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VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON
Année 2016 - Thèse n° 043
ETUDE DE FACTEURS INFLUENÇANT LA CIRCULATION DE
L’ENCEPHALITE JAPONAISE AU CAMBODGE ET AU NORD
DU VIETNAM
THESE
Présentée à l’UNIVERSITE CLAUDE-BERNARD - LYON I
(Médecine - Pharmacie)
et soutenue publiquement le 10 octobre 2016
pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire
par
RUGET Anne-Sophie Née le 25 juillet 1990
à Paris, 14e
VETAGRO SUP CAMPUS VETERINAIRE DE LYON
Année 2016 - Thèse n° 043
ETUDE DE FACTEURS INFLUENÇANT LA CIRCULATION DE
L’ENCEPHALITE JAPONAISE AU CAMBODGE ET AU NORD
DU VIETNAM
THESE
Présentée à l’UNIVERSITE CLAUDE-BERNARD - LYON I
(Médecine - Pharmacie)
et soutenue publiquement le 10 octobre 2016
pour obtenir le grade de Docteur Vétérinaire
par
RUGET Anne-Sophie Née le 25 juillet 1990
à Paris, 14e
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LISTE DES ENSEIGNANTS DU CAMPUS VÉTÉRINAIRE DE LYON Mise à jour le 09 juin 2015
Civilité Nom Prénom Unités pédagogiques Grade
M. ALOGNINOUWA Théodore UP Pathologie du bétail Professeur
M. ALVES-DE-OLIVEIRA Laurent UP Gestion des élevages Maître de conférences
Mme ARCANGIOLI Marie-Anne UP Pathologie du bétail Maître de conférences
M. ARTOIS Marc UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
M. BARTHELEMY Anthony UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Contractuel
Mme BECKER Claire UP Pathologie du bétail Maître de conférences
Mme BELLUCO Sara UP Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie Maître de conférences
Mme BENAMOU-SMITH Agnès UP Equine Maître de conférences
M. BENOIT Etienne UP Biologie fonctionnelle Professeur
M. BERNY Philippe UP Biologie fonctionnelle Professeur
Mme BERTHELET Marie-Anne UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
Mme BONNET-GARIN Jeanne-Marie UP Biologie fonctionnelle Professeur
Mme BOULOCHER Caroline UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
M. BOURDOISEAU Gilles UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
M. BOURGOIN Gilles UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
M. BRUYERE Pierre UP Biotechnologies et pathologie de la reproduction Maître de conférences
M. BUFF Samuel UP Biotechnologies et pathologie de la reproduction Maître de conférences
M. BURONFOSSE Thierry UP Biologie fonctionnelle Professeur
M. CACHON Thibaut UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
M. CADORE Jean-Luc UP Pathologie médicale des animaux de compagnie Professeur
Mme CALLAIT-CARDINAL Marie-Pierre UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
M. CAROZZO Claude UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
M. CHABANNE Luc UP Pathologie médicale des animaux de compagnie Professeur
Mme CHALVET-MONFRAY Karine UP Biologie fonctionnelle Professeur
M. COMMUN Loic UP Gestion des élevages Maître de conférences
Mme DE BOYER DES ROCHES Alice UP Gestion des élevages Maître de conférences
Mme DELIGNETTE-MULLER Marie-Laure UP Biologie fonctionnelle Professeur
M. DEMONT Pierre UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
Mme DESJARDINS PESSON Isabelle UP Equine Maître de conférences Contractuel
Mme DJELOUADJI Zorée UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
Mme ESCRIOU Catherine UP Pathologie médicale des animaux de compagnie Maître de conférences
M. FAU Didier UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur
Mme FOURNEL Corinne UP Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie Professeur
M. FREYBURGER Ludovic UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
M. FRIKHA Mohamed-Ridha UP Pathologie du bétail Maître de conférences
Mme GILOT-FROMONT Emmanuelle UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
M. GONTHIER Alain UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
Mme GRAIN Françoise UP Gestion des élevages Professeur
M. GRANCHER Denis UP Gestion des élevages Maître de conférences
Mme GREZEL Delphine UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
M. GUERIN Pierre UP Biotechnologies et pathologie de la reproduction Professeur
Mme HUGONNARD Marine UP Pathologie médicale des animaux de compagnie Maître de conférences
M. JUNOT Stéphane UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
M. KECK Gérard UP Biologie fonctionnelle Professeur
M. KODJO Angeli UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
Mme LAABERKI Maria-Halima UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
M. LACHERETZ Antoine UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
Mme LAMBERT Véronique UP Gestion des élevages Maître de conférences
Mme LATTARD Virginie UP Biologie fonctionnelle Maître de conférences
Mme LE GRAND Dominique UP Pathologie du bétail Professeur
Mme LEBLOND Agnès UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
Mme LEFRANC-POHL Anne-Cécile UP Equine Maître de conférences
M. LEPAGE Olivier UP Equine Professeur
Mme LOUZIER Vanessa UP Biologie fonctionnelle Maître de conférences
M. MARCHAL Thierry UP Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie Professeur
M. MOUNIER Luc UP Gestion des élevages Maître de conférences
M. PEPIN Michel UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
M. PIN Didier UP Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie Maître de conférences
Mme PONCE Frédérique UP Pathologie médicale des animaux de compagnie Maître de conférences
Mme PORTIER Karine UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
Mme POUZOT-NEVORET Céline UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
Mme PROUILLAC Caroline UP Biologie fonctionnelle Maître de conférences
Mme REMY Denise UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur
Mme RENE MARTELLET Magalie UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences stagiaire
M. ROGER Thierry UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur
M. SABATIER Philippe UP Biologie fonctionnelle Professeur
M. SAWAYA Serge UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences
M. SCHRAMME Serge UP Equine Professeur associé
Mme SEGARD Emilie UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Contractuel
Mme SERGENTET Delphine UP Santé Publique et Vétérinaire Maître de conférences
Mme SONET Juliette UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Maître de conférences Contractuel
M. THIEBAULT Jean-Jacques UP Biologie fonctionnelle Maître de conférences
M. TORTEREAU Antonin UP Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie Maître de conférences stagiaire
M. VIGUIER Eric UP Anatomie Chirurgie (ACSAI) Professeur
Mme VIRIEUX-WATRELOT Dorothée UP Pathologie morphologique et clinique des animaux de compagnie Maître de conférences Contractuel
M. ZENNER Lionel UP Santé Publique et Vétérinaire Professeur
4
5
REMERCIEMENTS
À Monsieur le Professeur Philippe Vanhems,
De la faculté de Médecine de Lyon,
Pour nous avoir fait l’honneur d’accepter la présidence de ce jury de thèse, Pour votre disponibilité et votre amabilité, Mes hommages respectueux.
À Monsieur le Professeur Marc Artois,
De Vetagro Sup, Campus vétérinaire de Lyon
Pour sa disponibilité, ses précieux conseils, et son exigence.
Qu’il trouve ici l’expression de mon admiration et de mon plus profond respect.
À Monsieur le Professeur Michel Pepin,
De Vetagro Sup, Campus vétérinaire de Lyon,
Qui a aimablement accepté de faire partie de mon jury de thèse, Sincères remerciements.
À Monsieur le Docteur Julien Cappelle,
Du CIRAD,
Pour m’avoir encadrée et épaulée tout au long de ce projet,
Pour m’avoir formée, tout en me rendant autonome, aussi bien dans l’analyse que sur le terrain, Pour sa patience et ses conseils tout au long de ce travail, Qu’il trouve ici
l’expression de ma sincère gratitude.
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7
Table des matières
LISTE DES FIGURES ................................................................................................................... 11
LISTE DES TABLEAUX ................................................................................................................ 13
LISTE DES ABREVIATIONS ......................................................................................................... 15
I. INTRODUCTION ................................................................................................................. 17
A. Encéphalite Japonaise : généralités et situation actuelle ........................................................ 18
B. Cycle épidémiologique et conséquences pour l’étude ............................................................ 20
II. MATERIELS ET METHODES ................................................................................................ 27
A. Description de la prévalence de l’exposition au VEJ des volailles domestiques au Cambodge,
dans deux types de paysages ............................................................................................................ 27
1. Présentation des zones de prélèvements ............................................................................ 27
2. Déroulement de la campagne de prélèvements ................................................................. 28
3. Analyses ............................................................................................................................... 29
a) Analyses sérologiques des échantillons ........................................................... 29
b) Analyses statistiques ........................................................................................ 29
B. Estimation de forces d’infection au VEJ des porcs, en zone endémique, le Cambodge, et en
zone épidémique, le Nord Vietnam .................................................................................................. 33
1. Estimation de l’âge de perte des Anticorps maternels chez les porcelets .......................... 33
2. Estimation de la force d’infection au VEJ des porcs, en zone endémique, le Cambodge ... 33
3. Estimation de forces d’infection au VEJ des porcs, en zone épidémique, le Nord du Vietnam
35
a) Campagne de prélèvements ............................................................................ 35
b) Méthodes d’analyse des données : estimation de forces d’infection ............. 36
i. Détermination de différentes périodes ........................................................... 36
ii. Comparaison des séroprévalences des sous-cohortes A et B .......................... 37
iii. Caractérisation de la période de faible circulation du virus de l’EJ ................. 38
iv. Caractérisation de la période de forte circulation du virus de l’EJ .................. 38
4. Méthode de comparaison des résultats obtenus ................................................................ 39
C. Modélisation de la prévalence des porcs en fonction de données météorologiques au Nord
Vietnam ............................................................................................................................................. 39
1. Ajustement du modèle ........................................................................................................ 39
2. Utilisation du modèle prédictif ............................................................................................ 40
8
III. RESULTATS .................................................................................................................... 43
A. Description de la prévalence de l’exposition au VEJ des volailles domestiques au Cambodge,
dans deux types de paysages ............................................................................................................ 43
1. Résultats de la campagne de prélèvements ........................................................................ 43
2. Analyses univariées .............................................................................................................. 44
a) Variable classe d’âge ........................................................................................ 44
b) Variable espèce ................................................................................................ 45
c) Variable province ............................................................................................. 45
d) Variable pourcentage de rizières ..................................................................... 46
3. Analyse multivariée.............................................................................................................. 46
4. Résumé de l’analyse et conclusions partielles ..................................................................... 48
B. Estimation de forces d’infection au VEJ des porcs, en zone endémique, le Cambodge, et en
zone épidémique, le Nord Vietnam .................................................................................................. 49
1. Résultats de l’estimation de l’âge moyen de perte d’anticorps maternels chez les porcelets
49
2. Résultats des estimations de forces d’infection au Cambodge et au Nord du Vietnam ..... 49
a) Estimation d’une force d’infection en zone endémique, le Cambodge .......... 49
b) Estimation de forces d’infection en zone épidémique, le Nord Vietnam ........ 50
i. Résultats de détermination de différentes périodes ....................................... 50
ii. Comparaison des séroprévalences des deux cohortes selon leur période
d’exposition .............................................................................................................. 51
iii. Estimation de la force d’infection pour la période de faible à moyenne
circulation du virus ................................................................................................... 52
iv. Estimation de la force d’infection pour la période de forte circulation du virus
53
3. Comparaison des résultats obtenus et conclusions partielles ............................................. 55
C. Modélisation de la prévalence de l’exposition au VEJ des porcs en fonction de données
météorologiques au Nord Vietnam ................................................................................................... 56
1. Ajustement du modèle ........................................................................................................ 56
2. Utilisation du modèle ........................................................................................................... 57
3. Conclusion partielle ............................................................................................................. 58
IV. DISCUSSION .................................................................................................................. 59
CONCLUSION ............................................................................................................................ 65
9
BIBLIOGRAPHIE ......................................................................................................................... 67
10
11
LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Localisation des zones de transmission de l’EJ à l’homme, (Santé Publique France,
2009) ......................................................................................................................................... 19
Figure 2 : Cycle épidémiologique simplifié du virus de l'Encéphalite Japonaise (VEJ) ............ 21
Figure 3 : Carte de localisation des fermes et des foyers de prélèvements de sang d’oiseaux
domestiques au Cambodge ...................................................................................................... 28
Figure 4 : Construction de la variable pourcentage de rizière dans un périmètre d'un kilomètre
autour de la ferme ................................................................................................................... 31
Figure 5 : Carte des zones de prélèvements au Cambodge, et pourcentage de porcs séropositifs
par province, d’après Duong et al. 2011 .................................................................................. 34
Figure 6 : Carte des provinces de prélèvements au Nord du Vietnam, les provinces figurées en
jaune correspondent aux provinces visitées lors de la campagne .......................................... 36
Figure 7: Carte des résultats de la campagne de prélèvements, montrant la proportion
d’oiseaux domestiques séropositifs et séronégatifs par ferme ............................................... 44
Figure 8 : Graphique récapitulatif de l'analyse univariée ........................................................ 48
Figure 9 : Modélisation (courbe) de l’évolution de la séroprévalence en fonction de classes
d’âge, à partir de données de séroprévalence (points) de porcs prélevés au Cambodge, ..... 49
Figure 10 : Taux de porcs séropositifs, réceptifs pendant la quinzaine considérée, en fonction
des quinzaines de l’année, entre juillet 2009, et août 2010 .................................................... 50
Figure 11 : Modélisation (courbe) de la séroprévalence des porcs ayant été réceptifs
uniquement pendant la période de faible à moyenne circulation du virus en fonction de leur
classe d’âge, à partir de données de séroprévalence (points) de porcs prélevés au Nord du
Vietnam .................................................................................................................................... 53
Figure 12 : Modélisation (courbe) de la séroprévalence des porcs, ayant été réceptifs au moins
un jour pendant la période de forte circulation du virus, en fonction de leur durée d’exposition,
à partir de données de séroprévalence (points) de porcs prélevés au Nord du Vietnam ....... 54
Figure 13 : Courbe représentant l’effet appliqué au degré-jour par le modèle en fonction du
nombre de degrés-jours ........................................................................................................... 56
Figure 14 : Prédiction de la probabilité pour un porc d’être infecté par l’EJ au Nord du Vietnam
en fonction de sa date de naissance et de sa durée de vie ..................................................... 57
12
13
LISTE DES TABLEAUX
Tableau I : Résultats de la campagne de prélèvements, séroprévalence globale ................ 43
Tableau II : Séroprévalence des jeunes et des adultes .......................................................... 44
Tableau III : Séroprévalence des poulets et des canards ....................................................... 45
Tableau IV : Séroprévalence des poulets et des canards par province ................................. 45
Tableau V : Statut sérologique des poulets et des canards en fonction du pourcentage de
rizière dans un rayon d’un kilomètre ...................................................................................... 46
Tableau VI : Paramètres du GLMM ......................................................................................... 47
Tableau VII : Séroprévalence des porcs des sous-cohortes A et B ........................................ 51
Tableau VIII : Récapitulatif des forces d'infection estimées .................................................. 55
14
15
LISTE DES ABREVIATIONS
AUC : « Area Under Curve »
EJ : Encéphalite Japonaise
GAM : Modèle Additif Généralisé (« Generalized Additive Model »)
GLM : Modèle Linéaire Généralisé (« Generalized Linear Model »)
GLMM : Modèle Linéaire Mixte Généralisé (« Generalized Linear Mixed Model »)
IC : Intervalle de Confiance
IHA : Inhibition d’Hémagglutination
VEJ : Virus de l’Encéphalite Japonaise
16
17
I. INTRODUCTION
Les maladies infectieuses émergentes ont un impact non négligeable sur la santé publique
dans le monde. Une revue bibliographique publiée en 2001 a permis d’identifier 1415 espèces
d’organismes infectieux connus pour être pathogène chez l’homme. Parmi ces organismes,
868, soit 61%, sont zoonotiques, ils peuvent être transmis de l’animal à l’homme (Taylor et al.,
2001). La majorité de ces infections zoonotiques (71,8%) émergent de la faune sauvage (virus
d'Ebola, virus de Nipah, influenza aviaire) (Jones et al., 2008).
