Takashi Tsukamoto, Ph. D. - 北海道大学...円, 2016年10月1日～2017年3月31日. 3. 平成28年度自然科学研究機構分子科学研究所共同利用研究（前期）”時間分解赤外

Update: 2019.08.07

Takashi Tsukamoto, Ph. D. 1

Takashi Tsukamoto, Ph. D.

Email: [email protected] Phone: +81-(0)11-706-4475

Office: Room 2-8-02, School of Science 2nd Bldg., Hokkaido University, Kita-10 Nishi-8,

Kita-ku, Sapporo 060-0810, Japan.

Lab. HP: http://altair.sci.hokudai.ac.jp/infana/

researchmap: http://researchmap.jp/takashi_tsukamoto/

ResearcherID: F-3993-2017 ORCiD: orcid.org/0000-0002-6348-6664

Research interests

My research interests are to elucidate the structural dynamics, the photochemical reactions, the

ion transport mechanisms, and the oligomer formations of retinal-based photoreceptors in

microbes, called microbial rhodopsins. Through these, I pursue the goal of deeply

understanding how ion-pumping rhodopsins can pump ions. Based on the findings from the

research, I try to develop the proteins with novel light-driven functions.

Update: 2019.08.07


Research and work activities

Hokkaido University, Sapporo, Japan. (April 2017 – )

Assistant professor (Faculty of Advanced Life Science, Laboratory of Biological Information

Analysis Science, with Prof. Makoto Demura)

Okayama University, Okayama, Japan. (July 2014 – March 2017)

Assistant professor (Graduate School of Medicine, Dentistry, and Dentistry, and Pharmaceutical

Sciences, Laboratory of Biophysical Chemistry, with Prof. Yuki Sudo)

Okayama University, Okayama, Japan. (April 2014 – June 2014)

Postdoctoral fellow (Graduate School of Medicine, Dentistry, and Dentistry, and

Pharmaceutical Sciences, Laboratory of Biophysical Chemistry, with Prof. Yuki Sudo)

Nagoya University, Nagoya, Japan. (February 2013 – June 2014)

Postdoctoral fellow (Division of Biological Science, Graduate School of Science, Group of

Biomembrane Functions, Laboratory of Supra-molecular Biology, with Associate Prof. Yuki

Sudo, Prof. Michio Homma)

National Institute of Materials Science, Tsukuba, Japan. (September 2010 – November 2010)

Internship researcher (Biosystem and Biomolecule Control Group, with Prof. Nobutaka

Hanagata)

Education

Hokkaido University, Sapporo, Japan. (April 2010 – March 2013)

Ph. D. candidate (Graduate School of Life Science, Supervisor Prof. Makoto Demura)

Thesis title: Studies on the Homo-Trimer Formation of Microbial Ion-Pumping Rhodopsins and

Its Relationship to Their Photoreactive Functions.


Master’s course student (Graduate School of Life Science, Supervisor Prof. Makoto Demura)

Thesis title: Biosynthesis and Structural Studies of IFITM5, a Mammalian Double

Transmembrane Protein, by Solution-State NMR Spectroscopy.

Update: 2019.08.07



Undergraduate (Biological Sciences (Macromolecular Functions), School of Science,

Supervisor Prof. Makoto Demura)

Thesis title: Homo-Trimer Formation of Natronomonas pharaonis Halorhodopsin.

Awards and fellowships

Scholarship, Japan Student Service Organization (2004 – 2012)

The Nitobe Award, Hokkaido University (2005)

Scholarship, Faculty of Advanced Life Science, Hokkaido University (2009)

Award for NIMS Internship Program, National Institute of Materials Science (2010)

The Ushio Foundation Scholarship (2010 - 2012)

Memberships

The Biophysical Society of Japan (2007 - )

The Nuclear Magnetic Resonance Society of Japan (2009 - )

Funding

(Grants-in-Aid for Scientific Research (KAKEN), Japanese Ministry of Education, Culture,

Sports, Science, and Technology.)

1. 国際共同研究強化（B）“生体分子中の窒素の特性を、中性子回折と計算化学により解明する（研究課題番号：18KK0194）”（分担）17,680千円, 2019年 2月 7日～2022年 3月 31日

2. 若手研究 “イオン輸送型ロドプシンのアミノ酸変異による輸送方式の変換とその分子機構の解明（研究課題番号：18K14658）”（代表）4,290 千円, 2018 年 4 月 1

日～2020年 3月 31日

3. 若手研究（B） “高度好熱菌ロドプシンにおける構造安定性の追求（研究課題番号：15K18519）”（代表）4,290千円, 2015年 4月 1日～2018年 3月 31日

Update: 2019.08.07


(Other Domestic Competitive Funds)

1. ノーステック財団若手研究人材・ネットワーク育成補助金（ノースタレント補助金） 400千円, 2017年 9月 1日～2018年 3月 31日.

2. 科学技術振興機構 JST 戦略的創造研究推進事業・さきがけ特定課題調査 1000千円, 2016年 10月 1日～2017年 3月 31日.

3. 平成 28年度自然科学研究機構分子科学研究所共同利用研究（前期）”時間分解赤外分光法によるレチナールタンパク質の構造ダイナミクスの解析”（継続，代表）100

千円, 2016年 4月 1日～2016年 9月 30日.

4. 平成 27年度自然科学研究機構分子科学研究所共同利用研究（後期）”時間分解赤外分光法によるレチナールタンパク質の構造ダイナミクスの解析”（新規，代表）100

千円, 2015年 10月 1日～2016年 3月 31日.

5. 若手研究者スタートアップ研究支援事業（岡山大学）（代表）, 500千円, 2014年 7

月 1日～2016年 6月 30日.

Publications (peer-reviewed)

(Original articles)

1. Iizuka, A., Kajimoto, K., Fujisawa, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Kamo, N., Jung K.-H.,

Unno, M., Demura, M., Kikukawa, T. (2019) “Functional importance of the oligomer

formation of the cyanobacterial H+ pump Gloeobacter rhodopsin” Sci. Rep. 9, 10711.

2. Taro Yamanashi, Misayo Maki, Keiichi Kojima, Atsushi Shibukawa, Takashi Tsukamoto,

Srikanta Chowdhury, Akihiro Yamanaka, Shin Takagi, Yuki Sudo. (2019) “Quantification

of the neural silencing activity of anion channelrhodopsin in Caenorhabditis elegans and

their applicability for long-term illumination” Sci. Rep. 9(1), 7863.

3. Tsukamoto, T., Kikuchi, C., Suzuki, H., Aizawa, T., Kikukawa, T., Demura, M. (2018)

“Implications for the impairment of the rapid channel closing of Proteomonas sulcata

anion channelrhodopsin 1 at high Cl- concentrations” Sci. Rep. 8, 13445. Press release

here.

4. Shionoya, T., Mizuno, M., Tsukamoto, T., Ikeda, K., Seki, H., Kojima, K., Shibata, M.,

Kawamura, I., Sudo, Y., Mizutani, Y. (2018) “High Thermal Stability of Oligomeric

Assemblies of Thermophilic Rhodopsin in a Lipid Environment” J. Phys. Chem. B

122(27), 6945-6953.

5. Takayama, R., Kaneko, A., Okitsu, T., Tsunoda, S.P., Shimono, K., Mizuno, M., Kojima,

Update: 2019.08.07


K., Tsukamoto, T., Kandori, H., Mizutani, Y., Wada, A., Sudo, Y. (2018) “Production of a

Light-Gated Proton Channel by Replacing the Retinal Chromophore with Its Synthetic

Vinylene Derivative” J. Phys. Chem. Lett. 9(11), 2857-2862.

