R本体とパッケージのインストール Macintoshkadota/R_install_mac.pdf前準備 2020.03.02版 4 まずはR本体の削除。Mac版のRにはアンインストーラーがありません。そもそもMacではアプリケーション

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R本体とパッケージのインストールMacintosh版

東京大学・大学院農学生命科学研究科寺田朋子、門田幸二

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/

R本体は最新のリリース版、Rパッケージは「必要最小限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。このスライドはMacOS Catalinaバージョン10.15.2環境でのスクリーンショットです。ウェブブラウザによって挙動が多少異なる可能性があるのでご注意ください。この資料ではChromeを使っています。我々はWindowsユーザですので間違いはあるかもしれません。

Contents◼ 事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除

◼ R本体のインストール

◼ Macintosh環境設定（登録されている拡張子も表示する）

◼ Macintosh環境設定（隠しファイルも表示する）

◼ RStudioのインストール

◼ Macintosh環境設定（Dockへの追加）

◼ RStudioの起動と終了、画面の説明、設定変更

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

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事前準備

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現在進行中の論文でバージョンを変更したくない場合などを除き、たとえ以前インストールしたR本体のバージョンがそれほど古くなくても（あるいは全く同じ最新版だったとしても）自己責任で手順通りに真っさらな状態にしておくことが肝要です（もちろん全て自己責任のもとで）。

事前準備

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まずはR本体の削除。Mac版のRにはアンインストーラーがありません。そもそもMacではアプリケーションをアンインストールする際にはアプリケーションフォルダから.appファイルを削除するだけでも良いようですが、専用ツールを使用すると便利なようです。ここではそのような専用ツールとしてAppCleanerを使用するため、プログラムを①ダウンロードします。

①

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①ダウンロードのリンクをクリックします。

①

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①使用しているOSに合った最新バージョンをクリックしてダウンロード、②OKボタンをクリックします。

①

②

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①ダウンロードフォルダ内に②zipファイルをダウンロード（自動解凍）して、③AppCleaner.appができました。③をダブルクリックすると、アプリケーションを起動するかどうか確認メッセージが表示されるので、④開くをクリックします。

①

②③

④

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①AppCleanerが起動しました。

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削除したいアプリケーション①R.appを②AppCleanerのウィンドウ内にドラッグ＆ドロップします。

①

②

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AppCleanerが削除する候補を自動的にリストアップします。①Removeボタンをクリックします。

①①

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削除するためにはユーザー認証されるので、パスワードを入力し、①OKボタンをクリックします。すると即座に選択していたファイルは削除され、AppCleaner起動時の画面に戻ります。ファイルは削除されてもDockに追加されたショートカットは削除されず、試しに②アイコンをクリックしてみると、開けないというメッセージが表示されます（③OKボタンをクリックして閉じます）。

①②

①

③

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Dockから削除するためには、①アイコン上で右クリックし、②オプション、③Dockから削除を選びます。即座にDockから消えます。④アプリケーションフォルダからは、確かにR.appは消えています。

①

③②

④

事前準備

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ちなみにパッケージ群の実体は別の場所にあり、R本体が3.5.Yの場合は「/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library」にあります。削除する時はフォルダごと削除します。










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R本体のインストール

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R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です。

①


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①Rのウェブページにアクセスします。右下のページ②で、下の方に移動すると、*.pkgが見られます。

①

②


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最新版の①R-3.X.Y.pkgをクリックします。

①


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最新版の①R-3.X.Y.pkgをクリックします。②ダウンロード完了。

②


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ちなみに①Rのインストーラへの直接リンクをクリックすると、すぐに最新版をダウンロードしようとします。このファイルを保存しても、同じことです。

①


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ダウンロードが完了すると、①ダウンロードフォルダにR-3.X.Y.pkgファイルがあります。②Dockからでも良いので、このファイルを起動します。インストーラーが起動するので、③続けるをクリックして実行します。

①

③

②


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①続けるを選択します。

①


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①

①続けるを選択します。


232020.03.02版

①

①同意するを選択します。


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①インストール先を選択します。

①


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①

①インストールを選択します。


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②①

ユーザー認証されるので、①パスワードを入力し、②ソフトウェアをインストールを選択します。


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①インストール進行中…、完了したら②閉じるをクリックします。

②

①


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インストーラーを残すか、削除するかは、どちらでも構いませんが、①ゴミ箱に入れるを選択したところ、②エラーになってしまいました。ここは気にせず③OKします。

①

②

③










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Macintosh環境設定

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①ファイルの拡張子を明示させる作業です。

①


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Macintoshの場合は、こんな感じに見えるので、①環境設定。②Finder環境設定画面が起動するので、③詳細タブの④すべてのファイル名拡張子を表示にチェックを入れます。