L'émergence et la réémergence d'infections zoonotiques doivent être reliée à l'augmentation
des contacts homme-animal, l'augmentation de la mobilité internationale, l'intensification de
l'agriculture, et le commerce mondial d'animaux (Gubler, 1998). Une grande diversité
d'espèces animales, domestiques ou sauvages, peut jouer un rôle de réservoir pour les agents
pathogènes en question. C'est pourquoi la surveillance, la prévention et le contrôle de ces
infections zoonotiques représentent un réel défi de santé publique.
Toutes ces maladies infectieuses mettent en jeu le concept « one health », visant à renforcer
les liens entre santé humaine, santé animale, et gestion de l'environnement (Kahn et al.,
2009).
L’Encéphalite Japonaise (EJ), arbovirose due à un Flavivirus de la famille des Flaviviridae, est
transmise par des moustiques des animaux aux hommes en Asie. Chez l’homme, l’EJ est la
première cause mondiale d’épidémies d’encéphalites, c'est un problème de santé publique
majeur en Asie du Sud-Est (Weaver, Barrett, 2004).
Pour atteindre les objectifs détaillés p. 25, les trois parties de l’étude sont :
A. Description de la prévalence de l’exposition au VEJ des volailles domestiques au
Cambodge
B. Estimation de forces d’infection au VEJ des porcs, en zone endémique, le Cambodge, et en
zone épidémique, le Nord Vietnam
C. Modélisation de la prévalence des porcs en fonction de données météorologiques au Nord
Vietnam
18
A. Encéphalite Japonaise : généralités et situation actuelle
Les premiers cas de méningo-encéphalite ont été décrits au Japon en 1870. Des épidémies
majeures étaient rapportées tous les dix ans environ, avec par exemple plus de 6000 cas
rapportés en 1924 (Zimmerman, 1946). Le virus a été isolé pour la première fois en 1935 à
partir du cerveau d’une personne atteinte d’une encéphalite fatale (Solomon et al., 2000). Au
Cambodge, le virus a été isolé pour la première fois en 1965 à partir d'un moustique (Chastel
et al., 1966). L’incidence globale de l’EJ reste inconnue, car la qualité, voire l’existence, de
systèmes de surveillance et la disponibilité de tests diagnostiques sont très variables à travers
les pays concernés. On estime cependant le nombre de cas annuels à 68 000, causant 15 000
décès chaque année, soit 1.8 cas pour 100 000 personnes (Campbell et al., 2011). Ces chiffres
sont probablement largement sous-estimés ; en effet selon ces estimations 81% des cas
surviendraient en zone où une campagne de vaccination est bien établie (principalement en
Inde et en Chine). Ceci peut refléter d’une part la distribution épidémiologique de l’EJ, les
campagnes de vaccination étant mise en place dans des pays où le risque est important, et
d’autre part le fait que les systèmes de surveillance soient plus efficaces dans ces zones. Il
reste cependant des pays endémiques sans campagne de vaccination contre l’EJ où très peu
de cas sont déclarés (Campbell et al., 2011).
Le virus de l’EJ est endémique au Sud et à l’Est de l’Asie, en Indonésie (Van den Hurk et al.,
2009), et a été isolé au Nord de l’Australie (Hanna et al., 1999). La carte ci-après (fig. 1)
représente l’exposition au VEJ de l’homme, en tenant compte du niveau de couverture
vaccinale de la zone, elle ne reflète donc pas le niveau de circulation de l’EJ.
19
Figure 1 : Localisation des zones de transmission de l’EJ à l’homme, (Santé Publique France, 2009)
L'infection par le virus de l'EJ est très souvent asymptomatique chez l’homme, elle conduirait
à une encéphalite clinique dans 1/50 cas à 1/1000 (Vaughn, Hoke, 1992). Une infection
symptomatique par le virus de l’EJ se caractérise durant la première phase par un syndrome
fébrile. Cette phase peut être suivie d’une phase de diminution de l’état de conscience
associée à des nausées, des migraines et une photophobie (Ghosh, Basu, 2009). Les
symptômes tardifs sont neurologiques : paralysie musculaire, augmentation du tonus, clonus,
dyskinésie, troubles de la parole, de la compréhension, du comportement… (Huy et al., 1994).
Le taux de létalité peut atteindre 30% si le patient développe la maladie et 30 à 50% de ceux
qui survivent gardent des séquelles neurologiques ou psychiatriques définitives. Il n'y a pas de
traitement curatif de l'infection, la prise en charge des malades est symptomatique (Ghosh,
Basu, 2009). L’infection touche majoritairement les enfants de moins de 15 ans dans les zones
endémiques, car les adultes ont généralement déjà été infectés (Umenai et al., 1985).
Suite à la découverte de l’agent responsable de l’infection, des vaccins ont pu être développés.
Dans un premier temps un vaccin inactivé était obtenu à partir de cerveau de souris infectées.
Il existe aujourd’hui différents vaccins (inactivés ou atténués) qui sont sûrs et efficaces
20
(McArthur, Holbrook, 2011). Néanmoins, des cas continuent d’être décrits dans les pays où
une campagne de vaccination nationale a été mise en place, c’est le cas de la Chine par
exemple (Campbell et al., 2011). Il n’y avait pas de programme de vaccination contre l’EJ au
Cambodge jusqu’en 2016. Au 1er mars 2016, une campagne de vaccination a été lancée,
ciblant les enfants de 9 mois à 14 ans, suite à cette campagne, le vaccin contre l’EJ doit être
intégré au programme de vaccination usuel.
Malgré l’existence de vaccins efficaces, l'EJ reste actuellement la première cause d'encéphalite
en Asie du Sud-Est, et la première cause mondiale d’épidémies d’encéphalites (Weaver,
Barrett, 2004). Entre 2006 et 2008, une étude de deux ans dans six hôpitaux du Cambodge a
montré que sur 586 patients présentés pour méningo-encéphalite, 110 (19%) avaient une
sérologie positive en IgM contre le Virus de l’Encéphalite Japonaise (VEJ) (Touch et al., 2009).
L’EJ est actuellement endémique dans 24 pays d’Asie. Il est important de noter que la
répartition géographique du virus continue de s’étendre au Sud, à l’Ouest de l’Asie, et en
Australasie (Van den Hurk et al., 2009). La propagation et la persistance du virus de l’EJ
impliquent des interactions complexes entre vecteurs, hôtes, environnement, climat ce qui
rend son contrôle difficile.
B. Cycle épidémiologique et conséquences pour l’étude
L'EJ est une arbovirose, classiquement sa transmission est décrite comme assurée par des
moustiques de la famille des Culicidae. Plus de 30 espèces appartenant aux genres Aedes,
Anopheles, Armigeres, Culex, et Mansonia, pourraient être impliquées dans la transmission de
l’EJ, cependant elles ne jouent pas toutes des rôles d’importance équivalente (Mackenzie et
al., 2006). Culex tritaeniorhynchus est le plus abondant en Asie, il est compétent pour l’EJ, (la
compétence d’un vecteur est son aptitude à s’infecter sur un hôte vertébré, à assurer le
développement d’un agent infectieux et à transmettre cet agent à un autre hôte (Hardy et al.,
1983)), les sites de développement larvaire sont à proximité des hôtes réservoirs. C’est le
vecteur principal de l’EJ (Wada, 1995).
21
Le cycle épidémiologique de la maladie implique, en plus des moustiques, divers vertébrés
(fig. 2) :
Figure 2 : Cycle épidémiologique simplifié du virus de l'Encéphalite Japonaise (VEJ)
Par opposition à la population cible, qui est la population d’intérêt, ici l’homme, la population
source constitue le réservoir de l’infection. Il est défini comme une ou plusieurs populations
ou environnements dans lesquels l’agent pathogène peut persister en permanence et à partir
desquels l’agent pathogène peut être transmis à la population cible (Haydon et al., 2002).
Selon cette définition le réservoir de l’EJ est constitué par les moustiques, les porcs et les
oiseaux aquatiques. Nous allons nous intéresser au rôle de différents hôtes vertébrés dans le
cycle épidémiologique du virus :
Les oiseaux aquatiques sont considérés comme la population source d’infection pour
l’homme. Le grand héron (Nycticorax nycticorax) et l'égrette (Egretta intermdeia)
seraient les principaux hôtes de persistance de l'EJ (Buescher et al., 1959), (W. F.
Scherer et al., 1959). De plus leur virémie est compatible avec l'infection de
moustiques, ils doivent aussi jouer un rôle dans la dissémination de la maladie.
Cependant peu d’études de terrain justifient du rôle des oiseaux aquatiques en tant
qu’hôtes de persistance pour l’EJ, deux études ont été réalisées en 1959 (Buescher et
al., 1959), (W. F. Scherer et al., 1959), et une en 1981 en Inde (Rodrigues et al., 1981).
