9. Nukleinske kiseline

9.1. Hemijski sastav

nukleinskih kiselina

9.2. Vrste i strukture

nukleinskih kiselina

9.2.1. Strukture DNA

9.2.2. Vrste RNA

i njihove

strukture

A B Z

Uvod

Nukleinske kiseline su najesencijalnija visoko-molekulska azotna jedinjenja polinukleotidnog sastava, jer sadrže sva osnovna svojstva života: razmenu materije,

izmenljivost i

nasleĎe.

One čine osnovu života, te se zbog svoje uloge u biosintezi biopolimera nazivaju programerima života .

9.1. Hemijski sastav nukleinskih kiselina

U nukleinskim kiselinama polinukleotidi su povezani fosfodiestarskim vezama. One se prema svom hemijskom sastavu dele na:

deoksiribonukleinske (DNA) i

ribonukleinske kiseline (RNA)

Obe vrste nukleinskih kiselina su izgraĎene iz azotnih baza, šećera i fosforne kiseline.

Azotne baze (nukleobaze) -nukleinskih kiselina su purinske i pirimidinske strukture (slika 9-1).

N

N

N

N

H

N

N

(a) (b)

3

1

2 4

56

78

91

2

34

5

6

U sastav nukleinskih kiselina od purinskih baza ulazeadenin (A) i guanin (G), a od pirimidinskih citozin (C), uracil (U) i timin(T) (slika 9-2).

N

N

N

N

NH2

H

N

N

N

NH2N

O

H

H

N

NO

NH2

H

N

O

H

H

O

N

NH

O

O

H

N

CH3

adenin guanin citozin uracil timin(A) (G) (C) (U) (T)

Pored uobičajenih nukleobaza u strukturama nekih nukleinskih kiselina (kao npr. tRNA) dokazano je prisustvo i manje uobičajenih nukleobaza kao što su hipoksantin, N-6-dimetiladenin, 5-metilcitozin, 5,6-dihidrouracil itd. (slika 9-3a).

N

N

H

O

C H 3

N H 2

N

N

H

O

O

H

5-metilcitozin 5,6-dihidrouracil

H N

N

N

N

H

O

N

N

N

N

H

N H 3 C C H 3

hipoksantin N

6-dimetiladenin

Slika 9-3a. Strukture nekih manje uobičajenih nukleobaza.

5

6

Šećeri - koji ulaze u sastav nukleinskih kiselina su dve pentoze, riboza‚(a) i deoksiriboza (b) (slika 9-4).

Prema vrsti pentoze nukleinske kiseline se dele nadeoksiribonukleinske i ribonukleinske kiseline.

OCH2

OH OH

OH OCH2

OH H

OHHO

1'

2'3'

4'

5'HO

1'

2'3'

4'

5'

(a) (b)

Nukleozidi - su N-glikozidi u kojima je azotna baza kovalentno vezana -glikozidnom vezom za šećernu komponentu. Ako je ostatak šećera riboza nagraĎeno jedinjenje je ribonukleozid, a ako je deoksiriboza onda je to deoksiribonukleozid. Veza koja spaja azotnu bazu sa šećerom je glikozidna i uvek se gradi izmeĎu 1’-ugljenika šećra i azota u položaju 9 purinskog odnosno u položaju 1 pirimidinskog prstena. Na slici 9-5 su date strukture nekih nukleozida.

N

N

NH2

O

OCH2

OH OH

HH

HH

HO

N

N

O

H2N

N

N

H

OCH2

OH H

HH

H H

HO

1

1'

9

1'

citidin (a) deoksiguanozin (b) deoksiadenozin (c)

N

N

N

N

NH2

O

H

H

H

H

OH

CH2

H

HO

1'

9

Nukleotidi - su nukleozidfosfati u kojima je jedna od hidroksilnih grupa šećera u nukleozidu esterikovana fosfornom kiselinom (slika 9-7).

Nazive dobijaju tako što se imenu nukleozida doda sufiks monofosfat, dok se pozicija fosfoestarske veze odreĎuje brojem C-atoma koji je esterifikovan, npr. adenozin 3’-monofosfat, deoksicitidin 5’-monofosfat itd. U prirodi su češći 5’ nukleotidi. Strukture nukleotida koji izgraĎuju lance RNA i DNA su date na slici 9-7a i b.

