3 prélèvements à 3-4 jours d’intervalle). Ne pas hésiter à réaliser un nouveau dépistage après la mise sous antibiothérapie.

4) Méthodologie recommandée pour le dépistage des patients porteur d’une EPC :

5) La détection moléculaire de EPC directement à partir du prélèvement permet de gagner une journée sur la détection des EPC. Etant donné la non détection de certaines carbapénèmases par biologie moléculaire il est conseillé de réserver ce type de technique au dépistage des patients contact lors d’épidémies. Il conviendra alors de vérifier que le kit de biologie moléculaire est capable de détecter efficacement la souche épidémique avant utilisation directe sur les prélèvements cliniques.

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Fiche résumée globale: Recommandations pour la détection des EPC à partir d’une colonies suspecte (d’après l’épidémiologie française des EPC)

DépistagePoussesurmilieudescreeningEPC

An-biogrammeDiminu2ondesensibilitéàau

moinsuncarbapénème

K-SetOXA-48

-+

RAPIDECCARBANP

+

-

Absencedecarbapénèmase

CarbapénèmasedetypeOXA-48

CarbapénèmasedetypeNDM,KPC,VIM,IMI,

ouIMP

EnvoidelasoucheauCNRpourtypagedéfini-f

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