Upload
lamnga
View
242
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
PROTEOMIKOS ĮVADAS
Prof. Vida MildažienėVytauto Didžiojo Universitetas, Gamtos mokslų
fakultetoAplinkos tyrimų
centrasKauno Medicinos universiteto
Kardiologijos Institutas
1994
m.
Markas Vilkinsas
(Marc Wilkins) pasiūlė
terminą:
Proteoma – tam tikro organizmo (ląstelės) sintetinamų baltymųvisuma tam tikru laiko momentu.
Proteomika – visų genomo koduojamų baltymų struktūros ir funkcijos nustatymas
Tai viso organizmo baltymų rinkinio analizė. Jos metu nustatoma baltymų ekspresija – jos kitimas organizmui vystantis ir sąveikaujant su aplinka. Proteomika tiria savitus ląstelės arba organizmo genųraiškos kitimus baltymų lygmenyje.
Atliekama ne tik baltymų kokybinė ir kiekybinė analizė. Nustatoma ir jų vieta ląstelėje, modifikacijos, sąveikos bei funkcijos
PROTEUSProteus – senovės graikų dievas, žinojęs apie praeitį, dabartį ir ateitį, tačiau vengdavęs apie tai kalbėti.Pagautas jis lengvai ištrūkdavo, nes galėjo įgauti bet kokį pavidalą. Tokštamą atsakymą gaudavo tik sugebantys jį išlaikyti.
Dėl gebėjimo virsti kuo tik norėjo, Proteus tapo pirmapradės medžiagos, iš kurios mes visi sudaryti, simboliu
Laimėjimai nustatant žemesniųjų
organizmų
ir žmogaus genomą: 1970- bakteriofago, 1981 –
mtDNR, 1995 - nustatyta visas bakterijos Haemophilus influenzae (1.8 mln bp) genomas;1998 - 100Mb Caenorhabditis elegansgenomo seka; 1999 – visa žmogaus 22 chromosomos nukleotidųseka;2000 – beveik visas žmogaus genomas;Tobulėja technologijos –D. melanogaster genomas sekvenuotas per 6 savaites
Proteomika
yra genomikos
dalis
Time:
“Dicovering
the holy grail of biology”
Richard Dawkins:
“The biological equivalent to the 1969 Apollo Space Mission”
Michael Dexter, Director of the WellcomeTrust:“Medical landmark that will eclipse other great scientific discoveries of the past”Sanger Centre, Cambridge:
“Discovering the code of codes, the book of life and of humankind”.
2001 m. vasario mėn
paskelbta Pogenominė
Era –Bang! Ir
mokslas pereina į
naują
etapą, kurio tikslas yra išaiškinti
visas genomo funkcijas
DNR sekos nustatymas nereiškia ,kad išaiškintas jos veikimas
FAKTAI:
Mažiau kaip 1,2 % genomo koduoja baltymus;
Tik pusės nustatytų genų funkcija yra žinoma; apie 40% nustatytų genomo sekų koduoja nežinomos funkcijos ar ne visai nustatytos funkcijos baltymus
<30% žmogaus genomo transkribuojama, t.y., nuskaitomos tarpgeninės sritys (miRNR);
97-98% žmogaus genomo transkriptų sudaro baltymų nekoduojanti RNR (ncRNA)
Individualių žmonių DNR skiriasi tik 0.2%, arba 1 iš500 bazių;
98% žmogaus DNR sutampa su šimpanzės DNR.
‘Gyvenimo knyga' parašyta mums dar neįskaitoma kalba, tarsi senoviniais hieroglifais
Dogma apie genų
skaičiaus atitikimą organizmo sudėtingumo laipsniui -
paneigta
Viroidai – 0-1 genaiRNR virusai – 1-25 genai;T4 virusas – 200 genų;Mycoplasma genitalium – 350 genų;E. Coli bakterija – 4000 genų;Mielės – 6000 genų;Vaisinė muselė – 13000 genų;Nematoda – 18000 genų;Bitės – 15000 genųArabidopsis – 26000 genų;Žmogus – 26000 genų;Pelė – 25000 genų;Ryžiai – 45000 genų
Aukštesniųjų
eukariotų
baltymus koduojančių
genų
skaičius
(20,000 -30,000) panašus į C.elegans and D.melanogaster (apie 20,000).
Tam tikrų
augalų
ir tam tikrų
vienaląsčių
protistų
genomas didesnis už
žmogaus.