6. Nakajima, Y., Tsukamoto, T., Kumagai, Y., Ogura, Y., Hayashi, T., Jaeho, S., Kikukawa,

T., Demura, M., Kogure, K., Sudo, Y., Yoshizawa, S. (2018) “Presence of a Haloarchaeal

Halorhodopsin-Like Cl- Pump in Marine Bacteria” Microbes. Environ. 33, 89-97.

7. Inoue, S., Yoshizawa, S., Nakajima, Y., Kojima, K., Tsukamoto, T., Kikukawa, T., Sudo, Y.

(2018) “Spectroscopic characteristics of Rubricoccus marinus xenorhodopsin (RmXeR)

and a putative model for its inward H+ transport mechanism” Phys. Chem. Chem. Phys. 20,

3172-3183.

8. Honda, N., Tsukamoto, T., Sudo, Y. (2017) “Comaparative evaluation of the stability of

seven-transmembrane microbial rhodopsins to various physicochemical stimuli” Chem.

Phys. Lett. 682, 6-14.

9. Niho, A., Yoshizawa, S., Tsukamoto, T., Kurihara, M., Tahara, S., Nakajima, Y., Mizuno,

M., Kuramochi, H., Tahara, T., Mizutani, Y., Sudo, Y. (2017) “Demonstration of a

Light-Driven SO42- Transporter and Its Spectroscopic Characteristics” J. Am. Chem. Soc.

139(12), 4376-4389. (IF = 13.08, 2015)

10. Tsukamoto, T.*, Yoshizawa, S., Kikukawa, T., Demura, M., Sudo, Y. (2017) “Implications

for the Light-Driven Chloride Ion Transport Mechanism of Nonlabens marinus Rhodopsin

3 by Its Photochemical Characteristics” J. Phys. Chem. B 121(9), 2027-2038. (IF = 3.302,

2014)

11. Kanehara, K., Yoshizawa, S., Tsukamoto, T., Sudo, Y. (2017) “A phylogenetically

distinctive and extremely heat stable light-driven proton pump from the eubacterium

Rubrobacter xylanophilus DSM 9941T” Sci. Rep. 7, 44427. (IF = 5.228, 2016)

12. Doi, S., Tsukamoto, T., Yosizawa, S., Sudo, Y. (2017) “An inhibitory role of Arg-84 in

anion channelrhodopsin-2 expressed in Escherichia coli” Sci. Rep. 7, 41879. (IF = 5.228,

2016)

13. Tsukamoto, T., Mizutani, K., Hasegawa, T., Takahashi, M., Honda, N., Hashimoto, N.,

Shimono, K., Yamashita, K., Yamamoto, M., Miyauchi, S., Takagi, S., Hayashi, S., Mutara,

T., Sudo, Y. (2016) “X-ray Crystallographic Structure of Thermophilic Rhodopsin:

Implications for High Thermal Stability and Optogenetic Function” J. Biol. Chem. 291,

12223-12232. (IF = 4.573, 2014)

14. Sakamoto, A., Tsukamoto, T., Furutani, Y., Sudo, Y., Shimada, K., Tomita, A., Kiyoi, H.,

Update: 2019.08.07


Kato, T., Funatsu, T. (2016) “Live-cell single-molecule imaging of the cytokine receptor

MPL for analysis of dynamic dimerization” J. Mol. Cell Biol. 8(6), 553-555. (IF = 6.870,

2014)

15. Doi, S., Mori, A., Tsukamoto, T., Reissig, L., Ihara, K., Sudo, Y. (2015) “Structural and

Functional Roles of the N- and C-terminal Extended Modules in Channelrhodopsin-1”

Photochem. Photobiol. Sci. 14, 1628-1636. (IF = 2.939, 2013)

16. Kikukawa, T., Kusakabe, C., Kokubo, A., Tsukamoto, T., Kamiya, M., Aizawa, T., Ihara,

K., Kamo, N., Demura, M. (2015) “Probing the Cl—pumping Photocycle of pharaonis

Halorhodopsin: Examinations with Bacterioruberin, an Intrinsic Dye, and Membrane

Potential-Induced Modulation of the Photocycle” Biochim. Biophys. Acta (Bioenergetics)

1847, 748-758. (IF = 4.829, 2013)

17. Inoue, K., Tsukamoto, T., Shimono, K., Suzuki, Y., Miyauchi, S., Hayashi, S., Kandori,

H., Sudo, Y. (2015) “Converting a Light-Driven Proton Pump into a Light-Gated Proton

Channel” J. Am. Chem. Soc. 137, 3291-3299. (IF = 11.444, 2014)

18. Tsukamoto, T., Demura, M., Sudo, Y. (2014) “Irreversible Trimer to Monomer Transition

of Thermophilic Rhodopsin upon Thermal Stimulation” J. Phys. Chem. B 118(43),

12383-12394. (IF = 3.377, 2013)

19. Tsukamoto, T.*, Li, X., Morita, H., Minowa, T., Aizawa, T., Hanagata, N., Demura, M.

(2013) “Role of S-palmitoylation on IFITM5 for the Interaction with FKBP11 in

Osteoblast Cells” PLoS ONE 8(9), e75831. (IF = 3.730, 2012)

20. Tsukamoto, T., Inoue, K., Kandori, H., Sudo, Y. (2013) “Thermal and Spectroscopic

Characterization of a Proton Pumping Rhodopsin from an Extreme Thermophile” J. Biol.

Chem. 288, pp. 21581-21592. (IF = 4.651, 2012)【Selected article on “Faculty of 1000

Biology (Microbiology)”】

21. Tsukamoto, T., Kikukawa, T., Kurata, T., Jung, K.-H., Kamo, N., Demura, M. (2013)

“Salt-bridge in the conserved His-Asp cluster in Gloeobacter rhodopsin contributes to

trimer formation” FEBS Lett. 587, 322-327. (IF = 3.582, 2012)

22. Tsukamoto, T., Sasaki, T., Fujimoto, K. J., Kikukawa, T., Kamiya, M., Aizawa, T.,

Kawano, K., Kamo, N., Demura, M. (2012) “Homotrimer formation and dissociation of

pharaonis halorhodopsin in detergent system” Biophys. J. 102, 2906-2915. (IF = 3.668,

2012)

23. Yamashita, Y., Kikukawa, T., Tsukamoto, T., Kamiya, M., Aizawa, T., Kawano, K.,

Miyauchi, S., Kamo, N., Demura, M. (2011) “Expression of salinarum halorhodopsin in

Update: 2019.08.07


Escherichia coli cells: Solubilization in the presence of retinal yields the natural state”

Biochim. Biophys. Acta (Biomembrane) 1808, 2905-2912. (IF = 3.990, 2011)

(Review articles)

1. Tsukamoto, T., Sudo, Y. (2014) “Sensory rhodopsins” eLS (Microbiology), DOI:

10.1002/9780470015902.a0022838.

2. Inoue, K., Tsukamoto, T., Sudo, Y. (2014) “Molecular and Evolutionary Aspects of

Microbial Sensory Rhodopsins” Biochim. Biophys. Acta 1837, 562-577.

(Japanese articles)

1. 塚本卓, 須藤雄気. (2015) “好熱性細菌のレチナールタンパク質” 生物物理 55(2),

92-94.

2. 水谷健二, 橋本直記, 塚本卓, 須藤雄気, 村田武士. (2014) “微生物型ロドプシン TR

の X線結晶構造解析” Photon Factory Activity Report 2013 #31, B.