De plus, il paraitrait cohérent que ces oiseaux aquatiques ne soient pas les seuls hôtes
de persistance de l’EJ, au vu de la répartition géographique de la maladie.
HÔTES AMPLIFICATEURS
CUL DE SAC
HÔTES DE PERSISTANCE
TRANSMISSION TRANSOVARIENNE
22
Les porcs jouent un rôle majeur dans l'épidémiologie de la maladie. Ils représentent
les hôtes amplificateurs de la maladie pour les raisons suivantes (Weaver, Barrett,
2004) :
-ils sont attractifs pour les vecteurs de l’EJ
-ils peuvent avoir une virémie importante dès 24h après infection, celle-ci peut durer
quatre jours ou plus
-le renouvellement de la population est fréquent, les porcs sont généralement abattus
à l'âge de 6-8 mois en élevage porcin. Le remplacement de cette population immunisée
par une population jeune et naïve chaque année, rend la population réceptive à la
maladie.
Les porcs constituent un réel facteur de risque pour les humains : ils attirent les
vecteurs puis permettent une amplification (William F. Scherer et al., 1959a) locale du
virus au niveau des habitations humaines. La vaccination des porcs pourraient par
conséquent représenter une stratégie de lutte intéressante contre la transmission de
l'EJ à l’homme. Mais celle-ci est peu répandue pour deux raisons : (1) le
renouvellement rapide de la population de porcs imposerait la vaccination des
nouveau-nés chaque année ; les coûts engendrés seraient importants, (2) chez les
porcelets, l'efficacité du vaccin peut être diminuée, car la persistance d’anticorps
maternels peut interférer dans la réponse vaccinale (Wada, 1988). En effet, les truies
mises à la reproduction ont généralement été précédemment infectées par l’EJ.
L’infection par le virus de l’EJ chez les porcs, leur confère une immunité longue, grâce
à la persistance d’anticorps. Ces anticorps persistent 3 ans après l’infection
(Geevarghese et al., 1994). Après la mise-bas, les porcelets bénéficient dans ces
conditions d’une protection contre l’EJ durant leurs premières semaines de vie, grâce
à l’acquisition d’anticorps maternels, probablement par prise colostrale (William F.
Scherer et al., 1959b).
Cependant la vaccination des porcs peut s’avérer utile d’un point de vue de
performance d’élevage, puisque l'infection par l’EJ chez des porcs à maturité sexuelle
induit des avortements chez la truie, une mortinatalité, et de l'aspermie chez les
verrats ; en revanche l’infection est asymptomatique chez les porcs avant maturité
23
sexuelle. La question de l’utilité de la vaccination des porcs reproducteurs sera
abordée dans la partie C. de l’étude.
Enfin les porcs peuvent être utilisés comme animaux sentinelles de l’homme pour la
maladie, en effet (1) leur taux d’infection est élevé (Duong et al., 2011), (2) la
séroconversion chez les porcs précède généralement de 2 à 4 semaines les épidémies
d’EJ chez les humains, (3) l’interprétation des inhibitions d’hémagglutination (IHA) est
plus facile que chez les humains dans les régions où plusieurs flavivirus co-circulent,
(4) leurs anticorps restent plus longtemps détectable par IHA que chez l’homme (trois
ans) (Geevarghese et al., 1994). Les niveaux de prévalence mesurés chez ces animaux
sont le reflet de l’impact que peut avoir la maladie chez l’homme.
Les poules et les canards domestiques présentent des niveaux de virémie variables
selon leur âge, le titre maximum diminue quand l’âge d’infection augmente (Cleton et
al., 2014). Les jeunes volailles domestiques pourraient être des hôtes amplificateurs
d’importance dans les régions endémiques (Van den Hurk et al., 2009). Les oiseaux
domestiques étant étroitement liés aux hommes, ils peuvent jouer un rôle dans le
cycle de l'EJ, bien que cela n'ait pas encore clairement été mis en évidence (Van den
Hurk et al., 2009). Leur rôle potentiel en tant qu’hôte pour le virus de l’EJ est négligé.
Une meilleure compréhension et prédiction de la transmission du virus de l'EJ à
l'homme, nécessite une meilleure connaissance du rôle des oiseaux domestiques dans
cette transmission.
L'homme s'infecte en résidant ou voyageant dans des zones endémiques ou
épidémiques. Les individus s'infectent généralement pendant et après la saison de
moussons, lorsque la population de moustiques prolifère avec un important taux
d'infection (Campbell et al., 2011). L’homme ne développe pas une virémie
suffisamment élevée pour infecter un moustique qui le piquerait durant cette virémie.
De plus sa virémie est brève. Il ne joue donc pas de rôle épidémiologique, c’est un cul
de sac épidémiologique.
En revanche l'homme peut jouer un rôle dans l'épidémiologie de la maladie via ses activités :
déforestation, agriculture, construction, système de gestion de l'eau, changement climatique.
24
En effet la circulation1 de l’EJ est à mettre en étroite relation avec des facteurs
environnementaux, tels que climat et paysage (Reisen et al., 1976). Sa répartition dépend
directement de celle des vecteurs compétents et des hôtes de persistance. Or les conditions
météorologiques ont un rôle décisif sur l’écologie et la distribution du vecteur (Miller et al.,
2012). En effet, des températures élevées favorisent un développement larvaire rapide, et
une période d'incubation extrinsèque courte (Van den Hurk et al., 2009). Les précipitations
augmentent dans un premier temps les sites favorables à la reproduction des moustiques ;
tandis que dans un second temps lorsque celles-ci deviennent trop importantes, provoquant
des inondations et une augmentation des courants dans les cours d’eau, elles sont
défavorables au développement des moustiques par augmentation de la mortalité des stades
aquatiques (Reisen et al., 1976). L’importante influence des conditions environnementales sur
la circulation de l’EJ induit l’existence de deux modèles épidémiologiques : en région tropicale
la circulation est endémique (Burke et al., 1985), tandis qu’en région subtropicale ou
tempérée, la circulation est à caractère épidémique (Kono, Kim, 1969). En zone subtropicale
ou tempérée, la saison hivernale s’accompagne d’une forte baisse de l’incidence de l’EJ chez
l’homme, tandis que l’incidence maximale est atteinte pendant et à la suite de la période
estivale (Bi et al., 2003). Les différents modes de circulation de l’EJ peuvent avoir un impact
sur la gestion de l’EJ dans les élevages porcins, ceci a fait l’objet du premier axe d’étude.
En termes de paysages, l'EJ est aujourd'hui considérée comme une maladie des zones rurales,
particulièrement répandue en zone de culture de riz. La proximité de rizières, dans lesquelles
se développent le moustique de l’espèce Culex tritaeniorhynchus a été identifiée comme
facteurs de risque de l’EJ chez l’homme (Surtees, 1970). Les champs irrigués constituent un
milieu très favorable au développement des moustiques. Néanmoins une étude menée
récemment au Vietnam a montré que le virus circule en zone urbaine chez les porcs, et que
les vecteurs y sont présents et infectés (Lindahl et al., 2013). Il existe cependant peu de
données concernant la circulation de l’EJ dans des zones où la riziculture est limitée, comme
en zone forestière par exemple. Mieux connaître les différences qu’il peut exister dans la
circulation du virus de l’EJ en fonction du type de paysage (rizicole, urbain, forestier),
permettra de mieux comprendre l’aire de répartition géographique de l’EJ, et de mieux
prédire son accroissement géographique. Ceci constituera le second axe de l’étude.
1 Le terme « circulation » correspond au niveau de transmission du virus entre les différents acteurs du cycle épidémiologique de l’EJ, la circulation peut être caractérisée par différent régime (épidémique, endémique…) elle fait référence à un processus répondant à une forme de régularité. Elle diffère du terme « propagation » pour lequel il y a une notion « de se répandre ».
25
Cette étude s’est intéressée à l’influence de différents facteurs sur la circulation de l’EJ au
Cambodge et au Nord du Vietnam : le régime épidémiologique (endémique ou épidémique)
et la diversité des hôtes et des paysages.
La première partie de l’étude (A) était descriptive, elle avait pour objectif, d’une part, de
décrire l’exposition des volailles domestiques au VEJ au Cambodge, et d’autre part, de
comparer la prévalence du VEJ dans différents paysages. Pour ce faire une campagne de
prélèvements de sang chez des poulets et des canards a été organisée au Cambodge dans trois
provinces, caractérisées par des paysages différents.
La deuxième partie de l’étude (B) était analytique. L’objectif était d’évaluer la variabilité de la
prévalence du virus de l’EJ chez les porcs en zone tropicale, le Cambodge, et subtropicale, le
Nord du Vietnam. Dans cette deuxième partie, des données antérieurement collectées chez
des porcs au Cambodge et au Nord du Vietnam, ont été utilisées. Pour chaque zone et/ou
pendant différentes périodes de l’année, une force d’infection a été estimée (taux auquel les
individus réceptifs s’infectent), reflet de l’incidence. Ce paramètre a permis de caractériser
chaque situation, c’est un paramètre clé qui est nécessaire à l’évaluation de l’évolution d’une
épidémie.
Enfin dans une dernière partie synthétique (C), un modèle prédictif a été construit. Il permet
de prédire le taux de séroconversion des porcs en fonction de données météorologiques au
Nord du Vietnam. Les simulations réalisées grâce à ce modèle ont permis d’en déduire
certaines recommandations prophylactiques pour l’élevage porcin.
Pour interpréter les titres en anticorps des porcs, une étape préliminaire a consisté en la
mesure de l’âge moyen de pertes des anticorps maternels chez le porcelet. Le titre en
anticorps mesuré chez les porcelets peut révéler la persistance des anticorps maternels. Le
calcul de l’âge moyen de perte des anticorps maternels chez les porcelets permet de ne tenir
compte que des titres révélant une exposition au VEJ après disparition des anticorps
maternels. L’estimation de cet âge de perte des anticorps maternels a permis de s’affranchir
de ces interférences, en retirant de l’étude les porcelets susceptibles d’avoir des anticorps
maternels.
26
27
II. MATERIELS ET METHODES
A. Description de la prévalence de l’exposition au VEJ des volailles domestiques au
Cambodge, dans deux types de paysages
Cette partie de l’étude a été réalisée sur des oiseaux domestiques, des poules (Gallus gallus
domesticus) et des canards (Anas platyrhynchos domesticus). Ces poules sont élevées pour la
chair, tandis que ces canards sont élevés pour la production d’œufs. L’objectif était d’une part
d’évaluer le niveau de circulation du virus de l’EJ au sein de ces espèces souvent négligées en
tant qu’hôtes potentiels de l’EJ, et d’autre part d’étudier les différences de circulation du virus
liées au paysage.
1. Présentation des zones de prélèvements
Les zones de prélèvements ont été sélectionnées en amont, sur plusieurs critères :
-paysage caractéristique, pouvant représenter des situations épidémiologiques particulières
-nombre de fermes et d’animaux d’élevage permettant d’obtenir des effectifs suffisants
-accessibilité de la zone depuis Phnom-Penh
Ce travail a été réalisé en collaboration avec nos partenaires, le NaVRI (National Veterinary
Research Institute), et les services vétérinaires locaux.
Trois provinces, dans lesquelles la campagne de prélèvements a eu lieu, ont ainsi été
sélectionnées :
-Kandal, une zone rurale au paysage dominé par les rizières (Coordonnée Nord : 11,223738°,
coordonnée Est : 105,125895°, altitude : 10 m)
- Kratie, une zone où la culture de riz est modérée (Coordonnée Nord : 12,837953°,
coordonnée Est : 105,965557°, altitude : 40 m)
-Mondolkiri, une zone où la culture de riz est limitée, voire absente (Coordonnée Nord :
12,837953°, coordonnée Est : 107,101193°, altitude : 230 m)
Initialement les zones de Phnom-Penh, représentant un paysage urbain, et de Ta Khmau,
représentant un paysage péri-urbain, devaient être intégrées dans l’étude. Le NaVRI n’ayant
pas été en mesure de faire réaliser des prélèvements de volailles dans ces zones, fautes
d’élevages selon eux, ces zones n’ont pas pu être intégrées.
