Parte de su juventudEn El año 1506 ó 1507, coincidiendo con la muerte de su madre, el Contador Mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, pide al Señor de Loyola que le mande un hijo suyo para tenerlo como propio. Entre los hermanos se decide mandar al menor, a Íñigo, que va a Arévalo, donde pasaría

un mínimo de once años, hasta 1517, realizando frecuentes viajes a Valladolid y manteniéndose siempre muy cerca de la Corte, ya que su protector era Consejero Real, además de Contador.

En este tiempo aprende lo que un gentilhombre debe saber, el dominio de las armas. La biblioteca de Arévalo era rica y abundante, lo que dio alas a su afición por la lectura y, en cuanto a la escritura, no dejó de pulir su buena letra. Se le consideró "un muy buen escribano". Él mismo califica esos tiempos como

dado a las vanidades del mundo y principalmente se deleitaba en ejercicio de armas con un grande y vano deseo de ganar honra

.

En 1517 Velázquez de Cuéllar cae en desgracia, al morir Fernando el Católico, y al año muere. Su viuda, María de Velasco, manda a Íñigo a servir al duque de Nájera, Antonio

Manrique de Lara, que era virrey de Navarra, donde dio muestras de tener ingenio y prudencia, así como noble ánimo y libertad. Esto quedó reflejado en la pacificación de la sublevación de Nájera en la Guerra de las Comunidades de Castilla (1520-1522), así como en conflictos entre villas de Guipúzcoa, en los cuales destaca por su manejo de la situación.

En 1512 las tropas castellanas conquistan el Reino de Navarra, con varios episodios bélicos posteriores. En 1521 se produce una incursión de tropas franco-navarras procedentes de Baja Navarra en su intento de reconquista y expulsión del invasor, en las que participaban los hermanos de Francisco Javier. Al mismo tiempo se subleva la población de varias ciudades, incluida la de Pamplona. Iñigo, que lucha con el ejército

castellano y se encuentra en Pamplona en mayo de ese año, cuando llegan las tropas franco-navarras, resiste en el castillo de la ciudad, que es asediado, arengando a sus soldados a una defensa que resultaba imposible.4 En el combate es alcanzado por una bala de cañón que pasa entre sus dos piernas, rompiéndole una e hiriéndole la otra. La tradición sitúa el hecho el 20 de mayo de 1521, lunes de Pentecostés. El castillo cae el 23 ó 24 del mismo mes y se le practican las primeras curas y se le traslada a su casa de Loyola.

La recuperación es larga y dolorosa, y con resultado dudoso, al haberse soldado mal los huesos. Se decide volver a operar y cortarlo, soportando el dolor como una parte más de su condición de caballero.

En el tiempo de convalecencia, lee los libros La vida de Cristo, del cartujo Ludolfo de Sajonia, y el Flos Sanctorum, que hacen mella en él. Bajo la influencia de esos libros, se replantea toda la vida y hace autocrítica de su vida como soldado. Como dice su autobiografía:

Y cobrada no poco lumbre de aquesta leción, comenzó a pensar más de veras en su vida pasada, y en quánta necesidad tenía de hacer penitencia della. Y aquí se le ofrecían los deseos de imitar los santos, no mirando más circunstancias que prometerse así con la gracia de Dios de hacerlo como ellos lo habían hecho. Mas todo lo que deseaba de hacer, luego como sanase, era la ida de Hierusalem, como arriba es dicho, con tantas disciplinas y tantas abstinencias, cuantas un ánimo generoso, encendido de Dios, suele desear hacer.

Este deseo se ve acrecentado por una visión de la Virgen con el Niño Jesús, que provoca la definitiva conversión del soldado en religioso. De allí sale con la convicción de viajar a Jerusalén con la tarea de la conversión de los no cristianos en Tierra Santa.