Simplexa™ EBV

REF MOL2400

Rev. G

Un saggio basato su PCR in tempo reale per la quantificazione in vitro del virus di Epstein-Barr (EBV).

Per uso diagnostico in vitro

USO PREVISTO

Il saggio Simplexa EBV di Focus Diagnostics è studiato per la quantificazione in vitro degli acidi nucleici del virus di Epstein-Barr

in campioni di sangue intero mediante il 3M Integrated Cycler.

Questo dosaggio, da utilizzarsi insieme all’esame clinico e ad altri marcatori di laboratorio della progressione della malat tia, è utile nella gestione clinica di pazienti infettati da EBV.

Il saggio non è indicato per lo screening di donatori..

RIASSUNTO E SPIEGAZIONE

Il virus di Epstein-Barr (EBV), un herpesvirus umano molto diffuso con un caratteristico tropismo per i linfociti B, è l’agente eziologico della mononucleosi infettiva ed è fortemente associato nell’uomo a diversi tipi di neoplasie maligne. L’infezione da EBV è comune e generalmente subclinica, o dà luogo ad una malattia autolimitante della durata di 2-3 settimane. Essendo un virus erpetico, l'EBV può rimanere latente per lunghi periodi di tempo, riattivandosi in un momento successivo. Anche se l’infezione iniziale può dare luogo ad una sindrome relativamente benigna, la riattivazione del virus in individui immunocompromessi può tradursi in esiti più gravi. Gli acidi nucleici o le proteine di EBV sono stati identificati in tessuti affetti da linfoma di Burkitt

1, linfoma

di Hodgkin2-4

, carcinoma nasofaringeo1,5

, disordini linfoproliferativi post-trapianto6-8

, linfoma primario del sistema nervoso centrale legato ad AIDS

9,10 e altri linfomi a cellule B e T

11,12.

I metodi diagnostici convenzionali sono di raro utili nella valutazione di disordini legati alla presenza di EBV in pazienti immunosoppressi. L'uso di colture non è pratico né utile a fini clinici, mentre i metodi sierologici danno risultati difficilmente interpretabili in un quadro di immunosoppressione

13. I metodi diagnostici basati sull’uso della reazione polimerasica a catena

(PCR) offrono la possibilità di rilevare velocemente la presenza di EBV nei campioni. Il monitoraggio della carica virale di EBV può essere d’aiuto nell’identificazione di disordini linfoproliferativi post-trapianto e nel monitoraggio di linfomi in pazienti con sindrome da immunodeficienza acquisita.

14-15

PRINCIPI DELLA PROCEDURA

Il test è basato su un sistema di amplificazione e identificazione tramite PCR in tempo reale, che sfrutta una sonda-primer bifunzionale fluorescente per il rilevamento del DNA del virus di Epstein-Barr in campioni di sangue intero. Il saggio prevede due fasi principali: (1) estrazione del DNA dai campioni ottenuti dai pazienti e (2) utilizzo di una sonda-primer bifunzionale fluorescente che, insieme ad un primer inverso, permette di amplificare un target specifico (per l’analita e per il controllo interno). Il saggio fornisce un risultato univoco; per identificare il DNA virale nel campione si utilizza come bersaglio una regione ampiamente conservata del gene Lmp2A del genoma di EBV. Un controllo interno permette di monitorare il processo di estrazione e rilevare l’eventuale inibizione della PCR. Il segnale di amplificazione ottenuto per ogni campione viene messo a confronto con una curva di calibrazione e quantificato.

MATERIALI FORNITI

Il kit SimplexaTM

EBV di Focus Diagnostics contiene reagenti sufficienti per 100 reazioni.

Descrizione del kit

Nome del componente REF Simbolo CE Sull’etichetta

Nome abbreviato

Colore del

tappo

Numero di

flaconcini

Reazioni per

flaconcino /kit

Volume per

flaconcino

Simplexa™ EBV Primer Mix MOL2401 REAG A PM Marrone 2 50/100 50 µl

Simplexa™ Master Mix MOL2000 REAG B MM Verde 2 50/100 200 µl

Simplexa Extraction & Amplification Control DNA

MOL9001 CONTROL IC IC Blu 3 50/150 250 µl

Simplexa™ EBV Low Positive Control MOL2402 CONTROL + LPC Bianco 6 1/6 200 µl

Simplexa™ EBV High Positive Control MOL2403 CONTROL ++ HPC Rosso 6 1/6 200 µl

Simplexa™ EBV pagina 2

Descrizione dei componenti Componente Descrizione

Simplexa™ EBV Primer Mix (PM) (Miscela di primer)

Primer marcati con colorante fluorescente specifici per la quantificazione di EBV e per il controllo interno.