3. 須藤雄気, 塚本卓. (2014) “膜蛋白質の抽出（可溶化）（２）” 蛋白質科学会アーカイブ 7, e079.

Talks and posters

(Invited talks)

1. Takashi Tsukamoto. “Photochemical Properties of Microbial Rhodopsin Pumps and

Channels” APSBMS 2018 Annual Meeting (Invited talk, July 21, 2018, Sapporo)

2. 塚本卓.“好熱性バクテリアのレチナールタンパク質：発見と物性解析のこれまでとこれから”第 54回日本生化学会北海道支部例会（招待講演、2017年 7月 7日、札幌市）

3. 塚本卓，須藤雄気. “微生物型ロドプシンの光応答性と応用技術への展開”，新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（招待講演、2016年 11月 18-19日，滋賀県草津市）

(International meetings)

1. Murabe, K., Kato, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Demura, T., Kikukawa, T.

“Time-resolved detection of Na+ uptake and release reactions of Na+-pumping rhodopsin”

The 9th Asia and Oceania Conference on Photobiology, 2019.09.21-24, Qingdao, China.

2. Kikukawa, T., Sasaki, S., Nishiya, K., Tsukamoto, T., Aizazwa, T.,Demura, M.,

Update: 2019.08.07


Tamogami, J. “Replacements of “H+ donor” residues in the light-driven H+-pump

rhodopsins” 17th International Congress on Photobiology & 18th Congress of the

Europian Society for Photobiology, 2019.08.25-30, Barcelona, Spain.

3. Tsukamoto, T., Kikuchi, C., Suzuki, H., Aizawa, T., Kikukawa, T., Demura, M. “Anion

concentration dependency on the photocycle of PsuACR1: Implications for the

impairment of its fast channel closing”, 18th International Conference on Retinal Proteins

(Poster talk & Poster, Sept. 2018, Ontario, Canada)

4. Kikukawa, T., Iizuka, A., Kajimoto, K., Fujisawa, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Jung,

K.-H., Kamo, N., Unno, M., Demura, M. “Functional Importance of Trimer Formation of

Light-Driven H+ Pump Gloeobacter Rhodopsin”, 18th International Conference on Retinal

Proteins (Poster talk & Poster, Sept. 2018, Ontario, Canada)

5. Kurihara, M., Hashimoto, M., Yoshizawa, S., Kojima, K., Tsukamoto, T., Kikukawa, T.,

Sudo, Y. “An elevated pKa of the protonated retinal Schiff base counterion Asp as a key

factor for efficient ion transport in Na+ pumping rhodopsins”, 18th International

Conference on Retinal Proteins (Poster, Sept. 2018, Ontario, Canada)

6. Shionoya, T., Mizuno, M., Tsukamoto, T., Ikeda, K., Kojima, K., Shibata, M., Sudo, Y.,

Mizutani, Y. “High Thermal Stability of Oligomeric Assembly of Thermophilic Rhodopsin

in Lipid Bilayer”, 18th International Conference on Retinal Proteins (Poster, Sept. 2018,

Ontario, Canada)

7. Shionoya, T., Mizuno, M., Tsukamoto, T., Sudo, Y., Mizutani, Y. “Subunit-subunit

interaction in a light-driven proton pump from a thermophilic bacterium: Effects on

hydrogen bond of the chromophore”, The 6th Asian Spectroscopy Conference (Poster,

September 3 – 6, 2017, Hsinchu, Taiwan)

8. Niho, A., Yoshizawa, S., Tsukamoto, T., Kurihara, M., Tahata, S., Nakajima, Y., Mizuno,

M., Kuramochi, H., Tahara, T., Mizutani, Y., Sudo, Y. “Demonstration of a light-driven

SO42- transporter from the cyanobacterium and its spectroscopic characterization” P-18,

International Symposium on Biophysics of Rhodopsins (Poster, May, 2017, Kyoto, Japan)

9. Inoue, S., Yoshizawa, S., Tsukamoto, T., Sudo, Y. “Functional and spectroscopic

characterization of RmXeR, a xenorhodopsin from a marine bacterium Rubricoccus

marinus SG-29T” P-3, International Symposium on Biophysics of Rhodopsins (Poster,

May, 2017, Kyoto, Japan)

10. Doi, S., Tsukamoto, T., Yoshizawa, S., Sudo, Y. “Functional Expression of the Eukaryotic

Guillardia theta Anion Channel Rhodopsin (GtACR2) in Escherichia coli” P10, The 7th

Update: 2019.08.07


Asia and Oceania Conference on Photobiology (Poster, Nov. 2015, Taipei, Taiwan)

11. Takahashi, M., Okazaki, A., Tsukamoto, T., Sudo, Y., Takagi, S. “Behavioral analysis of C.

elegans is useful for estimating availability of novel optogenetic tools” P-66, 16th

International Conference on Retinal Proteins (Poster, Oct. 2014, Nagahama, Japan)

12. Reissig, L., Dalgleish, S., Tsukamoto, T., Matsushita, M., Sudo, Y., Awaga, K. “Towards

Biological Photodetectors” P-52, 16th International Conference on Retinal Proteins (Poster,

Oct. 2014, Nagahama, Japan).

13. Mizutani, K., Hashimoto, N., Tsukamoto, T., Sudo, Y., Murata, T. “X-ray crystal structure

of the proton pumping rhodopsin TR from the hyperthermophile Thermus thermophilus”

P-45, 16th International Conference on Retinal Proteins (Poster, Oct. 2014, Nagahama,

Japan).

14. Tsukamoto, T., Sudo, Y. “Physicochemical Characterization of a Light-Driven Proton

Pump from an Extreme Thermophile” P-68, (Poster, Oct. 2014, Nagahama, Japan).

15. Takahashi, M., Okazaki, A., Tsukamoto, T., Sudo, Y., Takagi, S. “Novel optogenetic tools

for silencing neural activity in C. elegens” 105, Neuronal Development, Synaptic Function

& Behavior C. elegans Topic Meeting 2014. (Poster, July. 2014, Madison UW, USA)

16. Tsukamoto, T., Kikukawa, T., Kurata, T., Jung, K.-H., Kamo, N., Demura, M.

“Homo-trimeric structure of Gloeobacter rhodopsin is regulated by the protonation state of

Asp121, a counterion of the protonated Schiff base” P-54, 15th International Conference on

Retinal Proteins (Poster, Oct. 2012, Ascona, Switzerland).

17. Kikukawa, T., Kokubo, A., Tsukamoto, T., Ihara, K., Kamo, N., Demura, M. “When does

halorhodopsin capture and release Cl- during photocycle? Examination by spectrum

changes of an intrinsic voltage-sensitive dye, bacterioruberin” P-22, 15th International

Conference on Retinal Proteins (Poster, Oct. 2012, Ascona, Switzerland).

18. Tsukamoto, T., Sasaki, T., Fujimoto, K. J., Kikukawa, T., Kamiya, M., Aizawa, T.,

Kawano, K., Demura, M. “Trimer formation of N. pharaonis halorhodopsin is stabilized

by the intermolecular interaction among Phe150 residues and leads to functional

modulation in detergent solution” P-36, 14th International Conference on Retinal Proteins

(Poster, Aug. 2010, Santa Cruz, CA, USA).

19. Tsukamoto, T., Sasaki, T., Kikukawa, T., Kamiya, M., Aizawa, T., Kawano, K., Kamo, N.,

Demura, M. “Trimer assembly of Natronomonas pharaonis halorhodopsin, NpHR, in lipid

bilayer and detergent” P-14, 13th International Conference on Retinal Proteins (Poster, Jun.

