Réunion de préparation de la réponse à l'AAP · Paris Necker Caractérisation de l’anormalité ... Biologie moléculaire, clonage . Expression génique (qPCR, EMSA, ChiP…)

Réunion de préparation de la réponse à l'AAP

"Hétérogénéité fonctionnelle des relations cellulaires des tumeurs dans leur écosystème"

Jeudi 5 novembre 2015 – Lille

François TROTTEIN, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille/Equipe 12

Influenza A virus Streptococcus pneumoniae

Role of innate immune cells in host defense and pathogenesis

IL-4

TCR

iNKT cell CD1d

IFN-γ

IL-17

Innate and acquired immunity

Natural Killer T cells and γδ T lymphocytes

* Recognize non-peptide antigens (narrow spectrum) * Rapid activation

Role in anti-tumor immunity NKTOPT (2013-2016) GTcancer (2014-2017)

α-galactosylceramide

OH

OH

O O

OH O

OH OH

OH HN Clinical trials (cancer)

Macho et al (2014). J. Immunol Faveeuw et al (2014). Cancer. Res

Anti-tumor CTL response

α-GalCer

DC CD8α DC

Optimal iNKT cell activation

Pre-clinical systems Humans

PLGA-based nanoparticles

α-GalCer + tumor Ag

Targeting to the «good» Ag presenting cells ?




David TULASNE, Institut de Biologie de Lille

MET

Gefitinib

EGFR Résistance

Modèles cellulaires Résistance + ↗ motilité et invasion

Mécanismes de résistance aux anti-EGFR dans le cancer du poumon

Résistances -Nouvelles mutations de l’EGFR -Activation d’autres RTK -Activation des voies de signalisation

Modèles animaux Progression métastatique ?

Bio-banque Résistance CHRU Lille Conséquences des résistances chez les patients ?

Analyse globale des voies de signalisations

Signalisation

EGFR

Les résistances résident dans l’hétérogénéité tumorale

Patient présentant une mutation activatrice de l’EGFR

Fluidigm C1 Single-Cell

-Isolation des cellules

-extraction et amplification de l’ADN génomique

Séquençage haut-débit Full-exome sur cellule unique

Hétérogénéité à l’échelle cellulaire des mutations

potentiellement impliquées dans les résistances

Dissociation




Samuel Valable, Caen UMR 6301 ISTCT, imagerie et stratégies thérapeutiques des

pathologies cérébrales et tumorales Equipe CERVOxy, Hypoxie, physiopathologies cérébrovasculaire

et tumorale, Dir. M. Bernaudin

Equipe CERVOxy, UMR 6301 ISTCT

Jordan B and Sonveaux, 2012

Physiopathologie Letourneur et al., 2015

Leblond M et al., 2015

Thérapies

Pérès EA et al., 2015

Bordji K et al., 2014 Calipel A, Lux et al., 2015

Quittet MS et al., 2015

Imagerie

Collet S et al., 2015

Corroyer-Dulmont A et al., 2015

Corroyer-Dulmont A et al., 2015

Temps tardifTemps précoce

Contrôle

TMZ+Bevacizumab

AngiogenèseInflammation….

Cellules tumorales

HYPOXIE(HIF-1,2)

Equipe CERVOxy, UMR 6301 ISTCT Imagerie Modèles

Moléculaires: siRNA/ sh RNA (EPO/B3T…) Cellulaires: MØ, CSM Thérapies conventionnelles : Rayons X, CT Hadronthérapie

In vitro: cultures cellulaires / cultures organotypiques Normoxie / hypoxie In vivo: Rongeurs (rats, souris) - GBM orthotopiques (primaires, récidive) Primate (marmousets) -Tissu cérébral sain

IRM: CBV, StO2, DTI… TEP: FDG, FMISO, FLT Biphotonique

Stratégies thérapeutiques

ONCOModels ICORE CURB

Plat

efor

mes

http://www.google.fr/url?url=http://soleilentete.canalblog.com/archives/2006/11/08/3106011.html&rct=j&frm=1&q=&esrc=s&sa=U&ei=-EY6Vej0BIjXaq7ZgIgB&ved=0CDIQ9QEwDg&usg=AFQjCNF87YV0dLLjoqx6RqHx8QKhaNBpCA

Post-doctoral fellows A Letourneur A Kaczmarczyk PhD students A Corroyer-Dulmont A Gerault MS Quittet C Orczyk B Menard M Leblond A Chakhoyan Master 2 C Valentin C Anfray J Loret

Researchers M Bernaudin *, DR, CNRS S Valable *, CR, CNRS N Colloc’h *, CR CNRS ET MacKenzie *, DR, CNRS Lecturers and clinical researchers JM Derlon *, PU-PH, CHU Caen JS Guillamo *, PU-PH, CHU Caen E Lechapt-Zalcman *, PU-PH, CHU Caen F Mouriaux *, PU-PH, CHU Caen E Petit *, Pr, UCBN S Roussel *, MCF, UCBN O Touzani *, Pr, UCBN

Engineers D Divoux, IE CNRS J Toutain, IE CNRS K Bordji *, IR CNRS L Chazalviel, AI CNRS L Durand, IE CDD CNRS Administrators F Couteau, TCS CNRS C Loslier, TCN CNRS

Equipe CERVOxy, UMR 6301 ISTCT




Fabien VANDEN ABEELE, Inserm U1003, Lille

*Dubois & Vanden Abeele et al., Cancer Cell. 2014; **Dubois et al., En révision dans Cancer Cell.