28
2. Déroulement de la campagne de prélèvements
La campagne de prélèvements sanguins s’est déroulée au cours du mois de mars 2016. Le
travail a été fait en collaboration avec un membre du NaVRI, et deux représentants des
services vétérinaires locaux. Au total, 41 fermes ont été visitées, permettant la collecte de 617
échantillons sanguins de poulets et de canards. L’objectif était de prélever au moins dix
animaux par ferme, et des animaux appartenant à différentes classes d’âge (jeune < 12 mois,
adulte ≥ 12 mois), l’âge était donné par l’éleveur s’il était connu. Dans chaque ferme, les
coordonnées GPS ont été relevées, et un questionnaire, permettant de connaître les espèces
présentes sur l’exploitation, l’effectif d’animaux d’élevage, l’activité de l’exploitation, a été
réalisé.
La carte (fig. 3) représente la répartition géographique des fermes qui ont été visitées lors de
la campagne de prélèvements de sang au Cambodge.
Figure 3 : Carte de localisation des fermes et des foyers de prélèvements de sang d’oiseaux domestiques au Cambodge
carte réalisée avec QGIS
Kandal
Kratie Mondolkiri
29
Les cartes ont été réalisées avec le logiciel QGIS, disponible en libre accès à l’adresse :
http://www.qgis.org/en/site/forusers/download
3. Analyses
a) Analyses sérologiques des échantillons
Les sérums ont été analysés par l’unité de virologie de l’Institut Pasteur du Cambodge. Un test
d’inhibition d’hémagglutination (IHA) a été utilisé pour détecter la présence d’anticorps
contre le VEJ, mais aussi contre d’autres Flavivirus : le virus de la Dengue sérotypes 2 et 3, le
virus Zika et le virus Langat.
Le principe de l’IHA est de mettre le sérum prélevé en présence du virus d’intérêt et
d’érythrocytes d’une espèce choisie (pas nécessairement les érythrocytes de l’espèce
prélevée). Si une réaction d’hémagglutination a lieu entre les virus et les érythrocytes (i.e. que
le résultat du test est négatif), cela signifie que les anticorps dirigés contre le virus considéré
ne sont pas présents dans le sérum testé ; si la réaction d’hémagglutination est inhibée (i.e.
que le résultat du test d’IHA est positif), cela signifie que les anticorps spécifiques du virus
considéré sont présents dans le sérum testé, puisqu’ils sont responsables de l’inhibition
(Clarke et al., 1958). L’avantage de cette technique est qu’elle ne nécessite pas d’acquérir de
matériels biologiques spécifiques, les érythrocytes utilisés n’ont pas besoin d’être ceux de
l’espèce étudiée (contrairement à des tests sérologiques tels que ELISA (pour « Enzyme-Linked
Immunosorbent Assay » en anglais) qui nécessite d’avoir des anticorps spécifiques de
l’espèce). L’IHA est un test sensible, mais peu spécifique, il peut y avoir de nombreuses
réactions croisées entre virus de la même famille (Shu, Huang, 2004). C’est pour cette raison
que les tests ont été réalisés pour cinq virus de la famille des Flaviviridae et du genre Flavivirus.
Le résultat final était considéré positif pour l’EJ si le résultat d’IHA était positif et supérieur
pour le test réalisé avec le VEJ qu’avec les autres virus testés.
b) Analyses statistiques
Toute l’analyse statistique a été réalisée avec le logiciel R, version 3.2.3, disponible en accès
libre à l’adresse : https://www.r-project.org/
Différents facteurs pouvant influencer la probabilité d’infection des animaux par l’EJ ont été
étudiés, tels que :
30
-l’espèce : les deux espèces étudiées (poulet ou canard) pourraient jouer des rôles
d’importance différente dans le cycle de transmission de la maladie
-l’âge
-l’abondance de rizières : les rizières sont considérées comme un facteur de risque pour l’EJ,
en tant que milieu propice au développement des moustiques (Surtees, 1970)
-la présence de porcs : les porcs sont les hôtes amplificateurs du virus, leur présence est
considérée comme un facteur de risque pour l’EJ (Simpson et al., 1970)
-la ferme : les individus prélevés dans une même ferme pouvaient avoir tendance à se
ressembler, car ils sont soumis aux mêmes conditions environnementales, la variable ferme
sera intégrée dans l’analyse multivariée afin de tenir compte de cette corrélation.
Pour évaluer l’influence du paysage et notamment la proximité et l’abondance de rizières sur
la circulation du virus de l’EJ, une variable quantitative a été créée : celle-ci correspond au
pourcentage de surface recouverte par des rizières dans un rayon d’un kilomètre autour de la
ferme. Cette variable est calculée à l’aide de QGIS, le recouvrement de zones tampons d’un
rayon d’un kilomètre autour des fermes et d’une couche rizière préexistante au Cambodge
est calculé grâce à l’outil « statistiques de zone ». Le rapport de la « somme » des pixels de la
couche matrice des rizières situés dans le polygone tampon (surface de rizières), et du
« compte » des pixels situés dans le polygone « tampon » (surface de la zone tampon) donne
le pourcentage de surface recouverte par des rizières dans un rayon d’un kilomètre autour de
la ferme (fig. 4).
31
Figure 4 : Construction de la variable pourcentage de rizière dans un périmètre d'un kilomètre autour de la ferme
réalisé avec QGIS
Sur la figure 4 : %𝑟𝑖𝑧𝑖è𝑟𝑒𝑠 =33 𝑝𝑖𝑥𝑒𝑙𝑠 𝑟𝑖𝑧𝑖è𝑟𝑒𝑠
35 𝑝𝑖𝑥𝑒𝑙𝑠 𝑑𝑎𝑛𝑠 𝑧𝑜𝑛𝑒 𝑡𝑎𝑚𝑝𝑜𝑛= 94%
Des tests du χ2 sont utilisés pour réaliser les analyses statistiques univariées pour chaque
variable explicative dans un premier temps. La fonction « Chisq.test » de R 3.2.3 est utilisée
pour l’analyse univariée.
L’influence des variables est étudiée en utilisant un modèle linéaire mixte généralisé (GLMM
pour « Generalized Linear Mixed Model »), qui permet d’intégrer toutes les variables. La
variable à expliquer correspond à la séroprévalence des volailles, sa distribution est binomiale.
La fonction de lien utilisée est la fonction logit. Les variables explicatives sont des variables
propres à l’individu (classe d’âge, espèce), et des variables propres à la ferme (effet ferme,
pourcentage de rizières, présence de porcs). Un GLMM est utilisé car il permet d’attribuer un
effet aléatoire à la variable ferme. Les individus appartenant à une même ferme pourraient
avoir tendance à se ressembler en termes de statut sérologique. La conséquence en serait une
1 km 1 km
32
non-indépendance des observations faites dans une même ferme. L’attribution d’un effet
aléatoire à la variable ferme permet de tenir compte de cette structure de corrélation. La
fonction « glmer » du package lme4 est utilisée pour l’analyse multivariée.
33
B. Estimation de forces d’infection au VEJ des porcs, en zone endémique, le Cambodge,
et en zone épidémique, le Nord Vietnam
1. Estimation de l’âge de perte des Anticorps maternels chez les porcelets
Afin de mesurer l’âge moyen de perte des anticorps maternels chez le porcelet, 4 cohortes de
15 porcelets ont été suivies au cours de 2014 et 2015. Des prélèvements sanguins ont été
réalisés tous les 8 à 11 jours, à partir de l’âge de 60 jours. Des tests ELISA indirects ont été
réalisés afin de détecter la présence d’IgG dans le sérum. La densité optique de chaque
échantillon a été mesurée en utilisant « l’Ultramark Microplate Imaging System (Bio-Rad,
Hercules, CA, USA) ». La vitesse de perte des Anticorps maternels, et l’âge de début de
sensibilité ont pu être estimés par réalisation de régression linéaire.
Le résultat de cette étude préliminaire est présenté dans la partie III.B.1., et utilisé dans la
suite de l’étude.
2. Estimation de la force d’infection au VEJ des porcs, en zone endémique, le
Cambodge
La force d'infection correspond à la probabilité par unité de temps de transition de l’état
réceptif à infecté, ou encore le taux auquel les individus réceptifs s’infectent. La force
d’infection est un paramètre clé de la transmission, elle rend compte du processus de
contamination, et permet de caractériser l'impact de la maladie dans le contexte étudié.
Pour estimer une force d'infection au Cambodge, les données issues d'une campagne de
prélèvements de sang de porcs menée dans huit provinces du Cambodge, visant à estimer la
circulation de l’EJ chez les porcs, ont été utilisées (Duong et al., 2011). Au total 505 sérums
de porcs ont été testés par inhibition d’hémagglutination et par test ELISA indirect.
L’objectif était de modéliser l’évolution de la séroprévalence en fonction de la durée
d’exposition pour estimer la force d’infection relative au contexte de l’étude. Ceci était
réalisable en utilisant le modèle catalytique2 décrit par Muench en 1934 (Muench, 1934),
(Hens et al., 2010). Celui-ci s'écrit de la manière suivante :
Π(t) = 1 – exp(-λ*t) (1)
Π : proportion d'individus précédemment infectés (et immunisés)
t : durée de l'exposition
λ : force d'infection
2 Le modèle catalytique tient son nom de l’analogie qui est faite avec une réaction chimique
34
Π correspond à la proportion d’individus testés positivement par inhibition
d’hémagglutination. La durée d'exposition t, correspond au temps écoulé depuis la perte des
anticorps maternels ; soit à l'âge lors du prélèvement soustrait de la durée de persistance des
anticorps maternels.
L’utilisation de ce modèle nécessite de faire certaines hypothèses :
-la force d’infection est supposée constante au cours du temps, et ne dépend pas de l’âge des
porcs : même si la force d’infection relative à l’EJ n’est pas constante sur l’année au
Cambodge, c’est une zone endémique (Erlanger et al., 2009). L’objectif de cette partie était
de comparer la force d’infection estimée en zone endémique avec celles estimées en zone
épidémique. Les variations saisonnières de la force d’infection en zone endémique sont
négligeables par rapport à celles observées en zone épidémique. Pour cette raison, il parait
raisonnable de considérer la force d’infection constante au Cambodge.
-les variations de la force d’infection entre les différentes zones de prélèvements est
négligeables par rapport aux variations étudiées. Cette hypothèse paraît raisonnable, car les
huit provinces de prélèvements correspondent à des zones comparables en termes de
paysage (fig. 5).
Ainsi l’équation (1) peut aussi s'écrire de la manière suivante :
Figure 5 : Carte des zones de prélèvements au Cambodge, et pourcentage de porcs séropositifs par province, d’après Duong et al. 2011
35
1 – Π(t) = exp(-λ*t)
cloglog(Π(t))= ln(λ) + ln(t) (2)
(avec cloglog : « complementary log log » défini tel que cloglog(p)=ln(-ln(1-p)) )
L'expression (2) peut être modélisée dans R grâce à un modèle linéaire généralisé (GLM pour
« Generalized Linear Model » en anglais, fonction « glm » dans R 3.2.3). La variable à expliquer
est la séroprévalence des porcs, c’est une variable binaire, elle prend pour valeur 0 ou 1, a une
distribution binomiale. La variable explicative est la durée d’exposition t d’un porc. Dans R, les
données en entrée pour le GLM sont la séroprévalence Π donnée en fonction de ln(t). La
fonction de lien est le cloglog, et la loi, binomiale. De plus la pente du GLM est forcée à 1, de
manière à ce que le coefficient devant ln(t) soit 1, comme dans la relation (2). Le paramètre
estimé par le GLM permet d’obtenir ln(λ), l’ordonnée à l’origine. Les paramètres sont estimés
par la méthode du maximum de vraisemblance (McCullagh, Nelder, 1989).
3. Estimation de forces d’infection au VEJ des porcs, en zone épidémique, le Nord
du Vietnam
a) Campagne de prélèvements
Dans cette partie, des données préexistantes ont été utilisées. Celles-ci avaient été collectées
lors d’une campagne de prélèvements de sang réalisée sur des porcs entre 2009 et 2010 dans
le Nord du Vietnam. Les porcs avaient été prélevés dans des abattoirs de treize provinces du
Nord du Vietnam. Le sérum a été utilisé pour réaliser des tests ELISA afin de détecter les
anticorps contre l’EJ présents. 643 sérums de porcs ont été testés.
