PiPeline Pilot 8.5 の新機能 - Scientific Informatics …accelrys.co.jp/resource-center/datasheets/Pipeline-Pilot/...Optimizerを強化(8.5) • サンプル・プロトコルの大部分が更新され、より明解なレポー

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DAT

ASH

EET

1

クライアントの更新点

Professional Client: Protocol Comparison (8.5 CU1)

Professional Client で、2 つのプロトコルや、同じ

プロトコルの2つのバージョンを比較できるよう

になりました。プロトコルを変更したり拡張したり

する際に、このプロトコル比較機能を使用して、

どの変更を有効にし、どの変更を元に戻すかを

決定できます。また、プロトコルの作成を再開

する際に、これまでの変更箇所を確認し、重要

な部分に焦点を絞って開発を続行できます。

さらに、プロトコルのコピーを複数のPipeline Pilot

サーバーに展開している場合には、この機能を

使ってコピー間の相違点を確認できます。

Professional Client: その他の更新点 (8.5)

「お気に入り」を表示するバー、サーバー・ステー

タス・バー、ヒント表示の改善により、頻繁に使用

するコンポーネントへのアクセスがさらに簡単に

なり、ユーザー・エクスペリエンスが向上してい

ます。

Web Port: デザインと操作性に関する更新点 (8.5)

Web Portのインタ-フェースが変更され、デザイン

が洗練されると共に、目的の機能をより簡単に

見つけられるようになりました。

PiPeline Pilot 8.5の新機能

注記: このドキュメントは、 Pipeline Pilot 8.5 (2011年6月リリース)およびPipeline Pilot 8.5 Collection Update 1(2011 年12月リリース)について記述しています。

アクセルリスのエンタープライズR&DプラットフォームPipeline Pilotは、科学研究のプロセスを標準化

し、作業の重複を減らし、生産性を高め、組織全体での一貫したベストプラクティスの実践を支援し

ます。Pipeline Pilotにより、次のことを実現できます。

• 科学的なワークフローを構築

• プロセスや手順を自動で文書化

• 研究者が化学的なワークフローを視覚的にプログラミングできるグラフィカルツールを提供

• データ処理のベストプラクティスを自動化して組織全体に展開

• 組織横断的に専門家の手法と知識を活用

この最新リリースは、各コンポーネントの科学関連機能をアップデートしているだけでなく、パフォー

マンスの向上、セキュリティの強化、使いやすさと開発機能など、企業のIT要件にも応えるものと

なっています。

データシート: pipeline pilot 8.5の新機能

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各コレクションの更新点

Analytical instrumentation Collection

• ブルカーのRAWファイル、パナリティカルのXRDMLファイル、

リガクのASCファイルの読み取り機能を強化(8.5)

• スペクトル可視化機能を改善(8.5)

Cheminformatics Collection

LMQSコンポーネントおよびDatabase Search Webクライアントの

機能を含む各種機能を強化

lMQS コンポーネント

クエリーを設計する手法を改善し、Query Capability を編集する

ための新しいプロトコルを導入(8.5)

Chemistry Collection

多くの新機能や機能強化が提供されています。中でも注目す

べきは、アクセルリスのオンライン・コンテンツやさまざまなパブ

リック・ドメイン・リソースとの統合機能です。更新点には以下が

含まれます。

• Database Content コンポーネント群: DiscoveryGate Web

サービスをはじめとする化学系Webサービスで公開されて

いるコンテンツ情報へのアクセスを提供(8.5)

• 化学反応のフィンガープリント計算:学習や類似性検索を

支援(8.5)

• NEMA キーおよび MDL 2D キーの計算: 構造の重複排除と

フィンガープリントの活用を支援(8.5)

• CambridgeSoftのCDXMLファイル形式およびシュレーディン

ガーのMaestroファイル形式のサポート(8.5)

• SMARTSフォーマットへ分子クエリーの記述をサポート (8.5)

• フォームおよびレポートで使用できる、JDraw Sketcher を統合

した新しいコンポーネント(8.5)

• 構造のチェックおよび正規化用の新しいコンポーネント群

(8.5)

• カスタムのCheshireスクリプトを実行するための新しいコンポ

ーネント(8.5)

Data ModelingおよびAdvanced Data Modeling Collection

• すべての学習用機能と、Advanced Modeling Collection の

Pareto Subset Optimizer および Pareto Combinatorial

Optimizerを強化(8.5)

