Línea: Bioinformática

Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

• La investigación en biología produce grandes cantidades de información disponible.

• La única forma de analizar esta información es mediante el uso de computadoras y software: Surge la Bioinformática

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Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

• Objetivo: Implementar soluciones informáticas que faciliten la predicción de la función molecular.

Objetivo informático Problema científico

Generar un administrador automatizado de datos de microarreglos de ADN

Dimensionar el transcriptoma y su uso en el estudio de redes de regulación

Generar una base de datos y servidor accesible por Internet de datos de proteínas polimórficas

Identificación y función de proteínas polimórficas

Generar un servidor automático para la predicción de la estructura tridimensional de las proteínas

Predicción de la estructura tridimensional de proteínas

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• Metas científicas-Establecer redes de relaciones genéticas a partir de datos de microarreglos de ADN.

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• Metas científicas-Predecir mutaciones que resulten en proteínas disfuncionales en el humano a través de la predicción de la estructura 3D de las proteínas.

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• Metas técnicas

- Construcción de un grid de computo científico (IIMAS, DGSCA, CCG, IBT, IFC)

- Implementar el grid para la predicción de la estructura de proteínas.

-Desarrollo y diseño de hardware (FPGA) y software necesarios para resolver problemas de cómputo intensivo derivados de este proyecto.

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• Impacto

- Contribuir al desarrollo de una Red Mexicana de trabajo en BioinformáticaRMB

-Habilitar a los investigadores del área biológica y afines, con herramientas originales para la predicción de la función molecular.

- La complejidad del proyecto permite la vinculación con los expertos en áreas afines (computo intensivo, minería de datos, desarrollo de software)

-Formación de recursos humanos en el área (taller en la Fac. de Ciencias).

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• Logros

- Creación del primer grid científico Universitario

-Impartición de dos tópicos selectos para el postgrado (análisis de datos de microarreglos e Introducción a la bioinformática);- Simposio Bioinformática y Medicina en el IMSS (Guadalajara, 2006);-Organización del curso Internacional en Biología de Sistemas (Pátzcuaro, 2006).

-Desarrollo de software original para la predicción de la estructura de proteínas NIM-Desarrollo de software original para el análisis de datos de microarreglos GenArise, NEXXUS

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• Productos entregables

- Evaluación de modelos de la estructura tridimensional de las proteínas 2006 Software- Análisis de la estructura y función de proteínas 2006 Software- Introducción a la bioinformática 2006 Curso- Predicción de la ausencia de la estructura globular en proteínas 2006 Software- Evaluación de modelos de la estructura tridimensional de las proteínas 2006 Articulo- Análisis de la estructura y función de proteínas 2006 Articulo- Análisis de datos de microarreglos de ADN: un enfoque integral 2005 Curso- Análisis de datos de microarreglos de ADN: un enfoque integral 2006 Articulo- Taller en Bioinformática para la predicción de la función molecular 2006 Curso- Servidor automático para el análisis de datos de microarreglos de ADN 2007 Software- Servidor automático para la predicción de la estructura de proteínas 2007 Software- Base de datos de microarreglos de ADN universitaria 2007 Software- Bioinformática y medicina 2006 Seminario- Estudio bioinformático de los polimorfismos humanos 2007 Software- Estudio bioinformático de los polimorfismos humanos 2007 Articulo- Estudio bioinformático de los polimorfismos humanos 2007 Tesis

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• Integrantes

IFC IBT

Dr. Jorge Ramírez Salcedo Dr. Alejandro Garciarubio GranadosBiol. Gerardo Coello Coutiño Dr. Enrique Merino PérezDra. Lina Riego Ruiz Dr. Lorenzo Segovia ForcellaDr. Gabriel del Rió Guerra Dr. Fco. Xavier Soberón MaineroDra. Alicia González Manjarrez Dr. Ernesto Pérez Rueda

Dra. Rosa Gutiérrez Ríos