36
La carte ci-dessus (fig. 6) montre la répartition géographique des provinces (en jaune) dans
lesquelles les prélèvements ont été réalisés au Nord du Vietnam.
b) Méthodes d’analyse des données : estimation de forces d’infection
i. Détermination de différentes périodes
L’objectif était de mettre en évidence des différences de circulation du virus de l’EJ en fonction
de la période de l’année, et de quantifier ces différences à l’aide du calcul d’un paramètre, tel
que la force d’infection. De manière à identifier les périodes durant lesquelles le niveau de
circulation du virus diffère, la période d’étude a été découpée en séquences de 15 jours. On
considère chaque quinzaine comprise dans la période pendant laquelle les porcs de la cohorte
Figure 6 : Carte des provinces de prélèvements au Nord du Vietnam, les provinces figurées en jaune correspondent aux provinces visitées lors de la campagne
carte réalisée avec QGIS
37
étudiés étaient réceptifs, i.e. entre le 1ier juillet 2009, et le 30 septembre 2010. Des quinzaines
chevauchantes ont été considérées, une quinzaine se distinguant de la suivante par décalage
d’un pas de un jour dans le temps.
Pour chaque porc, on s’intéresse à la période au cours de laquelle il a pu acquérir une infection
due au VEJ, c’est-à-dire de la perte des anticorps maternels (à l’âge de 80 jours, d’après les
résultats de la partie I.A.1.) à la date de prélèvement. Cette période est considérée comme
étant la période de sensibilité du porc. Pour chaque quinzaine, le nombre de porcs réceptifs
pendant l’intégralité de la quinzaine a été comptabilisé, puis, le pourcentage de porcs testés
positifs de cet effectif a été calculé. L’objectif était de mettre en évidence des variations de
taux de séropositifs en fonction des quinzaines de l’année. Les porcs ayant rarement été
exposés uniquement pendant la quinzaine considérée, un « poids » leur est attribué, cela
permet de prendre en compte le fait qu’un porc ayant vécu plus vieux a plus de chance de
s’être infecté lors d’une autre quinzaine. Le poids correspond au rapport entre « temps passé
dans la quinzaine = 15 jours » et « temps total de la période de sensibilité ». Le calcul du taux
de séropositifs pour une quinzaine est réalisé en tenant compte du poids de chaque porc.
Le travail réalisé dans cette partie est exploratoire, cette méthode est une première approche.
Elle a permis de distinguer deux périodes de l’année, durant lesquelles les taux de séropositifs
observés étaient significativement différentes. Ceci traduit des niveaux de circulation
variables du virus de l’EJ, imputable à la saison. La suite de l’étude a caractérisé plus
précisément les niveaux de circulation du virus en fonction des périodes déterminées. Pour ce
faire les porcs ont été séparés en deux sous-cohortes :
-cohorte A : porcs ayant vécu au moins un jour à l’état réceptif pendant la période de forte
circulation du virus
-cohorte B : porcs n’ayant vécu à l’état réceptif que pendant la période de faible à moyenne
circulation du virus
ii. Comparaison des séroprévalences des sous-cohortes A et B
Pour comparer les séroprévalences de ces deux sous-cohortes, on considère les variables :
-appartenance à la sous-cohorte A/B
-statut sérologique
Pour tester l’indépendance de ces deux variables un test du χ2 a été utilisé. Dans le cas où les
deux variables sont significativement associées, le calcul d’un Odds Ratio permettrait de
38
quantifier l’augmentation de risque d’avoir été infecté en fonction de l’appartenance à une
sous-cohorte.
iii. Caractérisation de la période de faible circulation du virus de l’EJ
L’objectif était de considérer les porcs qui ont été réceptifs au virus uniquement pendant la
période où le virus a très peu circulé, pour estimer une force d’infection au moment où la
circulation du virus est la plus basse. De manière à avoir un effectif suffisant, la cohorte des
porcs qui a été réceptif au virus pendant la période où la circulation du virus était faible à
moyenne a été considérée (cohorte B).
En agrégeant les porcs concernés par classe d’âge en mois, la séroprévalence des porcs a pu
être exprimée en fonction de classes d’âge. Un modèle catalytique de Muench (Muench, 1934)
a ainsi été ajusté sur ces données, et a permis d’estimer une force d’infection relative à cette
période, de la même manière que dans la partie précédente (I.B.2.).
iv. Caractérisation de la période de forte circulation du virus de l’EJ
Pour avoir une estimation précise de la force d’infection relative à cette période, il faudrait
considérer les porcs ayant été réceptifs que pendant cette période. Or les périodes de forte
circulation du virus étant courtes, il n’y a pas de porc dans la cohorte qui remplisse ce critère.
Pour étudier cette période, tous les porcs ayant été réceptifs au virus au moins un jour
pendant la période de forte circulation de l’EJ ont été considérés (cohorte A).
Dans cette partie les hypothèses suivantes ont été faites : la force d’infection relative à la
période de forte circulation du virus est considérée constante durant cette période (hypothèse
1) ; la force d’infection en dehors de cette période est supposée négligeable par rapport à la
force d’infection de cette période (hypothèse 2).
Selon l’hypothèse 2, la durée d’exposition d’un porc de la cohorte A correspond au nombre
de jours passés dans la période de forte circulation du virus et non à sa durée de vie totale (i.e.
son âge). Ceci est une simplification de la réalité qui est nécessaire ici pour l’estimation de la
force d’infection.
Dans le cadre des hypothèses considérées (hypothèses 1 et 2), une force d’infection relative
à cette période a été estimée, en modélisant la séroprévalence en fonction de la durée
d’exposition par le modèle catalytique de Muench (Muench, 1934) comme précédemment.
39
4. Méthode de comparaison des résultats obtenus
Les forces d’infection estimées par le modèle correspondent à la valeur qui permet au mieux
au GLM de s’ajuster aux données. Comme nous n’avons pas trouvé de test paramétrique
permettant de comparer ces valeurs, nous avons comparé les recouvrements des intervalles
de confiance, et si deux intervalles de confiance étaient distincts, alors les forces d’infection
concernées étaient significativement différentes.
C. Modélisation de la prévalence des porcs en fonction de données météorologiques
au Nord Vietnam
1. Ajustement du modèle
Les données climatiques utilisées sont celles collectées par la station 488200 VVNB située à
Hanoi, Vietnam (coordonnée géographique : Nord 21.01°, Est 105.48°, altitude 6 m).
Pour caractériser l’association entre le statut sérologique des porcs et la température pendant
leurs jours de vie au statut réceptif, une variable degré jour a été construite. Le degré jour est
une mesure empirique utilisée pour calculer l'accumulation de chaleur qui sert à estimer la
durée d'un développement biologique, il est couramment utilisé en entomologie par exemple
(Pruess, 1983), (Bonhomme, 2000).
Le calcul de cette variable a nécessité de déterminer une température de base, en dessous de
laquelle il n’y a pas de développement. Ici nous considérerons la température de base des
moustiques du genre Culex, qui sont les principaux vecteurs de l’EJ, cette température est
estimée à 15 degrés Celsius (Kunkel et al., 2006). Pour un jour donné, le degré jour DJ a pour
valeur : 𝐷𝐽 =𝑇𝑚𝑎𝑥 + 𝑇𝑚𝑖𝑛
2− 𝑇𝑏𝑎𝑠𝑒 (3)
Tmax : température maximale de la journée
Tmin : température minimale de la journée
Tbase : température de base
La variable degré jour pour une période correspond à la somme du degré jour de tous les jours
considérés. Pour un porc donné, la variable degré-jour correspond à la somme des degrés-
jours pendant sa vie à l’état réceptif, c’est-à-dire après la perte des anticorps maternels à l’âge
de 80 jours et jusqu’au prélèvement. Cette variable permet à la fois de prendre en compte
l’âge du porc, et la température au cours de sa vie.
40
Un modèle ajusté sur les données a été construit, liant la séroprévalence des porcs à leur
variable degré-jour respective. Le modèle utilisé était un modèle additif généralisé (GAM, pour
« Generalized Additive Model » en anglais), qui permet de modéliser les corrélations non
linéaires (Liu, 2008). En effet l’évolution de la séroprévalence en fonction du nombre de
degrés-jours n’est pas linéaire, car la séroprévalence est bornée entre 0 et 1, tandis que les
degrés-jours sont théoriquement compris entre 0 et +∞, la borne supérieure dépendant de
l’âge des porcs et de la température journalière au cours de leur vie. Il y a donc saturation
lorsque la séroprévalence approche de 1. Cette évolution ne pouvait pas être modélisée
directement par un modèle linéaire, c’est pourquoi nous avons utilisé un GAM pour modéliser
cette évolution. La variable à expliquer est la séroprévalence des porcs, c’est une variable
binaire, elle a une distribution binomiale. La variable explicative est le degré-jour. Une
fonction logit est utilisée en tant que fonction de lien.
Le modèle a été validé par validation croisée pour éviter le « sur-ajustement » au jeu de
données : la cohorte a été séparée aléatoirement en deux sous cohortes, l’une permettant
d’estimer les paramètres du modèle, l’autre servant à prédire la probabilité de séropositivité
en fonction des degrés-jours. Cette simulation a été réalisée 100 fois. Pour chaque simulation
la courbe ROC (« Receiver Operating Characteristic »), correspondant à la sensibilité du
modèle (c’est-à-dire la capacité à prédire la séropositivité d’un individu, s’il est vraiment
séropositif) en fonction de 1-spécificité (la spécificité du modèle correspondant la capacité à
prédire la séronégativité d’un individu, s’il est vraiment séronégatif), a été tracée, et l’aire sous
cette courbe (AUC) est calculée. L’AUC permet de donner une indication sur la performance
du modèle, elle correspond à la probabilité qu’un individu séropositif soit plus probablement
classé séropositif par le modèle qu’un individu quelconque (Hanley, McNeil, 1982).
2. Utilisation du modèle prédictif
Une fois le modèle validé, il a été utilisé pour prédire la probabilité pour un porc d’être
séropositif en fonction de sa date de naissance et de son âge au prélèvement. Pour réaliser
cette simulation des données de degrés-jours moyennés sur 10 ans (de 2006 à 2015) ont été
utilisées. La simulation a été réalisée pour des porcs qui seraient nés au début de chaque mois
de l’année (de janvier à décembre), et pour différentes classes d’âge : 4, 5, 6, 7 et 8 mois. On
a réalisé une simulation par date de naissance et par âge au prélèvement. Chaque courbe
41
correspond à une classe d’âge différente. Par exemple, pour les porcs qui ont 4 mois au
prélèvement, douze simulations sont réalisées, une par mois de naissance considéré. Ces
douze points permettent d’obtenir une courbe, décrivant l’évolution de la probabilité pour un
porc d’avoir été précédemment infecté en fonction de sa date de naissance sachant qu’il a été
prélevé à l’âge de 4 mois.
42
43
III. RESULTATS
A. Description de la prévalence de l’exposition au VEJ des volailles domestiques au
Cambodge, dans deux types de paysages
1. Résultats de la campagne de prélèvements
Au total 617 prises de sang ont été réalisées dans 41 fermes différentes. Les échantillons ont
été analysés par IHA. Sur les 616 individus analysés (car un échantillon ne présentait pas de
sérum) 54 ont été testés positifs en anticorps contre le VEJ, la séroprévalence globale est de
0.088 et l’intervalle de confiance (IC) à 95% : [0.066 ; 0.11], soit 88 animaux pour 1000 qui
avaient été précédemment infectés.
Tableau I : Résultats de la campagne de prélèvements, séroprévalence globale
Nombre de fermes visitées
Nombre total de
prélèvements analysés
Nombre moyen de prélèvements par ferme
Nombre d’individus séropositifs
Séroprévalence Intervalle de confiance(a)
41 616 15,05 (min : 6, max : 43) 54 0,088 +/- 0,022
(a) Intervalle de confiance à 95%
Sur l’ensemble des animaux prélevés, pour 8 individus l’âge est inconnu et pour 75 adultes
l’âge n’est pas précisément connu. Pour les 535 autres, l’âge moyen est de 228 jours (7,6
mois). La normalité des données est vérifiée.
La carte (fig. 7) résume les résultats de la campagne de prélèvements de volailles domestiques.
Un diagramme par ferme est représenté, le diagramme a une taille proportionnelle au nombre
de prélèvements réalisés dans la ferme : le nombre minimal de prélèvements était 6, le
maximum 43. Pour préserver la clarté de l’information représentée, les poules et les canards
ne sont pas différenciés sur les diagrammes. Pour chaque diagramme sont donc représentés
en rouge la proportion d’animaux séropositifs, et en marron la proportion d’animaux
séronégatifs dans l’échantillon prélevé dans la ferme.