Polimerizacijom nukleotida nastaju nukleinske kiseline. Veza izmeĎu monomera u nukleinskim kiselinama omogućena je formiranjem fosfodiestarske veze koja se gradi izmeĎu 5’ C-atoma jednog molekula šećera i 3’ C-sledećeg molekula šećera.

Slika 9-7a. Nukleotidi u strukturama DNA i RNA

Slika 9-7b. Nukleotidi u strukturama DNA i RNA

Numeracija ostataka nukleotida u nukleinskim kiselinama se vrši od 5’-kraja, koji nosi fosfatnu grupu ka 3’-kraju koji ima slobodnu OH grupu. Strukture fragmenata RNA i DNA lanca su prikazane na slici 9-8 i 9-9.

“Kičmu” strukture nukleinskih kiselina čine kovalentno vezani ostaci šećer-fosfat koja se proteže čitavom dužinom lanca. Najvažnije u strukturi nukleinskih kiselina je identitet baza, zbog čega se u skraćenom prikazivanju strukture lanca obično navodi samo redosled baza kojom se saopštava esencijalna informacija. Redosled baza u strukturi lanca može biti zapisan pojedinačnim slovima kao npr. A, G, C, U ili T pri čemu svako slovo predstavlja individualnu bazu. Vertikalne linije pokazuju položaj šećera za koji su vezane individualne baze, a dijagonalne koje prolaze preko slova “P” predstavljaju fosfo-diestarske veze (slika 9-8).

3’ 1

-glikozidna veza 1’ Urac il -

3’-kraj

Slika 9-8. Fragment strukture RNA lanca

N

N

N

N H 2 N

O

O C H 2

H

H

O

H

O H

H

O P O

O

P O O C H 2

O

O

1'

9

5'

2' 3'

4'

-

N

N

N H 2

O

O

H

O H

H H

O

H

-

O

H

H H

O O H

P O O C H 2

H

O

N

N

N

N

N H 2

P O O C H 2

O

-

H Guanin

Citozin

5'-kraj

-

O

H

O H O H

N

N

O

O

H

H

Adenin

P P P

P

O H

G C A U

3'

5' 5'

Skraćeno obeležavanje

Kada je potrebno naznačiti položaj na šećeru za koji je vezana fosfatna grupa slovo “p” se piše sa leve strane slova baze kada predstavlja 5’-nukleotid odnosno sa desne kada predstavlja 3’-nukleotid.

Tako npr. pA označava 5’-AMP, a Ap 3’-AMP nukleotid. Shodno napred navedenom moguće je sekvencu baza u nekom oligonukleotidu prikazati i kao pGpCpACpU, ili još jednostavnije kao pGCAU.

DNA lanac za razliku od RNA umesto uracila sadrži timin, a umesto riboze deoksiri-bozu (slika 9-9). Zbog toga se kod skraćenog prikazivanja strukture fragmenta DNA uvodi prefiks “d” što treba da ukaže na deoksiribonukleotidni ostatak, kao npr. dG što je zamena za G kod RNA.

Shodno tome deoksi analog u prethodno napisanom oligonukleotidu bio bi pdGpdCpdApdU odnosno pd(GCAU).

3’-5’fosfodiestarska veza

3’-kraj

Slika 9-9. Fragment strukture DNA lanca.

N

N

N

N

NH2

2'3'

5'

Adenin

Guanin

3'

5'

-

-

-

3'-5'fosfodiestarska

veza

Timin

-

O

O CH3

O

CH2

O

O P

O

HN

N

H

H

H

O

H

H

OCH2

OO

O

P

O

O

O-

O P

O

H

CH2

H

H

H

H

O

H

H H

HO

NH2

N

N

NH

N

O

H

PO

O

CH2 O

H

H

O

H

H

H

NH2

N

N

O

O

Citozin

5'

3'

5'

5'-kraj

3'-5'fosfodiestarska

veza

-glikozidnaveza

Dupli heliks DNA

Tabela 9-1. Nukleotidi u nukleinskim kiselinama i skraćene oznake.