①

③

②

④










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Finderのアプリケーション→ユーティリティからターミナル.appを起動します。ターミナルが起動したら、①defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUEと（途中で改行を入れずに）入力して、リターンキーを押します。

①


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①

②

Finderのアプリケーション→ユーティリティからターミナル.appを起動します。ターミナルが起動したら、①defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUEと（途中で改行を入れずに）入力して、リターンキーを押します。設定を反映するために②killall Finderと入力してリターンキーを押し、「Finder」を終了します。


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①ホームディレクトリを開くと、②ピリオド（.）で始まる隠しファイル（や隠しフォルダ）が薄っすら表示されるようになったことが確認できました。薄っすら表示されている状態でOKです。（参考）隠しファイル・フォルダを非表示（デフォルトの設定）に戻す場合は、ターミナルでdefaults write com.apple.finderAppleShowAllFiles FALSEと入力し、リターンキーを押します。さらにkillall Finderと入力・リターンキーを押して、設定を反映させます。②

①










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RStudioインストール

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①

②

②

③

RStudioは、RのGUI強化版のような位置づけです。他の講義で利用することがあるかもしれませんので、「こういうものもあり、こんな感じで使う」程度は知っておいたほうがよいと思います。慣れていない先生のハンズオン講義は苦行ですが、受講生側がRStudioのGUIに多少でも慣れておけば苦痛は軽減できます。①RStudioウェブページにアクセス、②DOWNLOADをクリック。ダウンロードページに移動し、③下にスクロールします。


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②

①RStudio Desktop Open Source Licenseの②DOWNLOADをクリック。

①


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①予めR（3.0.1以上）をインストールせよとのことですが、これは済んでいるので、②Mac版のインストーラをダウンロード。③Dockまたは④ダウンロードフォルダから、⑤RStudioのdmgファイルをダブルクリックし、展開します。

⑤

①

②③

④


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④

③

dmgファイルをダブルクリックしたことでできた①RStudioフォルダ内に②RStudio.appがあります。これをダブルクリック、③確認のメッセージが表示されたら、④開くをクリックします。

①

②


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RStudioが起動します。①事前にインストールしたRを読み込んでいることをバージョンで確認したら、②いったんRStudioを終了します。

①

②










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dmgファイルを解凍したことでできたフォルダ内のRStudio.appをApplicationsフォルダにドラッグ＆ド

ロップで移動します。

①


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① ②

RStudio.appをアプリケーションフォル

ダに①コピー中。②アイコンがはっきり表示されればコピー完了です。


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アプリケーションフォルダのRStudio.appをDockの挿入したい位置にドラッグ＆ドロップします。


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DockにRStudioのアイコンが追加されました。

①










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RStudio起動

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Dockに追加した①RStudioアイコンをクリックし、RStudioを起動します。

①

RStudio起動

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RStudioが無事起動。

RStudio終了

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RStudioを終了するには①×をクリックする、②RStudioメニューからQuit RStudioを選択する、③q()と入力し、リターンキーを押す、といった方法があります。①

②

③










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画面の説明

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再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。

①

①

画面の説明

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再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。②この赤枠部分を「Console画面」といいます。

②

画面の説明

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①Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。②この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。

① ②

① ②

画面の説明

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①Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。②この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。正確には、おそらくデフォルトでは③ホームディレクトリの中身が表示されます。

③

③

画面の説明

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ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。

①

画面の説明

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ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されていきます。②

①

画面の説明

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②

ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されていきます。RStudioを終了すると、自動的に③.Rhistoryというファイル名で保存されます。

③

画面の説明

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それゆえ、①赤枠部分を真っ新にしたい場合は、②.Rhisotyを削除すればよいです。まだ何も作業をしていないので理解できなくてもよいところです。

②

①









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①

設定変更1

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①Console画面の文字サイズを調整する方法を示します。メニューバーの②Tools

②

設定変更1

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③

②

①Console画面の文字サイズを調整する方法を示します。メニューバーの②Tools、③Global Options。

設定変更1

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④

①Console画面の文字サイズを調整する方法を示します。メニューバーの②Tools、③Global Options、④Appearance。

設定変更1

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①

①ここで変更できます。

設定変更1

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②

③

①ここで変更できます。②フォントサイズを12にして、③Apply。

設定変更1

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②

③

①ここで変更できます。②フォントサイズを12にして、③Apply。Rの再起動を要求するメッセージが表示された場合は、④Yesを選択。

④

設定変更1

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②

確かに①Console画面内の文字が少し大きくなりました。②OK。

①

設定変更2

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②

①

再度メニューバーの①Tools、②Global Options。

設定変更2

692020.03.02版

①

デフォルトの、①Generalが見えています。

デフォルトの、①Generalが見えています。②がさきほどの作業履歴（History情報）の保存に関する設定部分。設定変更2

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①

②

①

②

設定変更2

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③

デフォルトの、①Generalが見えています。②がさきほどの作業履歴（History情報）の保存に関する設定部分。デフォルトで③にチェックが入っているので、作業履歴情報ファイル.Rhistoryが作成されているのだろうと読み取れます。