Pogenominės eros iššūkiai
Žinių apie visus organizmo genus nekanka suprasti kas lemia fenotipą...
Nustatyti raidžių
tvarką: tik pradžios pabaiga.Genomika
yra >>> nei genomo sekos išaiškinimas;
genomo realizavimui suprasti būtina proteomika
iRNR
“profilis”
tiesiogiai nesutampa su baltymų
“profiliu”
Esamos tyrimų
technologijos ir DNR savybės (pvz., stabilumas)
lėmė
tai, kad DNR buvo
“žemiau kabantis vaisius”
Molekulinės biologijos tyrimai visada buvo daugiau orientuoti į genus, tik vėliau buvo domimasi jų koduojamais baltymais.
DNR yra stabili molekulė, sudaryta iš 4 nukleotidų. Erdvinė molekulės konformacija (dviguba spiralė) ir funkcijos pobūdis nepriklauso nuo nukleotidų sekos. Istoriškai baltymų tyrimai apsiribojo vienos rūšies baltymo analize (baltymų chemija) ir savybių tyrimu. Padėtis pasikeitė, pradėjus taikyti daug efektyvesnius DNR ir baltymųvisuminio tyrimo metodus. 2002 m. chemijos mokslų Nobelio premija skirta J.B. Fenn (JAV) ir K. Tanaka (Japonija) už biologinių molekulių MS analizės metodo patobulinimus, įgalinančius atlikti baltymų tyrimus Didžiajai daugumai ląstelės vyksmų tiesiogiai svarbūs ne genai, o jų koduojami baltymai. Siekiant suprasti ląstelės vyksmus, būtina gauti informaciją apie joje esančių baltymų visumą: baltymųstruktūrą, funkcijas ir jų sąveiką.
Genomas
realizuojamas
per proteomą:
centrinė
molekulinės biologijos
dogma
DNR
– genetinė
informacija Replikacija
RNR
–
instrukcijos
baltymams
Transkripcija
Transliacija
Baltymai
–
gyvos ląstelės struktūra ir funkcija
Organizmas turi vieną
genomą, tačiau daug proteomų
Organizmo baltymų skaičius gali būti keliomis eilėmis didesnis negu genų. Tai paaiškinama alternatyviu sukirpimu ir posttransliacinėmismodifikacijomis, kurių žinoma virš 200 atmainų.Baltymai sudaryti iš >20 monomerų. Kiekvieno baltymo erdvinė struktūra (biologinės funkcijos pobūdis) yra unikali. Jie nestabilūs.Proteoma labai dinamiška. Ji sąveikauja genomu ir kinta priklausomai nuo organizmo vystymosi, aplinkos poveikio ir ligų. Kiekvienas kūno organas turi kitą proteomą.Vienas baltymas - daug funkcijų (“moonlightning”): skirtingos funkcijosdalijasi vienu genu. Būdingi struktūros motyvai ir domenai sudaro baltymų grupavimo įšeimas pagrindą.
Organizmo
sudėtingumą
lemia ne genomo DNR kiekis ir ne jo koduojamų
baltymų
kiekis –
jį
lemia nepaprastas baltymų
pasaulio sudėtingumas.
Alternatyvus sukirpimasmikro-RNR
Daugybinės sąveikosDaugiafunkciai
baltymai
RNRi
konformacinė
baltymų įvairovė
Daugybinis savitumas
Veikia multimeriniaikompleksai
Proteomikos
tikslas
yra išaiškinti baltymų
visumos veikimo principus: baltymų
raišką
(kiek kokių
baltymų
yra tam tikroje ląstelėje), jų
funkcijos valdymo principus, sąveiką, nutaikymą, veikimo vietas, įtaką
medžiagų
apykaitai ir struktūrai, fenotipui; proteomos
pokyčių
prasmę
Dvi proteomikos
strategijos: I. Visuminis baltymų
raiškos apibūdinimas -
-
2DE/MS
II. Visuminis baltymų
funkcijų
apibūdinimas Proteomics
represents
an
exploration
of
the
great
unknown
ProteomikosProteomikos
tyrimtyrimųų
tipaitipaiStruktūrinė Proteomika - 2D ir 3D baltymų struktūra
rentgeno spindulių kristalografijaNMR spektroskopija
Raiškos proteomika - visuminės baltymų raiškos nustatymas, įvertintant jos pakitimus vystymosi, aplinkos poveikio ir susirgimų metu – svarbu diagnostikai, prognostikai ir vaistams kurti.
