PEMERIKSAAN PCR SARS-CoV-2

Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K)Ketua Umum Pengurus Pusat Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik (PDS PatKLIn)

Rabu, 6 Mei 2020

LANGKAH PENGERJAAN

1. Persyaratan Sarana Prasana• BSL-2

2. APD• APD Level 3

3. Pre Analitika.Pengisian formulirb.Pemilihan spesimenc. Swab/VTMd.Penyimpanan spesimene.Pengepakan & transportasi spesimen

2

4. Analitik• Open / closed system

5. Pasca Analitika.Pelaporan hasilb.Interpretasi hasil

BIOSAFETY LEVEL 2 à UNTUK PCR OPEN SYSTEM

3WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd EditionSE No. HK.02.01/MENKES/234/2020

BIOLOGICAL SAFETY CABINET II à UNTUK PCR CLOSED SYSTEM

4

Minimal untuk PCR closed system

BSC IIA

WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd Edition

APD LEVEL 3 LANGKAH PEMASANGAN APD:

1. Mengganti baju dengan baju kerja2. Menggunakan pelindung sepatu (shoe

cover)3. Memakai sarung tangan dalam4. Mengenakan jubah (gown) lengan panjang

dan sekali pakai yang terbuat dari kainyang telah teruji ketahanannya.

5. Memakai respirator partikulat seperti N95sertifikasi NIOSH, EU FFP2 atau setara.Ketika mengenakan respirator partikulatdisposable, periksa selalu kerapatannya (fittest)

6. Memakai pelindung mata (yaitu kacamatagoogle)

7. Menggunakan headcap (pelindung kepala),bila diperlukan menggunakan face shield

8. Memakai sarung tangan luar, diusahakanmenutupi lengan gaun

5Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19. Standar APD untuk Penanganan Covid-19 di Indonesia

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

6

7

PREANALITIK

8

VIRUS TRANSPOR MEDIA (VTM) ATAU UNIVERSAL TRANSPOR MEDIA (UTM)

9

1. Dapat digunakan dengan beberapa merkkomersil yang sudah siap pakai ataudengan mencampur beberapa bahan(Hanks BBS; antifungal dan antibiotikdengan komposisi tertentu) untuk disatukandalam 1 wadah steril

2. Simpan dalam suhu -20o C. Dalam kondisibeku, VTM berwarna kuning

3. Jika akan digunakan, dicairkan terlebihdahulu

4. Hindari beku cair berulang (freeze-thaw),yang menyebabkan VTM rusak

Catatan:Perhatikan suhu penyimpanan VTM yang benar(sesuai jenis VTM yang digunakan)Beberapa VTM harus disimpan pada suhu 2 -30ºC, atau -20ºC

Swab yang digunakan:Dakron atau flocked swab, viscous, rayon

TIDAK BOLEH:Calcium alginat, swab kapas dengan tangkai kayu PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PEMILIHAN JENIS SPESIMEN

10

1 https://jamanetwork.com/on 04/01/2020

2Tan et al, 2020. https://doi.org/ 10.1101/2020.03.24.20042382

Sensitivitas swab nasofaring 63 – 94%

TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

11

1. Pastikan tidak ada obstruksi (hambatanpada lubang hidung).

2. Masukkan secara perlahan swab ke dalamhidung, pastikan posisi swab pada septumbawah hidung, secara perlahan-lahan kebagian nasofaring.

3. Swab kemudian dilakukan gerak memutarsecara perlahan. Dengan swab yg sama,lakukan tindakan yang sama pada lubanghidung yang lain, sehingga diperolehspesimen swab nasopharyng dari ke dualubang hidung

Lakukan swab padalokasi yang didugaterdapat koplikspot/bercak koplik(biasanya belakangfaring) dan hindarkanmenyentuh bagianlidah

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

a) Pasien berkumur terlebih dahuludengan air, kemudian pasiendiminta mengeluarkan dahaknyadengan cara batuk yang dalam.

b) Sputum ditampung pada wadahsteril yang anti bocor.

Catatan: Tidak disarankanpengambilan sampel sputum dengancara induksi karena dapatmenimbulkan risiko infeksi tambahanbagi petugas kesehatan

Swab Orofaring SputumSwab Nasofaring

TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

12

1. Kemudian masukkan sesegera mungkin kedalam cryotube yang berisi VTM

2. Putuskan tangkai plastik di daerah mulutcryotube agar cryotube dapat ditutupdengan rapat.

1. Pastikan label kode spesimen sesuai dengankode yang ada di formulir/Kuesioner.

2. Cryotube kemudian dililit parafilm danmasukkan ke dalam Plastik Klip. Jika ada lebihdari 1 pasien, maka Plastik Klipdibedakan/terpisah. Untuk menghindarikontaminasi silang.