2008, Barcelona, Spain).

Update: 2019.08.07


(Domestic meetings)

1. 加藤朝也、村部圭祐、塚本卓、相沢智康、出村誠、菊川峰志. “Indibacter alkaliphilus

由来 Na+ポンプ型ロドプシンの輸送過程の解析” ISSPワークショップ「レチナールタンパク質の光機能発現の物理と化学」、2019年 9月 5日―6日、東京大学柏キャンパス（千葉県柏市）.

2. 菊川峰志、佐々木将伍、西谷宏輝、塚本卓、相沢智康、出村誠、田母神淳. “H+ポンプ型ロドプシンの H+ドナー残基に関する研究” ISSPワークショップ「レチナールタンパク質の光機能発現の物理と化学」、2019年 9月 5日―6日、東京大学柏キャンパス（千葉県柏市）.

3. ○Tsukamoto, T., Kitahara, T., Kurane, H., Kikuchi, C., Aizawa, T., Kikukawa, T.,

Demura, M. “An Anion Channelrhodopsin with a Naturally Super-Slow Photocycle” 日本生物物理学会第 57回年会、2019年 9月 24日―26日、宮崎シーガイアコンベンションセンター（宮崎県宮崎市）.

4. Kikuchi, C., Aizawa, T., Takashi Kikukawa, T., Demura, M., Tsukamoto, T.

“Comparative Study for Anion Transport Activity of Anion Channelrhodopsins by Using a

Simple pH Electrode Method” 日本生物物理学会第 57回年会、2019年 9月 24日―26

日、宮崎シーガイアコンベンションセンター（宮崎県宮崎市）.

5. Kiyoshima, M., Kikukawa, T., Aizawa, T., Demura, M., Sudo, Y., Tsukamoto, T.

“Inversion of Proton Transport for Thermophilic Rhodopsin by Neutralizing the

Secondary Counterion Asp229” 日本生物物理学会第 57回年会、2019年 9月 24日―26

日、宮崎シーガイアコンベンションセンター（宮崎県宮崎市）.

6. Iwama, K., Watanabe, Y., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Demura, M., Kikukawa, T.

“Importance of His166 for Cl- pump activity of Mastigocladopsis repens halorhodopsin”

日本生物物理学会第 57回年会、2019年 9月 24日―26日、宮崎シーガイアコンベンションセンター（宮崎県宮崎市）.

7. 小島慧一, 山梨太郎, 真木美紗代, 渋川敦史, 塚本卓, 高木新, 須藤雄気.

“Hypersensitive and harmless optical neural silencing by light-gated anion channels in the

nematode C. elegans” 日本動物学会第 90回大阪大会、2019年 9月 12日―14日、大阪市立大学（大阪府大阪市）.

8. 山梨太郎、真木美紗代、小島慧一、渋川敦史、塚本卓、チョドリスリカンタ、山中章弘、高木新、須藤雄気. “アニオンチャネルロドプシン（ACR）の超高感度光

Update: 2019.08.07


神経抑制活性と低光毒性” 第 11回日本生物物理学会中国四国支部大会、2019年 5

月 11―12日、広島県民文化センター（広島県広島市）.

9. 池田華子, 稲村勇雅，久米田博之，熊木康裕，大西裕季，塚本卓，菊川峰志，出村誠，岡松滋美，仲宗根豊一, 伊東昌章, 相沢智康. “NMR メタボロームを用いた昆虫食に関する研究” 第 57回 NMR討論会 The 57th Annual Meeting of the NMR

Society of Japan，2018年 9月 18日, 札幌コンベンションセンター（札幌市）

10. 北田直也, 山野めぐみ, 稲村優雅, 久米田博之, 熊木康裕, 大西祐季, 塚本卓, 菊川峰志, 出村誠, 相沢智康. “NMR メタボロミクスによるブタ生育状態の解析” 第 57

回 NMR討論会 The 57th Annual Meeting of the NMR Society of Japan，2018年 9

月 18日, 札幌コンベンションセンター（札幌市）

11. 包克非，北田直也，稲村優雅，山野めぐみ，久米田博之，熊木康裕，大西裕季，塚本卓，菊川峰志，出村誠，中村公則，綾部時芳，山村凌大，中村幸志，玉腰暁子，相沢智康. “ヒト糞便試料の保存条件がメタボロームに与える影響の検討” 第 57回 NMR討論会 The 57th Annual Meeting of the NMR Society of

Japan，2018年 9月 18日, 札幌コンベンションセンター（札幌市）

12. 加藤貴純、大沼幸暉、石田博昭、塚本卓、菊川峰志、出村誠、Vogel Hans J.、相沢智康. “calmodulin 融合発現系を用いた抗菌ペプチド大量発現の NMR 解析への応用” 第 57回 NMR討論会 The 57th Annual Meeting of the NMR Society of Japan，2018年 9月 18日, 札幌コンベンションセンター（札幌市）

13. Tsukamoto, T., Kikuchi, C., Suzuki, H., Aizawa, T., Kikukawa, T., Demura, M. “Substrate

anion concentration significantly affects the fast channel closing of Proteomonas sulcata

anion channelrhodopsin-1”, 2H1500 (talk) 日本生物物理学会第 56回年会（2018年 9

月、岡山市）

14. Kato, T., Murabe, K., Kikukawa, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Demura, M.

“Photochemical analysis of sodium ion-pumping rhodopsin from Indibacter alkaliphilus”,

2H1554 (talk) 日本生物物理学会第 56回年会（2018年 9月、岡山市）


Sudo, Y. “An elevated pKa of the protonated retinylidene Schiff base counterion is

prerequisite for efficient ion transport in Na+ pumping rhodopsins”, 1H1330 (talk) 日本生物物理学会第 56回年会（2018年 9月、岡山市）

16. Kaneko, A., Takayama, R., Okitsu, T., Tsunoda, S.P., Shimono, K., Mizuno, M., Kojima,

K., Tsukamoto, T., Kandori, H., Mizutani, Y., Wada, A., Sudo, Y. “Production of a

Light-gated Proton Channel by Replacing the Retinal Chromophore with Its Synthetic

Update: 2019.08.07


Vinylene Derivative”, 2H1606 (talk) 日本生物物理学会第 56回年会（2018年 9月、岡山市）

17. 塚本卓, 菊地ちひろ, 鈴木拓, 相沢智康, 菊川峰志, 出村誠：塩濃度に依存したアニオンチャネルロドプシンの光化学的性質の変化, 日本生物物理学会北海道支部例会，2018年 3月 17日, 北海道大学（札幌市）

18. 村部圭佑, 菊川峰志, 塚本卓, 相沢智康, 出村誠：Na+ポンプ型ロドプシンの機能解析：光誘起 Na+濃度変化の直接測定の試み，日本生物物理学会北海道支部例会，2018年 3月 17日, 北海道大学（札幌市）

19. 加藤貴純, 石田博昭, 大沼幸暉, 塚本卓, 菊川峰志, 出村誠, ホーゲルハンス, 相沢智康：Large-scale expression of anti-microbial peptide cecropin P1 (CP1) in E.

coli using calmodulin as fusion partner(抗菌ペプチド cecropin P1 (CP1)の calmodulinを用いた E. coliを宿主とした大量発現)，日本農芸化学会 2018，2018年 3月 16日, 名城大学（名古屋市）