Target Fluoroforo sonda (colorante) Eccitazione Emissione Gene bersaglio

EBV FAM 495 nm 520 nm Gene Lmp2A

Controllo interno Q670 644 nm 670 nm Gene di A. thaliana

Simplexa™ Master Mix (MM) (Miscela master) DNA polimerasi, tampone e dNTP Simplexa™ Extraction & Amplification Control DNA (IC) (DNA di controllo per l’estrazione e l’amplificazione)

Un frammento di DNA di 577 bp derivato dal gene codificante per la N-metiltransferasi della subunità grande della ribulosio-1,5-bifosfato carbossilasi/ossigenasi della pianta di Arabidopsis thaliana.

Simplexa™ EBV Low Positive Control (LPC) (Controllo positivo basso) EBV inattivato in una matrice di base di origine umana.

Simplexa™ EBV High Positive Control (HPC) (Controllo positivo alto) EBV inattivato in una matrice di base di origine umana.

Simplexa™ EBV Barcode Card (Card con codice a barre) Parametri specifici per il dosaggio.

MATERIALI NECESSARI MA NON FORNITI

1. Simplexa™ EBV Quantitation Standards (standard di quantificazione), REF MOL2410

2. 3M Integrated Cycler con software Integrated Cycler Studio versione 3.0 o superiore

3. Universal Discs per utilizzo su Integrated Cycler

4. Nastro di copertura per Universal Discs

5. a Sistema Roche MagNA Pure LC e materiali di consumo associati.

6. a Roche MagNA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation Kit (numero di catalogo Roche 03038505001)

7. b Strumento bioMérieux NucliSENS

® easyMAG™ con reagenti e materiali di consumo associati

8. b Pipetta multicanale Biohit/bioMérieux

9. b Piastra con strip per saggio ELISA

10. Micropipette singole, multicanale e/o a ripetizione con range di accuratezza di 1-10 µl, 10-100 µl e 100-1000 µl

11. Congelatore (scongelamento manuale) impostato tra -10 e -30 °C (per la conservazione dei componenti del kit)

12. Frigorifero da 2 a 8 °C (per i campioni e i componenti del kit scongelati)

13. Cabina di biosicurezza (cappa a flusso laminare) per le estrazioni

14. Microcentrifuga

15. Miscelatore vortex

16. Puntali sterili monouso RNAsi/DNAsi-free con filtro barriera per aerosol per micropipettatore

17. Provette da 1,5 ml in polipropilene per microcentrifuga (provette RNAsi/DNAsi-free consigliate, ma non necessarie) e rack dedicato

18. Guanti monouso senza talco

19. Acqua priva di nucleasi, usata durante l’estrazione e come No Template Control (NTC, controllo privo di templato) 20. Rack di raffreddamento per provette da microcentrifuga da 1,5 ml a Da utilizzarsi con la metodica di estrazione Roche MagNA Pure LC

b Da utilizzarsi con la metodica di estrazione bioMérieux easyMAG

PERIODO DI VALIDITÀ E MANIPOLAZIONE

1. Conservare i reagenti ad una temperatura compresa tra -10 e -30 °C (non usare un congelatore no-frost). 2. Prima dell’uso, lasciare scongelare i reagenti a temperatura ambiente (tra 18 e 25 °C circa). 3. Non utilizzare i kit o i reagenti dopo la data di scadenza.

4. Dopo l’aggiunta della miscela master, utilizzare la miscela di reazione entro un’ora. Conservare la miscela di reazione tra 2 e 8 °C fino al momento dell’impostazione della PCR.

5. Una volta scongelati, conservare la miscela di primer, la miscela master e il DNA del controllo di estrazione e amplificazione a una temperatura compresa tra 2 e 8 °C per non oltre 30 giorni

6. Non ricongelare la miscela di primer, la miscela master, il DNA del controllo di estrazione e amplificazione o i controlli positivi.

7. Non utilizzare insieme reagenti provenienti da lotti di kit differenti.

Simplexa™ EBV pagina 3

AVVERTENZE E PRECAUZIONI

1. Per uso diagnostico in vitro. 2. Tutti i materiali di origine umana devono essere trattati come potenzialmente infettivi. I materiali di partenza da cui è stato

derivato questo prodotto (inclusi i controlli) sono stati sottoposti a screening per l’antigene di superficie dell’epatite B e per la presenza di anticorpi contro l’epatite C e HIV-1/2 (AIDS) con metodi approvati dalla FDA, e sono risultati negativi ai test. Siccome, però, nessun metodo conosciuto offre la totale certezza che i prodotti derivati da sangue umano non possano trasmettere questi o altri agenti infettivi, tutti i controlli, i campioni di siero e l’attrezzatura che venga a contatto con questi campioni devono essere considerati potenzialmente infettivi e decontaminati o smaltiti seguendo le precauzioni necessarie per i materiali che pongono un rischio biologico. I CDC (Centers for Disease Control) e i National Institutes of Health statunitensi raccomandano di manipolare gli agenti potenzialmente infettivi in strutture con un livello di biosicurezza 2.

16, 17 3. Durante la manipolazione dei reagenti del kit, indossare dispositivi di protezione individuale quali, in modo non limitativo,

guanti e camice da laboratorio. Lavarsi bene le mani una volta terminato il test. 4. Non pipettare con la bocca.