44
2. Analyses univariées
Pour l’analyse univariée, un test du χ2 a été utilisé pour tester l’association entre la variable
statut sérologique et les variables d’intérêt. Le test « chisq.test » du logiciel R a été utilisée.
Pour chaque variable, le test du χ2 est réalisé en considérant l’hypothèse nulle : « il n’existe
pas d’association statistique entre la variable considérée et la variable statut sérologique ».
En fonction de la valeur de χ2 obtenue, l’hypothèse nulle est rejetée ou non.
a) Variable classe d’âge
Les animaux ont été classés en deux catégories, les jeunes ont moins de douze mois, les
adultes ont douze mois et plus.
Tableau II : Séroprévalence des jeunes et des adultes
Espèces Effectifs Nombre de positifs Séroprévalence Intervalle de confiance(a)
jeunes 417 28 0,067 +/- 0,024
adultes 192 26 0,13 +/- 0,048
(a) Intervalle de confiance à 95%
Kandal
Kratie
Mondolkiri
Figure 7: Carte des résultats de la campagne de prélèvements, montrant la proportion d’oiseaux domestiques séropositifs et séronégatifs par ferme
carte réalisée avec QGIS
45
Le tableau II montre les séroprévalences par classe d’âge. Le χ2 obtenu a pour valeur 6,76, le
nombre de degrés de liberté est 1, l’hypothèse nulle peut être rejetée au seuil de 0,01, les
données récoltées montrent une association statistique entre la classe d’âge et le statut
sérologique.
b) Variable espèce
Des poulets et des canards ont été prélevées au cours de la campagne de prélèvements.
Tableau III : Séroprévalence des poulets et des canards
Espèces Effectifs Nombre de
positifs Séroprévalence
Intervalle de confiance(a)
Poulets 413 34 0,082 +/- 0,026
Canards 203 20 0,098 +/- 0,040
(a) Intervalle de confiance à 95%
Le tableau III montre les séroprévalences par espèce. Le χ2 obtenu a pour valeur 0,27, le
nombre de degrés de liberté est 1, l’hypothèse nulle ne peut pas être rejetée. Les résultats de
l’étude ne permettent pas de mettre en évidence de différence significative de statut
sérologique pour le virus de l’EJ entre les poulets et les canards.
c) Variable province
Les prélèvements ont été réalisés dans trois provinces. Pour rappel, Kandal est une province
représentative d’une zone au paysage dominé par les rizières. Tandis que Mondolkiri est une
zone au paysage dominé par la forêt, Kratie étant une zone intermédiaire.
Tableau IV : Séroprévalence des poulets et des canards par province
Provinces Nombre
d’animaux Nombre de
positifs Séroprévalence
Intervalle de confiance(a)
Kandal (rizières) 296 24 0,081 +/- 0,031
Mondolkiri (forêts) 41 5 0,12 +/- 0,10
Kratie (intermédiaire) 279 25 0,090 +/- 0,033 (a) Intervalle de confiance à 95%
46
Le tableau IV détaille les séroprévalences des animaux par province. Le χ2 obtenu a pour valeur
0,78, le nombre de degrés de liberté est 2. L’hypothèse nulle ne peut pas être rejetée au seuil
0,05. Les résultats de l’étude ne permettent pas de mettre en évidence de différence
significative de statut sérologique entre les trois provinces de prélèvements.
d) Variable pourcentage de rizières
La variable pourcentage de rizières correspond au pourcentage de surface recouverte par des
rizières dans un rayon d’un kilomètre autour de la ferme. Pour réaliser un test
d’indépendance, la variable pourcentage de rizières est discrétisée. Dans la première
catégorie sont inclus les individus situés dans des fermes dont moins de 50% de la surface
dans un rayon d’un kilomètre correspond à des rizières. Dans la deuxième catégorie sont inclus
les individus situés dans des fermes dont plus de 50% de la surface dans un rayon d’un
kilomètre correspond à des rizières.
Tableau V : Statut sérologique des poulets et des canards en fonction du pourcentage de rizière dans un rayon d’un kilomètre
Pourcentage de rizière
Nombre de
fermes
Nombre d’animaux
Nombre de séropositifs
Séroprévalence Intervalle de confiance(a)
<50% 16 186 12 0.064 +/- 0.043
>50% 25 430 42 0.098 +/- 0.023 (a) Intervalle de confiance à 95%
Le degré de liberté est 1, la valeur du χ2 est 1,39. L’hypothèse nulle ne peut pas être rejetée,
le jeu de données ne permet pas de mettre en évidence de différence statistiquement
significative.
3. Analyse multivariée
Un modèle linéaire mixte généralisé (GLMM pour « Generalized Linear Mixed Model » en
anglais) est ajusté sur les données de la cohorte de 616 individus. La variable à expliquer est
la séroprévalence des poulets et des canards, sa distribution est binomiale. Les variables
explicatives intégrées dans le modèle sont : la classe d’âge, l’espèce, la ferme, le pourcentage
de rizières autour de la ferme, la présence de porcs dans la ferme. A la variable ferme, un effet
aléatoire et fixe est attribué. La fonction de lien est une fonction logit.
47
Tableau VI : Paramètres du GLMM
Variable Estimation Ecart type P-value
Ordonnée à l’origine
-3,28 1,35 0,016
Classe d’âge (réf =jeune)
-0,80 0,45 0,077
Espèce (ref=canard)
-0,046 0,55 0,93
Rizière 0,72 1,52 0,63 Porc -0,29 0,85 0,73
Le tableau VI répertorie les estimations des paramètres attribués à chaque variable. Aucune
corrélation significative n’est mise en évidence par le GLMM entre le statut sérologique des
individus et les variables explicatives.
48
4. Résumé de l’analyse et conclusions partielles
Ce qu’il faut retenir sur l’exposition au VEJ des volailles domestiques :
Figure 8 : Graphique récapitulatif de l'analyse univariée
0
0,02
0,04
0,06
0,08
0,1
0,12
0,14
0,16
0,18
0,2
Séroprévalences en EJ des groupes d'individus
Cette partie a eu pour objectif de décrire la prévalence de l’exposition au VEJ des volailles
domestiques, et de déterminer les facteurs de risque lié à l’exposition au VEJ.
La séroprévalence des oiseaux domestiques prélevés était de 8,8%. Le graphique (fig. 8)
résume les résultats obtenus suite à l’analyse univariée. On observe une association
statistique significative uniquement entre la variable statut sérologique et la variable âge.
Le cas contraire témoignerait d’un problème d’échantillonnage des données.
Bien qu’il n’y ait pas d’association significative entre la variable province (vert foncé sur la
figure 8) et la séroprévalence des animaux, il est remarquable que la plus forte
séroprévalence soit décrite en zone forestière, là où on s’attendrait à trouver peu ou pas
d’EJ. Ce résultat va à l’encontre du dogme de l’EJ, considérant l’EJ comme maladie des
rizières, l’irrigation des champs de riz constituant un facteur de risque majeur (Surtees,
1970). Le résultat obtenu bien que non significatif justifierait la mise en place d’une étude
de la circulation du VEJ en zone forestière.
Les canards montrent une séroprévalence plus élevée que les poulets, sans différence
significative. Dans la zone de prélèvements, les canards sont élevés pour la ponte, tandis
que les poulets sont élevés pour la viande. A part les poulets reproducteurs, les poulets
de chair ont une durée de vie plus courte que les canards. Ceci pourrait être un premier
argument en faveur d’une séroprévalence plus élevée chez les canards. Enfin, les canards
avaient généralement un accès à l’extérieur contrairement aux poulets. Ils étaient parfois
en liberté dans les rizières alentours. Lorsqu’ils étaient en enclos, des eaux stagnantes
étaient présentes dans leur enclos. On peut supposer qu’avec des échantillons plus
importants, une différence significative pourrait être mise en évidence.
49
B. Estimation de forces d’infection au VEJ des porcs, en zone endémique, le Cambodge,
et en zone épidémique, le Nord Vietnam
1. Résultats de l’estimation de l’âge moyen de perte d’anticorps maternels chez
les porcelets
En moyenne les porcelets deviennent séronégatifs à l’âge de 81,90 jours, avec une variabilité
importante entre tous les porcs (Écart type : 17,15 jours) et entre les porcs d’une même
cohorte (Écart type : 11,65 jours). La variabilité étant forte sur l’échantillon étudié, pour
simplifier nous avons considéré pour le reste de l’étude, l’âge de début de sensibilité des
porcelets au VEJ à 80 jours.
2. Résultats des estimations de forces d’infection au Cambodge et au Nord du
Vietnam
a) Estimation d’une force d’infection en zone endémique, le Cambodge
L’âge moyen des porcs de la cohorte était de 129 jours (4,3 mois), écart type : 3,3, intervalle :
de 20 jours à 12 mois). Parmi les 505 porcs prélevés, ceux âgés de moins de 80 jours sont
exclus de l’étude ; des anticorps maternels pourraient avoir persisté dans leur sérum, ils ne
seraient pas réceptifs au virus. Les 308 porcs inclus ont été agrégés par classe d’âge (en mois).
Les données ont été modélisées par le modèle catalytique de Muench.
Figure 9 : Modélisation (courbe) de l’évolution de la séroprévalence en fonction de classes d’âge, à partir de données de séroprévalence (points) de porcs prélevés au Cambodge,
graphique réalisé avec R
50
La modélisation via l’ajustement du modèle linéaire généralisé est représentée sur la figure 9.
Les résultats du modèle linéaire généralisé montrent une association significative entre la
séroprévalence des porcs, et la durée d’exposition (p<2,10-16).
L’ordonnée à l’origine estimée par le modèle permet de déduire une force d'infection au
Cambodge :
λ = 0,023 jour-1 avec l'intervalle de confiance suivant : [0,021 ; 0,025] soit une probabilité
d’infection quotidienne des porcs de 2,3%.
b) Estimation de forces d’infection en zone épidémique, le Nord Vietnam
i. Résultats de détermination de différentes périodes
Le résultat du calcul des taux de séropositifs par quinzaine de l’année tenant compte du poids
attribué aux porcs est présenté dans la figure 10.
Période de faible à moyenne circulation du virus Période de forte circulation du virus
Figure 10 : Taux de porcs séropositifs, réceptifs pendant la quinzaine considérée, en fonction des
quinzaines de l’année, entre juillet 2009, et août 2010
graphique réalisé avec R
51
Pour rappel, cette méthode est une première approche, elle a permis de distinguer deux types
de période par observation de la figure 10 :
-les périodes où les taux de séropositifs sont élevés
-la période où les taux de séropositifs sont moyens à faibles
Pour déterminer les périodes on considère les intervalles de confiance des taux de séropositifs
par quinzaine. Deux périodes distinctes, durant lesquelles les taux de séropositifs des porcs
considérés sont supérieurs à 0,8, sont identifiables (en rouge sur la figure 10). Ces périodes
correspondent à des périodes de forte circulation du virus. La période où le taux de séropositifs
par quinzaine est inférieur à 0,7 est considérée comme la période de moyenne à faible
circulation du virus (en vert sur la figure 10). Pour caractériser la période de faible circulation
du virus, il faudrait prendre une valeur seuil plus basse que celle choisit, mais 0,7 est la valeur
la plus basse qui permet de conserver un effectif de porcs suffisant pour réaliser les
modélisations à suivre.
ii. Comparaison des séroprévalences des deux cohortes selon leur période
d’exposition
Dans cette partie, on a considéré les deux sous-cohortes A et B : la cohorte A comprend les
porcs qui ont vécu au moins un jour à l’état réceptif pendant la période de forte circulation du
virus ; la cohorte B correspond aux porcs qui ont vécu à l’état réceptif uniquement pendant la
période de faible à moyenne circulation du virus. Les effectifs de chaque cohorte et les
séroprévalences sont récapitulés dans le tableau VII.