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PENYIMPANAN SPESIMEN

1. Untuk pemeriksaan metode TCM:­ Disimpan pada suhu ruang (15-30⁰C) spesimen stabil hingga 8 jam­ Disimpan pada lemari es (2-8⁰C) spesimen stabil hingga 7 hari

2. Untuk pemeriksaan metode PCR:­ Disimpan dalam suhu 2-8oC dan segera dikirimkan ke laboratorium

rujukan (dengan menggunakan ice pack).­ Disimpan pada freezer ≤ -70⁰C, maka spesimen harus dikirimkan

menggunakan dry ice.

13PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PENGEPAKAN SPESIMEN

14

a) Dilakukan tatalaksana sebagai UN3373,"Substansi Biologis, Kategori B", ketika akandiangkut/ditransportasikan dengan tujuandiagnostik atau investigasi.

b) Semua spesimen harus dikemas untuk mencegahkerusakan dan tumpahan, dengan menggunakantiga lapis (Three Layer Pacakging) sesuai denganpedoman dari WHO dan International AirTransport Association (IATA).

CARA PENGEPAKAN SPESIMEN:a) Masukkan cryotube berisi

spesimen ke dalam plastik klipper spesimen. Jika menggunakanpot maka setiap pot dapat diisibeberapa cryotube

b) Demikian juga untuk swab, harusdikirim dalam plastik klip secaraterpisah (per pasien/spesimen)

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

PENGEPAKAN SPESIMEN

15

c) Seluruh spesimen dimasukkan ke dalam cool boxberisi ice pack yang terlebih dahulu dibekukan.Suhu pengiriman dijaga 2-8° C

d) Ice packs sebaiknya ditempatkan pada sisi kirikanan (ditambahkan juga bagian atas bawah jikamemungkinkan).

e) Harus dapat dipastikan bahwa spesimen terjagakondisi suhunya tetap dingin saat diterima dilaboratorium pemeriksa

f) Jangan lupa masukkan juga formulir kuisioner yangtelah diisi dan diberi label kedalam cool boxdengan terlebih dahulu dimasukkan dalam wadahplastik

g) Ke dalam cool box juga bisa dimasukkan kertaspengganjal (bisa berupa kertas koran yangdiremas remas), kemudian ditutup

h) Tutup cool box dengan selotip dan beri label padasisi kanan dan atau kiri cool box, yang ditujukan kelaboratorium pemeriksa

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

WAKTU PENGAMBILAN SPESIMEN

16

Kasus Waktu pengambilan Laboratorium pemeriksa

PDPHari ke-1 dan hari ke-2 serta bila

ada perburukan Sesuai Lampiran 19 Pedoman Pencegahan dan Pengendalian Coronavirus

Disease (COVID-19) Kemenkes revisi 04

ODPHari ke-1 dan hari ke-2 serta bila

ada perburukan

OTGHari ke-1 dan hari ke-14 serta bila

ada perburukan

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2.

ANALITIK

17

OPEN SYSTEM CLOSED SYSTEM

ü Ekstraksi manual à hati-hatiaerosol à perlu BSL-2

ü Pengerjaan menggunakan BSC 2Adalam ruangan bertekanan negatif/ Biological Safety Level 2

ü Pemilihan alat PCR harusmenyesuaikan reagen yangdigunakan

ü Ekstraksi otomatis atau ekstraksi didalam cartridge (contoh: TCMGeneXpert) tetap memerlukanBSC2A dalam menuangkan sampel

ü Sesuaikan dengan jumlahpemeriksaan, misal: Abbot M2000kemampuan efektif sekali running:22; 46; 72; 94

18

TARGET GEN RT-PCR SARS-COV-2

Nama Alat Target Gene

CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel 1 N1, N2

Xpert® Xpress SARS-CoV-22 E dan N2

Abbott RealTime SARS-CoV-23 RdRP dan N

STANDARD M nCoV Real-Time Detection kit4 Orf1ab (RdRp) dan E

QIAstat-Dx® Respiratory SARS-CoV25 Orf1b poly gen (RdRp) dan E

Cobas SARS-CoV-26 Orf1a/b dan E 19

Target gen yang digunakan beberapa negara

Target gen alat PCR komersial

PASCA ANALITIK

20

INTERPRETASI DAN PELAPORAN

21

N2 E SPCInterpretasi hasil

Pelaporan Tindak lanjut

+ + ±SARS-CoV-2 terdeteksi

SARS-CoV-2positif

Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

+ - ±SARS-CoV-2 terdeteksi

SARS-CoV-2positif

Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

- + ±Presumptive positive

SARS-CoV-2Hasil belum dapat

disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang

telah ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI dengan menggunakan metode RTPCR dengan target gen spesifik (N1, N2,