5. Non fumare, bere, mangiare, manipolare lenti a contatto o truccarsi nelle aree in cui siano in utilizzo i reagenti del kit e/o campioni umani.

6. Smaltire i reagenti del kit non utilizzati e i campioni umani in base alle normative locali, provinciali e nazionali.

7. Il flusso di lavoro in laboratorio deve procedere in maniera unidirezionale, partendo dalle aree di preamplificazione e spostandosi poi nell'area di amplificazione/rilevamento: segue la sequenza di operazioni da eseguire dall’estrazione del campione fino all’amplificazione con PCR in tempo reale: Iniziare con l’estrazione del campione, quindi configurare lo strumento per la PCR in tempo reale, preparare i reagenti e

infine eseguire l’amplificazione mediante PCR in tempo reale.

Non scambiare forniture e apparecchiature tra le aree dedicate all’estrazione e alla preparazione dei campioni. Non effettuare spostamenti tra un’area e l’altra.

Le forniture e le apparecchiature usate per la preparazione dei campioni non devono essere impiegate per le attività di preparazione dei reagenti o per processare DNA amplificato o altre fonti dell’acido nucleico bersaglio.

Tutte le forniture e le apparecchiature per l’amplificazione devono essere sempre tenute nell’area dedicata alla strumentazione per PCR in tempo reale.

I dispositivi di protezione individuale, quali guanti monouso e camici da laboratorio, devono essere specifici per ogni area. 8. La contaminazione dei campioni dei pazienti o dei reagenti può determinare risultati errati. Utilizzare tecniche asettiche. 9. Pipettare e manipolare i reagenti con cautela per evitare di mescolare i campioni con quelli dei pozzetti adiacenti.

10. Utilizzare tecniche di pipettamento adeguate e mantenere lo stesso tipo di tecnica per l'intera procedura per assicurare valori ottimali e riproducibili.

11. Non sostituire o miscelare reagenti provenienti da lotti di kit diversi o di altri produttori.

12. Non scambiare i tappi dei flaconcini di reagente. Questo può comportarne la contaminazione e compromettere i risultati del test.

13. Utilizzare unicamente il protocollo descritto nel presente foglio illustrativo. Ogni deviazione dal protocollo o l’uso di tempi o temperature diversi da quelli specificati possono comportare risultati errati.

14. L’impostazione del saggio deve essere eseguita a temperatura ambiente (in un intervallo compreso tra 18 e 25 °C). Mentre si miscelano i reagenti, mantenere freddi gli enzimi utilizzando un blocco refrigerante.

15. Non riutilizzare Universal Discs già esposti ai campioni dei pazienti o ai reagenti.

16. Smaltire i dischi usati senza rimuovere il nastro di copertura.

17. Se sullo stesso disco sono configurati diversi kit o lotti Simplexa™

, testare i controlli positivi e i controlli no template di ogni kit.

18. La miscela master contiene una percentuale di glicerolo > 1%, che può causare irritazione in caso di inalazione o contatto con la pelle. In caso di inalazione o contatto con la pelle, adottare le misure di primo soccorso.

19. Si sconsiglia la conservazione protratta dei campioni estratti a temperature comprese tra 2 e 8 °C, poiché non sono stati effettuati test per stabilire le prestazioni del dosaggio in queste condizioni.

20. Se la confezione o il suo contenuto appaiono rotti o danneggiati, non usarli e contattare Focus Diagnostics. I recapiti si trovano nell’ultima pagina di questo documento.

ISTRUZIONI PER L’USO

A. PRELIEVO DEI CAMPIONI

L'unico tipo di campione accettabile è sangue intero prelevato tramite puntura venosa. Non utilizzare, per la raccolta del campione, provette contenenti l’anticoagulante eparina. L’eparina inibisce la PCR.

B. AREA DI ESTRAZIONE DEI CAMPIONI

Operare in un’area dedicata all’estrazione dei campioni e dei controlli. La preparazione dei camp ioni per l'estrazione deve essere eseguita in una cabina di biosicurezza.

Estrazione mediante il metodo Roche MagNA Pure LC

1. Estrarre gli acidi nucleici dai campioni dei pazienti e dai controlli del dosaggio utilizzando il kit Roche MagNA Pure Total Nucleic Acid e lo strumento Roche MagNA Pure LC Automated Nucleic Acid Extractor. Per eseguire l’estrazione degli acidi nucleici utilizzando questo kit, fare riferimento alle istruzioni per l'uso del produttore.

2. Nel menu a discesa “Protocol” [Protocollo] sul sistema MagNA Pure LC, selezionare “Total NA” [Acidi nucleici totali], quindi “Total NA Variable_elution_volume.blk” dall’elenco. In questo modo verranno caricate le impostazioni adeguate per la sessione.