Redefining the Ca2+-Apoptosis Link Reveals Mitochondria as a Crucial Determinant of Autophagy-mediated Chemosensitivity**Charlotte Dubois, Artem Kondratskyi, Gabriel Bidaux, Gilbert Lepage, Robert-Allain Toillon, Dominique Tierny, Jean-Louis Bonnal, Guido Kroemer, Natalia Prevarskaya and Fabien Vanden Abeele.

Principaux Résultats:• MPTP opening driven by [Ca2+]m overload is not sufficient to induce cell death in cancer cells• Apoptosis mediated by [Ca2+]m overload requires inhibition of autophagy• Inhibition of autophagy allows mitochondrial fission, depolarization and Cyt C release• Combined [Ca2+]m overload and autophagy inhibition is crucial for chemosensitivity

Patent deposit (SATT Nord Valorisation) Number 1000275443: “Utilisation conjointe de ASP-8ADT et d’un inhibiteur de l’autophagie dans le traitement du cancer”

Perturbations de l’homéostasie Ca2+: rôle dans la progression tumorale et la résistance aux traitements

Principaux Résultats:• Disrupted dynamic equilibrium of ORAI channels determines cancer cell phenotype• Microenvironment perturbations induce ORAI1/3 association and Ca2+ entry remodeling• ORAI1/3 heteromers promote proliferation by arachidonic acid-mediated Ca2+ entry• The ORAI3 oncogenic switch represents a therapeutic target in prostate cancer

*

Microenvironnement tumoral et Perturbations de l’homéostasie Ca2+: rôle dans la progression tumorale

et la résistance aux traitements

CompétencesEtude in vitro & in vivo (xénogreffes) ; Modèle « ex-vivo » d’étude du cancer à partir de biopsie humaine; Imagerie Calcique; Imagerie Confocale; Imagerie petit animal…

Projet :

1. Evaluation préclinique dans des modèles in vivo de cancers spontanés chez l’animal du potentielthérapeutique d’un stress calcique associé à une inhibition de l'autophagie pour diminuer les résistancesaux chimiothérapies: Rôle du microenvironnement?Collaborations: Pr Michel Salzet & Clinique OCR (OncoLille).

2. Exploration du rôle du système immunitaire dans l’efficacité du potentiel thérapeutique du stresscalciqueCollaborations: SIRIC SOCRATE (Pr L Zitvogel) & Pr. M Salzet et le Pr. I Fournier (Laboratoire PRISM; OncoLille).

Fabien VANDEN ABEELE, CR1, Inserm U1003Laboratory of Excellence, Ion Channels Science and Therapeutics

Equipe labellisée par la Ligue Nationale Contre le Cancer, SIRIC ONCOLilleUniversité des Sciences et Technologies de Lille (USTL), Villeneuve d’Ascq, 59656 France

m/z 798.538

Molecular Classification: Gliomic

114797 140689

11903 102894

35447 19868

83707 56982

55561 142143851 39856

47579

Necrosis

Tumor

MS Imaging

Histology

Evaluate MS Imaging Classification… …vs Histology/IHC – MRI- genomic data

PRC Gliomic CHRU Lille

Unsupervised Molecular classification of 26 biopsies patients grade III-IV glioma

Drone MacrophagesImmunotherapy: Can Macrophages be reactivated in Tumors ?

MSI Images

Duhamel et al. Mol. Cell. Proteomics 14(1) Nov 2015 3D spheroids co-culture

Primary Human glioma & human microglial Cell Lines

Financial support OncoLille M. Duhamel PhD funding

• Organelle proteomics afterCD36 TLR4/TLR6 activation

by Taxol of PC1/3 KO macrophages

• Enhancement of Tumorinhibitors and pro-

inflammatory cytokines secretions

Anti-tumor effect of TLR3 agonist supplemented with PC1/3 drug inhibitor




Vincent SENEZ, IEMN-CNRS/BioMEMS

10 permanents (CNRS & Lille1)

Expertise en microfluidique et microbiocapteur

Accès à la plateforme de microfabrication (1600m2) + et de biomicrofluidique de l’IEMN

