Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer

Yanara Astudillo SilvaGenómica y proteómica

Curso 2011: 2012

Introducción

Perfil de expresión génica:

Expresión génica: Proceso por el cual la inf. almacenada en DNA es traducida a proteínas.

Perfil de expresión génica: medida de expresión de varios genes en una célula en un momento dado

TécnicasGen reportero Northern blot Western blot La hibridación fluorescente in situ SAGE

TECNICA DESCRIPCIÓN

VENTAJA DESVENTAJA

MICROARRAYS

• Superficie• Hibridación probe- target • Fluorescencia• Análisis de imagen

• Diseño personalizado• Ensayos simultáneos• Alta capacidad

• Inversión• Incompatibilidad•Artefactos

qRT-PCR • Fluoróforos• cDNA

ARN- tejido en parafina

desarrollo y la validación de sondas, limitaciones en número de genes que se puede ensayar

RNA- SEC clonación cDNA (RNA inf.)

Detecta mutacionesVariantes spliceFusion genes, cambion nivel exp

Caro y consume mucho tiempo

AplicacionesEstudio expresión de genes (sanos/enfermos,

salvajes/mutantes, tratados/no tratados…)Clasificación de enfermedadesIdentificación de genes característicos en una

patologíaPredicción de respuestas a un tratamientoDetección de mutaciones y polimorfismos de

un único gen (SNP)

Diagnóstico/ pronóstico CáncerPulmón, hígado, mama, próstata, leucemia,

etc.Clasificación subtiposDiagnósticoPronosticar

Medir respuesta tratamientoSupervivencia paciente

Buscar nuevos targets

Cáncer de pulmónProducido por:

Proliferación incontrolada célulasCausa:

TabacoExp- carcinógenosGenéticoExp. MineralesEtc…

Tipos:Células no pequeñas

Carcinoma células escamosas   Adenocarcinomas  Carcinoma de células grandes,  carcinoma adenoescamoso carcinoma no diferenciado.

Células pequeñas

967 muestras (x3)420 analizados1995-2008 30 mi RNA’s Purificación RNATratamiento heparinaTranscripción reversaAmplificaciónPCR cuantitativa

Resultados

No hay correlación entre plasma y suero

No hubo diferencias en plasma

Suero plasma

99 casos adenocarcinoma58 casos células escamosasNo hay diferencias de expresión entre los dos

tiposComparación controles:

Adenocarcinoma miR- 146b: reducidoCélulas escamosas: miR-221, mir-let- 7a:

reducidos

Materiales y métodos:

• Materiales y métodos:

– Análisis Microarray:– Agilent: array de baja densidad de

todo el genoma 44k –Hibridización: pool 65 muestras

Resultados

72 genes Verde: baja

regulaciónRojo: alta regulación

72 genes Verde: baja

regulaciónRojo: alta regulación

Bibliografia Bhattacharjee, A. et al. Classification of human lung carcinomas by mRNA expression

profiling reveals distinct adenocarcinoma subclasses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13790–13795 (2001).

Paul Roepman, Jacek Jassem, Egbert F. Smit, et al. An Immune Response Enriched 72-Gene Prognostic Profile for Early-Stage Non -Small-Cell Lung Cancer, Clin Cancer Res 2009.

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Heegaard NH, Schetter AJ, Welsh JA, Yoneda M, Bowman ED, Harris CC (2011) Circulating microRNA expression profiles in early stage non-small cell lung cancer. Int J Cancer