Baltymų sekos nustatymas ir identifikavimasBaltymų kiekio įvertinimas
Elektroforezė, IEF, RP-HPLC, baltymų gardelėsMasių spektrometrija
Funkcinė proteomika arba Cell mappingBaltymų modifikacijos, vieta ląstelėje, sąveikos, etc.
Masių spektrometrija,elektroforezė, mielių dihibridinėsistema, baltymų (ligandų) gardelės, mutagenezė, In silico (bioinformatika)
iRNR
lygis nėra lygus ekspresuojamo
baltymo lygiuiNeatspindi funkcionalaus baltymo prigimties
Genomo seka iRNR Baltymas Funkcionalus
baltymas
Transkripcijos valdymas
Transliacijos valdymas
Potransliacinis valdymas
Funkcinė
proteomikaStruktūrinė
proteomikaRaiškos proteomika
RaiRaišškos kos proteomikaproteomika
ProteomikosProteomikos
tyrimtyrimųų
technologijostechnologijos
Lyginami du mėginiai – kontrolinis ir tiriamasis
Bioinformatikos
poreikis
Top-Downproteomika: iš
viršaus žemyn
Bottom-up Iš
apačios į
viršų
proteomika
Ląstelių
lizėTūkstančių
peptidų
mišinystripsinas
2-D LC-
MS/MS RPLC-
MS/MS LC-IMS-
MS/MS
LC
m/z
LC
m/z
drift
Duomenų
bazių
paieška
-
MS/MS rezultatų
lyginimas su peptidų
sekomis
SCX steps
Baltymų
gausa ląstelėse labai nevienoda
Negausių
baltymų
kiekybinio nustatymo problema
Baltymų
funkcijos –
apie 40% nustatytų
genomo sekų koduoja nežinomos funkcijos ar nevisai nustatytos funkcijos
baltymus
...
Cheminė funkcija (fermentams);Biocheminė funkcija (substratas-produktas; ligandas-signalas);Ląstelinė funkcija (kokiuose keliuose veikia, kuriose ląstelės erdvės skyriuose, su kuo sąveikauja baltymas kaip sąveikų tinklo dalis);Fenotipinė funkcija (kokius požymius lemia)
Daugiadarbiai
baltymai
Paneigta dogma vienas genas-vienas baltymas-viena funkcija
Current Opinion in Structural Biology 2004, 14:663-668
Fosfogliukozės izomerazė:Ląstelės viduje: katalizuoja
2a
glikolizės
reakcijąLąstelės išorėje: 1.neuroleukinas
(brandina
B ląsteles, gemalo nugaros neuronų
išlikimo veiksnys; 2. autokrininis
judėjimo
veiksnys; 3. Brandina žmogaus mielomos
leukemijos ląsteles.
Karbinolamino
dehidrogenazė:kepenų
fenilalanino apykaitos fermentasRegul
PutA:Fermentas prolino
dehidrogenazė, esant daug Pro; DNR jungiantis baltymas, esant mažai Pro
Neurofilinas:Ląstelės paviršiaus receptoriusEndotelio ląstelėse jungia kraujagyslių
augimo veiksnį
ir signalus naujoms kraujo ląstelėmsNervų
aksonuose
yra
semaforino
III ligandas, padeda nukreipti aksomus
“Moonlighting”: skirtingoms funkcijoms panaudojamos kitos molekulės dalys;“Promiscuity”: tuo pačiu AC atliekamos skirtingos funkcijos (> nefiziologinis)
Kaip aiškinti vieno geno mutacijos lemiamų
ligų
mechanizmus? Kurios iš
daugiadarbio
baltymo funkcijų svarbios kuriems požymiams?
Kam baltymai tokie dideli?
7 iš
10 glikolizės fermentų
–daugiadarbiai
Gliceraldehido-3-fosfato dehidrogenazė:
Rūgštinė fosfatazėEsterazėADP-ribozilinimasMikrovamzdelius jungiantis baltymasBaltymų kinazėUracil-DNR glikozilazėt-RNR-jungiantis baltymasAmiloidinį baltymą Amy c-jungiantis baltymas
Ceruloplazminas:Plazmos feroksidazė (geležies homeostazė);Askorbato oksidazė;Vario pernaša ir saugojimas;Organinių substratų skaidymas;Antioksidacinė apsauga;Prooksidacinis aktyvumas;NO oksidacija (nitrozotioluapykaita).