• サンプル・プロトコルの大部分が更新され、より明解なレポー

トを生成可能に(8.5)

• SAS XPT Writerを改善(8.5 CU1)

Gene Expression Collection

RベースおよびBioConductorベースのコンポーネントとサンプル

がアップグレードされ、R 2.12とBioConductor 2.7に対応 (8.5)

Documents and Text Collection

(旧Text Analytics CollectionおよびChemMining Collection)

Text Analytics CollectionとChemMining Collectionsが統合され

Documents and Text Collectionとなりました。このコレクション

では、いくつかの重要な機能強化が行われています。特に、

化学名-化学構造変換システムのOpenEyeがコレクションに

加わった点は注目です。これによってChemMiningコンポー

ネントをより簡単に使用できるようになります。化学名-化学

構造変換システムのライセンスを別途取得する必要はあり

ません。更新点には以下が含まれます。

• SharePointドキュメント検索用の新しいコンポーネント群 (8.5)

• Web Site Crawling用の新しいコンポーネント群 (8.5)

• 言語の特定、翻訳、修正用の新しいBingベース・コンポーネ

ント群(8.5)



• 特殊文字をテキスト・プロパティに挿入するための新しい

Inserts Special Charactersコンポーネント (8.5)

• テキストの大文字・小文字の調整に使用できる Set Text Case

コンポーネント (8.5)

• Accelrys Direct カートリッジと連携する ChemMining コンポー

ネント群が更新され、最新バージョンのDirectに対応(8.5 CU1)

• 化学名-化学構造変換システムOpenEye Nameをコレクション

の一部として導入(8.5 CU1)

• 新しい詳細なサンプル・プロトコル(Webサイトのクロール、

ドキュメントの統合型構造検索、PubMedを使用したドキュ

メント分析など)(8.5 CU1)

• レポートのタグを視覚化する、新しいTag Cloudコンポーネント

(8.5 CU1)

• HTMLドキュメントの表からその内容を抽出する、新しい

Extract Table Data from HTMLコンポーネント(8.5 CU1)

imagingおよびAdvanced imaging Collection

これらのコレクションでは、以下のような機能強化が行われ

ました。

• ツリー状の構造を持つニューロンや血管のセグメンテー

ションを可能にする、新しいツリー・セグメンテーション・コンポ

ーネント群(8.5)

• カラー画像を上に重ねたり、レポート内の複数枚から成る

画像をスクロール表示したりできる新しい視覚化コンポー

ネント(8.5)

• BigImage Explorer などの各種コンポーネントで、操作性と

パフォーマンスが向上(8.5)

• Imaging Collectionで、BigImage、学習機能、その他新機能

の理解に役立つサンプル・プロトコルを追加(8.5)

• カラー画像を複数の単色画像に分解するカラー・デコンボ

リューションをサポートした新しいコンポーネントとサンプル・

プロトコルが提供されます。H&E 染色により染色された組織

などの組織学的画像では、セグメンテーション・コンポーネン

トや学習コンポーネントへの入力としてこの分解された画像

を使用すると便利です(8.5 CU1)

• 線または領域の境界におけるすべてのピクセルの曲率を

計算して画像の曲率を検出する新しいコンポーネントとサ

ンプル・プロトコルが提供されます。各地点の出力画像は、

入力画像の対応するピクセルの曲率値を保持しています。

このコンポーネントは結晶検出、材料科学、生命科学といっ

た、さまざまな分野のアプリケーションで非常に役立ちます

(8.5 CU1)



Mass Spec Proteomics Collection

• RベースおよびBioConductorベースのコンポーネントとサン

プルがすべてアップグレードされ、R 2.12およびBioConductor

2.7に対応 (8.5)

• SILAC実験のデータ分析方法を示す新しいサンプル・プロ

トコル(8.5)

Materials Studio Collection

• 粉末回折のパターンと構造解析の問題に対処するための

新しいコンポーネント群(8.5)

• 結晶および表面の構築および特性計算のコンポーネントで、

結晶構造/表面構造間の変換機能と、2次元周期境界条件を

適用した構造の汎用的な処理機能を改善(8.5)

• 新しいサンプル・プロトコルを追加(8.5)

next Generation Sequencing Collection

• このコレクションと連携して使用する各種サードパーティ製

ツールにおける多数の更新または機能強化(8.5, 8.5 CU1)