Simplexa™ EBV pagina 4

3. Il Sample Protocol [Protocollo Campione] deve essere “Total NA Variable_elution_volume”.

4. Impostare il Sample Volume [Volume campione] su 200 µl e il volume di eluizione su 50 µl.

5. Impostare il volume di diluizione su zero per tutti i campioni.

6. Verificare che il Post Elution Protocol [Protocollo di post-eluizione] sia impostato su “None” [Nessuno].

7. Verificare che i campioni e i controlli siano correttamente posizionati sulla cartuccia campione.

8. Miscelare ciascun campione e il controllo positivo alto (HPC) e basso (LPC) per 2-4 secondi con il vortex, quindi centrifugare brevemente per far sì che il contenuto raggiunga il fondo della provetta.

9. Pipettare 200 µl di ciascun campione, di LPC, di HPC e del controllo no template nella posizione corrispondente della cartuccia campione.

10. Controllare visivamente il livello dei campioni e dei controlli nella cartuccia campione per accertarsi che i campioni siano stati effettivamente aggiunti.

11. Miscelare 2 volte con colpi di vortex il controllo interno di estrazione ed amplificazione e centrifugare brevemente per far scendere il contenuto sul fondo della provetta.

12. Per ciascun set di 16 campioni (campioni 1-16), pipettare 100 µl di controllo interno in 6 ml di tampone di lisi in una provetta conica. Miscelare brevemente con il vortex. Aggiungere al vassoio corretto sullo strumento di estrazione MagNA Pure. o Se per esempio si estraggono più di 16 campioni (campioni 17-32), pipettare 200 µl di controllo interno in 12 ml di

tampone di lisi in una provetta conica. Miscelare brevemente con il vortex. Aggiungere al vassoio corretto sullo strumento di estrazione MagNA Pure.

13. Trasferire la cartuccia campione sullo strumento MagNA Pure LC Automated Nucleic Acid Extractor e avviare la sessione di estrazione.

14. Una volta completata l’estrazione degli acidi nucleici, la cartuccia contenente i controlli e i campioni dei pazienti estratti può essere rimossa dal MagNA Pure e sigillata. Conservare il DNA estratto ad una temperatura compresa tra 2 e 8 °C fino al suo utilizzo. Si sconsiglia di conservare i campioni estratti a questa temperatura per lunghi periodi. Mantenere i campioni di DNA estratti su un blocco refrigerante durante il caricamento del disco.

Estrazione mediante il metodo bioMérieux NucliSENS

® easyMAG™

1. Per il funzionamento dello strumento e del software, fare riferimento al manuale d'uso NucliSENS® easyMAG™.

2. Sul software NucliSENS® easyMAG™, scegliere Generic template [Templato generico] con le seguenti impostazioni;

Default Request [Richiesta predefinita]:

Generic 2.0.1 (o equivalente)

Run Name Prefix [Prefisso nome sessione]:

(come appropriato)

Sample ID prefix [Prefisso ID campione]:

(come appropriato)

Sample Type [Tipo di campione]:

Primary [Primario]

Workflow Defaults [Valori predefiniti flusso di lavoro]:

On-board lysis Incubation [Incubazione di lisi integrata] On-board Silica Incubation [Incubazione silice integrata] Sample Addition Guidance Off [Aggiunta assistita campione disattivata]

Reagent Tracking [Tracciamento reagenti]:

Lysis, Silica, Internal Control reagent tracking disabled [Tracciamento reagenti di lisi, silice, controllo interno disattivato]

3. Inserire le informazioni sul singolo campione nella schermata Extraction Request [Richiesta estrazione] come indicato di

seguito. Sample ID [ID campione]: (Inserire il nome del campione) Request [Richiesta]: Generic 2.0.1 (o equivalente) Volume (ml): 0,100 Eluate [Eluato] (µl): 25 Type [Tipo]: Primary [Primario] Priority [Priorità]: Normal [Normale] Matrix [Matrice]: Other [Altro]

4. Creare una Extraction Run [Sessione di estrazione] nel software NucliSENS

® easyMAG™ in base al manuale d'uso.

5. Miscelare ciascun campione e il controllo positivo alto (HPC) e basso (LPC) per 2-4 secondi con il vortex, quindi centrifugare brevemente per far sì che il contenuto raggiunga il fondo della provetta.

6. Pipettare 100 μl di campione, di LPC, HPC o del controllo no template nei contenitori dei campioni. 7. Miscelare il controllo interno due (2) volte con colpi di vortex e centrifugare brevemente per far scendere il contenuto sul

fondo della provetta. 8. Pipettare 5 µl di controllo interno in ogni campione e in tutti i pozzetti di controllo. Sostituire il puntale tra un campione e

l’altro. 9. Caricare i contenitori dei campioni, i nuovi materiali monouso per l'aspiratore e i reagenti sullo strumento easyMAG™ in

base al manuale d'uso. 10. Avviare la lisi integrata e incubare i campioni lisati per 10 minuti prima di aggiungere la miscela di silice magnetica.

Simplexa™ EBV pagina 5

11. Durante il periodo di incubazione della lisi, preparare la miscela di silice magnetica. Mescolare la silice e diluire in acqua priva di nucleasi, aggiungendo 1 parte di silice magnetica a 1 parte di acqua (per esempio, 540 μl di silice magnetica + 540 μl di acqua priva di nucleasi). Preparare un minimo di 135 μl di miscela di silice magnetica per campione.