ORF 1 ab, RdRp)

- - +SARS-CoV-2 tidak

terdeteksiSARS-CoV-2

negatifBukan SARS-CoV-2

- - - Hasil invalid Invalid Diulang menggunakan spesimen baru

Interpretasi dan pelaporan TCM

2019 nCoV-

N1

2019 nCoV-N2

RnP Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut

+ + ±SARS-CoV-2 terdeteksi

SARS-CoV-2 positif

Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

Hanya 1 yang positif

±Hasil belum dapat

disimpulkan

Hasil belum dapat

disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang

telah ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI dengan menggunakan metode RTPCR dengan target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)

- - +SARS-CoV-2

tidak terdeteksiSARS-CoV-2

negatifBukan SARS-CoV-2

- - - Hasil invalid InvalidUlangi ekstraksi RNA dan RTPCR, bila hasil masih invalid, disarankan untuk

meminta spesimen yang baru dari pasien

22

Interpretasi dan pelaporan PCR 1

23

Interpretasi dan pelaporan PCR 2RdRp

ORF 1 a/b/ab

E Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut

+ + +SARS-CoV-2 terdeteksi

SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

+ +SARS-CoV-2 terdeteksi

SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

+ +SARS-CoV-2 terdeteksi

SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes

- +Presumptive (inconclusive)

Hasil belum dapat disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah

ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI dengan menggunakan metode RTPCR dengan target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)

- +Presumptive (inconclusive)

Hasil belum dapat disimpulkan

Spesimen perlu diperiksa ulang di Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah

ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI dengan menggunakan metode RTPCR dengan target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)

- - -SARS-CoV-2 tidak

terdeteksiSARS-CoV-2

negatifBukan SARS-CoV-2

CONTOH PELAPORAN PCR COVID-19

Nama pasien : Umur :Alamat pasien : Telepon :Dokter pengirim : No. registrasi :Instansi pengirim : Waktu registrasi:

JENIS PEMERIKSAAN HASIL NILAI NORMALPCR SARS-CoV-2 Negatif

*CN (Cycle Number) atau CT (Cycle Threshold) value dapat digunakan untuk pemantauanpenderita di ruangan yang dilakukan PCR serial (setara dengan viral load)

24

TAKE HOME MESSAGE

25

Wajib menggunakan APD Level 3

BSL-2 bertekanan negatif atau BSC2A tergantung jenis PCR (open/closed system) yang digunakan termasuk jenis ekstraksi (manual/otomatis)

Perhatikan preanalitik, analitik dan pasca analitik (interpretasi hasil)

TANGGAL PANDUAN

7 Maret 2020 Manajemen Spesimen Dan Diagnosis Laboratorium KasusSuspek 2019-nCoV

7 Maret 2020 Pencegahan Dan Pengendalian Infeksi Pada Suspek Infeksi2019-nCoV

19 Maret 2020 Press Release Kewaspadaan Tes Cepat (Rapid Test) COVID-19 Igm/Igg Berbasis Serologi

21 Maret 2020 Alur Pemeriksaan Rapid Test Sars-Cov-2 (COVID-19) Usulan PDS Patklin

25 Maret 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Rapid Test Antibody Sars-cov-2 Metode Imunokromatografi

20 April 2020 Daftar Rapid Test Serologi COVID-19 Yang SudahTerdaftar di FDA Negara

21 April 2020 Revisi Panduan Pemeriksaan Rapid Test Antibodi MetodeImunokromatografi

22 April 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler(TCM) dan Polymerase Chain Reaction (PCR) SARS-CoV-2 26

Berbagai Panduan COVID-19 oleh PDS PatKLIn

27

1. Email : infokompdspatklin2019@gmail.com2. Facebook : infokompdspatklin2019@gmail.com3. Website : www.pdspatklin.or.id4. Youtube : PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik5. Instagram : DOKTER PATOLOGI KLINIK6. Twitter : www.twitter.com/patologi_klinik

28

TERIMA KASIH