• 新しいサードパーティ製ビューアの追加: Integrative Genomics

Viewer (IGV)、Circos、Tabletコンポーネントなど(8.5, 8.5 CU1)

• マッピング・コンポーネントに、再開機能を追加(8.5)

• 塩基配列読み取り用の Velvet Assembler コンポーネントを

追加(8.5)

• BreakDancerを使って構造的多型を検出する、新しいDetect

Structural Variationコンポーネント (8.5)

• さまざまな側面でパフォーマンスが向上: リポジトリベースの

複数のコンポーネントが、メモリ内の1つのrepository.xmlを

共有するようになりました。これにより多数のエンティティを

持つリポジトリのパフォーマンスが大幅に向上します。たとえ

ば、数千規模の連続データが存在する場合のAdd Features to

Repository コンポーネントと Region Generator コンポーネント

のパフォーマンスが改善されます。さらに計算の深度が

8000xを超えるようになります。また、FASTQ Splitter コンポー

ネントとFASTQ Splitter for Parallel Processingコンポーネント

が追加されました。これらのコンポーネントは、計算ノードクラ

スターを使用する際、マップされていないデータ・ファイルの

負荷分散に役立ちます(8.5 CU1)

• NGSSharedTempDirコンポーネ

ントの強化: すべてのサーバー

からアクセスする必要がある

ファイルを格納するためのグロ

ーバル・ディレクトリを導入して

います。このコンポーネントは

読み取りの前処理に特に役立

ちます(8.5 CU1)

• リポジトリのエンタープライズ

対応をサポートする、多数の強化機能:既存の参照配列、

マッピング・インデックス、マッピングされた読み取り処理を

使用するための Use Existing Files コンポーネントが追加され

たほか、featureファイルを使用したリポジトリの作成・修正が

可能になりました。さらに、リポジトリのXMLファイルがリポジ

トリ・ディレクトリ内のファイルに相対パスを使うようになった

ため、リポジトリ・ディレクトリの移動が簡単になりました。

また、参照配列の最初の表示名が内部参照IDとして使用さ

れるようになったので、サードパーティ製のプログラムから

リポジトリのファイルを直接使用できます。 Add Reference

Sequence Alias を使用すると、ユーザーが既存の参照名を指

定して表示IDを変更できます。このコンポーネントでは、参照

エイリアスの重複は例外とならず許可されるようになりました

(8.5 CU1)

• 受信した配列データ・レコードに付加されたfeature情報を、

任意でリポジトリに追加可能(8.5 CU1)

• EBI SRA FASTQ Files、UCSC Cytobands、Karyotype Charts with

Featuresのダウンロード・コンポーネントを追加(8.5 CU1)

• FastQCにより生成された品質管理レポートの結果をFASTQ、

SAM、BAMの各ファイル形式での読み取り用に表示する

新しいView QC Report for Reads (FastQC)コンポ

ーネント(8.5 CU1)

• List GFF Feature Filesを導入(8.5 CU1)

• RNAのfeatureセットとCDSのfeatureセットを使用

して入力位置を決定する、新しいLocate Position

in Gene Structureコンポーネント (8.5 CU1)

• プロトコル・サンプルをより使いやすく再編:新し

いプロトコル・サンプルでは、ChIP-Seq、アセン

ブリ、可視化、Cytoband、ウイルス密度解析、dbSNPおよび

OMIMとリンクしたSNPの使用、鎖特異的配列などの分野の



多数の機能を紹介しています。また、サードパーティ製の新

しいNGSソフトウェア・ツールのリストに関するサンプル・プロト

コルでは、このコレクションで使用されるサードパーティ製

ツールのバージョン番号、リリース日などを示した一覧表が

提供されます(8.5, 8.5 CU1)

Plate Data Analytics Collection

• 内部コンポーネントの Dose Response Fit が強化され、さらに

多くのシグモイド・モデルをサポート(8.5)

• 非線形フィットアルゴリズムが強化され、異常値への対応を

向上(8.5)

• フィットの適合性を評価する新しい指標の採用(8.5)

• Plate Layout Stats Viewerの強化: ヒートマップおよびマルチプ

レートを無効化するオプションや、プレートをビューアに読み

込むコントロールを追加(8.5)

Polymer Properties Collection

• Polymer Properties (Synthia)コンポーネント群を導入(8.5)

