Upload
ignatius-eaton
View
224
Download
12
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Tata Nama Enzim. Biasanya diberi akhiran –ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis Contoh: Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkohol Urease: hidrolisis urea DNA polimerase: polimerisasi nukleotida Protease: hidrolisis peptida Metiltransferase: transfer gugus metil. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Tata Nama Enzim
• Biasanya diberi akhiran –ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis
• Contoh:Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkoholUrease: hidrolisis ureaDNA polimerase: polimerisasi nukleotidaProtease: hidrolisis peptidaMetiltransferase: transfer gugus metil
• Bagaimana dengan? Katalase: reaksi H2O2 menjadi H2O dan O2
Tripsin: Protease, Endopeptidase
• PERLU ADA ATURAN PERLU CARA SISTEMATIS UNTUK MEMBERI NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM
• International Union of Biochemistry dan Molecular Biology (IUBMB)
712
2477
3196
Prinsip Penamaan
• Enzim dikelompokkan dan diberi nama menurut reaksi yang dikatalisisnya.
• Hanya merujuk pada perubahan reaksi kimia yang disebabkan oleh enzim.
• Mekanisme reaksi tidak dimasukkan dan juga gugus prostetik atau kofaktor tidak masuk dalam nama.
• http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb• Enzim mempunyai nama sistematis dan nama
trivial.• Nama trivial: lebih pendek, mudah dan sering
digunakan
Tata Nama• Menurut Enzyme Commission (1961), enzim
dibagi atas enam kelas tergantung pada reaksi yang dikatalisis.
• E.C.a.b.c.d– a. Kelas enzim– b. subkelas enzim– c. Sub-sub kelas enzim– d.Sub-sub-sub kelas enzim
• Pengelompokan tidak berdasarkan urutan asam amino, struktur tiga dimensi dan juga tidak berdasarkan mekanisme reaksi
Klasifikasi Enzim
• Oksidoreduktase• Transferase• Hidrolase• Liase• Isomerase• Ligase
Oksidoreduktase• Mengkatalisis transfer atom H, O atau elektron dari satu substrat ke
yang lain.• Digit kedua: Hidrogen atau donor elektron
1. Alkohol 2. Aldehid atau keton 3. CH-CH 4. Amin primer 5. Amin sekunder 6. NADH atau NADPH
• Digit ketiga: Hidrogen atau akseptor elektron 1. NAD+ atau NADP+
2. Fe 3+
3. O2 99. Akseptor lain
Oksidoreduktase
• Nama sistematik ditulis menurut: donor:akseptor oksidoreduktase
– EC. 1.1.1.1 – Nama Sistematik: Alkohol:NAD+ oksidoreduktase– Nama Trivial: Alkohol dehidrogenase
(Nama trivial: Oksidase, transfer H ke O2; dan dehidrogenase, untuk transfer H ke akseptor selain O2)
Transferase
• Katalisis transfer gugus fungsi khusus seperti metil, asil, amino, glikosil, atau fosfat dari satu senyawa ke senyawa lain.AX + B BX + A
• Nama berakhiran X-Transferase, X adalah gugus yang ditransfer.
• Nama sistematik ditulis menurut: Donor:akseptor gugus transferase
• Digit kedua merupakan gugus yang ditransfer– 1. satu gugus karbon– 2. Gugus Aldehid atau keton– 3. Gugus Asil– 4. Gugus glikosil– 7. Gugus fosfat
• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut gugus yang ditransfer– E.C.2.1.1: metiltransferase– E.C.2.1.2: hidroksimetiltransferase– E.C.2.1.3: karboksil atau karbamoil transferase
• E.C.2.7.1: fosfotransferase dengan gugus alkohol sebagai akseptor
• E.C.2.7.2: Fosfotransferase dengan gugus karboksil sebagai akseptor
• E.C.2.7.3: fosfotransferase dengan gugus nitrogen sebagai akseptor
• Fosfotransferase mempunyai nama trivial dengan akhiran kinase
Hidrolase• Mengkatalisis reaksi hidrolis
A-X + H2O X-OH + HA
• Digit kedua: Jenis ikatan yang dihidrolisis• 1. ester• 2. glikosidik• 4. peptida• 5. C-N selain peptida• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut jenis ikatan yang dihidrolisis• Nama substrat diberi akhiran –ase. Nama sistematik selalu mengikuti
hidrolase.
• E.C.3.1.1. Ester karboksilat• E.C.3.1.2. Ester tiol• E.C.3.1.3 Monoester fosfat• E.C.3.1.4 Diester fosfat
Liase
• Mengkatalisis pemutusan ikatan C-C, C-O, C-N, C-S. • Nama sistematik ditulis menurut substrat gugus liase.• Nama trivial, misalnya dekarboksilase, aldolase,
dehidratase (eliminasi CO2, aldehid, dan air).
• Digit kedua: ikatan yang diputus– 1. C-C– 2. C-O– 3. C-N– 4. C-S
• Digit ketiga: gugus yang dihilangkan. Untuk C-C liase– 1. gugus karboksil– 2. gugus aldehid– 3. gugus asam keto
Isomerase• Mengkatalisis penataan struktur atau geometri dalam molekul. • Enzim diklasifikasikan menurut jenis reaksi yang terlibat.• Digit kedua: Jenis Reaksi
1. Rasemisasi atau epimerisasi 2. Isomerisasi cis-trans 3. Oksidoreduktase intramolekul 4. Reaksi transfer intramolekul
• Digit Ketiga: jenis molekul yang mengalami isomerisasi 1. asam amino 2. asam hidroksi 3. Karbohidrat
Ligase
• Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan hidrolisis ATP atau nukleosida trifosfat lainnya.
X + Y + ATP X-Y + ADP + Pi
• Nama sistematik X:Y ligase• Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk
1. C-O 2. C-S 3. C-N 4. C-C
• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan yang dibentuk
• E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase)• E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida,
sintase)
Contoh • ATP + D-glukosa ADP + D-glucose 6-
phosphate
• Nama Sistematis: ATP:glucose phosphotransferase
• Nama yang Direkomendasi (trivial): Heksokinase
• EC number: 2.7.1.1 (2) transferase
(7) phosphotransferase
(1) gugus hidroksil sebagai akseptor
(1) nomor seri yang diberikan secara acak
Enzyme Data Base
• EXPASY (Expert Protein Analysis System) http://www.expasy.ch/
• The Comprehensive Enzyme information system http://www.brenda-enzymes.org/index.php3
• KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg