Najazdy mongolskie były pierwszym zetknięciem się Japończyków z obcąinterwencją zbrojną. We wszystkich wojnach toczących się dotychczas na archipelagu zawszetylko wśród Japończyków byli zwycięzcy i zwyciężeni, a więc zawsze na miejscu znajdowałasię zdobycz do podziału. Wojny domowe dawały szanse wzbogacenia się zwycięzców przezkonfiskaty i zagarnianie mienia pobitych wrogów. Najazdy mongolskie nie tylko takiej szansy niedały, ale przeciwnie­ o krajowi ciężkie straty w ludziach i wielkie straty materialne. Koszty samejwojny były ogromne, a jeszcze potem przez wiele lat trwał alert i część wojowników z Kyuushuustała w gotowości na tej wyspie. Ciągle utrzymywane były umocnienia przybrzeżne. Czasemnawet, aby dać ujście nagromadzonemu potencjałowi wojennemu, robiono rajdy na brzegikoreańskie, co doprowadzało Koreańczyków do rozpaczy. Zaczęli nawet nalegać na trzecinajazd i budowali w tym celu okręty bojowe. Po paru latach odstąpili od tych agresywnychzamierzeń, ale Japonia ciągle trwała w gotowości.

Na domiar złego w kwietniu 1284 zmarł przepracowany Tokimune, ostatniwybitny shikken z rodu Houjou. Jego następcą został Sadatoki, czternastoletni wówczaschłopiec. W tak ciężkim okresie kryzysu wewnętrznego zabrakło silnej ręki, a i solidarność wrodzie Houjou zaczęła się łamać. Bakufu jako maszyneria administracyjna ciągle stanowiłojedno ciało, zwłaszcza na zewnątrz.

Naród był zjednoczony i ofiarny, dopóki istniało zagrożenie obcym najazdem.Kiedy ta groza została odsunięta, natychmiast ożywiły się stare nienawiści i kłótnie, a żądanianagrody i zapłaty spadły jak grad na Kamakurę. Szczególnie głośno domagali się swoich praw cisamuraje, którzy bezpośrednio uczestniczyli w walkach i z których wielu zadłużyło się u kupcówczy lichwiarzy. Jednak najpilniej wymagały zaspokojenia żądania kleru oraz wojowników, którzynie byli gokekinami, a jednak ponieśli ofiary w wojnie. Problemem było jednak­ skąd czerpaćzasoby na zapłatę? Bakufu chwytało się rozpaczliwych metod. Pod byle pretekstemkonfiskowano ziemie kuge i gokekinów, a następnie nadawano najbardziej natrętnymsuplikantom. Próbowano nawet metody losowego przydzielania urzędów, jednak wszystko to niebyło w stanie pokryć wszystkich potrzeb. Wśród wojowników zakiełkowała myśl, że o własneinteresy należy zadbać poza centralnym ośrodkiem władzy.

W ogólnym chaosie i rozgoryczeniu dom cesarski też przeżywał kryzys. W 1272r. umarł ex­cesarz Gosaga i dom cesarski podzielił się na dwie linie skłócone między sobą oschedę. Linia Gofukakusy zwana była od rezydencji monarchy Jimyouin, a linia młodszegocesarza Kameyamy­ Daikakuji. Gosaga zostawił liczne liczne shoueny zgrupowane w wielublokach, do których prawa własności zapisane była na róźne instytucje religijne. Największe inajbogatsze bloki stały się przedmiotem najgorętszych sporów. Bracie odwołali się osprawiedliwość do bakufu, po długich negocjacjach doszło do kompromisu.

Nowy konflikt zarysował się w 1300r., kiedy umarła pewna księżniczka krwi, naktórej imię zapisany był inny blok shouenów (Muromachi). Znów zaczęły się kwasy w rodziniecesarskiej. Blok Muromachi po wielu sporach został ostatecznie podzielony między linieJimyoujin i Daikakuji. Konsekwencją owego podziału był spór o następstwo tronu, gdyż obie liniechciały zachować swój stan posiadania dla potomków, a nie można było uzyskać shouenówcesarza, jeżeli się przedtem nie zasiadało na tronie.

Nowy konflikt w rodzinie cesarskiej zaczął grozić rozpadnięciem siędotychczasowych dwóch linii na mniejsze frakcje. Przedstawiciele bakufu na kolejnych etapach

sporu próbowali różnych środków perswazji lub nacisków. Wreszcie w 1317r. Wypracowanyzostał kolejny kompromis dotyczący następstwa tronu. Sukcesja miała odtąd przechodzićalternatywnie­ raz na linię Jimyoin, raz na Daikakuji, przy czym cesarze mieli zasiadać na tronienie dłużej niż 10 lat. Tymczasem w 1318 r. tron objął Godaigo z linii Daikakuji, który­ jak sięokazało­ nie miał zamiaru abdykować w wyznaczonym terminie. Taka samowola nie byłabymożliwa w okresie rozkwitu bakufu, ale od czasów inwazji mongolskich władza rodu Houjoustopniowo ulegała osłabieniu. Godaigo interpretował objawy osłabienia bakufu na korzyść roducesarskiego. Pragnął przywrócenia autorytetu cesarskiego i zepchnięcia klasy wojskowej dowłaściwej­ jego zdaniem­ roli służebnej wobec tronu. W porozumieniu z ex­cesarzem Goudądoprowadził do likwidacji