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①

パッケージ群のインストール

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ここまでで、①R本体とRStudioのインストールが終わっています。次は、②このサイトやアグリバイオの講義で使用するパッケージ群のインストールを行います。実際には利用しないものも含まれてはいますがご容赦ください。

②

①


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②

②をクリック。

RStudioを起動

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①RStudioを起動します。

①

RStudioを起動

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①RStudioを起動します。②RStudioが起動した状態。

①

②


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①

②

①は、②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体的には…


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こんな感じで①左上からポインタでドラッグして・・・

①


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ず～っと、①一番下まで選択して（反転させて）…

①


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右クリックで、①コピー。

①

①


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右クリックで、①コピー。②Rコンソール画面上で、右クリックでメニューを表示し、③ペーストします。実行されない場合はEditメニューからPasteを選択。

②

③


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ペースト直後の状態。リターンキーを押します。


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①この状態で、どこからダウンロードするかを聞かれた場合は、この例では②デフォルト（0-Cloud）を選んで、③OKとします。④下にスクロールして、日本国内の近い場所を直接指定するほうが早いかもしれません…

②

④

③

①


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インストールがはじまったところ。基本的にアルファベット順に並べてあるので、（この場合）①最初はapeのパッケージからです。インターネット環境にも大きく依存しますが、東大有線LAN環境で概ね30分程度。

①

2. パッケージ群のインストール

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途中経過。ダウンロードしている圧縮ファイルの実体は①にありますが、ここはFinderからは確認できません。

①


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最後まで終了したところ。①起動直後と同じコマンド入力待ち状態(>)になったら終了です。②一番最後のパッケージが一番ダウンロードに時間がかかります。理由は③677.8MBもあるからです。

①

②

③


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一番最後にインストールしていたパッケージ（①）は、ヒトゲノム配列を丸々含むパッケージです。本来は3GBですが、圧縮しているので677.8MBで収まっていました。この段階で一区切りなので、疲れたら一旦終了でも構いません。

①


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参考程度。パッケージ群のインストールとは、圧縮ファイルをダウンロードし、解凍するという作業を行なっています。ダウンロードした圧縮ファイルの場所は①のようにインストール中及び最後に示されており、これをコピーします。この圧縮ファイルはRを終了すると削除されるので、保存しておきたい場合には別の場所に移動させておくことが必要です。①（シングルクォーテーションの中身）をコピーして、、、

①


892020.03.02版

参考程度。 ①をコピーして、②Terminalタブに移動すると、Linuxコマンドを使えます。

②

①


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参考程度。 Terminalタブで、cdコマンド、スペース（半角1個）、先程コピーした圧縮ファイルの場所をペーストし、downloaded packagesディレクトリに移動します。エラーが出なければ・・・（入力間違い等があると、エラーになります）

①


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参考程度。次に①lsコマンドを入力（し、リターンキーを押下）すると、③ダウンロードした圧縮ファイルを確認することができます。つまりパッケージ群のインストールとは、これら圧縮ファイルをダウンロードし、解凍するという作業を行なっています。

①


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すべてのパッケージをインストール終了後の、ダウンロードした一時ファイルのサイズを調べると、①こんなに大きいわけで（2.7GB）、よほどの理由がない限りは別途保存しておくことはお勧めしません。必要に応じて再ダウンロードすれば良いからです。

①










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インストール確認

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パッケージ群が無事インストールできているかを確認します。①確認の文字がページ上部に来る程度まで画面をスクロールします。

①


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①これくらいでOK。作業自体は、さきほどと同じくコピペです。ここではアグリバイオの講義で使いそうなパッケージを実際に読み込む（ロードする）作業を行っています。1回目とか2回目とか書いていますが、中身は同じです。1回目はごちゃごちゃ様々なメッセージが出ます。2回目はエラーが出て読み込めなかったパッケージのみメッセージが出ることを利用しています。

①


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赤枠内のコード全体を①コピーして…

①


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③

赤枠内のコード全体を①コピーして… ②Rコンソール画面上で、右クリックで③ペースト。④まだコマンドが実行されていない状態ですので、return(enter)キーを押して実行します。インストール完了直後の状態でも、一旦終了してRを再び起動させたあとの状態でもどちらでもかまいません。

②

④


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途中経過。こんな感じで画面がどんどん遷移します。1分程度で終了します。


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終了後の状態。①Rコンソール画面上に見えている範囲のパッケージ群は、エラーなくロード（読み込み）できていると解釈します。②上にスクロールさせていって、エラーメッセージが出ているものがないかを確認します。

②

①

Documents

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