PC クラスタの作り方 ( その２ )

杉山耕一朗（北大理）2009/02/06 epnetfan

PC クラスタとは

• 複数台の PC をネットワーク接続することによって構築されるメモリ分散型の並列計算機

国立天文台 CfCA 汎用 PC システム

なぜ , PC クラスタ ?

• スパコンは性能当たりの価格が高い• 特注品よりも汎用品で

http://jun.artcompsci.org/articles/future_sc/note006.html#rdocsect5

「スーパーコンピューティングの将来」（牧野淳一郎）より抜粋

クラスタ構築プロジェクト(kodama)

• 最近立ち上げ• 機材一式を購入• 組み立て終了

• でも卒論・修論のため，一時凍結– 杉山が冬休みに遊

んでみただけ

本日のお話

• クラスタの構成のおさらい• 実際にサーバの設定や計算ノードの追加

方法を実演– kodama プロジェクトの主力である４年生た

ちに，簡単に作れそうだという実感を持ってもらう

– 教科書となる書籍は多分無い .

構成

• ログインノード– ユーザがログインして，ジョブを投入– 台数は , １ないし少数

• 計算ノード– 投入されたジョブを実際に計算する– ディスクレス– 台数はお好きなだけ (9 台 )

起動の流れ（計算ノード）• USB メモリから起動

– USB メモり内に , カーネルが存在

– ネットワークの設定– root システムは，ログ

インノードのディスクを NFSroot するよう設定

作業 1: ログインノードの構築

• Debian のインストール• 設定

– ネットワークの設定 (NIC 2 枚挿し )– 計算ノードは private IP を利用するので .

– NFS の設定

作業 2: 計算ノード用カーネルの作成

• 計算ノード用のカーネルを再構築– NFSroot– IP: kernel level autoconfiguration– NIC のドライバをカーネルに組み込む

作業 3: 計算ノードのシステムを用意

• 計算ノード用のルートシステムを用意– debootstrap --arch=amd64 lenny

/home/kodama/001– 計算ノード用のカーネルをインストール– nfs-common, sudo, ssh 等をインストール– /etc/hosts, /etc/fstab, /etc/hostname,

/etc/network/interfaces を編集

作業 4: 起動用 USB ディスクを作成

• FAT16 にフォーマットして , syslinux をインストール．– fdisk 等でパーティション作成– FAT16 でフォーマット– syslinux をインストール– カーネルを USB ディスクにコピー– syslinux 用の設定ファイルを用意

DEFAULT vmlinuz APPEND root=/dev/nfs rw nfsroot=192.168.90.100:/home/kodama/001 ¥ ip=192.168.90.1:192.168.90.100::255.255.255.0:::

実際に試してみる

構築メモを参考に

その他

• メモリテストしたら 1 枚不良があった （ 40 枚中）．

• スケジューラーの導入については , また後日 .

• MPI のインストールはこれから．• 早く DennouRuby の amd64 用の Debian

パッケージを作って > 佐々木様

参考文献

• ディスクレスクラスタ–

http://grape.mtk.nao.ac.jp/~makino/articles/diskless-note/doc/files/_/_diskless-note_cp.html

– http://blog.asial.co.jp/329– http://www.jp.debian.org/releases/stable/amd64/

ch04s03.html.ja– http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-Root-

Client.html– http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-Root.html

GCOE 観測ネットワークで ,…

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