Winmostar - Quantum ESPRESSO

Tutorial 3第一原理MD

V6.016

株式会社クロスアビリティ

question@winmostar.com

2016/06/01

修正履歴2016/04/01版

• 初版

2016/4/20版

• スクリーンショットを最新版に差し替え

2016/6/1版

• 動作環境設定を追加、V. 6.016対応

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Contents

I. 分子のモデリング

II. 周期境界の作成

III. 電子状態のエネルギー極小化計算

IV.エネルギーの時間変化の表示

V. 原子核の構造最適化計算

VI.温度一定のMD計算

VII.アニメーション表示

2016/6/1 3Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved.

動作環境設定

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Quantum ESPRESSOインストールマニュアルhttps://winmostar.com/jp/QE_install_manual_jp_win.pdf

に従い、Quantum ESPRESSOをインストールする。

I. 分子のモデリング

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メイン画面上にてCH4分子をモデリングする。

II. 周期境界の作成

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「MD＞LAMMPS＞キーワード設定」を選択する。「Auto Generate」をクリックし、「OK」をクリックする。

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「固体＞Quantum ESPRESSOキーワード＞設定」を選択する。

III. 電子状態のエネルギー極小化計算1

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III. 電子状態のエネルギー極小化計算2

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「Output Directory」に「Create」を選び、一旦「Preset」に「SCF」をセットした後、「Calculation」に「MD」、「Electron Dynamics」に「sd」を指定し、Setをクリックする。「固体＞Quantum ESPRESSO実行」を選択する。保存するファイル名を聞かれるので、入力して保存すると、計算が開始される。

IV. エネルギーの時間変化の表示1

92016/6/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved.

計算終了後、「固体＞インポート＞Energy Plot(evp)」を選択し、デフォルトで選ばれるフォルダを選択する。

IV. エネルギーの時間変化の表示2

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Energy Plotウインドウでekinc（電子の仮想運動エネルギー）、etot（電子の静電ポテンシャルエネルギー）、econt（全エネルギー）にチェックを入れ、Drawをクリックし、右図のようにエネルギーが低下する様子を取得する。

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V. 原子核の構造最適化計算

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「固体＞Quantum ESPRESSOキーワード＞設定」にて、「Output Directory」に「Continue」、「Ion Dynamics」に「sd」、「Electron Dynamics」に「damp」を指定し、「Set」をクリックする。その後「固体＞Quantum ESPRESSO実行」から計算を実施する。計算終了後、前スライド同様に「固体＞インポート＞Energy Plot(evp)」で確認する。

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VI. 温度一定のMD計算

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「固体＞Quantum ESPRESSOキーワード＞設定」にて、「Ion Dynamics」と「Electron Dynamics」に「verlet」を指定し、「Set」をクリックする。その後、「固体＞Quantum ESPRESSO実行」から計算を実施する。

132016/6/1 Copyright (C) 2016 X-Ability Co.,Ltd. All rights reserved.

計算の終了後、「固体＞インポート＞Animation(pos)」を選択。デフォルトで選ばれるファイルを選択する。

VII. アニメーション表示1

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再生ボタン(|＞)をクリックし各ステップの様子を確認する。

VII. アニメーション表示2

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