12. Per trasferire la miscela di silice nei pozzetti della strip per ELISA, mescolare la miscela di silice magnetica e usare 1 puntale e la modalità operativa P2 della pipetta Biohit. Premere Start [Inizia] per aspirare 1050 μl di miscela di silice magnetica, quindi premere di nuovo Start [Inizia] scartando il primo colpo nella provetta della miscela di silice. Premere Start [Inizia] per erogare 125 μl di miscela di silice magnetica negli 8 singoli pozzetti della strip per ELISA. Se

necessario, ripetere per le altre strip per ELISA. 13. Dopo i 10 minuti dell'incubazione di lisi, utilizzare 8 puntali (per ogni strip per ELISA) e la modalità operativa P3 della

pipetta Biohit per trasferire 100 μl di miscela di silice magnetica nel contenitore di ogni campione. Posizionare i puntali nei pozzetti delle strip per ELISA e premere Start [Inizia] per miscelare e aspirare la miscela di silice magnetica.

14. Trasferire la miscela di silice magnetica nell’appropriato contenitore del campione e posizionare il puntale nel campione al di sotto del livello del liquido. Premere Start [Inizia] per aspirare, distribuire e mescolare (x3) la silice magnetica e i

campioni. Assicurarsi che il puntale rimanga sotto il livello del liquido, per garantire una miscelazione corretta. 15. Ripetere i passaggi 13 e 14 negli altri contenitori dei campioni. 16. Dopo l'aggiunta della miscela di silice magnetica a tutti i contenitori dei campioni, avviare la sessione di estrazione. 17. Al termine della sessione, togliere i contenitori dei campioni dallo strumento. Se i campioni non devono essere utilizzati

subito, trasferirli in provette singole per ridurre al minimo la possibilità che la silice magnetica ricada nel campione. Conservare il DNA estratto a una temperatura compresa tra 2 e 8 °C fino al suo utilizzo. Si sconsiglia di conservare i campioni estratti a questa temperatura per lunghi periodi. Tenere il DNA estratto su un blocco refrigerante durante il caricamento del disco.

C. IMPOSTAZIONE DELLO STRUMENTO PER PCR IN TEMPO REALE

1. Fare riferimento al Manuale dell’operatore dell’Integrated Cycler per informazioni dettagliate su come configurare il software Integrated Cycler Studio e aggiungere una definizione dell’analisi, impostare le sessioni e analizzare le sessioni compiute con l’Integrated Cycler.

Nota: Prima di eseguire una sessione predittiva, deve essere definita una curva standard valida (sessione di calibrazione).

D. AREA DI PREPARAZIONE REAGENTI

1. Area dedicata alla preparazione della miscela di reazione per il dosaggio Simplexa™ EBV.

Lasciare scongelare la miscela di primer e la miscela master a temperatura ambiente (tra 18 e 25 °C circa). Ogni flaconcino compreso nel kit contiene reagente sufficiente per 50 reazioni. Prima di ogni uso, mescolare delicatamente la miscela di primer e la miscela master invertendo 6-8 volte, quindi centrifugare brevemente in modo che il contenuto raggiunga il fondo della provetta.

2. Preparare il volume richiesto di miscela di reazione in una provetta in polipropilene per microcentrifuga di dimensioni adeguate, pipettando il volume di ogni componente come indicato nella tabella sotto.

Volumi della miscela di reazione

Reagente Miscela di reazione Volume / 1 reazione

Miscela di reazione Volume / 10 reazioni

Simplexa™ Master Mix 4,0 µl 40 µl Simplexa™ EBV Primer Mix 1,0 µl 10 µl Volume totale 5,0 µl 50 µl

3. Mescolare delicatamente la miscela di reazione per inversione o pipettando 8-10 volte. 4. Centrifugare brevemente in modo che il contenuto raggiunga il fondo della provetta. 5. Procedere all’impostazione della PCR. 6. Utilizzare la miscela di reazione entro un’ora dalla preparazione. Se l’impostazione della PCR non viene eseguita

immediatamente, conservare la miscela di reazione preparata ad una temperatura compresa tra 2 e 8 °C.

E. AREA DI AMPLIFICAZIONE MEDIANTE PCR IN TEMPO REALE

Operare in un’area dedicata alla preparazione del disco universale a 96 pozzetti per il saggio Simplexa™ EBV.

Durante l'esecuzione della seguente procedura, fare riferimento all’esempio di layout del disco nella sezione C:

1. Aggiungere 5,0 µl di miscela di reazione a ogni pozzetto. 2. Aggiungere 5,0 µl dei controlli positivi estratti ai pozzetti “HPC” e “LPC”. 3. Aggiungere 5,0 µl del campione paziente estratto al giusto pozzetto “S”. 4. Aggiungere 5,0 µl del controllo no template estratto al pozzetto “NTC”. 5. Coprire il disco con il nastro di copertura per Universal Discs. 6. Aprire il coperchio dell’Integrated Cycler. 7. Posizionare il disco universale sigillato sulla piastra. 8. Chiudere delicatamente il coperchio. 9. Fare clic su Run [Esegui]. 10. Fare clic su Start [Inizia].

