Анализ опубликованных последовательностей SOIV

(апрель-май 2009 г.)

Состояние на 05.05.2009 20:00 мск

• 1490 случаев в 21 стране• 57 штаммов из 11 стран

США – 22Канада – 9Мексика – 7Испания – 4Италия – 4Израиль – 4

Новая Зеландия - 3Германия – 1Швейцария – 1Нидерланды – 1Дания – 1

Полностью секвенированы геномы:

• A/California/04/2009 (выделен 01.04.2009)• A/California/06/2009 (выделен 16.04.2009)• A/Mexico/4604/2009 (выделен 19.04.2009)• A/New York/18/2009 (выделен 25.04.2009)• A/Canada-ON/RV1527/2009• A/Mexico/InDRE4487/2009

Характеристика HA

• Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 98,8%

• Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: L32I (два испанских штамма),S83P (большинство штаммов из Калифорнии),S203T (все штаммы из Нью-Йорка).

Характеристика HA

• Наибольшее сходство (95%) с A/swine/Indiana/P12439/00 (H1N2) – типичный представитель североамериканской линии «свиного гриппа» (с 1999 г.) - тройной реассортант - 26 ак замен

• A/Wisconsin/10/1998 (H1N1) (92%) – тройной реассортант (полимераза – от человека (PB1) и птицы (PB2, PA)) – 20 ак замен (в неполной последовательности)

(Из Olsen, 2002)

Сравнение с A/Brisbane(H1N1)-подобными штаммами

• Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H1N1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 79%

• Отличия103 аминокислотных замены

>30 из них в антигенных сайтах>20 из них существенны

инсерция 1 а.о. (K) между 129 и 130 А/Brisbane/59/2007появление сайта гликозилирования в положении 276

11 23 87 276 481

A/California/4/2009 NST NVT NGT NTT NGT

A/Brisbane (H1N1) like NST NVT NGT DAK (Нет!)

NGT

Сравнение с A/swine/New Jersey/11/76

• Гомология HA штаммов А/California/04/09 и А/Texas/05/09 с HA штамма A/swine/New Jersey/11/76, составляет 90%

• Отличия35 аминокислотных замен

14 из них – в антигенных сайтах

Характеристика NA

• Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 94,2%

• Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: S95G (A/California/06/2009),V106I, N248D (все штаммы из Нью-Йорка и Огайо).

Характеристика NA

• Наибольшее сходство (94%) с A/Swine/England/195852/92 (H1N1) – представитель евразийской линии «свиного гриппа». N1 свиная птицеподобная (avian-like)

• A/Thailand/271/2005 (H1N1) (90%) – возбудитель заболевания у 4-летнего мальчика (ринорея, миалгия, повышенная температура тела). Все сегменты генома от евразийской линии «свиного гриппа», кроме NS (от североамериканской).

Сравнение с A/Brisbane(H1N1)-подобными штаммами

• Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H1N1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 77,3%

• Отличия87 аминокислотных замен делеция 1 а.о. T436del A/Brisbane/59/2007

Strain 74 77 79 81 84 188 264 267 285 287 307 344 352

Avian F/L E A A T I V V A E N Y K

Sw/Eng/92 F E T V K I V V S E N N K

Brevig/18 V G D T I M T I T K D N R

Human, old V G D T I M T I T K D N R

Swine, old I G D T I M I I T K D N R

Human, new V G D T T M T I T T N D R

Swine, new I G D T I M I I T K D N R

SOIV 2009 F G S V K I V V S E N N K

Location: St St St St S I S S S I S I S

Reid A. H., Fanning T. G., Janczewski T. A. Taubenberger J. K. Characterization of the 1918 ‘‘Spanish’’ influenza virus neuraminidase gene //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97. P. 6785-6790