Tableau VII : Séroprévalence des porcs des sous-cohortes A et B
Cohortes Effectifs Nombre de séropositifs
Séroprévalence Intervalle de confiance(a)
A 397 326 0.82 +/- 0,038
B 181 50 0.28 +/- 0,065
(a) Intervalle de confiance à 95%
Un test du χ2 a été utilisé pour tester l’indépendance des variables : appartenance à la cohorte
A/B, et statut sérologique. C’est-à-dire que la probabilité d’être séropositif est
significativement différente entre les individus de la cohorte A et ceux de la cohorte B. Le
52
nombre de degré de liberté est 1. Le χ2 obtenu a pour valeur 159.99 (p<2,2*10-16), l’hypothèse
nulle peut être rejetée au seuil 0,01.
Les deux variables sont associées. Le calcul d’un Odds Ratio (OR) permet de quantifier cette
association. La cohorte B constitue le groupe de référence, on estime l’augmentation de
risque pour la cohorte A par rapport à la cohorte B.
On obtient : OR = 12, ce qui signifie que le risque d’avoir été infecté par l’EJ est 12 fois plus
élevé pour les porcs ayant été réceptifs pendant la période de forte circulation du virus, par
rapport à ceux n’ayant été réceptifs que pendant la période de faible à moyenne circulation
du virus.
iii. Estimation de la force d’infection pour la période de faible à moyenne
circulation du virus
On considère tous les porcs n’ayant été réceptifs au virus de l’EJ que pendant une période de
faible circulation du virus (période pendant laquelle le taux de séropositifs est inférieur à 0,7).
Ces porcs sont agrégés par classe d’âge d’un mois. L’évolution de la séroprévalence est
modélisée en fonction des classes d’âge des porcs grâce au modèle catalytique de Muench
(équation (1)).
Les 181 porcs de cette catégorie étaient en moyenne âgés de 148,50 jours (4,9 mois), écart
type : 23,08 jours.
53
Le modèle linéaire généralisé ajusté sur ces données (fig. 11) montre une association
significative entre la séroprévalence et l’âge des porcs (p<2*10-16). La force d’infection estimée
dans ce contexte a pour valeur 0,0047 jour-1 et pour intervalle de confiance [0,0041 ; 0,0054],
soit une probabilité d’infection quotidienne des porcs de 0,47%.
iv. Estimation de la force d’infection pour la période de forte circulation du
virus
L’étude de cette période est réalisée en prenant en compte tous les porcs ayant été réceptifs
au moins un jour pendant la période de forte circulation du virus. 397 porcs de la cohorte
remplissent ce critère, ils ont en moyenne 166 jours (5,5 mois), écart type : 29,49 jours.
La séroprévalence des porcs ayant été réceptifs au moins un jour pendant la période de forte
circulation est maintenant représentée en fonction du temps d’exposition. On considère dans
cette partie que les hypothèses 1 et 2 sont vérifiées [la force d’infection relative à la période
de forte circulation du virus est considérée constante (hypothèse 1). La force d’infection en
dehors de cette période est supposée négligeable par rapport à la force d’infection de cette
Figure 11 : Modélisation (courbe) de la séroprévalence des porcs ayant été réceptifs uniquement pendant la période de faible à moyenne circulation du virus en fonction de leur classe d’âge, à
partir de données de séroprévalence (points) de porcs prélevés au Nord du Vietnam
graphique réalisé avec R
54
période (hypothèse 2)]. Le temps d’exposition correspond ainsi au temps passé par un porc
dans la période de forte circulation alors qu’il était réceptif.
Les données sont agrégées en classes, chaque classe correspond à un intervalle de dix jours
d’exposition.
Le modèle linéaire généralisé ajusté sur ces données (fig. 12) montre une association
significative entre la séroprévalence et la durée d’exposition des porcs (p<2*10-16). La force
d’infection estimée dans ce contexte a pour valeur 0.036 jour-1 et pour intervalle de confiance
[0,034 ; 0,039], soit une probabilité d’infection quotidienne des porcs de 3,64%.
Figure 12 : Modélisation (courbe) de la séroprévalence des porcs, ayant été réceptifs au moins un jour pendant la période de forte circulation du virus, en fonction de leur durée d’exposition, à
partir de données de séroprévalence (points) de porcs prélevés au Nord du Vietnam
graphique réalisé avec R
55
3. Comparaison des résultats obtenus et conclusions partielles
Tableau VIII : Récapitulatif des forces d'infection estimées
Localisation Période Effectif de porcs Force d’infection
estimée Intervalle de confiance(a)
Cambodge (tropicale)
- 308 0,023 jour-1 [0,021 ; 0,025]
Nord du Vietnam (subtropicale)
Forte circulation 397 0,036 jour-1 [0,034 ; 0,039]
Nord du Vietnam (subtropicale)
Faible/moyenne circulation
181 0,0047 jour-1 [0,0041 ; 0,0054]
(a) Intervalle de confiance à 95%
Ce qu’il faut retenir de l’estimation de forces d’infection des porcs au VEJ au Cambodge et au
Nord Vietnam :
Cette partie a eu pour objectif d’estimer des forces d’infection au VEJ des porcs, en zone
tropicale, le Cambodge, et en zone subtropicale le Nord Vietnam. Les résultats obtenus en
zone subtropicale montrent des forces d’infection significativement différentes entre la
période de forte circulation et de faible circulation du VEJ au Nord Vietnam (intervalles de
confiance distincts). De plus la force d’infection estimée en période de forte circulation
est environ 8 fois supérieure à celle estimée en période de faible circulation.
Enfin la force d’infection estimée en zone tropicale a une valeur intermédiaire par rapport
aux deux précédentes, et est significativement différente de celles-ci.
Ceci est en cohérence avec ce qui était attendu. Le travail réalisé dans cette partie
constitue une étape préliminaire, la suite de ce travail correspondra à la construction d’un
modèle dynamique, du type SIR.
56
C. Modélisation de la prévalence de l’exposition au VEJ des porcs en fonction de
données météorologiques au Nord Vietnam
1. Ajustement du modèle
La figure 13 montre l’évolution de l’effet appliqué à la variable degré-jour en fonction des
degrés-jours. Cette figure met en évidence le caractère non linéaire (courbe noire comparée
à la droite rouge) de la relation entre la séroprévalence et les degrés-jours. Ceci justifie de
l’utilisation d’un modèle additif généralisé.
Le modèle a été validé par validation croisée pour éviter le « sur-ajustement » au jeu de
données. Le modèle sélectionné présente un AUC moyen de 0,76, ce qui signifie que dans 76%
des cas le modèle attribuera une plus forte probabilité d’être séropositif à un individu
séropositif qu’à un individu séronégatif.
Figure 13 : Courbe représentant l’effet appliqué au degré-jour par le modèle en fonction du nombre de degrés-jours
graphique réalisé avec R
57
2. Utilisation du modèle
À l’aide du modèle ajusté, une simulation est réalisée permettant d’estimer la probabilité pour
un porc de s’infecter au cours de sa vie en fonction de sa date de naissance et de sa durée de
vie.
On observe que plus les porcs vivent longtemps (courbe violette par rapport à courbe rouge
par exemple), plus la probabilité de s’infecter au cours de leur vie est élevée, quelle que soit
la période de l’année où ils naissent. Cependant l’écart des probabilités se resserrent pour les
porcs qui naissent à la fin de l’hiver (février, mars, avril), par rapport à ceux qui naissent
pendant la deuxième partie de l’année (après juillet). Les porcs qui naissent à la fin de l’hiver,
deviendront réceptifs environ 80 jours après leur naissance, soit lors de la période de forte
circulation du virus, ces porcs auront de forte probabilité de s’infecter, quelle que soit leur
durée de vie. Tandis que les porcs qui naissent pendant l’été et après, sont sous protection de
leurs anticorps maternels pendant la période de forte circulation du virus, la probabilité qu’ils
s’infectent au cours de leur vie est donc très dépendante de l’âge.
Figure 14 : Prédiction de la probabilité pour un porc d’être infecté par l’EJ au Nord du Vietnam en fonction de sa date de naissance et de sa durée de vie
graphique réalisé avec R
58
3. Conclusion partielle
Ce qu’il faut retenir de la modélisation de la séroprévalence des porcs en VEJ au Nord
Vietnam :
Cette partie a eu pour objectif de construire un modèle permettant de prédire la
séroprévalence des porcs, en fonction de données météorologiques au Nord Vietnam.
On observe que parmi les porcs de 8 mois nés entre juillet et septembre, moins de 80%
auront déjà été exposés au VEJ (fig. 14). Cela signifie que plus de 20% d’entre eux n’ont
pas encore été infectés par l’EJ, et restent réceptifs à l’infection. Les porcs étant mis à la
reproduction à l’âge de 8 mois, 20% d’entre eux pourront présenter des troubles de la
reproduction dus à l’infection par le VEJ.
59
IV. DISCUSSION
A. Les résultats de l’étude au Cambodge montrent que le virus de l’EJ circule chez les poulets
et les canards. Les niveaux de séroprévalence sont globalement plus faibles que ceux observés
chez les porcs, 8,8% des oiseaux prélevés avaient été précédemment infectés. Cependant,
contrairement au porc, la durée de persistance des anticorps contre l’EJ chez les poulets et les
canards n’est pas connue, on peut imaginer que chez ces espèces, les individus s’infectent, les
anticorps persistent pendant une durée indéterminée, puis les individus redeviennent
réceptifs jusqu’à l’infection suivante. Ceci pourrait être responsable de variation dans les
niveaux de séroprévalences détectés. Bien qu’aucune différence significative n’ait pu être
mise en évidence entre les différents paysages, nos résultats ont mis en évidence une
circulation du virus dans des zones où la riziculture est absente. Ces résultats s’ajoutent à ceux
mettant en évidence la circulation du virus en zone urbaine et périurbaine (Lindahl et al., 2013)
et suggèrent que le virus de l’EJ pourrait circuler dans des zones sans rizière, où les hôtes
considérés comme réservoirs de l’EJ (le grand héron, Nycticorax nycticorax et l'égrette Egretta
intermdeia) sont absents. Le dogme existant sur l’EJ, consistant à considérer que le réservoir
de la maladie est constitué par ces deux oiseaux aquatiques, et ne reposant que sur très peu
de publications ((BUESCHER et al., 1959) dernières études de terrain, 1959), semblerait
largement simplifier la réalité. Il doit donc, non seulement, y avoir d’autres hôtes de
persistance, et notamment des espèces domestiques, pour le VEJ, mais en plus des conditions
environnementales moins restrictives qu’on ne le pense. La circulation de l’EJ ne se limite donc
pas aux zones rurales de riziculture. Ces résultats sont en faveur de la grande diversité d’hôtes
intervenant dans la propagation et la persistance du virus. Le contrôle de l’EJ semble par
conséquent très difficile à envisager, puisque nous ne sommes pas en mesure de maîtriser
tous les paramètres influençant et permettant la propagation du virus. La vaccination des
personnes à protéger reste la mesure de lutte la plus efficace pour diminuer l’incidence de la
maladie chez l’homme.
L’adaptation du virus de l’EJ a de nombreux paysages et l’implication de nombreux hôtes dans
le cycle de transmission du virus, permettent en partie d’expliquer l’accroissement de l’aire
de répartition géographique du virus, avec par exemple une circulation s’étant étendue au
Nord de l’Australie (Hurk et al., 2009). On ne s’attend pas à ce que ce phénomène s’atténue,
au contraire. Les arbovirus ont fait l’objet de réémergence ces dernières années, en
60
accroissant leur aire de répartition géographique. L’introduction et l’établissement de ces
virus dans de nouvelles zones a plusieurs causes (Gould, Higgs, 2009) :
1/ les déplacements mondiaux qu’ils aient pour objet, le commerce ou des voyages, peuvent
être responsables de l’introduction de virus dans des zones géographiques indemnes
2/ le changement climatique a un impact direct sur la répartition des vecteurs (Epstein, 2001)
3/ les déplacements migratoires des oiseaux contribuent à propager certains virus à grandes
distances.
Dans certains cas, de simples mutations du génome, peuvent faciliter l’adaptation du virus à
de nouveaux vecteurs, c’est le cas du virus Chikungunya.
Pour toutes ces raisons, on peut s’interroger, à plus long terme, sur le risque d’émergence de
l’EJ en Europe, où les vecteurs, les hôtes réservoirs et amplificateurs sont présents. La
présence d’un grand nombre de moustiques de l’espèce Culex tritaeniorhynchus a été
enregistrée entre 2008 et 2013 dans des rizières en Grèce (Lytra et al., 2014). De l’ARN du
virus de l’EJ a été détectée dans des moustiques de l’espèce Culex pipiens collectés en Italie
en 2010 et 2011 (Ravanini et al., 2012).