F. ANALISI DEI DATI

1. Al termine della sessione, fare clic su Analyze [Analizza]. 2. Scegliere i coloranti (canali) uno alla volta o selezionarli tutti, spuntando la casella vicino ad ognuno di essi. 3. Premere il pulsante Print Preview [Anteprima di stampa] (in basso a destra) per rivedere una sintesi dei valori predittivi

ottenuti. Spuntare la casella Include Graphs [Includi grafici] per includere un’anteprima delle curve di amplificazione.

Simplexa™ EBV pagina 6

Per includere il rapporto di calibrazione associato alla sessione predittiva, spuntare la casella Include Calibration Result [Includi risultato calibrazione]. Scorrere le pagine utilizzando i pulsanti freccia nell’angolo superiore sinistro

della finestra Print preview [Anteprima di stampa]. 4. Stampare o salvare il rapporto secondo le proprie necessità, cliccando su Print [Stampa] o su Save [Salva]. 5. Se necessario, esportare i valori ottenuti.

CONTROLLO DI QUALITÀ

Ogni laboratorio deve stabilire i propri intervalli per il controllo qualità e la frequenza di tali controlli, in base alle leggi e ai regolamenti locali applicabili e alle buone pratiche di laboratorio standard.

REFERTAZIONE DEI RISULTATI

1. Validità della sessione

Determinare se la sessione è valida esaminando i risultati per EBV e per il controllo interno (IC) per i pozzetti del controllo positivo basso (LPC), del controllo positivo alto (HPC) e del controllo no template (NTC). Perché la sessione sia valida, tutti e tre i controlli devono soddisfare i criteri di accettabilità. Se la sessione non è valida, tutti i campioni dei pazienti devono essere nuovamente analizzati.

Criteri di accettabilità

Controllo EBV DNA del controllo di estrazione e amplificazione (IC)

Controllo no template (NTC) Non rilevato Rilevato Controllo positivo basso (LPC) Entro i valori di tolleranza indicati

sull’etichetta specifica per il lotto Non applicabile

Controllo positivo alto (HPC) Entro i valori di tolleranza indicati sull’etichetta specifica per il lotto Non applicabile

L’NTC soddisfa i criteri di accettabilità se EBV non viene rilevato e il controllo interno viene rilevato. La rilevazione di EBV nell’NTC indica che i campioni potrebbero aver subito una contaminazione durante il processamento.

L’LPC soddisfa i criteri di accettabilità se EBV viene rilevato in esso entro i valori di tolleranza (come indicato sull’etichetta specifica per il lotto); il controllo interno dovrebbe essere rilevato, ma questo non costituisce un requisito indispensabile.

L’HPC soddisfa i criteri di accettabilità se EBV viene rilevato in esso entro i valori di tolleranza (come indicato sull’etichetta specifica per il lotto); il controllo interno dovrebbe essere rilevato, ma questo non costituisce un requisito indispensabile.

2. Interpretazione dei risultati

Interpretazione dei risultati

Esempio Valore EBV Valore IC* Interpretazione

1 Non rilevato Rilevato EBV non rilevato.

2 < 900 copie/ml Non applicabile EBV rilevato, sotto il limite inferiore di quantificazione (LLoQ, Lower Limit of Quantitation).

3 X copie/ml Non applicabile EBV rilevato ad una specifica concentrazione.

4 > 8,07 x 108 copie/ml Non applicabile EBV rilevato, al di sopra del limite superiore di

quantificazione (UloQ, Upper Limit of Quantitation). 5 Non rilevato Non rilevato Non valido, estrarre nuovamente e ripetere.

3. Validità dei risultati ottenuti per i campioni

Un campione è considerato valido se, alternativamente,

1. EBV non viene rilevato e il controllo interno è rilevato.

2. EBV viene rilevato. Non è necessario che il controllo interno sia rilevato per risultati positivi per EBV.

3. Per ogni risultato si dovrà esaminare la curva di amplificazione, con particolare attenzione a quelli per cui venga visualizzato il messaggio “Data Quality” [Qualità dei dati]. Una curva di amplificazione valida mostra un aumento esponenziale uniforme. Fare riferimento al manuale dell’operatore per le azioni consigliate.

Simplexa™ EBV pagina 7

LIMITAZIONI

1. Il dosaggio deve essere eseguito solo da personale adeguatamente formato e che abbia acquisito familiarità con le procedure d’esame e l'interpretazione dei risultati.

2. Il software 3M Integrated Cycler Studio mantiene in memoria il file dell'ultima calibrazione valida per quantificare i campioni ottenuti dai pazienti. L’estrazione deve essere eseguita utilizzando per gli standard di quantificazione e i campioni ottenuti dai pazienti la stessa metodica; in caso contrario, si possono ottenere risultati errati.