20. 稲村勇雅、山野めぐみ、北田直也、久米田博之、熊木康裕、大西裕季、塚本卓、菊川峰志、出村誠、福間直希、村住侑毅、小池聡、小林康男、相沢

智康：Research of rumen fibrolytic bacterium interaction by NMR metabolomics：ルーメン内繊維分解細菌間相互作用の NMRメタボローム解析を用いた研究，日本農芸化学会 2018，2018年 3月 16日, 名城大学（名古屋市）

21. 山野めぐみ，稲村勇雅，北田直也, 清水由宇，久米田博之，熊木康裕，菊川峰志，塚本卓，出村誠，中村公則，綾部時芳，相沢智康：NMRメタボロミクスに適した生体試料調製法の検討，第５６回 NMR討論会 The 56th Annual Meeting of the

NMR Society of Japan，2017年 11月 14日, 首都大学東京（八王子市）

22. 稲村勇雅，山野めぐみ，北田直也，久米田博之，熊木康裕，大西裕季，塚本卓，菊川峰志，出村誠，福間直希，村住侑毅，小池聡，小林康男，相沢

智康：NMRメタボローム解析を用いたルーメン内繊維分解細菌間相互作用に関する研究，第５６回 NMR討論会 The 56th Annual Meeting of the NMR Society of

Japan，2017年 11月 14日, 首都大学東京（八王子市）

23. 塩谷智巳、水野操、塚本卓、須藤雄気、水谷泰久 “好熱菌由来光駆動プロトンポンプの発色団構造および多量体安定性に膜環境が与える効果” 日本化学会第 97春季大会（2018年 3月、船橋市）

24. Maki, M., Doi, S., Kojima, K., Chowdhury, S., Tsukamoto, T., Yamanaka, A., Takagi, S.,

Sudo, Y. “Ultrasensitive neural silencing activity of anion channelrhodopsin-2 (ACR2) in

Caenorhabditis elegans” 3Pos151 (Poster) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9

Update: 2019.08.07


月、熊本市）

25. Abe, S., Kikukawa, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Kamo, N., Demura, M. “Functional

analysis of T126E mutant of Natronomonas pharaonis halorhodopsin” 3Pos125 (Poster)

日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）

26. Okamura, A., Kikukawa, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Kamo, N., Demura, M.

“Functional analysis of Na+-pumping rhodopsin focusing on acidic residues on the

extracellular surface” 3Pos124 (Poster) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）

27. Suzuki, H., Kato, T., Yasumoto, M., Iwama, K., Okamura, A., Kato, T., Kitada, N., Kuddus,

Md. R., Rumi, F., Tsukamoto, T., Kikukawa, T., Demura, M., Aizawa, T. “Over

expression of recombinant peamaclein, a cycteine-rich plant allergenic peptide derived

from peach pulp” 3Pos062 (Poster) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）

28. Iizuka, A., Kikukawa, T., Kajimoto, K., Fujisawa, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Kamo,

N., Unno, M., Demura, M. “Functional importance of trimer formation of light-driven H+

pump Gloeobacter rhodoosin” 2Pos154 (Poster) 日本生物物理学会第 55回年会（2017

年 9月、熊本市）

29. Murabe, K., Kikukawa, T., Tsukamoto, T., Aizawa, T., Kamo, N., Demura, M. “Analysis

of Na+ transfer reactions of Na+-pumping rhodopsin” 2Pos153 (Poster) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）

30. Tsukamoto, T., Yoshizawa, S., Kikukawa, T., Demura, M. “Light-driven Cl- transport

mechanism of Nonlabens marinus rhodopsin-3 studied by static and time-resolved

spectroscopy” 2Pos146 (Poster) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）

31. Onuma, K., Ishida, H., Kato, T., Tsukamoto, T., Kikukawa, T., Demura, M., Vogel, HJ.,

Aizawa, T. “Mass production of fowlicidin, a cathelicidin antimicrobial peptide by a

calmodulin-peptide fusion and coexpression system” 2Pos077 (Poster) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）

32. Inoue, S., Yoshizawa, S., Kojima, K., Tsukamoto, T., Kikukawa, T., Sudo, Y.

“Spectroscopic analysis of RmXeR, an inward H+ pump rhodopsin from the marine

bacterium Rubricoccus marinus SG-29T” 2I1419 (Talk) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）


Update: 2019.08.07


Sudo, Y. “Distinctive functional and photochemical properties among light-driven sodium

ion pumping rhodopsins” 2I1355 (Talk) 日本生物物理学会第 55回年会（2017年 9月、熊本市）

34. 塩谷智巳、水野操、塚本卓、須藤雄気、水谷泰久.“好熱菌由来光駆動プロトンポンプ TRのタンパク質環境が発色団構造に及ぼす影響”第 11回分子科学討論会（2017

年 9月、仙台市）


Sudo, Y. “Comparative studies on light-driven sodium pumping rhodopsins” 1-12 (Talk)

日本生物物理学会中四国支部講演会（2017年 5月, 松山市）

36. Kanehara, K., Yoshizawa, S., Tsukamoto, T., Sudo, Y. “Investigation of a

phylogenetically distinctive and extremely heat stable light-driven proton pump from the

eubacterium Rubrobacter xylanophilus DSM 9941T” 1-11 (Talk) 日本生物物理学会中四国支部講演会（2017年 5月, 松山市）

37. 塩谷智巳、水野操、塚本卓、須藤雄気、水谷泰久.“好熱菌由来光駆動プロトンポンプのサブユニット間相互作用：発色団水素結合に及ぼす影響”日本化学会第 96春季年会（2017年 3月、横浜市）

38. 金原加苗、吉澤晋、塚本卓、須藤雄気.“真正細菌 Rubrobacter xylanophilus DSM 9941T

由来の系統的に特有で極めて熱に安定な光駆動プロトンポンプ”25PB-pm007S

(Poster)、日本薬学会第 137年会（2017年 3月、仙台市）

39. 金子明正、高山理穂、塚本卓、沖津貴志、和田昭盛、水谷泰久、須藤雄気 .“14-Extended-A2 retinal を内包した人工光受容分子の機能的、分光学的解析”25PB-pm008 (Poster)、日本薬学会第 137年会（2017年 3月、仙台市）

40. Tsukamoto, T., Yoshizawa, S., Kikukawa, T., Demura, M., Sudo, Y. “Cl--pumping

photoreaction of a bacterial halide-ion pumping rhodopsin with an archaeal-type TSA

motif” 2Pos240 (Poster), 日本生物物理学会第 54回年会（2016年 11月，つくば市） 41. Inoue, S., Yoshizawa, S., Tsukamoto, T., Sudo, Y. “Functional characterization of a

microbial rhodopsin from the marine eubacterium Rubricoccus marinus SG-29” 3Pos245

(Poster), 日本生物物理学会第 54回年会（2016年 11月，つくば市）

42. Nemoto, S., Yasuda, S., Mizutani, K., Tsukamoto, T., Sudo, Y., Kinoshita, M., Murata, T.

“Identification of thermostabilizing mutations for thermophilic rhodopsin based on

statistical thermodynamics” 3Pos058 (Poster), 日本生物物理学会第 54回年会（2016

年 11月，つくば市）

43. Tsukamoto, T., Mizutani, K., Hasegawa, T., Takahashi, M., Honda, N., Hashimoto, N.,

Update: 2019.08.07


Shimono, K., Miyauchi, S., Takagi, S., Hayashi, S., Murata, T., Sudo, Y. “Structural basis

for high thermal stability and efficient optogenetic function of thermophilic rhodopsin”