Baza Nukleozid Nukleotid Oznaka

Adenin Adenozin (A)Deoksiadenozin

(dA)

Adenozin 5’-fosfatDeoksiadenozin 5’-fosfat

AMPdAMP

Guanin Gvanozin (G)Deoksigvanozin

(dG)

Gvanozin 5’-fosfatDeoksigvanozin 5’-fosfat

GMPdGMP

Citozin Citidin (C)Deoksicitidin (dC)

Citidin 5’-fosfatDeoksicitidin 5’-fosfat

CMPdCMP

Uracil Uridin (U)Deoksiuridin (dU)

Uridin 5’-fosfatDeoksiuridin 5’-fosfat

UMPdUMP

Timin Timidin (T)Deoksitimidin (dT)

Timidin 5’-fosfatDeoksitimidin 5’-fosfat

TMPdTMP

Nukleotidi - su jake kiseline, jer je u njima ostatak fosforne kiseline jako disosovan. Značajni su u reakcijama razmene materije i energije, jer se mogu fosforilisati i graditi di i trifosfonukleotide kao npr. ADP, ATP, GTP, CDP, UDP, UTP, koji potpomažu akumulaciju energije potrebne za život. Značajni su i kao sastojci niza koenzima kao npr. FAD, koenzima A i dr.

9.2. Vrste i strukturenukleinskih kiselina

Prema hemijskom sastavu nukleinske kiseline se dele na dve grupe i to:

deoksiribonukleinske kiseline (DNA) i ribonukleinske kiseline (RNA).

Deoksiribonukleinske kiseline (DNA) - su veliki molekuli “magacini” genetičkih informacija koje odreĎuju svojstva ćelija i puteve njihovog rastenja i razmnožavanja. DNA odražava i prenosi genetičko nasleĎe preko kojeg priroda osigurava biološki kontinuitet. U bakterijama se nalazi u obliku jednostavnog lanca dok je u višim organizmima udružena sa baznim proteinima -histonima.

Neke DNA grade hromozome. Broj hromozoma i količine DNA su iste u svim ćelijama odreĎenih vrsta. Sastoje se iz velikog broja nukleozida koji su fosfornom kiselinom me|usobno povezani preko 3’ i 5’-OH-grupa.

Ribonukleinske kiseline (RNA) - slično su graĎene kao i deoksiribonukleinske kiseline (fragment strukture RNA lanca je prikazan na slici 9-8). Prema funkciji u organizmu razlikuju se tri vrste ribonukleinskih kiselina:

transferna RNA (tRNA),ribozomska RNA (rRNA) iinformaciona (messenger) RNA (iRNA ili mRNA).

Navedene RNA se razlikuju ne samo po funkciji, već i po veličini molekula. tRNA - su najmanji molekuli izgraĎeni od 75 do 85 nukleotida i sadrže relativno mnogo retkih baza.

U ribozomima viših organizama nalaze se četiri različite ribozomske ribonukleinske kiseline (rRNA) koje prema njihovim konstantama sedimentacije označavamo sa 5 S-RNA, 5.8 S-RNA, 18 S-RNA i 28 S-RNA. Informacione (messenger) ribonukleinske kiseline (mRNA) imaju Mr od nekoliko stotina hiljada do nekoliko miliona.

9.2.1. Strukture DNA

Nukleinske kiseline su makromolekulska jedinjenja kod kojih kao i kod proteina postoje različiti nivoi molekulske strukture i organi-zacije u prostoru. Primenom najsavremenijih fizičkohemijskih i biohemijskih metoda do danas su odredjeni sledeći oblici struktura nukleinskih kiselina:

primarna struktura, sekundarna struktura i tercijarna struktura.

Primarna struktura DNA -

Primarna struktura DNA -označava vrstu i redosled (sekvencu) nukleotida u polinukleotidnom lancu. Segment primarne strukture DNA lanca dat je na slici 9-10.

Po modelu Votsona i Krika molekul DNA se sastoji od dva polideoksiribonukleotidna lanca, meĎusobno uvijena oko zamišljene zajedničke ose da formiraju spiralu.

Slika 9-10.

Shematski segment primarne strukture polinukleotidnog lanca DNA.