3. Quando il test venga usato per il monitoraggio di un paziente, il metodo di estrazione utilizzato per preparare il campione della determinazione iniziale deve essere mantenuto per tutte le determinazioni seguenti.

4. Tutti i risultati derivanti da questo e da altri test devono essere messi in correlazione con l'anamnesi clinica, i dati epidemiologici e gli altri dati in possesso del medico che esamina il paziente.

5. La prevalenza dell’infezione influisce sul valore predittivo del test.

6. Come accade per altri test, un risultato negativo non esclude la presenza di infezioni da EBV.

7. Si possono avere risultati falsi negativi quando il microrganismo infettante presenti mutazioni, inserzioni, delezioni o riarrangiamenti del genoma, o se il test viene eseguito in una fase molto precoce della malattia.

8. Si possono avere risultati falsi negativi se il campione contiene un numero inadeguato di microrganismi a causa di prelievo, trasporto o manipolazione non corretti.

9. Come accade per altri test, si possono avere risultati falsi positivi. In alcuni scenari, può essere indicato ripetere il test o eseguirlo con un dispositivo differente.

10. La resa del saggionello screening dei donatori non è stata definita.

11. Non sono state definite le prestazioni di questo test in presenza di farmaci per il trattamento della mononucleosi infettiva potenzialmente interferenti.

12. Questo test non può escludere la presenza di malattie causate da altri patogeni batterici o virali.

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CARATTERISTICHE PRESTAZIONALI

CONFRONTO DI METODICHE

Allo studio clinico di concordanza ha partecipato un sito di analisi interno. I risultati di riferimento sono stati generati utilizzando un test ad alte prestazioni sviluppato in laboratorio. Si sono ottenuti in totale 56 campioni di sangue intero, combinando campioni prospettivi inviati al sito di raccolta per il rilevamento o la quantificazione di EBV. I campioni sono stati estratti utilizzando la metodica di estrazione MagNa Pure. Si sono inclusi nell’analisi i campioni i cui risultati ricadessero all’interno dell’intervallo riportabile combinato del test di riferimento sviluppato in laboratorio e del dosaggio Simplexa EBV. La regressione di Passing-Bablok ha dato una pendenza di 0,82 e un errore costante consistente di 0,44.

RIPRODUCIBILITÀ

Lo studio di riproducibilità è stato eseguito su due sistemi, con un operatore per sistema, quattro replicati di ogni campione appartenente al pannello per ogni sessione, per due sessioni al giorno per cinque giorni. I campioni utilizzati nel pannello di riproducibilità consistevano di campioni di sangue intero preparati ad hoc e addizionati con diverse concentrazioni di un ceppo di EBV. Il pannello comprendeva controlli (NTC, HPC e LPC), un pool di sangue negativo (sangue intero non addizionato con EBV), un pool a bassa concentrazione (addizionato con una concentrazione di EBV approssimativamente 2-4 volte il limite di rilevazione (LoD)), un pool a concentrazione intermedia (approssimativamente 8-10 volte il LoD) e un pool ad alta concentrazione (intervallo di rilevazione superiore del saggio). In aggiunta a questo, si sono inclusi nel pannello tutti i livelli di standard di quantificazione ottenuti da un unico lotto di standard di quantificazione per EBV (EBV Quantitation Standard o QS, n = 5). La tabella di seguito mostra i risultati di riproducibilità per ogni campione del pannello.

Simplexa™ EBV pagina 9

Riproducibilità di Simplexa™ EBV

Deviazione standard

Nome del campione

Concentrazione attesa

(copie/ml)

Media geometrica (copie/ml)

Media logaritmica (copie/ml)

N. di risultati

misurabili Tra

strumenti Tra

giorni Tra

sessioni

Nella stessa sessio

ne Totale

NTC 0 Non rilevato Non rilevato 0 Non applicabile (N/A)