2Pos254 (Poster), 日本生物物理学会第 54回年会（2016年 11月，つくば市）

44. Doi, S., Tsukamoto, T., Chowdhury, S., Yoshizawa, S., Yamanaka, A., Sudo, Y. “A

light-dependent Cl-/H+ antiport activity in anion channelrhodopsin-2” 2Pos253 (Poster),

日本生物物理学会第 54回年会（2016年 11月，つくば市）

45. Hashimoto, E., Suzuki, K., Yamamoto, A., Tsukamoto, T., Uchida, T., Kikukawa, T.,

Demura, M., Ishimori, K. “Functional significance of trimerization in Cl- pumping

properties of halorhodopsin examined by nanodisc reconstitution” 1Pos195 (Poster), 日本生物物理学会第 54回年会（2016年 11月，つくば市）

46. 高山理穂, 沖津貴志, 金子明正, 塚本卓, 和田昭盛, 須藤雄気. “レチナール誘導体による逆向きプロトンポンプの創成” P-66 (Poster), 理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学第５回全体合宿会議（2016年 5月, 十日町市）

47. 土井聡子, 塚本卓, 吉澤晋, 須藤雄気. “アニオンチャネルロドプシン２は光依存性Cl-/H+対向輸送体である” P-67 (Poster), 理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学第５回全体合宿会議（2016年 5月, 十日町市）

48. 本田尚也, 塚本卓, 須藤雄気. “様々な物理化学的刺激に対する安定性の比較から探る微生物型ロドプシンの安定化原理の解明” P-68 (Poster), 理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学第５回全体合宿会議（2016年 5月, 十日町市）

49. 塚本卓, 本田尚也, 西川佳吾, 林重彦, 村田武士, 須藤雄気. “高度好熱菌 Thermus

thermophilus 由来サーモフィリックロドプシンの物性研究” I-1-3 (Talk and Poster),

日本生物物理学会中四国支部講演会（2016年 5月, 高松市）

50. 金原加苗, 吉澤晋, 本田尚也, 塚本卓, 須藤雄気. “好温性放線菌由来ロドプシンの機能的・分光学的解析” I-1-5 (Talk and Poster), 日本生物物理学会中四国支部講演会（2016年 5月, 高松市）

51. 土井聡子, 塚本卓, 吉澤晋, 須藤雄気. “アニオンチャネルロドプシン２は光依存性Cl-/H+対向輸送体として機能する” I-3-20 (Talk and Poster), 日本生物物理学会中四国支部講演会（2016年 5月, 高松市）

52. 黒井邦巧, 塚本卓, 本田尚也, 須藤雄気, 古谷祐詞. “時間分解赤外分光法を用いた熱耐性ロドプシン TRの光反応解析” T10 (Talk), 日本生物物理学会中部支部講演会（2016年 2月, 岡崎市）

53. Tsukamoto, T., Mizutani, K., Takahashi, M., Hasegawa, T., Hashimoto, N., Hayashi, S.,

Takagi, S., Murata, T., Sudo, Y. “X-ray Crystal Structure of TR: Implications for High

Update: 2019.08.07


Thermal Stability and High-Performance Optogenetic Availability” 2Pos168 (Poster), 日本生物物理学会第 53回年会（2015年 9月，金沢市）

54. Niho, A., Yoshizawa, S., Nakajima, Y., Tsukamoto, T., Sudo, Y. “Functional Studies on a

Light-Driven Anion Pump from Synechocystis sp. PCC 7509” 2Pos169 (Poster) , 日本生物物理学会第 53回年会（2015年 9月，金沢市）

55. Kuroi, K., Tsukamoto, T., Honda, N., Sudo, Y., Furutani, Y. “Time-Resolved Infrared

Study on the Photoreaction of Thermophilic Rhodopsin (TR)” 4P066 (Poster) , 第 9回分子科学討論会（2015年 9月，東京都）

56. Suzuki, K., Yamamoto, A., Tsukamoto, T., Kobashigawa, Y., Uchida, T., Inagaki F.,

Demura, M., Ishimori, K. “Functional significance of homotrimer formation in the

Nanodisc-embedded Halorhodopsin” 3P101（Poster），日本生物物理学会第 52回年会

(2014年 9月，札幌市)

57. Tsukamoto, T.，Demura, M.，Sudo, Y.. “Temperature-Dependent Irreversible Structural

Transition of Thermophilic Rhodopsin” 2P233（Poster），日本生物物理学会第 52回年会 (2014年 9月，札幌市)

58. 鈴木研士郎，山本愛弓，塚本卓，小橋川敬博，内田毅，稲垣冬彦，出村誠，石森浩一郎. “Effects of homotrimer formation on chloride pump activity in membrane

mimetics, Nanodisc, embedded halorhodopsin” 3P105（Poster），日本生物物理学会第51回年会 (2013年 10月，京都市)

59. 菊川峰志，日下部力，小久保麻実，塚本卓，神谷昌克，相沢智康，井原邦夫，加茂直樹，出村誠. “Analysis of Cl- release and uptake steps of light-driven Cl- pump

Natronomonas pharaonis halorhodopsin” 2P244（Poster），日本生物物理学会第 51回年会 (2013年 10月，京都市)

60. 井上圭一，塚本卓，谷ヶ崎仁，下野和実，宮内正二，林重彦，神取秀樹，須藤雄気. “Light-induced inward proton transport in a blue-shifted archaerhodopsin-3 mutant”

1P247（Poster），日本生物物理学会第 51回年会 (2013年 10月，京都市)

61. 森安梨沙，塚本卓，谷ヶ崎仁，本間道夫，井原邦夫，須藤雄気. “Expression of

channelrhodopsin-1 in Escherichia coli” 1P243（Poster），日本生物物理学会第 51回年会 (2013年 10月，京都市)

62. 塚本卓，須藤雄気. “Thermophilic rhodopsin: The first light-driven proton pump from an

extreme thermophile” 1P244（Poster），日本生物物理学会第 51回年会 (2013年 10月，京都市)

63. 塚本卓 , 菊川峰志 , 倉田拓郎 , K.-H. Jung, 加茂直樹 , 出村誠 . “Homotrimeric

Update: 2019.08.07


assembly of a cyanobacterial ion-pump Gloeobacter rhodopsin” 2PT179（Poster）, 日本生物物理学会第 50回年会 (2012年 9月, 名古屋市).

64. 山本愛弓, 塚本卓, 小橋川敬博, 内田毅, 出村誠, 稲垣冬彦, 石森浩一郎. “膜タンパク質ハロロドプシンの人工脂質二重膜ナノディスクへの再構成” 1P-35（Poster）,

第 9回ホスト・ゲスト化学シンポジウム (2012年 5月, 札幌市).

65. 山本愛弓, 塚本卓, 小橋川敬博, 内田毅, 出村誠, 稲垣冬彦, 石森浩一郎. “ナノディスクを用いた膜タンパク質ハロロドプシンの機能解析” 1P-082（Poster）, 第 12

回日本蛋白質科学会年会 (2012年 6月, 名古屋市).

66. 塚本卓, 李香蘭, 花方信孝, 出村誠. “The role of cysteines in the first transmembrane

domain of IFITM5 for the intermolecular interaction with FKBP11” 3T18a-5（Talk &

Poster）, 第 34回日本分子生物学会年会 (2011年 12月, 横浜市).

67. 塚本卓, 寺田浩太, 中川摩里恵, 田巻初, 神谷昌克, 菊川峰志, 相沢智康, 河野敬一,

出村誠. “Role of Ser171 for the stabilization of NpHR trimer” 1B1536（Talk）, 日本生物物理学会第 49回年会（2011年 9月, 姫路市）

68. 塚本卓, 佐々木貴規, 藤本和宏, 菊川峰志, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠.