A

P

C

P

T

P

G

P

C

P

T

OHP

3'-kraj

5' 5' 5' 5' 5' 5'

3' 3' 3' 3' 3' 3'

5'-kraj

(pApCpTpGpCpT)

Na slici 9-10 prikazan je skraćeni način pisanja sekvence u kojem se Fisherova projekcija riboze predstavlja okomitom crtom, a fosforna kiselina velikim slovom P.

Kvantitativna analiza (Chargraff-a) pokazala je da su adenin i timin zastupljeni u molarnom odnosu 1:1, kao i guanin i citozin (tako je uvek prisutno jednako mnogo purinskih i pirimidinskih baza). Nasuprot tome, većina ćelija eukariota ima više adenina i timina nego guanina i citozina (molarni odnos baznih parova iznosi 1.3-0.7; odnosno 1,5-0.5).

Sekundarna struktura DNA

Sekundarna struktura DNA -je prostorna struktura koja objašnjava način sparivanja baza. Model sekundarne strukture je načinjen prema pravilu Votsonai Krika, po kojem se dve baze meĎusobno sparuju (povezuju) vodoničnim vezama (vodoničnim mostovima) koji se grade izmeĎu parova baza A-T (dve veze) i G-C (tri veze). Na taj način dva lanca su meĎusobno vezana vodoničnim vezama izmeĎu parova baza (adenin-timin i guanin-citozin) i meĎusobno su komplementarni (slika 9-11).

N NC

O

CH3

H

N

N

N

N

NH H

C

Adenin(dve vodoni~ne veze)

11 Å (1.1 nm)

Timin

1'

1'

9

1

Citozin Gvanin(tri vodoni~ne veze)

N N

O

N

H

H

C

N

N

N

NNH

H

O

CH 11 Å (1.1 nm)

Slika 9-11. Sparivanje baza po modeluVotsona i Krika

C

G

1'

9

1'

1

T

A

Unutrašnji prečnik “šećer -fosfat kičme” duplog heliksa DNA je oko 11 A (1.1 nm). Sparivanje baza omogućuje da se dve polinukleotidne niti drže zajedno te jedna nit polinukleotidnog lanca utvrĎuje potpuno sekvencu druge niti sa kojom se uvija u prostoru u obliku dvostruke spirale (uvojnice), po modelu koji su američki biohemičar J.D.Watson i britanski biofizičar F.H.Crick postavili 1953. (slika 9-12).

Spoljni slojevi spirale su izgradjeni iz šećera i fosfodiestarske veze. Prečnik uvojnice iznosi 20 A (2 nm), a kompletan obrt sa 10 parova baza 34 A (3.4 nm), u kojem su normalno u odnosu na osu ugraĎeni parovi baza na rastojanju od 3.4 A (0.34 nm).

Oblik DNA koji je diskutovan poznat je kao B-DNA tip i prototip je Votson-Krikove uvojnice, za razliku od A-DNA koja u kompletnom obrtu ima 11 baznih parova koje nisu normalne na osu heliksa već leže pod uglom od 200 u odnosu na osu slično krilima propelera. Važna sličnost izmeĎu A-DNA i B-DNA je da obe u prostoru zauzimaju položaj desnoručno namotane dvostruke spirale (slika 9-13).

Slika 9-13. (a) levo (Z-DNA) i desno-ručno namotana dvostruka spirala (b) A-DNA i B-DNA tip.

(a) (b)

Tercijarna struktura DNA

Tercijarna struktura DNA - se gradi uvijanjem dvostruke uvojnice na odreĎenim mestima stvarajući tako superspiralu (pozitivno ili negativno uvijenu). Ova lančana reakcija obezbeĎena je delovanjem enzima DNA-giraze. Za stvaranje superspirale iz relaksirane (cirkularne, prstenaste) DNA moraju se “otvoriti” fosfodiestarske veze i nakon rotacije opet povezati, zašta je potreban ATP (slika 9-15).

Tercijarna struktura DNA nije još dovoljno prou-čena. Poznato je da ona može biti relaksirana u obliku cirkularnog dupleksa ili zauzimati kompaktne oblike i to: pozitivan superheliks(u kojem se superheliks uvrće ) i negativan superheliks (u kojem se on razmotava).

