Centrum teorie vzd ělávání p řírodov ědných obor ů

Reg. č.: CZ.1.07/2.3.00/20.0166

Zahrani ční stáž v rámci projektu ESF

Michal Motyka, Katedra biologie PdF UPOL

Cílová instituce : Imperial College London, Londýn, Velká Británie Termín konání: 4. dubna - 9. května 2015

Ve dnech 14. dubna-9. května 2015 jsem vykonal služební cestu do Londýna, kde jsem navštívil Imperial College London u prof. A. P. Voglera.

Hlavním cílem mého pobytu v Londýně byla stáž v Imperial College London a Natural History Museum London. Během této stáže jsem se naučil zacházet s daty, které byly vyprodukovány pomocí sekvenování celého genomu. Školení bylo vedeno týmem prof. Voglera, především C. Andujarem a B. Linardem (Obrázek 1.).

V první fázi jsem z velkého počtu fragmentů složil požadované sekvence. Následovalo anotování celého mitochondriálního genomu a translaci protein kódujících sekvenci. Vlastní analýzy byly spuštěny na počítačového clusteru Přírodovědného muzea CTAG. Na začátku stáže byly diskutovány připomínky společného článku, který se zabývá molekulární fylogenezí nadčeledi Cleroidea (Insecta: Coleoptera): Mimetism of checkered beetles and the evolution of soft-bodiedness in Cleroidea (Coleoptera). Článek byl zaslán do časopisu Zoologica Scripta.

Centrum teorie vzd ělávání p řírodov ědných obor ů

Reg. č.: CZ.1.07/2.3.00/20.0166

Během mé stáže mi bylo také umožněno se zapojit do celosvětového projektu zkoumajícího biodiversitu v globálním měřítku, Biodiversity Initiative. V rámci toho projektu jsem se účastnil selektování organismů pro izolaci a následné celogenomové sekvenování a analyzování. Současně jsem se účastnil školení, během kterého jsem byl seznámen s ovládáním fotografické soupravy a možnostmi úpravy a skládání fotografií s různou hloubkou ostrosti (Obrázek 2.)

Byla započata spolupráce s pracovištěm Imperial College London na dalším společném článku týkajícím se pozicí čeledí v nadčeledi Elateroidea a možných aplikací fylogenetických a fotografických metod ve výuce biologie.