7/24/2019 Problema de Bioinformtica

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Problema de Bioinformtica.

INTRODUCCINLa bioinformtica es un rea de investigacin que aprovechaherramientas informticas para trabajar con informacin biolgicacomo secuencias de ADN. Con la ayuda de computadoras y bases dedatos se puede e!traer mucha informacin a partir de una secuenciade ADN" determinar si dicha secuencia codi#ca una prote$na o es unasecuencia regulatoria si contiene sitios de corte por en%imas derestriccin si incluye una regin con &N's qu( tanta identidad tienecon secuencias similares de ADN etc.

)n el siguiente ejercicio vamos a usar herramientas

bioinformticas y bases de datos del Centro Nacional de *nformacinen +iotecnolog$a de los ), -NC+* por sus siglas en ingl(s. Con ayudade este centro vamos a encontrar la secuencia completa del gen

/A&0123 a partir de las secuencias de los oligonucletidos queempleamos para ampli#car una regin del mismo.Los oligonucletidos que usamos son"4or5ard" 678CC//C9////C//99/9AA/////999A/9/A9/9AA9A99C998271everse" 6:8A99//99C//99///9CAA/CA/C82:

Uso de BLAST,na de las herramientas ms ;tiles que podemos encontrar en lapgina del NC+* -http"

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ega+last. )spera algunos minutos hasta que apare%ca la pgina deresultados.

Despu(s de buscar la secuencia de los oligonucletidos dentro de lasmillones de secuencias que hay en las bases de datos +LA&/ nos

devolver muchos resultados.)n primer lugar hay un resumen gr#co con l$neas de distintoscolores. Fu( crees que representan dichas l$neasE Fu( indica sucolorE ueve el puntero del mouse lentamente sobre las l$neas. Fu(informacin aparece en la barra que se encuentra inmediatamentesobre la gr#caEDespu(s del resumen gr#co encontrars una lista de secuencias quepresentaron coincidencias signi#cativas con tu b;squeda. )sta listacontiene una descripcin de la secuencia similar con valores queindican qu( tan similares son dichas secuencias a la que buscaste.Leyendo la descripcin de las secuencias 'uedes deducir lasecuencia de qu( gen es similar a la de los oligonucletidosEAdems del nombre del gen se indica la especie de los organismos alos que pertenece dicha secuencia. Fu( organismos son los queaparecen primero en la listaE &i no los puedes identi#car por sunombre cient$#co has una b;squeda en internet.'on especial atencin en la columna @*dent@. )sta columna muestra elporcentaje de identidad entre la secuencia que escribimos y la que seencontr en la base de datos. Fu( animales tienen un >GGH deidentidadE Cul es el primer organismo en tener menos de >GGH deidentidadE

)n esta tabla se incluyen gran cantidad de organismos consecuencias que tengan identidad mayor al IGH. &elecciona algunos ala%ar y con su nombre cient$#co has una b;squeda de imgenes eninternet. Jiendo las imgenes de estos animales puedes deducir aqu( orden pertenecenE&abemos que los oligonucletidos fueron diseKados para detectar ungen humano. Cmo e!plicas la similitud de la secuencia con el ordende mam$feros que detectasteE&e dice que la biolog$a molecular brinda las pruebas ms recientes dela /eor$a de la )volucin. Cmo usar$as los resultados queencontraste en este ejercicio para apoyar o refutar esta teor$aE

&igue avan%ando en la pgina para encontrar la tercera parte delreporte" los alineamientos de las secuencias. )stos alineamientosmuestran e!actamente qu( parte de nuestra secuencia es id(ntica ala secuencia similar. Jers un par de secuencias unidas por l$neas.,na de ellas se llama @Fuery@ que representa a la secuencia queintrodujimos en el blast y la otra se llama @&bjct@ que representa a lasecuencia en la base de datos que tiene homolog$a con el query -)ncuanto a la comparacin de secuencias Fu( signi#ca @homolog$a@ yqu( @identidad@E. Los n;meros que anquean a esta secuenciarepresentan en qu( posicin del gen e!iste coincidencias connuestros oligonucletidos.Cmo puedes usar esos n;meros para predecir el tamaKo delamplicnE

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+usca el parmetro @&trand@. ,na parte de la identidad debe estarmarcada como @'lusHumanoMLTLTRIRTVSYEVRSTFLFISVLEFAVGFLTNAFVFLVNFWDVVKRQALSNSDC

VLLCLSISRLFLHGLLFLSAIQLTHFQKLSEPLNHSYQAIIMLWMIANQANLWLA

ACLSLLYCSKLIRFSHTFLICLASWVSRKISQMLLGIILCSCICTVLCVWCFFSRP

HFTVTTVLFMNNNTRLNWQIKDLNLFYSFLFCYLWSVPPFLLFLVSSGMLTVSL

GRHMRTMKVYTRNSRDPSLEAHIKALKSLVSFFCFFVISSCVAFISVPLLILWRD

KIGVMVCVGIMAACPSGHAAVLISGNAKLRRAVMTILLWAQSSLKVRADHKAD

SRTLC

Copia en el mismo archivo la secuencia de la prote$na proveniente deal menos otros organismos separando con enter cada secuencia.

ONo cierres este archivo todav$aP)!isten diversas herramientas gratuitas en l$nea para compararsecuencias. )n este ejemplo vamos a usar una llamada @ClustalBmega@ desarrollada por el *nstituto de +ioinformtica )uropeo.)ntra a la pgina https"

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llamada @'hylogenetic /ree@ para que veas una representacin gr#cade las similitudes entre las secuencias. Fu( secuencia se parece msa la del humanoE Cul es la menos parecidaE Coincide con lo queesperar$as de acuerdo a tus conocimientos previos sobre evolucinhumanaE

1epite este ejercicio pero usando ahora las secuencias de nucletidos.&e recomienda hacer las comparaciones con la herramienta ,&CL)que puede encontrarse en https"