Développement d’outils analytiques intégrés pouranalyse ‘in-vitro’ de système biologique complexe

Groupe BioMEMS

Techniques microfluidiques continue et digitale

Couplage microfluidique, photonique etmicroélectronique

Etude de l’adhésion / (trans)-migration cellulaire

Culture long terme d’explants et de co-cultures

Bio-fonctionnalisation localisée par impression jetd’encre

Compétences en micro-système

Réunion de préparation de la réponse à l'AAP "Hétérogénéité fonctionnelle des relations

cellulaires des tumeurs dans leur écosystème" Jeudi 5 novembre 2015 – Lille

Nicolas Wicker, UFR maths Lille 1/probas-stats

Détection de zones d'activations de gènes

Comparaison de graphes/hypergraphes

Graphes et analyse de données




Michael SALSON, Equipe CRIStAL, Université de Lille 1 et INRIA Lille

Hétérogénéité clonale V(D)J, NGS et VidjilSIRIC OncoLille, Axe 2 “Dormance tumorale et maladie résiduelle”, Bruno Quesnel

But : explorer, par séquençage haut-débit, la diversité despopulations de lymphocytes pour améliorer le suivi V D J

HématologieCHRU Lille, INSERM U-837

BioinformatiqueCRIStAL (CNRS, U. Lille), Inria

Plateforme génomiqueLille 2, IR-174, IRCL

Logiciel Vidjil▶ algorithme ultra-rapide et fiable de détection de

réarrangements V(D)J sur données NGS▶ utilisation en routine au diagnostic : plus fiable et plus rapide

Utilisation de Vidjil en onco-hématologie

Paris NeckerCaractérisation de l’anormalité



PragueNouveau critère de stratification

Kotrova et al, Blood, 2015



PragueNouveau critère de stratification

BristolMise en place du suivi au Royaume-Uni

Pitié-SalpêtrièreHétérogénéité clonale


"Hétérogénéité fonctionnelle des relations

cellulaires des tumeurs dans leur écosystème" Jeudi 5 novembre 2015 – Lille

Catherine BAUGE et Karim BOUMEDIENE, Equipe BioConnect, EA4652 MILPAT, Caen

L’EQUIPE

7 chercheurs, enseignants-chercheurs Karim BOUMEDIENE (PhD)

Catherine BAUGE (PhD)

2 techniciens Marion BERTHELOT Quentin BRUEY

Sylvain LECLERCQ, PhD, MD Anne DOMPMARTIN, PhD, MD

Hervé BENATEAU, MD Céline BAZILLE, MD Alexis VEYSSIERE, MD

3 étudiants en thèse + 1 post-doc

EXPERTISES

Culture cellulaire (cellules

primaires, hypoxie, 3D)

Biologie cellulaire Extinction génique

Recherche biologique: in vitro et in silico

Essai préclinique /clinique

Modèles « animal »: in vivo

Biochimie (Elisa, Western-Blot)

Biologie moléculaire, clonage Expression génique (qPCR,

EMSA, ChiP…)

Séquençage génomique Transcriptomique (microarrays)

Bioinformatique

Greffe de tumeurs Souris KO Modèles animaux de maladies Irradiations

HUMAIN

CARTILAGE TRANSCRIPTION

PHYSIOPATHOLOGIE

PHENOTYPE

BIOTECHNONOLOGIE

MORT CELLULAIRE

THERAPIE

MODELE IMPLANTATION

POLYMORPHISME

ADHESION CELLULAIRE

TUMEUR

FACTEUR DE TRANSCRIPTION

CYTOKINE FACTEURS DE CROISSANCE

HYPOXIE

BIOMATERIAUX

PROLIFERATION CELLULAIRE

OS

PEAU GENE

BIOINFORMATIQUE

GENETIQUE

CHONDROCYTE

CELLULES SOUCHES

TENDON

ANIMAL

HYPERTROPHIE RESISTANCE AUX TRAITEMENTS

HISTONE METHYLATION

ADN COLLAGENE

SIGNALISATION

METABOLISME

PROTEINE

ARNm

REGULATION

APOPTOSE

HADRONTHERAPIE

RADIOTHERAPIE

ARTHROSE CHONDROSARCOME

INGENIERIE TISSULAIRE

REPARATION CELLULAIRE

EPIGENETIQUE

MECANISME

MOLECULAIRE

CANCER

ARTICULATION

Equipe BioConnecT - EA4652 MILPAT – Université de Caen Normandie http://bioconnect.unicaen.fr/