To łagodne potraktowanie sposkowców wpłynęło podobno na skrystalizowanie sięplanów cesarza Godaigo. Poświęcił się tworzeniu stronnictwa, które było skłonne i zdolne doobalenia władzy bakufu. W tym celu­podobnie jak sto lat wcześniej Gotoba­ zabiegał o przyjaźń ipoparcie zbrojne wielkich klasztorów oraz wojowników z centralnych prowincji. Działalnośćcesarza przez parę lat nie zwracała uwagi władz, ale w 1331 ro. Yoshida (Fujiwara) Sadafusadoniósł bakufu o narastającym spisku.  W 5 miesiącu zaczęły się aresztowania i cesarzGodaigo wyczuł, że wokół niego zacieśnia się krąg zagrożenia­ 24 sierpnia ukradkiem zabrałregalia i uciekł do Nary, a stamtąd na górę Kasagi do zespołu klasztornego Kasagidera.Ostatecznie Godaigo został pojmany, przewieziony do Rokuhary i poddany naciskom, abyabdykował i zwrócił regalia. Po ucieczce cesarza do Kasagidery odbyła się ceremoniaintronizacji księcia Kazuhito z linii Jimyouin (cesarz Kougon). Nie była to wprawdzie pełnaceremonia, gdyż brakowało regaliów. Dokonano jedynie tak zwanego przejęcia tronu (senso), adruga część ceremonii, czyli właściwa intronizacja (sokui) odłożona została do czasuodzyskania regaliów.

Upór Godaigo spowodował, że w marcu 1332r. został on zesłany na wyspę Oki­ wewłasnym przekonaniu pozostając nadal cesarzem. Okazało się,że to samo przekonanie żywiłowielu zaprzyjaźnionych z cesarzem ludzi, a jeśli nawet sprawa sukcesji była obojętna, to wwystąpieniu po stronie zesłanego monarchy widzieli szansę obalenia bakufu. Zaczęła się wojnapodjazdowa przeciwko rodowi Houjou i jego stronnikom. Trudna to była wojna da bakufu, boprowadzona często przez nieuchwytnego przeciwnika, który uderzał i znikał, by pojawić się winnym miejscu, znowu zadać straty i znowu zniknąć. Mistrzem partyzantki okazał sięMasashige. Zaciekłym wrogiem bakufu był również książe Morinagi, syn cesarza Godaigo(zrzucił on szaty mnisie i na czele oddziału zbrojnych mnichów włączył się do walki, a z czasemdo jego armii przyłączali się liczni wojownicy, którym ciążyła władza bakufu) . Wśród lojalistównajaktywniejsze były rody Kusonoki, Kitabatake i Nitta.

Przez cały 1332r. armia Houjou nękana była wojną podjazdową. Książe Morinagaumacniał się tym czasem w Yoshino, a Masashige przez parę miesięcy szykował obronę swojejtwierdzy Chihaya na górze Kongousan, bo zdawał sobię sprawę z tego,że że bakufu tutajwłaśnie będzie chciało go zniszczyć. W istocie, od początku 1333r. armia bakufu przystąpiła doofensywy. Chihaya otoczona szczelnym pierścieniem wojska broniła się przez parę miesięcy idzięki rozmaitym ciekawym rozwiązaniom taktycznym wprowadzonym przez Masashige nigdysię nie poddała. Tymczasem wypadki zaczęły się toczyć w przyspieszonym tempie w innych

rejonach, ponieważ cesarz Godaigo zbiegł i znalazł schronienie w Funaoue. Miejscowość tastała się tymczasowym dworem cesarskim, do którego zaczeli przybywać lojaliści. Wojnarozszerzyła się na zachodnie prowincje.

Bakufu przeżywało swoje ostatnie chwile Z Kioto wyruszyła armia,która miałaspacyfikować Zachód i pojmać krnąbrnego cesarza Godaigo .Część oddziałów szła poddowództwem Ashikagi Takaujiego, część pod Nagoshim Takaie. Armia Takaie zostałarozproszona, a on sam zabity. Takauji natomiast zawrócił z Yamashiro i opowiadając się postronie lojalistów zaatakował Kioto.  W całym kraju rozgorzały walki. Armia Nitty Yoshisady pociężkich walkach zdobyła Kamakurę. Houjou Takatoki i kilkuset wojowników popełnilisamobójstwo.  Ród Houjou po długim okresie hegemonii schodził z areny dziejowej. Wraz z nimskonczył się shougunat, którego siedziba, Kamakura, też legła w gruzach.

Cesarz Godaigo 5 czerwca 1333 r. triumfalnie powrócił do Kioto. Rozpoczął się krótkiokres zwany odrodzeniem władzy cesarskiej  lub też restauracją Kemmu. W perspektywiehistorii był to epizod stanowiący przejście pomiędzy hegemonią rodu Houjou a hegemonią roduAshikaga. Kamakura bowiem definitywnie przestała być synonimem władzy. Ośrodkiem życiapolitycznego stało się znowu Kioto.