Sl. 9-15

Tercijarne strukture DNA date su na slici 9-16.

Ona može prelaziti iz jednog oblika u drugi preko relaksirane strukture.

Slika 9-16.

Tercijarne strukture DNA.

(a) negativna superuvijena struktura, (b) relaksirana struktura i

(c) pozitivna superuvijena struktura.

9.2.2. Vrste RNA i njihove strukture

Tri vrste RNA, poznatije kao transferna RNA (tRNA), ribozomalna RNA (rRNA) i mesen-džer ili informacionaRNA (m/i RNA), imaju važnu ulogu u životnim procesima ćelije. Sve tri su uključene u sintezu proteina koja teče u serijama reakcija dirigo-vanim sekvencom baza u DNA. (slika 9-17).

Sl. 9-17.

Bazne sekvence svih tipova RNA su odreĎene pomoću redosleda baza u DNA. Proces kojim se informacija iz molekula DNA (genoma) “kopira” u komplementarnu sekvencu ribonukleotida RNA naziva se transkripcija(detaljnije vidi u poglavlju 10).

Nukleotidi se ugraĎuju u RNA tokom transkripcije, dok modifikovani nukleotidi nastaju posle transkripcije. Ribozomi, u kojima je rRNA udru-žena sa proteinima, su graĎeni tako da obezbeĎuju rast polipeptidnom lancu u proteinskoj sintezi.

Aminokiseline dospevaju do ribozoma (mesta sinteze proteina) tako što se kovalentno vežu za tRNA gradeći aktiviranu aminoacil-tRNA. Redosled aminokiselina u polipeptidnom lancu je odreĎen redosledom baza u mRNA. Ovaj proces je poznat kao translacija. Sekvenca tri baze u mRNA direktno je inkorporirana u pojedinačne sekvence aminokiselina u rastućem polipeptidnom lancu (vidi poglavlje 10). Vrste RNA i njihove značajnije funkcije u životnim procesima u ćeliji su prikazane na slici 9-17.

Prisustvo primarne, sekundarne i tercijarne strukture je dokazano i u RNA.

Primarna struktura RNA

Primarna struktura RNA - se razlikuje od primarne strukture DNA po tome što je šećerna jedinica riboza i što se na mestu timina nalazi pirimidinska baza uracil. Segment primarne strukture RNA dat je na slici 9-18.

Mada RNA spada u stabilnije sastojke ćelije, ona nije stabilna kao DNA. Neke RNK se sintetišu iskoriste i razgrade vrlo brzo (kao npr iRNA) dok druge imaju sporiji metabolizam (rRNA i tRNA).

RNA su linearni polimeri, izgraĎeni od ribonukleozid 5-monofosfata povezanih 3’,5’-fosfodiestarskim vezama.

Sl.9-18. Skraćeni način prikazivanja sekvence polinukleotidnih lanaca RNA

A

P

C

P

U

P

G

P

C

P

U

OHP

3'-kraj

5' 5' 5' 5' 5' 5'

3' 3' 3' 3' 3' 3'

5'-kraj

(pApCpUpGpCpU)

RNA – lanac (sekvenca baza)

Tripleti kodona za aminokiseline

2nd base

U C A G

1st

base

UUUU (Phe/F)Phenylalanine

UUC (Phe/F)Phenylalanine

UUA (Leu/L)Leucine

UUG (Leu/L)Leucine

UCU (Ser/S)Serine

UCC (Ser/S)Serine

UCA (Ser/S)Serine

UCG (Ser/S)Serine

UAU (Tyr/Y)Tyrosine

UAC (Tyr/Y)Tyrosine

UAA Ochre (Stop)

UAG Amber (Stop)

UGU (Cys/C)Cysteine

UGC (Cys/C)Cysteine

UGA Opal (Stop)

