Upload
others
View
3
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
1
Vaje iz biomedicinske informatike
asist. Nejc Horvat, mag. farm.asist. Andreja Devetak, mag. farm.asist. dr. Igor Locatelli, mag. farm.asist. dr. Marko Obradović, mag. farm.
Katedra za socialno farmacijo
Fakulteta za farmacijo
Univerza v Ljubljani
Splošno
• Predstavitev
• 5 vaj
• Kolokvij
• Prisotnost
Teden Datum Tema Nosilec1. teden 1.3. – 5.3. (1.3., 4.3.) Informatika v biomedicini N. Horvat2. teden 8.3. – 12.3 (8.3, 11.3.) Opisna statistika ob uporabi MS Excel N. Horvat3. teden 15.3. – 19.3. (15.3., 18.3.) Opisna statistika ob uporabi SPSS A. Devetak4. teden 22.3. – 26.3. (22.3., 25.3.) Korelacija in regresija I. Locatelli5. teden 29.3. – 2.4. (29.3., 1.4.) Biostatistika diagnostičnih testov M. Obradović
Vaja 1: Informatika v biomedicini
Katedra za socialno farmacijo
Fakulteta za farmacijo
Univerza v Ljubljani
2
Informacije povezane s farmacijo v spletu
• Kaj je Internet, kdaj, zakaj, kje nastal, protokoli
• Lekarne, veledrogerije, predstavništva ter farmacevtska industrija v Sloveniji
• Farmacevtske ter zdravstvene organizacije
• Storitve Interneta in iskalniki na WWW
Internet in storitve Interneta
Kaj je Internet?
Predstavitev kiberprostora s skrivnostno, padajočo, zeleno kodo v filmu Matrica (The Matrix).
Režija: Andy in Larry Wachowski
Igrajo: Keanu Reeves, Laurence Fishburne in Carrie-Anne Moss
Hit v letu 1999
3
Zgodovina interneta
1. vozlišče ARPANETA na Univerzi v Kaliforniji, Los Angeles (UCLA)
Vir: http://www.cybergeography.org/atlas/
4. vozlišča ARPA NETWORK
University of California Los Angeles (UCLA),
University of California Santa Barbara (UCSB),
University of Utah
Stanford Research Institute (SRI)
Vir: http://www.cybergeography.org/atlas/
4
ARPANET, 1980
Vir: http://www.cybergeography.org/atlas/
Struktura Interneta
Vozlišča
5
Komunikacijski sateliti
ARNESova hrbtenica
Stanje oktober 2009. Vir: http://www.arnes.si/backbone.htm
IP - internet naslov
• Naslavljanje računalnika
• Enoličen naslov, ki omogoča komunikacijo
• Sestavljen iz 4 zlogov ločenih s piko
• Npr.: 193.2.101.56
6
Naslavljanje računalnika
• Ime razdeljeno na dva dela
ffa.uni-lj.si
• Vrhnje domene:• Po organizacijskih skupinah• Po zemljepisnem principu
Ime računalnika Domena
Vrhnje domene glede na organizacijo
biz Podjetja
com Komercialne organizacije
edu Izobraževalne organizacije
gov Vladne organizacije
info Splošna (informativna)
int Mednarodne organizacije
mil Vojaške organizacije ZDA
net Računalniki, ki pripadajo internet institucijam
org Neprofitne organizacije
Zemljepisni princip
.ad
.au
.at
.eu
.fr
.hu
.it
.jp
.si
.uk
Andora
Avstralija
Avstrija
Evropska Unija
Francija
Madžarska
Italija
Japonska
Slovenija
Velika Britanija/Irska
7
Standardi / protokoli
• URL (Uniform Resource Locator) - standard za naslavljanje dokumentov, določa enoličen naslov za vsak dokument v spletu• HTTP (Hypertext Transfer Protocol) - protokol za
dostop in sprejemanje hipertekst dokumentov, določa način sporazumevanja spletnih strežnikov in brskalnikov
• HTML (Hypertext Markup Language = hipertekstovnioznačevalni jezik) - format za pisanje hipertekst dokumentov
• FTP (File Transfer Protocol) - protokol za prenašanje datotek
• …
URL
• “Uniform Resource Locator” = enolični kazalec virov
• Osnovna shema, ki jo brskalniki uporabljajo za enotno imenovanje dokumentov v globalnem informacijskem omrežju, se imenuje URL
• Sestavljen v osnovi iz:Protokol://ime.strežnika[:port]/ime_mape/ime_datoteke
• Npr.: http://www.najdi.si/register/
HTML
• “Hypertext Markup Language” = protokol za prenos hiperteksta
• Označevalni jezik za izdelavo dokumentov v WWW
• Poleg besedila vsebuje še posebne značke za oblikovanje dokumenta
• Npr.: <TITLE>Naslov dokumenta</TITLE>
8
Pogled/Izvorna koda
Spletne strani
• Statične
• Dinamične
Storitve interneta
• Svetovni informacijski splet (WWW - World Wide Web)• E-pošta (e-mail)• IRC (Internet Relay Chat - klepet preko Interneta)• MSN Messenger• Skype• Facebook, MySpace• Twitter• Second life• Usenet (novice, konference…)
• Blogi (http://www.rtvslo.si/blog/)• …
9
Brskalniki
• Programi za pregledovanje spletnih strani
• Npr.:• Mozilla Firefox
• Internet Explorer
• Netscape Navigator
• Opera
• …
Iskanje
Imenik:• Podatki urejeni• Avtorji prijavijo svojo
stran• Imenik hrani najnujnejše
podatke o strani: naziv, naslov, opis…
• Odskočna deska za iskanje po internetu
• Število zadetkov je majhno.