“Trimerization of halorhodopsin by the aromatic-interemolecular interaction and its

functional modulation in detergent system” 1P264（Poster）, 日本生物物理学会第 48

回年会（2010年 9月, 仙台市）

69. 塚本卓, 李香蘭, 花方信孝, 出村誠. “Expression, purification and characterization of

osteoblast-specific membrane protein IFITM5 in detergent solubilized system” （Poster）,

第 10回日本蛋白質科学会年会 (2010年 6月, 札幌市)

70. 塚本卓, 李香蘭, 花方信孝, 出村誠. “膜タンパク質 IFITM5 の立体構造研究；溶液NMR 法による立体構造解析に向けた試料調製” （Poster）, 第 48 回 NMR 討論会（2009年 11月, 福岡市）

71. 塚本卓, 李香蘭, 花方信孝, 出村誠. “Structural study of IFITM5, a human double

transmembrane protein; sample preparation for NMR analysis” （Poster）, 日本生物物理学会第 47回年会（2009年 10月, 徳島市）

72. 塚本卓, 佐々木貴規, 藤本和宏, 菊川峰志, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠.

“ハロロドプシン NpHRの三量体構造は F150残基の対称性によって安定化される”

（Poster）, 日本生物物理学会第 47回年会（2009年 10月, 徳島市）

73. 塚本卓, 菊川峰志, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠. “Molecular interaction

and functional modulation of light-driven anion pump - halorhodopsin” （Poster）, 第 9

回日本蛋白質科学会年会 (2009年 5月, 熊本市)

Update: 2019.08.07


74. 塚本卓, 佐々木貴規, 菊川峰志, 宮内正二, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 加茂直樹 , 出村誠 . “Is the photoactivity of halorhodopsin modulated by the assembly of

homotrimer?” 3P-097（Poster）, 日本生物物理学会第 46回年会（2008年 12月, 福岡市）

75. 塚本卓, 佐々木貴規, 久保恵美, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠. “ハロロドプシン三量体の界面活性剤中での解離” 1aC02（Talk）, 1P-091（Poster）, 日本生物物理学会第 45回年会（2007年 12月, 横浜市）

(Domestic symposiums)

1. Minori Kiyoshima, Takashi Kikukawa, Tomoyasu Aizawa, Makoto Demura, Takashi

Tsukamoto. “光駆動型細胞内向きプロトン輸送タンパク質の創成と分子機構の解明”（Talk），第４回北大・部局横断シンポジウム（2019年 1月 25日、北海道札幌市）

2. Tomoya Kato, Keisuke Murabe, Takashi Kikukawa, Takashi Tsukamoto, Tomoyasu

Aizawa, Makoto Demura. “Na+-transport reactions of Indibacter alkaliphilus rhodopsin

proved by transient absorption spectroscopy”（poster），6th International Life Science

Symposium（2018年 11月 19日、北海道札幌市）

3. 金子明正，高山理穂，塚本卓，沖津貴志，和田昭盛，水谷泰久，須藤雄気 .

“14-extended-A2 retinalを発色団とする人工光受容分子の分光学的解析”（Talk），新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（2016年 11月，滋賀県草津市）

4. 真木美紗代，塚本卓，高木新，須藤雄気. “レチナールタンパク質による光操作ツール開発に向けた線虫アッセイ系の確立”（Talk），新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（2016年 11月，滋賀県草津市）

5. 土井聡子，塚本卓，吉澤晋，須藤雄気. “Anion channelrhodopsin-2の大腸菌における発現系の確立と保存性アミノ酸 Arg84の阻害的な機能への役割”（Talk），新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（2016年 11月，滋賀県草津市）

6. 井上紗希，吉澤晋，塚本卓，須藤雄気. “海洋性真正細菌 Rubricoccus marinus SG-29

由来のロドプシン・RmR の解析”（Talk），新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（2016年 11月，滋賀県草津市）

7. 金原加苗，吉澤晋，塚本卓，須藤雄気. “新規光駆動プロトンポンプ型ロドプシン

Update: 2019.08.07


RxRの機能的・分光学的解析”（Talk），新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（2016年 11月，滋賀県草津市）

8. 栗原眞理恵，吉澤晋，塚本卓，須藤雄気. “温泉由来推定 Na+ポンプ型ロドプシン・YNP-NaR の機能および分光学的解析”（Talk），新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（2016年 11月，滋賀県草津市）

9. 西川佳吾，塚本卓，須藤雄気. “光捕集アンテナ Thermozeaxanthin を結合するThermophilic rhodopsinの創成と分光学的解析”（Talk），新学術領域研究「人工光合成」若手育成シンポジウム～生物から学び、応用する光反応～（2016年 11月，滋賀県草津市）

10. 西川佳吾，塚本卓，須藤雄気. “光捕集アンテナThermozeaxanthin結合型Thermophilic

rhodopsinの創成と分光学的解析”（Poster），CREST「ファイバーレス光遺伝学による高次脳機能を支える本脳機能の解明」第１回ワークショップ（2016年 11月，真庭市）

11. 井上紗希，吉澤晋，塚本卓，須藤雄気. “海洋性真正細菌 Rubricoccus marinus SG-29

由来のロドプシンの解析”（Poster），CREST「ファイバーレス光遺伝学による高次脳機能を支える本脳機能の解明」第１回ワークショップ（2016年 11月，真庭市）

12. 真木美紗代，塚本卓，高木新，須藤雄気. “線虫におけるアッセイ系を利用した微生物型ロドプシンを用いた新規光操作ツールの開発”（Poster），CREST「ファイバーレス光遺伝学による高次脳機能を支える本脳機能の解明」第１回ワークショップ（2016年 11月，真庭市）

13. 栗原眞理恵，吉澤晋，塚本卓，須藤雄気. “温泉由来推定 Na+ポンプ型ロドプシン・YNP-NaR の分光学的解析と高熱安定性の実証”（Poster），CREST「ファイバーレス光遺伝学による高次脳機能を支える本脳機能の解明」第１回ワークショップ（2016年 11月，真庭市）

14. 土井聡子，塚本卓，Sirikanta Chowdhury，吉澤晋，山中章弘，須藤雄気. “アニオンチャネルロドプシン 2 の大腸菌における機能的発現と Arg84 の阻害的な機能への役割”（Talk），CREST「ファイバーレス光遺伝学による高次脳機能を支える本脳機能の解明」第１回ワークショップ（2016年 11月，真庭市）

15. 塚本卓，本田尚也，須藤雄気. “微生物型ロドプシンの安定化機構の解明と光操作への展開”（Talk），CREST「ファイバーレス光遺伝学による高次脳機能を支える本脳機能の解明」第１回ワークショップ（2016年 11月，真庭市）

16. 塚本卓，吉澤晋，須藤雄気. “時間分解吸収分光法で膜タンパク質の反応中間体を

Update: 2019.08.07


とらえる”（Talk），第２回創薬標的膜タンパク質の移ろいを“み（見・診・覧）る”

研究会（2015年 10月，岡山市）

17. 塚本卓，須藤雄気. “カロテノイドを光捕集系とするレチナールタンパク質の創成と展開”（Poster），新学術研究「人工光合成」第 4回合同班会議（2015年 6月，伊豆市）

18. 塚本卓，須藤雄気 . “Structural and Functional Characterization of Thermophilic

Rhodopsin”（Poster），新学術研究「柔らかな分子系」第 8回ワークショップ「やわらか光受容分子の理解と利用に迫るブレインストーミング研究会」（2015 年 1 月，瀬戸内市）