UGG (Trp/W)Tryptophan

CCUU (Leu/L)Leucine

CUC (Leu/L)Leucine

CUA (Leu/L)Leucine

CUG (Leu/L)Leucine

CCU (Pro/P)Proline

CCC (Pro/P)Proline

CCA (Pro/P)Proline

CCG (Pro/P)Proline

CAU (His/H)Histidine

CAC (His/H)Histidine

CAA (Gln/Q)Glutamine

CAG (Gln/Q)Glutamine

CGU (Arg/R)Arginine

CGC (Arg/R)Arginine

CGA (Arg/R)Arginine

CGG (Arg/R)Arginine

AAUU (Ile/I)Isoleucine

AUC (Ile/I)Isoleucine

AUA (Ile/I)Isoleucine

AUG (Met/M)Methionine, Start[1]

ACU (Thr/T)Threonine

ACC (Thr/T)Threonine

ACA (Thr/T)Threonine

ACG (Thr/T)Threonine

AAU (Asn/N)Asparagine

AAC (Asn/N)Asparagine

AAA (Lys/K)Lysine

AAG (Lys/K)Lysine

AGU (Ser/S)Serine

AGC (Ser/S)Serine

AGA (Arg/R)Arginine

AGG (Arg/R)Arginine

GGUU (Val/V)Valine

GUC (Val/V)Valine

GUA (Val/V)Valine

GUG (Val/V)Valine

GCU (Ala/A)Alanine

GCC (Ala/A)Alanine

GCA (Ala/A)Alanine

GCG (Ala/A)Alanine

GAU (Asp/D)Aspartic acid

GAC (Asp/D)Aspartic acid

GAA (Glu/E)Glutamic acid

GAG (Glu/E)Glutamic acid

GGU (Gly/G)Glycine

GGC (Gly/G)Glycine

GGA (Gly/G)Glycine

GGG (Gly/G)Glycine

Sekundarna struktura RNA

Sekundarna struktura RNA – Molekuli RNA su jednolančani. MeĎutim, RNA često imaju regione dvostruke zavojnice koje su nastale sparivanjem komplementarnih baza unutar molekula (tzv. intramolekulsko sparivanje baza). Ovakve intramolekulske dvostruke strukture često se nazivaju “ukosnice”. Nespareni regioni formiraju “petlje”. Spiralizovani delovi molekula su otporni na dejstvo nukleaza koje pretežno hidrolizuju jednolančane delove. Zato su RNA sa izraženom sekundarnom strukturom termodinamički i metabolički stabilnije od onih koje ne sadrže intramolekulske zavojnice. U in vivosistemu molekuli RNA su dinamični: menjaju konformaciju za vreme sinteze, obrade i funkcionisanja.

Različiti su nivoi spoznaje o sekundarnim strukturama polinukleotidnih lanaca RNA. Prva i najbolje proučena je sekundarnastruktura tRNA.

Molekul tRNA - predstavlja prost polinukleotidni lanac, obično izgraĎen od oko 80 nukleotidnih ostataka sa prosečnom molekulskom masom od oko 25.000 daltona i koja varira sa biljnom vrstom.

Vodonične veze se javljaju unutar tRNA izgraĎujući A-U i G-C parove baza slično onima koji se javljaju u DNA izuzev što je timin zamenjen uracilom. tRNA je tako organizovana u prostoru da oblikom podseća na list deteline koja se može smatrati sekundarnom strukturom tRNA (slika 9-19).

Slika 9-19. Sekundarna struktura tRNA. Čine je regioni stabilizovani vodoničnim vezama (stabljika) i regioni bez vodoninih veza (petlje).

Pored sekundarne strukture (strukture sparenih baza), molekuli RNA često imaju ogroman broj vodoničnih veza koje su značajne za formiranje tercijarnestrukture. U tom pogledu primer je struktura molekula tRNA.

Da bi nastala tercijarna struktura tRNA list dete-line prelazi u konforma-ciju L-oblika čija je struktura odreĎena difrakcijom x-zraka (9-21). Antikodon

KODON

Za razliku od tRNA, molekuli rRNA su obično dosta veći i svega nekoliko tipova rRNA postoje u ćeliji. Da bismo bolje razumeli strukturu rRNA potrebno je sagledati njenu ulogu u samim ribozomima. Udeo rRNA u ribozomima iznosi 60-65% ukupne mase ribozoma, a ostatak 35-40% mase čine proteini. Ribozomi se sastoje iz dve subjedinice, jedne veće i jedne manje (slika 9-22).