Iskalnik:
• Podatki niso urejeni
• Program najde spletno stran sam
• Iskalnik hrani vsebino cele strani.
• Iskalnik uporabimo, kadar v imeniku nismo našli ničuporabnega.
• Število zadetkov je veliko.
E-pošta
• Programi za e-pošto: Outlook, Outlook Express, Pegasus Mail, Eudora…
• E-pošta preko spletnih strani npr.: www.hotmail.com, www.gmail.com, mail.yahoo.com…
Uporabniško ime Domena
10
Zbirke podatkov
Zbirke podatkov (ZP)
• Zbirka podatkov (podatkovna baza)
• Urejenost: hitro iskanje, pregledovanje, shranjevanje…
• Vsebujejo podatke, ki izhajajo iz stroke
• Dostopnost: zasebne, naročniške (licenca), javne
• Avtor (nosilec baze), lastnik (distributer)
Struktura ZP
• ZP: Sklop zapisov• Zapis: oblikovno definiran, zaključen sklop
podatkov o dani enoti informacije, sestavljen iz polj• Polje: podatkovna enota (definirano z imenom,
formatom: tekstovni, številčni, časovni)• Npr.: zdravila - ime, jakost, farm. oblika, D, rok uporabnosti…
• Relacijske ZP (skupna polja)• Uporabniški vmesniki (ustrezna programska
oprema)
11
Vrste ZP glede na dostop
• Lokalne (CD- ROM, instalirano na trdem disku npr. IPA, Micromedex)
• Linijske (strežnik, LAN/WAN, npr. Medline)
Vrste ZP glede na vsebino
• Faktografske: podatki o predmetu zanimanja v strnjeni obliki – le osnovni podatki (npr.: Micromedex, www.chemfinder.com,
http://chem-file.sourceforge.net/data/index_en.html)
• Bibliografske: zapisi o dokumentih, ki se nanašajo na predmet zanimanja (npr.: Medline, IPA, CAS)
• Tekstovne (full-text): monografije o predmetih zanimanja (npr.: EBSCO)
Medline
• National Library of Medicine (NLM)
• bibliografska podatkovna baza
• področje klinične medicine, predkliničnihznanosti, zdravstva, zobozdravstva, zdravstvenenege ter veterine
• okoli 5200 najpomembnejših biomedicinskih revij
• prost dostop do zbirke skozi sistema PubMed in Internet Grateful Med
• http://www.pubmed.com
12
Iskanje podatkov
• Intuitivno
• Sistematično
Poizvedba v zbirki podatkov
• Iskalni profil: Deskriptorji (ključne besede) + relacijski (<>=) + logični operatorji (AND, OR, NOT) + “jokerji” (*, ?)
(farmakokinetika OR farmakodinamika) AND (aspirin OR paracetamol)
• Analiza zadetkov: Relevantni zapisi, kakovost deskriptorjev, šum, veliko število zadetkov
• Zanesljivost: IF, podobni povzetki
• Kako do polnih člankov: “linkout”, knjižnice
• Prenos podatkov na lokalni nosilec in v druge aplikacije: Shraniti relevantne zapise
Naloga
• Kakšna je učinkovitost posameznih predstavnikov skupine ATC=A02BC?
13
Preglej!
• IZUM: http://www.izum.si• COBISS: http://cobiss.izum.si• Medline: http://www.pubmed.com• NUK: http://www.nuk.si• CTK: http://www.ctk.uni-lj.si• Centralna medicinska knjižnica: http://www.mf.uni-lj.si/cmk/• Zdravila: http://www.zdravila.net• EMEA: http://www.emea.europa.eu/ ter
http://www.emea.europa.eu/htms/human/epar/eparintro.htm• IVZ Register zdravil RS:
• http://www.ivz.si• http://www.ivz.si/knjiznica/arhiv/reg_zdravil2/KAZALO.HTM
• WHO ATC/DDD sistem: http://www.whocc.no/atcddd/• Chemfinder: http://www.chemfinder.com• Pharmweb: http://www.pharmweb.net• Organizacije:
• EPSA: http://www.epsa-online.org/• IPSF: www.ipsf.org• FIP: http://www.fip.org
• Slovenske lekarne, farmacevtska industrija ter zdravstvene organizacije