C. Les différences de circulation saisonnière du VEJ dans la zone d’étude peuvent avoir des
conséquences pour l’élevage porcin. En effet le modèle prédictif a mis entre autre en évidence
le fait que les porcs naissant aux mois de juillet, août et septembre ont une probabilité
inférieure à 0.8 d’avoir été infectés par le virus à l’âge de 8 mois (fig. 14). Or l’âge de 8 mois
correspond en moyenne à l’âge de maturité sexuelle (entre 5 mois et demi et 9 mois (Hurnik,
1987)), et de mise à la reproduction. Cela signifie que plus de 20% des porcs naissant entre
juillet et septembre seront susceptibles de s’infecter après l’âge de 8 mois. Leur infection par
le VEJ pourra s’accompagner de troubles de la reproduction : les truies pourront avorter et/ou
donner naissance à des mort-nés, et les verrats pourront présenter une aspermie. Du point
de vue de l’éleveur ces arguments peuvent justifier la vaccination des porcs qu’il met à la
reproduction et qui sont nés entre juillet et septembre en zone subtropicale comme au Nord
du Vietnam. Ce qui n’est pas le cas au Cambodge, puisque tous les individus devraient avoir
été infectés avant l’âge de six mois.
61
B. La comparaison des dynamiques circulatoires du VEJ en zone tropicale et subtropicale a
permis de caractériser l’incidence du virus dans les différentes zones, ou à différentes
périodes, à l’aide de calcul de force d’infection chez les porcs. L’incidence de l’EJ est
significativement plus faible en zone subtropicale pendant la saison défavorable à la
circulation du virus qu’en zone endémique. Malgré la complexité du cycle de transmission de
l’EJ, et les nombreux hôtes impliqués, la voie de transmission majoritaire est vectorielle ; or le
développement et la vitesse de développement des vecteurs dépendent de la température et
de la disponibilité en eau. D’autre part la force d’infection estimée en zone subtropicale
pendant la saison favorable à la circulation du virus est significativement plus élevée que celle
estimée en zone endémique. En zone subtropicale, le virus circulant peu pendant la saison
défavorable, peu d’individus s’infectent, donc peu sont immunisés. Lorsque les conditions
météorologiques deviennent plus favorables au développement des vecteurs et donc à la
circulation de la maladie, on observe une circulation épidémique de la maladie caractérisée
par une force d’infection très élevée, car une grande partie de la population est réceptive et
peut s’infecter rapidement. Alors qu’en zone endémique les conditions sont toujours
favorables à la circulation du virus, la population réceptive s’infecte de manière continue, tout
au long de l’année, la force d’infection y est donc relativement plus faible. Ces résultats sont
en cohérence avec nos hypothèses de départ.
Enfin, au-delà des réponses apportées dans notre étude, les données obtenues ici serviront à
l’ajustement d’un modèle de circulation de l’EJ au Cambodge, réalisé par un doctorant en
modélisation, dans le cadre des projets SEAe (Southeast Asia encephalitis) et ComAcross
(Companion Approach for Cross-sectoral collaboration in health risks management in SEA).
Généralement le facteur limitant dans la construction d’un SIR en épidémiologie est les
données de terrain. Ces données permettent l’estimation de paramètres tels que la force
d’infection, indispensable au modèle pour que les prédictions soient le plus proche de la
réalité possible.
Le modèle qui sera construit permettra d’estimer l’impact que pourront avoir les différentes
mesures de prévention qui peuvent être mises en place, sur l’incidence de l’EJ chez l’homme.
De plus comme l’EJ est une pathologie peu connue de la population au Cambodge, des
mesures de sensibilisation et de prévention devraient avoir un impact, et permettre une prise
de conscience. C’est dans ce contexte qu’un jeu de rôle sur l’EJ est en train d’être construit
par ces modélisateurs dans le but d’informer la population sur les risques liés à la maladie, et
sur les principaux facteurs de risque.
62
Finalement le modèle général permettra de mieux comprendre les mécanismes
épidémiologiques et tester des stratégies de surveillance et de contrôle. Ce modèle sera
appliqué pour l’EJ mais pourra aussi de manière plus générale être utilisés pour des maladies
vectorielles qui posent des problèmes croissants, comme le virus Zika, qui est aussi un
Flavivirus.
Les résultats de cette étude ont été contraints par certaines limites :
A. Concernant l’étude réalisée au Cambodge, l’objectif initial était de réaliser une campagne
de prélèvements de sang sur des porcs et des oiseaux domestiques, dans trois types de
paysages : zone urbaine/péri-urbaine, zone rurale rizicole, zone rurale forestière. La
réalisation de cette campagne de prélèvements chez les porcs aurait permis d’estimer des
forces d’infection par zone grâce au modèle catalytique et de les comparer. Cette campagne
n’a pas pu être réalisée sur les porcs, car le NaVRI n’a pas été en mesure d’obtenir l’accord
des agriculteurs pour pénétrer dans les fermes porcines. Le travail de terrain a dû être
simplifié, et s’est concentré sur le prélèvement de sang de volailles domestiques, afin
d’évaluer leur exposition au VEJ, et comparer différents paysages.
Les prélèvements de sang réalisés au cours de cette campagne ont été testés pour plusieurs
Flavivirus : les sérotypes 2 et 3 du virus de la Dengue, le virus Zika, le virus Langat, et le virus
de l’EJ. Le résultat du test d’IHA a été considéré positif pour l’EJ, lorsque la réaction d’IHA était
plus importante pour le VEJ que pour les autres virus testés. Le test d’IHA étant peu sensible
pour différencier des virus du même genre Flavivirus, les résultats obtenus ont très
probablement conduit à une sous-estimation de la séroprévalence en EJ chez les oiseaux
domestiques au Cambodge. En effet 29% des animaux prélevés étaient séropositifs pour au
moins un des Flavivirus testés. C’est pourquoi il peut être difficile d’interpréter les résultats
dans ces conditions. Pour obtenir des résultats plus sûrs quant à la détection d’anticorps anti-
JE, il faudra analyser les échantillons par séroneutralisation, mais ceci implique un coût
financier supplémentaire.
B. Il est également important de noter que les données utilisées pour l’étude au Vietnam sont
issues d’une campagne de prélèvements réalisée dans le cadre de l’étude de l’épidémie due
au virus influenza H1N1 chez les porcs de 2009-2010. Le protocole d’échantillonnage suivi ne
permet pas d’obtenir un jeu de données optimal pour notre étude. En effet, pour ajuster un
63
modèle catalytique de Muench, il faudrait dans chaque sous-groupe étudié, un nombre
suffisant de classes d’âge et un nombre suffisant de porcs par classe d’âge. Dans le cas de la
période de faible à moyenne circulation du virus, le jeu de données a permis d’obtenir quatre
classes d’âge. Bien que les données de la littérature nous permettent d’utiliser avec certitude
un modèle catalytique pour modéliser ces données, et que les estimations de force d’infection
soient cohérentes, ajuster un modèle catalytique sur ces données n’est pas satisfaisant, la
force d’infection estimée pour cette période est, par conséquent, peu précise. De plus la
cohorte de porcs étudiée correspond à des porcs prélevés à l’abattoir, dont l’âge est estimé
en mois. La date de naissance est déduite de la date de prélèvements et de l’âge estimé. Ceci
introduit une incertitude au niveau de la période de sensibilité considérée pour chaque porc.
A cela s’ajoute l’incertitude liée à l’âge de perte des anticorps par les porcelets, qui a aussi un
impact sur la période de susceptibilité considérée. Il existe une forte variabilité de l’âge de
perte des anticorps maternels, comme l’a montré l’étude préliminaire sur 4 cohortes de
porcelets. L’âge de perte des anticorps maternels dépendrait très probablement de la prise
colostrale par les porcelets, de la qualité du colostrum, et du délai entre l’infection de la truie
par le virus de l’EJ et la mise bas (William F. Scherer et al., 1959a).
Enfin une récente publication met en évidence la potentielle transmission directe du virus
entre individus chez les porcs, sans passage par un vecteur (Ricklin et al., 2016). Il est
important de souligner que les forces d’infection estimées dans cette partie de notre étude
ne sont pas spécifiques d’un mode de transmission, car elles ne permettent pas de différencier
les infections par éventuelle transmission directe, des infections via un vecteur.
L’utilisation du modèle catalytique suppose que la force d’infection par unité de temps,
s’applique à toute la population et soit constante à tout instant (Hens et al., 2010). Pour notre
étude la force d’infection a été supposée constante pendant la période considérée. Il est peu
probable que dans la réalité, la variation de la force d’infection sur l’année soit modélisable
par une fonction discontinue, constante par palier. Cette méthode permet de mettre en
évidence et d’illustrer des tendances dans la variation de la force d’infection, mais doit sous-
estimer les valeurs extrêmes réelles. En réalité, la force d’infection doit varier progressivement
au cours du temps, pour atteindre des valeurs maximales et minimales pendant certaines
périodes. La construction et l’ajustement d’un modèle dynamique tel qu’un modèle SIR (SIR
pour « Suscpetible », « Infectious », « Removed ») permettra d’obtenir une meilleure
64
modélisation des phénomènes observés. La force d’infection serait modélisée par une
fonction dépendant du temps t, et de la température T.
67
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72
RUGET Anne-Sophie
Etude de facteurs influençant la circulation de l’Encéphalite Japonaise au Cambodge et
au Nord du Vietnam
Thèse d’Etat de Doctorat Vétérinaire : Lyon, 10 octobre 2016
RESUME :
L’Encéphalite Japonaise (EJ) est la première cause d’épidémies d’encéphalites chez l’Homme en Asie.
Le cycle épidémiologique de cette maladie, considérée comme maladie des rizières, implique des
moustiques, des oiseaux aquatiques et des porcs. Le rôle d’autres hôtes tels que les oiseaux domestiques
reste mal connu ; l’influence de facteurs environnementaux et météorologiques est connue mais peu
ou pas quantifiée.
L’objectif de cette étude était d’une part de décrire la prévalence de l’exposition au VEJ des oiseaux
domestiques dans différents paysages du Cambodge, et d’autre part de caractériser les différences de
circulation du virus de l’EJ en zone endémique (Cambodge) et épidémique (Nord du Vietnam) et les
conséquences en termes de recommandations pour les éleveurs de porcs.
Une campagne de prélèvements de sang chez des poules et des canards a été organisée dans
trois provinces du Cambodge, pour mesurer la séroprévalence en EJ chez ces espèces, et les différences
entre paysages (modèle linéaire mixte généralisé). Les résultats de campagne de prélèvements de sang
sur des porcs au Cambodge (505 sérums) et au nord-Vietnam (643 sérums) ont permis d’estimer des
forces d’infection en zones endémique et épidémique (modèle linéaire généralisé). En zone épidémique,
des données météorologiques ont été utilisées pour ajuster un modèle prédictif de la séroprévalence des
porcs (modèle additif généralisé).
La séroprévalence moyenne des 617 poules et canards prélevés au Cambodge était de 8.8%, de plus
nous avons observé que le virus circule en zone où la riziculture est absente. Les forces d’infection des
porcs estimées ont pour valeur 0.023 jour-1 au Cambodge, 0.036 jour-1 et 0.0047 jour-1 au Nord Vietnam
en période respectivement de forte et de faible circulation du virus. Au nord Vietnam, notre modèle
prévoit que plus de 20% des porcs naissant entre juillet et septembre soient encore réceptifs à
l’EJ à l’âge de la maturité sexuelle.
Notre étude montre que les oiseaux domestiques sont exposés au VEJ. De plus, les porcs naissant entre
juillet et septembre en zone épidémique devraient être vaccinés avant d’être mis à la reproduction
pour éviter tout trouble de la reproduction dû à l’EJ.
MOTS CLES : - Encéphalite Japonaise - Climat
- Porc - Paysage
- Volailles
JURY :
Président : Monsieur le Professeur Philippe Vanhems
1er Assesseur : Monsieur le Professeur Marc Artois
2ème Assesseur : Monsieur le Professeur Michel Pepin
Membre invité : Docteur Julien Cappelle
DATE DE SOUTENANCE : 10 octobre 2016
ADRESSE DE L’AUTEUR : 8 rue du Châtaignier des Dames 78210 St Cyr