HPC 2,13 x 105 1,97 x 10

5 5,29 80 0,17 0,03 0,02 0,01 0,17

LPC 4,66 x 103 5,67 x 10

3 3,75 80 0,19 0,02 0,03 0,04 0,19

QS-1 3,61 x 108 3,66 x 10

8 8,56 80 0,21 0,07 0,00 0,22 0,32

QS-2 3,91 x 106 4,55 x 10

6 6,66 80 0,18 0,05 0,01 0,02 0,18

QS-3 4,02 x 104 5,01 x 10

4 4,70 80 0,21 0,03 0,01 0,02 0,21

QS-4 4,72 x 103 5,85 x 10

3 3,77 80 0,20 0,03 0,02 0,04 0,21

QS-5 1,03 x 103 1,42 X 10

3 3,15 49 0,12 0,00 0,01 0,11 0,16

Conc, alta 1,0 x 107 1,55 x 10

8 8,19 67 0,25 0,13 0,13 0,05 0,31

Conc, intermedia

9,0 x 103 9,41 x 10

3 3,97 80 0,26 0,17 0,10 0,07 0,33

Conc, bassa 3,6 x 103 4,23 x 10

3 3,63 78 0,35 0,13 0,08 0,07 0,39

Campione negativo

0 Non rilevato Non rilevato 0 N/A

SENSIBILITÀ ANALITICA / LIMITE DI RILEVAZIONE

Il limite di rilevazione (LoD, Limit of Detection) è stato calcolato creando campioni ad hoc da uno stock a concentrazione nota di un ceppo di EBV addizionato ad una matrice di sangue intero risultato clinicamente negativo. Il pannello includeva un control lo negativo (matrice non addizionata) e campioni a diverse concentrazioni, ottenuti per diluizione seriale, intorno al LoD approssimato. Si sono analizzati ventiquattro (24) replicati ottenuti da tre (3) diverse estrazioni e sessioni di PCR ad ogni livello, applicando l’analisi probit per determinare la concentrazione più bassa che potesse essere accuratamente rilevata con il 95% di probabilità. Il protocollo LoD è stato eseguito per ognuno dei due metodi di estrazione. I singoli valori del LoD sono mostrati nella tabella sottostante. Il LoD per il saggio EBV, inteso come il LoD più elevato per entrambi i metodi di estrazione, è risultato pari a 900 copie/ml.

Sangue intero

MagNA Pure easyMag

copie/ml 900 698

LINEARITÀ

La linearità è stata determinata usando campioni ottenuti ad hoc da uno stock a concentrazione nota di un ceppo di EBV addizionato a matrici di sangue intero risultate clinicamente negative. Il pannello consisteva di almeno 10 pool di copie note, che coprivano l'intervallo di linearità atteso. In questi pool, almeno 3 concentrazioni erano prossime al limite inferiore di quantificazione (LLOQ), 2 erano prossime al limite superiore di quantificazione (ULOQ) e le rimanenti erano distribuite in modo approssimativamente omogeneo tra il LLOQ e l’ULOQ. Ogni campione è stato analizzato in modo casuale, in almeno 3 replicati. I l protocollo di linearità è stato eseguito per ognuno dei due metodi di estrazione. I singoli valori dell’intervallo riportabile sono mostrati nella tabella sottostante.

Sangue intero

MagNA Pure easyMag

copie/mL da 900 a 8.07×108 da 900 a 8.07×10

8

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INTERVALLO RIPORTABILE

Entrambi i metodi di estrazione erano lineari fino a 8,07 × 108 copie/ml. L’intervallo riportabile del saggio era basato sul metodo di

estrazione, con il valore più elevato per il limite inferiore dell’intervallo lineare. I campioni che si trovano al di sotto dell’intervallo lineare saranno riportati come < 900 copie/ml; i campioni che si trovano al di sopra dell’intervallo lineare saranno riportati come >8,07 x 10

8 copie/ml.

REATTIVITÀ ANALITICA / CROSS-REATTIVITÀ

Diversi studi hanno indicato che i primer sono specifici per EBV e non danno reazioni crociate con altri virus o batteri, inclusi HBV, HCV, HIV-1, HIV-2, HSV-1, HSV-2, HHV-6, HHV-7, HHV-8, HTLV-1, JCV, Parvovirus, Toxoplasma gondii, VZV, CMV e BKV. I database delle sequenze di acidi nucleici indicano inoltre che i primer sono specifici per EBV, e che essi non presentano omologie significative con le sequenze di altri patogeni o con il DNA umano.

INTERFERENZA

Non sono state valutate le prestazioni di questo test in presenza di sostanze potenzialmente interferenti. Il processo automatizzato di estrazione degli acidi nucleici mediante il sistema MagNA Pure o il sistema NucliSENS easyMAG rimuove efficacemente le impurità dal campione durante l’isolamento e il lavaggio degli acidi nucleici, nel corso del processo di estrazione. I controlli interni avvisano l'utente finale di possibili eventi di inibizione della PCR; se tutti i target e il controllo interno non vengono rilevati, il test non è valido.

CONTAMINAZIONE DA CARRYOVER

Il carryover di amplificato è stato valutato per lo strumento e il disco universale in altri dosaggi. Questi studi hanno ricercato la presenza di contaminazioni in campioni altamente negativi. Ogni studio è stato impostato posizionando alternativamente su ogni disco un campione altamente positivo ed uno altamente negativo. L’effetto da carryover è stato valutato confrontando il tasso di negativi osservato per i campioni altamente negativi con il tasso atteso, nelle normali condizioni di riproducibilità. Nei test eseguiti non è stato osservato alcun effetto dovuto a contaminazioni da carryover.

Simplexa™ EBV pagina 12

BIBLIOGRAFIA

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Clinical Laboratory Standards (NCCLS). Protection of Laboratory Workers from Instruments, Biohazards and Infectious Disease Transmitted by Blood, Body Fluids and Tissue (NCCLS M29-A).

L’uso delle sonde Scorpions

® per la diagnostica in vitro nell'uomo è coperto da una licenza concessa da DxS, Ltd a Focus Diagnostics, Inc. I coloranti Black Hole

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Rev. G Data di redazione: 24 marzo 2017

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