Akies lęšiuko kristalinai:α – šaperonasδ – arginino-sukcinato liazėε – laktato dehidrogenazėβ – aldehido dehidrogenazėλ – hidroksiacil KoA dehidrogenazėμ – ornitino ciklodeaminazėρ – NADPH-chinono reduktazėτ – enolazėσ – GSH-S-transferazė
Baltymų
disulfidizomerazė:Prolil hidroksilazės subvienetasTiroksiną jungiantis baltymasPeptidus jungiantis baltymasOligosachariltransferazėssubvienetasTriglicerolius pernešančio baltymo subvienetasTioredoksino aktyvumas
Citochromas
c
–
mitochondrijų kvėpavimo grandinės
elektronų
nešiklis;
–
apoptozės
signalo tarpininkas
Konformacinė
baltymų įvairovė: nepriklausomai nuo ligando
jungimo, galima
daugiau kaip viena baltymo konformacija
Kraštutinė
konformacijų įvairovė
būdinga betvarkiams baltymams IUPs
-
Intrinsically
Unstructured
Proteins
IUP įgauna įvairias konformacijas, priklausomai nuo baltymų, su kuriais sąveikauja;IUP susilanksto jungimosi su partneriais metu (apjungtas jungimasis ir lankstymasis).
Nors IUP nėra didelis, jungimosi paviršius didelis, nes IUP jungiasi ištemptos formos.Žinoma >100 IUPsų – jie svarbūs genų raiškai, signalo perdavimui ir šaperonų veiklai. Tarp jų nėra fermentų.
~10% baltymų yra visiški IUPsai.
~40% eukariotų baltymų turi bent vieną ilgą (>50 am.r.) bestruktūręsritį.
http://iupred.enzim.hu/
Kaip tas pats IUPsas
gali turėti priešingą
poveikį
partnerio aktyvumui?geltona spalva –
nesujungtas partneris, žalia –
aktyvintas partneris, raudona –
nuslopintas partneris.(a)
–
IUPs
gali jungtis, būdamas dviejų
skirtingų
konformacijų;(b)
-
IUPs
veikia kaip šaperonas, sukelia parterio konformacijos
pusiausvyros (akt/inakt) pasikeitimą;
(c)
IUPs
jungia du partnerius tos pačios srities alternatyviomis konformacijos
formomis
Baltymų
posttransliacinės
modifikacijos
PTM nustatymo problemosMažas santykinis modifikuotų baltymų kiekis, lyginant su nemodifikuotais;Būtina išskirti visus modifikaciją turinčius peptidus, nes galimos ne vienos vietos modifikacijos;PTM yra laikinos ir grįžtamos, todėl būtina inaktyvinti jas šalinančius fermentus; PTM nėra stabilios, jų gali nelikti tyrimo metu.
Baltymų
sąveikos: egzistuoja skirtingos to paties baltymo būsenos
Organelių proteomikaMembranųproteomika
Fluorescuojančiųžymių vaizdinimas
Baltymų
vietos ląstelėje nustatymas
Skirtingų
mielių
baltymų, sulietų
su GFP, vietos
ląstelėje vaizdinimas Cooper, Haussman
“The
Cell”
2007Taip nustatyta >4000 mieliųbaltymų
(75 proc.) vieta
Baltymų
sąveika
Drosophilamelanogaster2346 baltymų
sąveikos tinklas
Proteomikos
šakosBaltymų skirstymas. Baltymų kokybinis nustatymas.Baltymų kiekybinis nustatymas.Baltymų sekos nustatymas. Susijęs su bioinformatika, funkcijos prognozavimu, evoliucinių ryšių įvertinimu.Baltymų erdvinės struktūros nustatymas (struktūrinė proteomika).Baltymų funkcijų tyrimas:Interaktomika (baltymų sąveikos nustatymas ir prognozavimas).Baltymų modifikacijos tyrimai (fosfoproteomika ir glikoproteomika). Ląstelės proteomika – baltymų vietos ląstelėje nustatymas. Eksperimentinė bioinformatika (Mathias Mann) – eksperimentinių ir bioinformatikos metodų derinys.
~omikos
ir jų
santykis
LEGOMIKA