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ホテル阪急エキスポパーク（大阪）平成 24年 5月 23日～25日
NGS現場の会 第 2回研究会
Creative Commons Licence(表示 ) のもと、再利用可
Backgrounds(2012-5-15 現在 )統計値より
文献より 疾患より
データのクオリティより
Results and Discussions
SRA のデータ構造
NGSもデータベースの横断的な活用へ
Future works
Corresponding NGS dataPublications using NGS
O12：公共 NGSデータベース Sequence Read Archiveにおけるシーケンスクオリティによるデータ検索 （大田 ）参照
BioProject
SRA GEO
Project Summary
Run data
Umbrella Project
Study
Sample
Platform
Sample
Run data
Primary Project
Exp
Run
BioSample
Sample
TOTAL
11273
3660
Big Project List
NGSデータも、マイクロアレイのデータがGEOに登録されるのと同様に、公共データベースである Sequence Read Archive (SRA) に登録され、日米欧の 3局でデータ交換がなされている。その数は、プロジェクト数でおよそ 11300
(2012年 5月現在 )に及んでいる。DBCLSでは、DDBJと連携して登録データに対して、目次作成、データの傾向分析を行い、NGSデータの検索サイトを構築、提供している。
http://sra.dbcls.jp/
※ デモしますので発表者 までお気軽に。
SRA に登録された NGSデータは、リード（検出された塩基配列）のほかに、実験情報（プロジェクト名、機器名、生物種名）がメタデータとして 6つの XMLファイルの形で記載され、登録されている。しかしながら、1つの登録（Submission） にすべてのメタデータが付与されているわけはない。今回、これらのメタ情報の関連づけと、情報抽出を行うことで、目的の SRAエントリにすばやくたどりつくためのエントリ間の整理を行った。
通称 NCBI SRA やめます事件 (2011年 2月 ) の顛末として、RNA-Seq等が、GEOにゲノムデータが DDBJ/GenBank/EMBL に登録されたりと、目的の NGSデータを取得するのに、複数のデータベースを横断的に活用する必要がある。
3局では、複数のデータベースを俯瞰するため、プロジェクトのデータベースである
BioProject と、サンプルのデータベースである BioSample を立ち上げており、今後、これらによる統合的な活用ができるよう、開発を行っている。
ユーザーのニーズに合わせ、目的別、機器別、生物種別に SRAに登録されたデータを検索・閲覧できるサイトを構築した。また、より信頼度の高いデータにアクセスするため、文献の出ているデータのリスト化も行った。QC結果を閲覧できる鎖鋸システムとも連携しており、今後、一体的な運用ができるよう改良を行う。
DRA
ENASRA
Next generation Sequencer
(Sequence Read Archive)
Indexing,Trend analysis
Public Databaseデータ受け入れ
データ交換
連携
検索サービス提供
http://sra.dbcls.jp/SRAs: the survey of read archives
「使える」SRAデータにすばやくたどりつくために
Takeru Nakazato
Database Center for Life Science (DBCLS), Res. Org. of Info. and Systems (ROIS)
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 仲里 猛留 *、 大田 達郎、 坊農 秀雅
How to provide quick access to SRA entries of interest
Hidemasa BonoTazro Ohta
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/documentation.shtml より
Study
SRR036299
SRX016867
Subm
ission
Stud
yEx
perim
ent
Run
Sam
ple
Analys
is
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28790
20258
9553
3995
2407
2146
834
514
491
441
181
123
73
Total (submissions) 70003
SRA010353Submission
Experiment
Sample
Run
SRP001599
Study
SRA012004Submission
SRX016866
ExperimentSRS010549
Sample
SRR36297Run
SRR036393
SRX016903
SRA012014Submission
SRX016902
ExperimentSRS010533
Sample
SRR36397Run
Study
...
✓✓ ✓ ✓ 94
撮影可