R Statistics Collection

• 新しいR Robust Dose Response Fitにより、データ内の異常値

の存在に強いIteratively Reweighted Least Squares(IRLS)アル

ゴリズムを使用した用量反応曲線の適用が可能に(8.5)

• Rバージョン2.12.2をサポート。Rバージョン2.3.1はサポートを

終了(8.5)

Reporting Collection

• 箱ひげ図グラフを作成する新しいBox Plotコンポーネント(8.5)

• 分類別ヒストグラムを作成する新しいHistogram (Categorical)

コンポーネント(8.5)

• Canvasツールに追加された、閉じた多角形を作成する

Polygonプロトタイプ・コンポーネント(8.5 CU1)

Sequence Analysis Collection

• 各種サードパーティ製ツールと関連コンポーネントを更新(8.5)

• 配列ロゴを作成する新しいビューアを追加(8.5 CU1)

• NCBIによるOMIMの移行に伴い、Entrez EFetch OMIMのサポ

ートを終了(8.5 CU1)

• GFF Writerでは、GFF仕様で指定されている「#gff-version 3」

の行を追加(8.5 CU1)


6http://accelrys.co.jp © 2011 すべてのブランドまたは製品名は各所有者の商標です。

アクセルリス株式会社　〒100-0013 東京都千代田区霞が関3-7-1 霞が関東急ビル Tel: 03-5532-3800

Generic Components Collection

以下のような新しいコンポーネントが追加されています。

• 変換: Data from XML、Data to XML、Data to JSON (8.5)

• ファイルの読み取り: JSON Reader、XML to Data (8.5)

• ファイルの書き込み: Data to XML、Data to JSON、JSON

Writer (8.5)

• データ操作: Merge All Data (8.5)

• 基本的な数学的演算・統計処理のコンポーネント群を更新

(8.5)

• JMP Custom Script、 JMP Viewer、 Design Factorial

Experiment、 Design Mixture Experiment、 Design Optimal

Experiment 向けの新しいプロトタイプ (8.5)

PiPeline Pilot SeRveRの更新点

• Windows統合認証(WIA)(「シングル・サイン・オン」とも呼ばれ

る)がKerberosおよびNT LAN Manager (NTLM)経由でサポー

トされるようになり、Web Portや他のカスタマー・クライアント・

アプリケーションがエンドユーザーにとっていっそう使いやす

くなりました(8.5)

• 管理ポータルのレポート・タブに、Pipeline Pilotのクライアント

およびコレクションの使用状況概要を示す使用状況レポート

ページが表示されるようになりました。このレポートは、

Pipeline Pilotの価値を証明し、必要なライセンス数を決定する

のに役立ちます(8.5)

• 生物学系アプリケーションで特に重要とされるプラット

フォーム SUSE 11(64ビット版)をサポート(8.5)

• グリッドおよびクラスターの展開: Pipeline Pilot と Discovery Studio

で、クラスター展開におけるNFSへの依存性が緩和された

結果、信頼性が向上し、構成が容易になりました(8.5)

• 新しいApache用の診断ツールにより、問題発生時の原因

究明が簡単にできるようになりました(8.5)

開発者ツールの更新点

クライアントサイドの統合とSDK

• .NET クライアント SDK と JavaScript クライアント SDK で、

Windows 統合認証(WIA)によるログインをサポート(8.5)

サーバーサイドの統合とSDK

C#やVB.NETなどの.NETプログラミング言語でのコンポーネント

開発に対応した以下のツールを提供(8.5の全バージョン):

• .NETベースのコンポーネント

– NET (サーバー)

– Dynamic .NET (サーバー)

– Dynamic C# (サーバー)

– Dynamic VB.NET (サーバー)

• 各種サンプル

• .NET コンポーネント API リファレンス

• .NET 開発者向けガイド

Webサービスでの公開とクライアント・アクセス

• Pipeline PilotプロトコルをWebサービスとして統合するための

標準的なWebサービス機能のサポートを強化: 複雑なデータ

タイプへの対応、遅延の縮減、ブロッキング・モードでのジョ

ブの起動など(Java および.NETクライアント向け) (8.5)

• 新しい SOAPコネクター・コンポーネントにより、複雑な

document/literal型メッセージを使用したリモートのSOAP

ベースWebサービスへのアクセスを実現(8.5)

Pipeline Pilotに関する詳細については、次のURLを参照して

下さい。

http://accelrys.co.jp/products/pipeline-pilot