BioConnecT

Biology of connective and cutaneous tissues

http://bioconnect.unicaen.fr/

LES AXES DE RECHERCHE

• Etude de la réponse des chondrosarcomes aux agents endommageant l’ADN

• Etude des mécanismes de résistance des chondrosarcomes à la radio- et à lachimio-thérapie Rôle de l’hypoxie et du microenvironnement dans la résistance aux

traitements des chondrosarcomes Apport de la génétique moléculaire pour l’étude des mécanismes de

résistance aux traitements et de l’hétérogénéité des tumeurs

• Apport de l’hadronthérapie par ions carbone pour le traitement deschondrosarcomes

• Thérapie épigénétique et traitement du chondrosarcome

• Réparation tissulaire après des séquelles liées aux traitements

BioConnecT


BioConnecT


http://bioconnect.unicaen.fr/

QUELQUES REFERENCES

Programmes de recherche

• Programme emergent “CAEn” (Region Basse-Normandie : 2014-2016;Cancéropole Nord-Ouest : 2012-2013)

• Fédération Hospitalo-Universitaire FHU “SURFACE” (2015-2020)

• PHRC “Exorhum” (2014 – 2020)

• ANR “EpiCart” (2015-2019)

• FP6 “Genostem”

Publications majeures

• Manna et al. Nature Commun 2015 Sep 2;6:8152.

• Baugé, Boumediene. Stem cells Int 2015;2015:438026

• Girard et al. Plos One 2014 May;9(5): e98176.

• Baugé et al. Future Med Chem 2014; 6(17), 1927-1948

• Duval et al. Biomaterials 2012 Sep;33(26):6042-51.




Hélène CASTEL Equipe Astrocyte et Niche vasculaire,

Inserm U982, Rouen

Equipe Astrocyte et Niche Vasculaire - Inserm U982 - Rouen

Molecular/cellular events in glioma invasion, angiogenesis and mesenchymal transition

Coord. : Dr Hélène Castel [email protected]

1 DR et 1 CR Inserm, 1 PU, 2 PUPH, 2 PH, 1 MCU, 1 IR CNRS, 1 IE Inserm,

1 post-doc, 1 IE Inserm CDD, 4 PhD students & 4 M2

Axe “Cancer et Neurosciences”

Platform “cancer et cognition”

Migration glioma cells

GPCRs

Gαβγ proteins

Signalings Invasion Angiogenesis Resistance Recur

http://www.chu-rouen.fr/default.htm

http://www.univ-rouen.fr/jsp/fiche_pagelibre.jsp?CODE=26148130&LANGUE=0

• Migration/adhesion during gliomagenesis

Control

Vinculin

UII

UT-GFP Actin UT-GFP

Lecointre et al., Oncogene, 2015, 34:5080-5094 Brulé et al., Faseb J., 2014, 28:5148-5162

Equipe Astrocyte et Niche Vasculaire – Compétences/Expertises

• Inhibition of autophagy and migration/invasion+/- SDF-1 ou UII

UT CXCR4

UIISDF1

EGFP-LC3

Coly et al., submitted

Total Rho

Activated Rho

Y27632 LY294002 0

25

50

75

100

125

150

175 ** ns

Mig

ratio

n (%

of c

ontro

l)

ns

UII Control

• Antibody microarraysProteome Profiler Human XL Cytokine Array Proteome profiler Human Soluble Receptor Array Proteome Profiler Human Cell Stress Array

Control UII Hypoxia

U251 glioma cell line

Equipe Astrocyte et Niche Vasculaire – In vivo -

UT/αSMA

H/E UII UT SDF1α CXCR4

H/E UII UT SDF1α CXCR4

H/E UII UT SDF1α CXCR4 CA9

N

PP

• Human tumor biopsies • Glioblastoma growth in Nude miceVehicle hUII urantide hUII +

urantide

-10 0 10 200

500

1000

1500

Days

Tum

orvo

lum

e (m

m3 )

*

*

** ******

***

****

***

***

***

Micro-spect imaging

Vehicle hUII urantide

A P A A P

D V D V D V SP

EC

T im

agin

g of

99m

Tc-R

GD

P

99m

Tc-R

GD

M

erge

H

E

Vehicle urantide hUII

N P

Le Joncour et al, Submitted

Collaboration, P. Véra, P. Bohn, Centre H. Becquerel, Rouen

• Drug design for in vivo imaging/diagnostic/theranostic

0,0 5,0 10,0 15,0 20,0 26,9-50

100

200

300

400 12 05 2015 #7 DOTA-U2 + In* + 100°C 20 min Raytest_Chan_BmV

min

1 - 22,587

Flow: 1,000 ml/min

%B: 0,0 %

%C: 0,0 %

Eau: 95,0 %

5,0Diagnostic imaging use SPECT/CT PET/CT

Therapy use

Theranostic use

Vascular contrast agents CT Pharmacology Pharmacokinetic

Documents

Réunion de préparation de la réponse à l'AAP · Paris Necker Caractérisation de l’anormalité ... Biologie moléculaire, clonage . Expression génique (qPCR, EMSA, ChiP…)