19. 塚本卓，須藤雄気. “高度高熱菌由来光受容膜タンパク質ロドプシンの機能・構造研究” T07（Talk），第１回創薬標的膜タンパク質の移ろいを“み（見・診・覧）る”

研究会（2014年 11月，瀬戸内市）

20. 塚本卓，李香蘭，森田浩美，箕輪貴司，相沢智康，花方信孝，出村誠. “骨芽細胞膜タンパク質 IFITM5の分子機構：翻訳後修飾，相互作用，および細胞機能” P6（Talk），分子・物質合成プラットフォーム平成 25年度シンポジウム（2014年 3月，つくば市）

21. 森安梨沙，塚本卓，谷ヶ崎仁，本間道夫，井原邦夫，須藤雄気. “Expression and

functional analysis of channelrhodopsin-1 in Escherichia coli（大腸菌におけるチャネルロドプシン１の発現と機能解析）” P-17（Poster），2013年度・第 19会べん毛研究交流会（2014年 3月，広島市）

22. 塚本卓, 須藤雄気. “生理的温度条件下における高度好熱菌由来ロドプシン・TRの物性に関する研究”（ Poster）, 分子研研究会「ロドプシン研究の故きを温ねて新しきを知る」 (2013年 11月, 岡崎市).

23. 塚本卓, 須藤雄気. “高度好熱菌 Thermus thermophilus由来微生物型ロドプシンの分光学的解析” T1（Talk）, P18（Poster）, 2012年度生物物理学会中部支部講演会（2013

年 2月, 名古屋市）.

24. 塚本卓, 菊川峰志, 倉田拓郎, K.-H. Jung, 加茂直樹, 出村誠. “Study of the oligomeric

assembly of Gloeobacter rhodopsin in DDM solution” P23（Poster）, 9th Japan-Korea

Bilateral Symposium on Biological NMR (2012年 3月, 札幌市).

25. 塚本卓, 菊川峰志, 倉田拓郎, K.-H. Jung, 加茂直樹, 出村誠. “DDM可溶化系における Gloeobacter rhodopsinの多量体形成に関する研究” No.6（Talk）, 日本生物物理学会 2011年度北海道支部例会 (2012年 3月, 旭川市).

26. 塚本卓, 菊川峰志, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠. “Structural study of

Update: 2019.08.07


halorhodopsin: What makes its trimeric assembly stable in the DDM-solubilized system?”

（Poster）, 7th Japan-Korea Bilateral Symposium on Biological NMR (2009年 7月, 札幌市)

27. 塚本卓, 菊川峰志, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠. “Molecular dynamics of

photo-excited halorhodopsin in the monomer and trimer states” （Poster）, Hokkaido

University – Mahidol University Joint Symposium (2009年 5月, 札幌市)

28. 塚本卓, 菊川峰志, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠. “Molecular dynamics of

photo-excited halorhodopsin in the monomer and trimer states” （Poster）, 揺らぎと生体機能第 2回公開シンポジウム (2009年 3月, 岡崎市)

29. 出村誠, 塚本卓, 樋口真理花, 久保恵美, 神谷昌克, 相沢智康, 河野敬一, 出村誠.

“バクテリアルロドプシン・ハロロドプシンの超分子相互作用構造と機能変調”

（Talk）, 生体超分子構造第 4回公開シンポジウム (2007年 12月, 豊中市)

Classes taught

• 実験生物科学 / Experimental Biological Science（2018 - ）

第 7回光受容体タンパク質が拓く最先端の生命科学 / State-of-the-art Life Science

Developed by Photoreceptor Proteins (June 6th)

• 高分子機能学基礎実験 / Fundamental Laboratory Work on Bio-macromolecular

Science（2017 - ）

• 生体高分子学実験 I / Laboratory Work on Bio-macromolecular Science I（2017 - ）

• 物理学 II / Physics II（2018 - ）

• 細胞構造科学 I / Cell Structural Science I（2017）

第 8回 10年後に最先端の科学技術・生命科学とは？（1） / What is the

State-of-the-art Science and Technology / Life Science in 10 Years ? (1) (December 22nd)

第 15 回 10 年後に最先端の科学技術・生命科学とは？（2） / What is the

State-of-the-art Science and Technology / Life Science in 10 Years ? (2) (January 30th)

• 薬学セミナー／Seminar on Pharmaceutical Sciences I (2014)

• 薬学基本実習／Practice in Fundamental Pharmaceutical Sciences I (2014 - 2016)

• 薬学基礎実習／Basic Practice in Pharmaceutical Sciences (2014 - 2016)

• コミュニケーション入門／Introduction to Communication for Pharmaceutical Sciences

(2015 - 2016)

• 基礎物理学／Basic physics (2015 - 2016)

Update: 2019.08.07


Outreach activities

1. 塚本卓. “タンパク質のイロいろ” 第 7回北大大学院生によるサイエンスライブ

(2009年 4月, Apple Store Sapporo, 札幌市).

2. 塚本卓. “タンパク質のはなし―いのちを支えるかたちとはたらき” 北海道大学平成遠友夜学校 (2009年 1月, 北海道大学, 札幌市)

3. 研究教育活動：

リケジョへの誘い岡大方式サイエンス・トライアル（2014年 10月 25日）物理化学分野『色を感じる視覚のふしぎ』，展示企画立案，講義・実験補助

4. 中高生理系選択支援事業『理系応援キャラバン隊』（主催：北海道大学女性研究者支援室）

【2012年】室蘭栄高等学校（室蘭市）, 帯広第八中学校，帯広柏葉高等学校（帯広市）, 藤女子中学高等学校，北海道大学（一般公開）（札幌市）

【2011年】室蘭栄高等学校（室蘭市）, 札幌啓成高等学校，北海道大学（一般公開）（札幌市）

【2010年】市立函館高等学校，函館中部高等学校（函館市）, 札幌啓成高等学校，北海道大学（一般公開）（札幌市）

【2009年】雙葉中学・高等学校（東京都千代田区）, 市立函館高等学校，函館中部高等学校，函館市児童館（函館市）, 藤女子中学・高等学校，北海道大学（一般公開）（札幌市）

【2008年】旭川北高等学校（旭川市）, 市立札幌旭ヶ丘高等学校，藤女子中学・高等学校（札幌市）, 市立函館高等学校，遺愛女子中学・高等学校（函館市）

【2007年】帯広第八中学校，帯広柏葉高等学校（帯広市）, 市立函館高等学校，函館中部高等学校（函館市）

5. ひらめき☆ときめきサイエンス（主催：日本学術振興会）

【2011年】MISSION: 遺伝子コードを解読せよ！～PCRと電気泳動で米の品種を特定する～

【2009年】生命のミステリー～生命分子のかたちと働き～『アトムの磁力でタンパク質を調べつくす！～生物だって実は分子からできている～』

【2008年】生命のミステリー～生き物のかたちと働き～『アトムの磁力でタンパク質を調べつくす！～生物だって実は分子からできている～』

6. 北海道大学オープンキャンパス（主催：北海道大学）

Update: 2019.08.07


【2009年】『抗菌タンパク質リゾチームでバイ菌をやっつけろ！』

【2008年】『抗菌タンパク質リゾチームでバイ菌をやっつけろ！』

Documents

Takashi Tsukamoto, Ph. D. - 北海道大学...円, 2016年10月1日～2017年3月31日. 3. 平成28年度自然科学研究機構分子科学研究所共同利用研究（前期）”時間分解赤外